4UC5 | Genus

Total Genus 127

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	127
sequence length	346
structure length	346
Chain Sequence	HYPTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Neisseria meningitidis
publication title	Calculated Pka Variations Expose Dynamic Allosteric Communication Networks. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
total genus	127
structure length	346
sequence length	346
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2014-12-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4uc5A00

4IMDA 4O17A 3NL6A 4BWLA 4PL1A 1M5WA 4LY8A 2JBMA 3DHDA 5F4SA 3IIPA 3AO0A 5IM51 4LV9A 4DXVA 1IF2A 1XDMA 3W7NA 1H7NA 4Z1AA 4IMCA 3NQAA 4MFDA 1KTNA 3U6WA 1SW3A 5K2ZA 4EWND 1OF6A 5FI8A 2A5HA 3STFA 1KLYA 1XI3A 4LUIA 3GVGA 3B8DA 5LNWA 5KMYA 1V7YA 1GVFA 2CU0A 5FF2A 3EWZA 1TTJA 2BWGA 4UFHA 2GVLA 3W1AA 5DN1A 5D2TA 1HO1A 2Z2UA 3LERA 1I2OA 3MP3A 2A2IA 2W79A 3W07A 1O95A 1DQWA 2J9ZA 5HR6A 3LCWA 1W5MA 1YPFA 1TYGA 2H3DA 4ADSA 1TSIA 3CC1A 2CLMA 3IVUA 2EHHA 2G95A 4D2JA 2J27A 3S6DA 1KFEA 3M1ZA 1Z41A 4IGHA 3O16A 3N14A 4K39A 4DBDA 1EIXA 3PS7A 1H7RA 4XZ9A 4WY0F 3BW2A 3RLVA 2QCFA 3LBCA 3MHFA 1LP6A 1XC4A 3NPUA 1PE1A 2P10A 4NJHA 3NZRA 2OZ0A 4FHAA 1IGSA 2PRMA 2CZ5A 2EF9A 4TR9A 3PM6A 3LTYA 1Q6QA 1XUZA 5HQEA 4X2RA 2FPYA 4GUGA 1GG1A 3GAYA 3C61A 3IVSA 3B0VC 4JTGA 4NJJA 3TDFA 4YLWA 3GYEA 2ZZ3A 2A1YA 2RDWA 4FNSA 1TV5A 5BRBA 4Q32A 3S5NA 4JY9A 3B05A 2QCEA 1IXPA 4GBUA 1VYRA 4TIMA 5BOOA 4A3UA 4NZJA 5J5DA 2RDUA 2QCGA 4O0ZA 3UZ5A 4UTTC 3LRKA 4NNBA 2YFOA 3W2MA 1W0MA 3SIZA 3PY2A 4JTIA 1L2UA 1IIGA 1OJXA 4JYEA 3EX3A 4N02A 3OVQA 3G3MA 1QOPA 4GNJA 4LRSA 3TNOA 5D30A 2ABBA 1JR1A 3PF3A 4O1DA 3M16A 1FDJA 3QF0A 3IGSA 3TSBA 4X9SA 3MBDA 1RVGA 2FPTA 1X7FA 3CTLA 4JNMA 3DAQA 3LTSA 1O94A 2J9XA 4N9BA 1GVOA 2VFHA 1LCOA 3I7QA 4LRTA 1NF7A 4UFIA 3ABSA 5D37A 4DBEA 2W6RA 1MO0A 3G1FA 4UTWC 2QCHA 1OFDA 4P61A 5K9DA 3W22A 1LZOA 4YMZA 1NSJA 1YLVA 5HWNA 3UXDA 1OABA 4B5NA 6TIMA 4UTHA 3W7RA 5D2WA 3MYOA 4JEQA 5CGQA 1LRNA 3V75A 2VOMA 1G4PA 2VFFA 4I7VA 4NJGA 5DBUA 3C4UA 5FEXA 4JR5A 2X16A 3A23A 1GYLA 4JYFA 5CPMA 2JGYA 1QFEA 1RQBA 2WNQA 1QO5A 1QPRA 4K38A 2WO5A 1F7BA 4O10A 2Y85A 1KM6A 1P1XA 3GKFA 3PBYA 5CPOA 1R2TA 4ZQRA 1K02A 1FWNA 2QUTA 3R2GA 1GTEA 1VYSX 2B0MA 2G97A 5AHMA 3HOJA 1GG0A 5L9FA 1T0OA 4HPXA 3PSWA 2R14A 5HR7A 3DFNA 1SFLA 1H50A 2Y7EA 3PAJA 3R5EA 3S5ZA 2A7NA 4DQWA 3D0CA 1WDWA 2Z0IA 4RX0A 4QISA 1H62A 1M7OA 5KINA 5DCBA 2IQTA 1Q6LA 1ZENA 4MZ8A 3TAOA 2NLIA 3B06A 5D03A 1KFLA 3LCHA 4C1LA 4JTUA 4LWWA 5LHFA 3TKFA 4XTIA 3GLCA 3CQ0A 4MJMA 1PS9A 4XKYA 3HPSA 3R89A 3BO9A 4HNTA 1EP2A 1XFBA 3M0ZA 3NVTA 2BTMA 1HG3A 3G1HA 4UR7A 3C0JA 4DO4A 4R53A 3O1NA 1S3HA 5DCEA 3S42A 3F4NA 1LOQA 3S1UA 5FEWA 3GIYA 2Y6ZA 3LB0A 3Q2DA 2NXGA 4O1CA 4UNKA 3O07A 2WOQA 4S1FA 4O15A 3BGGA 4O4VA 1RV8A 1TTIA 4BR1A 3NNTA 3W83A 4K6AA 4JICA 4IMFA 4DPQA 1GTHA 2ZZ2A 5E93A 5ABTA 3LHZA 4MZ1A 1I45A 2ATMA 3A9IA 3FKKA 3HBLA 2E5CA 1WYIA 4RXFA 4M6PA 3O6DA 3MBFA 1F76A 1G6CA 1PV8A 1S5TA 2V5LA 2W0UA 2PC4A 3NQVA 1TIMA 1TPDA 4MLJA 4N6FA 3FIGA 4DF0A 3NAVA 3E49A 1P4CA 4Z1BA 2YW3A 3M5ZA 1PL9A 2OT0A 1J4EA 1FCBA 1VLWA 3LDVA 3EWYA 4OE7A 3LHWA 4TX9A 4AHOA 3TU9A 1PCKA 1QWGA 1H5YA 1PVNA 3NM3A 3PC0A 5D2YA 3ATYA 3QMTA 2QAFA 3W73A 2QCLA 4GUJA 5C55A 1ZFJA 4J9JA 4MOZA 4RR4A 2CLKA 3ANYA 5D33A 1C8VA 3UPBA 2NUXA 2XFWA 3G0XA 1LBMA 5HWJA 1ZNNA 4XKYB 2Q3OA 4BI7A 2J88A 5CPNA 1IXNA 4N4QA 3L66A 3P84A 4ONVA 1XKYA 5AHLA 3PR2A 5A8GA 1LM1A 1SO4A 4WD0A 4JTLA 3W72A 1W37A 4K8EA 2O7QA 2ZZ7A 4FNRA 1FXPA 3P74A 4A2RA 4XBSA 2J6XA 2R94A 3L21A 2E6FA 4IUOA 5C2XA 2HTMA 1SSDA 2I9EA 4HHPA 5EYWA 3NOEA 3BARA 5G4WA 1SW7A 3W7PA 1G69A 3LCGA 2VFGA 3G1VA 4QM1A 3GDRA 1FX6A 6ALDA 1DKWA 2E6YA 4KFPA 2AQWA 3WFAA 3VE7A 4O1AA 3TW6A 1YYAA 4NNCA 1TPUA 4JIQA 3LHUA 4ORIA 1G4TA 1ZAIA 3NQFA 1TMHA 2C16A 3NQCA 4UC5A 3NG3A 4IX2A 3L0GA 2OT1A 3KRUA 1DJQA 3UWVA 1GQNA 5D2XA 3FOKA 2Y88A 4UTWA 4NU7A 1P0KA 4XTDA 2QDGA 3W7LA 3DENA 1VCFA 3W7QA 2E68A 1UASA 3P5ZA 3GXTA 2QF7A 3PBUA 3W1UA 4QSHA 2WV8A 5FEZA 1GEQA 2HS6A 3DFTA 4IQLA 4S2BA 2TMDA 1YXYA 1G4EA 1K03A 3N3MA 1OX4A 1AW2A 3QFEA 3SZ8A 4QAIA 1XL9A 3NL5A 1H60A 3NDOA 3QEZA 1JRBA 3GXPA 3TQKA 1X1OA 3S9YA 3BVJA 4O0KA 2ZA3A 3NZ1A 2GUUA 1RD5A 4O52A 2FB3A 4QJ1A 3TR2A 5LNSA 5G2HA 3TFXA 5DELA 1LLZA 2B7OA 4WXZA 3MW7A 3W1QA 5C5YA 1XBXA 4PTNA 2YW4A 2VFDA 1DBTA 5AYYA 2FFCA 5I3FA 4N9CA 4WOZA 1TPFA 2E6DA 2OJPA 4JDYA 5F2LA 3CLMA 1FWSA 1FUYA 4A21A 3LTPA 3L5MA 2FPVA 4L4LA 3GDMA 1L6WA 3I65A 4UMBA 1MEWA 2PURA 2QDHA 5D2VA 1W1ZA 3LXAA 5I3GA 1ICQA 2YDAA 1A53A 3PSVA 2TRSA 2H90A 3CHVA 4GWEA 4ZQOA 1BTMA 3BLEA 2EAWA 3MYPA 1V5XA 2E77A 4N2YA 3FJ6A 2E5BA 3A5VA 3SSJA 3FJLA 1KM4A 1TPB1 2Q8ZA 5K7JA 1ME8A 5H91A 2A7PA 3TW7A 4AHPA 1Z44A 3TMLA 1TCDA 3W1XA 1UJPA 3W1NA 5D02A 3NQ8A 3EX6A 2C14A 3LI1A 4BFAA 1T99A 2QJHA 4DELA 3ZFHA 1X8FA 3HG2A 1LTDA 2YSWA 3M5XA 2QCDA 3NQEA 5DXYA 1TRIA 1OK4A 4YCOA 3IGXA 3BGJA 4MKNA 3STGA 3SY5A 1O60A 5K4ZA 3NQ7A 1OX4B 4YXGA 5FF4A 3GKAA 3IGUA 3VI2A 4M19A 3W1LA 4IXHA 4NJKA 1AW1A 1F5ZA 3U2OA 3UWYA 1ME9A 1VH7A 2WNNA 4JTHA 2TYSA 4GRSA 4UFJA 4Z0SA 1C9DA 3G0SA 1SW0A 3EKLA 1KA9F 5EL1A 4O18A 1KM5A 4QNEA 2X1RA 5KSWA 2LLEA 3HB9A 1GVSA 2ZA1A 5F2GA 3PUOA 1P5BA 1A5CA 1XM3A 1XBZA 3EX2A 4UXDA 1AL7A 5F1UA 4DEFA 3M5YA 3QZEA 4JYDA 2GPTA 4E0CA 1SPQA 2YYTA 3WK2A 1DHPA 3B0UX 1OHLA 1CX9A 1WOBA 3SW6A 4MFEA 1AL8A 4LS2A 2P1FA 3IIOA 3KXQA 1A5AA 1X6UA 2RFGA 2YR1A 1N8FA 5FEPA 5LGZA 1TV7A 2JKPA 2DP3A 1H63A 4MY1A 4HIBA 3L9CA 3GDKA 2X30A 1ICSA 2Y7DA 1QMLA 3MO7A 4PCFA 1GPWA 2ABAA 3Q58A 3TFCA 2XN1A 1MEIA 4AAJA 3UQNA 2DORA 3NQ6A 2FIQA 3C52A 5CPLA 2ZRYA 2C1HA 5TIMA 4DPPA 3P5YA 3QW3A 1BWKA 2QCDB 4RCXA 4BI5A 4CQ9A 5K3VA 5KZDA 3OEXA 1I8JA 3S5YA 4Y96A 1K7XA 1B3OA 2X1TA 3WJXA 3TROA 2CLIA 1DORA 2V9DA 3L5LA 2FQIA 3NYZA 1LORA 5GVJA 1K7EA 4FNQA 3ZS4A 3PB0A 5K9XA 1R47A 3CM4A 2KZHA 2BX7A 1VYPX 1AMKA 1GWJA 2OCZA 2Y62A 3OBKA 2NX3A 3TV8A 2WSRA 1I2PA 1KW1A 2ISWA 3F4WA 1FWTA 1YDVA 1WV2A 5HUOA 3UZJA 2V81A 1G7UA 3TQVA 4FNUA 5F4WA 2ZTJA 3WK3A 5CZ0A 4JDBA 3N9RA 2AGKA 4K7VA 2CFFA 3TMQA 4EOUA 1GOXA 2QR6A 3UWUA 1GZGA 5C6MA 1Q3NA 2Y7GA 3P60A 2RDTA 4H3DA 3F1QA 1K7FA 5FF7A 2ZZ5A 3CB8A 1E51A 3RF9A 1OYBA 5LNRA 3W76A 1VJIA 2NUYA 1KM3A 1WA3A 1FBAA 1QOQA 3LI0A 1K8YA 2YX0A 3KRZA 3LOTA 1SO5A 3P62A 3SGUA 3HIJA 3QRHA 3UYCA 3OA3A 1IIHA 4OHQA 2WPBA 2ZA2A 3EWWA 1Q45A 1RQEA 1JUKA 4AWSA 3TXZA 1NEYA 1ZY9A 4ML9A 5BMWA 5U7SA 4C1KA 2R91A 2C3ZA 3ATZA 3UY7A 3TH6A 1SZGA 5C54A 2E1DA 2X1UA 4ZQNA 2HSAA 4MYXA 3U8GA 3H54A 4HSNA 5F4XA 4GUFA 4MIMA 3UD6A 1FCQA 5F2IA 4ORMA 4NVTA 2J24A 1H7PA 3FA5A 3S1WA 4O19A 4FNTA 4ZVJA 2V2HA 3GXNA 4FF7A 1FQ0A 4LT9A 3H55A 3K30A 3PUDA 1WBJA 3L5AA 1Z48A 3TUUA 2EKCA 3W7DA 1L6YA 4JY8A 1K8XA 1OX5A 2GJNA 3TC7A 5FF0A 4LS0A 3IRDA 1TPEA 1JRCA 3BW4A 5I3IA 4HN4A 1MZHA 4WX2A 5CSSA 3IIXA 1LBFA 3TE9A 5DY2A 5AC8A 5CZSA 2CZDA 3FEMA 3Q37A 4CNPA 3KVJA 1F73A 1JQVA 2CW6A 3G1SA 4JS3A 3WJYA 5EA9A 2J9YA 3KRSA 3W3OA 1QDSA 2C18A 3S0CA 3PG8A 1VPXA 4NX0A 4WUIA 3FKRA 3OIXA 1VCVA 3TXVA 5AN7A 4ZQMA 4UUIA 3CWNA 1TRDA 4OWGA 3DU0A 2ZRZA 3UY8A 4FXRA 2NXHA 4UTKA 1VR6A 3TAKA 4FXSA 3SGZA 2WSYA 3QH2A 2VFIA 4JX4A 3LCIA 4X3ZA 1N7KA 1NFBA 1F05A 5EY5A 1VHNA 3YPIA 1ZALA 4BK9A 2PE4A 1CW2A 3N34A 4AVFA 1VS1A 5D05A 3GB6A 5CSRA 4M6QA 3G0UA 2CWNA 2QAPA 4TO8A 4IX0A 2C6QA 1YTKA 3KOFA 3LLFA 2E5DA 4XBKA 3W7EA 4AEOA 3MHGA 3LLDA 4GUIA 1GJPA 1K3UA 2XN2A 4FX7A 3TK7A 4JTFA 3W6YA 2BZNA 4W9TA 4OV4A 2NX1A 5BMXA 3OVRA 1SSGA 4KWWA 1FDYA 1GVQA 2ZYFA 1S5VA 3CT7A 2VENA 1H7XA 4JTKA 5I3JA 4MY9A 4IOTA 3CIWA 2RKXA 4DF1A 2Y70A 2YYUA 5I3KA 5AHNA 4RJEA 3WK1A 3N73A 1JVNA 3VNDA 5HUPA 2ZRUA 4PODA 2ZRVA 2ZRXA 4XUGA 1TQJA 4M7SA 1DVJA 2NWSA 3UNDA 4BWLC 3EWBX 3N19B 3SFKA 3TSMA 2EPHA 3O06A 4O28A 3BLIA 3DFPA 2GJLA 1EP3A 4M5PA 3M43A 3R8RA 3R12A 3GAKA 4M7TA 1LOLA 4JD4A 1UUMA 3EKZA 4OQVA 1NF0A 4U4MA 1YDOA 3VFLA 3W9ZA 3LXBA 1UUOA 1W5PA 1A5SA 3RLUA 3A24A 4GC4A 3UWZA 1XUUA 1YTEA 1LRQA 1OYCA 5AYXA 1JJKA 2QJGA 4JXCA 5D04C 2WQPA 3SI9A 3N9SA 2V2CA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4UC5A

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Chord Diagram

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