4NNAA

Apo structure of obca
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
524
structure length
493
Chain Sequence
TSLYITAAPIGAVPFLDPFEATFIPSFLLEGFFDADRCASIAADLKTDGWEVVPAGGRLLQVGHAQPIRWTRHPPRLAAPNAAHFPPWLAALSNKLARRIVLQLTTYGWIVSEQGDLLWEHERQHHYLPPALIEAIEKESPALLKNMEEAGWIACAAGYWQAGKARSPYLPITPEAITEETIRSMRAGAAVVHLHTRDLSDRRRIEIPGLGVVTVGSQRNQIVLDDYDAIVPMVKREPAAILNLSTSVRGDRHGARSKLRRAHLFYDDVGSAPEVASLSPAAVVFQGGGGYDNAPDFLDAQFDHFERVGTRPEVEVFNHAIVDNATSLYRDRLLRTGKPVLFMLVAGVDQYRRDPITGEVEDDSLIARVVREEISSLLADESADSHRRAVELAIGQLRPVVERLRASFPVSKISILLPGPMQNLLVDVALGLGLDGIRVGLEDGLTVNDARVPGGVRARGTWEQVSLVREELLGRGATILTAAQVRDMFGLGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Basis for Bacterial Quorum Sensing-mediated Oxalogenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OBCA, Oxalate Biosynthetic Component A
molecule tags Lyase
source organism Burkholderia glumae
total genus 158
structure length 493
sequence length 524
ec nomenclature ec 4.1.3.-:
pdb deposition date 2013-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05853 BKACE beta-keto acid cleavage enzyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4nnaA01
2WSQA 4AEOA 3R5EA 3G8RA 4JTIA 4N4PA 2VEPA 2X16A 4AF0B 1FWNA 2Q3RA 3MI2A 3W7NA 3BW4A 4ORMA 1XXXA 2J9ZA 2WSYA 4O10A 2DU2A 3QH2A 1XCFA 3UWVA 2V2CA 1QO5A 3V1PA 5F1UA 3YPIA 1PL9A 5AC6A 1UJPA 4FNSA 2VELA 1C29A 3NL6A 1GZGA 1B4KA 1H62A 2QCCA 4O1AA 4OGZA 2DZXA 4OV4A 2VKZG 4EWND 5HINA 1ZAHA 5K9CA 3NQFA 3Q94A 1MXSA 4MY1A 4WY0F 1SFJA 2YFNA 5C55A 1QDSA 1OVDA 2QUVA 1JUKA 4E2DA 5H91A 3NQDA 3EEGA 5U4NA 1Q45A 3NM3A 2E6FA 4M19A 3TW6A 5AC8A 5AB3A 1S3HA 1W37A 3PUDA 3K30A 1FWRA 3QMTA 3BW2A 4QITA 3DHDA 3QW4B 3DI1A 1SFLA 1T8XA 4RV8A 4HPXA 4M6VA 2NXGA 1H60A 2X30A 1H50A 3Q37A 4LVFA 3W22A 1GEQA 5C54A 4LV4A 1FCQA 1RD5A 2ISSA 3S1XA 2NV1A 4UFKA 3RNDA 4TX9A 4A21A 4WX2A 2X2GA 3P74A 4IMDA 4OV9A 1EUNA 2OX1A 4DPPA 1XI3A 2CLKA 2A6LA 3D0CA 3PB0A 3A5VA 5D2YA 4GJ1A 2E1DA 4AWUA 3N14A 4ICNA 1MO0A 3W7CA 3LHYA 4PEKA 5BOOA 1TPDA 3LRLA 1PV8A 2X1RA 3ZR4A 3M43A 3HGSA 2VFFA 2NWSA 3W7KA 4OWGA 3IIXA 1K02A 1W8SA 1DKWA 1TPWA 3BGJA 4UTLA 4HNVA 3LRMA 3KXQA 4MYAA 2Y61A 3TQVA 3VE9A 4O4WA 4UMCA 5I3IA 2WPBA 3NNTA 1WOAA 4BI5A 1H7WA 5CZTA 2CWNA 1XDLA 3NPWA 3ZS4A 5AN7A 2R14A 1O95A 1E51A 1CW2A 4X2RA 3LI0A 3LCHA 2CW6A 3DFOA 3NYZA 4ZQPA 4UIOA 1FXPA 2Y7EA 2YW4A 3MHUA 5C5YA 2ZRVA 3OVPA 4K36A 5HQEA 5KTLA 4QJ1A 3TKFA 4KFOA 3IIOA 5GVJA 1XBXA 4CQ8A 1W3IA 3TV8A 1UCWA 3NZRA 1XBZA 2QF7A 3P67A 4M6QA 3O8AA 2Y63A 3P82A 4IX0A 4IPJA 1JQXA 1U83A 2ZQ0A 3PAJA 3CC1A 3W70A 2VOMA 1KM2A 1WBHA 4UTUA 2BX7A 3GXNA 4DF1A 3OVQA 4YL2A 4UR8A 3PUOA 3T55A 1KTNA 3KVKA 3ATYA 3QF0A 1KFKA 3TFXA 3MBDA 4UTWA 3SY5A 3CU2A 4O1CA 3STEA 1F6PA 1K7XA 2C18A 4MUZA 1P0NA 4JIQA 2YX0A 1TO3A 1G7UA 1JUBA 2CLEA 3W87A 4IJBA 4O0ZA 3TU9A 1ICPA 1TYGA 4LVAA 4Y6GA 4HKPA 3BG9A 4BI6A 1HFBA 5F4SA 4JDYA 2FIQA 1LM1A 1IIHA 1OF6A 3FKRA 3N34A 3W7GA 1SO3A 4ADTA 3LV6A 3E9AA 3GIYA 1HUVA 3TC6A 3LCGA 2QDHA 4A2SA 3W2MA 4NVTA 4UFIA 5AYZA 4NUWA 1AW1A 2NZLA 2YFOA 4PTNA 3W2JA 3C6CA 2ZA3A 5LGXA 4JYFA 3M47A 4O17A 4UXDA 4P61A 1C9DA 3L0GA 1RR2A 3MHGA 2VFDA 2DJLA 4WD0A 4MLJA 3L65A 3UWQA 3RLUA 5U7SA 3BLEA 1TPEA 4Y8FA 2J9YA 1S5TA 3UPBA 1OX4B 2QKFA 3C2OA 1LZOA 4NNBA 3A9IA 3W7QA 4JR5A 3BLFA 3P61A 3W76A 5HMSA 2PE4A 2OT0A 1ALDA 3TCEA 3P5ZA 4W9TA 3S42A 4S1FA 2ZZ1A 1SZGA 1YLVA 3PF3A 4DPQA 1FX6A 1W56A 3TNOA 4HN4A 4LS0A 5HR7A 2A1YA 3N2XA 4K38A 3CQ0A 1NSJA 5F2MA 3P80A 3O05A 4UTIA 1IXOA 3WJZA 3MUXA 2I1OA 2GQ9A 2NLIA 4FEZA 1LBFA 3I68A 1OJXA 3M5ZA 4M7TA 4DF2A 2CZEA 3LCXA 2EF9A 1H1YA 3M1ZA 1DQXA 3FS2A 1OYCA 1VLWA 2ATSA 3DKLA 4HNUA 2Y62A 3M9YA 5K4XA 2YDAA 4XTIA 2QJIA 1QMLA 2V30A 5D30A 4ZQMA 5FF2A 2V8ZA 3E12A 3L0KA 2VC6A 2VEMA 2H6RA 1QWGA 2W0UA 2WNQA 1JCJA 1KM3A 4HNTA 1FCBA 2YSWA 5F4XA 5BMWA 3SSJA 1AL8A 1VHCA 5L9FA 3E49A 2WKJA 4C1KA 3I7RA 2V5LA 4GE8A 3BO9A 3TXZA 3NZ1A 2ALDA 3S5YA 4NJJA 1VH7A 3RU6A 4KWWA 4KFPA 1ZHAA 4IWWA 4A2RA 1H7XA 1VPXA 1KM0A 1OX5A 2RKXA 4LT9A 1EWEA 4N9BA 4O1BA 1I2NA 1LTDA 1TJPA 2D73A 5FEPA 3GNNA 4LOCA 2Z6IA 5EL1A 3UWZA 4Q32A 4AXKA 4GUHA 2PRMA 5LNUA 4UFHA 5D02A 5AHNA 1MEIA 1XUZA 3O15A 5LNVA 2PC4A 3C4UA 4LNYA 3DI0A 1VLIA 5I3GA 1K03A 1V7YA 1KFBA 1X7FA 4O8RA 3S0CA 3L21A 3N3MA 5DCBA 3O6CA 5IM51 1PVNA 4KWVA 4TU1A 3STFA 1G69A 2NXIA 1EIXA 4RZ4A 3W71A 1JRBA 4OU1A 3DFQA 4FNTA 3W74A 3T4CA 2QJHA 3NQMA 2G5WA 1FWWA 2QAFA 4E2BA 3LCWA 3M0ZA 3M44A 4S2BA 3G0SA 1I8JA 3JR2A 4MVAA 3SW6A 3QYQA 3C52A 3NQGA 4Z0JA 2YR1A 3S1VA 1AMKA 3FJLA 3W7OA 1G4SA 1TSIA 3KX6A 3NR0A 3U2OA 1KM5A 3LCIA 1JCXA 3WJYA 4L4MA 3NO5A 5HWNA 1ZJIA 1ZAJA 1SPQA 4KFNA 3S6DA 3QSRA 2OT1A 1F74A 5LHFA 2QAPA 4CCCA 2DZPA 3I65A 1KBJA 2YYTA 4EOUA 3MW7A 2XFWA 3W6YA 4NJHA 1O4UA 3GZ3A 1SUXA 1F7BA 2Q8LA 3W2LA 3IEBA 1SW3A 3G1FA 1GTHA 1P5BA 1VC4A 3Q2DA 5E1QA 2B7QA 4XKYA 1PS9A 4RZ6A 4WY0A 3UWUA 3S8HA 5FEZA 1TIMA 3NVTA 4O54A 3KVMA 3CWNA 3BGGA 3W1RA 1IXQA 4QM1A 4IMFA 3G1SA 4UTWC 1QOPA 3T7VA 3IV3A 2NX3A 1K8XA 1OFRA 4K39A 3IIVA 4ONVA 2ZDRA 5EA9A 1RVGA 1RPXA 1FDJA 1DQWA 2QCDB 1LROA 1NAL1 3SZ8A 4K8HA 3M7WA 4K37A 1H5YA 4HSOA 1A5AA 2QCLA 2WV8A 3S1WA 4AF0A 1XDMA 3G0UA 3O6DA 4O57A 1KFJA 5LKYA 5LNSA 2EHHA 2FPYA 2V82A 3EWYA 4AWTA 2VFGA 3BVJA 1SZEA 3VFLA 4ADUA 3RMJA 4ZQRA 3TXVA 4UFLA 4O52A 5CGQA 1FDYA 1A5SA 3CB8A 4YXGA 1TREA 2R91A 4OBTA 1L6YA 1N55A 1TJRA 4RZ5A 5G4WA 1MSSA 4M7SA 3QPZA 2J88A 3MP3A 4O4VA 3H55A 1GWJA 3MI6A 2O7QA 2NUWA 1Y0EA 4MOZA 2HTMA 2CFFA 4H3DA 3TH6A 2C0AA 3W7LA 1PIIA 2NXHA 1K8YA 2GVGA 1JR1A 2OMAA 2ZYFA 3BLIA 1OYBA 4PL2A 4UFJA 3B03A 4KKXA 1ZCOA 4YWIA 5E0KA 1W5QA 1IIGA 3PBUA 3WK3A 1ZY9A 3WK0A 2B0MA 4WUIA 5CPOA 4MKNA 4FNPA 1XFBA 4IMCA 1VZWA 1YTDA 5G2WA 1H7NA 4U4MA 3S1UA 3W75A 4FF7A 2H3DA 2I9EA 4UFMA 3MMTA 2XN2A 3UQNA 4JTFA 4NZJA 2TSYA 1DVJA 5D32A 4LV9A 3SFKA 3HBLA 4MJZA 4Q33A 3OG3A 4XWUA 1DORA 1WYIA 3ZWTA 4AWSA 3NG3A 5T26A 1Z41A 1VCVA 2ZTKA 3LX9A 1NFBA 4JX6A 1KTCA 2PURA 3O1NA 3F1QA 5FF0A 4RK8A 2V9DA 1QR7A 1X1OA 5G2IA 4I7VA 3LRKA 4RXFA 4DO4A 3OVRA 4LC6A 2AAMA 5LNRA 3TROA 1LOLA 5AHLA 1GYNA 3B04A 5D2TA 3GB6A 4JTSA 4LS1A 3FKKA 4CLMA 3B8DA 4MY9A 4QNWA 3W2NA 2QCHA 5D33A 3SGZA 1J4EA 4JEQA 3VE7A 1I2QA 1ME9A 1M5WA 3GDTA 3SJ3A 3EX6A 2E68A 1F6KA 5LSMA 4O0KA 3TAOA 1H1ZA 3DENA 4JYDA 3RFAA 3W7EA 2C3ZA 3W83A 2RFGA 3JS3A 1TTQA 3P8IA 1BEUA 2R94A 3A23A 3CEPA 3R13A 3UPWA 5CPMA 4O53A 3NDOA 5DXYA 4XBSA 2GVLA 4JTTA 3NQ6A 5I3FA 5BNKA 1SQ7A 5CSRA 1UASA 2FPVA 3GXPA 4RJEA 2DJXA 3B0UX 3AO0A 3GAYA 4LUJA 1RQEA 2DZWA 4QNEA 3FIGA 5DBTA 1FUYA 4YMZA 4EIVA 3LHTA 5D2VA 2B4GA 3W2KA 4A3UA 3NXFA 2GJNA 3GX9A 3P5YA 2VXNA 4Y96A 1DL3A 1EP3A 1LCOA 4M5PA 2NUXA 1W54A 4UMBA 2FJKA 2ISVA 3QPYA 1JVNA 3E96A 4AH7A 1Z44A 4GXMA 3HOJA 2JBMA 2V2DA 1H63A 3WFAA 2EPHA 4LS2A 4LRSA 1TQJA 2HS6A 2ZA2A 2P10A 4FNRA 1J2WA 5CSSA 3KOFA 1DJNA 2AGKA 3VKJA 4MFEA 2EGZA 3EX2A 4JTKA 2V5BA 3WJWA 4Z1DA 1B4EA 1WQ5A 4N6EA 4IXXA 5EPDA 4Z1BA 4TO8A 4M6PA 1AW5A 5H2ZA 3HG4A 2OJPA 1TCDA 3DFPA 4BFAA 2Y85A 1LBMA 3F4WA 2E6DA 4H6KA 3CIWA 1VGAA 5LZLA 1IF2A 1G4TA 4IXHA 3DHFA 1T0OA 4K8EA 1ZENA 4NX5A 4Y9AA 2DZVA 1SU5A 1QCWA 3NA8A 3GDMA 2JGYA 5F4WA 1PHQA 3PULA 3PS7A 1OFBA 3W7DA 1JCNA 3FOKA 1I2PA 3HGJA 5K3VA 4XTDA 2BLEA 4N9DA 4IX2A 1YXDA 2OZ0A 2ZRYA 3LLFA 3UYCA 1OX4A 3DBPA 5CPLA 2CU0A 1FWTA 4MLRA 3R12A 2CLLA 3EWUA 3DFNA 2QJGA 4O19A 2E5CA 4CNPA 4R7JA 1TMHA 3W72A 1GG1A 3NQEA 5KINA 1N7KA 6ALDA 4LU0A 3SR7A 3KRUA 3FFSA 3TIMA 3MP5A 1DBTA 5LGZA 2G96A 1ME8A 1SSGA 4O14A 4Y90A 1X6UA 1Z42A 4IOTA 1P1XA 3TQKA 1GYLA 2ZZ4A 1VR6A 5G5IA 2UV8G 3FYOA 5G4EA 2Z0IA 3EX4A 3QMSA 2Z2UA 3GYEA 1YTKA 3PM6A 1AL7A 5KZDA 4JD4A 3H53A 5DBUA 1W5PA 3FJ6A 1DV7A 3HO8A 3M16A 1HTIA 4PA8A 3LCFA 2ZBTA 1O5KA 4YCPA 1D3GA 2DZTA 2Y7DA 1L6SA 3CT7A 2EAWA 5MHBA 5HJLA 2YZRA 1C8VA 4DQWA 4BF9A 4CNNA 2EKCA 4MY8A 3HQ1A 2VEKA 3R89A 2CZ5A 3QFEA 5G1YA 2CLMA 1H61A 1T99A 3BW3A 4K7VA 1EB3A 2ZRXA 3WK2A 2A7NA 1TPB1 1FCVA 4AHQA 1GTEA 1KM1A 1QOQA 4CQ9A 4LVDA 2FB3A 1ZAIA 5AC7A 4JGDA 3GKAA 2CZFA 1RQHA 2G95A 3LLDA 4R53A 4UC5A 1YDNA 5E93A 4FHAA 1X8FA 3HGRA 4MPQA 2TRSA 3QZEA 3UY8A 3G24A 3NL3A 1UUMA 1JULA 3TJLA 1VCGA 2Y70A 3B0PA 3NL5A 4N4QA 3NQVA 4ADSA 4MFDA 2DZUA 1ZFJA 2GQAA 1M6JA 4MYXA 2VFIA 1J5TA 1TTPA 1HO1A 2QDGA 3NQAA 5BMXA 1WDWA 4DELA 4UUIA 1GVOA 3OHIA 3TQ0A 1OFEA 4ALDA 1W0MA 5FI8A 3DFTA 4PC8A 1L2UA 4WOQA 5HWJA 4EVZA 1W5NA 3W1NA 3KVLA 2Q8ZA 2RHGA 4CQAA 4Z0SA 2VFEA 1I45A 1W5MA 3UXDA 2CLHA 3IGUA 1RQBA 5CPNA 3OEXA 4O11A 4RXGA 3B05A 4UTMA 1W1ZA 2YW3A 3NQCA 5HR6A 3L67A 5EMUA 4Z1AA 4FIRA 4ZZ9A 3C0JA 1VCFA 4I7WA 5A8GA 3VCRA 4GRSA 3A24A 3TR2A 1WXJA 2O7SA 1OFQA 3HJZA 2OCZA 3RLVA 3IIPA 3G22A 4DBDA 2DP3A 2E5DA 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 1SR9 A;  1A53 A;  3DZ1 A;  3QRH A;  4POD A;  4QIS A;  1KFC A;  1OHL A;  1KM4 A;  1KBI A;  1NEY A;  2JKA A;  1QPR A;  2C14 A;  3PUE A;  3C2E A;  4JTL A;  5DCE A;  4HNN A;  4O13 A;  3PG8 A;  3L9C A;  1VQT A;  4HHP A;  4AHP A;  4GUJ A;  3W3O A;  5I3J A;  1TQX A;  5KSW A;  3W2U A;  3QEZ A;  3W1L A;  3IRD A;  3UWW A;  5K2Z A;  3C2R A;  1VS1 A;  2A7P A;  1NF7 A;  3W1U A;  3TE9 A;  1SSD A;  3QM3 A;  2RDW A;  3GLC A;  4MIM A;  1KLY A;  3N19 B;  2A5H A;  1VYS X;  4XKY B;  1R30 A;  4WY0 B;  3TAK A;  1M7P A;  2NUY A;  2ATM A;  3BG3 A;  3OA3 A;  1LBL A;  1Z48 A;  4O50 A;  1K7F A;  2V81 A;  1G6C A;  4LUI A;  3BV4 A;  5EY5 A;  1QPO A;  4UTK A;  3TC7 A;  1KTB A;  3C56 A;  4FNU A;  2FTP A;  2W79 A;  1NVM A;  5D37 A;  4MJM A;  3P7Y A;  4QQ3 A;  2GJL A;  1QPQ A;  1Q6Q A;  5FF7 A;  4CNO A;  2NX1 A;  3HPZ A;  3BPW A;  3I7Q A;  3QJA A;  1K3U A;  1OFD A;  3NOE A;  1ICS A;  2C6Q A;  3B4U A;  4DF0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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