5A8NA

Crystal structure of the native form of beta-glucanase sdgluc5_26a from saccharophagus degradans
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
NDWWDIPYPSQFDVKSLKTQSFISVKGNKFIDDKGKTFTFRGVNIADTGKLLSRNQWQKSLFEELANNWGVNTIRLPIHPVSWRKLGPDVYLGHIDEAVRWANDLGIYLILDWHSIGYLPTEQYQHPMYDTTIKETRDFWRRITFRYQNVPTVAVYELFNEPTTMGNTLGERNWAEWKTLNESLIDMIYASDKTVIPLVAGFNWAYDLSPIKKAPIEREGIAYAAHPYPQKAKPEVKNDKNFFKLWDEKWGFAADTYPVIATELGWVQPDGYGAHIPVKDDGSYGPRIVKYMQKKGVSYTVWVFDPDWSPTMINDWDFTPSEQGAFFKQVMLEAKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Saccharophagus degradans 2-40
publication title The Quaternary Structure of a Glycoside Hydrolase Dictates Specificity Towards Beta-Glucans
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE RETAINING B-GLYCOSIDASE
total genus 132
structure length 336
sequence length 336
ec nomenclature ec 3.2.1.73: Licheninase.
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a8nA00
2X0HA 5HPCA 1NQ6A 4AIUA 2HVMA 2WVSA 4HPGA 1UD4A 2AMGA 4MJ4A 4CVUA 4CN4A 2YL6A 4QLLA 3GXMA 4GINA 4XUYA 3AYRA 3VIHA 1BYCA 1XGZA 3GH5A 2XVPA 4GO9A 4JL2A 1QVBA 4PMVA 1Z32X 1UR1A 5BXRA 1JZ5A 3AYSA 1AQMA 1QI3A 2JF6A 1B2YA 4HMEA 5A95A 1GQLA 3VDAA 3B9DA 1MQRA 4HP5A 4M56A 3ZSSA 4EE9A 4TTGA 1J10A 4BS0A 3O9NA 1VFFA 2W92A 2NT1A 1DEDA 5I0DA 4URIA 5AYIA 4J3VA 4DWSB 1KBBA 4D6DA 3U57A 2UWFA 4Z2GA 2XIIA 3AS0A 5HXMA 5GPRA 1XHGA 1B3ZA 2E0PA 3BAYA 3F5JA 1TFVA 2ZWZA 2Q8XA 1MW2A 1V02E 3SCSA 5E09A 2DEPA 4E4PA 1B0IA 4NI3A 5GNZA 1PZ3A 1FHDA 2ZUMA 4UTFA 1ISVA 2PB1A 1UWQA 3WIJA 2BHUA 3NIYA 1KXTA 3DHPA 3D3AA 1W1PA 3FXYA 1H41A 1H11A 1K9TA 3WBEA 4MJ2A 2WMIA 3VU2A 3W38A 3EDFA 4NRSA 1ISWA 1TZ7A 3I3BA 3WNLA 3U5UA 5CGMA 3WSUA 4CKQA 3NDYA 2JEQA 4LYPA 4BQ2A 4KH2A 1E5NA 1CGXA 5CQ1A 3GNRA 4B9ZA 1JNEA 4IISA 1MQQA 1BFNA 4UFLA 4EKJA 2BNJA 1BF2A 1GW1A 3SCPA 1KWGA 1E4IA 3OBAA 4U2YA 3MMDA 5M5DA 4AZBA 4U5IA 3N12A 1GJWA 1WKYA 3RPMA 1CDGA 5HDRA 3G6MA 5D9MA 1JF6A 3KL5A 1JYVA 4TX8A 3ZT7A 2VQTA 2ZUUA 1JNDA 4R5EA 5E6ZA 3WH7A 1ZB5A 1VBUA 1VAHA 3VIKA 2WC7A 1GOKA 3GDBA 1EDGA 3WH8A 4U2ZA 1KQZA 3WF4A 2IXVA 3WDPP 3OGVA 2PWHA 1V0KA 5BRPA 1QI0A 1YHTA 4AISA 2QMKA 5DT5A 1IZKA 1TA3A 2FHFA 3WD0A 3OZOA 4WSJA 2D2OA 4D6FA 1PJ9A 2D22A 4UQBA 4AD1A 1E6RA 1U33A 5A2BA 2EEXA 2YOCA 2E8ZA 4XZBA 1JAKA 3CMJA 5C71A 1HKMA 2G8ZA 2VRQA 3VINA 4LYRA 1M03A 4U3CA 3VPLA 5E0CA 1OCQA 2WB5A 1J0HA 5A6SA 3CH9A 2WVVA 1UYQA 3WQ4A 1W9VA 3BXWA 1WNOA 3WN6A 2XGIA 4CD4A 1X6NA 5M17A 4WKFA 3AFBA 3WL0A 1PEZA 3BCDA 1C92A 3N13A 1GOIA 3NYDA 1CPUA 2D0GA 2EPKX 3BAXA 3AMCA 1BVZA 1R85A 5E70A 3T09A 1W3LA 3WNNA 1GQIA 1JFHA 4TVDA 4UOZA 4LQ1A 5IHRA 2YLLA 3AXHA 4HZ7A 2J79A 3FHAA 4HOZA 1ITXA 2GJPA 4KGLA 3AIBA 2OWXA 1TG7A 1HJQA 5C70A 3WL1A 2BS9A 2PWEA 2ZOXA 3WDIA 4Q7NA 2VVSA 3CZEA 4W88A 5ABFA 3KEHA 4UOJA 1AVAA 2ZUTA 3E1F1 3BAIA 3W25A 1UD2A 1NOUA 2NT0A 2YL8A 1SMDA 3NJ3A 3WFZA 2YBUA 2QF8A 4TX6A 1WB0A 1MXDA 3NCOA 1QW9A 1HN1A 4FK9A 3A4AA 5LA1A 1PIGA 2FHBA 1GUVA 4Y7EA 2VZTA 4CCCA 2JF7A 3GYCA 1GQKA 3VGEA 1JZ4A 2GDUA 1C90A 3GNPA 2CBJA 3SUWA 1CBGA 1VIWA 3VGFA 4D1JA 1OB0A 2W62A 1BGGA 1NWTA 2Y8VA 4AWEA 3GXDA 5JBFA 1JXJA 4UFKA 3SUTA 1JYNA 4EK7A 1EHNA 1EH9A 1XH0A 3AMKA 2CERA 1MQPA 2ZX8A 4A3HA 3WDJA 1UA3A 3WF0A 2J75A 3GBDA 1D2KA 3MO4A 1KGXA 3CZLA 2VNCA 4PTMA 1DWAM 4OOZA 2PF0A 2XVLA 1H09A 1VBRA 4RE2A 4W93A 3ZJKA 1B9ZA 1E1FA 5CLWA 2G3JA 3VIPA 2XFFA 3ARWA 4ATLA 3PTMA 1UA7A 5AC4A 3MSGA 3CUIA 1DTUA 1GVIA 2WZHA 2X09A 1Q6DA 4U3AA 3CUFA 2A3HA 4V2XA 3A4WA 3QOKA 3AICA 3GZAA 3AROA 3W6LA 3ZIZA 5E6YA 5I6SA 4B9YA 2XSAA 4TTUA 5A6BA 3ECQA 4LXFA 3RM8A 1TVNA 4L4PA 5A3HA 1CWYA 5A69A 1WZKA 3UERA 3RJYA 3EMCA 4ATDA 2CITA 5I5RA 1UH2A 2V38A 3CUGA 1GOWA 1EIBA 5FOOA 3BLKA 3AXXA 2J62A 1BYAA 7CGTA 1XC6A 2ZX9A 1ZBWA 1B3WA 4ACZB 1JZ3A 2DSWA 1JF5A 4U31A 2OSYA 3ZQ9A 3SCNA 4F9JA 1W9XA 3WFLA 2VR5A 4H8UA 4W85A 1E6PA 3AMGA 5CGTA 1CXIA 3CHDA 3ZJ7A 3LMYA 1P6WA 3AISA 2J47A 1FP8A 1GJUA 5FKYA 3W28A 2WBGA 1CECA 5HOSA 2DT3A 5A8MA 1W2VA 1V6UA 3EYPA 1TMQA 4PN2A 3I3DA 1V0NA 1E15A 1OT1A 2A3CA 3PZIA 2QHAA 1UH3A 1JZ2A 4M24A 4OUEA 4UQDA 4CVWA 4ZXLA 4YPJA 3TOPA 4ZE4A 2OLHA 1ISYA 2PC8A 1LG2A 1E72M 5CPTA 3VNZA 1UKOA 3VTRA 1J9YA 4HU0A 1KQYA 1E55A 5A8NA 1IZJA 4KMQA 1LWJA 5ABEA 1BQCA 4JFTA 1J01A 2CHNA 1E3XA 4HPHA 1VJZA 2D3NA 4FLOA 1BYDA 4CD8A 4QP0A 3BAWA 1J11A 1OIMA 3GBEA 1WP6A 2F61A 2XGBA 4MNMA 4E2OA 1NOWA 4PMXA 2GVYA 3M07A 1UR8A 5BRQA 4WJXA 5JBEA 3WEOA 1HJSA 3OLGA 4B15A 1PZ2A 3ALGA 3CMGA 1H0IA 1OGSA 1GOOA 4YHEA 3M46A 4PTWA 4ML4A 3S2CA 4AY1A 4H8VA 5CG0A 2VJXA 3WF2A 2WK2A 4W7UA 2A3BA 4U33A 2G41A 1AMYA 2VX4A 2WAGA 3CPUA 1H49A 4QLJA 3VMNA 2O9TA 2WWCA 4N0RA 3ZO9A 1ODUA 2FGZA 2DIEA 1E6SM 3VGBA 5M3WA 1ZU8A 3EDKA 4PTXA 4QDMA 2OSWA 3BH4A 3AI0A 1PBGA 1HP5A 3G6LA 5M03A 2GK1B 2CESA 2ZXAA 3K8LA 4KGJA 2CBIA 4CN1A 1O6IA 5E0FA 3CBWA 4ZENA 2J7BA 4PMRA 1QHPA 4KRTA 2E40A 3WELA 5DT7A 2VR4A 3MANA 1XYFA 2BV9A 1DWFM 5HPOA 2WMFA 3W24A 2WANA 4ZE5A 3L4WA 4AD5A 3WQWA 2VZSA 3BC9A 3CZGA 1K9DA 3SCTA 2XWDA 1U2YA 5JIWA 2VZOA 1US3A 4JIEA 4X0NA 5EBAA 1W1YA 2PBGA 1XSJA 3AS2A 4P8XA 1JZ7A 4QAWA 4AC1X 2Y2WA 4P7RA 4Z2JA 3SUUA 1LL7A 1GQJA 1OGGA 2BY3A 4RE4A 2BHZA 3LPOA 4J3WA 4J27A 1H4PA 4ATWA 1W3JA 3EMQA 5LA0A 4YHGA 3CHEA 3SEPA 2WNWA 2O9OA 1HJWA 4WSKA 2VQUA 2DT1A 2JIEA 2XHYA 4A3YA 3BMVA 4D6GA 1UD5A 4PMYA 2D24A 3N9KA 3ZSTA 3A3HA 4QLKA 2CHOA 4AZHA 1QPKA 5HBFA 3GM8A 1ZBCA 4UNIA 3MV01 3AIEA 2WZEA 3CO4A 1S46A 1B31A 4UFIA 1TCMA 1E0VA 1QI2A 1FFRA 1GHSA 1QNOA 2GDVA 4PMDA 3B9EA 4DWSC 1M7XA 1G01A 2XFRA 4H8HA 2UY5A 5DF0A 1V3JA 3WH6A 4PSPA 3T0DA 4W8BA 1ZL1A 1V0LA 1UD6A 1RP9A 2VZUA 1WZLA 1BPLB 4DUXA 1GOQA 1UQZA 2MANA 4UFJA 4UFHA 1VJSA 2PBOA 1JAEA 4PRWA 4CUCA 2CBUA 3VM5A 2UY4A 3S6TA 2C8NA 2E8YA 3WQ8A 2DSVA 2ZXQA 3ARXA 4GQQA 1B30A 5A6MA 2J7CA 1KGWA 4HZ8A 1QNPA 4DUWA 2BY0A 3WENA 4UZSA 3IAQA 1SYTA 3L2LA 4BCEA 4D6JA 4S3JA 4B3LA 2ZUVA 1M53A 1L8NA 2CNCA 4UQAA 3HJEA 1HXJA 1KR1A 3OLIA 1EA9C 4GZJA 1LLOA 5DEZA 1TE1A 4V28A 3RDKA 4IPLA 5CPQA 3K4DA 1CZ1A 2D23A 4HA1A 3A6OA 1EDTA 1KCKA 2D0FA 5FD0A 5JIPA 1CXHA 2VCAA 7A3HA 5I78A 1HL8A 3AHYA 2AOSA 4K68A 4J3XA 1MFVA 5ABHA 3VGDA 1J18A 1VF8A 1CXLA 1DWGM 3ZT6A 3BCFA 1I75A 2WCGA 5AY7A 3SCVA 3CZKA 1PIFA 2JE8A 4R27A 1C7SA 2VT0A 4JKLA 3CUJA 1E70M 1ZBKA 3QGVA 1G1YA 2E9BA 3RM9A 1XD0A 4OBSA 1HP4A 2J77A 4J3UA 2GSJA 4WKHA 2Y4SA 4FLQA 1V6XA 4UZUA 1EDQA 2V5CA 1NOFA 4W84A 2DT0A 3WBAA 1HVQA 4PCTA 4LYQA 3THCA 3TONA 5BYWA 1FH8A 3B9AA 3KL0A 4UOQA 2FH8A 1UH4A 4HZ6A 3CLWA 1OSEA 1V08A 2ZE0A 4L4OA 1BG4A 2Z1SA 1RP8A 4KRUA 3ZJ8A 2GFTA 4PMOA 3WUGA 3II1A 3THDA 1CNVA 4ACYA 2YKKA 2WZIA 1C3FA 3VM7A 3SURA 4HA3A 1EQCA 2EPNA 1UKPA 3GH4A 4JHOA 4E8DA 4HOWA 1V02A 1L0PA 4IUGA 2VC9A 3ARYA 3WUBA 2XG9A 3JUGA 3A47A 1WDSA 2XYLA 3VGHA 1E6NA 3WH5A 2ZX5A 3FAWA 1GONA 2CYGA 4JCLA 3F5LA 4JFVA 1CTNA 1QI4A 5I77A 1A3HA 4H04A 1DWHM 4S3KA 3BSGA 1VFMA 2YBTA 3DC0A 5FL1A 4TXEA 1KR0A 2ZXBA 1CGWA 1JD7A 8A3HA 4W8AA 4WK9A 4J3SA 1TR1A 1HJVA 1NARA 3PZ9A 3VMOA 1TVPA 1E1EA 3POCA 2E4TA 1M04A 1VEOA 4Z2LA 2ZXDA 3AZSA 5A6AA 1JZ8A 3WMSA 3WD4A 5CSUA 4AZ6A 2VX7A 3MUZ1 5I79A 3N11A 4P7LA 3HU7A 4UR9A 3PZQA 2E3ZA 1W1TA 2NW0A 1Y7VA 5TD4A 4AZCB 5D9NA 2GK1A 4Q22A 2YA1A 4NSBA 3MKKA 1C93A 4PUDA 4W7WA 1BVNP 4BQ5A 1C91A 2YDSA 2X05A 4CCDA 1JL8A 1QOXA 3SCUA 1CEOA 2E9LA 4H2CA 3RIKA 3WY1A 2W66A 3VX0A 3VMPA 3PTQA 1RD6A 2CETA 1LQ0A 2FHCA 4JL1A 2G3NA 4D6IA 4H41A 2G3MA 4X0VA 3WQ5A 1BYBA 3AJ7A 1CXEA 3SIMA 4LGXA 4JZ5A 3VKKA 3OLEA 2FH6A 3BMWA 4PMUA 1G94A 3ZR5A 4GPNA 2VRJA 3ARPA 1FHLA 1BTCA 2IXUA 3MUIA 1E71M 2VX6A 1E4LA 3O6AA 1R8LA 4F79A 2GJRA 1VEPA 2IUZA 4TVUA 3WKZA 1X6LA 4ZEPA 2GJXB 3QHOA 4AIOA 4PUEA 4OBRA 6TAAA 2W67A 4AEEA 4AIEA 4NF7A 1GORA 2AAAA 1KB3A 2WMGA 1JDDA 4XZWA 2WHKA 3MUAA 1X1NA 2WWDA 2WW5A 1OT2A 1XCXA 3N04A 3VOCA 2PWGA 4AMCA 4QFUA 1E9LA 3VGGA 1SMAA 1ZJBA 2EQDA 3AZTA 3UEQA 1Q6EA 1HVXA 4C7FA 4DWSA 1WE5A 1XYZA 4JKMA 2PWFA 1J0IA 3IJ9A 2WHLA 1JI2A 2PWDA 3AHXA 4P8VA 1PPIA 1PAMA 1XH1A 3LPGA 4OJYA 3AIRA 3FY1A 2DDXA 1C8XA 3TP4A 4KWUA 3AHVA 3ARRA 2CXGA 2XM1A 1SR0A 2UY2A 1IV8A 3AMLA 3O2LA 2ZX7A 3ZJ6A 1AQ0A 4W5UA 1XH2A 2CKSA 3L4YA 4MTVA 3WDHA 5A6JA 4JAWA 1GPFA 4WF7A 2D1ZA 2JEPA 4TUFA 1H1NA 4F9DA 3W6MA 2VZVA 1MW3A 3SCWA 3VX1A 1E56A 5GQBA 5FIPA 4M81A 1UR0A 3PZTA 1J0JA 3U7VA 3TTQA 3VD7A 4WLCA 1MW0A 1HIZA 3GH7A 4JFUA 4MB5A 3W4RA 2YA2A 4Z2IA 4MNJA 5F7UA 1CIUA 5E9AA 2DSUA 3W81A 4HMCA 2X2YA 1KWKA 4FMVA 4W89A 1QBBA 2BXZA 3VD9A 1BGAA 3LPPA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2X0H A;  5HPC A;  1NQ6 A;  4AIU A;  2HVM A;  2WVS A;  4HPG A;  1UD4 A;  2AMG A;  4MJ4 A;  4CVU A;  4CN4 A;  2YL6 A;  4QLL A;  3GXM A;  4GIN A;  4XUY A;  3AYR A;  3VIH A;  1BYC A;  1XGZ A;  3GH5 A;  2XVP A;  4GO9 A;  4JL2 A;  1QVB A;  4PMV A;  1Z32 X;  1UR1 A;  5BXR A;  1JZ5 A;  3AYS A;  1AQM A;  1QI3 A;  2JF6 A;  1B2Y A;  4HME A;  5A95 A;  1GQL A;  3VDA A;  3B9D A;  1MQR A;  4HP5 A;  4M56 A;  3ZSS A;  4EE9 A;  4TTG A;  1J10 A;  4BS0 A;  3O9N A;  1VFF A;  2W92 A;  2NT1 A;  1DED A;  5I0D A;  4URI A;  5AYI A;  4J3V A;  4DWS B;  1KBB A;  4D6D A;  3U57 A;  2UWF A;  4Z2G A;  2XII A;  3AS0 A;  5HXM A;  5GPR A;  1XHG A;  1B3Z A;  2E0P A;  3BAY A;  3F5J A;  1TFV A;  2ZWZ A;  2Q8X A;  1MW2 A;  1V02 E;  3SCS A;  5E09 A;  2DEP A;  4E4P A;  1B0I A;  4NI3 A;  5GNZ A;  1PZ3 A;  1FHD A;  2ZUM A;  4UTF A;  1ISV A;  2PB1 A;  1UWQ A;  3WIJ A;  2BHU A;  3NIY A;  1KXT A;  3DHP A;  3D3A A;  1W1P A;  3FXY A;  1H41 A;  1H11 A;  1K9T A;  3WBE A;  4MJ2 A;  2WMI A;  3VU2 A;  3W38 A;  3EDF A;  4NRS A;  1ISW A;  1TZ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2X0H A;  5HPC A;  1NQ6 A;  4AIU A;  2HVM A;  2WVS A;  4HPG A;  1UD4 A;  2AMG A;  4MJ4 A;  4CVU A;  4CN4 A;  2YL6 A;  4QLL A;  3GXM A;  4GIN A;  4XUY A;  3AYR A;  3VIH A;  1BYC A;  1XGZ A;  3GH5 A;  2XVP A;  4GO9 A;  4JL2 A;  1QVB A;  4PMV A;  1Z32 X;  1UR1 A;  5BXR A;  1JZ5 A;  3AYS A;  1AQM A;  1QI3 A;  2JF6 A;  1B2Y A;  4HME A;  5A95 A;  1GQL A;  3VDA A;  3B9D A;  1MQR A;  4HP5 A;  4M56 A;  3ZSS A;  4EE9 A;  4TTG A;  1J10 A;  4BS0 A;  3O9N A;  1VFF A;  2W92 A;  2NT1 A;  1DED A;  5I0D A;  4URI A;  5AYI A;  4J3V A;  4DWS B;  1KBB A;  4D6D A;  3U57 A;  2UWF A;  4Z2G A;  2XII A;  3AS0 A;  5HXM A;  5GPR A;  1XHG A;  1B3Z A;  2E0P A;  3BAY A;  3F5J A;  1TFV A;  2ZWZ A;  2Q8X A;  1MW2 A;  1V02 E;  3SCS A;  5E09 A;  2DEP A;  4E4P A;  1B0I A;  4NI3 A;  5GNZ A;  1PZ3 A;  1FHD A;  2ZUM A;  4UTF A;  1ISV A;  2PB1 A;  1UWQ A;  3WIJ A;  2BHU A;  3NIY A;  1KXT A;  3DHP A;  3D3A A;  1W1P A;  3FXY A;  1H41 A;  1H11 A;  1K9T A;  3WBE A;  4MJ2 A;  2WMI A;  3VU2 A;  3W38 A;  3EDF A;  4NRS A;  1ISW A;  1TZ7 A; 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