3M5X | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	219
structure length	212
Chain Sequence	RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGPGETLRFADAAIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	83
structure length	212
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-03-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3m5xA00

1TQXA 3QQ1A 4YLWA 4ZQNA 1OFDA 1JCYA 2E5BA 3W2KA 4MVAA 3NNTA 2ZZ7A 1DOSA 1RVGA 1AG1O 1RQHA 3GDLA 5F1VA 1J2WA 1GTHA 1QDSA 1SW3A 4UNLA 4ZQCA 1DKWA 1J5TA 4RZ4A 3MO7A 3CLMA 2VELA 2C18A 4ML9A 3DZ1A 3EKLA 4Y8FA 3W72A 4PH6A 3L65A 4Q32A 4GUJA 3GDKA 1C8VA 1TPWA 3UWYA 5K2ZA 5EBUA 4UMAA 4LS1A 2Y7GA 4DO6A 3S1UA 3PAJA 5DXYA 1U5JA 4GUFA 3BW3A 5CG7A 2WPBA 1HFBA 4JXCA 2D73A 1XUUA 3LLFA 3N14A 2E5DA 1OFRA 2OT1A 1K7FA 3DFOA 1DORA 2GJNA 3D0CA 5CZ0A 4PODA 2QEZA 1THFD 3G18A 3I7SA 5HR6A 2ATMA 5AYXA 4DPQA 1FDYA 2E77A 5CZJA 5FI8A 4BFAA 1ME8A 1H7OA 3HMJG 5IBXC 3IIXA 3R8RA 4AF0A 3UWWA 1JULA 4UFHA 1FWNA 1VHCA 3BV4A 3P8JA 1RD5A 4A2RA 3SGUA 3NQGA 2WSYA 5U7SA 3FA5A 2WO5A 3EWBX 3M9YA 4IUOA 1F6PA 2FB3A 1W0MA 1BWLA 1ZHAA 3B05A 5EKYA 5CSRA 1W3TA 2NXIA 1R30A 4JTFA 3EXSA 4O1BA 4AH7A 3W23A 1TB3A 4O15A 3HF3A 1H7PA 3DFPA 1LOLA 5HNRA 2B4GA 1VYRA 3STCA 3KFTA 4MLRA 3IRDA 4L4LA 3RU6A 2ZRWA 3G0XA 5CKSA 2H3DA 3LCLA 3W7KA 1K7EA 5LNSA 3WK3A 1KM4A 1WQ5A 1I4NA 1GYLA 2EAWA 3OVQA 3TA6A 3WK0A 1SO6A 3NYZA 1DL3A 3IGXA 3HG4A 3KOFA 3LHYA 5HJLA 1YDNA 2VFEA 5G2HA 1L6YA 2NV2A 3LLDA 2ATSA 3N34A 3A5FA 1FXQA 2LLEA 1I2RA 2Y7EA 1WX0A 1SR9A 3QPZA 1KM0A 3G0SA 1NAL1 5F4SA 5H91A 1OX4B 4I7WA 1YTKA 4WY0B 1TRIA 1OK6A 1K03A 5AHEA 4YXGA 5AHLA 2ZZ1A 4GXMA 4GNJA 4H6KA 1AMKA 5HUOA 3GNNA 1GVOA 3G8RA 4O1AA 2TSYA 4TMCA 2VC6A 1P4CA 4OV9A 3O16A 3SIZA 1MSSA 5DCBA 3HG3A 4JIPA 3ANYA 3C6CA 1PIIA 4POCA 4ZZ9A 3O06A 4CNNA 4JICA 1W3IA 3NPWA 5CZTA 3CWOX 4RX0A 3BO9A 4WX2A 4A22A 5HR7A 1J4EA 1M7OA 3NQAA 3LDVA 2V8ZA 3G1YA 3TR2A 5HQEA 3N2XA 3QPYA 4ICNA 3PM6A 3FEMA 5AC8A 3TSMA 1TPB1 3WJXA 1TPFA 2GOUA 2NWRA 5CPMA 2O7SA 2XN2A 1AL8A 4HNTA 4GUGA 3QSRA 2OZ0A 1LBMA 4XTIA 4AHPA 1A5SA 3B0PA 1H7XA 3DU0A 1DVJA 4OHQA 2ZRYA 1KFEA 3IVTA 1Q6LA 5BMWA 4WZHA 1T96A 4O4VA 2Z1BA 2Q8ZA 1RQBA 2QDHA 1OX4A 4WY0A 5I3GA 1W8SA 3NL6A 1LORA 2VENA 1TTQA 5FF7A 2J9ZA 2X30A 3PWAA 1EB3A 2W0UA 4PEKA 4W9TA 3M5YA 1YYAA 4RXFA 1M7PA 3RLVA 2PC4A 1LTDA 1JVNA 3O8AA 3NPXA 2CLFA 1L6SA 3LERA 1QAPA 1Z41A 3G1XA 1G4EA 4JIQA 3NA8A 1SZGA 1AK5A 4LC6A 1A53A 5DBUA 5E93A 2FJKA 3KXQA 1VS1A 4HNNA 4LS2A 2ZZ6A 1WYIA 3OVRA 3MYOA 4MKNA 2ZA3A 1QPRA 2PRLA 1LDCA 4L4MA 2WJZA 1X6UA 3W7EA 1DBTA 3B0UX 5F1UA 3CTLA 3FJLA 5FF2A 3RNDA 3L0GA 4MY9A 4BI7A 3EX4A 5CPOA 1VC4A 3LTPA 5EL1A 5I3KA 3QEZA 4NT0A 1DJNA 1VCFA 3PB0A 4PCFA 1HUVA 2ZYFA 1JR1A 1QOQA 3IIPA 4AAJA 3GKAA 1KM3A 2QUTA 4GWEA 4X2RA 3GZ3A 5DXXA 1AW2A 2WQPA 4WXZA 3ABQA 2FTPA 2RKXA 2WNQA 4JDBA 3RF9A 5G5IA 3T78A 3C2EA 4ZQPA 3DFTA 1MEIA 2ZFAA 1WBHA 4FB7A 3HIJA 2QCMA 1KV5A 4LOCA 4E38A 3W75A 3NG3A 4UTJA 3LHZA 4AXKA 1P5BA 1BWKA 1OF6A 3KRUA 4UTKA 1F74A 2E1DA 1S5VA 3GKFA 1M6JA 3TXVA 2J6XA 5LNUA 2VFGA 3EWZA 2WNNA 1A50A 5MHBA 5TBOA 3PSWA 4UFMA 1VRDA 4HHPA 4QNEA 2H3BA 4Q4KA 3M0ZA 4XKYB 1KA9F 5K4XA 4AHOA 2V5LA 1RR2A 3UWUA 1GVRA 3H55A 2V82A 4AHQA 3QJAA 2WNZA 4JTKA 4E2DA 5KZEA 3B06A 4FF7A 4AF0B 4NJJA 2E68A 3W2JA 1VCGA 3NQ2A 5BW6A 1SW0A 2NLIA 2RFGA 4DPPA 3E9AA 4P61A 5AHIA 1O5XA 5KTLA 5L6UA 1GTEA 2Q3RA 2RDWA 3W7QA 1SO4A 1VGAA 1GVSA 5EA9A 3NQFA 2YGYA 3BGJA 3NQ8A 4JD4A 4EF9A 5AN7A 1ME7A 1D3GA 3FFSA 4S2BA 2V81A 1XC4A 4K36A 2A6LA 1XUZA 1R2RA 3WK1A 5C5YA 4O13A 4BI6A 3NPUA 3UYCA 5EYWA 1T8XA 2ISWA 2ISSA 2HS6A 3HGJA 4U28A 1YXDA 2ZTKA 4O28A 3M1ZA 5HULA 5LGXA 5J5DA 3TU9A 3THAA 1A5AA 1JCLA 1H51A 5BMXA 1LOSA 3MW7A 3TXZA 2WSRA 3W70A 1QR7A 1TV5A 4XKYA 2C1HA 4MYXA 1YPFA 2RDTA 3W76A 1W1ZA 4JDYA 3UWQA 1FWRA 4A2SA 3R13A 2CLMA 4IGHA 1AL7A 1MZHA 3S5NA 3GB6A 4FEZA 3EKZA 3DKJA 3W3OA 3TAKA 1SO5A 4UTTC 4O1DA 3STEA 3G3DA 1KTCA 2CLHA 3NQEA 4UCGA 5DY3A 4O10A 3NVTA 3W1MA 1U83A 1F05A 5HUPA 2NV1A 3FKRA 3ATYA 4NXKA 4XUGA 5G1YA 3CEPA 1M5WA 4UR8A 2G96A 1XXXA 2O7QA 3HGSA 1L9WA 4GJ1A 5FF0A 2P10A 3GDTA 4QJ1A 3PB2A 3GYEA 3G1DA 3GR7A 5G1TA 1EP1A 3QMTA 2F84A 4GRSA 3DBPA 2YX0A 1VZWA 2Y70A 4EOUA 1OYAA 3BLFA 5C6MA 3I7RA 2ZQ0A 1O4UA 3EWYA 1QO5A 2BWGA 1TJRA 4MZYA 1HTIA 2DU2A 3PY2A 1ZFJA 4ZQOA 3P81A 4DBEA 3GDMA 2I1OA 4JTIA 4O16A 3W1XA 3W7CA 3DH7A 4DF0A 4QSHA 4K39A 1P1XA 4Z1AA 1Z48A 2CZ5A 4CCEA 1GG0A 1BKSA 1LBFA 3LI1A 3EX3A 3CT7A 2Y62A 3TKFA 1Z44A 1QNVA 2E6DA 3L21A 2GUUA 4CNPA 4FNSA 3TC7A 3NGJA 4K7YA 3PF3A 3GVGA 1K7XA 5IBXA 3PSVA 2W6RA 3EX1A 3SECA 1SU5A 1X7FA 1WOBA 2Z2UA 3CIXA 1XBYA 4DELA 1K8XA 4ZQMA 3WJZA 4QQ3A 3BPWA 3IV3A 3S8HA 1OVDA 1WV2A 4EWND 1GVFA 4XQ6A 1NF7A 5A8GA 5HWJA 1H1YA 3DENA 5I3IA 2A7PA 3NZRA 3E12A 3LHUA 5AFDA 3INPA 4S2CA 5F2MA 4Z1BA 3CWNA 2Y63A 1OG0A 2A7NA 2GJLA 4N9EA 3QMSA 2AGKA 2VFHA 2WSQA 4LUJA 1FQ0A 4ORIA 1KBJA 5D09A 3WJSA 4B5NA 2CZEA 3LXBA 4XBKA 2UV8G 2WOQA 3HPSA 4CNOA 4UFKA 2I9EA 1XBZA 2BZNA 2WV8A 2ZRXA 5HWMA 1F73A 2XFWA 3CM4A 4N02A 3PR2A 3DI0A 1QFEA 4PL2A 1TJPA 2TMDA 2A85A 3S5YA 1R2TA 3IEBA 1GPWA 1KM6A 4LNYA 3GX9A 4FIQA 3B04A 2PURA 1PCKA 1ZAIA 3ZWTA 3P80A 4DQWA 5K4ZA 2PE4A 2WKJA 2B0MA 1LLZA 3S42A 3NL2A 2RH9A 1JCJA 4O11A 4FX8A 4C1KA 3SJ3A 3LCHA 1EP3A 4O14A 3QSTA 5KZDA 1R46A 5D02A 1W56A 2E6AA 1XBXA 2X1SA 4YMZA 1TIMA 1SZNA 3N19B 3P60A 3CIWA 3WJWA 1SZEA 1VYSX 3OBKA 2VFDA 4OGZA 3G1VA 4IPJA 4AMAA 3HQ1A 3GDRA 3C2FA 3MWAA 2NX9A 2E6FA 4IX0A 4JTJA 1KTNA 3IIVA 4JYFA 1PCWA 2V2HA 2Y61A 1OFBA 4JGDA 1V7YA 4DF2A 3L0NA 2C6QA 2J9XA 2YYTA 4MYAA 4KFOA 1EPXA 3GR8A 2ZZ4A 1ML1A 3VNDA 3KVJA 2CLEA 3MI2A 1XBVA 4K7VA 1WBJA 3BW4A 3R5EA 4JTLA 1Y0EA 3TUUA 5HWNA 1C9DA 2VFIA 3OVPA 2YZRA 1I2NA 1T99A 1EUNA 1EP2A 3BW2A 3GXTA 3IVSA 5LHEA 3LGEA 3Q37A 3W2MA 4O19A 2X1UA 3NQDA 1G69A 1Q6RA 4AEOA 3G1FA 3W2LA 3NQMA 4KFNA 5AYZA 4FNQA 4H4IA 3ATZA 1XDMA 3EWXA 3OA3A 4J9JA 4NX5A 5D2XA 3LRLA 3S9YA 7TIMA 2F7FA 3TMQA 1OHLA 1JUKA 2CLOA 1VR6A 3L2IA 5BNKA 1RQEA 2HS8A 4LU0A 3QW4B 3EXTA 4KKXA 1WAUA 2ZZ3A 4R53A 4UNKA 3S5OA 1F2JA 1EA0A 2J88A 4Y9AA 4NZJA 1JRCA 3G1SA 3E96A 3M41A 3QW3A 1IXPA 2QAFA 4NZFA 3DGRA 3OEXA 3W85A 5CPNA 1S3HA 3O07A 1QMLA 3KVLA 4PC8A 4MZ8A 5K3VA 4Z0JA 1FCQA 8TIMA 4FO4A 4ZL1A 1V5XA 1SW7A 2ZCGA 4LS0A 3P62A 4C1LA 3UXDA 1UBSA 3TNOA 3VE7A 3TDFA 2EHHA 4RCXA 3E0IA 1X1ZA 1GVQA 1ZCOA 5J5RA 2R14A 3GXPA 3AO0A 1O60A 3FS2A 3TK7A 1KM5A 2CFFA 3UWVA 4MZ1A 2E09A 3PBWA 1JCNA 4DXVA 1YDVA 4E0CA 3LCFA 4FX6M 4RZ6A 1YADA 5D05A 1ZALA 3M5VA 3K30A 3CQ0A 3LBMA 3S0CA 4Z1DA 1ALDA 4MIMA 2OCZA 4OU1A 1N8FA 3FJ6A 1LBLA 1TPH1 3N73A 1B9BA 4IMDA 2VKZG 3BK0A 1G67A 3C56A 4ALDA 1VPXA 2C19A 2V2CA 3BARA 4MLJA 2A6NA 3F4NA 4ADUA 1SZFA 4K38A 2CZFA 5C55A 1EUAA 3Q2DA 5KMYA 5CPLA 1OFPA 2QF7A 3NXFA 3NDOA 1OYCA 2H90A 3P61A 1KV8A 1FWSA 3B4UA 1ZJIA 4YCOA 3MP4A 1TV8A 2V30A 3L5LA 3NQVA 2Y85A 2H6RA 4UFJA 4M6QA 2TPSA 3G24A 2CLLA 3A24A 1FXPA 2FDSA 3MUXA 1L2UA 4IWWA 2NUYA 2Z0IA 3OG3A 3QQ0A 3MHFA 3L68A 3TSDA 1IXQA 1O95A 1IXNA 2QCFA 3T44A 1XL9A 4DF1A 1FCBA 3HBLA 3IVUA 2FPTA 3R89A 4GE8A 1X1OA 3UZ5A 4JX5A 3GAKA 1KM1A 2A21A 4K37A 4TO8A 3E02A 4N4QA 3SGZA 2DORA 4D2JA 2DZSA 2ZTJA 5K7JA 2Y88A 1DV7A 4BK9A 2OX1A 3QMRA 1GYNA 2QJHA 4Y90A 4O17A 3F03K 1PVNA 1KFCA 3NR0A 5CSSA 3RK8A 2QR6A 3ZS4A 5DY2A 1CI1A 3UD6A 1WA3A 3P67A 1PV8A 4NX0A 2XN0A 3PBUA 1DJQA 4OV4A 5LNWA 2KZHA 3UY7A 4NJGA 4QM1A 4TIMA 4RJEA 3W86A 4JEQA 5AB3A 2QUVA 2DZXA 3C3NA 5G4WA 4X22A 3W22A 1Z42A 3TJLA 1KW1A 3HJZA 4LRTA 1B4KA 1A5CA 5AYYA 4OE7A 3U2OA 3W7GA 4UTTA 4R33A 1GQNA 2BXVA 4ONVA 4UFLA 1KFBA 2QKFA 1OFQA 3DFNA 3UPBA 3O1NA 3H54A 3PUOA 3S6DA 3THQA 4HSOA 3DXIA 3WFAA 3W7LA 3CU2A 4ORMA 1HL2A 2QUUA 3LXCA 4MFEA 1F6KA 3MMTA 4N2YA 5TIMA 3TROA 4PL1A 5D38A 3MHUA 3W88A 1RZMA 3UZJA 2GQAA 4NNCA 1HO1A 4AWUA 3OIXA 5LGZA 5HINA 1CX9A 1FBAA 2A2IA 2E5CA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3M5XA

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Chord Diagram

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