1P0K | Genus

Total Genus 105

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	329
structure length	306
Chain Sequence	RETGLDDITFVHVSLPDLALEQVDISTKIGELSSSSPIFINAMTGGGGKLTYEINKSLARAASQAGIPLAVGSQMSALKDPSERLSYEIVRKENPNGLIFANLGSEATAAQAKEAVEMIGANALQIHLNVIQEIFSGALKRIEQICSRVSVPVIVKEVGFGMSKASAGKLYEAGAAAVDIGGRQISFFNSWGISTAASLAEIRSEFPASTMIASGGLQDALDVAKAIALGASCTGMAGHFLKALTDSGEEGLLEEIQLILEELKLIMTVLGARTIADLQKAPLVIKGETHHWLTERGVNTSSYSVR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Bacillus subtilis
publication title	Crystal Structure of the Type II Isopentenyl Diphosphate:Dimethylallyl Diphosphate Isomerase from Bacillus subtilis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
total genus	105
structure length	306
sequence length	329
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date	2003-04-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1p0kA00

2QJHA 3O6YX 2CLMA 4Z0SA 4JTGA 1IXOA 2Y88A 4JX5A 4NVTA 3S1WA 1ME9A 4MY1A 4MZYA 1AW1A 3ZR4A 2G96A 3CLMA 3N14A 3NQ6A 4PL1A 5CSSA 2VFHA 4EWND 4O1AA 3O63A 5SWUA 1R47A 1TRIA 5G4WA 5HWNA 3KVJA 1VJIA 1C29A 5HINA 2ZZ5A 4O15A 3CEPA 5L6UA 1K8XA 3CTLA 3ANYA 4UNKA 1DHPA 2ZRUA 1I8JA 3B8DA 2FLIA 2QCGA 3DFOA 2DZWA 3HPZA 3C52A 3CT7A 3UWWA 3CM4A 1I2OA 4KFNA 1AL8A 2EHHA 3E9AA 3NXFA 4CCDA 2V81A 3W1QA 4ORMA 4PEKA 4L4LA 1OK6A 3KRUA 1LRTA 4XBKA 3UYCA 2NX1A 1OFAA 5LNVA 5I3IA 1JVNA 2E09A 4DELA 4O50A 3RNDA 2VFIA 1U83A 3TCEA 4UTHA 3GLCA 1G7UA 4JY8A 2QCMA 1H62A 2C0AA 1VH7A 5F4SA 3TQKA 3JRKA 3B06A 2NLIA 3BPWA 3TU9A 1IXPA 2QAFA 3FKKA 1EX5A 1U5JA 2JKEA 3TUUA 1TREA 1SO3A 2R14A 3CEUA 4DPQA 2R8WA 3NQFA 5EL1A 4WXZA 1WQ5A 3NL5A 1QPRA 2X1UA 4DPPA 3KVMA 2VOMA 4UC5A 5LZLA 2E68A 4EIVA 2CLFA 1XM3A 1DQXA 3G1FA 3G1SA 1KTNA 1O94A 5CZJA 2B4GA 2YSWA 4IMFA 5CSRA 1IGSA 4JYEA 1OABA 4UTMA 3BLEA 4MZ1A 3N73A 3EXSA 3GDKA 3TXZA 3NQMA 3OVRA 1JCLA 3IV3A 1Y0EA 4R7JA 4PH6A 4QIUA 1GVOA 2VXNA 2YPIA 1KM3A 1WDWA 4Y9AA 4TR9A 1SO4A 3OHIA 2DORA 3UD6A 5KZMA 1LYXA 4LNYA 2A4AA 4UFJA 2QKFA 5CZSA 1GT8A 2J24A 1M5WA 4HSOA 3HBLA 4LS0A 1A53A 1FCVA 2ZBTA 4JICA 2C15A 2WJZA 4HN4A 4RLIA 3W76A 5EBUA 3W2KA 5FEPA 3P8JA 2ABAA 3N19B 3P67A 4QM1A 1A5SA 3UWUA 3M5XA 1Z41A 1W37A 4LVBA 2J9ZA 3DFPA 2CLKA 5CZTA 1DQWA 2ZZ2A 4YCPA 4JTUA 1EEPA 3L0KA 3CWOX 3G1XA 1RD5A 3L66A 2WQPA 4JDYA 4XBSA 1SQ7A 4HIBA 4B5NA 1YDVA 1JQVA 3DENA 4GXMA 5BRBA 3DH7A 4LOCA 1QPOA 3NQ7A 3TIMA 3A24A 1GPWA 2FPYA 2Y63A 1P4CA 1FXQA 1H50A 3NZRA 4HPXA 3LHTA 3EB2A 3MW7A 1QCWA 3FKRA 1OVDA 4Z1CA 3NR0A 1ICSA 4A29A 3IVTA 3TQ0A 3G1AA 3L21A 3CB8A 4K38A 3E49A 4D2JA 1YYAA 3HG4A 3IIPA 5DLCA 3IGUA 3HF3A 2ZZ1A 1MEHA 3HG2A 1TV8A 3Q58A 3DFNA 1J5TA 1FWRA 4LU0A 4R53A 1KW1A 3QC3A 1LRNA 4JR5A 3TMQA 3GX9A 4M6VA 4NQ1A 3GDTA 3IGSA 5EMUA 3P80A 5D02A 1I2QA 2GOUA 1GYLA 3WK3A 4IUOA 4RR4A 4Q33A 5D32A 4ZQRA 4R33A 5AB3A 3SI9A 5EKYA 2V2CA 3B0PA 3LM7A 4DO5A 3U8GA 1JQXA 1F7BA 4HT3A 2ZA1A 2ZRWA 4JNMA 3PWAA 2QCCA 4IMGA 1QPQA 1F5ZA 1Z48A 1IF2A 1H7PA 3G1VA 3UXDA 3NVTA 4FXRA 2QCDB 4E2BA 3W2UA 3MP4A 4YWIA 1VCVA 5D09A 2C3ZA 2J9YA 3M44A 1VYRA 3R5EA 3W7DA 3A5FA 3NNTA 3ELFA 1D3GA 4Y6GA 1XDMA 2A85A 3GNDA 3H55A 4CLMA 3ZWSA 2B7QA 2Z6JA 3NO5A 4WY0F 4YXGA 2VEMA 3CIWA 1LOLA 4O8RA 1W5MA 3NQEA 2E77A 4IMCA 3DHDA 5DBTA 4K6AA 3VFLA 3Q37A 3LCLA 4WY0A 2ZTJA 3C8FA 3W74A 1EUAA 3W9ZA 3W7EA 5AN7A 1O95A 4JTSA 4UMCA 3BG9A 4MLRA 2FB2A 2R94A 4YMZA 4KWVA 1KA9F 1I45A 1GTHA 3LHZA 1ML1A 3YPIA 5DBUA 2WSYA 1OF6A 1WYIA 1AMKA 3N3MA 3G3DA 1QO5A 4AMAA 2A7PA 2ZZ3A 3KRZA 4WX2A 1R2RA 3LLDA 3T40A 2GUUA 3DI0A 4AHOA 1Q6QA 4LVAA 2LLEA 3S8HA 1H7XA 3CC1A 1H1ZA 3EXTA 3KRSA 2CLLA 4ZQMA 4OE7A 1GVQA 4WOQA 4ORIA 3W73A 2C14A 1PL9A 3BARA 3LHYA 5AYZA 1SSDA 3W1LA 4FNSA 2VFFA 4LT9A 5CG7A 3W2LA 4JTLA 3TDFA 1MSSA 5C55A 1LBLA 3TSDA 4ZQOA 1VLIA 1R2SA 4Q4KA 2ZTKA 3PG8A 4HNNA 3KX6A 2P10A 5BNKA 1VLWA 3O07A 3B03A 4S1FA 1BTMA 4UFIA 3GYEA 5D2TA 3OG3A 1ZFJA 2JGYA 1XBYA 3HO8A 1KFBA 1V5XA 1KFJA 3UPWA 2VEIA 5G1TA 1YTDA 4A2RA 1P0KA 1TPB1 4M5PA 5F1UA 1HTIA 3P5YA 3W7RA 5F2IA 5IM51 1RZMA 3F03K 4IWWA 3P62A 1FCUA 1ZJIA 1G69A 1KBJA 1W54A 5MHBA 3W7OA 4JIQA 4K36A 3DGRA 3WFAA 3I7QA 3P60A 5FEXA 2E6DA 3NM3A 1GQNA 5HWMA 5KITA 1M6JA 3W3OA 2GQ9A 4CNOA 1VRDA 1DVJA 3O05A 1JCXA 1SZEA 4LRTA 2OCZA 3NPXA 2W0UA 3BGGA 3K30A 1Z44A 1K8ZA 2YDAA 3W7CA 5CPNA 3TE9A 3B0VC 2E5BA 1VR6A 4EF9A 1W5PA 2Q8LA 2OZ0A 2V30A 3PSWA 1OF8A 5AFDA 2OT0A 2RHGA 5AHMA 2Z2UA 2BTMA 5CPLA 2CLHA 1X8FA 5G2WA 2CLEA 3L68A 4CCCA 5EA9A 3SSJA 4FF7A 4XZ9A 3TFCA 3LX9A 5DELA 4IGHA 4LV4A 1LBFA 5KTLA 2VFGA 3WJYA 3M41A 1QAPA 1W5OA 3LDVA 3DI1A 3L0NA 3H54A 1W3TA 4WJEA 4MUZA 4MY9A 3LHWA 1R46A 1KV8A 1V7YA 1OK4A 1VZWA 3P82A 3W7IA 5ABTA 5C5YA 3QJAA 3TW7A 2QUVA 4O11A 3DFSA 3TC7A 3THQA 1KM5A 1NSJA 1RV8A 3EWXA 3QF0A 2YZRA 4OBTA 3BGJA 3CPRA 5AHFA 1A50A 1YLVA 3W85A 1XUZA 1ICQA 2H8XA 1D3HA 3O6CA 3UPBA 4Z0JA 1YXDA 1R2TA 5FESA 4GUIA 2H8ZA 3PBYA 2CLIA 1S5VA 2RDUA 3EWUA 2ABBA 4POCA 3V1PA 1G4PA 1W0MA 3PM6A 4FIRA 4QSHA 1L6SA 3V75A 4AHQA 1SO6A 4WUIA 1IXQA 2PE4A 4RCXA 5DN1A 3C2VA 3F1QA 3G1YA 4TMBA 4UR8A 3BLIA 4JTEA 4LC6A 1T96A 2GQAA 1QPNA 4TU1A 1XL9A 2QR6A 1XBXA 1F05A 3NPWA 3WK1A 1FCBA 2YYTA 3UY7A 3SW6A 1WV2A 3MMTA 2EGZA 5LNUA 1YDNA 4O4WA 4MY8A 5U4NA 3QW4B 2HTMA 3LTYA 3LTPA 1OFQA 4M6QA 4BR1A 1ZENA 3NL3A 4N9EA 4M19A 3GKAA 1TYGA 3BG5A 3TJLA 1XBZA 2GVJA 1O5XA 3NOEA 3PAJA 2C6QA 1EWDA 4BK9A 1JR1A 2OT1A 1FY6A 1KM2A 2P1FA 2VC6A 3SR7A 1K7FA 2A2IA 3KVLA 3G22A 4AF0B 5HJLA 3W2JA 4UFHA 3IIOA 4G1KA 1FWWA 1G4SA 5D05A 1LBMA 1PVNA 1K03A 3O06A 3B05A 4IX2A 2ZA2A 2KZHA 4HHPA 3C2OA 1SR9A 3UWQA 1OYCA 3FS2A 3C61A 4GNJA 4O1BA 3QSTA 1O5KA 3NYZA 3QFEA 3T78A 5K4ZA 2PURA 1L2UA 3L5LA 3WJWA 3JR2A 5KZEA 3TKFA 5HQEA 1YXCA 5KSWA 3E96A 3EX3A 4ADTA 3DXIA 3F4NA 1E51A 4Z1DA 1F6KA 3MI3A 5IBXA 1PE1A 2A1YA 4MKNA 5D2VA 4U28A 1BEUA 1VHCA 2V8ZA 3W7NA 3U2OA 4X9SA 4DO6A 4O12A 1NVMA 4O52A 3BO9A 5F4WA 1F76A 5DCBA 1FBAA 5DCDA 3EWBX 4O19A 3W87A 1H63A 3NEVA 4RKAA 2C16A 3STEA 3NGJA 1AW2A 2V0TA 2H3DA 4LRSA 4O14A 2VEPA 2JK2A 1KFLA 5FF2A 5K3VA 3JS3A 1EWEA 4UMBA 3T44A 3STGA 1SU5A 4MIMA 1EP3A 4UTWA 1H60A 5HWJA 3P8IA 3NQGA 2W79A 5U7SA 1XI3A 4NXSA 3KVKA 3NQVA 5I3KA 1LM1A 2EKCA 2VEKA 3H53A 4O1CA 3S6DA 1RQHA 3HGJA 2J27A 3W1UA 1OX4A 2A7RA 4ZQNA 1W3IA 4W9TA 3S1UA 2A5HA 5LGZA 1YADA 3HGOA 3CIXA 1OFBA 3S5OA 2C1HA 1FXPA 1RQEA 5FF0A 4FNQA 3FYOA 3NDOA 4GWEA 1K3UA 1YPFA 4MVAA 3MHFA 3LCXA 1YPIA 1SFJA 2PC4A 3MP5A 1AK5A 1ZCOA 4BWLA 4O53A 3IIXA 1FQ0A 4WQ6A 3ABRA 1VS1A 3QZEA 2WSQA 4FEZA 4IOTA 2ATSA 3FJ6A 1S5WA 3UNDA 1VYSX 2PCQA 1GG1A 4A21A 2HSAA 3L2IA 5E1QA 3U6WA 3TJXA 4UUIA 2AQWA 3LXAA 1WAUA 4OWGA 1GG0A 3QM3A 2WNZA 3KFTA 2E6FA 3W6YA 3M16A 4Y90A 3RLUA 1NF7A 3QMSA 1TV5A 1QOQA 3OVQA 5CZ0A 3FJLA 3HMJG 1W5NA 5I3JA 3W2MA 4DXVA 1L9WA 1B4KA 1T99A 2PRHA 4FNRA 2EPHA 2GJLA 5J5DA 3QQ1A 3A22A 3IIVA 3W23A 3MJYA 2D73A 3WJSA 1G7VA 3C2EA 1KV5A 5TBOA 4KKXA 4X2RA 4MFEA 1TPFA 4CNNA 1XDLA 1Q6LA 4DF1A 1TRDA 3W1XA 3C6CA 2ATMA 3PVFA 2RH9A 1JUEA 2Z1BA 3EEGA 5FF7A 3L65A 1ZAHA 1LTDA 1EP2A 1XCFA 4AVFA 2J88A 6ALDA 2W6RA 4JDBA 4IXHA 5AC6A 4N6FA 5BW6A 2F7FA 2GPTA 5F2LA 1NEYA 3W70A 1TIMA 4X3ZA 2YR1A 1QWGA 3ABSA 4BWLC 2C13A 4MPQA 4O17A 4JTFA 4NNCA 4EOUA 4GJ1A 5FEZA 5G4EA 1JCYA 4OHQA 3G24A 2QF7A 3Q94A 3MI6A 2WNNA 2WOQA 3MI2A 5BMXA 4FB7A 4RZ4A 3M1ZA 2QDGA 3UQNA 1A5AA 5J5RA 1G6CA 4JTJA 5AC8A 1EA0A 3S5ZA 3EX6A 1G4EA 3GVGA 1OFEA 5K9XA 4IXXA 2AGKA 3FYPA 2H90A 2V82A 3O16A 1UASA 2OMAA 3C2FA 4GC4A 3SECA 4IQLA 2QJGA 2JKAA 2QCNA 3TMLA 2GJNA 1DORA 5AOUA 4O16A 1UCWA 2DJXA 2UV8G 3W72A 2Z0IA 3RF9A 5C6MA 1JUKA 4PCFA 4DBEA 2IQTA 1G67A 3GXTA 3GXPA 1AW5A 3GR8A 3NQCA 4E38A 3MO7A 5CGQA 5HR6A 1Q3NA 1X1ZA 3NG3A 1DJQA 2F84A 3W7GA 5CKSA 4RV8A 4P61A 1LP6A 2QCDA 5HULA 4N2YA 5LNSA 4N9DA 2E6AA 3QMRA 4OQVA 3NPVA 2Q3RA 4DO4A 1CX9A 5G2HA 3LXBA 4MYXA 1C9DA 1TTQA 1ADOA 5EYWA 1WBHA 4H6KA 4CQ9A 1I4NA 3SGZA 3W1PA 3EWZA 5LHFA 1XBVA 4RXFA 1JUBA 1AG1O 2BSLA 4A3UA 4Z08A 2QDHA 2EF9A 2JBMA 3GNNA 4HKPA 2HS6A 2FDSA 1F6PA 3GIYA 3S42A 2QUUA 3N34A 4OV4A 4WY0B 3EX1A 1R30A 1H7RA 3TROA 3FIGA 4FXSA 3W22A 3D0CA 4E2DA 4MOZA 3ATZA 2NXIA 2ZZ7A 1NFBA 1KFKA 1Q6OA 2FJKA 1TPH1 3T4CA 4E0CA 4LUIA 4NJIA 1SUXA 4K8HA 3P5ZA 4O54A 2Y85A 4IMEA 1DOSA 3TK7A 2O7SA 3I65A 4UTIA 3G18A 5K2ZA 3W1RA 3QPYA 4AH7A 2VFDA 5LSMA 1OJXA 1H1YA 3I7RA 4UXDA 3A9IA 1ME8A 3LOTA 3N9RA 4UFMA 5DXYA 4IX0A 4ZZ9A 3I68A 3GB6A 2CFFA 4AHPA 3QMTA 1FWTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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