2PURA

Structure of dihydrodipicolinate synthase mutant thr44ser at 1.7 a.
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
292
structure length
291
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGSTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Specificity versus catalytic potency: The role of threonine 44 in Escherichia coli dihydrodipicolinate synthase mediated catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 110
structure length 291
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2007-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2purA00
1W5MA 3EWXA 3O8AA 3L65A 3GXTA 2QAFA 4NNAA 3MJYA 1TV8A 5FESA 2A4AA 1W54A 1FWTA 3P81A 3NZRA 4JR5A 5AYZA 3UY8A 1SW0A 2A0NA 4FEZA 3EWWA 4DF2A 3C2FA 5BRBA 3HIJA 3W07A 3BGGA 3W1XA 3B0PA 3R12A 2ZRZA 3NPUA 1W37A 4UTTC 4IWWA 1C29A 3BLEA 5HINA 3QMTA 1WBHA 1TPUA 2PRMA 3CPRA 3FA5A 3G3MA 3QC3A 2ZRVA 1EP1A 3W2MA 1I4NA 2YSWA 5F2IA 4MLJA 4BK9A 5C2XA 5T26A 1P4CA 1W5NA 3GAKA 3O16A 3BVJA 2QUTA 3NR0A 2Q8LA 3W7LA 3P7YA 3DFNA 5AC7A 4NXSA 1H1ZA 5AHMA 2GQ9A 4C1LA 3QQ0A 4ORIA 3NQ8A 3O6YX 1QPRA 1FUYA 3KOFA 1ZAIA 3W2LA 3I7RA 2ISSA 4O12A 3VFLA 3A21A 1G4SA 2VFDA 3MMTA 4Z1BA 1FWRA 4LV4A 2CZ5A 3QMSA 1VLWA 5U4NA 4OU1A 4JICA 2WO5A 1TTJA 1DJQA 5LGXA 4LY8A 3O63A 4ADUA 3MWAA 3TK7A 5AYYA 4NUWA 1KTBA 3C52A 3UWVA 2YYUA 1JCNA 4UTIA 1H7RA 1TRIA 3R2GA 1R2SA 4JN6A 2OJPA 2Y7GA 3FFSA 1A53A 1CI1A 1YDVA 5EBUA 3C0JA 1IGSA 4HNTA 3LI0A 2CWNA 3PSVA 1TMHA 5FF0A 3S1VA 2QJHA 3W7NA 3TA6A 3WJWA 3W70A 3PB0A 3H54A 4M19A 3HGOA 5L6UA 1O95A 3OEXA 1O60A 3W1QA 2GVGA 4ZL1A 1RQBA 3W2UA 1F6PA 3NXFA 2JGQA 3WK1A 2XFWA 2AAMA 3E12A 3SFKA 3BG9A 2D73A 3NQ7A 1QDSA 4YXGA 5A5WA 1K03A 3W1MA 2Q3OA 4AHPA 2ZBTA 5LKYA 5K7JA 5G1TA 4JTTA 3G1SA 4JY9A 1HL2A 1O94A 3LXAA 5HMSA 3DKJA 3MP5A 4FIRA 2HS8A 4LS2A 1U83A 1BKSA 1T96A 1Q6RA 3LHZA 3SGZA 1G4TA 2X2GA 3NNTA 2NV2A 1MZHA 1XDMA 4UTUA 3NQVA 1LBMA 3KFTA 3I7QA 4JTLA 3CEPA 4WXZA 2CLMA 2GJLA 4E2DA 4RZ5A 2PE4A 4N4QA 2AGKA 3GYEA 3W2KA 2GJNA 3L21A 3TW7A 5CZJA 5K9XA 3M5YA 3NA8A 4IXXA 5AHLA 4RXGA 3B06A 2Z6IA 1XBZA 2FJKA 3S0CA 3VI2A 1ZCOA 2ZRWA 1NF7A 3TX9A 2VFFA 2QR6A 5AYXA 3BG3A 1H62A 4UTJA 5LHEA 1EUNA 3WK3A 2QCNA 1SR9A 5IBXC 3F4NA 5F1UA 3QJAA 1H7WA 1BEUA 3L5AA 3TAKA 4NU7A 4JDBA 2ZZ5A 4IMDA 4JXCA 2E5BA 4MOZA 3P84A 1GWJA 3NQGA 2W6RA 1SPQA 1EWEA 2GPTA 4N9EA 1LM1A 2JKEA 1VYSX 1OX4B 4OE7A 1F7BA 2EF9A 4X22A 2VOMA 1YXDA 2C13A 2C0AA 3N2MA 3SY5A 3GB6A 3W71A 1NEYA 2DZUA 4Z0SA 1W5QA 3HMJG 1FY6A 4UTKA 4XWUA 3MYOA 1FWWA 2EKCA 4N9DA 4O28A 5HR6A 1PCWA 1VHNA 3P62A 3W85A 3W1AA 1M5WA 2WSRA 1NFBA 4O16A 3TC7A 3OIXA 1P1XA 3M5XA 3LDVA 1K7FA 2C1HA 5MHBA 1OFPA 4UMCA 2F84A 5FEZA 4HHPA 2HSAA 4H4IA 5FF2A 3GDKA 1GVQA 2LLEA 2VEMA 4PEKA 1S5WA 1H7XA 1LRQA 1N8FA 3NQEA 5D2XA 4NZJA 2VC6A 3FEMA 4JTIA 1FXQA 2NLIA 3B4UA 3AJXA 4QM1A 3OVPA 3S6DA 3CIWA 3VNDA 3ZWTA 5D2YA 4HSOA 4FO4A 4MY9A 3WJYA 3P82A 1VQTA 2WSQA 1JUBA 2J88A 1W1ZA 3CU2A 4N9CA 3L5MA 4R53A 1OX6A 3NL6A 1TPH1 1N7KA 4FNRA 3W73A 3IRDA 4ZQRA 4AHQA 4LOCA 1KBIA 1V7YA 4LVAA 5SWUA 4FHAA 3SIZA 3W2JA 2VENA 4M6QA 4UCGA 3TU9A 4PL1A 2B0MA 3BW3A 3KVLA 3W23A 2A6LA 3C8FA 4RX0A 4OV9A 4S2BA 4FX8A 3TUUA 4J9JA 1A5BA 2Y62A 3GIYA 4JEQA 4MUZA 4M7TA 3TV8A 3O6CA 2GQ8A 2VEKA 1W8SA 3C61A 1FX6A 3A5VA 3W75A 4OQVA 1IXPA 1TPDA 2QCCA 3FS2A 2R14A 1AL7A 4JD4A 3S1UA 1SO4A 2WJZA 4A21A 4GUIA 3GDMA 3LXCA 4O57A 3Q58A 3IV3A 2FPTA 3E0IA 2ZQ0A 4E2BA 3W7KA 1G4PA 3S42A 3BLFA 1O4UA 1Z42A 4B5NA 3SJ3A 1TQJA 2TPSA 1PS9A 2Y7FA 3UWYA 3UD6A 1TSIA 2CLIA 3DI0A 1KBJA 1XUZA 3NGJA 3GXPA 2E1DA 2V81A 3W7RA 3UZJA 2DU2A 4ZQCA 1UJPA 3W7QA 4Y96A 2FIQA 2BX7A 3G1HA 4L4MA 1OVDA 3G8RA 1TPVA 4JX4A 3P80A 3LTYA 3PC0A 4XKYB 1F05A 3P8JA 5TQLA 3EX3A 1MO0A 1F5ZA 1N55A 4LT9A 2RDWA 4U28A 4MPQA 1DQWA 1JR1A 4IMCA 4O1AA 3DENA 3CWOX 1J5TA 1L2UA 2R94A 3A9IA 2XN1A 3PR2A 2J9ZA 1PHWA 5DBUA 4P61A 4I7WA 4BWLC 1DL3A 1X1ZA 1H50A 2Y6ZA 3EX6A 5I3GA 4N6EA 1PHQA 1CX9A 4HPXA 2QDHA 1MSSA 4N4PA 1KFKA 2FPYA 3GDRA 3IEBA 3STFA 3T78A 1QMLA 5LGZA 1FXPA 1YDOA 4UTTA 4JTEA 2A5HA 1F6KA 1I8JA 3TMQA 4XQ6A 4MY8A 3GXNA 4HIBA 4HPJA 3TH6A 2UV8G 3HB9A 3KVMA 4QITA 1TRDA 5E1QA 2ISWA 4ZQMA 4CNPA 1F76A 4Y6GA 5AFDA 1OG0A 2ZYFA 3C56A 1GVOA 5LNWA 3MHFA 3AO0A 1SSDA 1OJXA 3EX1A 4GUFA 4MZYA 2V2DA 1GEQA 1G7UA 4PCFA 3PG9A 1GG1A 3LOTA 4O10A 4UFIA 1YXCA 3HG2A 1Q45A 4HNNA 3FLUA 2YW3A 1XI3A 4NNBA 2E6YA 2ZRYA 3PY2A 3NVTA 1GZGA 3EEGA 3SZ8A 2RDTA 3BGJA 3TJXA 1SW7A 4ORMA 3IIOA 2H6RA 3JR2A 3O1NA 1JQXA 4BFAA 2X16A 3LBCA 4MIMA 3L0GA 2J27A 4RK8A 4DPPA 4CQAA 3C3NA 3E02A 4UNLA 1TJPA 3D0CA 2CLOA 4RZ6A 1P5BA 5FF4A 2NX9A 2W79A 2NX1A 1GYNA 4EF9A 3PBVA 2BXVA 1TYGA 5CKSA 4LTSA 1RD5A 2FFCA 5BNKA 3BG5A 4KFOA 3M16A 3STEA 3UPWA 5LNSA 2P10A 3W88A 3UWUA 2C18A 4NXKA 1K7XA 1XKYA 1KFEA 4IX2A 5CZ0A 1Q3NA 2Y7DA 3S9YA 4RLIA 1T99A 5K4XA 1LLZA 1KM4A 1L6WA 1KFCA 3EXRA 4I7UA 3IVUA 1RQEA 3G24A 3N73A 4UFMA 1H61A 5CPMA 1M7OA 4DF0A 4NVTA 3P60A 1K8YA 2V8ZA 1A5SA 3EWUA 3BO9A 3TE9A 3L0NA 1SO6A 5TIMA 3FJ6A 3WJSA 4XBKA 3QPYA 4MLRA 2WV8A 4WUIA 3QH2A 3DXIA 1SZNA 1WYIA 4W9TA 1EP2A 1FDYA 3DHDA 1B3OA 1DKWA 4OV4A 1KLYA 4EF8A 4M6PA 4Q33A 3LCGA 4AF0A 3QRHA 4XTIA 3R8RA 1KM0A 1I2QA 1EPXA 2E5CA 4X3ZA 4NZFA 1XXXA 2Z0IA 4JNMA 3W3OA 1ADOA 1K8ZA 3W76A 2YFOA 2B7NA 3ZFHA 2QUUA 1X7FA 3NQ6A 3IVTA 3I6RA 3W84A 1VRDA 1KM6A 2Y85A 3M5VA 5I3HA 3IGUA 4Z0JA 2QCFA 3FIGA 2PCQA 3QMRA 2ALDA 3N3MA 5IBXA 5U7SA 3TQVA 4UTMA 5EMUA 2CW6A 3FKKA 1GG0A 4LVBA 4JTGA 2YPIA 4LUJA 3RU6A 3SR7A 3PBYA 4PTNA 3KVKA 3F1QA 5DCEA 2QAPA 1K8XA 4Z08A 2V82A 3UQNA 2DP3A 4O52A 3M44A 4IMFA 3NOEA 4IMGA 4JTKA 1LRTA 1RPXA 3MI2A 4DEFA 4LNYA 1QR7A 3U8GA 1VS1A 1QWGA 3QZEA 1TPWA 4JIQA 4GFSA 5DBTA 4K7YA 2GQAA 4EIVA 3GKAA 4ZMGA 4L4LA 3RLUA 3QQ1A 1KTCA 1ZHAA 2QJIA 3QM3A 4JTFA 2CLFA 3GLCA 1JRBA 2YCEA 4TIMA 3RF9A 2J24A 4M5PA 3S1WA 5EYWA 3TKFA 4K7VA 3P61A 2QCHA 4AMAA 2E6DA 3CWNA 1W3IA 3H53A 2ZCGA 1TPB1 1PL9A 4PC8A 2H3DA 4JYEA 3LTPA 1KV8A 1KM3A 4WD0A 1OK6A 4Y9AA 1FWSA 2FB2A 4O0ZA 3M5ZA 3GKFA 1BWLA 4Z1DA 3ABRA 4XBSA 3W22A 3VCRA 3QYQA 4NJHA 5H91A 1VYRA 3MP4A 3W7JA 1ZAJA 4WOQA 4AAJA 2CZFA 1S5VA 2OCZA 4Z1CA 3ZS4A 3GVGA 4OGZA 1DHPA 1JCJA 1X8FA 2ZRUA 2NZLA 4AXKA 3PS7A 4FX6M 2A2IA 3RNDA 3MP3A 4LC8A 1ZAHA 3N19B 1ME7A 3LCLA 3W9ZA 3PG8A 1QOPA 1G67A 1TTPA 5AHIA 3DFQA 4FF7A 3IIZA 4IOTA 2AQWA 1KTNA 3LLFA 2NX3A 4H3DA 1DJNA 3TXZA 4IUOA 5AOUA 1EWDA 1TTQA 3DFSA 5EPDA 3NM3A 3G1YA 4UFHA 2GVJA 4MZ8A 4JTSA 1L6SA 5I3IA 3ZR4A 3U6WA 2J9YA 2G5WA 4UTHA 3TAOA 1DOSA 2ISVA 2C3ZA 1ZENA 1EP3A 5DLCA 1UB3A 3SI9A 3DZ1A 4ADSA 5GVJA 1F2JA 3TXVA 3NYZA 2B7PA 2Z1BA 3GZ3A 4IMEA 4UMAA 1HG3A 2ZZ2A 4FB7A 5G1YA 3PB2A 2QCLA 3NPVA 4O0KA 2C14A 2RFGA 5D2VA 1QO5A 3PSWA 1T0OA 2R8WA 1C8VA 1VGAA 5KZEA 2YW4A 4NX0A 2C16A 5KMYA 3NL3A 5KZMA 1RVGA 1JCXA 1B4KA 2E09A 2WSYA 5D04C 1IIHA 1HFBA 4HT3A 1MEWA 1W31A 2DZXA 3QW4B 3MUXA 2DORA 2ZTKA 2P1FA 1YTDA 4GXMA 5J5RA 2RHGA 5FF3A 3IGXA 1YADA 3W1TA 1DQXA 4XTDA 1TV7A 1ICPA 3GR7A 3I7SA 5EL1A 1GT8A 1OX4A 3OVQA 3O15A 4S2CA 1DV7A 3HQ1A 1F74A 5D05A 4O11A 3A24A 3MW7A 4BWLA 2ZTJA 4N6FA 3B05A 4A3UA 2H8XA 4DQWA 1XBYA 3LRKA 3NQDA 1FCBA 3HOJA 3FJLA 1RQHA 1W3NA 3HGJA 3GNDA 3UWQA 3ATZA 3LHUA 1ZNNA 3DH7A 2NXHA 3MI3A 1WV2A 4MZ1A 1VPXA 5FI8A 2B4GA 2E68A 3MBDA 4LVGA 1ICSA 3B03A 1D3GA 3OA3A 1YTKA 4MJZA 3DU0A 2YDAA 4RCXA 4Q4KA 1PV8A 3G22A 5D2TA 5AHNA 1JVNA 1R2RA 1AK5A 2C15A 3PUDA 4CCEA 2O7SA 1MXSA 3M9YA 3QEZA 4UFLA 3TNOA 3W7EA 1DBTA 1PCKA 4YL2A 3STCA 2FTPA 3I65A 4WJEA 4Y8FA 3S5YA 4ZQOA 3NG3A 5CG7A 4O18A 2Y61A 3EKLA 3W72A 3DI1A 3W7CA 1ONRA 1WAUA 2X30A 1GQNA 4JYFA 5DN1A 4JDYA 1BTMA 3B0UX 3LCFA 4PA8A 1ME9A 2NUXA 3NO5A 4ZQNA 4QNEA 1OFRA 4MY1A 2NUYA 3SSJA 1WX0A 2ZZ4A 4LRTA 1JUEA 2OX1A 2O7QA 4A29A 4HKPA 5F2LA 5D03A 2JBMA 4LVFA 1VCFA 3KAOA 5KSWA 1Z48A 2YXGA 4O4WA 2DJXA 3W1UA 3HG4A 2V2CA 4GJ1A 4KWVA 1SFJA 3N9SA 4GUJA 4UFKA 4O15A 3EKZA 3W7GA 5G4WA 4EVZA 4JY8A 1KLZA 1TB3A 3EX4A 5DY3A 2G97A 2Y70A 4TX9A 3K30A 1ICQA 2BTMA 4O17A 6TIMA 5DXYA 1MEHA 1SO3A 3O06A 2V30A 4CCCA 1G69A 4DO4A 2QKFA 4POCA 2CZEA 4WY0B 2DZTA 2CFFA 1BWKA 2VEPA 3YPIA 1B9BA 1P0NA 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 1GVR A;  3LXB A;  3TSB A;  1YYA A;  4YLW A;  5BOO A;  1G4E A;  2ATM A;  1D3H A;  1SZF A;  4O54 A;  4O50 A;  1RR2 A;  5C5Y A;  3HO8 A;  1JCY A;  3HPS A;  2QUV A;  1SO5 A;  2WOQ A;  1SZG A;  3JS3 A;  3TFX A;  3WJZ A;  4EOU A;  2KZH A;  1WQ5 A;  4GC4 A;  3TW6 A;  4CQ8 A;  4DBD A;  4AHO A;  1PE1 A;  3CT7 A;  5C54 A;  1KM2 A;  1F73 A;  3L0K A;  4ONV A;  4PL2 A;  1QO2 A;  1OFB A;  4K39 A;  1V5X A;  1YDN A;  3PBU A;  3HGS A;  4GUH A;  2A7N A;  1TO3 A;  1GOX A;  2ZDR A;  3Q2D A;  5D2W A;  1AMK A;  2FLI A;  3PVF A;  5I3F A;  2QCG A;  2HMC A;  1XBX A;  3LRL A;  4QSH A;  4QQ3 A;  3NQC A;  3LCH A;  4MYA A;  1M7P A;  3L68 A;  4AF0 B;  2DZW A;  4A2S A;  1GJP A;  4LV9 A;  1ZFJ A;  1TV5 A;  4GUG A;  1VJI A;  5LSM A;  3RLV A;  3LTS A;  5D09 A;  3CLM A;  3NDO A;  1ALD A;  3LBM A;  3TFC A;  5D38 A;  1H7N A;  1L9W A;  1XFB A;  5K2Z A;  4LVD A;  1KM1 A;  1TPF A;  2VFH A;  3B8D A;  4OBT A;  3FYP A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1W5M A;  3AS3 A;  3EWX A;  3GXT A;  4NNA A;  2R1M A;  1XGD A;  1RLD A;  3GTI A;  1XLL A;  2PWE A;  1ZBW A;  1W54 A;  3PPH A;  4JR5 A;  1SW0 A;  4DNH A;  4V15 A;  3W07 A;  2RGM A;  3O2L A;  2AMX A;  1TWI A;  4FOU A;  1BWV A;  4P5U A;  2G4J A;  1C29 A;  1V3K A;  1R9Y A;  2QNE A;  3KDN A;  3G3M A;  2ZRV A;  3TA9 A;  1EP1 A;  3W2M A;  2YSW A;  3GTH A;  1GNX A;  1W5N A;  3O16 A;  4H83 A;  4P8W A;  1H1Z A;  3SBF A;  4HOW A;  2GQ9 A;  3S1G A;  2ANU A;  1BLI A;  3SQL A;  3RRA A;  4PCN A;  3M07 A;  3NQ8 A;  3O6Y X;  1QPR A;  3CZJ A;  1PIG A;  4PMV A;  4M80 A;  5LA2 A;  4GYJ A;  4HMC A;  3KOW A;  1AZ1 A;  1W17 A;  3L23 A;  1VLW A;  3EYP A;  3WLM A;  1DTU A;  4AIO A;  3UZW A;  2GWG A;  5LGX A;  3AHT A;  4ADU A;  3MWA A;  3G6L A;  3GH5 A;  3WQ4 A;  5AYY A;  1KTB A;  3O0F A;  4V2X A;  2X41 A;  2D20 A;  4I9M A;  4UTI A;  4DJD C;  3T08 A;  1J0H A;  3SAZ A;  1XR2 A;  5DMM A;  1YPX A;  1IT8 A;  2Y7G A;  3FFS A;  3BLL A;  4B4F A;  5EBU A;  1ISZ A;  2XZ7 A;  3W00 A;  3C3U A;  2PDK A;  2BOD X;  3W7N A;  1KBB A; 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