1DWHM

Study on radiation damage on a cryocooled crystal. part 4: structure after irradiation with 27.2*10e15 photons/mm2
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQTFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Structural Changes in a Cryo-Cooled Protein Crystal due to Radiation Damage
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
total genus 197
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 1999-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1dwhM00
3AROA 3AQUA 4ZENA 1PJ9A 4U3CA 4M1RA 3SCQA 4AZ6A 1UD8A 4BQ2A 3WL1A 3I3DA 1HJQA 4QP0A 3AXIA 1LG2A 3JUGA 1E9LA 1BG9A 2EBNA 4AD5A 1G1YA 3AZSA 4W89A 5AC4A 3AIEA 3F5KA 2XVGA 4AZ7A 1WCGA 1W9UA 5CZKA 5E6ZA 4HU8A 3VGFA 3MO4A 3AMKA 1EQPA 3EDDA 1BSIA 4NF7A 4QLJA 1HL8A 1H41A 2G4FA 4PCSA 3SUTA 1E40A 1RP9A 2BXYA 1TFVA 1W3HA 4WIWA 3GXFA 4W8BA 4TVCA 3CZJA 2DSWA 3GXDA 4BQ5A 3ZR6A 4U5KA 5EBAA 5CJ5A 1G0CA 1QNSA 1HNYA 5TD4A 2PWHA 4NI3A 4KGJA 2WC3A 1A3HA 4C7GA 4WSJA 5A6SA 3L4XA 3VGHA 2D0GA 4J7RA 1C3FA 1DTUA 2GVYA 4RL3A 4OKDA 4ACZA 5JBDA 3G6MA 2XG9A 2DH2A 2X0YA 2DT3A 2CHNA 2ZIDA 1WPCA 1CXLA 5IDIA 3OGVA 2PWDA 2BV9A 3WNLA 4AEFA 2O9OA 2YL5A 1FOBA 1WNOA 5D8ZA 2OWCA 2YA0A 5BRQA 3SURA 3MSDA 4W5ZA 1H0IA 4UCFA 2D1ZA 2QV4A 3AS0A 4PMVA 4EKJA 4C7DA 5A8OA 1MQRA 3GZAA 1VBRA 2FDMA 3EYPA 3WUBA 3SIMA 4M29A 2E3ZA 4KMQA 3CZGA 1IZKA 2A3HA 1Q6DA 1W9VA 3FXYA 1JYVA 3WUGA 1JYXA 5A8PA 2ZX9A 3T2PA 3GXIA 3PHAA 4GQRA 1BPLB 1B0IA 1CGUA 1W3LA 2XFRA 3IAPA 5E09A 2EJ1A 4UFMA 3AMGA 1EOKA 3EDEA 1VFFA 2GJXB 5I2UA 1XYZA 1NQ6A 3SCPA 1ZBWA 1JAKA 1BVNP 3TTYA 2BNJA 2X8RA 1CXIA 5HOSA 5AC5A 5DEZA 1UR8A 4PMZA 3NSNA 3W28A 5HXMA 1E0WA 2BXZA 3N1AA 4V27A 3AFBA 3OG2A 4LX4A 2W62A 4UFKA 3VUPA 3FW6A 1Q6CA 1JZ4A 3EDJA 3MUAA 2X2YA 1DWGM 2XVKA 4ATWA 4OOZA 3THDA 1GPFA 4P8WA 4M80A 4D1IA 4A3HA 2G3MA 3MSGA 3TOPA 4ACYA 1WZMA 3DHUA 4AD1A 1N82A 2Y2WA 5BRPA 5BXSA 3CMGA 1UQYA 1J0IA 2YIHA 4MDPA 4Y7EA 1EOMA 2YL6A 1GZJA 4WK9A 3L2LA 2D20A 3EMZA 5CXPA 1VJZA 1GQLA 1LJYA 4LGXA 3AS2A 2E8ZA 3VU2A 4CUCA 1PX8A 3GNOA 3L2MA 2D0FA 1SYTA 1NWTA 1QVBA 1QW8A 6CGTA 1XCXA 3NJ3A 1HJWA 1NP2A 1VEMA 2OYKA 2C8NA 1U30A 2ZWYA 2DDXA 4JHOA 2ZUMA 4TX6A 1QOXA 4W7WA 1GNXA 4WSKA 3VIJA 1J01A 5A6LA 1Q4NX 2DEPA 3BCDA 4UFJA 2OYMA 1XD0A 1Q6EA 3A3HA 4PSRA 2ZX8A 3FAWA 2YBUA 4J27A 4HZ6A 1K9FA 3K1DA 4XZBA 4M82A 5FL0A 4H8HA 1TZ7A 3RMEA 4UZUA 1QI4A 4ZFMA 3VOCA 3QOMA 1JAEA 4PMNA 3RJYA 3NIYA 2XIBA 4K68A 1JXJA 4GO8A 1L0PA 2VR5A 2VO5A 1UKQA 1MW1A 3AZRA 1VFOA 4LPCA 3WN6A 5I0DA 5A1AA 4PCTA 3DYOA 4X0NA 1JYNA 1CGTA 2CIPA 4UFIA 1HKIA 1RD6A 3KE0A 5E70A 3EDKA 1Q6FA 4W7UA 3BAJA 1M7XA 2VRKA 2IUZA 3WNNA 4GI9A 1JNEA 4RE3A 3UERA 3CHCA 4PTMA 1OCQA 3WNPA 1ISYA 2GUYA 4D71A 4V2XA 1D7FA 4EAMA 2DIEA 4QAWA 5ABFA 4JL2A 3SCWA 1QI0A 3A47A 2WCSA 1UR9A 1XRVA 1WDRA 3AHZA 4JKLA 1TE1A 5A2AA 3PTQA 3WD4A 1ITXA 1KFWA 4WKHA 5D8WA 3CUIA 4MTVA 3VDCA 1OT2A 1UR4A 2IXUA 3FHQA 3ECQA 2D2OA 1JZ6A 3WF0A 3NUKA 1BYBA 3VIOA 2WMGA 1NWUA 4IM4A 4U31A 2JIEA 1L8NA 2CETA 3L4ZA 4PTXA 2WM0A 4ACZB 2PI6A 3G6LA 2V3FA 4KGLA 2J7DA 2JF7A 3J7HA 2J7HA 1RPKA 3QHNA 3L4YA 4D6IA 1W1VA 3RM4A 1KCKA 2VX7A 3GH5A 3D5HA 3VD3A 4CN1A 1H3GA 1E72M 3AIWA 4KWUA 5LYRA 4JCMA 3WF2A 4AC1X 4CN4A 1UA3A 1JD9A 2G41A 4MAVA 4RE2A 5CPQA 1CENA 4PUDA 3VNYA 2JF6A 3VMNA 1WDSA 2HVMA 4GINA 2J8FA 5GNZA 1GJUA 3AIQA 3BAYA 3MU7A 1E4NA 1E55A 2WZIA 5I77A 1C92A 3O2LA 5A6MA 1LG1A 3N11A 3RIKA 2VVNA 4BS0A 1V6YA 3CO4A 3WDIA 3VGEA 4ZXOA 1R7OA 2J7FA 2DSZA 2BFGA 4GI8A 4MDOA 1CECA 4PEEA 4KRUA 1WP6A 1TCMA 1GOWA 3CHDA 3VGGA 1FH7A 1GOMA 1JFXA 2WPGA 5EB8A 3GYCA 3QOKA 1NM9A 1V02E 4X9YA 1UWSA 1PZ3A 3W37A 4FLRA 2ZUSA 1UHVA 3WH7A 5JBFA 2OLHA 1QHZA 1WO2A 2ZUNA 1UR2A 1E70M 2WHLA 2J7GA 1O6IA 2WVSA 3AZTA 2GJXA 2VZUA 3AHXA 1EA9C 3WDJA 3W26A 3FAXA 1PEZA 2DT2A 3SCUA 5I23A 4EANA 1UOKA 1CZ1A 2JALA 1PPIA 1YHTA 3F4VA 4QLLA 4CU6A 1HL9A 2VRQA 3HMCA 3BLKA 2E9LA 3VTRA 2DT1A 2X1IA 2X05A 3QGVA 1UUQA 1J18A 5CGTA 2BY2A 3AISA 4WKFA 5A6AA 3WQ8A 1R85A 3WSUA 3PBGA 1EO5A 1W1PA 4NSBA 2E0PA 1R8LA 1E6NA 2JE8A 5GQBA 1B31A 1W9DM 3TTSA 3VO0A 3AI0A 1CTNA 4CCEA 1FHLA 2WZEA 5M17A 2WVTA 2G3NA 3MUIA 4B3LA 2ZXAA 1GORA 4DM2A 1V0LA 2EPMX 3SUWA 3WD0A 4J3SA 3B9EA 1H5VA 4DUXA 5IHSA 2WAGA 2EPLX 4TTUA 1CXFA 1JZ5A 1B3WA 1F4AA 2CESA 3CHEA 3DECA 2VQUA 3AYSA 3AHVA 3SUVA 4AD3A 4UFLA 2VX5A 2VX6A 3TONA 3U7VA 4UQBA 3ZT7A 2JIWA 3FN9A 1C8QA 2V3GA 1J0HA 1H49A 1HKKA 4P7NA 4DWSA 1PZ2A 1DHKA 4IPNB 3BMWA 3WMSA 2ZICA 3MV11 3AMCA 2YA2A 1KXVA 3VPLA 1AQHA 2WSPA 3B8SA 1G94A 2D3NA 2UY3A 1GCYA 3BGAA 1LQ0A 5IXEA 1KR1A 5HPOA 5I79A 4UFHA 3N15A 3DYMA 4S3JA 1LL6A 1KGXA 4L4PA 2XWEA 2FHCA 2OYLA 1QI5A 4Z2KA 1UR0A 1AQMA 1EGZA 5JBEA 1E0XA 2DSUA 4P8UA 1E43A 1FHDA 4R27A 2VCCA 1HVQA 4W8AA 1UD2A 4E2OA 3EMCA 3A6OA 3S6TA 1CXEA 5M03A 5DT5A 4OOUA 3K4DA 1BHGA 3EMQA 4XX6A 3WNMA 1E1EA 1WAWA 3K8LA 2V5DA 1QBBA 4PBGA 4B9YA 1GVIA 1ZB5A 1E73M 1MQQA 4PMDA 5IFPA 3NDYA 3WY1A 3CUHA 1QI3A 1E3ZA 5EFDA 5HPCA 2G3IA 1JFHA 1PX4A 1CLVA 4H04A 2WVVB 1CIUA 1GONA 3WEMA 3VD9A 3VMOA 4CD7A 4IUGA 2PWEA 2J79A 4PMXA 1ODUA 4LXFA 4CU8A 2GJPA 3PZUA 1OT1A 4AWEA 1ITCA 3N13A 3POHA 5E9AA 4UOQA 1VAHA 2OSYA 3AIUA 3TTQA 1JZ8A 3IJ9A 2F2HA 3AHYA 2OWWA 4D72A 1MW2A 4NRSA 1H2JA 2BHYA 3DYPA 1EDQA 3ZT5A 3W25A 1UWQA 1V6WA 5A3HA 2VOTA 3MKKA 1OBAA 3VINA 2VT0A 2W4XA 4IISA 1KCLA 1VENA 1Z32X 4BQ3A 4BCEA 3MUZ1 1PAMA 1PIGA 2ZE0A 2VC9A 4OBSA 2XVPA 3WEOA 3SCVA 3AMDA 3ZSSA 3BLPX 5JIPA 2DH3A 2UY4A 1V08A 3VVGA 5A6BA 3PZVA 2WYSA 3M07A 5EMYA 1CYGA 4FLSA 3U7BA 1MXGA 1J0YA 4JIEA 3MUY1 1G5AA 3FNDA 3ZIZA 3ZM8A 1XV8A 1HJUA 3T2QA 2O9PA 1JL8A 2A3CA 4NZCA 8A3HA 4HOXA 3L4TA 3WH5A 1CGYA 1B1YA 3NDZA 3AIRA 1BGGA 1OD8A 1Y7VA 4AYSA 2YDRA 4BZYA 1KQZA 4F79A 2D24A 1LL7A 2VR4A 1V03A 2J74A 3T0AA 1J9YA 2O9RA 4M24A 1LWJA 4P8VA 5A95A 4W8LA 3W27A 2FGLA 3ARUA 5ECUA 3WMBA 2PC8A 2J77A 4ML4A 2XPKA 2WMHA 1Q6GA 5IHRA 1ZBCA 2W66A 1K9TA 2WMKA 1VRXA 4XV0A 1NP0A 4CCDA 3LMYA 3LPFA 5A6JA 2VZSA 3ARRA 2V3EA 4TVUA 4A3YA 1E56A 3ZJ8A 4Z2JA 1VFUA 1JF5A 4LQ1A 1SMDA 2FGZA 2ZXDA 1CEOA 3ARVA 2NT0A 2VJXA 1B9ZA 3RJXA 5FKYA 1NWRA 2J78A 1V02A 1JDAA 2CXGA 5BCAA 1IZJA 4HPGA 3ARTA 1WZLA 1GOIA 1EQCA 3VIMA 3KEHA 3VIFA 3WENA 3PTKA 2ZX7A 2WMIA 3A4WA 4J3UA 5E6YA 4MJ2A 1LLOA 3QR3A 3UG5A 1EXPA 3RM8A 3TA9A 4FLOA 2WHJA 1FH9A 1KGWA 3VILA 3N17A 4HP5A 4DWSB 2C0HA 1GJWA 2X0HA 4AZIA 1I1XA 1HJXA 2Y8KA 2CCRA 3RILA 3GNPA 3CHFA 1NOFA 3CIVA 3GNRA 2JEPA 3IAQA 1HVXA 1V6XA 2PB1A 1FFRA 1IT0A 1TVNA 1XCWA 4HA4A 4JFUA 4KH2A 4CD5A 1OINA 3A4AA 5HNNA 1TG7A 1QW9A 1ISVA 4YN5A 4CD6A 2DPEA 2E8YA 3ALFA 2YOCA 1XC6A 4MNJA 1ODZA 3WQVA 4J3TA 3I3BA 1MWOA 2O9TA 2BHZA 1A47A 1E1FA 3T0DA 2Y5EA 2VX4A 1W32A 1GQIA 5CSUA 2YJQA 1W9BM 3U5UA 2ZOXA 1DWAM 1NARA 1HP4A 2EO7A 1JIBA 3WDPP 2CBJA 4YHGA 2VURA 2ZXBA 1UQZA 1H09A 3MMWA 3OA5A 1OIMA 4D6DA 2XSAA 2DQXA 2C7FA 3WELA 4C7FA 3OLIA 3BSHA 1D3CA 2F8QA 3II1A 1E4MM 2VCAA 1AQ0A 1UH4A 4QDMA 5CPTA 4JFWA 4XZWA 5CLTA 5CG0A 1UWUA 3PZ9A 5CSYA 2J4GA 2EXOA 3SUUA 3OLGA 1OGBA 3UG3A 3FHAA 2WWDA 2XVLA 4CD8A 3LPOA 1HKMA 4MNKA 3VD4A 2WVVA 1J10A 5I3DA 1V3MA 3CH9A 2CYGA 2Y8VA 2XJ7A 4JAWA 1ZS2A 1GOKA 3GTNA 4QCFA 4Q7NA 3PZQA 3WFLA 4OZOA 3ZR5A 2EQDA 2ZX6A 3RM9A 2XSBA 1CGWA 4B16A 3ARYA 3AMLA 2BVDA 3U5YA 1V0MA 2YL9A 1DP0A 4UQAA 5KZ6A 5A8MA 4P7OA 3APGA 3VGBA 1TVPA 5F7UA 1AVAA 1OSEA 3W6LA 3WMCA 1B3XA 1UD3A 5AYBA 4MB4A 1J11A 4W85A 2WB5A 3OLEA 2E9MA 3AIBA 4UTFA 2DSVA 4Z2HA 1CLXA 5FD0A 3N9KA 4D6CA 4FMVA 4UQCA 2QF8A 2YDQA 1UKOA 4AZ5A 1J0ZA 3L4VA 4MNMA 2EPOA 1US2A 1V0KA 2UY2A 2XGBA 4W7VA 2ZUUA 4AZHA 3SCRA 2XIIA 1TUXA 4M56A 3VIPA 5M3WA 2D3LA 2OSXA 1JDCA 3LPPA 5CPSA 1D2KA 3AS1A 5DT7A 1JNDA 2WCAA 1E6PA 2YLAA 3KL5A 5D9NA 4FLQA 1UKSA 1OM0A 5GNXA 3N04A 1BYDA 4NRRA 3TP4A 4HMDA 1B2YA 4OJYA 1US3A 2XM2A 3WH9A 4TX8A 4Z2LA 4JZ5A 2E40A 1DEDA 2CHOA 4AEEA 3ZO9A 1XH0A 2WANA 2DGAA 3UETA 2V38A 1QBAA 3W53A 4GXPA 1E6ZA 2WHMA 2WMIB 3WD2A 4GPNA 1KXTA 2E4TA 4XUYA 3GH4A 3AXXA 4AMCA 2G3JA 2GDUA 3WKZA 3IJ7A 3E1F1 1KBBA 1KGUA 5FCZA 4P8XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ARO A;  3AQU A;  4ZEN A;  1PJ9 A;  4U3C A;  4M1R A;  3SCQ A;  4AZ6 A;  1UD8 A;  4BQ2 A;  3WL1 A;  3I3D A;  1HJQ A;  4QP0 A;  3AXI A;  1LG2 A;  3JUG A;  1E9L A;  1BG9 A;  2EBN A;  4AD5 A;  1G1Y A;  3AZS A;  4W89 A;  5AC4 A;  3AIE A;  3F5K A;  2XVG A;  4AZ7 A;  1WCG A;  1W9U A;  5CZK A;  5E6Z A;  4HU8 A;  3VGF A;  3MO4 A;  3AMK A;  1EQP A;  3EDD A;  1BSI A;  4NF7 A;  4QLJ A;  1HL8 A;  1H41 A;  2G4F A;  4PCS A;  3SUT A;  1E40 A;  1RP9 A;  2BXY A;  1TFV A;  1W3H A;  4WIW A;  3GXF A;  4W8B A;  4TVC A;  3CZJ A;  2DSW A;  3GXD A;  4BQ5 A;  3ZR6 A;  4U5K A;  5EBA A;  5CJ5 A;  1G0C A;  1QNS A;  1HNY A;  5TD4 A;  2PWH A;  4NI3 A;  4KGJ A;  2WC3 A;  1A3H A;  4C7G A;  4WSJ A;  5A6S A;  3L4X A;  3VGH A;  2D0G A;  4J7R A;  1C3F A;  1DTU A;  2GVY A;  4RL3 A;  4OKD A;  4ACZ A;  5JBD A;  3G6M A;  2XG9 A;  2DH2 A;  2X0Y A;  2DT3 A;  2CHN A;  2ZID A;  1WPC A;  1CXL A;  5IDI A;  3OGV A;  2PWD A;  2BV9 A;  3WNL A;  4AEF A;  2O9O A;  2YL5 A;  1FOB A;  1WNO A;  5D8Z A;  2OWC A;  2YA0 A;  5BRQ A;  3SUR A;  3MSD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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