2WAGA

The structure of a family 25 glycosyl hydrolase from bacillus anthracis.
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
GSSHHHHHHMDRYEIKGVDVASYQGDIDWRELEKQNMKFAFIKATEGSAFVDKYFSKNWTNANKTSMRVGAYHFFSFDSKGETQAEQFIRNVPKYKQALPPVIDVEFYANKKDNPPKREDVTKELSVMIEMLEKHYGKKVILYATQEAYDLYIKDAYPQCDIWIRSVLTKPSLSDERKWTFWQYTNRGKLSGYNGKEKYIDLNVFYGNEEEFENYGM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structure of a Family Gh25 Lysozyme from Bacillus Anthracis Implies a Neighboring-Group Catalytic Mechanism with Retention of Anomeric Configuration
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME, PUTATIVE
molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus anthracis
total genus 77
structure length 217
sequence length 217
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wagA00
2WC7A 4H8UA 2QHAA 2X05A 3AXIA 4X0VA 1QVBA 3NIYA 3PTMA 1JZ6A 1B1YA 1K9FA 1EQPA 3PZVA 4CGTA 3MSGA 1TVPA 4U5KA 3VIFA 1CZ1A 2WMJA 1CXKA 1WDQA 1BHGA 4PTMA 3CUHA 2CETA 1Q6FA 1UKTA 1HT6A 3VMOA 4CCCA 3VIHA 1J0ZA 1RD6A 3ZR5A 4JHZA 2J8FA 5A69A 3ZOAA 4CU7A 3T2PA 2WXDM 1EHNA 4Z2GA 3L4TA 5IDIA 1OB0A 1E6PA 1MW2A 2VOTA 4TVUA 3KZSA 3F4VA 3WELA 3SUTA 1UOKA 1DWJM 2BFGA 4Q7NA 2IXVA 3F5JA 4R27A 3FW6A 3NJ3A 4X9YA 4MNMA 5GNXA 4C7DA 3VD4A 2BNJA 4MB3A 2ZUNA 1EOMA 3DHUA 1FA2A 2G3JA 3WMSA 3WFLA 1SR0A 4WLCA 2E9MA 1CGWA 1FP9A 1B0IA 1HJQA 2OYLA 3VDCA 4ZEPA 2D22A 2WANA 4WF7A 3IAQA 1ZBVA 3AIQA 2E8ZA 4JIEA 5A6AA 1CPUA 1A47A 5A6BA 4HU0A 3WMCA 5E0FA 2WAGA 5I23A 2FDMA 1RH9A 2D2OA 1JF5A 5BXRA 3ALGA 3QR3A 8CGTA 3AS3A 2OSXA 2Y8KA 2VZUA 3NSMA 1WAWA 2VZSA 3WH9A 1UG6A 1JZ8A 1R8LA 1MXGA 3ARTA 1PZ3A 1LG2A 3W4RA 1R86A 1V02A 1S46A 4Z2LA 3F5KA 2E8YA 2XTKA 3VNZA 4EAMA 1WP6A 3EDDA 3OLGA 1ITCA 5ABGA 5CPTA 5ABFA 2VQTA 3UR7A 2UY2A 4U5IA 3ZMRA 4AD1A 2E9BA 2YL9A 4JHOA 3WL0A 1UWRA 4ATLA 1R85A 5JBEA 2BVYA 1W9BM 1TA3A 3EMCA 2BY0A 5HOSA 3DC0A 2BY3A 3ARZA 5A6KA 1U33A 1NOWA 4NRSA 1CXIA 4P8XA 3WQVA 2ZUMA 1WZKA 1OIMA 1NH6A 1G01A 1LLOA 2FGLA 2CHNA 4W5ZA 3CHEA 2GK1B 4PEEA 4ZE4A 5JUVA 2TAAA 1SMDA 1U30A 4CKQA 1QNSA 4D1JA 1UWSA 3ARYA 1J9YA 3PZTA 1XRVA 5M5DA 3WD0A 1KGWA 2FGZA 1GORA 1FFQA 3QOMA 4PMOA 2XVPA 2C8NA 2CBIA 2D23A 3MS8A 5D9PA 3WN6A 1C7TA 2WHLA 3I3EA 3VM5A 3NDZA 4D6DA 1CIUA 4YN5A 4J27A 2EPKX 3PZUA 3U5YA 1K6AA 3MUIA 2D20A 1HKIA 5C8BB 2ESCA 3K4AA 1GHRA 5FCZA 2W61A 2DGAA 1VJZA 3CPUA 3EYPA 5A6JA 2BS9A 1QHOA 4ACZB 4FF5A 4PUEA 2DSVA 4DUXA 1GJUA 3GNRA 3BMWA 3GNOA 1EIBA 4B9YA 4HU8A 4MPKA 1H4PA 5CGMA 2PWHA 1NP2A 6CGTA 2CCRA 1DEDA 4W8AA 4QLLA 3WDPP 5IHRA 4UQDA 3EDJA 3JUGA 4E8DA 4XX6A 3PZ9A 1UWQA 3K46A 4PTXA 3AZSA 2QF8A 3TTSA 3AI0A 2ZXAA 3L4VA 1GUVA 2VZTA 4OZOA 1E4LA 4LQ1A 2WNWA 4RE2A 4W7WA 3ZSTA 5CJ5A 1DWGM 2X0HA 2WMHA 4JFWA 5I2UA 3GZAA 3SCRA 4XZBA 2UY3A 3D3AA 1UH3A 4AD0A 1UUQA 3AOFA 1KCLA 4CUCA 5HPCA 1UH4A 4V28A 1H5VA 2VX6A 3BCFA 1JDDA 1UWTA 3WQ5A 1FHLA 4PUDA 5D4YA 4E8CA 3II1A 1GONA 1GHSA 4IUGA 1V0KA 4DWSD 1E55A 3RM8A 5IFPA 1UD4A 1CLVA 1L0PA 1OGBA 1JI2A 1ZJAA 2WZHA 4JCMA 2QPUA 5D8ZA 5CPQA 4F79A 1E6RA 3ZM8A 2JEQA 3T2QA 3ZT5A 2JEPA 4AIEA 1H41A 1OBAA 4LYQA 3ZT6A 1BTCA 1XSIA 1VB9A 2IXUA 3N1AA 3OIHA 1EH9A 4QP0A 5A2AA 1V3IA 2CPUA 4P8UA 2CITA 1B90A 3W82A 2ZX7A 3N9KA 5LA0A 2J74A 4QFUA 3N04A 1AQHA 1GNXA 4CD5A 1QW9A 1TCMA 3EMZA 3T2OA 4W89A 5I5RA 3APGA 3L2LA 5D9OA 2CNCA 3I3BA 2XIIA 1AQMA 1VEOA 3AYSA 3WEZA 2J78A 2O9PA 5DFAA 2VZOA 1KQYA 1CENA 1HIZA 1B3ZA 2UY5A 4UQ9A 3OLIA 1GOIA 2DSZA 2CYGA 1JYXA 1J12A 2YIHA 3VIKA 5A2BA 1IZKA 2EBNA 2Y5EA 5I3DA 2MANA 3S6TA 4J3VA 3N17A 3WQWA 1XD0A 1MW1A 4OUEA 3EDKA 4PRWA 2WMFA 1K9TA 4U2ZA 5I77A 2W5FA 3SCPA 4KWUA 4HA3A 2G8ZA 3SCVA 1US3A 2VMFA 2RGMA 5ABFB 1JXKA 1W1TA 3WDHA 4HZ6A 1G1YA 1GW1A 3WMBA 2WW5A 1E6XM 1KXTA 1UKQA 3WUEA 4YPJA 1I75A 3ARVA 3WUGA 1TA3B 4UQEA 1H49A 5BXPA 2ZXQA 4N0RA 4XV0A 3BSGA 4F9JA 1WZLA 2VRQA 5A8PA 1CGXA 1JFXA 2XGBA 1MWOA 4TOQA 4NSBA 2YKKA 4AEEA 4NZCA 3AMCA 3BAWA 1BGAA 2VRKA 3A6OA 2QMKA 3ARRA 1V3JA 1V6YA 3AIVA 1ODUA 3DHPA 5HXMA 3WF1A 5DF0A 5A94A 3B9DA 3S2CA 3NCOA 2HVMA 4LX4A 5CG0A 4XUYA 5TD4A 1EHAA 1W9XA 3T0DA 3W53A 2VI0A 1KXHA 1LL6A 3GBEA 3PBGA 1HP4A 2NT1A 4UZUA 3ARXA 5A8QA 2XSBA 4B16A 3FNDA 1J0IA 1OINA 4AYSA 3ZO9A 4TX8A 1NWRA 2WCGA 4JL1A 2XM2A 3CZLA 2GUYA 4CN4A 4MB4A 3GXMA 3AMKA 5M3WA 1UR0A 1VBUA 1VFOA 4KGJA 1SYTA 3WNMA 5A8MA 2E4TA 1MQRA 1GOKA 3VGHA 1RPKA 3AMDA 2FH6A 1VF8A 3BAKA 3CO4A 2VQUA 1CGYA 3GDBA 1JD9A 1Z32X 2WVSA 1ISYA 2CESA 1H0GA 4MB1A 1EO7A 1GVYA 3RCNA 4R5EA 4AY1A 1UD3A 3WDRA 3IK2A 2CHOA 3A4AA 1NOUA 4JL2A 1LL4A 4AZBA 1QI5A 1E4NA 1OGGA 1A3HA 4D6JA 3VINA 5KEZA 2RGLA 1YHTA 2WMGA 4J3SA 2A3CA 4HZ7A 4DM2A 1EDTA 5FL0A 3DYPA 1WE5A 3VKKA 2W62A 4D71A 1LWHA 4P8VA 4E4PA 1VRXA 1FOBA 3AHYA 2ZOXA 4UFHA 2QV4A 3AIWA 1C93A 3TTYA 1CGTA 2ZX8A 4GQQA 1PIFA 3VPLA 2DH3A 3ZIZA 4WIWA 4D6HA 3IJ8A 1GQKA 1ISVA 4HTYA 5CLWA 3AZRA 1NOFA 2ZUWA 4OBSA 4ACZA 2DT3A 3NUKA 4LXFA 3BXWA 1UKPA 2OSWA 3EBVA 4MADA 4GPNA 2VURA 1NWSA 1PX3A 3BMVA 2XHYA 3WD2A 2OYMA 3ARSA 1YQ2A 4AD2A 4UQBA 3WH6A 2BHYA 1MW3A 2D24A 3GH7A 3UR8A 4UOZA 1W1VA 1OD8A 1M7XA 1W2PA 2XFFA 1HVQA 1XGZA 3KWXA 2QLYA 1KBKA 4XB3A 5JIWA 1WB0A 3W6LA 3RDKA 2WCSA 3D5HA 1C8QA 1CWYA 1WO2A 2WBKA 3AROA 1JAKA 3IAPA 4YHGA 2BHUA 4QAWA 1BF2A 1W3JA 2W67A 1QOXA 9CGTA 4CCDA 1W91A 1VFFA 4DWSA 1CNVA 2Z1SA 3CHFA 3VGDA 4HOZA 1K9EA 3FY1A 2JFEX 2Y24A 3VDHA 4MNLA 3FHQA 1EO5A 1GQLA 2NSXA 5A6LA 1HJVA 2GVYA 3WBAA 1TE1A 5GQBA 1CTNA 4LYRA 1HJSA 1CBGA 3UCQA 3LPPA 2XUCA 3WD4A 5KZ6A 1Q4NX 2VUYA 5A6MA 4P7NA 4WJXA 4OBRA 2XG9A 4CD6A 3IJ7A 1XD1A 2DH2A 3THCA 2BHZA 3AIUA 3OGRA 1E70M 1BYDA 3W29A 3ARPA 1UQYA 4U33A 1DWIM 1KR0A 1I1XA 1WDPA 2O9RA 5LYRA 1V3LA 3J7HA 3U5UA 1E4MM 1BSIA 1Y7VA 4NF7A 1Q6GA 2WHMA 3F5LA 2G3MA 3AIBA 2V3DA 1E15A 3KEHA 4GI9A 2O9TA 2EXOA 4AD5A 1DTUA 2V38A 2PBOA 3ZJKA 2CKSA 4TXEA 1RP8A 3BAXA 3BC9A 4PCSA 1GCYA 2WPGA 1E1FA 5DEZA 2XJ7A 2QMJA 2ZUVA 1UZ1A 1FFRA 1KBBA 1FH9A 1JNDA 3GNPA 2J7CA 3MO4A 4UFIA 3TTQA 3WL1A 5BRPA 3UETA 1XH2A 4PCTA 5I79A 4AXNA 4D6EA 4GI6A 5GPRA 1V03A 3MV11 3OB8A 1M03A 3ALFA 3WF4A 3W26A 1E43A 3CHCA 4W88A 4EKJA 4UCFA 4PMXA 1J10A 3M6DA 1JAEA 4AZ7A 1M53A 3CZGA 3HN3A 4U31A 4V27A 2JALA 4Z2IA 4UFMA 1JF6A 5I0DA 1FH7A 1JFHA 3CTTA 3ZQ9A 1KGXA 2DIEA 4FMVA 3W0KA 4WSJA 4D1IA 4AZCA 3GXFA 1JL8A 2WLYA 1O6IA 1QI0A 5DT5A 2XYLA 3CH9A 1JGIA 1NWUA 3T0BA 1ITXA 4WK9A 4M29A 4WKHA 3T08A 1NARA 1QBBA 4PMDA 1CXLA 1VAHA 3AXXA 4BQ5A 4MDOA 5A95A 3OZPA 3LPOA 4MJ4A 1JD7A 1J0YA 4D6GA 2GDVA 4J3WA 1QBAA 5BWFA 4AIUA 2ZX9A 2Y8VA 2VR4A 3MU7A 3RJYA 2WMKA 2PI6A 2V5DA 4TUFA 1JZ5A 3W38A 2XSAA 4KH2A 2WSPA 1P6WA 5M17A 1JYWA 4D6CA 3B9AA 2ZX5A 1AMYA 4PMUA 4ML4A 3A4WA 3GXIA 3RILA 3MMWA 3WUFA 3UERA 3CUGA 2ZXBA 2AMGA 5CQ1A 3AHTA 3AYRA 4JKMA 5I78A 3CBWA 5I24A 5I6SA 1HL9A 1C7SA 3AHXA 1G0CA 4S3KA 2BVDA 3MMUA 1JYVA 4JKLA 2WCAA 3BAIA 3VTRA 2J7BA 4NRRA 4H8HA 2OWWA 3QGVA 4DUWA 1WCGA 4H2CA 1TVNA 1F4AA 4FLSA 4JFSA 1Q6EA 4FLRA 4CN6A 7TAAA 1R87A 3AIRA 4RE3A 1LQ0A 5E9AA 2JIEA 2AAAA 3A47A 3VIOA 4H8VA 4W93A 1R7OA 1ZL1A 2VX4A 4PSRA 3TOPA 3W37A 4TTUA 5FIPA 4AZ5A 1BYAA 2UWFA 2Y4SA 2DT2A 3DYMA 3MSDA 1V0MA 3TA9A 4W85A 1LJYA 3W24A 1OGSA 4J3TA 4RE4A 1O7AA 1L8NA 4DWSB 4OOZA 4UTFA 1SMAA 4V2XA 4CU6A 3VIJA 4BA0A 4UZSA 4L4OA 1OT2A 2WKGA 3EDEA 1ZBKA 2EQDA 2XWDA 4GZIA 2WHKA 4CD7A 1B3YA 4J3UA 1QNRA 4W7VA 2XGIA 4HP5A 4JKKA 1E6SM 1D3CA 4ZXOA 1PZ2A 2WMIB 3RM9A 3RM4A 1IT0A 1H09A 2DQXA 1HP5A 3UG3A 5GNZA 1XCXA 1CXHA 5AC4A 1H2JA 3GM8A 1CYGA 1UKOA 4KGLA 4Q22A 4W84A 3VOCA 3AS1A 1M04A 3ZT7A 1U2YA 2A3BA 3L4YA 4PMRA 1H3GA 1VFMA 3VDAA 1US2A 2CEQA 1J0JA 1HKJA 3CLWA 4M81A 5D9MA 4F9DA 3VIMA 1MFVA 4ZE5A 1E0VA 2GSJA 3K8KA 2Z1KA 4NI3A 5CZKA 3AXHA 2OLHA 1B2YA 4Z2KA 3WIJA 4U3AA 1WZAA 2W91A 2X1IA 4A4AA 2CBVA 4PYSA 1KWGA 3SUWA 3PTKA 4WKAA 2WM0A 3RPMA 3VU2A 1HXJA 3PZNA 4JAWA 4LYPA 2VT0A 4OKDA 3WQ8A 2VZVA 1PBGA 4QLKA 4UQAA 3OLEA 1GQJA 1OWQA 4DUVA 3FHAA 2X0YA 3QHOA 5AC5A 5DMYA 2WWDA 2DSWA 3WH8A 2YA1A 2DSKA 5ECUA 3ZJ8A 2ZICA 1V08A 2YL8A 4AWEA 1RP9A 1H0IA 1KGUA 3SCNA 5A6BD 2YDQA 1B9ZA 4MJ2A 1TZ7A 1BQCA 2F2HA 2E9LA 2W66A 2DEPA 1DWHM 6TAAA 1CXFA 1E71M 3U57A 6A3HA 2J75A 4AZCB 3SUSA 5BXTA 3WSUA 4HMEA 5E6ZA 2X8RA 1MVYA 4KRUA 5FOOA 2WVUA 1ISXA 3CMGA 4BZYA 1J11A 5A8NA 3CHDA 3N13A 4EK7A 4F8XA 2JIWA 4FLOA 4AD3A 3ZJ6A 2VVNA 1UA7A 2VO5A 3M46A 4P7QA 1V0LA 3FAXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WC7 A;  4H8U A;  2QHA A;  2X05 A;  3AXI A;  4X0V A;  1QVB A;  3NIY A;  3PTM A;  1JZ6 A;  1B1Y A;  1K9F A;  1EQP A;  3PZV A;  4CGT A;  3MSG A;  1TVP A;  4U5K A;  3VIF A;  1CZ1 A;  2WMJ A;  1CXK A;  1WDQ A;  1BHG A;  4PTM A;  3CUH A;  2CET A;  1Q6F A;  1UKT A;  1HT6 A;  3VMO A;  4CCC A;  3VIH A;  1J0Z A;  1RD6 A;  3ZR5 A;  4JHZ A;  2J8F A;  5A69 A;  3ZOA A;  4CU7 A;  3T2P A;  2WXD M;  1EHN A;  4Z2G A;  3L4T A;  5IDI A;  1OB0 A;  1E6P A;  1MW2 A;  2VOT A;  4TVU A;  3KZS A;  3F4V A;  3WEL A;  3SUT A;  1UOK A;  1DWJ M;  2BFG A;  4Q7N A;  2IXV A;  3F5J A;  4R27 A;  3FW6 A;  3NJ3 A;  4X9Y A;  4MNM A;  5GNX A;  4C7D A;  3VD4 A;  2BNJ A;  4MB3 A;  2ZUN A;  1EOM A;  3DHU A;  1FA2 A;  2G3J A;  3WMS A;  3WFL A;  1SR0 A;  4WLC A;  2E9M A;  1CGW A;  1FP9 A;  1B0I A;  1HJQ A;  2OYL A;  3VDC A;  4ZEP A;  2D22 A;  2WAN A;  4WF7 A;  3IAQ A;  1ZBV A;  3AIQ A;  2E8Z A;  4JIE A;  5A6A A;  1CPU A;  1A47 A;  5A6B A;  4HU0 A;  3WMC A;  5E0F A;  2WAG A;  5I23 A;  2FDM A;  1RH9 A;  2D2O A;  1JF5 A;  5BXR A;  3ALG A;  3QR3 A;  8CGT A;  3AS3 A;  2OSX A;  2Y8K A;  2VZU A;  3NSM A;  1WAW A;  2VZS A;  3WH9 A;  1UG6 A;  1JZ8 A;  1R8L A;  1MXG A;  3ART A;  1PZ3 A;  1LG2 A;  3W4R A;  1R86 A;  1V02 A;  1S46 A;  4Z2L A;  3F5K A;  2E8Y A;  2XTK A;  3VNZ A;  4EAM A;  1WP6 A;  3EDD A;  3OLG A;  1ITC A;  5ABG A;  5CPT A;  5ABF A;  2VQT A;  3UR7 A;  2UY2 A;  4U5I A;  3ZMR A;  4AD1 A;  2E9B A;  2YL9 A;  4JHO A;  3WL0 A;  1UWR A;  4ATL A;  1R85 A;  5JBE A;  2BVY A;  1W9B M;  1TA3 A;  3EMC A;  2BY0 A;  5HOS A;  3DC0 A;  2BY3 A;  3ARZ A;  5A6K A;  1U33 A;  1NOW A;  4NRS A;  1CXI A;  4P8X A;  3WQV A;  2ZUM A;  1WZK A;  1OIM A;  1NH6 A;  1G01 A;  1LLO A;  2FGL A;  2CHN A;  4W5Z A;  3CHE A;  2GK1 B;  4PEE A;  4ZE4 A;  5JUV A;  2TAA A;  1SMD A;  1U30 A;  4CKQ A;  1QNS A;  4D1J A;  1UWS A;  3ARY A;  1J9Y A;  3PZT A;  1XRV A;  5M5D A;  3WD0 A;  1KGW A;  2FGZ A;  1GOR A;  1FFQ A;  3QOM A;  4PMO A;  2XVP A;  2C8N A;  2CBI A;  2D23 A;  3MS8 A;  5D9P A;  3WN6 A;  1C7T A;  2WHL A;  3I3E A;  3VM5 A;  3NDZ A;  4D6D A;  1CIU A;  4YN5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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