4NQ1A

Legionella pneumophila dihydrodipicolinate synthase with first substrate pyruvate bound in the active site
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
290
structure length
289
Chain Sequence
MFSGSIVALVTPMRNDSVDVHHLRELVEFHIAKGTHALVAAGTTGEAGTLSHSEKLLVIKTVIEQAKERVPVIAGTAMNATKDCIELTQQAMEYGAHAALIMTPAYIKPTQEGLYLHYSHIAQSVAIPIILYNVPGRTACDMLPETVARLAKISNIIGIEATGQMTRLQQILRLCEGSIDVYSGDDLTAAQWLLSGAKGVISVTANVAAKLMAKMCDLAMDDDQAGCLRIQEQLMPLHELLFVESNPIPVKWAMKKMGLIGGELRLPMTELSEKHHQALEKVLKNLELI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Legionella pneumophila DHDPS: The First Case of Non-Lysine Inhibition in a Gram-Negative Pathogen
rcsb
molecule keywords 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Legionella pneumophila
total genus 104
structure length 289
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2013-11-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4nq1A00
4EWND 1D3GA 1K3UA 3LDVA 2E6AA 3WJWA 1O94A 2WV8A 1W37A 3NPVA 5BNKA 3CPRA 4JY8A 4OQVA 3P67A 1YXYA 1LZOA 4N9EA 4FNSA 2YYTA 1RQHA 3W1NA 4DEFA 4MPQA 1AG1O 1ZAIA 3UY7A 1TQJA 2RDTA 1JCLA 3LV5A 2B7OA 2A7PA 3BVJA 2FLIA 3LXBA 3C0JA 1H62A 2XN2A 1VHCA 2JBMA 1OJXA 2LLEA 2QJHA 3LHUA 4L4LA 3GZ3A 5D37A 3OVPA 1IGSA 3P82A 4YMZA 2WSYA 3DI0A 3AJXA 3TE9A 2VEPA 2OZ0A 3BW2A 3FS2A 4JYFA 3UWQA 2RDUA 1KLYA 3NQAA 3UPBA 4XBKA 3LCFA 1SUXA 3D0CA 5F4SA 2I1OA 2BXVA 3O07A 1DQWA 3SECA 2R8WA 3MP4A 3DHFA 1JJKA 1SZEA 5K4XA 2C6QA 2J9ZA 3GKAA 5ABTA 2BLEA 2WSQA 4KWVA 3G22A 2GQAA 3UWZA 4DXVA 4LT9A 5AHMA 3C56A 1ZALA 3DKLA 2DJXA 4IX2A 1Z41A 2AQWA 3NQFA 3ATZA 4P61A 3G0SA 4AF0A 1A5AA 1YXCA 3GDKA 1A5CA 1OX4A 1SFJA 2ISWA 1S5TA 5F1VA 2YDAA 5CZTA 4UMBA 1S5VA 4LS1A 3TJLA 2YR1A 5EY5A 2PURA 3CM4A 4HSNA 4Z08A 1I2PA 1JCMP 1PIIA 3LV6A 2HTMA 3TC7A 2NWRA 3T40A 1DJQA 1H61A 2VKZG 3NQVA 1TV5A 1EP2A 1NVMA 3FLUA 3NQ2A 1XDMA 1TTJA 2ALDA 3LLFA 3IIZA 3UXDA 1W5PA 1HG3A 4JX5A 1VYSX 3SW6A 3KVJA 1O5XA 2QCCA 4GRSA 3PY2A 3W88A 1GTHA 3PUDA 2EHHA 4PL2A 1LROA 2V2DA 1LBFA 2GOUA 3EWZA 3QJAA 3W70A 4GJ1A 2FPTA 1G69A 1QPOA 2Q3RA 5F4XA 4CCDA 3A23A 2YGYA 2ZA2A 1ME7A 2Y89A 1H1ZA 2F7FA 4JTTA 4KWWA 4HNVA 5HWMA 1TB3A 2VFHA 4H3DA 3IEBA 4M19A 1W3TA 1DJNA 1E51A 5CSRA 1IXPA 2E09A 5U7SA 4O50A 2C16A 5K9DA 1EB3A 1OG0A 2QCEA 2ZRXA 3PWAA 4WZHA 4Y9AA 3GAYA 5LGZA 4MLRA 2DJLA 4HKPA 2FJKA 1FDZA 4JDYA 5DBUA 3R12A 2ZFAA 2WNNA 2NUWA 4JTSA 1SW0A 5LHFA 3NAVA 4UTTC 3W1QA 4RV8A 2ZZ6A 3L5MA 5AHNA 5J5RA 2W0UA 3NNTA 4O54A 1F73A 3GDMA 3HGRA 2QUVA 5A8GA 4JR5A 1JCNA 1QPNA 1SSDA 1V5XA 3KVLA 5AHEA 1WBJA 2DZPA 4UTWC 2A4AA 3MYPA 1BTMA 3G3MA 4DF1A 3YPIA 4Y6GA 3EX6A 3W7NA 4BI7A 3HG2A 2PRMA 3WJSA 3MHUA 3FA5A 3W7EA 1KM6A 4EIVA 2ZYFA 1SU5A 3EWXA 5CKSA 3LTSA 1H1YA 1XL9A 3EX4A 2DZVA 1VRDA 1TTPA 4RXGA 4TU1A 1B4EA 1IIGA 2JGYA 3BG5A 2WJZA 3OIXA 3GDLA 2QCFA 4UTUA 2QDHA 3IV3A 3UD6A 4AWUA 4DF0A 1SSGA 5KZMA 1KFCA 2ZRYA 4O18A 2JKPA 3P80A 4OT7A 3NM3A 1U5JA 3CWNA 3GR8A 1TJPA 5CZJA 4AAJA 4Q33A 4NT0A 2QCHA 1KM5A 1QDSA 2Y70A 5TBOA 2ZDRA 3B03A 4FIQA 4NU7A 1P4CA 4IX0A 3HG5A 5HJLA 3VKJA 1H60A 3HO8A 1GVOA 3TV8A 3TC6A 3G1DA 2YFNA 3EB2A 3T4CA 1SO6A 3G8RA 4CLMA 1P0KA 2GQ8A 1KBJA 4TX9A 3UY8A 1VC4A 2JKEA 2PE4A 4ZL1A 3RF9A 4RX0A 5I3IA 3GIYA 4UTMA 5BW6A 3LHTA 3TW7A 4IMEA 1M5WA 4NJIA 1JQXA 4NJKA 4K8EA 2NX3A 2DZSA 3A5FA 1KFBA 4M5PA 3LCXA 3B05A 3LTYA 1W5QA 3A21A 1AK5A 3SFKA 3QF0A 4FX8A 1XBZA 3L21A 1NSJA 5DLCA 2CWNA 1B3OA 1H7WA 3TXZA 1C29A 1OX6A 5A5WA 1QO5A 1TYGA 3GXTA 3SJ3A 3DBPA 5DCDA 3Q58A 5HUOA 5D2VA 2QCDA 1EP1A 3MYOA 3BGJA 1OFBA 4BI6A 4JY9A 3N2MA 3W1RA 3G1AA 1T96A 3G1XA 4MKNA 4LUIA 3C61A 2ATSA 1GVQA 4K8HA 2WOQA 4MY1A 3W76A 1YADA 4N6FA 2CLKA 5LNRA 1TREA 3QSTA 2JK2A 4FNTA 3KRZA 4NXSA 3WJYA 1LRNA 3L67A 1FWSA 3GX9A 2X1TA 3M5YA 4Z1AA 2OX1A 7TIMA 3C2RA 4C1LA 4R53A 1HL2A 4AMAA 3FFSA 3UZ5A 4RR4A 2EF9A 1OFEA 3NDOA 5SWUA 4LVFA 1OFDA 3GVGA 2RFGA 5LKYA 3O6CA 1WBHA 3A22A 1ZHAA 5F2IA 3PUEA 1EWDA 4K37A 4XQ6A 3GNDA 3W1MA 2ZQ0A 1QCWA 4JTLA 2ZZ7A 1LBMA 1KA9F 3L68A 2VFFA 4FNQA 4BR1A 5E1QA 1DV7A 1VQTA 2NLIA 2ZZ5A 3DKJA 4U4MA 3VI2A 2H3BA 4ORIA 2YW3A 5D04C 5HUPA 2VXNA 1DHPA 3VFLA 1G7UA 3ZR4A 5EA9A 2CLFA 2OJPA 1VH7A 5AN7A 1DVJA 5G5IA 3INPA 4O17A 2A7NA 4RZ6A 5DXXA 3UWYA 2CZEA 3R5EA 4M6PA 4PL1A 3OVQA 1OFOA 1ZENA 3P5ZA 1O60A 2ZZ1A 3NPWA 4LTSA 4TMCA 3BK0A 2YSWA 3HG4A 3W7JA 4A22A 3UNDA 1ICQA 1FUYA 2X16A 5H2ZA 1QMLA 2NX9A 5HWNA 3LHZA 3O63A 4LRTA 3W71A 3HGOA 4QQ3A 1SZNA 4FHAA 3E0IA 3W2LA 3ABSA 3FYOA 4YLWA 1KM3A 3LM7A 3IIXA 3BO9A 4MYXA 4NQ1A 2NXIA 3A5VA 2WNQA 1YLVA 5G2WA 3EKZA 2A6NA 1EWEA 4TIMA 3UQNA 3C8FA 2C0AA 3DFPA 3IVSA 1T0OA 3E49A 3W1PA 1FY6A 3TMLA 2X2GA 1ALDA 1D9EA 2Q3OA 4AB4A 3RK8A 2ZBTA 3NGJA 4AF0B 1LM1A 5AC7A 4QJ1A 4PCFA 5D2YA 1OX4B 1R2TA 2R91A 2WKJA 2C19A 4P2VA 3TDFA 3K30A 3SGUA 3NQ7A 3IVTA 4KFPA 4UFHA 2CLHA 1TTIA 3O16A 1F7BA 3FYPA 3C2FA 2YX0A 3QH2A 4M6VA 3PR2A 4JTUA 4RK8A 3E96A 4CNNA 3LCWA 4XWUA 1H7RA 1L6WA 3NL6A 1OX5A 5FF3A 1VLWA 4NNAA 1ZY9A 3TAOA 3NZRA 3S1VA 1KFKA 1JCYA 3H53A 2WSRA 2FB3A 3CT7A 2W6RA 4UUIA 4YCPA 1SW7A 3EX1A 3TFCA 3S9YA 4K7YA 2BX7A 4O19A 4Q4KA 3RNDA 4PFMA 1XUUA 1OFQA 5G1TA 3GK0A 3IGXA 3QQ1A 1ICSA 3LXAA 3QFEA 4FX7A 4IPIA 1O95A 1R30A 2NV2A 3PBUA 6TIMA 1A50A 3LHVA 5EBUA 1Q6OA 3CC1A 4HNTA 1K03A 1YXDA 4NX0A 2C14A 2NX1A 1SO5A 1G67A 6ALDA 1W5MA 1FX6A 4O16A 4ZQMA 2F84A 2GUUA 8TIMA 3B06A 3MI6A 1EEPA 1CX9A 3Q94A 3IIVA 2E6FA 5DELA 5K3VA 1OVDA 1H51A 1R47A 3N9RA 4UNKA 3VE9A 3TQVA 1SPQA 1ADOA 1YDVA 5DXYA 3OHIA 3W7RA 3WJZA 3M5ZA 3N2XA 2Y7GA 1WA3A 1UB3A 4KFNA 1I2OA 4IWWA 1XFBA 2ABBA 2GQ9A 5KSWA 3LCHA 2FTPA 3CIWA 2QEZA 3PB0A 1DKWA 3ABQA 3W87A 3M44A 4M7TA 3DFSA 3W9ZA 4DBDA 4FX6M 5FF2A 3U8GA 1T8XA 4CQ8A 4MLJA 2QDGA 1F76A 5LNWA 3QMRA 2HS8A 2H6RA 3A24A 5CZSA 5FI8A 3STCA 3WK1A 2R94A 4LV9A 4MZYA 2ABAA 4ZQCA 1X1ZA 2VEMA 3TUUA 2W79A 3T44A 3L65A 2CLLA 4UTLA 2CZFA 1TPEA 1Q6RA 2E5BA 2PC4A 3CIXA 4N4PA 4DPQA 1FWNA 4A2SA 5FEPA 5EL1A 2E77A 4OV4A 4FNRA 4RZ5A 3FJ6A 4UTTA 3ELFA 1XDLA 2ZZ2A 1TPB1 2OMAA 1AW1A 3G0UA 3EWBX 1M6JA 3O06A 1GVFA 4XZ9A 2WO5A 5C55A 3HGJA 3TQKA 5IM51 3W2KA 4UTWA 2H90A 5G4EA 1JRBA 4O1DA 1ZJIA 3NQDA 5HR7A 4N9DA 3O8AA 3W74A 4O14A 3CQ0A 3C52A 1UUMA 3LBCA 3SI9A 3R8RA 3G1YA 1FCQA 4LVBA 1SZFA 2VENA 4LVAA 4WY0F 1OABA 4AWSA 5DY2A 1H7XA 2Y63A 1VHNA 3ABOA 1BWKA 3HMJG 3PUOA 1LDCA 1PV8A 2VFDA 1W54A 3W7LA 1PCWA 4JTIA 3W75A 5I3KA 4LWWA 5D30A 2V30A 2VEIA 4NVTA 1GG0A 2YCEA 4O1CA 1W5NA 3NQ6A 3KX6A 1K7FA 4JTHA 2ZTKA 4A21A 4FIRA 4N9BA 3S0CA 2QCDB 3A9IA 1F2JA 2RKXA 1I8JA 4GUIA 3BG9A 2TSYA 3GB6A 4QAIA 1FBAA 3LGEA 5BRBA 3PBVA 1W0MA 1KBIA 4GXMA 2UV8G 1KM2A 3BW3A 3OEXA 1P1XA 3TR2A 3THQA 4JEQA 5FF0A 1XBXA 1L2UA 4XTDA 2A21A 3DI1A 1OYBA 1HO1A 5AC8A 1A5BA 2NV1A 3TX9A 2O7QA 3MBDA 1W1ZA 2V8ZA 4BWLC 4ZMGA 3S1XA 5HNRA 2CLEA 3F1QA 2QAPA 3C3NA 3L5LA 1VGAA 2OT0A 3C4UA 3M9YA 2VEKA 1A53A 2ISVA 3S42A 3QC3A 5AYXA 4PH6A 3M6YA 1GWJA 4IPJA 1N55A 4LVDA 1QWGA 4O4WA 3JS3A 1MXSA 2X1UA 1R2RA 3L2IA 3IGUA 4FF7A 1GOXA 1H7PA 5HINA 2FDSA 1GVSA 1KV8A 1GEQA 1K8XA 3OBKA 1TIMA 2GVJA 2V9DA 3TW6A 5TQLA 1W3IA 1HTIA 1H50A 3L5AA 4GNJA 3MP3A 3F4NA 1FQ0A 4GUJA 3MWAA 3GAKA 2GVLA 3W84A 3NZ1A 5FF7A 3G18A 3S1UA 5F2GA 1TJRA 1X8FA 3IRDA 2C3ZA 4ICNA 1YTEA 3W7DA 2H3DA 2H8ZA 3B0VC 2C18A 4N02A 3BV4A 3W72A 3EWUA 4ZVJA 4O57A 3B0PA 3TSDA 4Z0SA 1W8SA 3P84A 3IIPA 1EX5A 1GTEA 1OK4A 3EX3A 4R33A 3UXAA 1VJIA 3HF3A 3UWWA 3DGRA 1O4UA 4CQAA 1F6PA 3PM6A 3KRUA 5DCBA 4O10A 2VELA 3DZ1A 4HT3A 4E2DA 4UMCA 3C2OA 3U6WA 4IMDA 3N14A 1LTDA 2NWSA 2QCGA 4HNNA 4ADSA 1W5OA 3GXPA 1YDNA 4IXXA 2WPBA 1L9WA 4N6EA 3LI1A 3H55A 1RQEA 5F2LA 2H8XA 5CPMA 3QYQA 1VR6A 3W7PA 1RVGA 4DF2A 4ORMA 4J9JA 4QISA 4DBEA 4YCOA 1VS1A 3LRMA 1MEWA 2EKCA 1GT8A 3PF3A 5C5YA 2FQIA 3Q37A 3C2EA 2YPIA 4O13A 5K4ZA 1EA0A 2G96A 3F03K 3HJZA 2RDWA 3UYCA 4MFEA 1KFEA 5LNUA 1WAUA 3QSRA 2EPHA 3GR7A 4IGHA 1SQ7A 4ZQRA 2QCNA 1CI1A 1MO0A 4HPXA 3NVTA 4PODA 1BKSA 3PSVA 3WK2A 3MBFA 3W85A 3IVUA 5KZDA 3I6RA 1NF7A 1AW5A 1QO2A 1W31A 3FKRA 3NQEA 4RCXA 3MJYA 3W7KA 1J4EA 3B4UA 3DH7A 3KVMA 3EXTA 5D02A 4AXKA 4JNMA 4TR9A 5K9XA 3W1LA 3MO7A 5FF4A 3TK7A 4LU0A 3P62A 1W56A 3R2GA 1PL9A 2C13A 1THFD 3NL3A 1WV2A 4BF9A 5F4WA 1GG1A 2PCQA 4X3ZA 1R2SA 4O12A 3C6CA 3L0GA 3P5YA 1XBVA 3E9AA 4RXFA 4FNPA 3V75A 4JD4A 4NJJA 3GXNA 4YWIA 3UPWA 4OE7A 3W2NA 3TSBA 2V2HA 4WOZA 1QPQA 4C1KA 2PRLA 1QOQA 1L6YA 4E2BA 1KFLA 2V5LA 3RFAA 1ONRA 3G24A 5KITA 2Y88A 4Z1CA 4FXRA 3NO5A 3NA8A 1GJPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I8D A;  3Q45 A;  2DIE A;  5BNK A;  4OQV A;  3KDN A;  1NOW A;  2BOG X;  4GZJ A;  4UQA A;  1GCY A;  5C0Q A;  1V0N A;  2XSB A;  4DEF A;  4MPQ A;  1AG1 O;  1TX0 A;  4DWS D;  5FL1 A;  3LXB A;  2IKJ A;  4ZE5 A;  2JBM A;  5FJI A;  4W8L A;  4FOU A;  5D37 A;  3OVP A;  4HK7 A;  2ZC1 A;  5M5D A;  2W92 A;  3AJX A;  3TE9 A;  2V5J A;  2VEP A;  1V6W A;  4HHH A;  2WMG A;  4H00 A;  4QE1 A;  2PDB A;  3TN4 A;  2HIS A;  4F79 A;  3MKK A;  2B81 A;  3MP4 A;  3URQ A;  1MMF A;  1JJK A;  1SZE A;  2J9Z A;  2BLE A;  1XD0 A;  4DO7 A;  2B31 A;  3K1D A;  3G22 A;  2HNH A;  3UWZ A;  5AHM A;  2AGT A;  2NT1 A;  3PZI A;  2AQW A;  3NQF A;  3P14 A;  3RPM A;  4GVH A;  3G0S A;  3PTQ A;  1A5A A;  1YXC A;  3GDK A;  1A5C A;  1OX4 A;  1SFJ A;  2OSW A;  4AD2 A;  1S5V A;  3CM4 A;  4Z08 A;  3LV6 A;  3QR3 A;  3T40 A;  1GQK A;  1QU4 A;  3N2T A;  5DFA A;  1TV5 A;  1EP2 A;  3FLU A;  3NQ2 A;  1XDM A;  1TTJ A;  5BRP A;  5A6T C;  1R3Y A;  3UXD A;  4A3Q A;  1NIU A;  1W5P A;  1DJX A;  1HG3 A;  3WMS A;  3SW6 A;  3KVJ A;  1O5X A;  4HTY A;  4GRS A; 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