3RK8 | Genus

Total Genus 117

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	291
structure length	291
Chain Sequence	TIQGSIVAIVTPMLKDGGVDWKSLEKLVEWHIEQGTNSIVAVGTTGEASTLSMEEHTQVIKEIIRVANKRIPIIAGTGANSTREAIELTKAAKDLGADAALLVTPYYNKPTQEGLYQHYKAIAEAVELPLILYNVPGRTGVDLSNDTAVRLAEIPNIVGIKDATGDVPRGKALIDALNGKMAVYSGDDETAWELMLLGADGNISVTANIAPKAMSEVCAVAIAKDEQQAKTLNNKIANLHNILFCESNPIPVKWALHEMGLIDTGIRLPLTPLAEQYREPLRNALKDAGII

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Acinetobacter baumannii
publication title	Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from Acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 A resolution rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	117
structure length	291
sequence length	291
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2011-04-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3rk8A00

1OVDA 1C8VA 1K8YA 2QUTA 5LKYA 4K8HA 1XKYA 3IVUA 4N02A 3DFPA 2NWRA 4LS2A 3EX6A 5LNWA 3BGGA 1DJQA 3G1VA 2RDWA 3F4WA 3GR8A 2W0UA 3R12A 2VENA 4RZ5A 5IBXA 4N9EA 3ATZA 4AHPA 2VFFA 3TIMA 3RLUA 1XI3A 1PL9A 2CZFA 3GXPA 2V9DA 3O8AA 3TSDA 3UXDA 2A7NA 4UFIA 3MBFA 2GQ8A 1LBLA 4RJEA 4AAJA 1FWRA 2DZSA 3AO0A 4FO4A 4Z1BA 1AMKA 4ONVA 5AC6A 1WDWA 5D02A 1KTBA 2PC4A 3T7VA 2EF9A 4MZ1A 1AL8A 1FX6A 1ONRA 5BRBA 4O19A 4AHQA 1H7OA 3B8DA 5CZ0A 1QFEA 3TW6A 3LTSA 5HWJA 3M5VA 3G0SA 4JYEA 4QAIA 5F2GA 4CNPA 3KFTA 3TJLA 3PAJA 3GYEA 4ADTA 3FOKA 1Q6RA 5EBUA 3SGZA 1ADOA 4KFOA 4IXHA 5J5RA 5LGZA 4M7SA 3P60A 1XBVA 3UWQA 1SSDA 3CLMA 2C6QA 4UR7A 1ZJIA 3W1AA 4O11A 1EPXA 3W76A 3IV3A 3W2MA 1HL2A 3UY7A 4ML9A 2Y85A 2QJIA 1XL9A 3P80A 1EA0A 2YZRA 4RLIA 1LOQA 1B4EA 5AN7A 1IXQA 3OG3A 4WXZA 5CPNA 1LROA 4QITA 1KFLA 3TAOA 2X1RA 5LNSA 1ZNNA 1YDVA 4KFPA 1RPXA 4ADSA 4FEZA 5D03A 4JYFA 2CLFA 3G1YA 3UNDA 1X6UA 1IIHA 4HPXA 1WYIA 4ZMGA 3DHDA 3RNDA 3EWZA 4XBSA 3L68A 4WZHA 5DBTA 1KW1A 1F2JA 3GXTA 3PVFA 4QNEA 4HSOA 5CPMA 2RDUA 3FYPA 3BW4A 3EX2A 3B04A 1I2QA 5G2WA 2C16A 3PC0A 5BMWA 2FIQA 3QH2A 3WK0A 3S1XA 5DLCA 2ZRVA 2E09A 1FXPA 2GPTA 4MVAA 3UQNA 2WV8A 2A2IA 4GRSA 4BI5A 2XN0A 4A29A 4MKNA 4R7JA 1Z42A 1KM0A 1SUXA 3W07A 4O14A 4JS3A 3QC3A 1TJPA 2ZZ7A 2R8WA 2QCFA 4WJEA 2NZLA 2ZZ3A 3O05A 1QO5A 3TU9A 4DO5A 1G7VA 1OYAA 4LUIA 5SWUA 4B5NA 4S1FA 3HOJA 3NR0A 4HIBA 1KM1A 3FA5A 3BARA 4N9DA 2E68A 3DHFA 5CPLA 4UTUA 1JVNA 2E77A 3BO9A 3TMLA 4ZQOA 3W7PA 1TSIA 3ZFHA 2EHHA 4RZ6A 2F84A 3FFSA 2Y63A 3LCXA 2YGYA 3DH7A 1WA3A 3TUUA 3QF0A 3QSRA 1F76A 1O5XA 3LV5A 1I2PA 3N14A 1T96A 5D2XA 4M7TA 3NEVA 3BV4A 2YFNA 5E0KA 3LHUA 5BMXA 4OV4A 2QUUA 1YXYA 2V5LA 2TYSA 2BX7A 1TREA 5EY5A 3IIPA 2NXIA 4DBDA 4E38A 2CW6A 3M0ZA 3W7OA 1EUNA 1ALDA 3ZS4A 3LXAA 3W7EA 3QEZA 1OFAA 1MZHA 3QYQA 3ZR4A 3QQ1A 2X1TA 4M6PA 3MP3A 1B9BA 1TTJA 4OGZA 3W87A 3LHYA 5K3VA 5LHEA 1TQXA 1O5KA 3P5ZA 4JXCA 3N9SA 1H63A 3HPZA 3LX9A 3NM1A 5D2VA 3W22A 2ABAA 5HWNA 3DI0A 1C9DA 2PURA 1PV8A 3JRKA 5HULA 1XC4A 2WQPA 3M16A 3SFKA 3CPRA 3FKKA 4XUGA 2WJZA 3MMTA 3EWUA 3HPXA 1LLZA 2FPYA 4UFLA 1U5JA 2V2HA 4IOTA 2OX1A 4PH6A 3Q94A 2B7NA 3G1DA 1P0NA 1RD5A 4MFEA 3A21A 3U6WA 3I7RA 3HG5A 1DQWA 4IWWA 2B4GA 4X3ZA 3NQEA 5K4ZA 1R2TA 2QJHA 3G0UA 4DO4A 3ZWSA 1OFPA 2GOUA 1AL7A 3R5EA 3W88A 3HMJG 1I2RA 2XFWA 1T99A 1DJNA 4GUHA 3LHTA 3DFOA 2B7PA 3HGRA 5F2MA 2OMAA 3CB8A 4POCA 1X7FA 2BWGA 3IIZA 2V30A 3LM7A 2CZEA 5F2IA 2QR6A 1ICSA 3NQ7A 2YYUA 2GVGA 3L0GA 4PC8A 1W8SA 1KLZA 4JYDA 1OX5A 5I3JA 1EB3A 5DCEA 1YLVA 3M5ZA 1U83A 1IIGA 4Z08A 2VC6A 4LW7A 2J6XA 1X1OA 1T0OA 4FX7A 4K6AA 1QDSA 4O1AA 4UTWA 2A0NA 1Q6OA 1Z44A 2EPHA 3UD6A 1EUAA 2Y6ZA 3NDOA 4Z1AA 4R53A 3S42A 4J9JA 1FY6A 3C8FA 3S9YA 3SY5A 1KM6A 2O7QA 3VCRA 3TR2A 1S5TA 3HBLA 1K7XA 1WOBA 3ATYA 5IM51 4IX0A 4X2RA 4FHAA 2NUWA 4N4PA 1IF2A 3T4CA 1DVJA 3BW2A 3W7NA 2RH9A 4O28A 4LC6A 3LRMA 5HR7A 2HMCA 3M47A 1EWDA 2GVLA 1TYGA 2OCZA 3CT7A 5G2IA 5I3HA 3THQA 5I3IA 1ZALA 4LRTA 3TQVA 1FCVA 1H1ZA 5LNVA 2DZVA 1H60A 4MOZA 3HB9A 4FF7A 3CC1A 3W23A 1HTIA 2P10A 3HG3A 2CLMA 4ZQCA 1F73A 3U8GA 4AMAA 3QW4B 2QDHA 3TSMA 2JK2A 1QNVA 2OZ0A 1XM3A 1TPDA 4RCXA 2H8ZA 2ZCGA 3SSJA 3W83A 3KRUA 1FQ0A 3W85A 4UMCA 5DXXA 5TIMA 3IIXA 5AFDA 5KITA 3NNTA 3TC7A 5EL1A 5FF3A 1LOSA 3QW3A 2G95A 4O0ZA 3IGSA 4AXKA 4FNUA 5DY3A 2FB3A 3S1WA 1TTIA 2WOQA 3PR2A 1TIMA 1KFCA 4KWWA 3SW6A 1DORA 2DZXA 3GVGA 1F05A 4TO8A 2QCGA 3ELFA 3LCIA 4JTJA 2YDAA 5HWMA 5I3KA 3LOTA 2XN2A 4AEOA 1PVNA 4AH7A 1W0MA 2ZRZA 3PG9A 4UTTC 1FCQA 3CEUA 4DEFA 3TC6A 4LNYA 3M41A 3CEPA 5CZSA 3UYCA 3SIZA 1IXPA 1Z41A 4JGDA 4A21A 3W70A 5U7SA 2DZUA 1GG0A 2FTPA 2J9XA 4RX0A 2I14A 3G1XA 5KMYA 3EXTA 5EPDA 1SW7A 4LU0A 4X22A 4XBKA 2DJLA 1W56A 4QNWA 4R33A 3INPA 2NV1A 1W37A 1K8ZA 3W1UA 1H7WA 2HS6A 2AGKA 3S1VA 3IGUA 4DELA 5AHNA 2VFDA 3BG9A 2TPSA 3NQCA 4WY0F 5D2YA 1VLWA 4UR8A 3HGOA 2CU0A 3QMRA 5AYYA 4WUIA 3W3OA 1K7EA 2Z2UA 3MUXA 5FF0A 1E51A 1GYLA 2BXVA 2NWSA 4N6FA 4UFMA 4GC4A 1MXSA 3LERA 1VYSX 3KVKA 2NUYA 2D73A 1Q6LA 3EKLA 3PULA 5AC7A 3NPUA 4TU1A 4FX6M 5K7JA 1JRBA 5G5IA 5HR6A 2YPIA 3W72A 3WK3A 5J5DA 4M6QA 1TRDA 1L2UA 1JCJA 3C0JA 3W7QA 5EKYA 5FESA 3UXAA 1FWNA 1DV7A 1M7OA 1F6KA 3L65A 1W5QA 1OJXA 3KX6A 3IIVA 4OQVA 4YL2A 5DN1A 3PY2A 1QWGA 4O12A 4CLMA 3UZ5A 2YR1A 1FDZA 1LYXA 5LGXA 2QCCA 1OFDA 3O16A 3GB6A 3NQAA 4UFHA 5CSSA 4OT7A 4K8EA 2BSLA 1KFEA 1IXNA 2PE4A 4PODA 3G1SA 2QCLA 2Y88A 4Y8FA 2VEIA 3P74A 4MFDA 3CQ0A 1JQVA 3HQ1A 3LXBA 1BWKA 3P8IA 2ZZ2A 5I3GA 2OJPA 3H54A 2YYTA 2EKCA 5HJLA 4Z0JA 4ORIA 4UTKA 1H51A 2WKJA 3LHWA 4JTEA 3SZ8A 1FDJA 2VFIA 1K3UA 1KBIA 2PCQA 3E0IA 3LLDA 3P5YA 5D04C 3UPWA 4Z0SA 3LTPA 5C5YA 4XTIA 3W2KA 3SECA 3WK1A 4A2SA 1A53A 4ZZ9A 4YCPA 3N2MA 3STCA 2RDTA 3RMJA 4NT0A 3IIOA 2FFCA 3KVJA 3WJSA 3EWWA 3MHGA 2BLEA 2G97A 1XBZA 1SQ7A 3S5ZA 4EF8A 4BWLC 4FB7A 3R89A 3W7JA 4JTLA 2E1DA 3W1MA 3PSVA 2H90A 4UTTA 1DL3A 3EWYA 3G24A 4LVDA 4JX5A 3A24A 4O54A 3QSTA 1HFBA 3P81A 1KFBA 4DO6A 5FI8A 1TCDA 1DOSA 3QM3A 1PHQA 3C2OA 4JTTA 3LLFA 3NQFA 3THAA 4UNKA 3G8RA 3LBCA 3AJXA 3LV6A 1YXDA 3QFEA 1P4CA 1EEPA 1RQEA 3T40A 4MPQA 5CKSA 3I7SA 3M6YA 5D33A 4O16A 3PF3A 1MSSA 2Z1BA 1JCYA 1VJIA 4IUOA 3S5OA 2C13A 3I68A 4PEKA 3WFAA 3N34A 1NF7A 4L4MA 4CCCA 2FJKA 3MWAA 6ALDA 2Y89A 2X1SA 1SO3A 2YW3A 1SO5A 3TXZA 4CQ8A 4RK8A 4LV9A 1O60A 1R46A 3TFXA 1JRCA 4MYXA 5AHIA 4TMCA 4QQ3A 1D3HA 3FIGA 1ME7A 4G1KA 4AB4A 4IQLA 2C0AA 4FIQA 1TTQA 3MHUA 2HS8A 2ZZ6A 1KM3A 1GWJA 3M9YA 5FEZA 1H5YA 2W6RA 1W3IA 3HPSA 2CWNA 2JBMA 4GUIA 2Z6IA 3QPYA 1CW2A 4YLWA 5KSWA 5AYZA 5CSRA 1RQBA 3H53A 3TE9A 3OIXA 1YTDA 2CZ5A 3BLFA 1G6CA 3Q37A 1C29A 1S5WA 4P61A 3A23A 5I3FA 4UTWC 2CLEA 2X16A 1NVMA 4LVBA 3I6RA 3N73A 3PM6A 3TCEA 3LCFA 4WD0A 1QPRA 2HTMA 3NVTA 4LWWA 2VEPA 3KRZA 1WBJA 3V1PA 4JTKA 2A21A 4ALDA 3T44A 1TB3A 1UUMA 3W1PA 1TPVA 3L0KA 1MEWA 3EXRA 1JCXA 3UWWA 4JY8A 3L5MA 1DQXA 3SJ3A 4O1DA 3GK0A 1J4EA 3B0UX 4HNTA 4ICNA 3BW3A 3OHIA 3W6YA 4OBTA 2IQTA 3GXNA 4PFMA 3G8EA 4UMAA 4FX8A 4KKXA 1W5PA 4NX0A 2Q8LA 3PWAA 1TTPA 1OX6A 3ZWTA 3MI3A 1R2SA 4AF0A 3RFAA 2Y62A 4JTGA 5DELA 1I4NA 1BWLA 3TQKA 1NAL1 3LHZA 4JTSA 3MBDA 3K30A 3UWUA 2GJLA 1ZAHA 5L6UA 1L6YA 2WNZA 4U28A 2Z0IA 4O18A 2FQIA 4WY0A 5E1QA 2AAMA 4IMFA 1OYCA 4PL2A 4UFJA 2Y7GA 1O4UA 5G4EA 1NFBA 2ZRXA 1KTCA 2A5HA 4JX4A 3W2NA 4LV4A 1GTHA 5HMSA 2PRMA 4EVZA 2W79A 4H3DA 4NJJA 1DHPA 4ZVJA 5F4WA 4BWLA 4GJ1A 1YDOA 3P61A 3MI2A 3ABSA 2VXNA 1FBAA 3EEGA 1PCKA 2OT0A 4MJZA 5F1VA 3QZEA 1QMLA 4FXRA 1BKSA 3W7CA 1H50A 3W7HA 1KM2A 5D2WA 3NL5A 4RKAA 1OK6A 5A8GA 3W74A 3GLCA 3VFLA 3GDKA 5DY2A 5ABTA 3L21A 5EA9A 1GG1A 3W2LA 4ZL1A 5A5WA 3S1UA 3HO8A 3O6DA 4YCOA 4TMBA 3ABOA 3LCLA 4RR4A 2WPBA 4CQ9A 1X1ZA 4LRSA 3TSBA 3DFSA 1OF8A 3L5LA 3NPWA 1RZMA 2AQWA 4WXYA 4I9AA 4N2YA 2H6RA 1MEHA 1WQ5A 2ZZ5A 3W7LA 2V81A 3B0PA 4UTHA 2YW4A 2ZA3A 3W1RA 3MI6A 3NQVA 1OX4A 3E49A 5K4XA 1K03A 5L9FA 2RHGA 3MJYA 4LS1A 3W2UA 3IVSA 4KFNA 4O4VA 4Z1CA 4NXSA 1I45A 2NLIA 1IGSA 1JULA 1OFBA 4RXGA 1G4PA 2JKAA 2RKXA 4EF9A 2DZPA 3BLIA 1A5SA 4Y9AA 1GVRA 7TIMA 3A22A 1H7PA 3UWYA 2ZFAA 2DJXA 3W7GA 1ML1A 2QCDA 4UC5A 1GPWA 2R14A 2VELA 1TPFA 3PBWA 2E6YA 3PUEA 5G1YA 2QCMA 2JKPA 3RU6A 5HNRA 3NL3A 2CLIA 3PBYA 2R91A 2YCEA 2VEMA 3H55A 3NQDA 3C4UA 1LCOA 1SU5A 2VOMA 3E12A 3P67A 1NF0A 4NJIA 3TK7A 3FKRA 3W1LA 3KHJA 1ZENA 1OF6A 3TFCA 4RZ4A 3P82A 1W1ZA 3TKFA 2ZTJA 4JN6A 4QJ1A 5HUOA 3UZJA 3W75A 2E6DA 1YXCA 2NV2A 3BG5A 3DBPA 3G0XA 3B06A 4Q4KA 4RXFA 5HINA 4DBEA 5FEPA 4NX5A 5AC8A 3M5XA 1T8XA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3RK8A

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