2V82 | Genus

Total Genus 64

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	64
sequence length	205
structure length	205
Chain Sequence	QWQTKLPLIAILRGITPDEALAHVGAVIDAGFDAVEIPLNSPQWEQSIPAIVDAYGDKALIGAGTVLKPEQVDALARMGCQLIVTPNIHSEVIRRAVGYGMTVCPGCATATEAFTALEAGAQALKIFPSSAFGPQYIKALKAVLPSDIAVFAVGGVTPENLAQWIDAGCAGAGLGSDLYRAGQSVERTAQQAAAFVKAYREAVQL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Characterization and crystal structure of Escherichia coli KDPGal aldolase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-DEHYDRO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGALACTONATE ALDOLASE
molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
total genus	64
structure length	205
sequence length	205
ec nomenclature	ec 4.1.2.21: 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase.
pdb deposition date	2007-08-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01081	Aldolase	KDPG and KHG aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2v82A00

2J88A 4PL2A 4OBTA 4LU0A 3PBYA 1A5CA 5FF2A 3UD6A 1JCYA 4OHQA 4O28A 4CCDA 1YDNA 4IMGA 1GYNA 1X1OA 2ISVA 5IM51 1JUBA 3IGSA 1T8XA 1GPWA 1QPQA 5F2GA 4HPXA 1FBAA 4Z0JA 5LKYA 1TRDA 3W75A 2PCQA 4O52A 3L0GA 3O15A 1YXYA 4Q33A 1SFLA 4PTNA 2RDTA 3UWQA 1FCUA 1DV7A 3G0SA 3FKKA 2TMDA 3TSDA 3KHJA 1W54A 4O16A 5C55A 3JR2A 1GTHA 1IXPA 1G6CA 4H3DA 3DFTA 4FB7A 1LOQA 4ICNA 2R91A 4OGZA 4HHPA 3ZWSA 5F1VA 2DZTA 4UTTC 3WJXA 4JX4A 2XFWA 4M7SA 1WYIA 1JJKA 2F84A 3A5VA 1TIMA 4GE8A 1VQTA 5AHIA 2A85A 2CU0A 3BLIA 2J9YA 1SQ7A 3LLFA 1K7EA 4MYXA 1VJIA 3C3NA 3M41A 1FUYA 1JCMP 1GYLA 2NX3A 4OWGA 1LBMA 1XUUA 3W7RA 1I2OA 3CIWA 2A5HA 4UTHA 1LRTA 3M0ZA 3TAKA 4WJEA 1GT8A 2C16A 4LRTA 4R33A 3I7RA 1TQXA 1R30A 1ZFJA 2WOQA 2QCDB 2WSRA 2QEZA 2C14A 2AAMA 4AB4A 4NNBA 1WOBA 1MO0A 4HNVA 1JCLA 2VELA 3MYPA 4UR7A 3PSWA 3MHFA 3LCFA 1IF2A 3LRLA 4JS3A 2QF7A 3NQMA 1VH7A 3R2GA 2J27A 1IXOA 3W2KA 1LTDA 3W9ZA 2Y62A 3TX9A 3L2IA 3W1UA 3PM6A 2E6YA 2OT0A 3EWUA 5D09A 4LW7A 2A7NA 3H55A 1VLIA 4ZL1A 5D2VA 3DZ1A 4M7TA 1AMKA 3DFOA 1H1ZA 5J5DA 5LNUA 1RPXA 3KVMA 2NWRA 4BI6A 4GRSA 1QCWA 2CLHA 1M5WA 1TJPA 3PBWA 3LRKA 1OK4A 4AWSA 2E1DA 1F74A 1YXCA 3W1RA 5KMYA 1SU5A 1H61A 3I65A 5BNKA 3SFKA 3NL5A 5EBUA 3BVJA 2JGYA 3DBPA 4GC4A 4CNOA 3N19B 3IVTA 1DVJA 3PUOA 1PCKA 1TPB1 4JTSA 3N3MA 1XKYA 4UFIA 3S9YA 3LRMA 3BPWA 2CLIA 1X8FA 3UYCA 2QUVA 3E9AA 4O54A 3IEBA 3F4WA 3WFAA 1FX6A 2ZZ1A 4UTIA 4GBUA 1VYPX 2NV2A 4Y90A 3GR8A 3LCXA 3NA8A 3PUDA 5J5RA 4FXSA 4CLMA 2B7PA 5I3IA 3H54A 4POCA 5D32A 4YCOA 4FO4A 1XI3A 1ME7A 3TQKA 3UWUA 1XBXA 3N2MA 4A2SA 5CZSA 3GX9A 5CPMA 3QPZA 3QMRA 1RQHA 4JD4A 4O50A 4WOQA 4Z08A 1LOLA 1J2WA 5D2YA 3W7GA 3W1TA 2C19A 4AAJA 5DELA 2FPVA 1ZHAA 1P1XA 4IX0A 3W22A 4IOTA 1OK6A 2QAPA 4O53A 1Q6QA 1FY6A 2ALDA 4TO8A 4S2CA 3BO9A 3TW7A 3E02A 1W8SA 5L6UA 1TV7A 3QRHA 1FWTA 2CZDA 4PH6A 1XCFA 3NEVA 3DHFA 4LUIA 4RJEA 5KSWA 3Q94A 1LBFA 3QQ1A 4TR9A 2E09A 3M16A 1JCJA 2I14A 5G1TA 4FX8A 1FDYA 4MOZA 1SW3A 1TO3A 2H8XA 1HG3A 3HG2A 4N2YA 2YCEA 2X1RA 5AYZA 4IXXA 1VC4A 3W83A 5K2ZA 1QAPA 4IJBA 1G4PA 1KV8A 1ICPA 3ZR4A 4Z1CA 3G8EA 2P1FA 1LCOA 1RVGA 2QCHA 3INPA 4O14A 3RLUA 2WQPA 2I9EA 2CZFA 2DU2A 3HGSA 4JY8A 1PS9A 5F4WA 4QNWA 1P0KA 4UTKA 3TV8A 1ME8A 1G7UA 1V5XA 4UFKA 4YCPA 4XWUA 4EWND 2E68A 1V7YA 3HG3A 2FB3A 4LS2A 3ATZA 3G0UA 1Z48A 2PE4A 5MHBA 3TMLA 3NDOA 4N9CA 2EHHA 3BLEA 3NL6A 3OEXA 5FEZA 3MW7A 3QH2A 3KRZA 4EIVA 3SW6A 2V81A 3B4UA 4DEFA 3Q2DA 1RQEA 1OX4B 4IXHA 5FF3A 3S5ZA 3MI2A 4WY0B 5D33A 3UY7A 4XQ6A 1WOAA 4BK9A 3S6DA 4GUJA 2EF9A 3O6YX 3W87A 4K7YA 3HG5A 3N14A 1MXSA 3G18A 4UIOA 3EX2A 2QDHA 1EWDA 1YPFA 5U4NA 2J24A 3GIYA 1SW7A 2DZSA 4Q4KA 4UMAA 3UPBA 3W84A 1L6SA 1VCVA 3PG9A 1Z41A 1W3NA 4MJZA 5AHEA 2Y85A 3O05A 4E0CA 3VFLA 4EVZA 3ELFA 2YFNA 3USBA 4XBSA 4A3UA 3B8DA 3VI2A 3WJYA 5LZLA 2NUYA 4Z1BA 1U5JA 4MYAA 3B06A 1G7VA 2DZVA 5E93A 1TJRA 2G97A 3MP3A 1H7RA 3GK0A 3NNTA 3QMSA 1ZAIA 3ANYA 1DQXA 2X1UA 1C9DA 3OHIA 4NJJA 4IPIA 1KM2A 3HOJA 4QITA 3HIJA 2FB2A 2RKXA 1ZAHA 3M6YA 3LLDA 5DN1A 4JICA 3A23A 4O1AA 3S42A 1S5WA 2YX0A 1BWKA 2JKAA 3DU0A 3NQEA 4WOZA 2NWSA 3G22A 3LHTA 4RCXA 2UV8G 3LHYA 4ZQNA 5I3GA 3S0CA 4HNUA 2JK2A 1W31A 2DORA 2Y7DA 2Z1BA 4K8EA 3M43A 2A0NA 1H60A 1QOQA 3LOTA 3W7PA 1EEPA 2QUTA 1TMHA 1VPXA 4IMFA 1UBSA 3Q37A 1H63A 1IIHA 2ZRZA 2OMAA 2ZQ0A 3IV3A 4JTKA 3UZ5A 5C5YA 4MVAA 3RFAA 4MZ8A 2GJNA 2QJHA 1TPFA 4R34A 5D02A 4PL1A 5GVJA 4DF2A 4LVDA 2PRMA 5CZJA 4JXCA 4LVBA 1D9EA 3BG9A 1TQJA 3UWWA 1G4SA 3BK0A 3GYEA 5HWMA 1OFDA 3NAVA 3R12A 3VE7A 3W2LA 5BRBA 3C2EA 1WDWA 3NGJA 4ADTA 1KTBA 1EWEA 3P80A 2ZA3A 3NQ8A 3P5ZA 1SO5A 3B0PA 2VEIA 5F4SA 2CW6A 2QCCA 4RLIA 3G24A 4O1DA 3KRUA 3SZ8A 3THQA 3KAOA 1N7KA 4DBDA 5AYXA 3CEPA 1YDVA 2RHGA 3GNDA 3DI0A 1MEHA 3GKFA 3TAOA 4YWIA 5G2WA 1BKSA 4AF0B 2CZEA 3G1YA 4WY0F 2QCEA 1ZALA 4LVFA 1LZOA 1R2TA 4O13A 1OFQA 3A21A 4ADUA 4ORIA 4WXYA 4HNNA 2CZ5A 5K4ZA 2FLIA 4LS1A 4A29A 4PFMA 1U83A 3PVFA 5CSRA 4IMEA 3W7NA 4N9DA 5AB3A 4FNUA 1LLWA 1ONRA 4BR1A 1SO3A 1Q45A 1OYCA 3S5NA 4JDBA 3DFQA 1TPUA 1R2SA 2ZTJA 1OF8A 2FQIA 3NM1A 4PODA 2HMCA 4KKXA 1AW1A 4O57A 5FEXA 3G3DA 3TK7A 1FQ0A 1OYBA 3EWZA 3D0CA 3NQDA 3TFCA 1EP1A 1VR6A 3S1VA 3LHWA 4K8HA 2V5BA 3KOFA 3QYQA 1K8ZA 2NLIA 1XXXA 3P84A 2GQ9A 3I7SA 3TFXA 1FDZA 3TXVA 1OFPA 3CB8A 3L67A 3BARA 2E6AA 3LI0A 3IGXA 3PSVA 2H6RA 3HB9A 3W7EA 3LHVA 4E2BA 2GVGA 5CGQA 5FF4A 1YTKA 3EX3A 1JUKA 4NZJA 2FPYA 4HT3A 3N9SA 1GVSA 4HSOA 4JDYA 3TNOA 2FIQA 3MP5A 1YADA 4M5PA 2NXIA 4IX2A 1GVRA 2ATSA 4ZQMA 3SI9A 3EXRA 4BFAA 1KFBA 4U4MA 5AOUA 1B9BA 4IQLA 3TSBA 2X16A 4Y9AA 5TQLA 3KFTA 4FF7A 4NT0A 5AHMA 1BEUA 1SO6A 3BGGA 5G5IA 3IIZA 1AW2A 1EA0A 8TIMA 2C3ZA 1JCNA 4GUIA 3CWOX 1H7NA 4N6EA 3LCGA 1SZNA 1EP3A 1TPDA 4FNTA 3EB2A 3NL3A 4CNNA 3W2JA 3DXIA 2CLLA 4X22A 4LC6A 2YR1A 1I2NA 5K7JA 1K3UA 2W6RA 5FI8A 4DQWA 3GXPA 5DXXA 4C1LA 4GJ1A 3R5EA 5LNSA 4PCFA 3W7IA 1VRDA 3CLMA 3LCLA 3SY5A 4S1FA 1NF7A 2PURA 2Y7FA 4M6QA 3QJAA 3HMJG 5AHFA 3TE9A 2VEMA 3EKLA 5A8GA 3G1XA 3UWYA 5LGZA 2DZUA 5HUOA 3FJ6A 2A2IA 3C2RA 2C13A 5EPDA 1Y0EA 4UFJA 3GLCA 3MMTA 3C61A 2A1YA 4RV8A 2O7QA 3S5OA 2ZZ2A 4L4LA 1KTCA 2VOMA 3HPSA 4MZ1A 3LBCA 5LSMA 1TREA 2EAWA 4BI5A 4HNTA 3GB6A 1JRBA 1B4EA 2NX1A 3DKJA 1KLZA 3W7MA 3C2VA 5CPLA 3NPUA 3UWZA 2VC6A 3W7DA 1WAUA 4XUGA 4AEOA 1TPVA 1SSDA 1TYGA 2Y70A 3M1ZA 1TPWA 1AL8A 3YPIA 3N73A 3W7KA 3W85A 1K7XA 3CU2A 1N55A 3WJWA 5HQEA 1QPNA 1LYXA 3BGJA 1TB3A 5I3KA 3LI1A 3S8HA 1G4TA 5AN7A 1I45A 1ZJIA 3PUEA 3TDFA 3G3MA 2V8ZA 1H51A 4RX0A 1K8YA 1X6UA 3TKFA 4E38A 1XFBA 3W7CA 1KM4A 2YYTA 4MLJA 1KM6A 3CPRA 5CPNA 1W5NA 1L9WA 3PAJA 3C8FA 3QFEA 1S3HA 1RV8A 2X2GA 3PG8A 5A5WA 2NX9A 3PULA 4NUWA 4OV9A 1PL9A 1P4CA 3LXAA 2ZA1A 3CHVA 4LVGA 2OCZA 3DFPA 2GQAA 1K02A 3UWVA 3RLVA 5LNWA 4I9AA 4NVTA 1K03A 2V30A 1JQXA 4YL2A 1O4UA 4FX6M 1OABA 2R14A 2Z6JA 1SSGA 1DJNA 4ZQRA 1UASA 1RZMA 1KM1A 1KFJA 4Z0SA 4NXSA 2OX1A 5LHFA 3QC3A 1LM1A 4K39A 5CZ0A 3L9CA 3L68A 3FKRA 3STFA 3W7OA 2J9ZA 4JIPA 3EX1A 4KFPA 4WQ6A 1H62A 1NFBA 1AL7A 5KTLA 1OG0A 4NJHA 4LNYA 4UTWC 4TU1A 5E0KA 2QR6A 2GVLA 2RDUA 3W6YA 4JTTA 1EX5A 2ZZ6A 4P2VA 2FDSA 2Y88A 4M6PA 2YW3A 3GR7A 1DOSA 2ZA2A 3C56A 3NQ7A 3P8IA 4K36A 3LHUA 5IBXC 3TSMA 1QPOA 3MO7A 2QDGA 2AQWA 4X3ZA 5CZTA 1WX0A 1QWGA 5FF7A 2D73A 3F03K 4DF1A 3O8AA 1H1YA 3Q58A 2HS6A 3DH7A 4UCGA 1C8VA 1VLWA 3GXTA 2QKFA 2X1SA 3NQ2A 1DKWA 1T96A 3C0JA 2YZRA 1OFBA 5BW6A 1KM0A 3IRDA 4Z1AA 4ZMGA 3W2NA 2ZCGA 3A22A 4XKYA 4UTLA 3W73A 4N9BA 1X7FA 4MY9A 3LTYA 3WK0A 1QPRA 1TCDA 2Q3OA 1DJQA 3B0VC 4AHQA 2ISWA 5D2TA 4YXGA 3GDKA 1SZFA 2YYUA 3F1QA 4O0KA 4JTEA 2QJGA 4WZHA 2TPSA 3STEA 4AH7A 3S1WA 1FXPA 2NZLA 4LV9A 1OFOA 3PWAA 5K9CA 2Z0IA 3P62A 3P74A 5F2MA 2V5LA 1OX6A 3P82A 3W7JA 3R89A 3SGZA 4TIMA 4UC5A 4OU1A 1NAL1 1JRCA 3THAA 1W3IA 3UQNA 5D04C 3TR2A 3OBKA 4DF0A 1VGAA 1HO1A 4LT9A 3C52A 2XN0A 2Q8ZA 1SPQA 3DGRA 4UR8A 3NQAA 4IUOA 5KZEA 1TV8A 1ML1A 4R53A 4O12A 3W70A 3O6CA 4OT7A 3C2OA 1SFJA 1A5BA 5HWNA 3RU6A 1VCFA 7TIMA 1O5KA 1GJPA 1WQ5A 5HR6A 1JR1A 3IIOA 2VFGA 5I3HA 3P8JA 4GFSA 1OF6A 4LRSA 3RMJA 1WXJA 2BXVA 3LTPA 4UFLA 2CLKA 1LLZA 4X2RA 1DHPA 3PS7A 3QPYA 5AFDA 2RFGA 3SR7A 3LBMA 2GVJA 4UTUA 1OX5A 3QSRA 3U6WA 1DBTA 1TTQA 5DCDA 2V9DA 1LROA 3GZ3A 5C2XA 4GUFA 3E12A 2O7SA 2H90A 3QF0A 3K30A 1ZY9A 2Z6IA 3L0KA 3LM7A 1S5VA 4O15A 4FHAA 2NUWA 1H50A 2QCFA 4MFDA 2CFFA 3DAQA 5LGXA 4Y96A 5HWJA 3A9IA 2EPHA 2YPIA 1H5YA 4GUGA 3M5YA 2ABAA 4RXGA 1R47A 2XN1A 1WV2A 2BWGA 3FS2A 4LS0A 3NQ6A 3QM3A 1S5TA 3OA3A 2GUUA 4K38A 3HO8A 2X1TA 1UB3A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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