1X8F | Genus

Total Genus 76

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
sequence length	284
structure length	272
Chain Sequence	MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
publication title	Crystal Structures of Escherichia coli KDO8P Synthase Complexes Reveal the Source of Catalytic Irreversibility pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus	76
structure length	272
sequence length	284
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2004-08-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1x8fA00

4HNVA 4GJ1A 2CW6A 1KFJA 1K7XA 1K3UA 4W9TA 5EPDA 4ZVJA 5CPNA 1TCDA 4GUFA 5AYYA 5F1VA 3UWUA 4O1AA 3OBKA 1QFEA 2A0NA 3EXRA 5G1YA 3RNDA 3W7CA 2DZSA 1SZFA 1FWRA 2DU2A 3HO8A 4O1DA 1H60A 4QM1A 3S6DA 2I14A 3PSWA 1PCWA 3DU0A 3ZS4A 1SZNA 4RXGA 1G4PA 5D02A 2GVJA 4UTJA 5DBUA 4AF0B 1JCXA 4I7UA 5K9DA 3CEUA 4O14A 1KM4A 3BW3A 1KLYA 3TSDA 2ZZ2A 3TIMA 1SZGA 3PUDA 1R47A 3TNOA 4D2JA 4KFPA 4IQLA 3W73A 1QMLA 3LM7A 2FPTA 1TTPA 5AHEA 4MUZA 1XUZA 1MO0A 2WNZA 5HNRA 4CCCA 3KX6A 2A6NA 5H91A 3QH2A 3W7QA 1JUKA 1X1ZA 3CU2A 4WXZA 1GQNA 5DY2A 2VEIA 3UPWA 3G1HA 2J27A 4PFMA 3CC1A 2CZEA 5AN7A 4DBEA 3BLFA 1EUNA 1Z44A 4GC4A 1KW1A 3B06A 1YPFA 5HR7A 3W88A 1OJXA 2FB2A 4JY9A 5K4XA 3BGGA 1BKSA 4WX2A 1W5MA 2CZFA 3HIJA 2NWSA 4O4VA 2WSQA 2TRSA 4IJBA 3QZEA 5HUOA 1B9BA 2C6QA 2GPTA 1ZJIA 1OX4A 3T40A 4QAIA 3PBVA 3DFPA 3TKFA 3U2OA 1RR2A 3DZ1A 1FWTA 5AHFA 1WYIA 3HQ1A 5KTLA 4MY1A 1OFQA 3QF0A 3FJLA 1M7OA 1Q6QA 4A22A 5BRBA 4UTKA 4WJEA 1IIHA 8TIMA 3LHVA 2VFIA 3NPWA 3L65A 3HPXA 4NJHA 4IOTA 2A1YA 1VQTA 4MZ1A 4K36A 1VS1A 4UTUA 2ZZ1A 3T78A 4O1BA 1FWNA 1I2OA 2WJZA 4OE7A 1QNVA 2X1UA 2B7NA 3LBCA 4JTJA 3OVQA 5LNVA 1W5QA 3SIZA 1I2NA 4TIMA 2WQPA 4UTTA 4MZ8A 1QO2A 2ABAA 1GZGA 1QPNA 1KBJA 1Z48A 3PC0A 4JIPA 5HWMA 1NVMA 1GVOA 1O5XA 3LCIA 1TPC1 4AMAA 3LB0A 3DI0A 1EP1A 4ZL1A 1GEQA 4ADTA 4FNRA 4ORMA 1W1ZA 2DZVA 1ML1A 4GUIA 3KAOA 4RZ4A 2ZBTA 3KFTA 4LUIA 3L68A 4MOZA 3N2XA 4HIBA 3I6RA 5AC7A 3VNDA 2HS8A 1XBZA 4Y8FA 3TUUA 4Q4KA 4DO4A 1AW2A 2Q8ZA 1UB3A 3U8GA 1OFRA 5L6UA 1SPQA 1YYAA 3R2GA 2PRHA 2YGYA 1IIGA 3B8DA 1VCGA 3NM3A 4O16A 4C1LA 4K6AA 5KSWA 4K38A 3B0UX 4N9EA 3W7EA 3WK2A 5DLCA 3MHFA 1F74A 1H7OA 5HUPA 4AF0A 4EF9A 4MYAA 3GDRA 5I3JA 2ZCGA 2QJIA 4E38A 4DO6A 2WNQA 1KTCA 4EWND 1JR1A 4O0KA 2QCLA 5LGXA 4UR8A 1OABA 4MJZA 3W7KA 3G22A 4JY8A 4UIOA 3EWBX 3GXTA 4HKPA 3W9ZA 2RDTA 3P84A 4XKYA 2FTPA 5I3GA 1PHWA 1W37A 4UTHA 1WAUA 4LW7A 3T44A 3NQCA 1QOPA 2ZZ6A 2A7NA 4CNNA 5D33A 1TPB1 3MBDA 1HUVA 5U4NA 4XUGA 4FXRA 2Y7FA 2X1SA 1NF0A 3U6WA 4MFEA 2QCCA 3KOFA 5DY3A 3M5YA 4EF8A 3BLEA 1KBIA 3W1UA 2VENA 3EWYA 3KRSA 1EP2A 4LVDA 1B3OA 2R14A 5FEXA 2ATMA 1A5AA 3PVFA 5C6MA 4GXMA 4M5PA 3W1AA 3USBA 4ZZ9A 3L0NA 4QNEA 4GUJA 1TB3A 3VE7A 3EX4A 4UFHA 2CLMA 2RH9A 1OVDA 1DBTA 3C2FA 3QSRA 3P8JA 2E77A 5KZMA 2QCMA 4FX6M 4MYXA 4NNAA 1L9WA 3EKLA 4XBSA 2V82A 3QMSA 3TR2A 3GNNA 4POCA 1Q3NA 1K8YA 3K30A 4UC5A 3PF3A 4GUHA 3UWWA 1ZAJA 1P0KA 2X1TA 3G1SA 2Y7DA 3FKRA 2Y61A 2RKXA 5LHFA 4OHQA 3STEA 4PC8A 4P61A 1XBXA 3QPYA 1LOSA 2NV1A 4ICNA 3W83A 1RQEA 3NM1A 5EMUA 3MI6A 3B0PA 4JX5A 2ALDA 2V9DA 4LUJA 4H6KA 1F05A 3EWWA 1R2TA 3S1WA 1K8XA 2QAPA 3M44A 1B4KA 1T0OA 3N9SA 4RXFA 1KFLA 2ABBA 3W1PA 3NQMA 5HULA 3L21A 4LS1A 2QUVA 2W0UA 4XTIA 2GVGA 5FEZA 1Z41A 1VYSX 1JCNA 4CLMA 2OT1A 2BX7A 4JYEA 5FF0A 2V5LA 1JCMP 3HG2A 3S1VA 1TPUA 3IIZA 1FCBA 3O8AA 2H6RA 1UBSA 1FBAA 3C6CA 3UWQA 3WK1A 4Q33A 3WJXA 3AO0A 5D04C 3W6YA 1AMKA 1T96A 4K7YA 1SR9A 3LLFA 3LI1A 5KITA 4OT7A 3W7HA 3N19B 2C19A 5A5WA 3PR2A 1OYCA 4YXGA 3GAKA 3BG5A 3VCRA 1OYAA 4Y90A 1LOLA 2ISVA 4FNTA 3LTYA 4JTEA 1H7RA 2F84A 5EBUA 2E68A 4UR7A 4WY0A 4MKNA 5KZDA 3G1AA 1TPWA 3C2VA 1W5PA 5LKYA 4K8HA 3M5XA 4M7SA 3KVMA 3HG5A 1XDLA 2YPIA 3QFEA 1LBLA 3I65A 2TYSA 4JYDA 3V1PA 5CZ0A 1EB3A 1QAPA 1K7EA 1H61A 5J5RA 4LWWA 3THAA 3L2IA 3ELFA 4R7JA 5DN1A 3EXTA 4Z1BA 1UJPA 1OG0A 1FCUA 3CIWA 1KTNA 3CLMA 1MEWA 4IPJA 3WJZA 1GG0A 1XC4A 1VHNA 2OX1A 3UY8A 3GZ3A 1LBFA 2QDGA 2Q8LA 4FF7A 3PY2A 3CIXA 3TROA 1N8FA 1O95A 3TC7A 3B4UA 1XI3A 3TH6A 2C0AA 2C13A 3CQ0A 1LROA 1D3HA 4HNTA 3FEMA 3GAYA 1U83A 4NT0A 3G24A 1OYBA 2C18A 1EWEA 3D0CA 4DF1A 1UUMA 2Z6IA 1R30A 1F73A 2QF7A 4FEZA 5D38A 1W56A 4YMZA 2YCEA 4MFDA 4S1FA 4IPIA 5EY5A 5FF2A 3FYPA 2BLEA 5EA9A 3NQ7A 1B57A 1OX4B 1TV5A 3M5VA 2QCDA 5DXXA 1IF2A 3LCLA 3I7QA 2RDUA 2V2DA 3RLUA 4ZQMA 3ANYA 2V30A 4JS3A 3UQNA 2VFEA 3G0SA 1I45A 3G3DA 4GBUA 3S5OA 4O53A 5CZSA 5FEPA 4NJGA 4FB7A 1VLIA 2Y88A 2A7RA 4JIQA 3L67A 4N4QA 3TW6A 3G8RA 2EGZA 3VFLA 5CPLA 1SU5A 1FDZA 3IGXA 1KFKA 1LM1A 3GK0A 4BI5A 4WD0A 2VEMA 4DPPA 3GXNA 4HNNA 1ME7A 1KM2A 4LC8A 1NEYA 3TE9A 4YL2A 1OFDA 3NYZA 2EKCA 5I3FA 3JRKA 3LHWA 1KM3A 2ZTJA 2ZFAA 4N9DA 4I7WA 1EEPA 1X1OA 3LCXA 1S5TA 1SW7A 4H3DA 4JTIA 1TPFA 2DZXA 3P81A 4B5NA 3LI0A 3LXBA 4M6QA 4FNPA 1IXPA 1TO3A 2ATSA 4UCGA 2H3DA 5K4ZA 4MLRA 3IVTA 4CCEA 3FFSA 3OIXA 1WDWA 3UZJA 3MYPA 1YXDA 4L4MA 3RK8A 3FOKA 2J24A 3WK3A 1S3HA 3SGUA 2RFGA 3G8EA 5HINA 2Z0IA 3QC3A 1DJNA 2ZZ5A 1FQ0A 1TTJA 1L6YA 1SO4A 4O57A 1VLWA 2FDSA 4YWIA 4NX0A 2W6RA 4N2YA 4Z1CA 1JRCA 1ME8A 3UXDA 3BARA 4QQ3A 4TR9A 3LLDA 3TXVA 3BPWA 2DORA 4JTUA 4A29A 4O54A 3W71A 3MP3A 1WQ5A 4NXKA 1HO1A 1N7KA 5AFDA 5IBXC 4ZMGA 1EIXA 4XWUA 4MZYA 1LLWA 2P1FA 3OG3A 3MBFA 3TA6A 3PSVA 1T8XA 5G2HA 2ZRVA 3KRUA 1OFPA 1L2UA 3NG3A 1DV7A 3C3NA 1VZWA 3QRHA 4JXCA 3PBYA 1I8JA 1YDVA 1KFEA 3G18A 2B7PA 5HQEA 1VC4A 3W7OA 2VFFA 1AW1A 1W8SA 4XKYB 5D05A 3KVJA 3W1QA 2Y6ZA 1LP6A 3HMJG 3IIOA 5HWJA 5F2MA 2B0MA 1Q45A 1QO5A 4E2DA 3H55A 1NSJA 1WBJA 1JUEA 2UV8G 4LRSA 4MJMA 3TSBA 1KFBA 4RV8A 3YPIA 4BK9A 3PB0A 2ZTKA 3TU9A 2HS6A 4PEKA 3W1NA 3FIGA 2VEPA 1EUAA 4Z1DA 1H51A 2G95A 4UMAA 2QCEA 1TREA 4TU1A 2XN0A 1O60A 4IMCA 4DXVA 3PM6A 1JUBA 4AWTA 1G4SA 5U7SA 5CGQA 2EPHA 1YTEA 2CLOA 2QCNA 4O10A 5F2LA 3MJYA 5LZLA 1RQHA 4R53A 4KWVA 4NJJA 3N73A 4H4IA 1KA9F 3ABRA 1QOQA 4LS0A 3DHDA 4OV4A 3LCHA 4HNUA 4FX8A 2Z1BA 3TAKA 1DQWA 3NAVA 3N3MA 1P5BA 1HO4A 2ZRYA 3M9YA 3GKFA 1O4UA 4WQ6A 4ZQRA 1KM6A 5CZJA 3TJLA 1AK5A 3G3MA 1OHLA 2NUWA 2YYTA 5K3VA 2O7SA 2E6AA 3HGRA 3EX3A 1LRQA 1WA3A 4BWLC 1QPOA 2TSYA 5DCDA 3B05A 4IMDA 2NV2A 4AHOA 5DELA 3TSMA 5LSMA 4A21A 1DHPA 3W7IA 2QJHA 2CLIA 1OK4A 1W3IA 4UTMA 2WNNA 1W3TA 2FFCA 3FKKA 4ZQCA 4AEOA 5ABTA 5AB3A 3LV5A 1GYLA 4LVFA 1SZEA 1H7XA 4JX4A 3KVKA 2ZRWA 3W07A 1TPEA 2ZA1A 4IX2A 1ICSA 3S8HA 5LNSA 3Q37A 3CWNA 2C1HA 1LZOA 1RD5A 1IGSA 2QCFA 3PWAA 1HL2A 3MYOA 5SWUA 4NZJA 3NVTA 5G1TA 4I9AA 4M7TA 3BW4A 2GOUA 1BWLA 2NXHA 4UNLA 5G5IA 4KFOA 5K9CA 2NXGA 3G1FA 3W23A 4IXHA 1M6JA 4QIUA 3PBUA 3M43A 3T4CA 4Y96A 1GVFA 2XN1A 1M7PA 1V5XA 3ABSA 4HSOA 2Z6JA 3CT7A 5D37A 3TAOA 4MPQA 1FXQA 3C2OA 3NQGA 4WY0B 5BNKA 3O6YX 1TPH1 2NWRA 4MIMA 3UWVA 4BI7A 4UFKA 1BTMA 3P67A 1OFBA 3W70A 4RKAA 4LRTA 3RU6A 2E09A 4RLIA 3W7PA 1ZAHA 1KTBA 1ZCOA 3HPZA 1LRNA 1DL3A 3EWXA 4TO8A 4UFMA 4PTNA 4JGDA 4LY8A 2WPBA 2YW4A 3UY7A 4LS2A 5F2IA 3NOEA 3W87A 3C2RA 5EKYA 2E1DA 1A5SA 1QPQA 1J2WA 1MZHA 3W1LA 1VYRA 2RDWA 3OEXA 4LVGA 2E6DA 1ZENA 1WOBA 4HSNA 2XFWA 4L4LA 1PCKA 3C0JA 1VCVA 3UZ5A 1NAL1 3TX9A 5TIMA 2I1OA 4OWGA 3HGSA 1VH7A 1I4NA 5D2TA 1GWJA 1IXQA 3SW6A 2GUUA 1G69A 1SQ7A 3STFA 1JQXA 3W76A 1H5YA 3GYEA 4IMEA 3O6CA 1QWGA 4R33A 4WY0F 3SGZA 3UWZA 3GX9A 3HG4A 3TK7A 3R8RA 4AHQA 4UUIA 4O19A 1ME9A 4RCXA 4AH7A 1TTQA 3B04A 3HF3A 3PUEA 1OX5A 4N02A 5C5YA 2CLFA 1LORA 3NQ2A 1SO3A 4YCOA 3S1UA 1EPXA 3OVPA 4XBKA 3IRDA 2QCDB 3DFQA 3EB2A 1KFCA 1ONRA 2GQAA 1MXSA 4CQ9A 3GDLA 4IMFA 5E1QA 3LCGA 1LCOA 3CWOX 1YDOA 1HFBA 1MEIA 4LOCA 3GDTA 5G4EA 2DJXA 3W2UA 3C52A 1Q6LA 1H7PA 4Z0SA 1KV8A 3QEZA 3INPA 5CZTA 1QPRA 1VYPX 2E6YA 3GB6A 3KXQA 1ZAIA 3ATZA 3QQ1A 1I2RA 4LVAA 1B4EA 1Y0EA 1XFBA 2WSRA 3UYCA 5AC6A 3L5LA 3MHUA 1F6KA 3NL2A 3N2MA 4KWWA 1VPXA 2NXIA 1R2SA 1ICQA 2YW3A 2ISSA 3SR7A 3DFTA 4NZFA 4PCFA 3LCWA 3E02A 4P2VA 1VRDA 1NFBA 4RZ6A 2JKEA 5DXYA 5D2XA 2JKAA 4MY9A 1HTIA 4CCDA 3CTLA 3IEBA 5LNUA 3EXSA 4OGZA 4S2BA 1SW0A 3M16A 2CLHA 3TW7A 3TQKA 2QR6A 3Q58A 3Q2DA 3WJSA 4JYFA 1HG3A 5A8GA 1FDYA 5DCEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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