4EE9A

Crystal structure of the rbcel1 endo-1,4-glucanase
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
321
structure length
321
Chain Sequence
SVDLIGINVAGAEFTGGKLPGKHGTHYFFPPEGYFEYWSEQGIHTVRFPLKWERLQPSLNAELDDVYASLVDDMLDQAKENDIKVILDVHNYARYRKKVIGTEDVPVSAYQDLMERIAKRWQGHDALFAYDIMNEPYGSADKLWPAAAQAGIDGVRKYDKKRPLLIEGASWSSAARWPRYADELLKLKDPADNMVFSAHVYIDEDASGSYKKGPGKDFEPMIGVKRVEPFVNWLKEHGKKGHIGEFGIPNDDERWLDAMDKLLAYLNENCIPINYWAAGPSWGNYKLSIEPKDGEKRPQVALLKKYAAKDNCSDFGPAKAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Uncultured bacterium
publication title Three-dimensional structure of RBcel1, a metagenome-derived psychrotolerant family GH5 endoglucanase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endoglucanase
total genus 119
structure length 321
sequence length 321
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 2012-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ee9A00
3AXXA 1CGYA 4OZOA 1QW9A 2X09A 1OBAA 2PWHA 3ARUA 4PMDA 2WAGA 1NWSA 1VB9A 3BAKA 4OOZA 1H2JA 1FA2A 2ESCA 3AXHA 2WCSA 1GJWA 2W61A 1ZS2A 3BAWA 1E73M 1E6PA 3BAYA 4WKFA 4A3YA 2J79A 1GVIA 1B3WA 2DSZA 3ZOAA 4JKKA 3BC9A 5M03A 5A6KA 3WMSA 4JFWA 3L2MA 4J3VA 5GPRA 2WWCA 1UG6A 2GK1B 1W3LA 1UHVA 7TAAA 3DYOA 2VOTA 4JCMA 2BNJA 2V3EA 3FN9A 1V3HA 1N82A 2WMFA 4GQRA 2VZTA 4LGXA 1NOUA 3VDHA 3LMYA 3W4RA 4RE3A 2W63A 4PMUA 1OIFA 3THDA 3OIHA 2DGAA 1GHRA 2VVNA 9CGTA 4MB1A 3OZPA 1HJVA 3RDKA 4AZGA 4EK7A 1GQJA 3ZJ8A 1D7FA 2AMGA 4P7QA 4IPNB 1C8YA 1W1TA 1C8QA 4MTVA 1GUVA 1HJQA 3VGFA 2WK2A 2WKLA 3W25A 4E4PA 3CZEA 1E1FA 3AHYA 2CKSA 1PPIA 1TCMA 3ARVA 1OT2A 2GK1A 1OM0A 3NDYA 3ZR6A 3ARYA 5AYIA 3NSXA 1TMQA 4P8VA 2XSBA 4BQ3A 4F9DA 2D3LA 1PZ2A 4B3LA 3EMQA 3GH5A 3EDDA 3WBEA 1HJUA 1MXDA 5D9OA 2D20A 4UQ9A 1C91A 1E5JA 2F2HA 3WF2A 1J01A 4PMXA 1CXFA 1MFVA 1UR8A 3UESA 2VZUA 2F8QA 1PBGA 3ARWA 1E6NA 2DEPA 1PIGA 2BVDA 2ZIDA 4HZ8A 1W91A 4UR9A 2FH6A 1DHKA 4RE2A 2V38A 5E6ZA 4R27A 2ZUTA 2V3DA 1JZ4A 2WW5A 3IAPA 1B3ZA 2C7FA 2XVGA 5CJ5A 4BQ4A 4TX6A 3AIEA 1EDGA 5TD4A 3WDIA 2VX7A 1M04A 1WDSA 4BQ2A 1V6WA 1FH9A 2DIEA 4QLJA 1RP8A 1BQCA 4M29A 1G5AA 4XV0A 1EXPA 2D1ZA 2EEXA 2J7DA 1W2VA 4LQ1A 5HPOA 2V3GA 1NWRA 5A94A 1CGVA 1CWYA 3SURA 3WUBA 2EPNA 3M7SA 5LA1A 2X0HA 2YA0A 1B3YA 4KMQA 6CGTA 2QLYA 2W4XA 1AQ0A 3T0AA 3UCQA 1VEPA 1SYTA 3IJ8A 4QCEA 3AMLA 1K9TA 4NRSA 3AS3A 3L4WA 2OLHA 4J3XA 3VTRA 2NT0A 1UD4A 1K9EA 2XIIA 1RPKA 1PZ3A 3HU7A 4D6GA 3VX0A 5A6MA 4OUEA 2VQTA 3IK2A 1MW1A 3B8SA 2WZEA 2UY2A 3O2LA 1JL8A 3KWXA 4C7GA 1BSIA 1C3FA 1UD6A 1W1YA 2GVYA 1Z32X 3VGGA 3N12A 2A3EA 1FH7A 3AYRA 4AIUA 1JI2A 1UKOA 4H04A 1UD8A 1MFUA 1UR2A 3ZT6A 1DWHM 3AMCA 1XH0A 3VIKA 3VVGA 1UWQA 3AIWA 3TTSA 3PZTA 4QFUA 3NSNA 1VENA 1WZAA 3NJ3A 1JNDA 1CYGA 2NW0A 1IV8A 1NM9A 5DMYA 2WMIB 1EHNA 2G4FA 2MANA 2CETA 1MQRA 1JYVA 3BMVA 3VIJA 3QGVA 1H1NA 2QPUA 1EHAA 1GZJA 3VINA 2IUZA 5ABFB 2YLLA 3DC0A 3T2OA 2V5DA 4LPCA 2Z1SA 1BG9A 5A2BA 3AIVA 2J7HA 1BAGA 3ARQA 2DT2A 4UZUA 2WVVA 4KGJA 2VT0A 1BFNA 5CPTA 1JD7A 1JXJA 1WB0A 1DP0A 4CCDA 3KEHA 4H8VA 3S6TA 1E6RA 2WC3A 2OYKA 1H0GA 3CMGA 3WEOA 3VOCA 1XYFA 2EPOA 2ZUWA 3FHQA 1Q6EA 1J0KA 3EMCA 4LYRA 1BYCA 3ZT7A 5BXTA 4UFLA 5HXMA 1V0LA 1KBBA 4W87A 2WMIA 2XJ7A 3ZJ7A 4XX6A 4BS0A 3DYMA 2XG9A 1KFWA 3SUVA 1YHTA 5BXPA 1AQMA 1E40A 1VIWA 2XVNA 1D2KA 4QDMA 2VUYA 5ABFA 4MPKA 3T0DA 5A8NA 2CBUA 3GXIA 2RGLA 4MAZA 1V6VA 3WL1A 5FL1A 2VZOA 5AYBA 1A3HA 4XUYA 2DSKA 5BYWA 1CNVA 1GJUA 4NRRA 3WNKA 3WL0A 7CGTA 4JHZA 1WZMA 2DSVA 3WMCA 3ARPA 3B9DA 2O9OA 3CZGA 1UZ4A 1RD6A 3L4XA 2O9TA 2OSXA 1UOKA 4ZFMA 2E8ZA 2WVUA 4V28A 5A8QA 4CUCA 4J27A 5D9PA 3KL0A 5A3HA 1K6AA 2CBVA 1W3HA 4AY1A 4D6FA 1UKSA 4RE4A 2YL6A 1NARA 5AC5A 2FHCA 2TAAA 5E6YA 1NP2A 4UCFA 1EQPA 4W8AA 4HU0A 5EFDA 2WC7A 1ISVA 1GORA 1J0HA 5A2CA 1UKTA 1SR0A 2XGIA 4ZE4A 1B30A 2W92A 1YQ2A 4JAWA 1OCQA 4HPHA 2VRJA 5DEZA 2ZUNA 1W9XA 2PWDA 2FGZA 2XIBA 1XV8A 1ITCA 2BY3A 2VRQA 3W6LA 3O6AA 1MW0A 1OINA 5CSUA 5M5DA 4WKAA 4D6DA 3W6MA 2EBNA 3L4ZA 3K8LA 3AI0A 3KZSA 5JBEA 1OD0A 1NWUA 1J18A 1NQ6A 3CZKA 4PMVA 4D71A 3ARXA 3CGTA 3POCA 5IXEA 1KCKA 1UQZA 4UFJA 2PBGA 4U2ZA 5E0FA 1V3JA 2VNCA 1IZJA 4AD1A 2WHJA 2XFYA 2YBUA 2RGMA 2OSYA 1M53A 1BG4A 3A4AA 1B3VA 3AFBA 3LPFA 3MUIA 3WNOA 1R8LA 1FHLA 4CN4A 2Y8VA 1S46A 4TOQA 2OWXA 4C7DA 4UQEA 1DWFM 3AS2A 2GDUA 2JFEX 3PZOA 5A1AA 1CGUA 4GQQA 3SUSA 1ISWA 1JG9A 2QHAA 5FKYA 4UFHA 1P6WA 3II1A 3CTTA 3SCVA 1VEMA 1LWJA 3K46A 2WZHA 3MMWA 2Y5EA 1ZBVA 3OLDA 3RIKA 4TTGA 2PWFA 3W28A 2EQDA 2VZVA 3UG4A 3CZ8A 1WDPA 3W24A 2CKRA 4M56A 2A3AA 1V6UA 1UKQA 5I78A 4DWSB 1K9DA 2YBTA 2VCBA 4W5UA 1R86A 1QBBA 1VRXA 1JZ6A 1ZU8A 1CXLA 4TTUA 3ZT5A 2EPMX 1E6XM 1BLIA 3MU7A 1CXIA 5I0DA 2JEPA 3FY1A 3HMCA 3AS1A 1BGAA 3TA9A 4ATWA 3THCA 1VFMA 5FD0A 1HJXA 3SCPA 4E8DA 4X0VA 3N04A 1BF2A 1WDRA 3CH9A 2CCRA 1GVYA 2YL8A 4JCLA 3VGBA 3L4UA 2DDXA 3AIUA 3M07A 4M80A 2VR5A 3WQ4A 4AIOA 5BROA 1KR0A 1FH8A 1JF6A 2DT0A 1V03A 4YN5A 4DWSA 2XVLA 3F5LA 4HOWA 2ZXAA 1GOOA 3WUFA 5LYRA 3QOKA 4C7FA 1CGWA 3GBDA 1B0IA 1HXJA 1TE1A 1KQZA 1HL8A 5E09A 4B15A 4J28A 1GOQA 4PRWA 2CPUA 5A6JA 3PZVA 1OGGA 4JZ5A 3AZSA 4CU8A 1E0VA 2WBKA 1JAEA 3OGVA 2W62A 2WNWA 2E9BA 3A3HA 3OGRA 5JIWA 4MNMA 3RJXA 2WMKA 4PMOA 3FAXA 2A3CA 4OBRA 1ZJAA 4Z2JA 1LF1A 1DEDA 4CN1A 4E2OA 1UWSA 1KGUA 5KEZA 2Y2WA 2YJQA 1M7XA 4X0NA 1Q6GA 1HVXA 2XVPA 2ZWYA 3AISA 4XB3A 4XZBA 4GZIA 3GTNA 1CTNA 1R7OA 3SCRA 3AZRA 2XYLA 1B3XA 3CZLA 2W66A 4UTFA 1H0IA 1XCWA 4J3SA 1E1EA 1XGZA 3VD9A 3WNNA 2XTKA 1PIFA 1PX8A 4TVCA 1KXHA 2PC8A 2WKGA 1EA9C 2HVMA 4U3CA 5BXRA 4MB4A 2VX4A 4CD7A 1FP8A 2PWGA 1CDGA 3B9AA 3FHAA 5E9AA 1OD8A 4AZHA 5M17A 1L0PA 3S2CA 4KGLA 4J7RA 2GJRA 1G1YA 1UR4A 1JGIA 1E3XA 1H09A 3A4XA 1DWAM 2J25A 4GXPA 4E8CA 3SCUA 3MUAA 5I5RA 1M03A 1ISXA 4NF7A 3UERA 4Z2KA 3F5KA 3BH4A 3W29A 1KBKA 3CPUA 3L4TA 5D9MA 1FOBA 3GZAA 1VFOA 3VIOA 4S3JA 2WSKA 3M46A 3WENA 3WUEA 4F79A 4AC1X 4H7VA 1HKMA 1RP9A 2WSPA 3CMJA 3N1AA 1J0YA 3ALGA 4AD3A 5CPSA 3MANA 3W0KA 1V3IA 1CGXA 4AD4A 4B9ZA 3WFLA 3IANA 3ZJKA 3PTMA 4CD6A 2UWFA 4JFVA 4JFTA 4ACZA 1TZ7A 1GNXA 5E0CA 3PZMA 3SEPA 3OLIA 3LPGA 4B3KA 4UOQA 3VGDA 5FCZA 1UKPA 1EOMA 1M01A 4M82A 3T08A 1AMYA 1JDDA 2JIWA 2EO7A 2ZX6A 5BRQA 4YHGA 4FMVA 4HA4A 1E6ZA 5DF0A 5DFAA 5HPCA 1CLXA 1KWKA 4MNJA 5DO8A 1Y7VA 1MYRA 1UYQA 4MJ2A 3IJ9A 3AROA 2UY4A 3BSGA 2VRKA 2YA2A 1OGBA 2E8YA 1W9DM 3WH9A 3WQ8A 3VD7A 3AIRA 1VBUA 1V3KA 3WH5A 4ACYA 3TTQA 3HJEA 3ZQ9A 1QI4A 1V0MA 2G3MA 3EYPA 2E4TA 3BGAA 3GXDA 1XC6A 5D8ZA 3CZJA 1JNEA 4AD2A 2VZSA 1GONA 1IZKA 5LA2A 4HA3A 3CHDA 3WQ5A 3LPPA 4GZEA 5JBDA 2FH8A 3UETA 4BZYA 4Z2HA 3GH4A 5HDRA 1FFRA 3N15A 2UY5A 3IJ7A 2JIEA 4OOUA 5JUVA 2YDSA 1O7AA 2ZE0A 3VDCA 4CVUA 1E0WA 1JI1A 4U3AA 4PTVA 2J78A 3PHAA 4QCFA 3BAIA 3PZQA 3VDAA 4DWSD 2PF0A 3VD3A 2XPKA 1CPUA 4D6CA 1MWOA 2V3FA 1E15A 1QI0A 2O9RA 4P7RA 3WEMA 3HN3A 1HL9A 2J74A 5FL0A 6A3HA 4EANA 5C70A 1VJSA 1XSJA 2BV9A 2WVVB 3AYSA 4N0RA 1R85A 3BXWA 2J8FA 3WDQA 1J0IA 5JBFA 3VGEA 4L4PA 4HTYA 3BAJA 3WUGA 1FP9A 2VURA 1J0JA 3CO4A 3MKKA 4W93A 4FK9A 2D2OA 2NT1A 5AC4A 1HJSA 2EPLX 4QLLA 4HMEA 1D3CA 5ABEA 1CECA 2G41A 3UR7A 3SUTA 1TG7A 4FLSA 3KE0A 2PB1A 1W9PA 3N17A 5BRPA 2VTFA 2WHKA 3CUHA 2J7CA 3AIQA 1KB3A 1JFHA 2BY1A 3NUKA 5I2UA 4Z2GA 4W8BA 3A6OA 3GNRA 3GNPA 4MAVA 2BS9A 3VILA 3ZMRA 2CYGA 1AQHA 1X6LA 3AQUA 5A95A 3GH7A 4ATDA 1CXHA 2Z1KA 1E72M 2ZWZA 3WEZA 5I77A 1C8XA 1E43A 2JF7A 2QF8A 1CLVA 5A6AA 3SCSA 2D3NA 5EBAA 3W37A 3K1DA 4AD0A 1MW3A 3AHXA 5CG0A 4PSRA 3K8KA 4LYQA 1BGGA 4AXNA 5BXSA 3U57A 1LJYA 4PYSA 4URIA 2W91A 4H2CA 3RO8A 4M24A 3BCDA 1GQLA 1X1NA 3G6MA 2G3NA 1QNRA 3SCWA 1ECEA 1XH2A 5E70A 1EQCA 4UQCA 4WK9A 1C7SA 4PN2A 3PZIA 3RMEA 4UOZA 3VU2A 3APGA 5D4YA 1ODUA 1Q6CA 2AOSA 1CZ1A 1FFQA 2D0GA 1JAKA 2NSXA 2D23A 2ZUVA 5A8MA 4W8LA 3VNZA 4ZXOA 3OA5A 4DUXA 5HOSA 4IPLA 2D24A 2VR4A 1EDTA 3VIGA 2DIJA 2Y4SA 1F4AA 4P8XA 3AMDA 3QOMA 4CD4A 2DSUA 3WFZA 3GXFA 4NZCA 4U2YA 2YDRA 3QHOA 1QNPA 1PX4A 4ZENA 3AIBA 4MDPA 1KXQA 5CQ1A 5A2AA 1JIBA 2GSJA 1UH2A 3OG2A 4A4AA 2CXGA 3CHEA 1BTCA 4F66A 4Q7NA 4CCCA 3GDBA 1XYZA 3SCOA 2CHNA 4H8UA 4BA0A 1BHGA 1MQQA 4PMQA 3SUWA 4JHOA 2XVKA 1SMDA 5D8WA 4UQDA 4D1JA 2WMGA 4L4OA 1GOWA 1B2YA 4AISA 1QVBA 4QP0A 1V08A 2ZUMA 2BY0A 2VL4A 2XGBA 2WVSA 1QHOA 1VF8A 2J75A 4D72A 4AYSA 2O92A 2X1IA 1B1YA 5GQBA 4CU7A 2XUCA 1C7TA 1WPCA 2VCCA 2A3BA 1TR1A 1R87A 3WDRA 5KZ6A 1DWGM 1UD2A 3VIIA 3NDZA 3ZIZA 2VVSA 1F4HA 3CLWA 3RM8A 5EB8A 3E1F1 4AZ5A 3EBVA 4Z2LA 4OIFA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AXX A;  1CGY A;  4OZO A;  1QW9 A;  2X09 A;  1OBA A;  2PWH A;  3ARU A;  4PMD A;  2WAG A;  1NWS A;  1VB9 A;  3BAK A;  4OOZ A;  1H2J A;  1FA2 A;  2ESC A;  3AXH A;  2WCS A;  1GJW A;  2W61 A;  1ZS2 A;  3BAW A;  1E73 M;  1E6P A;  3BAY A;  4WKF A;  4A3Y A;  2J79 A;  1GVI A;  1B3W A;  2DSZ A;  3ZOA A;  4JKK A;  3BC9 A;  5M03 A;  5A6K A;  3WMS A;  4JFW A;  3L2M A;  4J3V A;  5GPR A;  2WWC A;  1UG6 A;  2GK1 B;  1W3L A;  1UHV A;  7TAA A;  3DYO A;  2VOT A;  4JCM A;  2BNJ A;  2V3E A;  3FN9 A;  1V3H A;  1N82 A;  2WMF A;  4GQR A;  2VZT A;  4LGX A;  1NOU A;  3VDH A;  3LMY A;  3W4R A;  4RE3 A;  2W63 A;  4PMU A;  1OIF A;  3THD A;  3OIH A;  2DGA A;  1GHR A;  2VVN A;  9CGT A;  4MB1 A;  3OZP A;  1HJV A;  3RDK A;  4AZG A;  4EK7 A;  1GQJ A;  3ZJ8 A;  1D7F A;  2AMG A;  4P7Q A;  4IPN B;  1C8Y A;  1W1T A;  1C8Q A;  4MTV A;  1GUV A;  1HJQ A;  3VGF A;  2WK2 A;  2WKL A;  3W25 A;  4E4P A;  3CZE A;  1E1F A;  3AHY A;  2CKS A;  1PPI A;  1TCM A;  3ARV A;  1OT2 A;  2GK1 A;  1OM0 A;  3NDY A;  3ZR6 A;  3ARY A;  5AYI A;  3NSX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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