2ZFAA

Structure of lactate oxidase at ph4.5 from aerococcus viridans
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
367
structure length
352
Chain Sequence
YNAPSEIKYIDVVNTYDLEEEASKVVPHGGFNYIAGASGDEWTKRANDRAWKHKLLYPRLAQDVEAPDTSTEILGHKIKAPFIMAPIAAHGLAHTTKEAGTARAVSEFGTIMSISAYSGATFEEISEGLNGGPRWFQIYMAKDDQQNRDILDEAKSDGATAIILTADSTVSGNRDRDFGMPIVQRYLRGTAEYGASKQKISPRDIEEIAGHSGLPVFVKGIQHPEDADMAIKRGASGIWVSNHGARQLYEAPGSFDTLPAIAERVNKRVPIVFDSGVRRGEHVAKALASGADVVALGRPVLFGLALGGWQGAYSVLDYFQKDLTRVMQLTGSQNVEDLKGLDLFDNPYGYEY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
source organism Aerococcus viridans
publication title X-ray structures of Aerococcus viridans lactate oxidase and its complex with D-lactate at pH 4.5 show an alpha-hydroxyacid oxidation mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactate oxidase
total genus 128
structure length 352
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.13.12.4: Lactate 2-monooxygenase.
pdb deposition date 2007-12-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zfaA00
1YXDA 4I7WA 3TIMA 2V82A 1AW5A 3OG3A 3THQA 5CSSA 4LVAA 4OU1A 1ZJIA 3GXTA 3TSBA 1YADA 4M19A 2OT1A 4HPJA 1MZHA 4O57A 5CSRA 1AK5A 4RJEA 1K7EA 3A22A 2J27A 3LOTA 5D30A 5F4WA 4XQ6A 5AC8A 4YL2A 1SO4A 3CHVA 1G7VA 2C3ZA 4FNSA 3V1PA 3TXVA 2QCFA 1TTJA 4PL1A 1BKSA 2YFNA 1KFJA 3CEUA 1XI3A 3C4UA 3W1UA 4FNQA 3W9ZA 3W83A 1SFLA 2Y70A 1F73A 3NL3A 2TYSA 1PCWA 2VENA 2QCHA 1PE1A 1VHNA 3QPYA 4E0CA 3C2EA 2C1HA 3QF0A 3CWOX 3G18A 2YDAA 5BMWA 5HR7A 3MI2A 1OX6A 2A1YA 3S6DA 1SZGA 1WV2A 1TTQA 4X2RA 3N73A 1ZAIA 4UTTA 1OK4A 1XC4A 4UTHA 2QCDA 2NUXA 4DELA 1GVRA 3A23A 4U28A 4NJGA 3WJSA 3NQFA 3WJZA 1LROA 1B3OA 3P5ZA 4LRSA 2VOMA 3QQ0A 1I2OA 2BLEA 1A5BA 3V75A 1OX5A 2CLIA 3FS2A 3N9SA 4LT9A 2VKZG 3DFPA 4PODA 2VFIA 4O1AA 4OV4A 1X1ZA 4J9JA 3IIOA 1J5TA 3JS3A 2V5BA 1D3HA 1FQ0A 2ZZ6A 3LV6A 4N02A 3BLFA 3M47A 3CWNA 4AAJA 5BMXA 4OT7A 1TPFA 4L4LA 2A7PA 4XUGA 5CGQA 2Q3RA 3LXCA 4ZQNA 3DKJA 1DQXA 4HSNA 5F1UA 1VGAA 3U2OA 1DJNA 2C0AA 5G1TA 1ZCOA 1FCQA 1WXJA 3TSMA 4FX6M 4IOTA 2AQWA 2ALDA 3S1XA 1EWDA 3UD6A 1RZMA 2V2CA 3RK8A 2E5DA 3QJAA 2DJXA 2OMAA 3KRSA 3NQ7A 2Q8LA 3S1VA 4S2CA 4BI5A 1LBMA 4IXXA 3VNDA 1QPNA 5DY2A 4RZ4A 4IWWA 3CIWA 5FF0A 1LCOA 4EF8A 1H63A 2ZZ5A 1S3HA 3G0UA 4FF7A 4NU7A 5CKSA 1KFKA 3IVTA 4DQWA 1JRBA 4JICA 1JUBA 4LS1A 5U4NA 3STEA 3TDFA 3STCA 4O4VA 1H7XA 1AL7A 3M5VA 3O1NA 3TJLA 4YWIA 5AYYA 1VLWA 4JTLA 1JCNA 2ZDRA 2H3DA 2R91A 4ALDA 3UWVA 4LUJA 3ABSA 3W7HA 1NSJA 1TJPA 1HL2A 1SW3A 3UY7A 4JTKA 1K03A 3GNDA 2C16A 3F4NA 3G1AA 5FF2A 5FEZA 2GPTA 4FB7A 3EXTA 4FIQA 1Z48A 1KLZA 5HWJA 3TNOA 3W1PA 1SSDA 5KZMA 4MPQA 4UFIA 1MEWA 1VPXA 4CQAA 5CPMA 2B7QA 4IX2A 1VLIA 3AJXA 3CB8A 4NZJA 3FLUA 1H7RA 4UFMA 4FEZA 3GAYA 5AHEA 3LRMA 2NV2A 1GOXA 5TQLA 1HG3A 3VCRA 5F2GA 3OIXA 4MOZA 3T40A 5D03A 1ZFJA 4WX2A 3W7DA 4UTLA 3DHDA 1EX5A 4XTIA 4MY1A 4MYAA 3TV8A 2OT0A 5EA9A 4O54A 1KM1A 3WFAA 3NQCA 4UTWA 2RDTA 3G22A 3NO5A 3LTSA 4FX7A 2CFFA 4O15A 1CI1A 3GR8A 1LTDA 2Y61A 2YR1A 3S8HA 4TIMA 2QUVA 3L21A 3C56A 1NFBA 3LXAA 1KV5A 2FTPA 2GQ8A 1LLWA 1XM3A 1Z42A 4MLRA 3WK3A 2DZWA 1LLZA 2E6AA 1Y0EA 3W1AA 1RQHA 5KINA 2A6NA 3IIZA 4NXKA 2R94A 1Q6QA 3N2XA 3EX6A 4FIRA 4O19A 1BWLA 4OQVA 4WQ6A 1GJPA 1QNVA 3I6RA 4Z1AA 3HBLA 4Z08A 1T0OA 4KFOA 3NM3A 4LOCA 1JJKA 4CNPA 2P1FA 4RXGA 1TPDA 1B57A 2RKXA 4QNEA 2VEIA 5CG7A 1WA3A 3CQ0A 1T96A 7TIMA 4IMDA 3M7WA 1RQBA 3UPWA 4Y9AA 3LB0A 3ABQA 4IUOA 3KVLA 4RZ6A 2CU0A 1K8XA 2ISWA 4WXZA 2J24A 3T4CA 2Q8ZA 4D2JA 2H90A 3KOFA 4JTIA 1RVGA 5K9XA 2OJPA 3MBFA 3QH2A 2HS8A 3QYQA 1LRTA 4N2YA 4JD4A 1KFLA 2QDHA 5AHFA 3HF3A 5EY5A 4BF9A 2NX1A 5C5YA 1GTEA 1LZOA 3EWWA 3P60A 5EL1A 3DFNA 3USBA 3UYCA 5HULA 2LLEA 2C14A 3A24A 1XXXA 3MI3A 3E12A 5T26A 1PL9A 3TC7A 1WBJA 4A2RA 1VS1A 3OBKA 2W6RA 4MLJA 3UWQA 4CCDA 1EP1A 1EWEA 1TPEA 5EPDA 3CPRA 5AC7A 2GQ9A 4ORIA 3UWWA 3G0SA 3PBUA 2YXGA 4N6FA 3UZ5A 2AGKA 2NV1A 1JCJA 2VELA 1EP3A 1QFEA 1TYGA 1OABA 1QR7A 4NXSA 1LRQA 5BNKA 3HG5A 5GVJA 1C8VA 1G6CA 2RFGA 3W2UA 3O15A 2B7NA 4G1KA 2DZUA 2BZNA 3FEMA 4Z1BA 1X7FA 2ZBTA 3P7YA 3S5NA 4EOUA 3UWUA 2X16A 2VFDA 4O1CA 1H61A 1JUEA 1EPXA 2E5CA 5CZ0A 3QSTA 5BW6A 2KZHA 3H54A 5HR6A 3O6CA 1F6PA 5D38A 1SSGA 3RNDA 2RHGA 3BG9A 3SGZA 1W54A 4PL2A 1YLVA 3W7IA 4Q32A 3W7JA 5DN1A 3HB9A 2GVGA 1O5XA 2WSYA 3NEVA 4AWTA 2WJZA 4UUIA 4OGZA 4GNJA 3BO9A 5F4SA 1FDYA 5G4EA 3NG3A 4O4WA 3M0ZA 3NQMA 5HUPA 1OF8A 3L2IA 1OYBA 1AG1O 5G5IA 3IIPA 3LCIA 2QCEA 3PBWA 1W3TA 2QEZA 2Y62A 1AMKA 3MP3A 3W1QA 3MYPA 4AHQA 1J4EA 5BRBA 4TO8A 2X1SA 4A21A 4K37A 5KTLA 4QM1A 1QPOA 1E51A 2EHHA 3PB0A 2ZZ4A 5HJLA 1Q6LA 3NOEA 3L0NA 3TKFA 2GJNA 1RV8A 3EXSA 2CW6A 4IGHA 5D09A 3QW4B 5U7SA 2R14A 1G69A 4TU1A 5D33A 1GQNA 4IPJA 3KRZA 1G4TA 1K7XA 1TTPA 3ZWSA 4I7UA 1LORA 4K8HA 5C55A 3U8GA 2Y63A 4ZQRA 5C2XA 3TQKA 2VEPA 2PC4A 1UBSA 4MZYA 2FPTA 4BI6A 4NNAA 3PVFA 5LNRA 3EWZA 5D2VA 1FDJA 2Y7FA 4POCA 5K2ZA 1KM3A 3G8RA 3TW7A 1Z41A 3DFQA 5K7JA 2P10A 3PSWA 3IGSA 1RD5A 3OVPA 2EGZA 4UNKA 3B04A 3VKJA 4ZQMA 4UNLA 4DPQA 4DO5A 2BTMA 2YZRA 1LYXA 5K3VA 4M5PA 4DEFA 4AHPA 2A85A 4P61A 3R2GA 2EAWA 2J9XA 3NGJA 3TH6A 3LI0A 5IM51 2CLOA 4RCXA 1TV7A 1L2UA 4GUHA 3RF9A 5FF3A 3WK0A 3GDLA 3NL6A 1FWSA 4JY8A 3VFLA 4O12A 5CZJA 3MMTA 3EXRA 4GC4A 4AWSA 1L9WA 1XL9A 4UFLA 4YCOA 1XUUA 4GJ1A 3NL2A 5KSWA 3KVMA 3DFSA 4QQ3A 4UTMA 3M5ZA 3E49A 3RFAA 1TMHA 3C52A 2FPYA 3P62A 1GYLA 1YPIA 1YYAA 3C61A 5BOOA 5I3GA 1GWJA 4IMFA 5F2LA 3IGXA 4QAIA 3THAA 1OG0A 1I2QA 5AN7A 5I3JA 1TREA 4N9EA 5D02A 3G1VA 3KVKA 3H55A 2CLHA 1OHLA 4M6PA 5D2XA 3GDTA 3S42A 2ABAA 1XKYA 3TU9A 3NM1A 2QCLA 3L5LA 3L0GA 1UCWA 3UPBA 1ZNNA 1H1ZA 3G0XA 2YX0A 4JN6A 2XFWA 4H3DA 4WY0B 5KZDA 3SJ3A 5EYWA 2NZLA 1OK6A 1GT8A 4LS0A 1RPXA 3R89A 3KRUA 4JNMA 2WSQA 3W07A 1HO4A 4UFJA 3QFEA 1ADOA 1VYRA 1ZENA 2VFFA 1H1YA 1NAL1 4PCFA 3PUEA 4UXDA 2Y7DA 5LSMA 4IPIA 1GPWA 4QISA 3VE9A 1R2TA 4O0KA 4C1KA 3DHFA 4A3UA 3L5MA 5FESA 2YGYA 2R8WA 4QITA 3DU0A 3TROA 2D73A 4Y6GA 5L6UA 2EKCA 1D3GA 4BK9A 3GXNA 5LHFA 2NX9A 1QMLA 1YDVA 1ICQA 5HMSA 1FX6A 5EKYA 5FEWA 3BARA 4UCGA 4UTIA 3LCGA 2NUWA 3EKLA 1SZFA 4WXYA 4O52A 3UWZA 2ZZ3A 3P81A 3ZWTA 2H8ZA 3TMLA 3KAOA 1OYAA 4LRTA 1JUKA 4RK8A 1N7KA 1ICPA 1EP2A 1PV8A 4ZQCA 1VC4A 2PE4A 4YMZA 1R30A 4UIOA 1OVDA 3NPXA 4NJIA 1AL8A 1KM5A 1S5WA 3IVSA 3GVGA 3TQVA 1Q3NA 4YCPA 5DBUA 1UUOA 3NAVA 4RXFA 1EEPA 1QWGA 1F7BA 1W5QA 4CQ9A 1QOQA 3LCHA 3SSJA 5ABTA 3G1YA 4M7TA 2ABBA 1KTCA 4Q33A 5FEXA 1F6KA 4Y96A 4H4IA 4UTWC 1TV5A 2EPHA 2HTMA 4O8RA 1YTDA 1VHCA 1THFD 1VQTA 1P1XA 3E9AA 3N34A 4O1DA 3EB2A 1ZALA 4ADSA 5I3IA 2CLKA 5J5DA 3MI6A 1XFBA 3DI1A 1W1ZA 4NZFA 4X3ZA 2OCZA 5AYXA 5A5WA 3IIXA 1KW1A 3WK2A 3W76A 3BG5A 3BVJA 1KM4A 4JTEA 3LCXA 1IIGA 1XBVA 2YCEA 1OF6A 4WOZA 1I45A 3EKZA 3I7RA 3W1TA 1CX9A 3NZRA 3C2OA 1Q6OA 3BGJA 5CPOA 5CZSA 3HGRA 4C1LA 4QSHA 2J88A 4MZ1A 2Y85A 3UY8A 2QCMA 3TUUA 2ZQ0A 1M6JA 3NPUA 5L9FA 2VXNA 4MYXA 3C2VA 3W2KA 3W87A 1G7UA 3EX4A 3LI1A 3ZFHA 5IBXC 3HG2A 3EWBX 3W2MA 2JBMA 4XWUA 3MP5A 1FWNA 1EA0A 1EUAA 4LC8A 3QEZA 4LNYA 3RMJA 2VFGA 1VZWA 5LNWA 2BX7A 2VFHA 5DXYA 3PG8A 1W3IA 4AEOA 3BGGA 1O4UA 1DJQA 1TB3A 1YTEA 4FNTA 3GLCA 3HMJG 2QCCA 4KWWA 2X1UA 2G97A 1RQEA 3EWUA 1KM6A 3JR2A 3TAKA 1K8ZA 3T55A 4Y8FA 5AHLA 3W2JA 3FYPA 4QNWA 3W7PA 5TIMA 3M5YA 3NQ2A 4CQ8A 1YDOA 4ZZ9A 5K9DA 5G2HA 3PUDA 5C6MA 3TJXA 4N9CA 1L6WA 1LRNA 4K7YA 1M7OA 2Z1BA 1OFRA 5G2WA 1WBHA 3W7CA 4JTHA 4JR5A 1TPVA 2X2GA 2XN2A 4ONVA 3W74A 1KBJA 4FNPA 3PR2A 4JX5A 3IGUA 5AHMA 4AH7A 4RR4A 4HSOA 1DL3A 1DORA 3TQ0A 1P0KA 1OX4A 3W6YA 1SZNA 3L68A 4L4MA 3KXQA 1ZAHA 2QJGA 5CPNA 3NPWA 4LTSA 3UWYA 1H5YA 3PAJA 1FBAA 1QPQA 2V0TA 2X1RA 1GTHA 1FXQA 2NX3A 2H6RA 3NXFA 4UC5A 3U6WA 4E2BA 4NQ1A 1OFAA 3DKLA 2P0OA 2J9ZA 2E68A 3FKKA 8TIMA 4O50A 4AB4A 1W37A 2WV8A 3W1MA 3LRLA 2A7RA 2UV8G 2C15A 2Y7GA 3B05A 3C0JA 3N19B 4EF9A 4EVZA 3BW4A 4ADUA 2ZA3A 4NJHA 3GKFA 3QMRA 3MHFA 5DCDA 3G8EA 3NYZA 3IRDA 3GK0A 1U5JA 4AXKA 1HTIA 3HJZA 4HNTA 4MIMA 4CCCA 1TCDA 3W7MA 1C9DA 1KV8A 3CIXA 2QCDB 3W2LA 4JYEA 3M5XA 3NR0A 1KFEA 2JGYA 3ABOA 2A7NA 5IBXA 1QOPA 1L6SA 1JCYA 4JTTA 4NX5A 2QJIA 2FB3A 3BG3A 4NNBA 4IXHA 5KMYA 3I65A 2V2DA 3MUXA 4LVDA 4WD0A 1IXQA 4UMAA 1KM0A 2Y89A 3GIYA 1OFDA 2Y7EA 4TMBA 1PCKA 5LKYA 4GUFA 3R5EA 3GDRA 4O1BA 2FIQA 3NQGA 5CPLA 2GVJA 3W85A 2HS6A 4Z0JA 3T78A 4GWEA 5A8GA 4MJMA 2E77A 5H2ZA 1J2WA 2DJLA 2B0MA 2Y88A 3A21A 3DH7A 2CLMA 2XN0A 3P84A 1QPRA 3B0UX 1NF7A 4HNNA 4DO6A 4XKYA 4FXSA 3B4UA 2V81A 1H7OA 2G96A 3W7NA 2E6YA 3HPSA 1GZGA 1DBTA 2E5BA 1O94A 4PEKA 1TRIA 3QZEA 1FUYA 3C3NA 4FX8A 2RDWA 4HHPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4MDO A;  3UJ2 A;  3DEC A;  2GK1 A;  3TW9 A;  3U4F A;  5DRI A;  3GXT A;  3PPG A;  3TSB A;  5HOS A;  2OT1 A;  4HPJ A;  4O57 A;  5GNY A;  2OXN A;  4HCL A;  4RJE A;  3CPU A;  3A22 A;  2CHO A;  4XO7 A;  4YL2 A;  2Y8U A;  2QCF A;  3BLO A;  1KFJ A;  3IS4 A;  1XI3 A;  2FZ8 A;  1NDW A;  5M2F X;  2BBF A;  3W83 A;  4CD7 A;  3WH7 A;  3NL3 A;  2VEN A;  2YCI X;  2QCH A;  4TV6 A;  3W37 A;  3CYJ A;  3QPY A;  2V63 A;  3QF0 A;  1H0I A;  3SUU A;  1YIX A;  1SZG A;  3WUB A;  1ZAI A;  1KRB C;  3ART A;  1OK4 A;  3HU7 A;  2X7W A;  1KKR A;  1GVR A;  4U28 A;  2WCA A;  2J75 A;  3DG6 A;  3NQF A;  3WJZ A;  4LRS A;  3R58 A;  1I2O A;  1MNZ A;  3VNI A;  3HPA A;  3V75 A;  2WMJ A;  2VUR A;  1OT2 A;  3VX1 A;  1J2B A;  2VFI A;  4OV4 A;  4L6O A;  4J9J A;  3SCN A;  5EB8 A;  1J5T A;  1D3H A;  3DES A;  3LV6 A;  3BLF A;  3CWN A;  2D2H A;  4OT7 A;  1TPF A;  3VNL A;  3RX3 A;  3H2M A;  3WBY A;  2Q3R A;  1PIF A;  3WL0 A;  2DZA A;  3LXC A;  4ZQN A;  2IQ0 A;  4HSN A;  1ISW A;  1K1D A;  1WXJ A;  3TSM A;  1EJV C;  1BPL B;  3S1X A;  4L1G A; 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