3WJXA

Wild-type orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from m. thermoautotrophicus complexed with 6-amino-ump
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title Substrate distortion contributes to the catalysis of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 85
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wjxA00
3W7OA 2JKPA 1JVNA 3LBCA 3RMJA 3LTYA 3NPWA 4LVAA 2QUUA 3PBUA 4UTTA 3CB8A 3TIMA 4NU7A 1LRNA 1B57A 3G8RA 4QIUA 3O15A 1J4EA 2DP3A 4ZVJA 4LS2A 3USBA 3LCXA 4DF1A 2E5CA 1TPVA 2B7OA 3GDLA 3TUUA 3VE9A 2WV8A 1DJQA 2Z6IA 5ABTA 1KM4A 3DFPA 3M7WA 4K38A 1R2TA 3OEXA 4O1DA 3NQMA 5HWJA 1A5SA 1FWSA 3NQCA 3W7JA 3TQKA 4Z0SA 1EUNA 2ABBA 2QJHA 1CW2A 3W7NA 2EHHA 2ZZ5A 2QCEA 1TRIA 5G2HA 4IX2A 3KFTA 4DBEA 4CCEA 1ZALA 1GVRA 3LRKA 3TDFA 1AK5A 2Q8LA 4CCDA 1W8SA 2R8WA 3A22A 4WJEA 5FF0A 4UTIA 5KINA 3W2KA 3C0JA 3R2GA 5D2VA 1TTPA 3NOEA 2V30A 4FNSA 4ALDA 3V1PA 1WBHA 2ZZ6A 2VELA 5L6UA 4BI6A 4R53A 4UTHA 5I3KA 2RKXA 3TMQA 1FQ0A 3ZWTA 1G67A 4LOCA 3PWAA 4PL1A 2X1SA 3KOFA 3E49A 4LUJA 1YTEA 3CU2A 4O1CA 1VCGA 3NL6A 3OHIA 1K7FA 3IV3A 3W7QA 5LKYA 3NYZA 4RZ4A 1KLYA 4BFAA 4GFSA 3S6DA 1AL8A 4YCPA 2X1RA 5HR7A 4HPXA 1OX5A 3IVSA 5D30A 1FDZA 1I2PA 4WZHA 5D02A 3EEGA 4GE8A 3BLFA 3CEPA 3GK0A 1PS9A 1TIMA 3G8EA 2ZQ0A 4JTEA 4JY8A 5F2LA 1AG1O 3FLUA 3GYEA 3NQEA 5F2GA 1UJPA 3RFAA 5K4XA 3W85A 4TMCA 5LGZA 5J5DA 4XWUA 3SZ8A 4WY0B 4DF2A 1HG3A 4MFDA 4ZQPA 3PBYA 4MJZA 2DZXA 5CSRA 1KM6A 2DJXA 5T26A 3GB6A 3G3MA 3ZR4A 2QCHA 3KX6A 3TV8A 2J6XA 4RCXA 2JBMA 1F73A 1MXSA 3A5FA 3S42A 2YDAA 1CX9A 3EWYA 1JRCA 1VCFA 1X7FA 1THFD 4M5PA 1IXNA 2C19A 4DEFA 1YXYA 4QJ1A 4EF9A 5C55A 4RK8A 1HL2A 1TTQA 4FXRA 3FFSA 3RLVA 2NWSA 2ABAA 3M44A 1ZAHA 3LHUA 4HNNA 2PRHA 1K8ZA 1X8FA 1EEPA 1LBMA 3NL2A 3QMTA 4JR5A 5DXXA 1A5AA 5EBUA 1Q45A 3BO9A 1G7VA 4ORIA 1H5YA 3EX4A 1I2RA 1M7OA 4PFMA 2E6FA 1Z44A 4PL2A 3THAA 4HPJA 3UY8A 3WJWA 2LLEA 4MYAA 3C2EA 2Z0IA 2V9DA 4UTLA 3BK0A 2YYUA 5CZTA 1IGSA 2I1OA 4LWWA 5BNKA 4N6FA 1QNVA 1YDVA 2VFEA 3UPWA 1Q6OA 2NUXA 5AC7A 3ZS4A 5E1QA 3AJXA 1TQJA 3B4UA 4C1LA 3W2NA 4CNOA 4IMGA 3MUXA 2TPSA 5D2WA 1QO5A 5AHIA 2ATSA 1WX0A 5CSSA 4Z1CA 4AHQA 2FB3A 1TPEA 1J5TA 3NPVA 4ZQOA 1TPC1 1F5ZA 2Y7DA 1JCJA 1TV8A 4EF8A 4PCFA 5EMUA 1S5WA 4A3UA 1SU5A 3LCFA 1VYRA 3S5NA 1TMHA 3W1PA 5G1YA 4UR7A 4CLMA 3LHWA 2Y88A 3C4UA 4N9EA 4DXVA 4P2VA 4UMAA 1FDYA 2E5DA 1NF0A 3LERA 3NO5A 3NQ8A 3KVMA 4Z08A 4AAJA 2UV8G 3EWWA 4NVTA 3SR7A 2VOMA 3BW3A 2P1FA 3IEBA 3W7CA 1W5NA 1GEQA 3P82A 1TYGA 4OV4A 3ZFHA 3S9YA 4ZZ9A 3M0ZA 3S1VA 3C3NA 1JCLA 3ATYA 3E9AA 5F4XA 1PCKA 1LRQA 4TO8A 1SQ7A 2FLIA 4H4IA 3P84A 3MHFA 3W7PA 3N19B 1VPXA 2ZRUA 4NJJA 3M6YA 4GUHA 1KFLA 4AHOA 4PH6A 3PB2A 3SY5A 3B8DA 3PVFA 5K3VA 4LS0A 2ISSA 1DQWA 1KFBA 4HHPA 3D0CA 3R12A 4A22A 3LHVA 3W72A 3TSMA 2ZA2A 1VLIA 4LY8A 5AFDA 1JR1A 4UCGA 1KV5A 2VC6A 2ZZ2A 3DHFA 2F84A 4GJ1A 5LGXA 5I3GA 3TQ0A 1LLWA 3NPXA 4JTUA 1SW0A 3UPBA 1K8YA 2E68A 4YL2A 3HOJA 3LHZA 4H3DA 1IF2A 1K7EA 2NZLA 3QPYA 3QM3A 2JGQA 2V8ZA 3ABQA 3ELFA 1OYAA 3QSRA 2GVLA 3TR2A 1KFEA 3W2JA 4A2RA 3W7GA 3NPUA 3G1YA 5SWUA 4L4MA 3LBMA 3MJYA 3Q58A 4PEKA 5CPNA 3N9RA 4B5NA 3DKJA 1ICPA 2CLOA 1VHNA 1LZOA 3L67A 3V75A 4JTSA 3G1DA 1FWWA 4XQ6A 3S1WA 2FFCA 1GYLA 3S1XA 4ZMGA 5HMSA 3DFSA 3KHJA 4O28A 2Y89A 5D2XA 1PV8A 2BWGA 1OF8A 1GTHA 4PODA 4RV8A 4O19A 4S1FA 4QNEA 4YWIA 1MO0A 1H7PA 3LLFA 4JX4A 1SPQA 1D3GA 4JXCA 3QMRA 4WUIA 3A21A 2Q3OA 3G1VA 1J2WA 2VFHA 1JUEA 3GXNA 3PBWA 4N9CA 4FIQA 4NZJA 4WQ6A 3BPWA 4HKPA 1WXJA 1AW5A 4LNYA 5HWMA 4OBTA 2ISVA 3L66A 3MW7A 3GIYA 1H1YA 2H8ZA 2VFGA 4JD4A 3W1RA 2A1YA 2JKEA 1KFJA 3O16A 3QQ1A 5FEZA 3EX6A 4EIVA 3M1ZA 3KRZA 3W7EA 4FHAA 1DV7A 4MY1A 1W0MA 1EP1A 3W71A 1LM1A 2GVJA 1EIXA 3NZ1A 3HGSA 2CLEA 3GXTA 5D2TA 2ZZ3A 3N14A 3G24A 3C2RA 1GOXA 1FCBA 2YPIA 4O53A 1QOPA 2V81A 1QWGA 1RV8A 2GQAA 4Q32A 1N7KA 2BLEA 2V0TA 3VI2A 4JNMA 2QCDA 3W1NA 4XTIA 3MMTA 3N9SA 1AL7A 4QISA 3TXZA 3SGUA 4E0CA 3MP3A 4JY9A 4R7JA 1RZMA 4NNBA 5DCEA 3P67A 2CFFA 3PUDA 3NM1A 4DELA 3G22A 4DBDA 1IXQA 3T44A 3SI9A 4IPIA 1PL9A 1FDJA 3SW6A 3M41A 2IQTA 2Y85A 4GC4A 5DLCA 3OIXA 4LU0A 3IIXA 4UIOA 1ZJIA 3LGEA 2NUWA 1OFRA 3TSBA 4I7WA 4KKXA 1O4UA 4JYDA 3OVQA 3M47A 3WJZA 3W83A 2VEMA 3DAQA 4G1KA 5DBUA 3GLCA 3CIXA 3QPZA 3W3OA 5G5IA 4O17A 1R2SA 3QJAA 3LM7A 3UWWA 3CQ0A 4K39A 3ABOA 5IM51 1JULA 3B0VC 2AAMA 3ABSA 5TIMA 1WOBA 2YFNA 3QF0A 4CQ9A 1XBVA 1DVJA 5HUPA 3UZ5A 3W7MA 4UNKA 3NQDA 3P5YA 4R33A 3PUEA 5DELA 4M6QA 1EB3A 4HNUA 3FOKA 3B0PA 5LNRA 1W5OA 3S8HA 3LCWA 4MY9A 3NL5A 1NSJA 3HJZA 3WJYA 5E93A 5HNRA 1OVDA 1XFBA 4M6PA 1EPXA 1KTCA 3R8RA 2Q8ZA 4AXKA 1NEYA 1VYSX 2DZWA 3K30A 3UD6A 1OFBA 3LCGA 4OQVA 3L5LA 3PG8A 5AHLA 3F03K 4ADUA 1KFCA 2DJLA 4HNVA 1PVNA 4Z0JA 1R46A 3TMLA 4I9AA 1W37A 3UQNA 1YDNA 3TA6A 3GKFA 1ML1A 1VLWA 1BWLA 2E77A 1JRBA 1ZNNA 4Z1AA 1P1XA 4LRSA 1YPFA 3FJ6A 2I14A 3GAYA 1W56A 2YSWA 2EKCA 1M5WA 1O5XA 2NXHA 4U4MA 4NT0A 1A53A 1W5MA 1OFAA 4S2CA 3W1LA 5H2ZA 1LTDA 3SIZA 3FS2A 3G0SA 4FNUA 1B4KA 2I9EA 5D38A 4NXSA 3TXVA 4Y96A 2VKZG 5BRBA 2OT1A 1Q6LA 1XKYA 3N73A 2V5LA 4IMFA 2QUVA 2E6YA 3G0UA 5DXYA 2CLKA 1GYNA 1I4NA 1SFLA 4W9TA 5CGQA 3G3DA 5LNVA 1A5CA 1PHQA 4Y9AA 2PURA 3P8IA 3R5EA 2NWRA 4UTTC 4OE7A 2VFDA 4JS3A 5K9XA 3WK1A 3B0UX 1FCUA 5D37A 1TCDA 4O10A 3C61A 3CHVA 3I65A 4WXYA 1XXXA 4ONVA 5MHBA 1FX6A 3H55A 3LXBA 2NLIA 1EWDA 1RQBA 3LI1A 3HGJA 3TJXA 1EP2A 3ABRA 2G95A 4AF0A 3UWUA 3PC0A 1O95A 1VGAA 1ZAJA 1XI3A 2DZPA 4JN6A 4O16A 5I3HA 1BEUA 3HPSA 5DBTA 2XN2A 5K9CA 5F1UA 2R94A 1R47A 1WBJA 2OX1A 3P80A 4I7UA 1SR9A 2GQ9A 1YADA 2Y63A 1GZGA 3W2MA 3L5MA 2G5WA 3TH6A 2O7QA 2PE4A 5BW6A 1ADOA 3LLDA 2Y6ZA 2WNZA 3TC6A 3FIGA 5CPMA 5EA9A 3GDKA 2BTMA 2YXGA 3LDVA 5KZDA 3S0CA 2C6QA 3OVPA 3VKJA 4ORMA 4AWUA 4IJBA 3W7RA 1H63A 1JCXA 1F05A 2A0NA 1TQXA 3A24A 3RF9A 8TIMA 5AHNA 1NF7A 5LHFA 4HSNA 2C3ZA 3BW4A 4GUJA 1KTNA 4NJGA 3LCHA 1A5BA 4POCA 1UASA 2CW6A 3M9YA 5KITA 2JK2A 4UTWC 3BG5A 1G4PA 3WK0A 3W7HA 2QCGA 3MI3A 4E38A 3E0IA 1H7NA 1SO5A 3QSTA 4CQAA 4N2YA 3GAKA 4RLIA 1QR7A 4ZQMA 3MI2A 1QPOA 3NQ2A 3O6CA 3FYPA 1KBJA 4DO6A 3QQ0A 3PBVA 5U4NA 4NXKA 1TREA 1ZCOA 5KZEA 3C52A 3L68A 4FX8A 2X30A 4R34A 1OFDA 1H7XA 2A7PA 2J9YA 4O1BA 3NQ7A 4JTLA 5A8GA 3LV6A 4TR9A 1QAPA 2CZFA 2WJZA 1PIIA 4NJIA 4FX7A 4GXMA 3BW2A 4IMEA 1O60A 1F76A 5BMWA 4LT9A 1OG0A 4RXFA 4ICNA 1P4CA 3W1MA 4XKYB 3NDOA 1KM1A 4JTHA 2C16A 4FB7A 4FNQA 4A21A 2FJKA 1VC4A 3HO8A 1LP6A 3HPXA 1H61A 4EOUA 5AYXA 1TV5A 3RU6A 4MVAA 3NNTA 2H3DA 5CZJA 1FXPA 1XCFA 3O63A 4CQ8A 3KRSA 3QW4B 5BMXA 5LNWA 1JQVA 6ALDA 2CLIA 1SW7A 1W3IA 1T99A 1QOQA 3W7KA 4LV9A 2V5BA 3MP5A 3G1FA 5D32A 1OK6A 4JYEA 1IXPA 1H7OA 2V2CA 1W3TA 3UWQA 2DZUA 5AB3A 1D9EA 4O0KA 1RQHA 1LOSA 1EWEA 3UWYA 1SZFA 2QCFA 2NXIA 2WQPA 1K8XA 4Q4KA 3STEA 3EKLA 3QEZA 3HPZA 3F1QA 3TQVA 3IVUA 4JICA 2ZRWA 1H51A 1OX6A 1YDOA 4DQWA 2J9ZA 4IWWA 4O13A 4O14A 5D05A 3Q94A 2WSYA 3RNDA 1YXDA 2Q3RA 2QKFA 2E09A 4TMBA 4LS1A 2W6RA 3CLMA 3IGUA 1KTBA 4MFEA 2B4GA 2F7FA 3OG3A 1MEHA 4MIMA 2RDWA 1GVQA 4O52A 2W79A 1YTKA 3PY2A 3STFA 1G7UA 1W54A 1KM5A 3FJLA 4H6KA 2GPTA 3BG3A 1GG1A 3OVRA 3P7YA 3PR2A 4NX5A 3CC1A 3INPA 4PA8A 3FKRA 5K2ZA 2ISWA 2VFIA 1HFBA 3NQ6A 5D2YA 3U6WA 5HR6A 3A9IA 4WX2A 2GQ8A 1D3HA 2FDSA 3MYOA 1TRDA 4DO4A 2DORA 4JDYA 2Z2UA 4HT3A 1LDCA 1KBIA 3MHGA 1UCWA 3PSVA 5F2IA 1EX5A 3UWVA 3W87A 2WKJA 3M5XA 1TPDA 3STCA 4MPQA 3T78A 3R13A 5CZSA 4WD0A 4HIBA 4GNJA 2QCDB 3MYPA 2R91A 2HMCA 5AC8A 4MYXA 5IBXA 3QRHA 3N3MA 5GVJA 5KMYA 1CI1A 1G4TA 2NX3A 3G18A 1X1ZA 3W70A 1IIHA 1OF6A 4FX6M 1KM3A 5A5WA 3QC3A 1IXOA 3HF3A 4O12A 1KLZA 3L21A 4O8RA 4MLJA 4WOZA 1Z48A 5CZ0A 4GBUA 2QCCA 3CM4A 1AW1A 2ZDRA 3F4NA 4N9DA 1Q6QA 5KTLA 1OFPA 4LV4A 3LTPA 1TJPA 2CZDA 5D09A 2V82A 4ZQCA 4FO4A 1T0OA 3DHDA 2FTPA 2WO5A 4AWSA 5LNSA 1EUAA 1ME9A 4O11A 5AC6A 4UTKA 4GRSA 1P0NA 1XC4A 4JDBA 1OX4A 3O06A 1Z41A 5BOOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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