5CSS | Genus

Total Genus 70

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	70
sequence length	214
structure length	214
Chain Sequence	MYTAIVNLKTYREATGANFTRFMEKFEPVQGKFELIFSPSLLDLEKAAKCGKFRFFAQHVDAEPYGAYTGHVPMDMMIDLGITGSILNHSERRLPRDTIINTLKKASKLDFTIVLCVENAEEAKYFREYEPDFIAYEPRDLIGGDVSVSTAKPEIIEDIVKIYEGTGTSVLVGAGIKTGEDVRRSIGLGARGILVASGVVKSADPTKSLNSLIE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Thermoplasma acidophilum (strain atcc 25905 / dsm 1728 / jcm 9062 / nbrc 15155 /
publication title	Structure and Stability of the Dimeric Triosephosphate Isomerase from the Thermophilic Archaeon Thermoplasma acidophilum. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	70
structure length	214
sequence length	214
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2015-07-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5cssA00

3ANYA 2WV8A 1VGAA 4MZ8A 2QCEA 3FYPA 2CZ5A 1A5AA 3W2MA 2Y6ZA 1VH7A 3HPSA 3L0NA 4UTMA 3T78A 1B3OA 2ZCGA 2Z6IA 4GBUA 4LV9A 1TTJA 4MLJA 5I3GA 1YTEA 3TV8A 3NPUA 1B4EA 3QW4B 2ZRXA 1K8YA 2A85A 1ZJIA 3LHUA 1NEYA 2VFGA 2QCHA 3L0KA 1KFLA 3OVRA 1TV7A 2DJLA 3C2EA 3LI0A 1O5XA 4JDYA 3VE9A 3G8EA 3QRHA 2QCFA 2BXVA 4MPQA 1KV5A 1LBFA 3BLEA 4S1FA 1I2RA 3WFAA 1IGSA 1N55A 3G0XA 1XBZA 2FQIA 5F1UA 4AH7A 4K6AA 3NNTA 2V2DA 1FUYA 4GUHA 3SW6A 2AQWA 3EKZA 1LOQA 3ABSA 1UUOA 4BWLC 1PIIA 4R33A 4U28A 4WUIA 2J88A 1S5WA 2YW3A 3V1PA 3LHWA 4PFMA 3CEPA 1M5WA 5LSMA 5TBOA 2H8XA 2VFHA 3QFEA 3W2JA 4DF1A 3S9YA 1F6KA 1TPDA 4HNVA 3L2IA 1C9DA 3M5YA 3KRUA 1FDZA 5EPDA 2ZDRA 2F7FA 4Z08A 3IIXA 4O15A 5EA9A 3NOEA 4NX0A 3G24A 2FJKA 1FWRA 1PL9A 3IEBA 2X1TA 1P5BA 3SJ3A 4FF7A 3GKAA 3ABOA 3PULA 1QR7A 3EWYA 3QPYA 1Q6LA 4AB4A 1F7BA 2NV1A 5G4EA 3RFAA 3PBUA 1EIXA 2HS8A 3WJYA 3NQ8A 4TMBA 1EWDA 1FCQA 4N6EA 1LYXA 3LBCA 4GUIA 3EXSA 3HGJA 2V5BA 2G96A 1LROA 1JULA 5CSRA 1KLYA 1A5CA 3WK3A 3IIVA 4KFPA 2WPBA 3R2GA 3SECA 1F74A 2W0UA 4UMBA 3L9CA 3EX1A 2ZRVA 2WOQA 2A7NA 2YZRA 5AHIA 4O12A 4O8RA 5FF4A 1ZAHA 4DF2A 3TA6A 3MYPA 4RZ6A 2QR6A 5FF2A 2BX7A 3B04A 3CWOX 4H3DA 2CU0A 4JEQA 3GLCA 4UTHA 4QNEA 4JY8A 1JUEA 1RPXA 1HFBA 2YXGA 2FDSA 2GJLA 4LOCA 4JTSA 3SY5A 4PEKA 1A5SA 2E5CA 1GVQA 1W3NA 2J9ZA 1RV8A 1LLZA 3ELFA 4GWEA 1K7EA 4GJ1A 4GUFA 4Z1AA 2VELA 4DO4A 1WBHA 1NVMA 4U4MA 2P1FA 3NVTA 1KM5A 3C0JA 5K4XA 2CLKA 3KVKA 3BGJA 1VHCA 3DGRA 2RDTA 5CZSA 3P8JA 2GVGA 1VS1A 2R14A 4UMCA 3TK7A 2H3BA 3SGUA 1T8XA 3BG9A 4RXGA 2ISSA 3JRKA 3MMTA 5AHMA 3W7IA 3PG8A 3GDMA 4E2BA 3BG5A 3PB0A 3GVGA 4JX4A 1YTDA 3C52A 3B06A 1IXPA 4PODA 3EX3A 3W7MA 3P62A 1W3IA 1H62A 4NT0A 1JRCA 5F1VA 1OVDA 2ZA2A 5FEWA 2ZZ6A 4RZ4A 2GUUA 4K37A 1JCJA 1EEPA 1S5TA 2YGYA 2CWNA 3CB8A 4YL2A 3CIWA 3SZ8A 1W1ZA 1DBTA 4JXCA 5I3HA 4NNAA 2ZFAA 4OHQA 2DZTA 2P10A 2Q3OA 3P81A 3L65A 1KFCA 5DN1A 2YDAA 2YSWA 3TKFA 2ISVA 1JR1A 1V5XA 3G1FA 4GE8A 2ZZ5A 5K4ZA 5D38A 4BI5A 2XN1A 2WO5A 1ML1A 2NUYA 3U6WA 1FX6A 1NAL1 5CG7A 3BK0A 3LCWA 4GFSA 3SIZA 3O16A 1F2JA 1HL2A 2XFWA 3N14A 4XBSA 1XBVA 2ZRZA 5CZTA 1BTMA 3BLFA 3LCHA 2I9EA 4JIPA 3UY8A 1PCWA 2ZRUA 3TE9A 2NWRA 2X30A 1G7UA 1WDWA 4FX7A 4ZQCA 2NUWA 2FPYA 4JY9A 3GIYA 1D9EA 4POCA 1UUMA 1TPFA 5AOUA 2DZWA 3PS7A 3PBYA 4Y6GA 1U5JA 1ME9A 5FF0A 1GOXA 3NQ6A 2A4AA 1G6CA 3UYCA 3LDVA 2ZTKA 3ZWTA 1W54A 4TR9A 1OK6A 4YMZA 3GDRA 1YADA 1H7XA 3TJLA 2OX1A 4DF0A 4XBKA 3W75A 2Z6JA 3CU2A 3QZEA 3W1RA 1MEHA 4UTJA 1Q6OA 3U8GA 2VFEA 2HMCA 3QEZA 1HTIA 3GX9A 4ORIA 3YPIA 1K3UA 3CIXA 5J5RA 1GVOA 2QCCA 5AC6A 4LW7A 5FEZA 5DLCA 4WQ6A 1FBAA 1VRDA 4JN6A 4LUIA 5D09A 5C5YA 3W7GA 4HPXA 3STEA 3LRMA 5HNRA 2V5LA 3LGEA 2Y7GA 4UR7A 4RJEA 1SO5A 2XN2A 4X22A 1XC4A 1SO6A 4H4IA 1R2SA 4J9JA 4O17A 2BZNA 2Y7FA 3DHFA 1KM6A 1XI3A 4O53A 1W5PA 3WJZA 1DOSA 2E09A 1NSJA 2ZA1A 4FEZA 5D2VA 3ZS4A 2ABAA 3LCXA 4JTEA 3UZ5A 5AHLA 1GG0A 2D73A 3LTYA 2C13A 4HSOA 1WX0A 3USBA 5LNSA 5G2HA 3R8RA 4RCXA 4PC8A 1ME7A 2E6YA 3S5YA 1TTPA 4IX2A 5F2MA 3S5OA 3GXTA 3LLFA 1AW1A 3KAOA 1TPH1 1GWJA 3C4UA 2WSYA 1L9WA 4Z1BA 2E6AA 1FCUA 1MZHA 1SSDA 5LZLA 1W37A 3PBVA 4AAJA 3DFTA 4IGHA 2R91A 5G2WA 3BW4A 1O5KA 3TAKA 3W74A 5F4WA 1DVJA 3TQ0A 2DORA 1QPOA 1JCXA 4MY9A 3C61A 3DHDA 2JK2A 2WKJA 2A6NA 3E0IA 3M7WA 4TIMA 3N2MA 1EP3A 2PRMA 3GDTA 4Z0JA 4N2YA 4WY0A 1I2NA 4BR1A 3EWBX 3K30A 3F03K 5LGXA 3TQVA 4GC4A 2A0NA 3MP5A 4O11A 4YLWA 1TPEA 3FJLA 3BLIA 4JNMA 2V81A 2LLEA 3W6YA 3HGSA 2CZEA 3PVFA 5HQEA 4FX6M 1FWNA 3W1PA 1XXXA 3N9SA 4UCGA 4O0ZA 4E0CA 4UFMA 3GDLA 5T26A 2E5DA 3FEMA 1YPIA 4MIMA 3LXCA 1JVNA 2R94A 3HPXA 3UNDA 3QMSA 3EWZA 4JICA 1HO4A 5FF3A 2PRLA 4N4QA 3I65A 1W31A 2QF7A 5DCEA 4MY1A 2WJZA 1ICQA 4FNTA 4IXXA 2YYTA 3G3MA 4DO6A 1X1ZA 2X1UA 3G1YA 2CLIA 3N34A 2DU2A 4BI7A 4ZQMA 4KWWA 2QCGA 5LHFA 2A6LA 3Q94A 1LM1A 1W0MA 3HIJA 1EX5A 4C1LA 3LLDA 3C2FA 2ZA3A 1D3HA 3RLVA 1CW2A 1VC4A 5CZ0A 2HTMA 2Z0IA 1OFOA 1GYLA 5LNRA 4N9BA 3W7RA 2HS6A 3QF0A 1Z44A 5I3JA 5HR6A 1K03A 1SZNA 3L21A 1VYSX 3M16A 1HUVA 4OWGA 1B57A 2V2HA 3KXQA 1WAUA 3NYZA 4O4WA 4LVFA 4M7SA 2WNQA 2RH9A 1JCNA 4MYXA 2E77A 5EKYA 3W76A 4ALDA 1NF7A 4BK9A 3A5FA 1M6JA 2V82A 3LV5A 3M43A 4OE7A 1VJIA 2DZUA 4ZL1A 1SZFA 3KOFA 3ATZA 3FYOA 3PG9A 1FWWA 1TQJA 1LOLA 2QUVA 3ZFHA 3TUUA 2EKCA 4M6VA 3EB2A 1ZY9A 3UY7A 1UASA 3W88A 4K8HA 3FIGA 1ZHAA 4FNUA 5AB3A 3NQEA 1BKSA 4K36A 3QJAA 3G1XA 2W79A 3BG3A 1DL3A 1SZGA 3DH7A 3P84A 2OZ0A 5HWNA 5U7SA 4PL1A 1AW2A 2NXIA 3F1QA 3LV6A 2A2IA 4DBEA 1QO5A 4P61A 3DFOA 1CX9A 2OT0A 4HKPA 2YYUA 5DCDA 5C54A 1SU5A 3SR7A 3NAVA 3UWZA 4QISA 1W5OA 1GZGA 2QDHA 4N4PA 1R47A 4PCFA 3UXDA 1KTCA 3INPA 5AYYA 3KFTA 2Y7EA 4AF0A 2O7QA 1VYPX 3T7VA 1K8ZA 2OMAA 2DZXA 3PF3A 4NVTA 4GXMA 1Q6QA 3M9YA 5KZEA 1JQVA 1F76A 5CSSA 2EF9A 2YW4A 3QMRA 2NX1A 3N19B 1ZAJA 4EF9A 3WJXA 2VENA 2Z2UA 4ML9A 4H6KA 3CTLA 3W2NA 2VEKA 1OFDA 3MHGA 1R2TA 1GVSA 4HPJA 4CCCA 1A5BA 2VEPA 3M5XA 3M5VA 5DBTA 3WK1A 5AC8A 2CW6A 2G97A 4BFAA 4AWSA 3PUOA 3W2KA 3W7HA 3G1DA 5IBXA 2PE4A 5CKSA 4O13A 2WNZA 4QSHA 1KBIA 2DZPA 1A50A 1TJPA 4FX8A 4MZYA 1QFEA 1MEWA 4HT3A 2FLIA 4G1KA 3W22A 1B4KA 2Y88A 4UFKA 5FEPA 4WY0B 3W1LA 1JUBA 1BWKA 4JX5A 1MSSA 3NXFA 3G8RA 1F73A 4JR5A 3LTPA 3NQVA 4I7WA 1O4UA 1VR6A 1W5MA 3PUDA 3N2XA 3STFA 2A7PA 4ZQRA 1OYCA 4UNKA 4UTUA 1H61A 1J4EA 3LX9A 3LHZA 4CQ9A 1LRQA 4K38A 4B5NA 3DXIA 3L68A 3Q58A 5FF7A 5KSWA 2X2GA 2ABBA 5D2XA 3C8FA 2NXGA 1XDLA 4EVZA 3O07A 3W7QA 4UFJA 3TMQA 1VYRA 1H1ZA 1X7FA 2BWGA 4OV9A 4ZMGA 3G3DA 3A22A 1K8XA 4UMAA 1YDNA 3M44A 3HG3A 3OHIA 3TSDA 3MUXA 2WQPA 1MEIA 2VFDA 4FNRA 4NU7A 5A5WA 3CLMA 4MY8A 2VXNA 3IIPA 4HN4A 2Y63A 3TW7A 3PM6A 2J9YA 1Q45A 3UZJA 1EP1A 4K8EA 3IVSA 3NGJA 1VLIA 4ZZ9A 3W7EA 1GVFA 1LRNA 2VEIA 1F6PA 4CCDA 2GVJA 3L5MA 3PAJA 2ZZ2A 3LCIA 2J6XA 3GR7A 3W86A 1DKWA 1JCYA 1RD5A 3W7JA 4O0KA 3RMJA 1RQEA 3TROA 1FY6A 3O6CA 4BI6A 4IMFA 2A1YA 1QWGA 6TIMA 3QPZA 1ICSA 2A5HA 3NPXA 3B4UA 1FDJA 2B7NA 3QSTA 2QCMA 4IX0A 4UUIA 3HO8A 3PY2A 3KRZA 3STGA 3VFLA 5D33A 4CNOA 3ZR4A 1WQ5A 1SUXA 1QNVA 2E1DA 2FB3A 4CQAA 4UTLA 3FFSA 1WOAA 3W2LA 3EXRA 1PHWA 1GYNA 4MYAA 3QM3A 4XZ9A 2RDUA 3GZ3A 1OF8A 2YFNA 2ZYFA 1GT8A 4O50A 4N9DA 1Z48A 1IXNA 3MHFA 1FWTA 3GDKA 5AFDA 4Q33A 4WY0F 4O1CA 3EX2A 1AL8A 2QJHA 3AO0A 1R2RA 1OX4A 3A5VA 4JTIA 4R53A 2JKPA 1LDCA 1T96A 2NX9A 3S8HA 2HSAA 4Z0SA 3H53A 2GQ8A 5KITA 4I7VA 3T44A 1IF2A 2QJGA 5K9XA 4I9AA 1SPQA 4JD4A 4ZVJA 5C55A 3DENA 4IMGA 3W1TA 3DZ1A 4JYFA 4HNTA 1MO0A 3FKRA 3NDOA 3QQ1A 1XDMA 4LS2A 4A22A 1RR2A 2H90A 3M6YA 3HG4A 4AF0B 5IBXC 3A9IA 1GG1A 3CQ0A 2X1SA 4OQVA 4UTKA 1I4NA 2B7PA 4OBTA 1ZALA 2QCNA 3KVLA 1WYIA 3UD6A 4HNUA 2J24A 1GTHA 2GJNA 1ZENA 3TDFA 3LTSA 2GQAA 4NX5A 3S0CA 3HF3A 1TPC1 3NQ7A 1TSIA 4LC6A 4KWVA 3H54A 3W1XA 3CC1A 1LP6A 5G1TA 4MFDA 4LU0A 1TV8A 3THAA 2JKEA 3S1XA 1FQ0A 1PVNA 3G22A 1JJKA 4MVAA 1OX5A 1DQXA 3NQMA 2ISWA 3NPVA 3RLUA 3NM1A 3Q37A 1H7PA 2TMDA 2ZRYA 4UXDA 3B03A 1L6YA 2NXHA 4UNLA 3SGZA 3TCEA 3H55A 2Y70A 4TMCA 1KM2A 1VHNA 3SI9A 4UTTA 1AG1O 4FO4A 1YXCA 2QUTA 3I68A 1IXOA 3I7RA 2OT1A 1TTQA 2ATSA 2Y7DA 3HB9A 3MHUA 5IM51 4JGDA 5AYXA 4LS0A 3M0ZA 3M5ZA 5CPOA 1LTDA 1KW1A 1XM3A 3OVPA 4FXSA 1VLWA 1O95A 2UV8G 1D3GA 1ZNNA 2G5WA 4W9TA 4LV4A 4Z1CA 2TRSA 2X1RA 5CZJA 5GVJA 4Q4KA 3HGRA 4X2RA 2JGQA 2G95A 4OGZA 5BMXA 3DI0A 2NZLA 1EB3A 1AW5A 4D2JA 3PB2A 4QJ1A 3VI2A 1KFEA 2FB2A 5A8GA 2C1HA 1KFJA 2J27A 2EGZA 1YXYA 3TXZA 1Z41A 1WOBA 1GTEA 3OBKA 4O10A 3R5EA 3TR2A 1FXPA 1IXQA 2C18A 2FTPA 2ZBTA 3BO9A 4CNNA 1TMHA 3P67A 1M7OA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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