3TJLA

Crystal structure of a novel oye from the xylose-fermenting fungus p. stipitis
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
404
structure length
404
Chain Sequence
SSVKISPLKDSEAFQSIKVGNNTLQTKIVYPPTTRFRALEDHTPSDLQLQYYGDRSTFPGTLLITEATFVSPQASGYEGAAPGIWTDKHAKAWKVITDKVHANGSFVSTQLIFLGRVADPAVMKTRGLNPVSASATYESDAAKEAAEAVGNPVRALTTQEVKDLVYEAYTNAAQKAMDAGFDYIELHAAHGYLLDQFLQPCTNQRTDEYGGSIENRARLILELIDHLSTIVGADKIGIRISPWATFQNMKAHKDTVHPLTTFSYLVHELQQRADKGQGIAYISVVEPRVSGNVDVSEEDQAGDNEFVSKIWKGVILKAGNYSYDAPEFKTLKEDIADKRTLVGFSRYFTSNPNLVWKLRDGIDLVPYDRNTFYSDNNYGYNTFSMDSEEVDKELEIKRVPSAIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Scheffersomyces stipitis cbs 6054
publication title Structural and Catalytic Characterization of Pichia stipitis OYE 2.6, a Useful Biocatalyst for Asymmetric Alkene Reductions
doi rcsb
molecule keywords NADPH dehydrogenase
total genus 157
structure length 404
sequence length 404
ec nomenclature ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date 2011-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3tjlA00
1KM2A 3G1YA 5A8GA 1WX0A 1RQHA 3TIMA 4ALDA 3CC1A 3W1MA 4RCXA 4FXRA 3C2OA 3DFNA 4LVBA 5CG7A 1ZALA 3EXTA 3GAKA 1U83A 4AAJA 1LRNA 3W7KA 2C18A 2DZPA 4ORMA 1SW7A 3LRLA 1MSSA 3R89A 3N2MA 1T99A 5EA9A 3OVRA 3IIPA 3MYPA 4TMBA 4Y90A 1TPFA 1NF7A 1NF0A 1VYSX 3UWQA 3W6YA 1FUYA 3OVPA 3I7RA 4I7VA 3MHUA 3NZ1A 1QOQA 1W5NA 5E1QA 2Y62A 5AYXA 4AVFA 3L9CA 5LHFA 4I7UA 3W7JA 4O16A 3UXAA 4O1BA 4IOTA 4O12A 3QJAA 5FF3A 4KFPA 1Q3NA 1FCUA 4JTTA 4PH6A 4JIQA 4O4WA 5CPNA 3KX6A 2WSQA 1GPWA 3B04A 2QF7A 4L4LA 4WY0A 3HGOA 5EYWA 4XUGA 2BTMA 3TX9A 4KWWA 5FF2A 3O07A 2GJLA 4J9JA 2A21A 1OYCA 3GXNA 3VI2A 3QW4B 1XBXA 4LTSA 4ZL1A 3THQA 1H50A 4MYXA 3PY2A 3QF0A 1TSIA 1KV5A 2PRLA 2W79A 4LRTA 4OWGA 1OFBA 1OFQA 2E09A 1FXPA 3P84A 4NJJA 2QJIA 4JX5A 4UR8A 2DORA 4KFNA 1PL9A 2RKXA 1TREA 4K7YA 4MFDA 2ZRVA 4EWND 5D2WA 3W9ZA 3C2EA 5F2LA 2P0OA 4GFSA 3LBCA 2YXGA 3SZ8A 4HIBA 4MY9A 3TV8A 1K7XA 1OFPA 3EX2A 5U4NA 3BVJA 2XFWA 3LDVA 1MXSA 1FWTA 2NUWA 1EPXA 2C19A 3VNDA 4MFEA 4UFHA 4N9DA 3GNDA 1WOBA 1WXJA 1JUKA 5F4XA 3S6DA 4Z1DA 4DO6A 3MP4A 1JR1A 4AH7A 1B9BA 3FJLA 2E5DA 4E2DA 4E38A 4O50A 3CIXA 4JDYA 1OF6A 4QNWA 4IQLA 2QAFA 4JXCA 1GOXA 1N7KA 3GNNA 3MBDA 5A5WA 5AHFA 3M9YA 3CQ0A 3HOJA 1EWDA 3DBPA 4RKAA 5C6MA 4GJ1A 3NQMA 4XBKA 2A1YA 2RHGA 2ABAA 3GYEA 4PODA 3R8RA 3CT7A 5DN1A 1OFAA 1KM0A 3TMLA 3LCIA 2E6DA 2DJLA 3UYCA 2YCEA 1Z41A 1I2QA 1WQ5A 5AHIA 1LP6A 3I65A 3CWNA 3A5FA 5LSMA 2VEIA 1UBSA 1GJPA 2FQIA 1ZHAA 4FNSA 4OBTA 3DFQA 1F6KA 2HMCA 1VPXA 4ZQRA 5I3JA 3EWWA 4IPIA 4EOUA 2BLEA 1OX4B 2RFGA 3SJ3A 1O5XA 1MEWA 3P8JA 4B5NA 2H3BA 3PWAA 5LNWA 3WJXA 5FESA 4ZMGA 1TPB1 1W3TA 3UWVA 3U6WA 4RJEA 2YR1A 2H3DA 2YSWA 3MYOA 6ALDA 3NXFA 1SSGA 3M43A 3EEGA 4N6EA 3HF3A 4WD0A 5DBTA 2ZA1A 3L0NA 3GLCA 4P2VA 3PG9A 5MHBA 1YTEA 4A29A 3NZRA 4IX2A 1TB3A 3W7OA 2TYSA 2AGKA 2GQ9A 1M7OA 1LCOA 2VENA 3O15A 2G5WA 1QAPA 1MO0A 1PIIA 1EUNA 3LCFA 4RLIA 5K4XA 3O1NA 3S1XA 2QAPA 5DY3A 2OT1A 3L5LA 4Y8FA 1X8FA 3M7WA 4RX0A 3STEA 5AB3A 2JKPA 2ATMA 4AMAA 4RXGA 5CPMA 1JUEA 2J6XA 3M5XA 3G3DA 4ZQNA 5CZJA 4HPJA 4JDBA 4IWWA 3MO7A 1BWLA 3TU9A 2BX7A 4CCEA 2A5HA 3PF3A 5HULA 5CSRA 3IIVA 2KZHA 1H7NA 3EXRA 5FEXA 2ZDRA 4Z1CA 3NDOA 4BFAA 1SSDA 4D2JA 3LM7A 2VC6A 5HUOA 2JK2A 3IRDA 1TYGA 1L6YA 1SO6A 4WXYA 2H90A 1B57A 3HPSA 1F6PA 3V1PA 2VEPA 3TCEA 1AW5A 2V81A 2WNQA 4NNBA 1YPFA 3KXQA 2G96A 2Z6IA 1X1ZA 2E1DA 1IGSA 3NL6A 3C0JA 3BG5A 1LBMA 3FYPA 5C55A 5AN7A 2J9XA 4NJHA 3G0UA 1SW0A 1QR7A 4AWUA 2PC4A 3IV3A 1LOQA 4MJMA 4M19A 1JRBA 1SO3A 5KSWA 3L21A 1VR6A 5AFDA 3WK3A 1F7BA 2ISWA 1NFBA 5G2HA 1DL3A 4Z1BA 1FDZA 4MLJA 3ZR4A 2WSYA 1PVNA 2B7OA 2YFOA 2NWSA 3DZ1A 3U2OA 5BRBA 3A9IA 1D3HA 4JICA 4LVAA 4M7TA 2ZZ7A 3P60A 1GG1A 2EGZA 4LV9A 4MVAA 1LDCA 2Y63A 3C56A 1OG0A 3CWOX 4H6KA 2J24A 4MIMA 1IXOA 4EVZA 3G1FA 4LV4A 1YADA 4TX9A 1W5MA 4GE8A 4LWWA 2CZ5A 2CWNA 1JJKA 4FNRA 1DQXA 4JTJA 4XKYA 2ZYFA 3AO0A 1R30A 3T4CA 4OQVA 2VEKA 4WXZA 3B0UX 1Q6LA 2CW6A 1FCBA 3CTLA 3TMQA 5DXXA 3W7LA 3W7EA 4ZQCA 2NV2A 3FKRA 3QEZA 3DGRA 4DPPA 3DI0A 4IJBA 4IXXA 1H7OA 4MLRA 4H4IA 4NX0A 3LX9A 3DAQA 5DCEA 2Y7EA 3NG3A 5CZSA 4Y6GA 4GUIA 1A5BA 5AC7A 2JKAA 1TCDA 2QDHA 1U5JA 1YXYA 4C1KA 3OHIA 5G4WA 4UTMA 5DBUA 3W1LA 3P67A 1ICQA 4OT7A 1WBHA 2C15A 2E6AA 2QCHA 5L9FA 2TSYA 1OFEA 2GPTA 2QKFA 4QITA 4EF8A 2X30A 3Q94A 1YPIA 6TIMA 1Y0EA 3DFSA 2EAWA 1FDJA 3BPWA 1HL2A 1FDYA 4S1FA 5TBOA 4TIMA 3LHWA 4CCCA 3E49A 1RD5A 3OBKA 1R2RA 1S3HA 2G95A 1K8XA 1TPH1 3S9YA 3OIXA 2AAMA 5D2TA 3LCLA 4MUZA 2ABBA 3A22A 3MW7A 1ADOA 1QPOA 4FNUA 2R14A 3ZFHA 1SQ7A 1NEYA 3LTPA 4ADUA 4GUJA 2RDTA 4HSNA 2R94A 1E51A 4TR9A 3TFCA 3W7MA 3I7QA 1KFCA 4K39A 1EX5A 5DELA 4YMZA 4LS2A 3EX4A 4NX5A 1W56A 1S5VA 1TPUA 3TA6A 4K8EA 1IIGA 4HSOA 2ZFAA 4O18A 1QPRA 1B4KA 3QYQA 1M6JA 2XN1A 1YYAA 2A7NA 3W86A 3PSWA 2QCEA 4K37A 4PCFA 2DZWA 3B4UA 1BWKA 3HG3A 2Y89A 3NQEA 1R46A 4JYEA 1T96A 4QJ1A 1J2WA 5FEWA 4N4PA 1XKYA 3FKKA 3BLFA 5G5IA 1DJNA 3B06A 1JCLA 2NX1A 2WNZA 1W0MA 2YZRA 2XN2A 3MHFA 1D9EA 1W5PA 2OJPA 4NJGA 2ZBTA 2ZZ1A 3NQ6A 5FF7A 2ZQ0A 3PSVA 3HGRA 2FDSA 1KTCA 2GVGA 2DJXA 3TC6A 4RZ4A 4UFKA 4X2RA 2OZ0A 4QM1A 5BNKA 3KRUA 5HR6A 2X16A 4HT3A 2CZEA 1VLIA 4HPXA 3H54A 4O19A 1SPQA 3NAVA 3KFTA 3SY5A 5KZEA 2JBMA 5KMYA 3FEMA 3M44A 2VFDA 3TJLA 1WDWA 1H1YA 3N34A 3EKLA 3BLEA 1TIMA 2NXIA 1IF2A 3IVTA 1ZJIA 3L5MA 5F2GA 1VHNA 1K7EA 2A0NA 4LUJA 3NQDA 5BMXA 4KKXA 3IGUA 4DELA 3QZEA 2X1RA 1OYAA 1XBYA 4FO4A 3LCGA 2PURA 1G7UA 4IMEA 4C1LA 1P0NA 2CLLA 2C0AA 1YTDA 4DF2A 1FXQA 3C2FA 2ISSA 3DKJA 3O16A 3CPRA 4U4MA 3W3OA 2QCDA 4Q32A 1EIXA 1H5YA 3A21A 3G1HA 4O53A 1UASA 4O17A 4DEFA 3BW4A 4M5PA 4UTHA 3HGSA 4UNLA 2V8ZA 3P74A 4PTNA 4O1AA 2Q3OA 3ELFA 3QH2A 2CLEA 3W75A 4HNUA 3CU2A 3G1DA 1VCGA 2NX3A 4QISA 3STCA 1XDMA 3BO9A 5H2ZA 2Z0IA 3LXBA 1GYLA 3GDTA 1TTQA 2BXVA 3TQ0A 3GR8A 4A22A 1I45A 4LNYA 1ZNNA 2VXNA 3EWZA 2E5CA 1LOSA 2ZZ2A 3KOFA 5DCDA 3GIYA 3W7HA 1EA0A 3T78A 1B3OA 2FLIA 3S5ZA 3C6CA 4K38A 1JQVA 2V2HA 5G1TA 5K4ZA 1WOAA 2QCGA 4H3DA 5C5YA 4K8HA 1HUVA 3NPVA 5D37A 4O0ZA 3STFA 1O94A 1A5AA 1FWWA 3HPZA 1I2RA 2DZVA 1RR2A 3W1QA 1Z48A 3KVKA 4MZ8A 1V7YA 3EB2A 1J4EA 2V5LA 1R2TA 3MMTA 1TQJA 1DKWA 1QFEA 3QRHA 4O1DA 1VS1A 3VE7A 1F05A 3TW7A 4CNOA 5BW6A 3LRKA 3YPIA 3SW6A 2C1HA 3GKAA 2J27A 1W31A 4QIUA 3E02A 4AXKA 3TSMA 2O7QA 5LNUA 1OABA 3RLVA 2BWGA 3T44A 2A4AA 3SI9A 1KM6A 4XBSA 4L4MA 4JD4A 4MPQA 3MHGA 4UC5A 1QMLA 1O5KA 2I9EA 4WJEA 1TTJA 4FB7A 4BI7A 4UUIA 4M6PA 2WJZA 1TRDA 3BG3A 1QCWA 1LRQA 1JVNA 3IVUA 3THAA 1JUBA 3NQFA 1YDVA 5D05A 1OX5A 2RDWA 3UWWA 2FIQA 4LUIA 3DHDA 4IMCA 3LV6A 1L2UA 3O6CA 4JTUA 4G1KA 3HG5A 4HHPA 3U8GA 4CNPA 5U7SA 2J88A 4ZQMA 4OE7A 5G1YA 1L9WA 5AHLA 3MP3A 1YLVA 4JS3A 1NAL1 3K30A 4LT9A 4AHOA 1W5OA 5DY2A 4DQWA 1TPDA 5L6UA 1OJXA 3W1AA 3W7PA 1W1ZA 4M7SA 3PB0A 3W73A 1LOLA 2VFEA 3UNDA 1SFLA 3PUOA 4HN4A 1NSJA 2V82A 3DXIA 8TIMA 1TPWA 4Q4KA 2ALDA 3UZJA 3EXSA 2B7NA 1ME8A 1G7VA 3UPWA 3JS3A 3BG9A 3LHYA 4DF1A 2UV8G 2JGYA 2X1UA 3O8AA 2OCZA 2RDUA 2V2CA 3ZWSA 2QEZA 2R8WA 2NXHA 1PHWA 3EWXA 4JTKA 3HGJA 1OK4A 2DZUA 3N9RA 3UWYA 3FLUA 3FOKA 5HR7A 3MI3A 4N4QA 1AMKA 1QNVA 1GQNA 2W0UA 1G6CA 3F4NA 1O95A 1HO4A 3P62A 4UMCA 3P8IA 2ZZ3A 4MOZA 4LVGA 3RFAA 4JY9A 4BR1A 4PFMA 1OFDA 3W7QA 3EKZA 3B05A 2P1FA 2PRMA 1UUMA 3IVSA 1P4CA 4WOQA 3CB8A 1PCWA 2ZTKA 2QCMA 2WPBA 5HNRA 2DU2A 2GVJA 3KVJA 4RZ6A 2IQTA 5EKYA 3LLFA 3A5VA 3HJZA 1WV2A 3BGJA 3G22A 3GDRA 3NQCA 2YYTA 3HB9A 4OGZA 3W2JA 4IMFA 3W07A 4ZZ9A 4WOZA 1OYBA 3FS2A 3BK0A 4IGHA 4JTHA 5EL1A 1QDSA 4JN6A 3TC7A 1VYPX 1SZFA 3GXPA 1FY6A 2F7FA 3CLMA 2ZA2A 4RXFA 3UQNA 1ONRA 4LC8A 3TXZA 2CLIA 3MI2A 4AF0B 2C6QA 4TO8A 2FPVA 3HO8A 3NPXA 7TIMA 3LXCA 2PE4A 5EMUA 1C8VA 4XZ9A 3TQVA 2NLIA 4NU7A 5AYYA 3PBUA 1BTMA 1WBJA 2AQWA 1KM3A 1B4EA 4KWVA 1A53A 4PL1A 3NEVA 4LS1A 2VOMA 1H7PA 1TV5A 1QPQA 2WQPA 3SSJA 1RQEA 1UCWA 3STGA 5HUPA 2TRSA 1T8XA 3E12A 3C52A 1TTIA 2XN0A 4AWTA 3WJZA 4UXDA 4XTIA 3LCHA 3T40A 1G4TA 3NM1A 3UD6A 5CPLA 3B0VC 4UMAA 1T0OA 2GVLA 2V5BA 4MZ1A 2R91A 1MZHA 5SWUA 1VHCA 4FX6M 1C9DA 1V5XA 1G4SA 5FF4A 5KZDA 2QDGA 3W2MA 4FHAA 5HWNA 3SR7A 3SGUA 1C29A 3TUUA 1OK6A 4BF9A 2C13A 4UTLA 2B4GA 3HG2A 5HMSA 4NUWA 1OVDA 4OU1A 4JX6A 4FNTA 4P61A 4X22A 3W7NA 1W8SA 1EUAA 3N73A 1H7RA 1ICPA 3MI6A 5D33A 2CLFA 4K36A 3DENA 5C54A 2CFFA 1DORA 1LZOA 1OX4A 3HPXA 3EX6A 1ICSA 3FA5A 5K7JA 3TQKA 3TW6A 3C4UA 2GUUA 4JTEA 4YCOA 3F03K 3TKFA 1KM1A 3WJSA 3NO5A 2I14A 1RV8A 1DBTA 4O10A 2EPHA 4A2RA 2Y61A 3HMJG 1IXQA 1F74A 3DI1A 4YXGA 1GWJA 4ZVJA 4NNAA 4Y96A 3W7RA 5FF0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PFM A;  4KW2 A;  1XRS A;  1RQH A;  4ALD A;  1OC5 A;  5DO8 A;  2PDX A;  4RL3 A;  1CB7 B;  1E0X A;  2WXD M;  3DDM A;  2GVY A;  4FXR A;  9XIM A;  2V63 A;  1U83 A;  3W7K A;  2G3M A;  3A6O A;  4CKQ A;  5D8Z A;  2XYL A;  3D3F A;  4GHR A;  1MSS A;  3QV8 A;  3R89 A;  4RE2 A;  3N2M A;  1YDY A;  1EXP A;  1WUE A;  5EMK A;  4GX8 A;  2VX7 A;  2Z2A A;  1E9Y B;  1NF0 A;  4E4F A;  3W6Y A;  2A3C A;  2XH0 A;  3AFB A;  4DJE A;  1UQZ A;  3L9C A;  1I0D A;  2UY2 A;  3LSC A;  5IOB A;  3WMC A;  1E71 M;  4G56 A;  1R9X A;  2G4J A;  4O16 A;  3BAN A;  4G7F A;  4O1B A;  2FFI A;  4G1N A;  2WZH A;  1A4M A;  1P7T A;  1GHR A;  4Q22 A;  4TUF A;  3VIL A;  4K8G A;  4LBR A;  4O4W A;  4QDP A;  4D8Z A;  2WSQ A;  4PMO A;  3B04 A;  3HGO A;  4XUG A;  3Q45 A;  5CBI A;  2WSP A;  4IIS A;  4J9J A;  3WG6 A;  4QLL A;  1PJ9 A;  3QW4 B;  4LTS A;  4ZL1 A;  1B30 A;  2UY3 A;  4H01 A;  2PRL A;  2W79 A;  4LRT A;  2OZ8 A;  2C91 A;  4HA1 A;  1FXP A;  3P84 A;  4RPQ A;  4JX5 A;  1U5V A;  4UR8 A;  2RKX A;  4NI3 A;  1TRE A;  1B3X A;  3SY8 A;  4YN5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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