2WPBA

Crystal structure of the e192n mutant of e. coli n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate and the inhibitor (2r,3r)-2,3,4- trihydroxy-n,n-dipropylbutanamide in space group p21 crystal form i
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
302
structure length
301
Chain Sequence
HHHHHHATNLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDNIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQERG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Structural Insights Into Substrate Specificity in Variants of N-Acetylneuraminic Acid Lyase Produced by Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
total genus 116
structure length 301
sequence length 302
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2009-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2wpbA00
3NDOA 1GZGA 1QR7A 3G1FA 4O28A 1M6JA 3E12A 3LTPA 3NAVA 3CWOX 3M44A 4U28A 5F2IA 1VGAA 3W1QA 5H2ZA 4JIQA 3NQCA 1W5OA 4Y8FA 3TSBA 3MP5A 3STGA 2FPTA 4AVFA 2J27A 2CLMA 3TSDA 4GXMA 1QFEA 4Y6GA 3W73A 3SFKA 1OYAA 1X7FA 3UY8A 3TV8A 4DPQA 3NO5A 4NX0A 3VE7A 2GVLA 3A21A 3VKJA 1OYBA 4ADTA 3KRSA 5HWNA 5CG7A 1CI1A 3ELFA 1QOPA 1F6PA 3W23A 4DEFA 3PY2A 3FA5A 3KAOA 3RLVA 1KLZA 1F73A 4E38A 1Y0EA 1AW1A 3IRDA 1R30A 1PS9A 4QAIA 1Q6QA 3SI9A 3HPXA 3OA3A 1JJKA 5AOUA 1TTJA 2ZA1A 3Q58A 2X1SA 3B03A 1JRCA 1VCVA 1XM3A 1GVOA 4S2CA 1RZMA 1W3NA 4JTSA 3W07A 4NNCA 4Q33A 3L5AA 2P10A 2ISSA 3PG9A 4O14A 1JUEA 3W71A 4I7VA 3W7JA 1PE1A 4IXXA 1YYAA 3GNNA 2NX3A 5I3KA 4NU7A 4XQ6A 2ZZ5A 4GWEA 3DFQA 3GB6A 4PFMA 2QCGA 5F4SA 4RCXA 1F76A 1K7FA 1J2WA 4UTUA 3L9CA 1OFOA 2C13A 2A1YA 2ZBTA 3NQEA 3TR2A 2CFFA 1GQNA 1C29A 5AC7A 5G2WA 4NT0A 1C8VA 3C3NA 3RNDA 1ZFJA 1OG0A 1N55A 4A29A 2J9ZA 3BW2A 4HKPA 2TMDA 2FQIA 3NVTA 3DKJA 1MSSA 5F1UA 3GDLA 3O05A 4QJ1A 1LOSA 2Q3RA 3W7HA 1LRNA 4G1KA 4BI5A 4PL2A 5KSWA 3BLEA 5DCDA 3HGRA 1DKWA 5K2ZA 3DFNA 3M5YA 1M7PA 3QYQA 1XKYA 3W9ZA 1JUKA 3GK0A 4AMAA 4AAJA 4YLWA 4X9SA 1L6YA 4MYAA 3GR7A 4BF9A 1GTHA 2V5BA 3DBPA 4MJZA 3GKFA 3LCFA 4FEZA 4R53A 2Z1BA 3NR0A 3HGSA 3TQVA 3S5OA 1WDWA 2VELA 2WQPA 1ME7A 1WAUA 4NNBA 1SSGA 3C61A 4BFAA 4IX2A 3C2EA 3LTYA 1KFKA 5FEPA 3L5LA 1WOBA 3QEZA 1QPRA 4C1KA 1Q6OA 4GC4A 3M0ZA 1GVRA 1DHPA 4UTWA 4IPIA 2R94A 2ZA2A 5KZMA 2NXIA 4JEQA 4JTGA 1KFCA 3VNDA 1KM1A 2F7FA 5F4XA 1K8XA 4DF1A 1V5XA 5LNSA 5DY2A 3N2XA 1GT8A 4A22A 3TQKA 2B4GA 1TMHA 3P5ZA 1AL7A 1OF6A 3R13A 1FXPA 5AHEA 4KWVA 1OFPA 3LRKA 4JX5A 4QQ3A 1TRDA 3F03K 3N3MA 4JDYA 4ALDA 1JR1A 3KXQA 3IIOA 4Q32A 3S1VA 4O54A 5EYWA 4OHQA 5HNRA 5K3VA 1L2UA 3MP3A 1VZWA 3W88A 3W1LA 5DBTA 4I7UA 1KM4A 3NEVA 3W7EA 5HJLA 3LCWA 2V30A 1X1ZA 4NZFA 3S1UA 4WZHA 5AYYA 2A21A 1ME9A 1H7NA 1EWDA 1ZAJA 4O52A 4OV4A 3G0SA 4FNUA 4FX7A 3O16A 4ML9A 1V7YA 3RK8A 1CX9A 3HIJA 4UNKA 2ATSA 2YXGA 4N6EA 3PB0A 3M41A 4N2YA 3MHUA 5I3FA 3O1NA 1I2OA 2AAMA 4IJBA 3LHTA 3EKZA 4UIOA 4O1CA 3MO7A 4YCOA 3SY5A 4JGDA 2QCDA 3HG5A 3DFTA 3B04A 4LV9A 4GJ1A 1WBJA 4JTIA 2LLEA 3NG3A 2OJPA 3MI6A 5AHMA 2QF7A 2Z6JA 3GYEA 3NPUA 4O18A 3P67A 2QUUA 4KWWA 3GZ3A 4PL1A 3TKFA 3ABRA 3LCGA 4MY8A 4MJMA 5GVJA 2NXGA 1SZFA 3GXTA 3UPWA 4FB7A 4OT7A 1JRBA 5AHNA 4X2RA 3HJZA 3TJLA 3EXSA 2ALDA 4LVFA 1VRDA 3TX9A 3O8AA 4A3UA 4N4PA 2JKEA 4DXVA 3F4WA 5EA9A 5IBXA 4N6FA 3DKLA 5AC6A 3QRHA 3WJSA 4HPXA 3WK3A 3P8IA 3HOJA 1TCDA 1SQ7A 1S5TA 3B4UA 3W7RA 2O7QA 2O7SA 3TC7A 2YR1A 2CLEA 2C3ZA 4WQ6A 3C6CA 1Q45A 1I2NA 3EWXA 4XUGA 4M6VA 3BLFA 1H63A 1HO1A 3ABSA 1ICQA 2QUVA 1JQVA 3M16A 4LU0A 3S8HA 1G4SA 1SO6A 3IIZA 1UASA 2PRLA 2V0TA 1JCNA 3L68A 1LRQA 1W0MA 3W70A 5K9XA 4MIMA 2ZRWA 2YZRA 5K7JA 2GVJA 2Q8ZA 3V75A 2J6XA 3STFA 2ZA3A 2A5HA 3TCEA 1OFEA 2WNQA 3UWUA 1XBZA 2A0NA 2Y7DA 2VENA 4ORIA 4MVAA 4DF2A 2F84A 4XKYA 4LVBA 5LNWA 1N8FA 3TUUA 4WOQA 5C2XA 4PCFA 3M6YA 4UUIA 4Z0SA 3IIPA 1J4EA 1PCWA 4DF0A 5HINA 3FEMA 4RLIA 3AJXA 4O1DA 4NVTA 4CLMA 4WOZA 2C18A 5FF4A 1VPXA 4YL2A 4GBUA 5LHEA 3LI1A 3W1UA 4ZQNA 1T99A 3GVGA 3C0JA 3M5XA 4Z1CA 5FEZA 3ZR4A 3OVQA 3ZWSA 2HMCA 5F4WA 1NEYA 3Q37A 4N9CA 1FY6A 1MEIA 3UWZA 1A5CA 1XI3A 4RK8A 3G0UA 5K4ZA 3UD6A 1YDOA 3W2LA 1VH7A 3TQ0A 1QPNA 1B9BA 3A23A 3IVTA 2CWNA 3NQ6A 3OBKA 1SU5A 3HPZA 5L9FA 1ZY9A 1W1ZA 4DO5A 3NXFA 4BWLA 6ALDA 4FNTA 2VFGA 1GEQA 4UMBA 1ZCOA 3CLMA 5D02A 1I45A 2JK2A 1D9EA 5TBOA 2WO5A 4Z1BA 3EX6A 4RZ6A 1JCYA 3QW3A 4IMGA 2EHHA 2DZSA 3WJWA 3W76A 3VCRA 4WJEA 3R89A 1Z48A 2V82A 1TV7A 5KMYA 4ICNA 4XKYB 3T78A 3HGOA 3HQ1A 2XN0A 4UXDA 3HG2A 3C2FA 1F05A 2G97A 4Y9AA 2QJHA 2VEKA 4QIUA 3LHWA 4K7VA 2A85A 3S1XA 4ZQCA 1LLZA 5T26A 1KA9F 4NXKA 1OFDA 4DQWA 3EX2A 2H6RA 2TPSA 1YDNA 3GXNA 1QCWA 4YMZA 5EL1A 5AC8A 1LBLA 1O60A 3UQNA 2VFFA 4JTUA 1TO3A 4MPQA 3UWYA 3KVMA 3MHGA 2DP3A 3HB9A 1K02A 1WYIA 3BW4A 3P61A 4JX6A 4CNPA 5FEXA 3FYOA 3NQMA 1GVSA 5CPNA 1GPWA 3NQFA 2GQ8A 3LHZA 1M7OA 1EPXA 3EB2A 2E68A 4IQLA 3LBCA 1VC4A 1OFAA 1ZAHA 1XL9A 4UTTC 3DFPA 5D30A 3W2UA 3KX6A 2V5LA 2ISVA 3OIXA 3LTSA 2RHGA 3GDKA 1ALDA 2EPHA 3QH2A 4S1FA 2Q3OA 1BWLA 3BW3A 1JCMP 2V8ZA 3DU0A 2YFNA 3LCLA 3H54A 5CZSA 1G7UA 3I6RA 5E93A 4KKXA 2IQTA 3TW7A 2XN1A 1M5WA 1DV7A 5K4XA 5HMSA 4NJIA 3V1PA 3QMSA 2VEIA 2PRHA 1KM0A 3W7GA 3TAKA 5CGQA 3W86A 2CLHA 3MYPA 1JCJA 5CPOA 3MI3A 4HT3A 1YXDA 2ZZ3A 4EVZA 4CCDA 1IXNA 3DFOA 3KRUA 5DXXA 3H55A 4FF7A 4JDBA 3G22A 3LI0A 2UV8G 4I7WA 4UTIA 2YYTA 3KVKA 2ZRXA 3FS2A 3UPBA 2Y62A 3GXPA 3DH7A 3L2IA 3C2VA 4JR5A 2X30A 4EF8A 3MHFA 4UR7A 2FIQA 5L6UA 5AHIA 2QJGA 3LBMA 1P0KA 3FIGA 4ADSA 1IXQA 2DORA 3P8JA 4UTHA 4JY9A 3W7DA 2WOQA 1TPB1 1SZNA 1U5JA 1SR9A 3TMQA 2YDAA 4GRSA 3N34A 1R2TA 3C8FA 5C5YA 3NQAA 3N9RA 2Y7FA 3W2KA 2QCLA 4EOUA 1EEPA 2A7NA 2FJKA 4LS0A 5I3GA 1W5NA 5U4NA 1ICSA 3FLUA 4UFJA 1LCOA 4H6KA 4O10A 4WUIA 3PR2A 4LC6A 3L0NA 4IPJA 5FF2A 1XUZA 2ZZ2A 2QCMA 3W2NA 1VR6A 2E6YA 1FDYA 5E1QA 2RDWA 4OBTA 4AH7A 2NX9A 2H90A 2Y7EA 4B5NA 2YGYA 1K3UA 3LV5A 3FOKA 3PBVA 3UWVA 1TYGA 2VC6A 1VHNA 1ZALA 5LNVA 3FKKA 4U4MA 4E2BA 4NJKA 1W54A 1I2RA 1DL3A 2DJXA 1NVMA 4HSOA 2Y61A 2YYUA 2PURA 1UUOA 2QJIA 4A2RA 5KINA 2Y85A 3NZRA 1OFBA 1XXXA 2W0UA 4O53A 1DQXA 2V9DA 5AYXA 4CQAA 1OJXA 4JXCA 1SPQA 4LVAA 4YCPA 1DJNA 1G67A 2A6LA 2Z0IA 2RKXA 3NL2A 1H1YA 1GG1A 1VJIA 5G2IA 2DZPA 3DENA 1VLIA 2BTMA 4RX0A 3PWAA 4WX2A 4GNJA 5AHLA 3G8RA 4X22A 3TE9A 4J9JA 2NZLA 2VFHA 1OFRA 2WSRA 3A5FA 3PG8A 5HULA 3G1AA 4OV9A 1UB3A 1IXOA 3Q2DA 3RFAA 4FHAA 4P61A 3S5YA 2GQAA 5HWJA 1IIHA 1HL2A 3QPYA 4GUGA 1JULA 2FFCA 4JNMA 3QJAA 3C4UA 2Y7GA 3MJYA 1G69A 2YX0A 3W1RA 1AMKA 3P74A 5AFDA 2VEMA 4QNEA 1L9WA 3NQGA 4IOTA 4UMCA 4UNLA 1EP3A 2WNNA 4GUJA 5U7SA 2QEZA 1UCWA 1VHCA 3T55A 3R5EA 3UZJA 1SO5A 5DN1A 1FCBA 2ZFAA 3LLFA 5HUPA 1EUNA 4NXSA 3CIXA 3O06A 4KFOA 3IGUA 3W84A 4TU1A 3QZEA 4ZQOA 2P0OA 4UFKA 4IMFA 3PUOA 3RF9A 3W7MA 4N02A 3BG3A 1RD5A 2DJLA 2H3BA 3R12A 5G4WA 3CTLA 1VYSX 2ZCGA 3NPVA 2E09A 4M7TA 3RMJA 2VEPA 3CWNA 1G4EA 5EPDA 2TRSA 2PC4A 3TW6A 2NXHA 4O12A 3OVRA 3M9YA 2BSLA 4AXKA 4JS3A 5DCBA 5ABTA 3EX1A 3INPA 3A22A 1GG0A 3SIZA 3DI1A 3YPIA 2I14A 5CKSA 3NYZA 1BKSA 1DJQA 4MZ1A 3STEA 1F74A 2GPTA 1JCXA 3BO9A 3PSVA 3D0CA 5D09A 3S42A 1GOXA 1SZEA 3CEPA 4HNNA 3NPXA 1F5ZA 2J88A 1F7BA 1YXCA 4DO6A 3GKAA 1J5TA 3IGSA 4FO4A 1B3OA 2VFIA 3G1XA 4O19A 5LHFA 4ORMA 4LOCA 3UXAA 1D3GA 4GUHA 3NA8A 1F2JA 3NOEA 2ZRYA 1R47A 1H7RA 4JD4A 3LHVA 2E5CA 5D2TA 3VI2A 1X1OA 3BPWA 5KITA 4NJHA 4UTWC 4K37A 4UTKA 8TIMA 5HR6A 4O17A 3ZS4A 4BI6A 5D38A 4DBEA 3N2MA 5D2WA 4K8HA 5DLCA 3CPRA 2FB2A 4WD0A 1QDSA 5D2VA 5CZTA 4RR4A 2DZUA 3QC3A 1H5YA 4MUZA 1I4NA 2BXVA 3NL5A 1H7OA 2H8ZA 3MBDA 5A8GA 3LLDA 2AGKA 3G0XA 3L5MA 3QSRA 3G18A 3G24A 5CZ0A 4XTIA 1PIIA 4E0CA 4IMCA 1W56A 2QKFA 4JTEA 2OCZA 2CZ5A 1I2PA 4NQ1A 3I7SA 2Y89A 3GNDA 4NJGA 2C19A 1BTMA 4AWUA 2BLEA 2C1HA 3FYPA 3DI0A 5TIMA 5D04C 3GAKA 3TJXA 4XTDA 3G8EA 2ZDRA 3EWBX 1XFBA 3N14A 4K36A 3TC6A 4Z08A 3KVLA 3BGGA 3W7NA 2CLIA 3TFXA 2ZRZA 2H8XA 1KLYA 3USBA 1EA0A 1DVJA 3BGJA 2ABAA 4PODA 3W85A 1RPXA 2OMAA 1W5PA 5KTLA 2ZZ1A 2GQ9A 1YLVA 3E02A 1A5BA 3S9YA 3W2JA 1XDLA 4O50A 3IIXA 2ZTJA 1AG1O 2Y70A 5CSSA 3TIMA 5C55A 3LV6A 3PUDA 1B57A 1QOQA 4H3DA 5J5RA 2QCFA 1LBFA 3G1HA 3B06A 2RH9A 3E96A 3ZWTA 4TMCA 2EGZA 4HN4A 2X1UA 2DU2A 4QM1A 1LBMA 2ZZ6A 3CEUA 3NQ2A 1PL9A 1KBIA 1WX0A 2NV1A 1FCQA 3S1WA 3F1QA 3QQ1A 4MKNA 3QPZA 4UTLA 3VFLA 2GOUA 3PSWA 5IBXC 5G5IA 1IGSA 3LRLA 1Q6RA 5D33A 4POCA 5LKYA 1N7KA 3HGJA 3QF0A 1H1ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1E56 A;  3T0B A;  2D2O A;  3UG3 A;  1NDZ A;  4F79 A;  3G1F A;  4O28 A;  4NAE A;  1XQL A;  3WQV A;  1J01 A;  3VA8 A;  3UGR A;  4PB3 A;  3U9I A;  1VGA A;  3W1Q A;  5H2Z A;  1W5O A;  4Y8F A;  3TSB A;  3MP5 A;  3G1R A;  5HBF A;  3TSD A;  5I03 A;  1RK6 A;  3UXK A;  3KEH A;  3W73 A;  3AWN A;  3ALG A;  1OYA A;  4DB7 A;  4NI3 A;  5JU6 A;  3RG6 A;  4GGB A;  3BCJ A;  3VE7 A;  3PWI A;  3A21 A;  3VKJ A;  4ADT A;  1CI1 A;  2XZ7 A;  4E38 A;  1Y0E A;  2KX9 A;  3FX4 A;  3IRD A;  1VKF A;  4LAN A;  3OA3 A;  1ZP4 A;  1XG3 A;  2ZA1 A;  3VO0 A;  3ERP A;  3IUH A;  4AY7 A;  2X1S A;  4S2C A;  4AFY A;  4JTS A;  1CWY A;  3QTG A;  4U3C A;  4C1N A;  3PAN A;  1XLC A;  3OB8 A;  3PG9 A;  4JII X;  4F0M A;  1QJW A;  4W93 A;  1YYA A;  5DEZ A;  4ZR8 A;  1NFP A;  5I3K A;  4WDT A;  4NAE B;  1FWB C;  2J8T A;  1WDQ A;  4Z2G A;  1M9H A;  5CXP A;  2ZZ5 A;  3DFQ A;  4N0R A;  2ZIC A;  5F4S A;  2QCG A;  1TA3 B;  5B7Z A;  1K7F A;  1J2W A;  1L8P A;  5BZA A;  1XGZ A;  2BVW A;  3W01 A;  3EPM A;  4ACY A;  1GQN A;  1C29 A;  1TZZ A;  3MDU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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