4IPNB

The complex structure of 6-phospho-beta-glucosidase bgla-2 with thiocellobiose-6p from streptococcus pneumoniae
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
469
structure length
457
Chain Sequence
TIFPDDFLWGGAVAANQVEGAYNEDGKGLSVQDVLPKGGLGEATENPTEDNLKLIGIDFYHKYKEDISLFSEMGFNVFRTSIAWSRIFPKGDEEEPNEAGLKYYDELFDELHAHGIEPLVTLSHYETPLYLARKYHGWVDRRMIHFYEKFARTVLERYKDKVKYWLTFNEVNSVLELPFTSGGIDIPKENLSKQELYQAIHHELVASSLVTKIAREINSEFKVGCMVLAMPAYPMTPNPKDVWATHEYENLNYLFSDVHVRGYYPNYAKRYFKENDINIEFAAEDAELLKNYTVDFLSFSYYMSVTQSALPGLVNPYLESSEWGWQIDPIGLRIILNRYYDRYQIPLFIVENGLGAKDQLIKDELNNLTVQDDYRIQYMKEHLLQVAEALQDGVEIMGYTSWGCIDCVSMSTAQLSKRYGLIYVDRNDDGSGTLNRYKKMSFTWYKEVIESNGESLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the substrate specificity of a 6-phospho-&[beta]-glucosidase BglA-2 from Streptococcus pneumoniae TIGR4
pubmed doi rcsb
molecule keywords 6-phospho-beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 169
structure length 457
sequence length 469
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 3.2.1.86: 6-phospho-beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ipnB00
1L0PA 2W63A 2E9BA 4MAVA 2ZX6A 4CN6A 1E5JA 5HPCA 3ARZA 3FNDA 4HA4A 5A8NA 3SCPA 4AIUA 4AZHA 1WB0A 2VZVA 3WDRA 3N1AA 1GCYA 1HL9A 2WMJA 2JFEX 1G5AA 3WH5A 3QHOA 2WCSA 4D1JA 3FHQA 1SMAA 1UYQA 1UWUA 4JIEA 4YHGA 3T2PA 1LL7A 2MANA 1WZKA 1LL4A 2XFRA 1WE5A 4MADA 5EBAA 1QI0A 3L2MA 4C7GA 1XYZA 2VRKA 2TAAA 4A3HA 3VUPA 3ARYA 2CKSA 4PMUA 2FHFA 4OZOA 4AWEA 1C8XA 1ECEA 3MSGA 1WDSA 4J3SA 5FIPA 5BYWA 1UWSA 1W9BM 2UY3A 1XRVA 4PCSA 4NI3A 3WKZA 2OSXA 1W1PA 1CGWA 4JFVA 2DQXA 2VR5A 2XIBA 1OT1A 4CU7A 1W9PA 1E4LA 3W25A 1E6NA 4F8XA 4RL3A 3CHCA 1GORA 1WKYA 4HU0A 2VCCA 2VURA 4UTFA 5A95A 3WF2A 4UFKA 1CTNA 4CKQA 2CYGA 2WVVB 1QNOA 3QHNA 3BCDA 3K8MA 1V3IA 3ARVA 3WQ8A 1BYBA 2EQDA 4W5ZA 5I2UA 1CXKA 1DHKA 3I3EA 1EDQA 2XPKA 4F79A 3CIVA 1JI2A 3AIWA 3WF1A 1B30A 3ARPA 2VC9A 3QHMA 4KH2A 1M04A 4NRSA 4UOZA 5FD0A 2QHAA 2BY2A 1E3XA 5EFDA 1V0LA 4J27A 3CO4A 3M46A 3WBAA 2Y4SA 2E8ZA 2ZUVA 4QLJA 4W8BA 1A3HA 3TOPA 3EMQA 4EK7A 3ARQA 3DHPA 1GQIA 4PMVA 4X9YA 1IV8A 5ABFA 1EIBA 3BAYA 1E15A 3VPLA 4OBSA 1KBKA 2J7FA 2XSBA 1PAMA 4E8CA 3VNYA 3WDQA 1JYWA 3CZGA 2VVSA 5BXSA 3HJEA 3ZJKA 4D71A 1R85A 2J74A 7A3HA 1LQ0A 3CMJA 4PMZA 4HP5A 3UG3A 4Q7NA 6A3HA 3WNOA 2E8YA 2VT0A 3MMWA 3TTOA 1Q4NX 4JKLA 4ZXLA 5BRPA 3BC9A 1UWIA 1KXTA 4QP0A 4QCEA 3UR7A 1VJSA 1CECA 2GK1B 2W4XA 4NZCA 4QFUA 1W2VA 1VFOA 4DM2A 4ZFMA 4XZBA 1KWGA 1FHDA 3L4WA 1XD0A 1J0IA 2OWWA 3VU2A 2XJ7A 5JBDA 3DYPA 2E40A 1XD1A 3N15A 1E0WA 2XIIA 3VM7A 1GOIA 1H49A 2D23A 4X0VA 3KE0A 1QNQA 3VIFA 1HJVA 4HPGA 2PWFA 1JAEA 3EDEA 1JD9A 4OUEA 3SUVA 1HJQA 3WNKA 2Q8XA 4ATLA 5IFTA 3VIHA 1G0CA 1JZ7A 2WK2A 4NRRA 5AC4A 3N17A 3NSMA 3PZMA 4JL1A 4UFMA 2NT0A 2VUYA 1VEPA 1XCWA 3WFLA 3WL0A 3VKKA 5E70A 1GZJA 5A6AA 3A3HA 3SUUA 2QLYA 4GQRA 4A4AA 3CUFA 4BF7A 5D4YA 2UY5A 2W66A 1M7XA 3EYPA 3CUIA 2WSKA 5AY7A 3OG2A 1C90A 1BLIA 3WIJA 2WKLA 2BXZA 1ZL1A 1B3XA 1XH0A 1PEZA 2O9PA 3LMYA 1HKJA 2A3CA 2BFGA 5C8BB 3AIVA 2XGIA 3QR3A 1MWOA 3D5HA 4UFLA 4GIAA 1I1XA 4NF7A 1E6QM 1JIBA 2X09A 5CG0A 4U3CA 3CMGA 2YDQA 4MJ2A 2OSYA 1UG6A 4XX6A 1KXVA 1HP4A 1ZBCA 3VNZA 2WW5A 1UD2A 4DUVA 3FHAA 1B3VA 1JI1A 1J9YA 2BHYA 2WVUA 5JBFA 1CENA 2CPUA 1CXFA 3W6LA 1JF5A 1GHRA 1XHGA 3L4VA 1UR4A 4E2OA 2J77A 3AHVA 3POHA 2WWDA 4XUYA 1JYXA 1DTUA 4HPHA 2WVVA 3NIYA 4P7NA 3AMLA 3BAWA 1R8LA 3W82A 1CIUA 1QW9A 2A3BA 3MV11 1XH2A 1EO5A 1ISYA 7TAAA 1CGUA 3RM4A 4CCEA 2GJXB 2BVYA 1NOWA 4AY1A 5M03A 2WZIA 1C93A 1Q6DA 1SR0A 3ZJ6A 1X1NA 3ARSA 2Y8KA 1KCKA 2EPLX 4CD6A 3VM5A 1CGYA 1Q6FA 1H41A 3W81A 3ZT5A 1BYDA 5A6BA 4CD8A 1WZLA 2Y8VA 3SCNA 3U5YA 1LG1A 5C71A 1K6AA 3DYOA 1FOBA 3AJ7A 1FFQA 3OGSA 3VX1A 3SIMA 3CH9A 3WQ6A 5E09A 1B2YA 2PI6A 4BCEA 4KMQA 4FLRA 3GTNA 4AYSA 1XC6A 3JUGA 3TTQA 3ZJ7A 3WD4A 2YJQA 3AHTA 3SCSA 1VEMA 1W9VA 4F9JA 2DEPA 1WZAA 2VTFA 2J4GA 2CITA 3VGDA 1BFNA 2FGLA 2YIHA 3EMCA 1KXQA 1LL6A 2XGBA 2GK1A 2F8QA 4FF5A 5IDIA 4PMYA 2DSZA 4B3LA 2VZOA 6TAAA 3ECQA 3WDHA 1MQPA 4L4OA 4PEEA 5FOOA 2CNCA 2YBUA 5DT7A 4JFTA 4D6DA 3G6LA 1AQHA 4U33A 2ZOXA 4AD0A 2V3GA 1E71M 4Z2KA 3OLGA 1VEOA 3KEHA 5EFFA 1MYRA 4GO9A 2W62A 5GNZA 1TA3B 2ZUWA 2ZXQA 4PYSA 5I0DA 2QV4A 5FL0A 3WQVA 5D9PA 2VNCA 3E1F1 1CXLA 1JD7A 3PZVA 4AD2A 1UKQA 1J0JA 3DC0A 1PZ3A 5JBEA 4KGLA 1E55A 1J12A 1NQ6A 1E73M 1C8YA 2BHUA 1TFVA 2J75A 2FHCA 2V3FA 3T0DA 4DUXA 3A6OA 1YQ2A 1HNYA 4M56A 1EGZA 3ARRA 4FK9A 4W7WA 1GQJA 3VDHA 3CZJA 3WF4A 4PUDA 4GZJA 1ISZA 1V6WA 4D6CA 1UZ1A 2B31A 4FMVA 4RE3A 1NWUA 1GOQA 1DP0A 3KL3A 4Z2JA 4PTVA 1QHPA 5CPQA 1U2YA 5DT5A 4AD4A 1TCMA 3RM8A 1UKPA 2XFYA 3CHEA 4AMCA 3CPUA 3T0AA 1WDPA 1DWAM 2VRJA 3ZM8A 2WMIB 2DSUA 3W24A 3PZIA 4GINA 3RJYA 5IXEA 1JZ4A 4J3UA 2JALA 1BSIA 2PBGA 1C7TA 3WQ5A 5A69A 1OIMA 4U31A 4MNKA 2GSJA 3WY1A 1U30A 1FA2A 2DGAA 4B9ZA 5E6YA 3NDZA 1BGGA 1LG2A 1A47A 1JFXA 1HL8A 2YA2A 1FH8A 1XGZA 2ZWYA 2VQTA 4V28A 2VJXA 3M7SA 3OGRA 3VIKA 1AQ0A 2VVNA 2DH2A 3BAXA 3WENA 3M6DA 4JCLA 3SUWA 5JIWA 4L4PA 4HMDA 2DH3A 3WH7A 1E56A 3GYCA 4AIEA 2ZUSA 2GJXA 5ABGA 1CLXA 1JXKA 2J47A 5IFPA 4V2XA 2X0HA 4C7DA 1VB9A 2OYKA 3FN9A 1GOKA 4M29A 4YHEA 3SCUA 4D6JA 3T2QA 1TR1A 2YBTA 3THDA 4JZ5A 4XV0A 3VGBA 2WLZA 3HN3A 1J0ZA 1EOKA 2BHZA 2DT2A 3F5KA 2WHKA 3NYDA 4M24A 3OBAA 4UQBA 1HVXA 2HISA 3CGTA 4Y7EA 2OYLA 3AROA 2YLLA 1BVZA 1MW1A 5CGTA 3IAPA 1MW0A 4J3TA 3A4AA 4D6HA 3W38A 4J3XA 2VO5A 2X2YA 2AAAA 3OB8A 5CGMA 1EA9C 2C7FA 2RGMA 2W5FA 2CESA 2YA0A 4D6IA 4XZWA 1BYCA 1OWQA 1VBUA 1WP6A 2CBJA 2WCGA 1VFFA 4LGXA 4TOQA 2XVLA 3AIEA 4EAMA 1QBBA 3CUHA 3MUAA 4DUWA 2VZSA 1E70M 3BAKA 4E8DA 4HTYA 1DWGM 1RPKA 1XH1A 4MB1A 2WBGA 1W2PA 3W4RA 1E6SM 4PSPA 4CVWA 1E4MM 1K9TA 1CGTA 1CNVA 4PTMA 4CVUA 4P8VA 4TVUA 4GZEA 3QOMA 3BSGA 4AZIA 4TTUA 5AC5A 4HA3A 2Z1KA 1TA3A 1B31A 3W37A 1NH6A 1V03A 3BCFA 3GXDA 2J79A 4R27A 1JYVA 5CZKA 5CXPA 2O9RA 3AI0A 1UD3A 4UFIA 3AHZA 2YL9A 1LWHA 1BAGA 4MNMA 3VINA 2EPKX 2XVNA 4PMXA 5DFAA 4DWSB 1GUVA 2WSPA 4UQAA 5GNXA 4YPJA 4TTGA 4GO8A 2BNJA 3G6MA 2DSWA 1RP8A 2ZX9A 1TE1A 2XVPA 3QGVA 4WSKA 1MW3A 3GBDA 3HU7A 2WNWA 1FFRA 1KR0A 5D8ZA 1UH2A 5DEZA 3W6MA 4ML4A 2JE8A 3O6AA 4U2YA 4JAWA 4UQCA 3L4TA 2G3IA 1KGXA 5TD4A 4PUEA 1FH9A 1UOKA 2O92A 2CHNA 4HZ7A 3SUTA 1PIGA 5E6ZA 2WMIA 1ISVA 3F4VA 5I24A 3BSHA 1O7AA 5C70A 5HNNA 2E4TA 3L4YA 1CBGA 2A3HA 1J0HA 5A6KA 2G4FA 5CSUA 4CCCA 4AIOA 1C7SA 1PX4A 1X6NA 1NWTA 4ZEPA 2RGLA 1ESWA 3CHFA 1JZ2A 3OZOA 5BWFA 4OIFA 3VGEA 5I79A 1D3CA 3AICA 2VRQA 3UG4A 3DYMA 4ZENA 2WBKA 4AD1A 2QMJA 5M5DA 1V6XA 5CPSA 5EMYA 3AIBA 1G01A 1Q6CA 1H4PA 4UR9A 2E9MA 2WHLA 3MS8A 4OOZA 4HA1A 1H11A 1UD6A 3IANA 3T09A 2EJ1A 4LYRA 1E4NA 2BV9A 2OWCA 1E3ZA 3KZSA 1CDGA 3PZOA 4AC1X 2ZUUA 2VQUA 4M8UA 1JZ8A 1H5VA 4RE2A 5A8OA 3VD3A 1E1EA 2VZTA 4IISA 1PZ2A 3NDYA 1J0YA 3BXWA 4ACYA 2QPUA 3VO0A 4UZUA 4K68A 3MUY1 4MNJA 3MV01 4WF7A 5A6JA 1FH7A 1ZB5A 2DT3A 2WM0A 1KBBA 4YN5A 4H7VA 1VAHA 3FAWA 3L4UA 3SEPA 4ZE4A 2JEPA 2ZXDA 2YA1A 2YOCA 5D9OA 1JZ3A 2VOTA 1W3LA 1K9DA 3VIOA 5A1AA 1M53A 5I23A 1LWJA 1WAWA 3M07A 2VX5A 1E43A 1KFWA 3TA9A 4B15A 4Q22A 2CBIA 1I75A 4UFHA 2EXOA 3EDFA 1HN1A 1J0KA 2J8GA 3AIUA 1B90A 4W8AA 2D1ZA 1E40A 1RD6A 2FDMA 4KGJA 4DWSC 1AMYA 1NOUA 2JIWA 3VGFA 1E9LA 1GVIA 3GXMA 4W93A 2E9LA 2FHBA 1UR9A 3RJXA 4AZGA 3AQUA 2OLHA 1KQYA 3WQWA 1ZBVA 5A2CA 2VMFA 2D20A 1S46A 3CUJA 2DDXA 3OGVA 2NW0A 1UHVA 2Y5EA 1CPUA 4U5IA 1V0NA 3KL5A 4DWSA 1G1YA 3SCWA 2CKRA 3B8SA 3GH4A 1H0GA 1ODUA 2QF8A 1VF8A 3QOKA 3N11A 1ZU8A 1OSEA 1Q6GA 1UWTA 3T2OA 2ZX7A 1DWHM 3RILA 4H04A 4UQ9A 1HKMA 4EANA 1VBRA 1V0KA 4PMDA 1PPIA 2X05A 2X1IA 1K9FA 5DMYA 4QDMA 1HJSA 4AD5A 2J7EA 2WVTA 3ALFA 1B3YA 3SCRA 3CZ8A 3TONA 1JDDA 1WZMA 3GXIA 4WK9A 1V3KA 1KGWA 2IXUA 2WZEA 3W27A 1QI5A 4URIA 1JNDA 4WKHA 3WNLA 5KEZA 2D3LA 3VOCA 1SMDA 1BQCA 3OLIA 3SCOA 3W0KA 3VX0A 4AD3A 5A6MA 5JUVA 3ARUA 4P8UA 2FH8A 1EO7A 5A6SA 5FCZA 1XSJA 1UR2A 3APGA 4W5UA 1RP9A 4IPLA 3ARXA 3WEZA 1R7OA 2VCBA 2YL8A 4UOQA 5CQ1A 1E1FA 4MDOA 1NM9A 4EE9A 1V6UA 2CBVA 5BXTA 1NARA 1E6PA 2CEQA 3PZ9A 3J7HA 4BQ5A 2EBNA 3A47A 2DSKA 4J28A 1B0IA 1BHGA 1SFSA 2WHMA 5FKYA 1UKOA 2V5DA 1R86A 1LJYA 3PZQA 2CETA 2OSWA 4H8HA 3WDPP 5I5RA 2ZXBA 3ZJ8A 2W61A 3WEMA 1V3MA 1G9HA 3GNOA 1BGAA 2V3DA 1UD5A 3AS0A 1J01A 4CD5A 1TZ7A 3MANA 3PZTA 4GKLA 4KRUA 1M01A 4GI8A 4GXPA 3CBWA 2GDVA 2J7HA 3CZEA 1QOXA 4TVDA 1AVAA 1MXDA 3WEOA 1UA7A 3MO4A 1V08A 1NP2A 3WBEA 2D3NA 8A3HA 2W67A 1K9EA 4PMNA 4U5KA 1VIWA 4MDPA 2YKKA 1EH9A 2V5CA 1BG4A 5CLWA 1EOMA 3PBGA 4A3YA 4P7OA 3N12A 1GJUA 3WUBA 3AZTA 4CU8A 4GPNA 3MSDA 5GNYA 5LYRA 3NJ3A 4BQ4A 3WNMA 3RIKA 3BAIA 1OCQA 3ZR5A 5BROA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1L0P A;  2W63 A;  2E9B A;  4MAV A;  2ZX6 A;  4CN6 A;  1E5J A;  5HPC A;  3ARZ A;  3FND A;  4HA4 A;  5A8N A;  3SCP A;  4AIU A;  4AZH A;  1WB0 A;  2VZV A;  3WDR A;  3N1A A;  1GCY A;  1HL9 A;  2WMJ A;  2JFE X;  1G5A A;  3WH5 A;  3QHO A;  2WCS A;  4D1J A;  3FHQ A;  1SMA A;  1UYQ A;  1UWU A;  4JIE A;  4YHG A;  3T2P A;  1LL7 A;  2MAN A;  1WZK A;  1LL4 A;  2XFR A;  1WE5 A;  4MAD A;  5EBA A;  1QI0 A;  3L2M A;  4C7G A;  1XYZ A;  2VRK A;  2TAA A;  4A3H A;  3VUP A;  3ARY A;  2CKS A;  4PMU A;  2FHF A;  4OZO A;  4AWE A;  1C8X A;  1ECE A;  3MSG A;  1WDS A;  4J3S A;  5FIP A;  5BYW A;  1UWS A;  1W9B M;  2UY3 A;  1XRV A;  4PCS A;  4NI3 A;  3WKZ A;  2OSX A;  1W1P A;  1CGW A;  4JFV A;  2DQX A;  2VR5 A;  2XIB A;  1OT1 A;  4CU7 A;  1W9P A;  1E4L A;  3W25 A;  1E6N A;  4F8X A;  4RL3 A;  3CHC A;  1GOR A;  1WKY A;  4HU0 A;  2VCC A;  2VUR A;  4UTF A;  5A95 A;  3WF2 A;  4UFK A;  1CTN A;  4CKQ A;  2CYG A;  2WVV B;  1QNO A;  3QHN A;  3BCD A;  3K8M A;  1V3I A;  3ARV A;  3WQ8 A;  1BYB A;  2EQD A;  4W5Z A;  5I2U A;  1CXK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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