2GSJA

Cdna cloning and 1.75a crystal structure determination of ppl2, a novel chimerolectin from parkia platycephala seeds exhibiting endochitinolytic activity
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
271
structure length
271
Chain Sequence
GGIVVYWGQNGGEGTLTSTCESGLYQIVNIAFLSQFGGGRRPQINLAGHCDPANNGCRTVSDGIRACQRRGIKVMLSIGGGAGSYSLSSVQDARSVADYIWNNFLGGRSSSRPLGDAVLDGVDFDIEHGGAYYDALARRLSEHNRGGKKVFLSAAPQCPFPDQSLNKALSTGLFDYVWVQFYNNPQCEFNSGNPSNFRNSWNKWTSSFNAKFYVGLPASPEAAGSGYVPPQQLINQVLPFVKRSPKYGGVMLWDRFNDLKTKYSSKIKPSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title cDNA cloning and 1.75 A crystal structure determination of PPL2, an endochitinase and N-acetylglucosamine-binding hemagglutinin from Parkia platycephala seeds
pubmed doi rcsb
molecule keywords protein PPL-2
total genus 99
structure length 271
sequence length 271
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-04-26
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2gsjA00
3THCA 4TXEA 3WY1A 1ZBCA 4PSPA 2YA2A 1W3JA 3OZPA 4D6EA 3VGDA 4AD1A 2XGBA 4PUDA 2FHBA 5M3WA 2YDSA 4U3CA 2WANA 3EDFA 5I3DA 1E3ZA 4GO9A 2XVLA 3SCQA 1A47A 3MSGA 4HU0A 4RE4A 2QMKA 2ZXDA 3D5HA 1S46A 1E55A 4HMEA 1QNPA 5GNXA 1XHGA 3BAIA 3WDQA 2Y8KA 3TTYA 3L4UA 4JL2A 1KR1A 3WNPA 2GDVA 3VDBA 4U3AA 1UKPA 3F5KA 2G3IA 3GXMA 4XV0A 1M04A 2WC7A 1OGBA 4DM2A 4KRUA 1JYXA 5E6YA 1E6PA 1B3VA 1G9HA 1E70M 1JNEA 4FLOA 2VMFA 3ARRA 1QNOA 4GQRA 3AYSA 1CPUA 2WSKA 2DT0A 4WIWA 1I75A 3RM9A 3WDRA 4E8DA 1E6NA 2OLHA 3CMJA 4J3SA 4LGXA 4J3VA 2JIWA 4AIUA 2VOTA 3RM8A 4WKFA 2ZIDA 2VC9A 3WNOA 3U7VA 4JKKA 1V03A 3U5UA 1XRVA 3N1AA 3W24A 1GOIA 4GI8A 3VMOA 1W32A 2PBOA 5I77A 2WZEA 3A6OA 2OYMA 4D6JA 3WEOA 5GPRA 3KL0A 3RO8A 2VO5A 4HTYA 3AMCA 1JXJA 1ZBWA 2GK1B 2D0GA 1JZ5A 1JYVA 4OJYA 2UY2A 3IAQA 2B31A 4IPLA 1VEPA 1GCYA 4PMZA 2E4TA 4MAVA 1OINA 4J3XA 1W9BM 2ZUNA 3ZJKA 2Z1SA 3DYPA 3SIMA 2EBNA 3W37A 1QI0A 3WSUA 4ML4A 1OB0A 4PSRA 4FLSA 3WKZA 2WZIA 2CPUA 2AAAA 1M03A 4P7LA 1PX4A 3NDZA 4Z2JA 2A3EA 3MU7A 2W67A 4MB3A 1W9VA 5IFTA 1O7AA 1TA3A 2OWCA 4PMDA 4F9DA 1Y7VA 3SUVA 4TOQA 1V02E 4MB4A 3NYDA 4HA1A 4EE9A 1HJUA 1MQRA 3MMWA 3CZJA 2WCAA 2X0HA 1GW1A 3WL0A 1KB3A 5E70A 3AIWA 5C8BB 5GQBA 2W4XA 3N13A 3VD7A 2VJXA 5HOSA 1TVNA 3BMWA 4V27A 3QR3A 1V6UA 2PF0A 2WMHA 3ZJ8A 2UY3A 4PMVA 3AZTA 1V0NA 1BPLB 3EMQA 3ARYA 1NARA 1VJZA 2CBVA 5GNZA 2ZWZA 2GUYA 4EK7A 1ZBKA 1JD9A 5FOOA 3WD0A 2ZX5A 5BWFA 2YL6A 4MB5A 3OZOA 3WD4A 5CPQA 1IZJA 1TR1A 2VRQA 3M07A 3THDA 3VD9A 1W3KA 1VEMA 2EPKX 1CGVA 2DT1A 4UQBA 2VNCA 4GO8A 3ARPA 4W7VA 2ZX7A 2TAAA 1UZ4A 1EDGA 2BVTA 5AYBA 3VGEA 4MPKA 5A94A 4WLCA 2WMFA 5I23A 2VRKA 2J62A 1ISZA 1L8NA 2BY1A 3VIJA 3AS0A 3MUIA 1WZMA 5A69A 3HMCA 5A6SA 3UG4A 4U31A 1C92A 3CUFA 1E5JA 5CQ1A 5E0CA 2VQUA 1GOOA 1UQZA 1R7AA 4UFHA 4CN6A 1UR4A 3PZUA 4D1JA 4PN2A 1C7SA 3G6MA 3GNPA 3FHQA 1FP9A 2E40A 4YN5A 2ZUSA 3WDPP 2CKSA 1BG9A 1VRXA 2VX4A 3U57A 4JHOA 3AISA 5CG0A 1BYAA 1ODZA 1DHKA 3BAXA 3WH9A 3WMSA 5JIPA 3N17A 4AD2A 1UWRA 2QHAA 5D9NA 2PI6A 4W7WA 4B3LA 2WKLA 1XSIA 4CKQA 3RMEA 3WUEA 3W81A 3RPMA 1J11A 2J25A 1QPKA 3UG3A 1WZAA 1C8XA 1C8QA 1UR2A 3ZO9A 2ZUVA 4ZENA 5A8PA 4LQ1A 1C3FA 4PCSA 3VU2A 3KEHA 1CBGA 1XSJA 1JZ2A 2VZTA 2WC4A 1VENA 3B9AA 4DWSD 5ECUA 4H8UA 2BFGA 1EQPA 4PCTA 1BYBA 3VX0A 3POCA 1OSEA 3BCDA 4W89A 2DEPA 2E3ZA 1GQLA 4H8HA 1TVPA 6CGTA 1JDCA 1QI5A 2W62A 2IUZA 4A3HA 2QMJA 5DMYA 1XD1A 5I79A 3I3BA 2DDXA 1UOKA 1XYZA 3MMDA 2CESA 1W1TA 5GNYA 1TFVA 1TE1A 2X2YA 1XCWA 4YPJA 4QAWA 2VTFA 4AEEA 2VZUA 1QBBA 2VVNA 3SUWA 4CD6A 1L0PA 5CLWA 2W66A 4S3JA 2DSZA 4B9ZA 3RM4A 5I5RA 4FMVA 5A6MA 4M80A 4A3YA 3BSHA 2JF6A 3BAWA 4EKJA 1DTUA 4ZXLA 3VIOA 4J28A 1UD4A 1OGSA 1NP0A 3APGA 3CMGA 1JFXA 2JALA 5A8OA 3O2LA 3GXDA 2W92A 3PN8A 5HDRA 1US2A 1HJSA 2WHMA 1E5NA 5C70A 4TTGA 1QW8A 4PMOA 3IJ9A 2W63A 1DEDA 5EFFA 4JFVA 1TG7A 1E6XM 1VBRA 1NQ6A 2DH3A 2WW5A 2WBKA 4LX4A 4CD7A 3EDKA 5CSUA 4R27A 3MKKA 2AOSA 2JEQA 3ZSSA 2VCBA 3W82A 3K4DA 4HA4A 4D6IA 4CN4A 1EDQA 3WN6A 2CHOA 3CPUA 5BRPA 3WFLA 4F9JA 4M1RA 4JKLA 4C7DA 1IT0A 5FCZA 3GXIA 2ZX9A 3PZQA 1LJYA 3PZNA 4CU7A 1TMQA 1HNYA 2F8QA 1FHLA 2FDMA 4P7RA 2W5FA 5FL0A 1WDPA 1NM9A 1OT1A 3NSXA 1PJ9A 4Q7NA 3VOCA 3A3HA 1ZS2A 4AD3A 3GBEA 3NCOA 2EJ1A 1WNOA 1ZL1A 5JUVA 1W9PA 3AXHA 1BF2A 3AROA 2Y24A 2A3HA 5D9MA 1W3LA 4NRSA 1DWGM 3CH9A 3T09A 2E9MA 3SCNA 2J7GA 4W8BA 1US3A 3NIYA 5A1AA 3AIQA 1UD8A 3WH7A 4X9YA 1CIUA 2WKGA 3W28A 1QNSA 3S2CA 1K9FA 2WMIB 3AZRA 3SCVA 2XIIA 4M24A 5ABFB 2O9PA 4BQ3A 2XPKA 3K1DA 1H41A 1FFRA 3VTRA 1XH0A 2MANA 3KE0A 3JUGA 4AZ5A 3EMZA 3MV01 2DT2A 2VX5A 1KGXA 5A95A 2ZUWA 1C93A 3UR7A 1FFQA 3EYPA 1WDQA 2YA0A 3W25A 3VD3A 3UERA 2BS9A 3VMPA 3SUTA 2CKRA 2D22A 1UA7A 1HN1A 1RP9A 4MADA 4AZIA 5A6JA 1UYQA 1E0XA 2W91A 2YBUA 3UR8A 4HU8A 5CGMA 4JZ5A 3ZT6A 4JL1A 4HPGA 1UA3A 2J7EA 1E4NA 2XFYA 4FLRA 2BXYA 3GXFA 3WELA 2IXUA 3WQWA 3PZ9A 3AHVA 2WVUA 2BNJA 1BYDA 4UQAA 2BVYA 1E40A 3FW6A 1Q4NX 4B3KA 1X6LA 4R5EA 4ZXOA 4UFLA 2CHNA 1QI3A 3WQ6A 3EDDA 1XYFA 4AZCA 2YBTA 5AC5A 3SCSA 1ZU8A 4J27A 1V3KA 3ARTA 3AIUA 1EIBA 2V3EA 4AWEA 2Z1KA 3VVGA 3LPPA 4CCDA 5ABHA 5F7UA 3AI0A 2G8ZA 2WMGA 1E0WA 2FGZA 4HZ7A 3WF1A 3OGRA 1J0JA 4DWSA 5BXPA 1K9DA 3KWXA 4U2ZA 4QCEA 3W27A 2VI0A 2Q8XA 2VZOA 1ESWA 1V3LA 1UKQA 2J4GA 5E09A 3VIKA 1B0IA 4X0NA 4M56A 4D1IA 3AHTA 3LPGA 2OSYA 1H09A 2GK1A 1B31A 2VR5A 1ECEA 2DH2A 2G3NA 2FH8A 2D1ZA 1KFWA 2BY0A 3WD2A 4AMCA 3W29A 5M5DA 3MUAA 3ZQ9A 1GUVA 3S6TA 1M53A 4PMYA 5ABEA 1JDDA 1CGXA 1W9UA 1M01A 3B9DA 4Z2LA 9CGTA 5BCAA 1U30A 4FK9A 1FH7A 1GZJA 2ESCA 3DC0A 2X0YA 4UQDA 4W5ZA 2NW0A 3TTQA 4GZIA 3OGVA 2V5CA 1HKKA 3PTKA 1V6XA 4GXPA 1E15A 1KXTA 4DUWA 1UR0A 3IK2A 2WB5A 4P8XA 1SFSA 1DWAM 5D8ZA 1HVXA 1V08A 1NOUA 1G01A 2UY4A 2DSVA 1KGUA 2J74A 1OD8A 1B3YA 1LQ0A 2XYLA 2X09A 3L4TA 3VIFA 3ZR5A 5CPSA 5AY7A 1SYTA 4J3UA 1CECA 2VX7A 3AS2A 4TVDA 3OIHA 3TTOA 1KQYA 4PEEA 2ZE0A 3MANA 5DF0A 1E0VA 3O9NA 4E4PA 4V28A 4Z2IA 4BF7A 1CZ1A 3VIHA 3MSDA 1JF5A 4HOZA 4IISA 3GM8A 1OBAA 3A47A 3F5LA 4HOXA 2NSXA 4CU6A 1QI4A 1EHAA 4Q22A 1JXKA 3SUSA 3BAJA 3ARWA 5KZ6A 4CVWA 1W3HA 4AY1A 4DUVA 1DWJM 4BZYA 2VX6A 3AQUA 1J10A 1KCLA 2G3MA 1DP0A 1KWKA 1PIFA 3OLGA 4UQEA 2JFEX 4JFWA 5A6AA 2E8YA 3BH4A 4JFSA 3WUFA 3PBGA 2J8GA 1P6WA 4AD0A 5JIWA 4L4PA 3VIPA 2C7FA 4AZ6A 1HVQA 4Z2GA 1GORA 4M8UA 2XVPA 3FNDA 3WH8A 3PZTA 4W5UA 2XM2A 2E8ZA 4W7UA 4NI3A 1AQ0A 1E6RA 1LWHA 2VVSA 4P7NA 1WE5A 3GBDA 5DT7A 3T2QA 2X05A 3PTMA 2DPEA 1UR9A 4M29A 4AYSA 3ARVA 4DWSC 1K9TA 3VDCA 2WMJA 1ODUA 4D71A 1LL6A 3L4YA 4H2CA 1G1YA 3VX1A 1V3MA 1HKMA 2ZXBA 1EOKA 1GQIA 2D24A 1OIMA 1XV8A 4UOQA 2ZXQA 4KRTA 3W38A 1HL8A 4ATWA 1Q6DA 1MW1A 3VDAA 2F2HA 2WLYA 2J7HA 3ZJ7A 1CXIA 3ZMRA 2VCCA 5A6KA 5A2BA 2WWDA 1EO7A 3WNLA 3AS1A 4UCFA 1X6NA 4TTUA 1LG2A 3POHA 4U5KA 5CLTA 1GQJA 2BY3A 3BSGA 1CYGA 1ISYA 2WBGA 3VNYA 4QLKA 3NUKA 5HBFA 1QNQA 4AZBA 1HJXA 3L4VA 1JZ4A 4YHEA 4XZWA 4PMQA 3AICA 2NT1A 1B30A 4HMCA 3SURA 3VNZA 1E9LA 1EHNA 1V02A 1JZ8A 2VURA 2QV4A 2O9OA 1ISXA 2ZWYA 3W0KA 1PBGA 4GZJA 1K9EA 1ITCA 2J75A 4F79A 1BTCA 2DIEA 3T2PA 1W2VA 1VEOA 1PZ2A 4C7GA 3BC9A 2FH6A 4KGLA 1J0ZA 4PYSA 1BG4A 1VAHA 2VRJA 3G6LA 4MNJA 3CZLA 3NSMA 3FY1A 1PPIA 3L4ZA 3F4VA 8CGTA 4DM1A 2OSXA 4BS0A 1HJVA 1U2YA 1B90A 1V0KA 3PZVA 4M81A 2HISA 5I24A 2YKKA 3OBAA 2WVVA 2DIJA 1OGGA 1TA3B 1WDRA 3LMYA 5CZKA 3AHXA 1U33A 3ARQA 2ZX6A 2CXGA 1E6SM 1FH9A 1MXGA 4IUGA 4UFJA 3ZM8A 1VFUA 2WLZA 4ATDA 3QGVA 1V6WA 3EBVA 3BGAA 4GI9A 4HZ8A 3WD1A 2QLYA 1GNXA 3N18A 3CHCA 3RDKA 2BHYA 2DGAA 2D3LA 4PUEA 4GIAA 3AIEA 5A8NA 2BVDA 2J7FA 3PZIA 4ACYA 4UQ9A 4AD5A 4XB3A 5A8MA 5IXEA 1WPCA 2XHYA 3B9EA 1TZ7A 2GJXA 2OSWA 2WNWA 3WEMA 2XGIA 4MNKA 2DT3A 1MFUA 2GFTA 3SUUA 1BGGA 5FKYA 3EMCA 4HPHA 3I3EA 1AQHA 2WZHA 4LXFA 2XWEA 5AC4A 1H1NA 3WMBA 1WDSA 1CTNA 1H5VA 2DSKA 2XVKA 5FD0A 2WVTA 1JZ7A 2XVGA 4CD4A 1PZ3A 4JHZA 1E72M 3ZR6A 4WSJA 1JIBA 5CXPA 1GVYA 3VM7A 1NP2A 4UZSA 3FHAA 1CENA 1CWYA 1LLOA 3BMVA 2CITA 1KBBA 3CHFA 4QFUA 3SCUA 4D6GA 3VGFA 1NWRA 1KGWA 1WO2A 2PWHA 3N12A 1UWUA 2WYSA 2Y5EA 1H2JA 1WCGA 3MO4A 3DYMA 3GNRA 3M46A 1BHGA 4PBGA 2UY5A 1E56A 1E4IA 1JF6A 5HXMA 2WAGA 1NWUA 2J8FA 4GQQA 1MQQA 5EBAA 3T0BA 4CCCA 3EDEA 4MNLA 5BXTA 1XCXA 4N42A 2VT0A 3SCPA 3GNOA 3WUGA 4WKAA 5JBDA 1Q6CA 4UFKA 2WHKA 1BGAA 2YOCA 4PTMA 3OLDA 2PWDA 4TX6A 4AEFA 1UWIA 1CGUA 2E9BA 3CZKA 4WJXA 3WNMA 1E73M 1UHVA 7A3HA 2YLLA 4HZ6A 3WQVA 4MB1A 4UTFA 3AFBA 2D20A 2XSAA 3IJ7A 1MWOA 1OT2A 2HVMA 2RGLA 3ALFA 3T08A 3PHAA 3TP4A 3UESA 4UR9A 1F4HA 2Y8VA 1W9DM 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3THC A;  4TXE A;  3WY1 A;  1ZBC A;  4PSP A;  2YA2 A;  1W3J A;  3OZP A;  4D6E A;  3VGD A;  4AD1 A;  2XGB A;  4PUD A;  2FHB A;  5M3W A;  2YDS A;  4U3C A;  2WAN A;  3EDF A;  5I3D A;  1E3Z A;  4GO9 A;  2XVL A;  3SCQ A;  1A47 A;  3MSG A;  4HU0 A;  4RE4 A;  2QMK A;  2ZXD A;  3D5H A;  1S46 A;  1E55 A;  4HME A;  1QNP A;  5GNX A;  1XHG A;  3BAI A;  3WDQ A;  2Y8K A;  3TTY A;  3L4U A;  4JL2 A;  1KR1 A;  3WNP A;  2GDV A;  3VDB A;  4U3A A;  1UKP A;  3F5K A;  2G3I A;  3GXM A;  4XV0 A;  1M04 A;  2WC7 A;  1OGB A;  4DM2 A;  4KRU A;  1JYX A;  5E6Y A;  1E6P A;  1B3V A;  1G9H A;  1E70 M;  1JNE A;  4FLO A;  2VMF A;  3ARR A;  1QNO A;  4GQR A;  3AYS A;  1CPU A;  2WSK A;  2DT0 A;  4WIW A;  1I75 A;  3RM9 A;  3WDR A;  4E8D A;  1E6N A;  2OLH A;  3CMJ A;  4J3S A;  4LGX A;  4J3V A;  2JIW A;  4AIU A;  2VOT A;  3RM8 A;  4WKF A;  2ZID A;  2VC9 A;  3WNO A;  3U7V A;  4JKK A;  1V03 A;  3U5U A;  1XRV A;  3N1A A;  3W24 A;  1GOI A;  4GI8 A;  3VMO A;  1W32 A;  2PBO A;  5I77 A;  2WZE A;  3A6O A;  2OYM A;  4D6J A;  3WEO A;  5GPR A;  3KL0 A;  3RO8 A;  2VO5 A;  4HTY A;  3AMC A;  1JXJ A;  1ZBW A;  2GK1 B;  2D0G A;  1JZ5 A;  1JYV A;  4OJY A;  2UY2 A;  3IAQ A;  2B31 A;  4IPL A;  1VEP A;  1GCY A;  4PMZ A;  2E4T A;  4MAV A;  1OIN A;  4J3X A;  1W9B M;  2ZUN A;  3ZJK A;  2Z1S A;  3DYP A;  3SIM A;  2EBN A;  3W37 A;  1QI0 A;  3WSU A;  4ML4 A;  1OB0 A;  4PSR A;  4FLS A;  3WKZ A;  2WZI A;  2CPU A;  2AAA A;  1M03 A;  4P7L A;  1PX4 A;  3NDZ A;  4Z2J A;  2A3E A;  3MU7 A;  2W67 A;  4MB3 A;  1W9V A;  5IFT A;  1O7A A;  1TA3 A;  2OWC A;  4PMD A;  4F9D A;  1Y7V A;  3SUV A;  4TOQ A;  1V02 E;  4MB4 A;  3NYD A;  4HA1 A;  4EE9 A;  1HJU A;  1MQR A;  3MMW A;  3CZJ A;  2WCA A;  2X0H A;  1GW1 A;  3WL0 A;  1KB3 A;  5E70 A;  3AIW A;  5C8B B;  5GQB A;  2W4X A;  3N13 A;  3VD7 A;  2VJX A;  5HOS A;  1TVN A;  3BMW A;  4V27 A;  3QR3 A;  1V6U A;  2PF0 A;  2WMH A;  3ZJ8 A;  2UY3 A;  4PMV A;  3AZT A;  1V0N A;  1BPL B;  3EMQ A;  3ARY A;  1NAR A;  1VJZ A;  2CBV A;  5GNZ A;  2ZWZ A;  2GUY A;  4EK7 A;  1ZBK A;  1JD9 A;  5FOO A;  3WD0 A;  2ZX5 A;  5BWF A;  2YL6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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