1BFNA

Beta-amylase/beta-cyclodextrin complex
Total Genus 183
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
183
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
NMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Glycine max
publication title Crystal structure of recombinant soybean beta-amylase complexed with beta-cyclodextrin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-AMYLASE
total genus 183
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 1998-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1bfnA00
4U2ZA 1E70M 2ZXDA 2YBTA 3WF2A 5A8PA 2V3FA 1E56A 1SMDA 4GQQA 2CBIA 1KR1A 5A6SA 4MNJA 3OGRA 3AIWA 1D7FA 1R8LA 1VF8A 4P7QA 3AMGA 3VIFA 3WUBA 3SCUA 1C3FA 2Y2WA 1PPIA 3I3EA 1JZ8A 4M82A 1VRXA 4W89A 1XRVA 2WK2A 1AQHA 1E6XM 2CBJA 5ABEA 1GJWA 4BCEA 3K46A 1MQRA 2WCSA 3PZUA 3I3BA 4AW7A 1JYVA 2BXYA 2OSXA 5FL1A 1MW3A 5EFDA 2Z1SA 5LA2A 4Z2GA 3W0KA 2D1ZA 2GJXB 4OBSA 1OT1A 2CCRA 4Z2IA 2VTFA 4DWSD 4U3CA 3UG3A 4AXNA 2WLYA 2FH6A 7CGTA 1H0GA 2E0PA 3AICA 4UCFA 1D3CA 2FGLA 3AFBA 1Q6EA 3A4XA 2PB1A 3CPUA 1EH9A 2WSKA 2EPLX 3OLDA 4MAZA 2NT1A 4CCDA 4JAWA 1QNPA 3N11A 2JIWA 5KZ6A 2FH8A 1NOUA 1HVXA 2V3GA 4V27A 3WF1A 2JEPA 1NH6A 1VJZA 5BYWA 1KGXA 5DT7A 1Q6FA 4W5ZA 4AZ5A 4HU0A 1CWYA 3PTQA 4E8CA 1B1YA 1LWHA 3MUZ1 2E8YA 1TVPA 4W8BA 3RDKA 5A8QA 5A1AA 4MAVA 1GQIA 4MADA 1J10A 3MMWA 3WBAA 5HPCA 1UYQA 1E0XA 1XH1A 2VJXA 2EJ1A 1XSIA 1KXQA 4BA0A 4PCSA 4AYSA 3KEHA 1V3MA 2VRKA 2QLYA 1C8QA 3DYMA 2XFFA 4QCFA 1EHNA 2CYGA 2CBVA 3CBWA 3LPGA 1GCYA 4AZGA 4BQ5A 1MW0A 4WIWA 3L4XA 1CPUA 3VTRA 1LL4A 1OIFA 3BCFA 1PIGA 1NP0A 3L4ZA 5JIPA 3OGVA 4M24A 1MFVA 4CD4A 1NQ6A 1QI5A 5CQ1A 5HDRA 1US3A 4IM4A 5JIWA 3OLEA 1WO2A 3OLGA 3AJ7A 4GKLA 5ABHA 1EA9C 2Y24A 4J3TA 5CGTA 2VX7A 4UOJA 3VIIA 4FMVA 3W6MA 3IJ7A 1FH7A 5BCAA 1WNOA 1HJXA 1MW1A 4UFHA 2PC8A 1UHVA 4PMZA 4P7LA 2VRQA 1A47A 4GO9A 3POCA 1M03A 1US2A 1WAWA 4J3UA 3II1A 2YDRA 2J7BA 3ECQA 3WDQA 4J7RA 2BNJA 3AHZA 3ZT5A 2J47A 1B3XA 4GIAA 1HVQA 1PZ3A 4JFWA 4X0NA 2C7FA 2X8RA 1CLXA 4W8AA 4L4OA 4A3YA 5I78A 2BVTA 2D22A 3ZQ9A 1BFNA 3UR7A 1BTCA 4GZIA 5C71A 3MKKA 1F4AA 3U5UA 1W9PA 3ARTA 5CGMA 2J78A 1B3WA 3EMZA 1BQCA 3W53A 2V38A 1XCWA 2WVUA 3RCNA 2WLZA 4ML4A 4RE4A 1GQKA 2E4TA 4R27A 2W66A 3GNRA 3ARXA 2EO7A 2VURA 3MV01 1VEMA 4LX4A 4EK7A 1W91A 2DPEA 3FXYA 3VX0A 5CSYA 1UKOA 3RM4A 2G3NA 3I3DA 3MV11 3HU7A 3EYPA 1E9LA 3CUIA 1QHOA 1XD0A 2VL4A 3GYCA 3N17A 3VKKA 1H2JA 4AZ7A 3CHEA 4MPKA 2WHKA 4U5IA 2BY3A 4E2OA 4MB3A 1DWFM 1MYRA 3RM8A 2W63A 1WCGA 1TR1A 1GOOA 3D3AA 1E3XA 3VGHA 4P8VA 3IAQA 5A6MA 3WH7A 4JZ5A 1W1PA 1LLOA 1CIUA 4F66A 1OGGA 4ZEPA 2GK1A 3ZIZA 1ZB5A 4F9JA 1GHSA 1KFWA 3TA9A 2QV4A 5A6LA 3AIUA 1UH2A 1DEDA 2E8ZA 3RO8A 3ARSA 1E6QM 2YA2A 5BRQA 4N0RA 3BGAA 8CGTA 2VX5A 3L2LA 3MUAA 1UD4A 3WMBA 3L2MA 1E15A 1PX4A 2W67A 3SCOA 2X1IA 5A3HA 2J7CA 3RIKA 4S3JA 4DUXA 4M56A 4AC1X 1GORA 1MXDA 4PTMA 1E1EA 4WKHA 6TAAA 4DWSC 4H2CA 3AIVA 3QOMA 2VC9A 4EE9A 2ZXBA 4OIFA 1EQPA 3M6DA 5BWFA 5IFPA 1BF2A 2O9RA 2G4FA 3MUIA 3T09A 1CEOA 1XSJA 3VIGA 3PZQA 4UZSA 4LQ1A 2DDXA 1H49A 3CIVA 1CXFA 5D9PA 1R86A 4IPLA 4HOZA 1NP2A 1MW2A 2BHUA 3WDHA 3WN6A 1QNRA 2Y4SA 3RJXA 1C92A 3QHMA 4HA3A 1NOFA 1UR1A 4AWEA 2GJXA 2D23A 4IPNB 4LGXA 3SCRA 4IUGA 1U33A 1HF6A 5M5DA 1NWTA 3ARRA 1IV8A 1H5VA 2VZUA 2ZUUA 1TUXA 4J3WA 4D6FA 1LL7A 1JIBA 5AY7A 1JXJA 1UQZA 1V3JA 4PEEA 2J62A 4OOZA 3KE0A 3CHCA 3EMCA 2JEQA 2CHNA 3BMVA 5CG0A 3WUFA 5M17A 4H04A 5D8WA 3EDFA 4DM1A 4QFUA 4OOUA 5GNXA 1UKPA 1BVNP 3WEOA 4DUWA 3EMQA 1H3GA 3TTQA 2G3JA 1GOWA 1VEPA 1JYNA 1XYFA 4B3KA 1IZJA 1WDRA 1BYBA 2G8ZA 2OSYA 2DEPA 1UD2A 2F8QA 2XTKA 2YL9A 3L4VA 5CJ5A 2EXOA 1JL8A 3BMWA 2ZX6A 3AIQA 1ZBCA 2AMGA 1DHKA 3AXXA 4UQCA 4XB3A 2PWGA 4PMUA 1GOIA 3CUGA 4E4PA 1E72M 5A2AA 3ZMRA 1WPCA 4XUYA 2EPOA 4PMDA 4AZIA 1YQ2A 3ZSSA 2XIBA 5FD0A 4H41A 9CGTA 4MJ2A 4WKFA 1GOMA 4B16A 1HKIA 3AXIA 2ESCA 5A6JA 4PCTA 2DT1A 6CGTA 3ARZA 2TAAA 1FFQA 2YL6A 4FLRA 5I6SA 5CZKA 3ARVA 1CGTA 1CGVA 4M8UA 3ZT7A 2J74A 4FLSA 4UOQA 4RL3A 1WP6A 2WMFA 3OBAA 5A2BA 1G1YA 3EDDA 1E4LA 1A3HA 2ZUWA 8A3HA 3AZRA 2D0GA 1ISXA 3DHUA 3PHAA 4HPHA 1E71M 4HTYA 1JXKA 3AS3A 1HL8A 2YKKA 1W9UA 5I77A 1QI4A 4PBGA 3NSXA 5EMYA 1QHZA 2CETA 4KRUA 4KRTA 4HOWA 2D20A 2J7GA 7A3HA 5E09A 4J3VA 1SFSA 1L0PA 4XV0A 2ZOXA 2ZUTA 5DF0A 4JL2A 4QDMA 2DH3A 3WNKA 3FN9A 4PUDA 4ATLA 3L4WA 1V6XA 3ALFA 1RP8A 3VIMA 2Q8XA 3T08A 3RILA 1E6NA 3LPPA 2J7FA 5CLWA 4KH2A 4CVWA 1LG1A 2ZUNA 5A6BD 5FCZA 1EDTA 3EDKA 3TTOA 5GNYA 3FAWA 3VMNA 2WZEA 4PMVA 1FHLA 3U7VA 1BVZA 4PMOA 3OZPA 3AISA 1W1TA 2XVGA 3TP4A 3APGA 1OGBA 3FY1A 3T0AA 2ZUVA 4D6IA 4U31A 4L4PA 4PUEA 2VZTA 4D1JA 2WMKA 5AC5A 5D9MA 1CXKA 3WH6A 3BLKA 1XGZA 4TVCA 4W84A 4Z2JA 3N13A 2BHYA 3PZGA 3BH4A 3EDEA 2X2YA 3VO0A 2WCGA 3F4VA 1B2YA 3CZ8A 2WSPA 1ISYA 4B9YA 3WKZA 3CLWA 3VGBA 3MSDA 5HPOA 3OGSA 3GTNA 1MQPA 2X0HA 4DUVA 1JZ6A 2VR5A 3VNYA 1JF5A 5A2CA 1H1NA 3AZSA 3VGEA 4LYPA 4HMEA 3WUGA 1V02E 2XM1A 3IK2A 1UKTA 2ZX8A 1LL6A 4AD0A 1O7AA 4HA4A 1B31A 3BAXA 4GZEA 1Q6GA 2OYKA 4Z2LA 2D2OA 2YDQA 1EOKA 4D6GA 4URIA 4AZHA 3WF4A 3WDPP 3VD7A 3MMUA 4AY1A 2V3EA 3OB8A 4UOZA 3T2PA 3T2OA 1OB0A 3A3HA 1G01A 4ACZB 2XHYA 3WELA 1CDGA 2J7DA 3WL1A 3G6LA 3B9DA 2RGMA 3MUY1 1TE1A 1NARA 4HMCA 5CLTA 4MB1A 3W37A 4J28A 1X1NA 2XVLA 3BAYA 4HA1A 4P7RA 1GHRA 2GFTA 1KCLA 4J27A 4JFUA 1V0KA 4D6JA 4TX6A 3SUUA 3WENA 3VDHA 3E1F1 1OIMA 2J75A 2ZUMA 1V3HA 2DSVA 2E3ZA 1G0CA 3ARWA 3HMCA 2GDVA 2CESA 1C90A 1FP9A 4WSKA 3SCPA 2F61A 1CGYA 2G41A 4ZXOA 5BXTA 2J7EA 5IHSA 1HN1A 1CECA 3PBGA 1E3ZA 3WD0A 3SCVA 2QF8A 1KBBA 1HKKA 1XYZA 4GINA 2WMHA 3AMKA 1JYWA 2FHBA 3UETA 2WKLA 1E5NA 2OWXA 2WVSA 4TXEA 1XH2A 1BG4A 4UNIA 1CNVA 2JIEA 1UR8A 5GPRA 4GXPA 3WL0A 1UR2A 1EOMA 3S6TA 1FH8A 1OSEA 1QW9A 2XFRA 1TA3B 1N82A 1V3KA 3U5YA 3WBEA 1ZU8A 1B3YA 2CEQA 1H0IA 1PEZA 1UR9A 2JF6A 5A69A 2XVPA 3CH9A 2WYSA 3N1AA 1H11A 3ZR5A 5I24A 4PTWA 3PZTA 4D1IA 4AZCB 1PJ9A 2E9MA 2AOSA 4EKJA 1MFUA 2VCBA 3WNPA 5A8NA 4HOXA 3BSHA 3K8LA 4QP0A 2YA1A 4ZE5A 1UWRA 2FHCA 1OWQA 1UD8A 4AIEA 4WJXA 1WZKA 3SUWA 1E73M 3VUPA 4EANA 3GXFA 3UCQA 2YL5A 4KGJA 3W25A 5I5RA 5FOOA 1UUQA 1NM9A 4ACYA 3VPLA 4A3HA 3AIBA 2GVYA 1QHPA 2J77A 3A6OA 4CD8A 3DECA 3HJEA 1Q4NX 3TTYA 1GZJA 4OKDA 4XZWA 3QHOA 1HIZA 1DWHM 4YHEA 4UFKA 2D0FA 2PWFA 1GQJA 1LJYA 2E9LA 2XSAA 1GPFA 2VQTA 2ZE0A 4BQ2A 4E8DA 1L8NA 1QNQA 1SYTA 5DFAA 5DT5A 2JE8A 3WIJA 1VBUA 4TTGA 1HL9A 5HXMA 3THCA 3VMOA 3MS8A 2A3AA 2CIPA 2OYLA 1ITXA 4C7FA 3VDCA 1OM0A 1K9EA 3MSGA 3VU2A 5I0DA 4CN4A 2RGLA 3A47A 3BAIA 4YPJA 5ABGA 4JHOA 4W8LA 1WE5A 1VB9A 3SUVA 3HN3A 1I1XA 3N12A 1WZLA 1W9DM 2BXZA 3QR3A 1KGWA 4JL1A 4PN2A 4D6DA 1XHGA 1KWGA 3VD5A 3WQ8A 2WMJA 1ITCA 3VVGA 3W29A 4RE3A 4PRWA 4QLKA 2J8GA 1WB0A 1JNDA 4HZ7A 3FW6A 3GDBA 3IJ9A 1E1FA 3AHXA 3LPFA 3BC9A 3LMYA 3AMLA 3DC0A 2VI0A 4AD1A 5KEZA 2FDMA 3PTKA 2EEXA 2QMKA 4X9YA 3M07A 4RE2A 1CYGA 3T0DA 4YN5A 4P7NA 4QAWA 3PZVA 3VILA 1HKMA 1E55A 3K4DA 4A4AA 1CLVA 4UZUA 2VT0A 3MO4A 3VD4A 1HNYA 2UY2A 3WD1A 4PSRA 1HX0A 3FAXA 2GJRA 4P8WA 2BVYA 3AROA 2VX4A 3VIJA 1JFXA 4ZENA 2ZX9A 3KZSA 4UFLA 4UQBA 4XX6A 3AMCA 1J9YA 4AIUA 1V0NA 5BXSA 1HT6A 4UFIA 4BZYA 2W5FA 4OUEA 1OT2A 2E9BA 3ARPA 1C7TA 4CCEA 1R87A 1C8XA 2WCAA 3WQ6A 5I3DA 2NSXA 2DH2A 4LXFA 1KWKA 5E0FA 4HZ8A 2XWEA 1NOWA 3WFZA 4P8XA 1XH0A 5I79A 3IJ8A 4D71A 2Y8VA 2W91A 2XGBA 1JAKA 1LF1A 2VVSA 1W3LA 2XIIA 4WSJA 2A3EA 2F2HA 3CUHA 4ACZA 3WD3A 1XSKA 3WNNA 3W4RA 3U57A 4DWSB 2Z1KA 3OLIA 2EQDA 1DWIM 4PMRA 4GQRA 2C8NA 3CHFA 4TVUA 2GDUA 3EDJA 3BXWA 4U5KA 1DWAM 3W26A 5LA1A 3WH9A 1OGSA 2BFGA 2MANA 1KXTA 2OWWA 1EIBA 1VBRA 3F5JA 1UD5A 3OZOA 4MJ4A 3PZOA 3K4AA 4U2YA 1HP4A 1J0ZA 2PBOA 1BGGA 3CTTA 1DWJM 1W1YA 1VIWA 3WQ5A 3WQWA 1U2YA 2Y8KA 2A3CA 3DYPA 3O2LA 5F7UA 4P8UA 5FIPA 4Y7EA 5JBFA 4F8XA 1QOXA 4Z2HA 3VIOA 1WDSA 4H8HA 4KMQA 1E40A 1CXLA 3ZT6A 5E0CA 3VINA 4M81A 4IISA 1QPKA 1CXHA 2ZIDA 4NRRA 1KR0A 1KGUA 4AD3A 3WF0A 2WM0A 3VMPA 1TZ7A 3VDBA 2CERA 3F5LA 1AMYA 2VQUA 1TA3A 1KCKA 1J18A 4D6EA 1BGAA 2WHJA 4NRSA 4NI3A 1AQ0A 1GNXA 2DSZA 3G6MA 4W87A 2GJPA 1E4IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4U2Z A;  1E70 M;  2ZXD A;  2YBT A;  3WF2 A;  5A8P A;  2V3F A;  1E56 A;  1SMD A;  4GQQ A;  2CBI A;  1KR1 A;  5A6S A;  4MNJ A;  3OGR A;  3AIW A;  1D7F A;  1R8L A;  1VF8 A;  4P7Q A;  3AMG A;  3VIF A;  3WUB A;  3SCU A;  1C3F A;  2Y2W A;  1PPI A;  3I3E A;  1JZ8 A;  4M82 A;  1VRX A;  4W89 A;  1XRV A;  2WK2 A;  1AQH A;  1E6X M;  2CBJ A;  5ABE A;  1GJW A;  4BCE A;  3K46 A;  1MQR A;  2WCS A;  3PZU A;  3I3B A;  4AW7 A;  1JYV A;  2BXY A;  2OSX A;  5FL1 A;  1MW3 A;  5EFD A;  2Z1S A;  5LA2 A;  4Z2G A;  3W0K A;  2D1Z A;  2GJX B;  4OBS A;  1OT1 A;  2CCR A;  4Z2I A;  2VTF A;  4DWS D;  4U3C A;  3UG3 A;  4AXN A;  2WLY A;  2FH6 A;  7CGT A;  1H0G A;  2E0P A;  3AIC A;  4UCF A;  1D3C A;  2FGL A;  3AFB A;  1Q6E A;  3A4X A;  2PB1 A;  3CPU A;  1EH9 A;  2WSK A;  2EPL X;  3OLD A;  4MAZ A;  2NT1 A;  4CCD A;  4JAW A;  1QNP A;  3N11 A;  2JIW A;  5KZ6 A;  2FH8 A;  1NOU A;  1HVX A;  2V3G A;  4V27 A;  3WF1 A;  2JEP A;  1NH6 A;  1VJZ A;  5BYW A;  1KGX A;  5DT7 A;  1Q6F A;  4W5Z A;  4AZ5 A;  4HU0 A;  1CWY A;  3PTQ A;  4E8C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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