1P0K | Genus

Total Genus 105

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	329
structure length	306
Chain Sequence	RETGLDDITFVHVSLPDLALEQVDISTKIGELSSSSPIFINAMTGGGGKLTYEINKSLARAASQAGIPLAVGSQMSALKDPSERLSYEIVRKENPNGLIFANLGSEATAAQAKEAVEMIGANALQIHLNVIQEIFSGALKRIEQICSRVSVPVIVKEVGFGMSKASAGKLYEAGAAAVDIGGRQISFFNSWGISTAASLAEIRSEFPASTMIASGGLQDALDVAKAIALGASCTGMAGHFLKALTDSGEEGLLEEIQLILEELKLIMTVLGARTIADLQKAPLVIKGETHHWLTERGVNTSSYSVR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
publication title	Crystal Structure of the Type II Isopentenyl Diphosphate:Dimethylallyl Diphosphate Isomerase from Bacillus subtilis pubmed doi rcsb
source organism	Bacillus subtilis
total genus	105
structure length	306
sequence length	329
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date	2003-04-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1p0kA00

4LVDA 2VELA 1BEUA 3QC3A 4M5PA 3KAOA 4NJHA 4FXSA 5HR6A 1DBTA 2VFIA 5KMYA 3C61A 4E2DA 1Z41A 1OFOA 1VR6A 2VFGA 3NPUA 4UFHA 4WY0A 2G96A 4HNNA 4B5NA 1F5ZA 3CQ0A 2BXVA 5BW6A 4OQVA 4OGZA 2AQWA 4P2VA 2CLOA 1RQHA 3NG3A 5D2XA 1G4EA 2Y7DA 1W5OA 4MYAA 4RJEA 3HF3A 1GVQA 4FF7A 4O15A 5F2LA 3PSWA 4JTGA 1KM6A 1SZNA 5C5YA 5HR7A 4O10A 2I14A 3QW4B 4MZYA 3S5YA 1R2RA 3RK8A 4IMEA 4UIOA 5AN7A 1FCQA 2NXHA 3STFA 2J9ZA 3N14A 4FNRA 1SR9A 1OJXA 1ZAIA 3C52A 3TAKA 3TFXA 4AWUA 4DBDA 3Q37A 2NUYA 3UY8A 1I4NA 3MJYA 3WJSA 1XFBA 2Q8ZA 3W1UA 2J88A 3W83A 2NX3A 4KWWA 4JTSA 4MY9A 3EWUA 1G6CA 4ZVJA 2YYTA 5DCEA 2VFFA 4O1CA 3UXDA 3TSDA 3L0KA 1OFBA 4N02A 3F4NA 2C6QA 4KFOA 5KZDA 2P0OA 4DO5A 4Y6GA 3O6YX 4ZQOA 2RDTA 1JRCA 4JX4A 1VYRA 4O12A 4RX0A 1KFKA 4K38A 1ONRA 4E38A 2H3BA 4UFIA 1WOBA 2TPSA 1PS9A 3LDVA 3P8IA 3TCEA 1PCWA 3W7OA 3LTYA 2YGYA 3P80A 5CKSA 3IVSA 1P0KA 3W76A 2A7NA 2FLIA 3T78A 3R2GA 4NT0A 4PH6A 4ZQNA 3M44A 7TIMA 5AB3A 1UB3A 4O50A 6ALDA 3KRZA 1VHCA 3P7YA 1RZMA 4NJGA 2WNQA 3NXFA 2EAWA 2CLEA 5T26A 1B9BA 5HWMA 2PCQA 3O05A 2B4GA 4LS0A 3ATYA 4GC4A 1OX5A 3W7PA 3THQA 2J9XA 3STCA 1K7XA 3GDMA 4OU1A 1SO4A 4M7SA 2KZHA 4UR7A 1TB3A 1P0NA 4I7VA 3TIMA 1HUVA 1LBMA 1LZOA 4UTLA 3G1FA 1H5YA 3C2VA 5D05A 5FF7A 2C19A 1UBSA 3RLVA 1LLZA 1W0MA 2E6YA 2X1UA 3W2JA 1TPB1 3I7SA 1ZALA 4IOTA 1W5QA 4YMZA 4I7WA 4UMAA 3Q58A 4MYXA 3W22A 3PS7A 3UQNA 1QNVA 3L0NA 2BLEA 2RDWA 5DELA 2XN0A 3KX6A 5D2VA 1B3OA 5EA9A 3S8HA 1GG1A 3W71A 3CU2A 1OX6A 3TXVA 3NQ2A 5D38A 1R46A 3F4WA 4QAIA 4HPJA 1H63A 2NWSA 1K03A 3A5VA 3TQKA 1ADOA 1YLVA 3W07A 2A5HA 4MFDA 3LCWA 1PHWA 3FOKA 3KVLA 1KTCA 3ZWTA 1H51A 2VEKA 3FYOA 1OYCA 3TFCA 2PE4A 3TSMA 2NWRA 1V5XA 2F7FA 3MMTA 3BVJA 3C0JA 5LNWA 1NF0A 4H6KA 5AC8A 1KM2A 5D2TA 1LRNA 5F2GA 2RKXA 1OX4A 5EY5A 3TW6A 1QOQA 3W2MA 3WK1A 2CU0A 4UNLA 2ZA1A 3DZ1A 2H8XA 1SZGA 3CEUA 1FDYA 4QISA 4GNJA 1MEHA 2BSLA 1YDVA 1YPIA 4A2SA 3LCIA 3TMQA 1OFAA 1DQWA 1F7BA 1LCOA 4RZ5A 2QEZA 2Y88A 3LLFA 3QSTA 4X3ZA 3LTPA 2TYSA 3B0PA 1JCMP 3DFNA 3HJZA 1OYAA 3EWXA 3LCGA 5G2WA 1ML1A 1DJQA 5LHEA 1SQ7A 4MJMA 5LNVA 3DENA 1B57A 1ZAJA 1MEIA 3P60A 1FDJA 3B4UA 3W1XA 2Z0IA 5HMSA 5I3GA 3B0UX 1YTEA 4JICA 2GVJA 3TW7A 4CQ8A 4NNCA 2ZRVA 3B0VC 1JUKA 5DBUA 4QQ3A 2QDGA 1J2WA 3LCFA 4BFAA 2QJHA 1WDWA 3GDTA 3CLMA 4JYEA 3G1VA 1VLWA 1G4PA 1ZY9A 2NV2A 5G1TA 5EL1A 3W1MA 2TSYA 4CLMA 1PL9A 1TTIA 4IPJA 1SFJA 4AHOA 2QCDA 1GVRA 1WBJA 1XDLA 3W86A 2GQ8A 2V2CA 2ZZ4A 3PC0A 5BMXA 2V81A 3G18A 3UWQA 5FF2A 4HSNA 3NQ6A 2QKFA 3TROA 1PCKA 4M6VA 3G0SA 5E1QA 3T55A 1FCVA 4LUJA 3VE7A 2ZZ2A 2GUUA 1GPWA 3BGJA 3L21A 3LB0A 1YXCA 1TO3A 4JN6A 4DF0A 1QPNA 3GKFA 1AW2A 2E6AA 5KITA 4TIMA 3DHDA 2ZQ0A 3PSVA 3W70A 1O5XA 1EA0A 1D3HA 1HO4A 2NV1A 1QOPA 1P4CA 4IMDA 1DL3A 1ME7A 3LCHA 4UXDA 2ZA2A 4MLJA 1OYBA 2FPVA 5AYXA 1H60A 4JYFA 4O57A 4MKNA 3HQ1A 1EWEA 3W2LA 1K7EA 1H50A 1KLYA 5E93A 2ISVA 2XN1A 3SR7A 5D32A 1H7XA 4O52A 3W9ZA 3PF3A 4NX0A 3OA3A 2YR1A 1FX6A 5EMUA 3FS2A 1QPQA 4K6AA 1GJPA 4O11A 1YXDA 4OE7A 5BNKA 3EX3A 4LC8A 1X8FA 4JNMA 5FF4A 2GVLA 1JUEA 2P1FA 2PRMA 1VHNA 4FB7A 3NYZA 4L4LA 3PAJA 2QAFA 2GPTA 1Q3NA 4FNUA 3PR2A 1AMKA 1KM3A 4NNBA 4O4VA 3P74A 4CNNA 4N9BA 3W85A 1MO0A 3TJXA 2VKZG 1L6YA 5LGXA 5LNSA 5I3KA 4JTTA 2YFNA 3R13A 1YYAA 5E0KA 2CLFA 4LVGA 3B8DA 4K36A 3O63A 1NFBA 4N6FA 3OIXA 2AGKA 5K3VA 4GBUA 2X1SA 1U83A 3ABOA 3HGRA 4K8EA 5HWJA 3NQ8A 1G4TA 4UNKA 1OG0A 1SW7A 3LBMA 3QMRA 5BMWA 1JRBA 5J5RA 2FJKA 3E9AA 3ZS4A 4RCXA 1KV5A 3PBVA 4ZQRA 3F03K 4E2BA 3W75A 2NX9A 3DFTA 2WSQA 2C13A 1VCVA 3ABRA 3BO9A 3EKZA 2CZ5A 4LVFA 3QMTA 4O14A 3VI2A 1YPFA 1TTQA 1TRDA 3WK0A 1X7FA 1CW2A 4JR5A 4O19A 3CWOX 4JGDA 3ABSA 1KFEA 1KTNA 4QJ1A 1DORA 2ZRXA 4Y8FA 2NLIA 1LP6A 3C4UA 3NM3A 1TQXA 1N55A 1ALDA 3IV3A 3HB9A 2BWGA 1HO1A 1X1OA 2W0UA 4AEOA 3SSJA 2Y7EA 3EX2A 1TQJA 1I2PA 1TMHA 5F4SA 4IXHA 2J27A 2VFEA 2WO5A 1A5SA 3L5MA 5IBXA 4O1DA 3IEBA 1XL9A 1TTPA 3USBA 1P1XA 3NPVA 3W1RA 4EF9A 4O1AA 1T8XA 1XBVA 4DF2A 4KKXA 2GQAA 4MZ1A 3MBDA 1VZWA 4PL1A 2FFCA 2LLEA 3WJYA 3NQMA 4NJJA 4BF9A 2TRSA 3MWAA 3LHVA 5AHMA 2HS8A 4Z1CA 3UWVA 3OVPA 1WV2A 2CZDA 3GK0A 1YADA 2WJZA 3W1NA 5SWUA 1JCYA 1I2NA 4XKYB 4AHQA 1S5WA 4LTSA 2DP3A 1D9EA 2B7OA 4JS3A 3G1YA 4XBSA 1R47A 3QMSA 3TE9A 1TYGA 2V5LA 1LOSA 4PC8A 2BZNA 3T40A 4YCPA 1VYPX 1FWTA 3KXQA 2VEMA 4PA8A 2ZFAA 3IIVA 1I45A 3EWBX 4WJEA 2CLLA 1UCWA 1KFBA 4AVFA 1TPVA 2YPIA 1YDNA 2Q3OA 2ZTJA 3PG8A 4MPQA 1LOQA 4YL2A 1UJPA 3W3OA 3DXIA 1EWDA 5F4WA 4NZFA 5LKYA 4LUIA 1B4KA 3P5YA 4XTIA 1KBJA 1W3NA 3ZFHA 5L9FA 1OK6A 3S5NA 4FX7A 2YW3A 2WOQA 1ICPA 4UTTA 1KM5A 2V5BA 2C18A 2F84A 3QJAA 3RFAA 1GG0A 2JK2A 3KHJA 5FF3A 1FUYA 4QM1A 1EB3A 4EIVA 3M5VA 1TSIA 5D03A 3BW2A 5FEWA 4X22A 2ZRYA 4N4QA 4QIUA 2WSYA 1OF8A 1OFRA 3NQFA 4A22A 1H7OA 1YTKA 2FIQA 2ZRZA 1O95A 3S5OA 3VE9A 2XFWA 1HTIA 2WKJA 5IBXC 3BW4A 1S5VA 3SZ8A 2FTPA 3QPYA 5HQEA 3TKFA 2HS6A 5G1YA 5CZ0A 5CZJA 1NEYA 5AC7A 4I7UA 3C56A 4ML9A 5L6UA 3SFKA 1EUAA 2FQIA 4QSHA 2EGZA 2HMCA 4LT9A 1EEPA 2DZSA 1B4EA 3MHGA 4X9SA 1KFCA 1FDZA 3NQEA 3M41A 1HFBA 5AHIA 3FLUA 3DBPA 3W74A 1QO5A 3YPIA 1VPXA 3LLDA 3GVGA 1CX9A 2QCCA 3TC7A 1MSSA 1AL8A 5LNUA 1P5BA 2ZRUA 3UZJA 2NX1A 3S1VA 2H3DA 4DO6A 3FJLA 2RFGA 4O0ZA 1DKWA 4JIQA 3BLEA 4S2CA 3LTSA 4KFPA 3UNDA 1TRIA 2IQTA 2Y7GA 3W1PA 1BWKA 3W7LA 3LHZA 1XI3A 3KVJA 1FWSA 5H2ZA 5EPDA 2EKCA 3CHVA 3BV4A 4A3UA 3DKJA 3E96A 3UXAA 1DOSA 4HKPA 5C55A 3LXCA 3NA8A 2VENA 3TQ0A 3ZWSA 2I1OA 4AWTA 3IGXA 5D02A 4UTTC 2E68A 3WJZA 3C2OA 3OVQA 1KTBA 2C16A 2RDUA 3HPSA 5BRBA 4Z1AA 1ZAHA 3BW3A 4IJBA 2WSRA 3NAVA 2A21A 3MBFA 2Y63A 3H53A 4IMFA 3TSBA 3LHWA 2Q8LA 1A53A 5U7SA 2B7QA 1SSDA 1M5WA 3QEZA 4IMGA 2DZTA 3RMJA 1TPEA 2X1TA 3WFAA 4LVBA 3GKAA 3E49A 3TNOA 2CZFA 2DZVA 4ICNA 2G5WA 2X30A 1JR1A 4FEZA 3MI3A 3TH6A 4YLWA 4P61A 4KFNA 3QFEA 3WK3A 2ZA3A 5K9XA 4O54A 2V2DA 4UC5A 3IIOA 1JQVA 2OCZA 5DN1A 2Y6ZA 1KM4A 1K02A 5AHFA 4TR9A 3R8RA 1G7VA 3N34A 3STEA 3DKLA 1DVJA 3TV8A 3LM7A 1VQTA 1H1YA 3SY5A 3M43A 3NPWA 5DBTA 3HPXA 2WNNA 3MP4A 5FEZA 2C3ZA 1GVFA 1WXJA 2GJLA 4BI5A 4Q33A 4D2JA 3W73A 3G1HA 3NGJA 3DGRA 3NVTA 4R53A 1W3IA 3PG9A 2A6NA 2WNZA 3PBYA 1GWJA 3LGEA 3M5ZA 5D2WA 4LOCA 1SSGA 1OFDA 1LRTA 2WV8A 5F4XA 5D37A 5LHFA 4RZ4A 3NQ7A 5I3FA 4DBEA 4M6PA 3HOJA 3W7HA 3DH7A 1F73A 3DI0A 5DXXA 2CFFA 3CC1A 1JCJA 5HNRA 2ZBTA 2QR6A 5TBOA 4A21A 3JS3A 1EP1A 3Q2DA 1F6KA 4JTFA 4UMBA 3O1NA 4UR8A 4GE8A 4WX2A 4OT7A 4QITA 1FXPA 3NNTA 1FCUA 3RNDA 1Q6RA 3LRKA 3UZ5A 1GTHA 3I7RA 3EX1A 4UTIA 2OT0A 1EP3A 4H4IA 4K7VA 3GB6A 5CGQA 3G3DA 4BR1A 3EWWA 4MIMA 3FA5A 3NOEA 5F1UA 1Q6OA 5TIMA 1OABA 3VNDA 2TMDA 1TCDA 1K3UA 1DQXA 4WY0B 1LTDA 4GRSA 1SW0A 3KFTA 3PBWA 5DLCA 1I2QA 1TPDA 1Z48A 1GZGA 4MFEA 3K30A 1SFLA 2FB2A 4JYDA 5HWNA 4PCFA 2Z6JA 2JGQA 4S2BA 2A85A 2QJGA 1XBZA 1VJIA 1A5BA 2E5CA 2X2GA 1SPQA 3W1LA 4MZ8A 1IXNA 2C0AA 2Y7FA 3C8FA 3GAYA 1K7FA 5LZLA 4XKYA 4HNUA 5BOOA 3AJXA 2WPBA 3MO7A 2JBMA 4LW7A 1Z44A 3LCLA 3M5XA 2VFDA 2V9DA 3W72A 4JDBA 5CPNA 4LS2A 3GNDA 5CPMA 5F1VA 3SI9A 3NQDA 1W31A 3NL6A 5C2XA 3PM6A 3TK7A 5KINA 2G95A 3QQ0A 4TU1A 3ATZA 1TREA 1GYLA 2YCEA 3O16A 2EPHA 1ZJIA 4NXSA 3G1AA 4M19A 2ZZ7A 4MOZA 2VOMA 1NSJA 3NDOA 3BPWA 4PL2A 2V30A 1AW5A 1DJNA 1WA3A 2FPTA 4A2RA 1UUMA 3L65A 5K9DA 2HTMA 4O4WA 1IIGA 2ALDA 2FPYA 5TQLA 5J5DA 3S1UA 2VC6A 4EOUA 4HNVA 2Y62A 4GWEA 1WYIA 4EWND 3N2XA 4UCGA 4HN4A 5C54A 3ZR4A 1GEQA 3P5ZA 4M7TA 4R33A 3NZRA 4TO8A 5K9CA 4JXCA 1PE1A 1A5AA 1XBYA 3W7EA 1KFLA 3TDFA 3HIJA 2W79A 2ZRWA 4UTWA 1RD5A 4YCOA 2CLHA 3W88A 3DAQA 5H91A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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