3LI1A

Crystal structure of the mutant i218a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGAIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 83
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3li1A00
2Q3OA 1W56A 5I3IA 3FLUA 3BO9A 2YW4A 1XFBA 2LLEA 2Y62A 4NQ1A 4QNEA 4X9SA 3CC1A 1KM5A 2P0OA 4W9TA 3C2EA 2QJGA 3E12A 3TFCA 4OU1A 1CI1A 3EXSA 3FYOA 1VYPX 1DJNA 2NXIA 4IPIA 4RR4A 1O5KA 1Y0EA 3CEPA 3GKAA 1PE1A 2CLIA 3QPZA 3FYPA 1LZOA 4PTNA 1QDSA 3W7CA 1L2UA 3NM1A 3LLFA 5DCDA 5CPNA 4KWWA 3W72A 5DY2A 1JCLA 3S0CA 3P5YA 3G1DA 2VEIA 3BK0A 3QMSA 4XBSA 1Q6LA 4O1BA 3BV4A 4OE7A 2FQIA 1B9BA 3DHDA 3AJXA 2Q3RA 1R2SA 2HS8A 2DORA 3T78A 1V5XA 4FXRA 5G4EA 4UMBA 5G2WA 4E2BA 5EYWA 1LRNA 3EKZA 4ORMA 2Z6JA 5C5YA 5K7JA 2YCEA 3NL5A 5IBXC 3INPA 4K38A 2ZRYA 4UFIA 1KBIA 3T7VA 3LCLA 1YXDA 3TXZA 2OMAA 4GUJA 1DKWA 1YTKA 2NLIA 2V8ZA 5AHMA 2J9XA 3C2OA 4RKAA 4QSHA 1WYIA 3TCEA 4JTEA 1G6CA 4LVBA 5LNVA 1SZGA 1WOBA 1TPFA 5L6UA 3DAQA 3W7GA 1TPB1 2FPVA 1XUZA 4MFEA 3R89A 3M1ZA 1W3TA 4IMCA 4PCFA 3MBFA 1KFKA 1OX6A 2CZ5A 2J6XA 2ATSA 1BEUA 1RVGA 1LCOA 3DI1A 3UZJA 4TO8A 5KTLA 4GE8A 3GR8A 2BWGA 1FWWA 1T0OA 2QUVA 1GYNA 4O4VA 5K2ZA 1XC4A 3KRZA 2CLLA 3TIMA 2Z1BA 2F7FA 1SW0A 4JTTA 4UTIA 1AW1A 1H7NA 5CSRA 1GG0A 1DBTA 3IRDA 2A4AA 4AWSA 3UWZA 4RCXA 3KRSA 5CZJA 5DLCA 4N02A 2Y7GA 4O1AA 1A5SA 2KZHA 4FEZA 1TJPA 3P81A 3Q58A 1PHWA 1VZWA 2YR1A 3PWAA 4BR1A 3JR2A 2TSYA 2XN0A 1XBYA 4E0CA 3S9YA 3UNDA 4DXVA 4MIMA 1TPC1 2WOQA 3P8IA 2YSWA 1VCVA 4DF1A 1S5TA 3NAVA 1O60A 2NV2A 3GVGA 4O8RA 3LM7A 1OG0A 1QWGA 3M44A 3DFTA 3A24A 3PSVA 4JDYA 4MPQA 4KFNA 3UXDA 4M7TA 2Y7FA 5IM51 2D73A 1GVFA 4GRSA 4ZQCA 4JTSA 4JX5A 1FY6A 3PBUA 1UASA 1U5JA 1DJQA 4GUFA 3LRKA 2GQ8A 5D02A 1RQHA 5CPLA 1GQNA 1AL8A 5HULA 1EP3A 5FF7A 3LTSA 4LNYA 3E96A 3M43A 3TKFA 2QCLA 1L9WA 3P8JA 3NG3A 1R2RA 3C8FA 5AYYA 1GPWA 4XUGA 1FXQA 1SU5A 5LZLA 3EX3A 3G1YA 3C56A 1ZFJA 2IQTA 1P0NA 2WJZA 4JR5A 2NWRA 3IIVA 3NQCA 5HJLA 3W7MA 2GJLA 3MBDA 3WK1A 1HL2A 2C13A 3OVQA 2GPTA 5D2VA 3L5LA 1OABA 1CX9A 2VFDA 3MUXA 1FWNA 3B0VC 1H5YA 2FB3A 4JD4A 1WV2A 4HSNA 3N14A 5BMXA 5L9FA 1THFD 3C4UA 4S1FA 3LCHA 1FCVA 3JRKA 4WOZA 1N7KA 1I2NA 2Z0IA 3MHFA 5FF0A 5D09A 2E5BA 1FBAA 1H60A 3CPRA 4GFSA 2FLIA 3L66A 5ABTA 2DZPA 4DO6A 1WAUA 3Q94A 2QCEA 5D30A 2ZQ0A 1YPFA 4O52A 3W87A 3QPYA 3L5MA 2PRLA 1VH7A 3BPWA 3G8RA 3GZ3A 4K37A 1PVNA 3SIZA 2C15A 1DQWA 3DFOA 3QQ0A 3W73A 4CCCA 1EPXA 1B57A 4JYEA 4N9BA 4Y6GA 2CZEA 5F2GA 1ICPA 5FEXA 2E5DA 1H61A 3DHFA 1W5OA 2WSYA 2C0AA 1AK5A 4CCEA 2A5HA 4IMEA 4NZJA 5LHEA 2Y89A 4OWGA 1OK4A 1SZFA 3ATYA 4AHQA 1XI3A 3U8GA 3NPVA 1VC4A 1TQJA 1KM0A 3HF3A 1IXNA 2JKAA 3SJ3A 3W7LA 3W23A 3THQA 4DPQA 4GC4A 4JX6A 1R2TA 4KFOA 1R47A 4GNJA 1SO4A 3HJZA 3KXQA 4XBKA 1LM1A 4PL1A 1K8ZA 2PURA 4DBEA 5F4XA 3HOJA 3M5ZA 1KA9F 1ZAJA 3B0PA 3M0ZA 2V5BA 3FS2A 1FCQA 4A22A 1OYCA 1FDJA 3WK0A 4I7WA 3TUUA 3S6DA 4ZZ9A 4NX5A 3GNNA 1BKSA 4MJMA 4LVAA 5IBXA 3KVJA 2BLEA 2P1FA 4QNWA 5LGXA 1JJKA 3O07A 5EKYA 1QO2A 3LTYA 3HPXA 1TO3A 1LROA 2X1RA 3L21A 4O28A 5U4NA 2QF7A 4MZ1A 3KX6A 4DO4A 3ABRA 2JGYA 1K7FA 1NF0A 1GOXA 3HB9A 3LHVA 4K39A 4HN4A 3HG3A 3TXVA 2Y85A 2HS6A 3L5AA 5J5RA 4R53A 3BVJA 4P61A 1H63A 2ISVA 4QITA 3WJWA 3TMLA 4HNUA 4A3UA 4GBUA 1KFCA 3MMTA 3W1LA 2WV8A 5G5IA 2ZRWA 1EUNA 4HKPA 4C1KA 4A21A 2GJNA 4UTLA 2ZZ5A 4N9CA 1AW5A 2EHHA 3LCIA 4FIQA 2ZBTA 4JTIA 1Q45A 3NM3A 3QQ1A 4O11A 3ABSA 4HSOA 3NO5A 2H3BA 5A5WA 5KITA 3W3OA 3DH7A 1AMKA 3SR7A 3SY5A 4LRTA 3DBPA 1QO5A 3F03K 2FPTA 4G1KA 3O63A 1LOSA 5AHEA 5TQLA 4QJ1A 3M5XA 1ALDA 1JQVA 3TJLA 3W1PA 1PV8A 3MI3A 1EEPA 4AXKA 1A5CA 2TMDA 1KV5A 3LI0A 4O12A 2DZUA 4H6KA 1SO6A 1SR9A 1W5QA 2E68A 3OBKA 3DFNA 3S1XA 3NZRA 3G1AA 2J24A 3LOTA 1VJIA 4GUHA 3TAKA 2DZSA 4UFLA 3N9SA 5GVJA 3FEMA 3EWXA 1VCFA 2DJLA 3LB0A 4L4LA 1GVOA 3BG9A 2QCCA 3PC0A 3C52A 1YDNA 3TC7A 1QAPA 3CQ0A 1H7RA 6TIMA 5KZEA 1LOQA 2R94A 3O05A 3R2GA 5LNUA 5HMSA 3KVKA 3EX2A 5KSWA 3Q37A 3G24A 4GUGA 4IQLA 4PODA 1W8SA 3LRLA 1KFJA 3B05A 2CLKA 4UTTC 5KINA 1L6YA 4X22A 1M5WA 1Q3NA 4RV8A 5F2LA 3W70A 3TU9A 3HQ1A 1DQXA 2OT1A 4O54A 5E93A 1FDZA 4O50A 1I45A 3VE9A 4UTHA 4I9AA 4WQ6A 5AHFA 2VFGA 4XTDA 1IGSA 3LCXA 2QCDB 3W74A 4IUOA 3I68A 1H51A 3N3MA 1ADOA 5CZ0A 1YYAA 3TNOA 4EOUA 3NQGA 2GOUA 3W85A 4QIUA 5LSMA 1WX0A 1ONRA 3SSJA 1DV7A 4EWND 4A2SA 3RMJA 2ZTKA 4N2YA 1TV5A 4NJJA 3HIJA 5I3HA 2QCDA 1R46A 2BZNA 2UV8G 1QNVA 1KFEA 3QJAA 3OIXA 4JTJA 4RK8A 4GWEA 4FNUA 3GDRA 3UPBA 2FTPA 4O0ZA 3P5ZA 3RNDA 2C14A 1SZNA 1SSGA 4UNKA 4UUIA 1I2OA 3QF0A 4UC5A 3L0KA 2YX0A 3ABQA 3C0JA 1W0MA 5G1YA 1OF8A 1OYAA 3NQMA 1M7OA 3PUEA 3G1HA 2PRHA 4HHPA 4R7JA 2Y63A 3PVFA 3W1QA 4LV9A 3W7OA 5F1UA 2DJXA 4O4WA 1LYXA 4R33A 1HUVA 3G22A 3ZWSA 3FOKA 3W1RA 1VHNA 4JGDA 1K03A 4D2JA 1FWSA 4JYDA 4MY9A 5C54A 1KV8A 5AHLA 3UZ5A 1SZEA 4JTUA 5LKYA 1MSSA 2VEMA 3CU2A 3W2UA 3EWUA 1PCKA 4B5NA 1TV7A 4WY0B 1TMHA 1FWRA 5AC8A 4BF9A 1XM3A 3UXAA 1X1OA 1X6UA 5F4WA 1E51A 2EKCA 2OCZA 5D2YA 3V1PA 1OX4B 3PBVA 3LHZA 2JK2A 3W86A 2NZLA 4IMFA 1LDCA 1BWKA 1I2QA 3R13A 3FA5A 3UY7A 3GK0A 1XUUA 3QMRA 1NEYA 1VGAA 2QEZA 3TV8A 5SWUA 1EWEA 4WY0A 2HMCA 3C61A 2W6RA 1ZALA 4JIQA 2G96A 3NQEA 4PC8A 3U6WA 2ZRXA 4JTKA 1OX4A 3MO7A 4K7YA 1K7EA 1RR2A 2YPIA 4Q33A 3DFPA 4YMZA 1X7FA 5H2ZA 4FNRA 4CLMA 5AYXA 4BI7A 4M7SA 3PF3A 2E09A 4OT7A 3WJXA 3QSRA 1ME7A 5I3JA 2H8ZA 4ZQOA 3IGUA 1C8VA 3N73A 2V81A 3I7QA 4UTWC 4JN6A 1Z44A 5AHNA 3NEVA 3R8RA 5CGQA 3EWZA 3PY2A 4RZ6A 7TIMA 3EEGA 5HR7A 3N19B 3STFA 5EBUA 3W7HA 3M7WA 3BW4A 2Q8LA 1XXXA 4YLWA 3W88A 2B4GA 3MI6A 1TSIA 3LHWA 3P82A 1EA0A 3F4NA 2Y70A 3TC6A 3W75A 1H1YA 5BOOA 4RXGA 5D2TA 1SQ7A 2V82A 3W7DA 4YXGA 4MUZA 2QCMA 3NPXA 4LWWA 1QPRA 3GX9A 1O95A 1A5AA 1KLYA 1H1ZA 3BGJA 4LS2A 4PL2A 1F6KA 3BLEA 4FO4A 1K8XA 3BGGA 4LOCA 4ZMGA 1W5NA 1RD5A 3EWBX 3S8HA 5E1QA 3PB0A 3QRHA 4OQVA 3E02A 3OG3A 5F4SA 1KTCA 4LS1A 3TQKA 1ZCOA 4O16A 2X2GA 5EPDA 5FF3A 1MXSA 4FX8A 3W2JA 3G1FA 3NQ6A 2NXHA 4Z0SA 1MEWA 3YPIA 3G1XA 4WD0A 3HGSA 4PEKA 3L0NA 4FF7A 4TMCA 4MYXA 2PE4A 5HUPA 4UXDA 3IVUA 2GQ9A 1AG1O 4OGZA 3THAA 2A7RA 2CZDA 5D2XA 4AH7A 3PR2A 1EIXA 2QKFA 1P4CA 1WA3A 2C1HA 4ML9A 3ANYA 4LY8A 3W2LA 3RF9A 3UQNA 1A50A 1KW1A 1LBLA 1F73A 4MKNA 2B7NA 5LNRA 2E5CA 4AF0B 4AWUA 2JKPA 3PUOA 1IXOA 1DORA 4N6FA 4NJHA 4GUIA 3WK3A 4H3DA 4HPXA 2ABBA 2CZFA 1LRQA 1W54A 1F76A 1UBSA 5K9DA 5A8GA 4Y90A 3HGRA 1WDWA 1B4EA 4JNMA 5D38A 1I8JA 2VXNA 3A23A 3NA8A 3DGRA 4AF0A 2C3ZA 1T8XA 3GDTA 2VFIA 2CLOA 3HPZA 5T26A 3TAOA 3HMJG 3DFSA 1YLVA 1I2PA 4ADTA 4ORIA 4Z1DA 2RDTA 3W1NA 1OFDA 4ADUA 4GJ1A 3PB2A 2G95A 3M6YA 2NXGA 3A21A 3UY8A 1VYRA 3G3DA 3RLVA 4DQWA 1FX6A 2VOMA 4I7VA 1X8FA 1Q6RA 4R34A 3VKJA 3W76A 4CQ9A 4UMAA 3I6RA 4FB7A 2A1YA 4FX7A 3KVLA 2VENA 4NT0A 1EB3A 1PHQA 3NVTA 3MI2A 1DL3A 3PG9A 2NV1A 4JTLA 4HIBA 4FIRA 4LVFA 3M47A 3OA3A 4C1LA 1KFLA 2Y88A 3NQFA 4S2CA 2ATMA 2EF9A 3DKJA 1TPUA 3STCA 4WY0F 5LNWA 3IGSA 3NNTA 1WQ5A 1NFBA 1KM2A 2QJIA 3QMTA 2A21A 3NQAA 3WJSA 4M6QA 2NUWA 3W2NA 4UR7A 2BSLA 1ICQA 2Y61A 4H4IA 1AW2A 2P10A 2ZRUA 4LC6A 4ZQNA 4DEFA 1TYGA 3S5NA 4YCPA 3NQ2A 3T55A 4A2RA 3P7YA 2V5LA 5F2IA 3P61A 4OV4A 3NPUA 1UB3A 3VCRA 4FNSA 1GVQA 2X16A 1JQXA 1HG3A 2J27A 3P62A 4FNQA 1ZHAA 4OV9A 3HGOA 3DKLA 4RX0A 3G0SA 1SW7A 3ZR4A 1O5XA 4M6PA 1G7VA 3L0GA 4QQ3A 2DP3A 1W3NA 3M16A 4JEQA 3TH6A 3PG8A 3G1VA 1LBMA 1SO5A 3NL2A 2ZZ4A 2VKZG 4MFDA 2ZA3A 3TR2A 4LVGA 2E6DA 1N55A 2ZTJA 4CNOA 1KBJA 2R8WA 4O18A 1F74A 3O15A 4WOQA 1GVSA 4AB4A 3L65A 3CLMA 1M6JA 2GVGA 3C6CA 3EXTA 3FFSA 3UYCA 3CWNA 4K6AA 3IGXA 3KHJA 5BW6A 2QCFA 2RKXA 4JY9A 2Z6IA 5HR6A 2BTMA 4J9JA 2NX9A 2A0NA 1OF6A 2ZYFA 4X2RA 1SFJA 4UTWA 1TPDA 4IJBA 1B3OA 1P1XA 4TU1A 1PIIA 4LV4A 4WJEA 1ICSA 1DHPA 1TIMA 3UWWA 3GXNA 3L67A 3W1UA 4Y96A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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