3F5KA

Semi-active e176q mutant of rice bglu1, a plant exoglucanase/beta-glucosidase
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNQPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis of oligosaccharide binding by rice BGlu1 beta-glucosidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 197
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2008-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3f5kA00
2PB1A 1A3HA 5JBDA 4U31A 2VMFA 3CMJA 4LYQA 3WD4A 1U2YA 2VRKA 1OD8A 1UWIA 4D6HA 1SMAA 2CXGA 2WSKA 1QHZA 4J28A 1GOKA 1VB9A 1M7XA 5DO8A 3WENA 2Y8VA 1TFVA 5A95A 1HP4A 3CMGA 3L4WA 3BAWA 2IXUA 1E6NA 2ZX8A 4BA0A 1ECEA 4B3LA 2QMKA 3L2MA 2CIPA 4KMQA 3ECQA 5I77A 2J7EA 4XZBA 3N1AA 2O92A 1E6PA 2WVTA 2ZX9A 1Q6EA 3AHXA 1GOIA 3E1F1 1EDTA 4JFSA 1B3YA 3WBAA 2ZUWA 4PTVA 1UD5A 1UOKA 2CHNA 3M07A 1OB0A 1XH0A 3K8LA 3VD5A 1PPIA 4LPCA 1BQCA 1W1VA 2C7FA 3DYMA 5LA2A 1UD4A 1FH7A 2C8NA 3WY1A 2FHBA 3OIHA 4AZ7A 3VIMA 1AQ0A 4N0RA 2D0GA 3VUPA 4D6FA 3CZKA 2VOTA 4AD2A 1KR0A 5D9OA 5BCAA 4Z2LA 4ACZB 2J7HA 1VJSA 2WCSA 5I0DA 1QNPA 2YA2A 3EDEA 5A6BA 1KCLA 1V3JA 4W8LA 3WDPP 3VGHA 1J9YA 1TA3A 4B3KA 5BRPA 1W2PA 3AQUA 1PAMA 2DEPA 2GDVA 2YDRA 3GNPA 1ESWA 1V6VA 4HMCA 1EA9C 4IUGA 1MW1A 4N42A 4B9YA 1XH2A 5A8QA 4GXPA 1B3VA 4PUEA 4QP0A 2GJPA 2EPLX 4S3JA 4YN5A 2EXOA 3OLEA 1KXTA 2OYMA 4GZIA 4CU8A 1KR1A 1WCGA 3KL5A 4PMQA 1GW1A 1WP6A 2FDMA 2ZXDA 3RMEA 3MS8A 5A69A 3LMYA 2Q8XA 3FXYA 1O7AA 4MAZA 4TTUA 2WMHA 4Q22A 1LQ0A 4ZFMA 3UERA 1E4MM 2BY0A 4U5IA 1GJWA 5DT5A 4WKAA 2DIJA 1J0ZA 3O9NA 1G9HA 4QLJA 1UA3A 2WWCA 1HJQA 2J4GA 3MKKA 3T08A 3MUY1 3VD3A 2WHKA 5D9MA 2OWWA 1H0GA 2J7GA 3HMCA 1H2JA 1JZ2A 2OSXA 2ZX5A 5HNNA 1B2YA 1PIGA 1G01A 1B1YA 3WEZA 1C93A 4DWSD 2BHZA 2PWDA 1GORA 1CGUA 1V03A 1JI2A 2J75A 1V02A 3ARRA 2WVVB 3T0BA 3BSHA 1EQCA 3GM8A 3VIKA 4EKJA 3W81A 1M53A 5E9AA 2ZX7A 3A4WA 4PYSA 4QCFA 1OGGA 3IJ8A 3T09A 1D3CA 4ATLA 2WKLA 3CPUA 4UFLA 3ARQA 3JUGA 3VIIA 1JF5A 2VX4A 3AHTA 3TOPA 3VIFA 6CGTA 1FH9A 3ZJ7A 4M81A 1OD0A 1VRXA 2VZUA 2Z1SA 3AHYA 4UQCA 2EJ1A 1VEOA 3NJ3A 1W3JA 5FL0A 3W37A 3VGGA 2YLLA 2VC9A 3VIOA 2D0FA 5BYWA 1MWOA 1ZB5A 4JL1A 4F8XA 2GVYA 2WZIA 3OLIA 4WIWA 1QI4A 1UZ4A 2Y24A 4CD4A 2JF7A 1E55A 1G0CA 3CGTA 3M46A 1HKMA 3ARVA 4RE3A 4LYPA 4NZCA 1JDDA 4GI9A 4W7UA 3AICA 5IHSA 2WHMA 1MQQA 3AMDA 2NW0A 1JFXA 3A6OA 1OT1A 1HP5A 2D23A 5ABGA 1W91A 3SUUA 1J10A 3WEOA 4HZ8A 1AQHA 1JD7A 3CIVA 5EB8A 3N17A 2YL5A 5D9PA 3PZOA 1UKSA 1BLIA 1XV8A 4AXNA 1ISYA 4V2XA 3MV01 1Q4NX 1VBUA 1YHTA 3ARSA 1B3XA 2JEQA 2PWHA 4Z2JA 3CHDA 1KGXA 2NSXA 1JYNA 2Y4SA 4DWSC 4CD5A 2VVSA 4F9DA 3AI0A 2ZXAA 1ISWA 4TOQA 5I78A 5CJ5A 4PSRA 1H4PA 2DGAA 4D1JA 1HIZA 2DH2A 3RPMA 1V0MA 3WMBA 5A2AA 5DT7A 3KL3A 4HOXA 1CLXA 4PRWA 2O9OA 4URIA 3BSGA 2QPSA 1NWSA 3AZSA 4R27A 1SMDA 3VKKA 1CXEA 1BAGA 3TA9A 3EMCA 4J7RA 1C8QA 5CSYA 1X6NA 4JL2A 2G3IA 3WNMA 5ABEA 1UD3A 3WDHA 3AHVA 2D2OA 1MW3A 3ZOAA 1I1XA 2ZWZA 2A3AA 3FHQA 2DSKA 3AXIA 1J0IA 3IJ7A 3SEPA 1BYCA 1X6LA 2ZUMA 3TONA 1XRVA 1ZBWA 1EO7A 5CGTA 3WDRA 3OA5A 1NP2A 1E3ZA 1DTUA 3WIJA 1DWFM 4GI6A 1F4HA 2XTKA 3WDJA 1J0KA 1CGTA 1WPCA 3BAXA 5A6JA 1KXVA 3OLDA 3GXMA 3CUIA 2YDSA 3EDKA 3WEMA 1JD9A 2VQUA 1E6SM 5A8NA 1RP8A 1N82A 1XGZA 4QLKA 1CEOA 4UZSA 4BZYA 3KZSA 3SUVA 1SR0A 4RE4A 3WF0A 1LWJA 3WMSA 2GDUA 1QBBA 2J8GA 2WB5A 3EDFA 1TVPA 4UFKA 2V3DA 4PMDA 4HP5A 3BC9A 1E6XM 1E56A 1K9FA 1DWGM 3G6MA 1J12A 1V0KA 4GO9A 3AZRA 2YL6A 4LX4A 1JYWA 2YA1A 1CECA 4CCDA 1CXLA 1Y7VA 2JE8A 1K9EA 4K68A 5FD0A 1D2KA 3CTTA 1XC6A 2BVYA 4JHOA 1TUXA 2DSZA 4KGLA 2BVDA 2J7FA 2YL8A 2AOSA 2BV9A 4F9JA 1GQIA 1WDPA 3F5JA 5M5DA 4R5EA 1TCMA 3RM9A 3SCQA 2E8YA 1KB3A 1JZ8A 2YBTA 1KQZA 3N13A 3N12A 1V08A 2TAAA 4JZ5A 1QI3A 2MANA 3B9EA 1OGBA 1BF2A 2Z1KA 5JUVA 5DEZA 2A3CA 4PMVA 3WF3A 4BQ3A 4X0NA 1GOWA 2E4TA 4LYRA 5BWFA 2YOCA 4ZE5A 3NIYA 1XSJA 2O9PA 3WQ5A 1EXPA 2WZHA 5D4YA 4RL3A 3ALFA 3VGDA 1RD6A 2G3NA 2OWXA 3W0KA 4CU7A 1UKQA 3GXFA 3ZSTA 3U7BA 5I3DA 2CHOA 3VU2A 1W3KA 4L4OA 4BCEA 3KEHA 5E6YA 1ZJBA 3VIPA 3WQ6A 2GFTA 1CXIA 3WQWA 1E5JA 1U30A 3VDAA 3A4AA 1V3MA 4AWEA 2XVGA 1BHGA 4BQ2A 4AY1A 1E3XA 4AZ5A 1GQJA 4ACYA 1PEZA 1ODZA 3DECA 3CZGA 1J0HA 3AXHA 5AC4A 2XM2A 2G4FA 3B9AA 1F4AA 1EDQA 1MXGA 3II1A 4PSPA 1EO5A 3WH8A 1IZJA 3CHFA 1CPUA 4B9ZA 2WMJA 2DT2A 4GO8A 1DHKA 3AIEA 3OBAA 4JCMA 5IDIA 4CCEA 4HOZA 1MQPA 5A6AA 5AYBA 5LYRA 5ABFA 3AMLA 5A6BD 1CNVA 1WZKA 8A3HA 5KEZA 1CZ1A 1ITXA 3MUAA 1NQ6A 2GJRA 2VO5A 1GPFA 2VTFA 3SUSA 1HX0A 1MFVA 4TTGA 3AZTA 4M8UA 2DH3A 4UFMA 1CIUA 2IXVA 3ZR6A 1BVZA 1JIBA 4FF5A 2XGBA 2VURA 4UOQA 4MJ2A 1WO2A 2W92A 4IISA 2WBKA 2OSYA 3BAYA 4A3YA 4JCLA 3O2LA 2WANA 2W66A 2WMIA 3LPOA 1QPKA 5CPQA 1TE1A 1V6UA 4PMUA 1UKPA 2FGLA 4JFWA 4GPNA 4OBSA 4DUVA 5CGMA 1XYZA 4HU0A 1VFUA 4JFUA 3WD3A 2XVPA 3TTQA 1Z32X 2J77A 1IT0A 4UNIA 2JIEA 5CXPA 3WUGA 3WNPA 5I79A 3D5HA 1UR1A 3WELA 2CNCA 4F79A 3QR3A 4W87A 1XH1A 3IAPA 3FN9A 3RJXA 1E5NA 3T0DA 4MJ4A 1OIMA 2E3ZA 1HF6A 3CHEA 4QFUA 4AC1X 1UA7A 1W9DM 1J0JA 2WW5A 1V3IA 3CUHA 1CGXA 2W63A 1FP8A 3QHOA 4XZWA 5HBFA 4W85A 1E40A 2FH6A 1Q6DA 4RE2A 4PBGA 1MW2A 1HNYA 3CO4A 1QHPA 4JKLA 1UD2A 5CZKA 3TP4A 1NH6A 1C7SA 3W28A 3AOFA 2W62A 4JIEA 1K9DA 1R8LA 2V3GA 4LQ1A 4TX6A 1E1EA 5KZ6A 3T2QA 4XUYA 1UR8A 1W9PA 5FCZA 2GK1A 3VD7A 3AIWA 1E72M 1LG2A 3QOMA 1SYTA 4W89A 3SUTA 1PBGA 3MV11 3KE0A 2VX6A 1UWRA 4AZCA 3OZOA 1I1WA 1WAWA 2YDQA 7A3HA 5CG0A 1K9TA 5IFTA 1BVNP 5LA1A 3O6AA 4E8CA 3WDQA 4ZEPA 4JAWA 1QI2A 3WQVA 4AIOA 2X2YA 1Q6CA 4F66A 3ZSSA 3AIBA 3KWXA 3LPFA 3AS3A 1CXHA 4HU8A 6TAAA 1W9BM 4AMCA 3FAWA 4HTYA 1B3ZA 1XD0A 4GINA 2JALA 3BMWA 4J3VA 1KFWA 4EAMA 4H2CA 1JZ6A 1S46A 4B15A 5HPOA 3K8KA 2EO7A 3GH4A 1UR9A 2D22A 3IANA 3POHA 3SCRA 2VZVA 2DQXA 3VM5A 2VNCA 4MADA 1CLVA 2WPGA 3EMQA 2G3JA 1BG4A 5LA0A 1ODUA 2XGIA 1XD1A 3VDBA 4AIUA 3M7SA 3LPPA 4CKQA 1JNEA 3VGEA 4D6IA 3PZTA 2F61A 3PZQA 4L4PA 3WF1A 8CGTA 5A8OA 3W6LA 1CGWA 2QF8A 4PMZA 3VPLA 4DWSB 1OWQA 3VX0A 2CESA 4MAVA 2VRJA 2V38A 2EEXA 2X09A 4GZJA 3NDZA 3GYCA 3WD1A 1BYBA 3AFBA 1UD6A 4Z2IA 3ARXA 1E0WA 1I75A 2XPKA 2A3HA 2ZIDA 2YJQA 2FHFA 1NOFA 1C91A 1ISVA 4WJXA 2VT0A 3CUFA 4AD0A 2DT1A 2YBUA 3ARTA 1A47A 4QCEA 2J62A 3PTKA 4AD1A 3I3DA 1PZ3A 3GDBA 3ARWA 4NF7A 4AD4A 4D72A 1TG7A 4H7VA 1E6QM 3VIHA 1FFRA 1VJZA 2WCAA 1PX3A 2E0PA 2W91A 4HZ6A 4CVWA 4WSJA 4WKHA 4CCCA 1JF6A 3PHAA 2PBGA 4J3TA 4WSKA 4ACZA 2A3EA 4C7FA 1GOMA 1UWQA 2EPNA 2QMJA 1MQRA 3WUEA 3W27A 3VVGA 2JEPA 2YIHA 3DHUA 4H04A 1XCWA 5IHRA 2J7CA 1KQYA 3NUKA 3U57A 1VFOA 1JXKA 3AYRA 4U2ZA 3AIQA 2CBUA 1UHVA 1EOKA 1W2VA 5FKYA 4B16A 2X0YA 3WNOA 1JZ5A 3SIMA 4Z2HA 1ZBCA 1VEMA 2IUZA 2CITA 5A6LA 3S2CA 1XYFA 2OSWA 2BNJA 1WDRA 2JF6A 4LXFA 1AMYA 1V0NA 3ZT5A 4HPGA 1PX8A 1QW8A 5GQBA 1C8XA 3QHMA 2XSAA 1JDCA 1JZ3A 1E1FA 1FH8A 1OM0A 2ZXQA 3FY1A 4J3SA 1LF1A 4FLSA 1BG9A 4J3XA 1JNDA 2F2HA 2VJXA 4PTMA 1R7AA 3QGVA 3MMDA 2XFFA 5BROA 1LL4A 2CPUA 2CCRA 1GQLA 1VEPA 1WNOA 2BY2A 3ZJKA 4UQ9A 2WAGA 3AIRA 3UETA 3DHPA 2VX5A 1BYAA 1V3KA 3LPGA 3ZIZA 3UEQA 3VM7A 1FHDA 1FA2A 1BSIA 3AMCA 2CEQA 3W25A 1TMQA 4FLQA 4AD5A 1JZ4A 2WVVA 5D8WA 3ZR5A 4JKKA 4BF7A 2PWGA 4HMDA 4IPNB 1H1NA 3UESA 3KL0A 1JI1A 2G8ZA 1LJYA 1WZLA 6A3HA 2OYLA 3EYPA 1H11A 2XIIA 1C90A 5A2BA 1PIFA 2F8QA 1W9XA 1WDSA 4UZUA 5CPTA 4UR9A 1EOMA 4FLRA 1H49A 2AMGA 2DSWA 2WHJA 2XYLA 2YLAA 3GZAA 4DM2A 1ISZA 5E6ZA 4BQ5A 3CH9A 2ESCA 1UG6A 1W1PA 2Y5EA 4TVUA 5F7UA 4YHEA 5DF0A 3QOKA 4P8UA 1HVXA 3M6DA 3T0AA 4AZGA 4M82A 1V3LA 3SCUA 4M80A 1ZBVA 2VCCA 3HJEA 4OZOA 3ZT7A 1QNOA 3RDKA 2RGMA 3W53A 2E9LA 1CXFA 3SCOA 4PMNA 3EDJA 2XVNA 3N9KA 2EPMX 4QAWA 3WL0A 3MO4A 1AVAA 1RP9A 1HT6A 2J47A 1CGVA 1CXKA 1IZKA 3PZVA 1E4NA 1XCXA 2CKRA 2D0HA 3L4VA 3MANA 4IPLA 4NRSA 2WMFA 4J27A 4U33A 2PWEA 2GJXB 2EPOA 1H5VA 2D1ZA 1HJVA 2PF0A 4GIAA 2DT3A 4PEEA 3UR8A 2BXYA 1ZJAA 3MMWA 1J11A 1YQ2A 2BY3A 4BS0A 2WMGA 1TR1A 4MPKA 4UFIA 3CZEA 1G1YA 4AZ6A 2VCBA 1HJWA 3WUFA 3BLPX 3F5KA 1R87A 4HA3A 4D71A 1EQPA 1GQKA 4KWUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PB1 A;  1A3H A;  5JBD A;  4U31 A;  2VMF A;  3CMJ A;  4LYQ A;  3WD4 A;  1U2Y A;  2VRK A;  1OD8 A;  1UWI A;  4D6H A;  1SMA A;  2CXG A;  2WSK A;  1QHZ A;  4J28 A;  1GOK A;  1VB9 A;  1M7X A;  5DO8 A;  3WEN A;  2Y8V A;  1TFV A;  5A95 A;  1HP4 A;  3CMG A;  3L4W A;  3BAW A;  2IXU A;  1E6N A;  2ZX8 A;  4BA0 A;  1ECE A;  4B3L A;  2QMK A;  3L2M A;  2CIP A;  4KMQ A;  3ECQ A;  5I77 A;  2J7E A;  4XZB A;  3N1A A;  2O92 A;  1E6P A;  2WVT A;  2ZX9 A;  1Q6E A;  3AHX A;  1GOI A;  3E1F 1;  1EDT A;  4JFS A;  1B3Y A;  3WBA A;  2ZUW A;  4PTV A;  1UD5 A;  1UOK A;  2CHN A;  3M07 A;  1OB0 A;  1XH0 A;  3K8L A;  3VD5 A;  1PPI A;  4LPC A;  1BQC A;  1W1V A;  2C7F A;  3DYM A;  5LA2 A;  1UD4 A;  1FH7 A;  2C8N A;  3WY1 A;  2FHB A;  3OIH A;  4AZ7 A;  3VIM A;  1AQ0 A;  4N0R A;  2D0G A;  3VUP A;  4D6F A;  3CZK A;  2VOT A;  4AD2 A;  1KR0 A;  5D9O A;  5BCA A;  4Z2L A;  4ACZ B;  2J7H A;  1VJS A;  2WCS A;  5I0D A;  1QNP A;  2YA2 A;  3EDE A;  5A6B A;  1KCL A;  1V3J A;  4W8L A;  3WDP P;  3VGH A;  1J9Y A;  1TA3 A;  4B3K A;  5BRP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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