4DBD | Genus

Total Genus 77

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
sequence length	210
structure length	210
Chain Sequence	KSRVILAMDKPLSYQVLKEMENELYGIKVGLPLVLDLGVDKTRELLIGLDVEEIIVDFKLADIGYIMKSIVERLSFANSFIAHSFIGVKGSLDELKRYLDANSKNLYLVAVMSHEGWSTLFADYIKNVIREISPKGIVVGGTKLDHITQYRRDFEKMTIVSPGMGSQGGSYGDAVCAGADYEIIGRSIYNAGNPLTALRTINKIIEDKVM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Sulfolobus solfataricus
publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Sulfolobus solfataricus rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	77
structure length	210
sequence length	210
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2012-01-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4dbdA00

1W8SA 2Q3OA 3S5ZA 5SWUA 3LOTA 1W37A 2A85A 4RK8A 4UTJA 4IJBA 3GR7A 4AHPA 2FDSA 5BNKA 1LZOA 3PWAA 4PCFA 4R7JA 2PRHA 1CW2A 1XBXA 4UR7A 3GNDA 4GBUA 1OFBA 4RZ6A 2QEZA 5K2ZA 1TPDA 1TRIA 2VKZG 5F2IA 4N02A 1PHWA 3NQAA 1FXQA 4LVAA 1KTNA 1Z44A 1Q6LA 3QW3A 1HL2A 3PBYA 3M5VA 4QISA 3RU6A 3TSMA 4GNJA 1OYAA 3EWUA 4MYXA 4FNUA 1SR9A 3LTSA 5MHBA 1H61A 1XM3A 4LRSA 3FFSA 2JKAA 4IGHA 4HN4A 4E38A 4QQ3A 3C2VA 4NJGA 4ML9A 1H62A 3OVQA 4ZQRA 1H7XA 1LYXA 4N9EA 3W1RA 3LERA 2VFFA 4AHQA 2G5WA 3S9YA 3W9ZA 4ZQMA 2FJKA 1QDSA 3KX6A 5CPMA 1AL8A 5K4XA 3PY2A 3P5ZA 4MZYA 1FCBA 5AYXA 2O7SA 1OVDA 1R46A 3Q2DA 1EUNA 2JKEA 1XBZA 3MBFA 4OBTA 2X1SA 5D37A 1PCKA 1VHCA 2A21A 5DCDA 1TTPA 2NX3A 5CPLA 2C6QA 3W7OA 3DU0A 2PCQA 4GUIA 2RFGA 5C54A 1LLZA 3LCXA 1LOQA 2ZTKA 1O94A 1MEWA 4OV4A 3GDMA 2GOUA 3GAKA 3S5OA 4LY8A 3USBA 3MW7A 3QPZA 3ABOA 4K7VA 1P0KA 1NAL1 1HG3A 4H3DA 2YW3A 3EX4A 3IIZA 1VZWA 2ZQ0A 2H3BA 2YW4A 2DZXA 3BW4A 4UTTC 1IIHA 1H7PA 4MYAA 5AYYA 1ALDA 1H63A 3N73A 4O0ZA 4O1CA 3W7HA 1EP1A 3W7MA 4R34A 1DBTA 3NM1A 3O8AA 3EX1A 1GVOA 3UY8A 5CZJA 3OG3A 1Q6RA 1TTIA 3RLVA 3S1XA 4HHPA 3LX9A 1SO5A 4QSHA 4O15A 4JTSA 3M0ZA 5HR7A 1TV7A 2VENA 1GQNA 3VKJA 3LCLA 3B4UA 5AC7A 1OK6A 1H7OA 2WNNA 1X6UA 2GVLA 1MXSA 3OIXA 4JS3A 1AG1O 3NQMA 2QCNA 2ZZ5A 1W56A 1UUMA 2YYTA 2WSYA 2E5BA 2CLEA 3F03K 5AB3A 2J24A 5BMXA 3DFNA 5AHEA 4BI6A 3QM3A 1VCGA 1OX4A 1YTEA 1QAPA 3EB2A 4IOTA 2Z6JA 3TC7A 1KFEA 2Y62A 3TW6A 5AC8A 2ZZ1A 1SZFA 1KBIA 1IXNA 2GUUA 3TK7A 4A21A 3W3OA 4GWEA 4Z0JA 1GT8A 3W85A 1M6JA 5AYZA 3IGSA 3STEA 1KM1A 5K7JA 4AAJA 5HWJA 1K8YA 5CZTA 4MZ8A 3GZ3A 3QJAA 2ABBA 4IMCA 3DXIA 4ZQCA 1HUVA 5LNWA 3M6YA 3NAVA 2J27A 2Y89A 3DFQA 3P5YA 1P4CA 5I3KA 1TSIA 2G95A 4AEOA 4JX5A 1PL9A 1VCVA 1GVSA 3V75A 4E2BA 5D2VA 1QR7A 2V2DA 3P81A 1OJXA 4XQ6A 3FYPA 5HJLA 4AF0A 5DCEA 4AWUA 1QCWA 5K9DA 5C6MA 3N19B 2NUXA 1LORA 3FS2A 4AB4A 4FNRA 1KFKA 1W31A 4M6VA 3LXCA 3L68A 4DPQA 4JD4A 1FCQA 3O1NA 2X2GA 4LW7A 3O6YX 4GXMA 4O16A 4CCEA 4Q32A 3G3DA 1L6SA 1VJIA 2YX0A 2E5DA 4Y6GA 3W1XA 4NNCA 3STCA 4UTKA 4UTWC 3JRKA 1HO4A 3KOFA 3W74A 1UBSA 5D2TA 2V2HA 5G2IA 1G4SA 1JQXA 3UWQA 2CZEA 1F73A 3T44A 4D2JA 5D02A 1OK4A 3GNNA 1ZENA 2QCCA 2NUWA 1H50A 1IXOA 1LM1A 4LS1A 3UWVA 2JK2A 4XKYB 1SO4A 2RDWA 1OFDA 4KWWA 1OX4B 5TIMA 2AGKA 1W3TA 3DKJA 1VHNA 4TU1A 1OFOA 2DZWA 4Y9AA 2A1YA 1DKWA 2VEKA 5FF4A 3TFXA 4O54A 3OHIA 3A24A 3A21A 3O6CA 5IBXA 3NXFA 6ALDA 3R2GA 1LROA 3W2KA 5G2WA 3C2RA 1NVMA 2ZRVA 4NJJA 5I3JA 1KM2A 3QC3A 4HSNA 4MY1A 1ZALA 1SO3A 3OA3A 3TSBA 3VCRA 3N2MA 2HS6A 4EWND 2DZSA 2GQ8A 1DOSA 3FLUA 3IV3A 1Y0EA 5I3FA 1X7FA 3S5NA 3B03A 1KW1A 1RVGA 5D09A 1F2JA 3LBCA 1SZNA 4XUGA 1TCDA 3GDKA 2RHGA 4ZQOA 3O6DA 1V5XA 3NL3A 4ICNA 3W1MA 3QW4B 4BFAA 3W2NA 2JKPA 1AK5A 1EEPA 3OBKA 5EA9A 1ZHAA 1SFLA 4BR1A 6TIMA 3FKRA 3GDLA 3I6RA 1T99A 3LGEA 3IGUA 4DO5A 4ADTA 1VRDA 5LGXA 3TFCA 3PSVA 1EWEA 3C4UA 2QAFA 1JCNA 3G18A 4BWLA 4BK9A 2FPYA 3QSTA 5EY5A 3GKFA 1D3HA 3LHWA 3QH2A 1GVFA 2ZZ4A 1TMHA 1G67A 3IVUA 4YMZA 5FF7A 2VFHA 3O63A 1KTBA 4Z1BA 3BGJA 4JTHA 4P61A 4RXGA 3QQ1A 3YPIA 4X22A 2WQPA 2Y88A 1PVNA 4C1KA 3TAKA 3M9YA 2Y6ZA 1OFQA 5L6UA 2B7QA 3DZ1A 1UUOA 5K9XA 2R14A 3QMRA 2QCHA 4MLRA 3W7NA 4P2VA 2A0NA 2YFNA 5HWMA 3ATYA 3NPVA 1B9BA 4JX4A 3W71A 4AVFA 3DBPA 2CW6A 1H60A 4A2RA 3G1XA 1LBFA 5G1YA 1M5WA 4JICA 3QPYA 3KAOA 2Y7DA 2Z6IA 3IIOA 2DZVA 3NR0A 3W22A 1AW1A 1JQVA 2VFIA 2QCFA 4FEZA 2V5LA 1FWWA 4CNOA 4O4VA 4JR5A 2Y7EA 4JY9A 1O4UA 3NQDA 3R13A 1Z42A 2NX1A 3BARA 4R33A 3DGRA 4K37A 1ICSA 2J9YA 3W1LA 3I68A 4QAIA 3HPZA 1GEQA 4IXXA 4LV4A 4UR8A 3TR2A 2EHHA 2QUTA 3P8JA 3AO0A 4I7VA 1JUEA 1GYLA 3LM7A 3NQGA 5CZ0A 3C2FA 3TJXA 1WV2A 3LRKA 2GVJA 4LNYA 2BX7A 2TPSA 4PL1A 1H7RA 3BV4A 3W7EA 3PF3A 3PG9A 5DBTA 3N2XA 4ZQPA 1FXPA 5LNRA 4UMAA 2CLLA 1LP6A 2JGQA 3DI0A 3FOKA 4NJIA 1XXXA 3W6YA 1W0MA 3W7KA 4PA8A 2PC4A 2YYUA 2LLEA 1XKYA 4LUIA 5G4WA 3RMJA 2ISWA 2V0TA 3UWWA 1P5BA 4EIVA 4MIMA 1G4TA 1C9DA 1J4EA 3HO8A 3G24A 1SSDA 3HG4A 4UTTA 1IIGA 1U83A 1XI3A 3PUEA 2NV2A 3TJLA 3M44A 5H2ZA 2IQTA 2YFOA 4NJKA 4JYDA 4O53A 2EAWA 4IUOA 2ZZ6A 1GPWA 1O60A 1U5JA 1XUZA 4HPJA 3C56A 2A7NA 5CKSA 4Q33A 3MJYA 4KFPA 5EL1A 1K7FA 5FEPA 1YYAA 1MSSA 4NZFA 3DHDA 4QM1A 3DFTA 2E6DA 2HSAA 3PULA 4O1BA 4UFMA 1YADA 4ZZ9A 3LV5A 2RDTA 3TAOA 2B0MA 4RZ4A 5D38A 2FLIA 3BO9A 2B7PA 5HQEA 3W86A 1H7WA 3LB0A 4JTTA 1X1ZA 5KZDA 4GE8A 3GB6A 4MY9A 1JRCA 3IIPA 4WUIA 3ZFHA 4HKPA 2YZRA 4DF2A 1EWDA 4QITA 3INPA 3W75A 3LLFA 3TXZA 4FXSA 3H55A 4RX0A 1F7BA 3NL2A 1FX6A 4Z1DA 5DXYA 4K38A 1NFBA 2ABAA 3GAYA 2X1UA 4TMBA 1M7OA 4MFDA 2P10A 3VFLA 4KFNA 4JDBA 1OFEA 1K7EA 1K02A 3DENA 5LHFA 2TSYA 3PR2A 2A6NA 3HPSA 4Q4KA 3HGSA 3MBDA 1OYCA 1B57A 5AFDA 3D0CA 2C13A 2DZTA 4AHOA 3HGRA 1G4PA 3VE9A 2QKFA 1I8JA 2DORA 1S5TA 3O05A 4XTIA 1FY6A 3ZWSA 3BGGA 4N2YA 1H7NA 1YLVA 1TV5A 1NSJA 3W2UA 4LVBA 3TCEA 2WV8A 4U28A 3RF9A 2GPTA 3TX9A 1SSGA 4JGDA 4NJHA 3L21A 1LOSA 3HPXA 3SZ8A 2PRMA 3NYZA 1SW7A 3UWUA 4IXHA 2RKXA 4LVGA 3LRMA 2XN1A 3NPUA 1YPFA 1SFJA 2CWNA 3L2IA 1GVRA 1VR6A 3BLIA 1J5TA 3T55A 2Q8ZA 1UB3A 3M41A 4N6FA 1Q3NA 2B7OA 3HJZA 4UTWA 1GG1A 3GDTA 2HTMA 3HOJA 2UV8G 4FNSA 4QIUA 4UUIA 2ZRZA 1NEYA 4JTEA 3S42A 1WX0A 4K36A 4MKNA 2C16A 2QR6A 2Y85A 1K3UA 1ME8A 1KLYA 1ZAJA 3IIXA 1XBVA 3TV8A 4RR4A 3G1YA 2WO5A 3ABQA 1Q45A 1M7PA 1ADOA 3CIWA 4OWGA 3MI2A 1P1XA 3UZJA 3L0KA 2ZYFA 2CFFA 3BVJA 5K3VA 2ZA3A 2FPTA 5CSRA 4Z1AA 4K6AA 3TW7A 1GG0A 4UC5A 4WQ6A 4WZHA 3TSDA 1XFBA 3C52A 3HG2A 1LCOA 4YLWA 1VH7A 4XZ9A 2BLEA 1ME7A 3QYQA 5G4EA 5HUPA 1VLIA 3BG3A 4JTFA 2E77A 1KFJA 1JCLA 2F84A 2E6AA 4L4MA 1EP3A 3STFA 5D33A 2ZFAA 1PV8A 3SGZA 4O57A 3GXPA 1TPC1 1VPXA 3NOEA 3PB0A 1QO5A 1OFRA 1S3HA 1ICPA 2H90A 3MP3A 1FUYA 2QAPA 2EF9A 3GDRA 2DJXA 4FXRA 3NPWA 4IWWA 2QCMA 4H4IA 1GZGA 2C14A 4J9JA 1Q6OA 1YDNA 4UFHA 5IM51 1HTIA 3DI1A 4JDYA 4UMCA 4O50A 4GFSA 2ZZ7A 3EXTA 1GTHA 1A53A 3HGOA 4O14A 1WAUA 2ZZ2A 4NNBA 3TQ0A 3KRZA 3TKFA 3PBUA 1JR1A 3PBWA 4DO4A 4EF9A 3SI9A 3SR7A 4TO8A 2ATSA 3DAQA 4XKYA 4RKAA 1RV8A 5EKYA 5H91A 1QWGA 5LNVA 2C3ZA 4Z08A 4M6PA 3L66A 1F74A 3Q37A 1QPQA 3NG3A 3W1TA 3JR2A 2ATMA 3FKKA 3CWNA 3WJYA 3NQFA 4JNMA 2TYSA 2EGZA 3I7RA 4LU0A 1PIIA 2J6XA 2C15A 4M5PA 3MO7A 2QCDA 3L0NA 3I7SA 3G1HA 3MUXA 1RQEA 2RH9A 2OX1A 2CLFA 3HB9A 1ML1A 1G6CA 3LCWA 4FIRA 2CU0A 1KM4A 1PE1A 4PC8A 3TDFA 4DXVA 1T8XA 2VEPA 2CLIA 3C8FA 3ANYA 4A29A 3CEUA 3NO5A 2ZDRA 4DF0A 1F6KA 3L65A 1DORA 1I2OA 1H51A 1UCWA 1LLWA 1XDMA 4K8HA 5TBOA 3G0SA 5K9CA 4EF8A 1UASA 4AWSA 3S8HA 1Q6QA 4FF7A 1NF7A 1A5CA 3FJ6A 3WJXA 4IPIA 3TNOA 2QCEA 4K8EA 5K4ZA 4CCDA 4PEKA 3VE7A 5D2YA 5DCBA 2B4GA 4O12A 4R53A 2D73A 1OHLA 3H53A 3P84A 4YXGA 5LKYA 4ALDA 1QPNA 1I45A 1LBMA 4IX2A 1WBJA 3W1AA 3EWXA 1VYRA 1I2PA 2E5CA 3MP5A 3RFAA 2V5BA 4LC8A 4WY0B 2ZZ3A 3W1NA 5FEXA 1YDOA 4FO4A 4HT3A 4S1FA 3NVTA 3NQ7A 3C61A 3F4NA 4FX6M 1IXQA 3HGJA 1THFD 1FWNA 5HR6A 5CPNA 1TPFA 3DKLA 1KFLA 3W73A 1NF0A 3HG5A 1TPB1 4TR9A 3G0UA 1JCJA 3LHYA 2VEMA 3BW2A 5J5DA 3T40A 3TU9A 2EKCA 4X2RA 1FDZA 3OVRA 3WJWA 3CC1A 2QCDB 3UZ5A 1KM0A 4QNWA 4JTGA 5FI8A 3MI6A 1JJKA 1WQ5A 4GUHA 4CNNA 1GTEA 5HNRA 4JTLA 3L5LA 4N4PA 2JGYA 4AH7A 3CEPA 5F4WA 4ZL1A 3LCIA 4LS0A 4O8RA 2QJIA 5I3HA 3LLDA 4JTIA 5HWNA 4X3ZA 1YTDA 3G1AA 2A2IA 3DH7A 1TO3A 2DZUA 2Z1BA 4UMBA 3W1UA 1ZAHA 2Y61A 4X9SA 4N9CA 4UIOA 3UXAA 1SO6A 4MJMA 1QPOA 1TQXA 1SQ7A 1A5AA 2WNZA 3W2LA 1GOXA 4XWUA 1EP2A 5ABTA 1SU5A 4DPPA 1C29A 3C2OA 2ZTJA 2A7RA 2ZBTA 5C2XA 1P0NA 3LCGA 1EX5A 3QFEA 2H3DA 3H54A 2A6LA 2GQ9A 4TMCA 3KXQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4DBDA

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