1BYC | Genus

Total Genus 180

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	180
sequence length	490
structure length	490
Chain Sequence	SNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLFQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPRIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNAKPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase(o-glycosyl)
source organism	Glycine max
publication title	Crystal structures of soybean beta-amylase reacted with beta-maltose and maltal: active site components and their apparent roles in catalysis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-AMYLASE
total genus	180
structure length	490
sequence length	490
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	1994-01-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1bycA00

3CH9A 1CECA 3UEQA 3MS8A 3DYOA 1KFWA 4CN6A 1SMAA 1BGGA 1OB0A 1YQ2A 4TVUA 1JIBA 3WUEA 2BHZA 2XYLA 1WAWA 1UKTA 1BFNA 2F8QA 2WC4A 4LQ1A 1CGXA 1I75A 4W84A 1CGUA 1HN1A 2X8RA 5BXSA 1XD0A 1ISVA 1UD8A 4CU6A 3TA9A 2QPSA 3GNRA 3IJ7A 2DQXA 5I6SA 1ISWA 2FGZA 1UD5A 2J62A 4TVCA 2VVNA 4BZYA 5BWFA 2BY0A 2F2HA 3N9KA 2X2YA 4UNIA 4KMQA 1OD8A 3QHMA 1MQRA 1PPIA 2CETA 3W24A 4CGTA 3AHTA 3A47A 3AFBA 2ZUSA 3PZUA 4MJ2A 3SCPA 3ECQA 2FGLA 4JFVA 5JUVA 4UOZA 1DP0A 3RJYA 3O9NA 3PZTA 1V3JA 3K4AA 1W3HA 4M82A 1PZ2A 1D2KA 4D72A 2WMHA 3ARZA 3VKKA 2DPEA 1JL8A 4D6DA 1JI2A 4GZIA 2QMJA 1CGWA 1JYXA 4D6FA 4Z2GA 5TD4A 4H7VA 2EO7A 1E72M 4M81A 1W9PA 3VTRA 5A95A 4D6JA 2WZIA 2W5FA 1OM0A 2WNWA 3ZMRA 3CHDA 1EOMA 4TX8A 2J7DA 1FFQA 3B9DA 1E4MM 4W5UA 1BF2A 1FHDA 3GYCA 1O7AA 2UWFA 3ARSA 2XTKA 4M56A 2GVYA 5LA2A 1E4LA 2Q8XA 2WVVA 3ZOAA 1V02E 1I1XA 3L4TA 2C8NA 4AEFA 4D6GA 5I3DA 4WF7A 2BHUA 1XRVA 3PZOA 1WPCA 2VO5A 2VC9A 3BMWA 1JZ6A 3MANA 4JKKA 3AHYA 1WZKA 1HJWA 1VEPA 4W8AA 1DWAM 3CMJA 3AJ7A 4CKQA 3T0DA 3N13A 4OOUA 1J18A 2GSJA 3L4WA 1UR9A 1UWIA 4W89A 1CBGA 1NWRA 5C70A 3MUY1 2VX5A 3PBGA 2CEQA 3IAQA 4P8VA 5DFAA 4CD6A 2ZX6A 2F61A 4OBSA 2VZTA 4HMEA 4UQCA 4PTMA 4N42A 3KL5A 2VNCA 1UWTA 1FH8A 4AD4A 2VZUA 3AMKA 1OIMA 3VD7A 1EIBA 4E2OA 1A47A 1I1WA 4WLCA 3AS1A 4PMDA 5CPQA 2J4GA 5E9AA 3K8LA 1B1YA 3MUZ1 2VR4A 1EQPA 4P7RA 1EDGA 1QNPA 2YLLA 1CWYA 1NOFA 3ARPA 5CGMA 1OD0A 3BCDA 3AMDA 4NF7A 2JEQA 4P8WA 3SURA 1LL6A 2J7FA 2YJQA 1ZJAA 3ZJKA 4QLLA 2WWDA 1JD7A 2UY2A 4MNJA 4IISA 1C8YA 3WMCA 2MANA 4UFLA 3OB8A 2BHYA 4CD8A 1ODZA 4AZ5A 5KEZA 5C8BB 5CJ5A 4W93A 4M80A 1G0CA 4WK9A 4B16A 4GQQA 2NSXA 4HZ6A 1H5VA 2NT1A 2WLYA 1QI5A 1IT0A 1V0MA 2J7BA 3GXFA 1B2YA 2EPOA 4Q22A 1VFUA 4RE4A 3WY1A 1UR0A 3ZJ6A 4F9JA 1OCQA 2CIPA 1QW9A 1QBBA 2YL9A 1EO5A 1JD9A 3SCSA 4CU7A 2XM1A 1GORA 1OT2A 3MU7A 3TTSA 4HOXA 2IUZA 3L2MA 2ZUWA 1EHNA 3AISA 3LPGA 3CZGA 1HKIA 3CGTA 4ZFMA 2Y2WA 4FLRA 2NT0A 2V5DA 3W0KA 4U3CA 2W66A 4AIUA 2GK1B 2Y4SA 1V3IA 5I23A 1ZS2A 2EQDA 5CZKA 1EGZA 3VINA 3WDRA 3UCQA 3CO4A 1P6WA 4HP5A 4PEEA 2BVDA 1UA7A 2E8ZA 3GDBA 4R27A 1B90A 3AYSA 3MKKA 3GBEA 3WEOA 1MQQA 3DHPA 3VO0A 3RPMA 4HOWA 4JHOA 3WUBA 3DC0A 4UQAA 3OLEA 5CPSA 5IHSA 1OSEA 1UZ4A 6TAAA 3N18A 2W62A 3AIEA 4B9YA 1XV8A 4MDOA 4MNKA 6A3HA 3ARQA 4JCMA 3PTMA 1HKMA 1LQ0A 4UFJA 3LMYA 1Q6GA 1PEZA 3WBEA 1W32A 2CPUA 1KWKA 2TAAA 4QLKA 2YA2A 1H0GA 4IPLA 1HX0A 1JZ2A 4M24A 4X9YA 2BY1A 3WDPP 3ZR5A 2XUCA 1W2VA 1H49A 1OGSA 2VX6A 1XYFA 1M01A 1C8QA 3O6AA 1E4IA 2Z1SA 3CZLA 3EYPA 3GXDA 1PX3A 1B3VA 3WDHA 4J3XA 5M5DA 2YBTA 4AY1A 3WQ8A 1KB3A 5D8WA 2J8FA 1ISXA 1ZBCA 1G01A 3VMOA 1LLOA 1QOXA 3K8MA 3WH9A 1R7OA 2FDMA 3W28A 3OGVA 1V3MA 5CGTA 5FIPA 5M3WA 2XM2A 2WBKA 3UR7A 4FLOA 2JEPA 3EDDA 2QV4A 1WB0A 3RM4A 1TG7A 2V3FA 3PZQA 4ZEPA 3GH5A 3PZMA 3VIGA 5HBFA 3WDQA 1UD4A 4M1RA 4E8DA 3EDJA 4E8CA 2WM0A 2VOTA 1AVAA 3CHCA 1C92A 2WHKA 5A8OA 3W81A 1J0YA 3WENA 5EFDA 3AHVA 1UR1A 1XCXA 2BXZA 4HMDA 2Y24A 4AMCA 4X0VA 3VDBA 5I78A 4JL2A 4HA3A 2WCGA 2DH3A 2E0PA 3W38A 1CTNA 5M03A 5CPTA 2EBNA 4D6EA 4UFKA 4UFIA 2VCCA 3A4AA 4E4PA 1H0IA 3VGHA 1NOUA 1HVXA 4AW7A 1CEOA 1JZ8A 4AZHA 3WL1A 3CIVA 1K9FA 1JG9A 1VRXA 1ISYA 2G3JA 3AICA 3I3BA 1JF6A 4QLJA 1FA2A 4JKMA 6CGTA 5JIWA 1JZ7A 3GH7A 2ZX7A 1H1NA 3VM5A 2EPNA 2ZXAA 2HISA 1D3CA 1XGZA 3AMGA 3N1AA 4MDPA 2WC3A 1UWSA 2YDQA 5DT7A 3AROA 3FXYA 4W8BA 1E73M 3WNLA 4TOQA 2D0GA 4PUEA 1GOMA 1GJUA 5I0DA 1W9VA 1HP5A 3K4DA 3ZM8A 3FAXA 2WSPA 1E0WA 3POHA 1CXIA 3WF1A 1E6ZA 1XCWA 2YDSA 4PSPA 2QMKA 3WF2A 1NARA 1W1VA 1WCGA 4UQ9A 4C7FA 1HL8A 1BQCA 1E6RA 3VDAA 3EBVA 4H2CA 2BFGA 2DH2A 4A3HA 3NSMA 2VRQA 4LXFA 4CD5A 4HU8A 5HXMA 1VBRA 1ISZA 3WH8A 5BXTA 4URIA 3CMGA 4U2YA 3CHFA 3SCTA 5D9OA 1JZ3A 3T08A 1SFSA 4AZCB 3VGGA 2V3GA 3PZGA 5A8MA 5A6LA 4PTXA 3A6OA 4PN2A 3OA5A 3UERA 4ATDA 3WH6A 2OWCA 1C3FA 4FMVA 1IV8A 2ZUVA 1DWFM 3K8KA 1ZB5A 2WKLA 2CBIA 4S3JA 4ZE4A 2ZWYA 1UOKA 1MW3A 4GINA 2WSKA 3AYRA 1W3JA 3W27A 1GW1A 3IJ8A 1NQ6A 5CSYA 1TCMA 2IXVA 4UR9A 1UKQA 4ML4A 2J7CA 4PMRA 3GXMA 4GIAA 3W26A 1BG9A 8CGTA 2PWHA 3M07A 1XH2A 1H3GA 1VBUA 1RPKA 2J25A 3HJEA 3AHZA 1KBKA 3OZPA 2XWDA 2GJXB 3BAWA 3WFZA 5FCZA 1DWGM 1HL9A 3KWXA 3S6TA 2VRJA 1NWUA 1J0IA 1TA3A 5ABFB 1E6PA 1JI1A 4XB3A 4UQBA 1LL7A 2ZE0A 2DT3A 1GUVA 4ACZA 1C7SA 3L4UA 1E70M 5DO8A 3KEHA 4AEEA 1TVNA 5A69A 3TTOA 4F9DA 2J78A 3FW6A 4W7UA 4DUWA 4W87A 3THCA 3VOCA 4UTFA 4MJ4A 5A8NA 5A6JA 1UQZA 3CUHA 2YA0A 1C91A 4AD0A 2WMIB 4CCEA 1XH1A 5CSUA 1J9YA 4ATLA 4DWSB 1TUXA 5FOOA 3BMVA 1MYRA 2CHOA 3W82A 1KXHA 3ALFA 4Y7EA 3WMSA 4ZXLA 3CUIA 1QW8A 3GM8A 1K9DA 4EAMA 4J3VA 4R5EA 5ECUA 4F8XA 3ZSSA 1HJXA 1EH9A 3MMUA 1LF1A 1QNRA 2VX7A 3VUPA 2JF6A 4Z2LA 1V08A 3S2CA 2O9TA 2EEXA 1GQKA 3N04A 4GZJA 2J7GA 3JUGA 1PZ3A 1WNOA 4BQ4A 1QNQA 2G8ZA 4XZWA 2G41A 2A3EA 3CHEA 2V38A 2WPGA 5IFPA 3O2LA 2Y8KA 3WUFA 4OIFA 1K6AA 1W9DM 4JCLA 3WMBA 4C7GA 4J3SA 5I77A 2WKGA 5KZ6A 2V5CA 3DYPA 1VF8A 2VRKA 4HZ7A 3AIWA 3LPOA 1VEOA 1J0KA 5C71A 1Q4NX 4MAZA 1GQJA 4GQRA 4KWUA 4AISA 3SCOA 1W91A 3AXHA 1OGBA 2VCAA 5FL0A 2ZICA 3AIUA 3NCOA 4KGLA 4CCCA 2XFYA 2E40A 3ZJ7A 5AC4A 1KWGA 1NOWA 1ECEA 1BVZA 1E5NA 1GPFA 1XC6A 4DM2A 5BRPA 2ZOXA 4EKJA 3VGEA 1X1NA 3VNZA 2VQUA 1BGAA 3WD4A 2AAAA 1HKJA 2CXGA 1LJYA 1ODUA 2CBUA 1G1YA 2XHYA 3G6LA 3WELA 3ARTA 3ZO9A 1BTCA 1XD1A 5HPOA 4HA4A 2JIWA 2YL5A 2WW5A 3CUFA 2VJXA 1V6YA 2ESCA 1BPLB 1ZL1A 2DSUA 4NI3A 3WEZA 2WBGA 1WDRA 3NJ3A 1VFMA 1NWTA 1JDCA 2D2OA 4PSRA 3MSDA 1GQIA 1K9EA 3DHUA 2OSXA 3CZJA 3F5KA 3IK2A 1BG4A 4DWSC 1JYVA 5JBFA 1E3XA 1UQYA 3U5YA 1QPKA 3L4YA 4OZOA 2YL8A 3BAKA 1V3HA 2PC8A 3QOKA 5D9PA 3SIMA 1OBAA 4U3AA 1JYNA 4Z2IA 1CXLA 1OIFA 5BXRA 1E55A 4FLQA 5EBAA 1ZJBA 1YHTA 1GHSA 1TE1A 4P7OA 1FFRA 2OLHA 2BV9A 2CERA 3CBWA 2V3DA 4GI9A 4CVUA 2O9RA 5I24A 1PX4A 3BAIA 2XWEA 4DUXA 3ZQ9A 2JF7A 2VCBA 3GH4A 4X0NA 3WQ4A 1B3ZA 2XJ7A 1AQ0A 1QHOA 1W1TA 1GJWA 1OGGA 3PZIA 2Y8VA 1JYWA 5A6SA 4WKHA 2DEPA 4PTVA 3TOPA 2HVMA 5A2CA 1U2YA 4PMUA 4KRTA 5GPRA 2X1IA 1X6LA 5FKYA 3WEMA 2UY5A 5CG0A 1JGIA 1GHRA 3VD5A 4EE9A 4JIEA 1HJVA 3SUSA 2Z1KA 4MADA 3J7HA 1W3LA 3T2OA 4D71A 4V27A 1B3YA 1LG1A 2D20A 2RGLA 4WSKA 3VPLA 2QF8A 4MB4A 4AXNA 3CPUA 1IZJA 5IFTA 4UOQA 4XZBA 3PZNA 2PB1A 5A1AA 4GO8A 3NIYA 4W86A 1A3HA 1E6NA 5A6BD 2J7HA 2XSBA 2WHMA 4P8XA 3F4VA 4J27A 2CBJA 2D3NA 2FHCA 5I5RA 1JDAA 1CGTA 1M7XA 3PHAA 5D9MA 4W7WA 3AS3A 4DWSD 1R8LA 3VIOA 4KH2A 4LGXA 1SR0A 4YHGA 5A6MA 4D1JA 1KXTA 3ZSTA 3VGBA 4LYPA 2NW0A 1E1FA 1WDQA 2W63A 4B9ZA 2E4TA 1MFVA 1W9XA 1ZBWA 1ESWA 5HNNA 1CENA 2WZEA 3GZAA 2A3BA 2DSKA 4MNMA 2E9MA 3BAJA 3APGA 4IM4A 2WVSA 1BLIA 1US2A 1HKKA 2OYMA 1NM9A 1C90A 2D0HA 1Q6EA 4MAVA 3PN8A 1NH6A 3QHOA 4U33A 1BYBA 4WKAA 1EHAA 1LWHA 3K46A 1M53A 1E1EA 4XV0A 4RL3A 3HMCA 4OOZA 5D4YA 3N15A 3FAWA 4WSJA 3ARYA 5DMYA 3UETA 1KCKA 3ARUA 1CXKA 2GK1A 3RCNA 3VIFA 3MV01 4TUFA 1H41A 4V28A 3WBAA 4W5ZA 1E40A 3FN9A 3EMCA 1WP6A 5DEZA 3A4XA 3RIKA 1TVPA 3CZKA 4LPCA 3L2LA 3N11A 5A6KA 4GO9A 4AZ6A 4JHZA 1IZKA 3BLKA 1UZ1A 1QI4A 4JFUA 1V0NA 2VX4A 1ITCA 2G3NA 1UR2A 1QBAA 3QGVA 2D0FA 2DSWA 1LWJA 4A3YA 1Y7VA 3IANA 3SUVA 2CKRA 2G3MA 2YOCA 4BF7A 3CUJA 2VL4A 5AYIA 5IHRA 2FHFA 4MTVA 2ZX8A 5LYRA 1E6XM 4FLSA 1J0JA 1D7FA 3FNDA 1V02A 1KBBA 1F4AA 5A6AA 2WANA 3RDKA 4P7NA 2DIEA 2XIIA 3WIJA 5A2BA 3NYDA 3D3AA 3VDCA 3W53A 4FK9A 1OT1A 2E9BA 3F5LA 4PMNA 4MB5A 1KXVA 1B30A 1E3ZA 1UA3A 3VIIA 3F5JA 3VILA 5D8ZA 2WMGA 1J01A 3ZIZA 1V6XA 4QFUA 3RJXA 3ZT6A 1CXHA 3AIVA 3WH5A 2C0HA 4LYQA 4H8HA 2J7EA 4OKDA 3MMDA 4NRRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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