3B06A

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with reduced fmn and dmapp.
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
DIVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Covalent modification of reduced flavin mononucleotide in type-2 isopentenyl diphosphate isomerase by active-site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Sulfolobus shibatae
total genus 142
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b06A00
3KVJA 1EWEA 1T96A 5IBXA 1K03A 3H53A 4M5PA 1TV7A 1RD5A 2LLEA 4AF0A 3HMJG 4ALDA 3PBVA 5TIMA 5C55A 3T40A 1I2PA 4PTNA 4JNMA 3K30A 2IQTA 4X9SA 2NZLA 4UUIA 3M1ZA 5EA9A 4DXVA 1H50A 4A29A 1KBIA 3FYOA 5DLCA 5AHNA 5G2WA 5K2ZA 3CEUA 3E49A 1DQWA 1H7NA 3ABOA 3D0CA 4K6AA 2CLOA 4JTHA 3BG9A 1U5JA 3CHVA 4JY8A 2DJLA 2Y89A 1F6KA 3A21A 5BMXA 1SFJA 2ZYFA 1TCDA 3TH6A 3TCEA 3WJXA 3W7OA 2EGZA 2Y6ZA 3TV8A 4I7WA 3W2UA 1TQXA 1G67A 3WK2A 2BSLA 4MYXA 3L9CA 2OZ0A 3TDFA 1QPQA 4K8EA 3PBWA 3JR2A 3N2XA 3LV6A 4LWWA 1FX6A 3F4WA 1LOQA 4UNKA 3STCA 3M7WA 5C54A 3BPWA 2DU2A 1GYLA 4UFJA 3ABRA 4W9TA 4DF2A 2ISSA 4NJHA 2A6NA 3NQMA 4CQAA 3ZR4A 5EMUA 3WJWA 3N19B 3NM3A 1LROA 3W1LA 3TR2A 3LGEA 3C2EA 3W9ZA 2A21A 6TIMA 4K7YA 3MUXA 1SSGA 3KVKA 5DCEA 3MYOA 3P81A 1AL8A 1VHCA 2V2HA 4UTUA 2YPIA 5D05A 3DI1A 3O8AA 1RQBA 1TIMA 4FNQA 2ATSA 4OT7A 4EVZA 4MZ1A 2QCDB 1K7FA 5HR7A 1WX0A 3BK0A 2G95A 3FKKA 2YFNA 3TE9A 4UTWA 1LBMA 2QUUA 1TREA 1GVOA 3U6WA 3W74A 3LV5A 3GAYA 4OQVA 2P0OA 5CSSA 3W76A 4NNAA 5KITA 3C2FA 3DHDA 5IM51 3W7PA 1IIHA 3P80A 3L0KA 3FJLA 5D2YA 4N4QA 3HQ1A 3KOFA 4HT3A 3C52A 3LERA 2ZRYA 1L6SA 1W5NA 1KM6A 2V9DA 4MLJA 1HTIA 3C3NA 1VLIA 1IIGA 1RVGA 3MMTA 5H91A 4O0ZA 5AC6A 5F1UA 5HWNA 2QKFA 2B7QA 2GUUA 3ELFA 3W1TA 4Y6GA 3NPUA 3NGJA 4IX2A 1YYAA 5HWMA 3SECA 3SGUA 3WJZA 3WFAA 1MSSA 1NVMA 1VHNA 3BLIA 1P1XA 1UBSA 1KFBA 3M9YA 4Z0SA 2QJHA 2VFFA 5KMYA 3ABQA 1QAPA 3NPWA 4BK9A 4E38A 5D04C 4MY8A 2ZZ6A 5TBOA 2QCLA 1DVJA 1XBYA 2KZHA 1L9WA 3SZ8A 2FFCA 1YTEA 3BW3A 3LHWA 3HGJA 1ZCOA 5I3IA 1YDNA 4HNTA 4RV8A 4PC8A 2QAPA 1AG1O 2R8WA 2OCZA 4A22A 3IEBA 1S5WA 3GKFA 4XWUA 2QCMA 1ZALA 2QUTA 2A4AA 2QR6A 4MUZA 3P7YA 3NL5A 3I6RA 5CPNA 5SWUA 4NVTA 2YXGA 4WY0A 4LTSA 3DU0A 3M5YA 4TMCA 3PULA 4DBEA 1Y0EA 2Y70A 2ISWA 3RLVA 3QMTA 4POCA 1NFBA 5AHIA 3NVTA 1G69A 1LLZA 3SFKA 4RR4A 4O12A 4QITA 4KFNA 3O6CA 1OX6A 1ME7A 1EB3A 1TPEA 2FPTA 4CNOA 4IX0A 1W5MA 4RCXA 2V81A 1HFBA 1FXPA 3A24A 4IUOA 3NQ6A 1EA0A 1EWDA 3ZWTA 2A85A 2B7NA 3USBA 3L0GA 4JD4A 1K8ZA 2G97A 2GVJA 4WQ6A 2BX7A 4NJKA 3QPYA 2DORA 4O54A 8TIMA 2YYTA 1KTCA 3UZ5A 4A2RA 2E09A 4DBDA 5IBXC 3P62A 1W0MA 1YDVA 3UWWA 2E1DA 3G1SA 2B0MA 5AHEA 3TIMA 4JX4A 5GVJA 3HBLA 4NNBA 1VZWA 3W2JA 2YW3A 3NNTA 3DHFA 2CZEA 1AW1A 4MJMA 1I2NA 3LM7A 4IPJA 1G4TA 1W31A 2E6YA 2YCEA 3PBYA 3OG3A 4GJ1A 2CLIA 3W7HA 1C29A 1IXNA 2ZZ5A 4UFKA 1X6UA 1TV5A 4UMCA 4XQ6A 5FF2A 1YDOA 3LB0A 1PHWA 2JBMA 4IQLA 2ZBTA 2Y7FA 1YLVA 2PURA 2C3ZA 3A22A 4UFMA 4UTHA 2ZA1A 1K8XA 3CLMA 3YPIA 2I14A 1HO4A 2QAFA 3LHTA 1TPH1 5C6MA 4UTIA 5KSWA 2CLMA 2ZRWA 4UMBA 4LUIA 3M5ZA 1EPXA 1ONRA 3RMJA 3LTYA 1FUYA 1WDWA 1OFQA 1XXXA 2W6RA 2YFOA 3LCFA 1O95A 5A5WA 1K3UA 5KZEA 4EIVA 2BLEA 3NXFA 5K7JA 3B0PA 2Y7DA 1XKYA 1QMLA 1KFLA 3UPBA 4LC6A 3QF0A 4TX9A 3HPSA 5G1YA 1SO3A 1KM0A 2C16A 5AN7A 1G6CA 3PSWA 1J4EA 4Z1AA 4JY9A 3UXDA 4BR1A 1TPUA 3GDRA 2YSWA 3SSJA 2BXVA 1OFOA 4RLIA 1G7UA 3S1XA 2R91A 5C5YA 2H8ZA 4NJGA 4ZVJA 3MP4A 5FEZA 4NNCA 2VFHA 4LVFA 4PL1A 3C8FA 4N2YA 3ANYA 3UYCA 1WOBA 4O1BA 1UB3A 3B05A 2NWRA 1AW2A 3VCRA 1KM5A 4ADUA 1LCOA 1O5KA 3OBKA 1ZHAA 5CZ0A 4A3UA 1TJRA 3RNDA 4QM1A 3QQ0A 3FS2A 3PUEA 2NWSA 2ZRZA 3NQFA 5HMSA 2ZCGA 2DJXA 4NJIA 3W84A 2WNNA 3NAVA 4YCPA 3N73A 3H55A 3PB2A 3DXIA 4FNRA 3W7IA 2C1HA 4JICA 4UFLA 1ZENA 4O17A 3B04A 3W7EA 1TTPA 5K9DA 3GNNA 3C4UA 4OV4A 4UFHA 3DFPA 4MVAA 4AXKA 1Q6OA 3KRSA 1H1ZA 1THFD 2ZZ4A 3M5XA 1M7OA 3CPRA 3B4UA 3STFA 1H61A 5U4NA 1OX4B 3LCLA 4WY0F 2A7RA 3LHYA 5LHFA 1QCWA 3B0UX 3IVSA 1RPXA 2AAMA 3PB0A 5J5DA 4GUJA 4KWWA 2R14A 5DY3A 4Z1DA 5HNRA 2DZSA 1GG1A 1W54A 1LYXA 1TJPA 3PS7A 1X8FA 2YGYA 1JCYA 5F2LA 4MFEA 5AB3A 4HNNA 3N34A 3QM3A 2TRSA 2BWGA 3HPZA 5EPDA 1SR9A 4CNNA 1KTBA 2H3BA 4H6KA 3L5AA 1TPB1 3NL6A 1B57A 4TIMA 2A2IA 2VEPA 3PBUA 3NQVA 1UUOA 1SZGA 2Y62A 5BW6A 4NXKA 4AHOA 5AC8A 1OFPA 1I2QA 1U83A 1JCLA 3F1QA 3PG9A 4QSHA 1GVSA 2FJKA 4O1AA 3LLDA 5DBUA 1T0OA 5EKYA 5AOUA 3FJ6A 3W85A 2V2DA 4ORIA 5HQEA 3UWYA 2HTMA 2XN1A 3W07A 3NZRA 4CCCA 4JDBA 2CLEA 2EHHA 3W1AA 4DF1A 3NQGA 2GVGA 1W3TA 2PC4A 4OV9A 1GJPA 3AO0A 2V2CA 1I2OA 1LBLA 3LHUA 3W72A 4N9DA 1I4NA 3PR2A 4GRSA 2D73A 4N6FA 1SZFA 2YW4A 1X1ZA 3N9SA 1SFLA 4K38A 4I7VA 4HPXA 4UCGA 2WNZA 1XDMA 5CSRA 1TTQA 2XN2A 5DBTA 2I9EA 3T4CA 3B8DA 3MWAA 4O15A 4RXFA 4O13A 5HWJA 4MY1A 3V1PA 4HSNA 2GOUA 1N8FA 5I3JA 4XUGA 3LRLA 4MZ8A 1QO2A 4WXYA 2X1RA 3NYZA 2YR1A 4U28A 4WOZA 3W1PA 1D3HA 2JKEA 5D30A 4JS3A 5G2HA 1G4PA 1OHLA 4X3ZA 3F03K 3MP5A 3W7JA 4P61A 1H7OA 1BKSA 3O05A 1YTDA 5CZTA 3LXBA 5F2GA 1B3OA 5BMWA 3R8RA 1SZEA 4Z0JA 1WBJA 4I7UA 4O8RA 3TAOA 3UWVA 2CZFA 3EX3A 4JTEA 4FX6M 1Z44A 3KRUA 1TPVA 3S1WA 3GDKA 5K9CA 3W1NA 1RZMA 3DKJA 4AMAA 1AW5A 2HMCA 5AYZA 2FPVA 4QIUA 2OX1A 1VCGA 1S5VA 3QH2A 2RFGA 3IGUA 1W5PA 3HGSA 2CLFA 2A6LA 2C13A 2H6RA 3I68A 1GWJA 5DCBA 4JYEA 1VR6A 2JKPA 4DO4A 2Q8ZA 3IRDA 3IIVA 1KLZA 1R2TA 1LBFA 4LV9A 4A2SA 4NU7A 1OG0A 3S5YA 2RDTA 1I8JA 1OABA 2Z6JA 4RJEA 5EY5A 5C2XA 4FXRA 1YXCA 1F5ZA 3P82A 1OF8A 2QCHA 3MHGA 5FESA 1FCUA 3IIPA 2BZNA 1WXJA 3W1XA 5T26A 2NXIA 3VFLA 2GVLA 3ZWSA 1D9EA 1FDYA 4CCEA 1H63A 4JTLA 4OHQA 2TPSA 2PE4A 4Y8FA 3R89A 3KHJA 4O52A 1KFKA 3QYQA 1GG0A 3TC6A 4BI5A 4XKYB 1SZNA 3Q58A 1TMHA 1W37A 2Y61A 7TIMA 3G8EA 3R5EA 1ZAHA 2A1YA 6ALDA 4ZL1A 2J27A 4R53A 3W71A 1GVFA 1KM2A 1N55A 3C61A 3W6YA 3Q2DA 3QPZA 5LHEA 1G7VA 4IGHA 3QC3A 3TJLA 5D02A 2RHGA 4L4LA 1FWSA 1Q6RA 2HS6A 3FA5A 1W5OA 2CLLA 5F4WA 2V8ZA 3S8HA 2V82A 5I3FA 2WO5A 3LHZA 3WK0A 4GWEA 5E1QA 4HN4A 2NUYA 3WK1A 1OFBA 3B06A 3G3DA 4JDYA 3EXSA 1JUKA 3G1DA 5D33A 2NX1A 2ZA3A 4JTJA 3SGZA 4ONVA 2VKZG 3W1MA 1A5CA 4LU0A 4KWVA 5I3GA 3EWUA 2Z6IA 3G1HA 4UNLA 3IV3A 4NQ1A 2PRMA 3VNDA 2PCQA 1TPC1 3LTSA 3SR7A 4O4VA 2E6FA 3KVLA 3MP3A 4P2VA 4N4PA 4AWUA 3LXAA 4IJBA 3TJXA 3PF3A 4AEOA 3DGRA 3GK0A 3O15A 3GIYA 2B7OA 4LRTA 4LRSA 3PWAA 3KFTA 1EP3A 2A0NA 4H4IA 3NQAA 1HO1A 3NDOA 2Q3OA 1KFJA 1DQXA 1YADA 1OX5A 1NSJA 4JTFA 4BI6A 1O5XA 3HF3A 3L67A 4UMAA 2VENA 4O16A 3QW3A 1W5QA 3TQ0A 3P84A 1TPDA 1O4UA 4JX6A 2WSRA 3EXTA 4S2CA 3M41A 2FB3A 4NX0A 2QCDA 3GNDA 3G3MA 3NEVA 4JR5A 1FWNA 2BTMA 3W1RA 3FYPA 1K7XA 3BLEA 4DO5A 2XFWA 3KAOA 4U4MA 2O7SA 5L6UA 3U2OA 1KM4A 3M47A 1SQ7A 1K7EA 3TAKA 3B0VC 4IMEA 4YXGA 1I2RA 4A21A 2X30A 4C1KA 1EP1A 3GYEA 3I7QA 5FF4A 1FDZA 1P4CA 4Y90A 3SI9A 3IGSA 2ABBA 4NJJA 1KFEA 4BWLA 3E12A 1EP2A 4FF7A 3S42A 4BF9A 2E68A 4HNUA 4N9CA 2TSYA 2J24A 1VS1A 1SW0A 3FEMA 3PSVA 3DFOA 1FBAA 3ABSA 4IXXA 2C14A 4LS2A 1GYNA 1ZAIA 1LRQA 4ORMA 3STEA 3G0UA 2ZTKA 3IIZA 1T99A 2WKJA 4MPQA 1QFEA 5AC7A 1RV8A 3L66A 5D32A 3O6YX 4HHPA 2ATMA 2W79A 4MKNA 4PL2A 4FNTA 4UTKA 3LBMA 1JJKA 3EWZA 5F2IA 5F4XA 3W2NA 4G1KA 3I65A 1AL7A 3O6DA 1VPXA 1IF2A 2VEKA 4UR7A 4MYAA 1CX9A 1JR1A 1UCWA 1VCFA 1PE1A 1ME8A 2ZZ7A 1LP6A 3EX4A 1J2WA 3TW7A 4AAJA 1V5XA 2C6QA 5KTLA 3EWBX 3TU9A 4MY9A 1DBTA 4NXSA 4XBSA 1A5AA 3L65A 4OWGA 4TMBA 2HSAA 5DN1A 3GDMA 1SUXA 3CTLA 5G2IA 3QFEA 3OIXA 3O06A 1NAL1 5F2MA 1LORA 3TKFA 1WBHA 2NX3A 4M19A 5K4ZA 3CT7A 1P0KA 3TFXA 1LTDA 3PUOA 4AHQA 2YDAA 3ZS4A 1X7FA 3BG3A 1BTMA 3GX9A 5A8GA 2P10A 4WXZA 3GXTA 3PY2A 1MEIA 4O1CA 1Z41A 4CCDA 2CU0A 5E0KA 3W88A 4DQWA 4MZYA 1LRNA 1JVNA 3QW4B 4LNYA 3TA6A 3JS3A 3EKZA 3DFTA 3IVUA 1S5TA 4HSOA 3VI2A 3BO9A 1JCMP 2CFFA 2E6AA 3BW2A 4ICNA 3HGOA 1YPIA 3M5VA 4EWND 5H2ZA 1WYIA 4YCOA 4O28A 5U7SA 2HS8A 1LM1A 1X1OA 3W3OA 3P61A 3EXRA 5AHLA 4Y96A 1UUMA 2QCCA 1L2UA 5HUPA 4X2RA 2X1UA 4DEFA 3CWOX 1B4EA 2NUWA 3W7KA 4M7TA 1WV2A 4ADTA 4UTWC 1EIXA 2EAWA 5K3VA 3LRKA 4Q32A 1HL2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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