2V9DA

Crystal structure of yage, a prophage protein belonging to the dihydrodipicolinic acid synthase family from e. coli k12
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
298
structure length
298
Chain Sequence
ALFTGIIPPVSTIFTADGQLDKPGTAALIDDLIKAGVDGLFFLGSGGEFSQLGAEERKAIARFAIDHVDRRVPVLIGTGGTNARETIELSQHAQQAGADGIVVINPYYWKVSEANLIRYFEQVADSVTLPVMLYNFPALTGQDLTPALVKTLADSRSNIIGIKDTIDSVAHLRSMIHTVKGAHPHFTVLCGYDDHLFNTLLLGGDGAISASGNFAPQVSVNLLKAWRDGDVAKAAGYHQTLLQIPQMYQLDTPFVNVIKEAIVLCGRPVSTHVLPPASPLDEPRKAQLKTLLQQLKLC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Crystal Structure of Yage, a Putative Dhdps Like Protein from Escherichia Coli K12.
pubmed doi rcsb
molecule keywords YAGE
total genus 108
structure length 298
sequence length 298
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.2.28: 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase.
pdb deposition date 2007-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2v9dA00
2DZTA 4AHQA 1VYPX 4WJEA 4O11A 1KM4A 3FYOA 3TAKA 2NX3A 1LOLA 5D02A 3P84A 3HPSA 3N2XA 1FWTA 3IIOA 4WUIA 5G2HA 4DELA 5I3HA 4O4WA 1ZHAA 4MLRA 3NQ8A 1QPQA 1IXNA 1OYBA 2GVLA 3U6WA 3MW7A 4BK9A 4PC8A 4XZ9A 4MOZA 4O54A 4DF1A 1YDVA 1JRCA 3TKFA 2BLEA 3SR7A 5LSMA 3PB2A 3NPUA 1JCMP 1T0OA 1XBYA 2E6AA 3H55A 3MYOA 2H90A 2R94A 3I6RA 1ZJIA 4LT9A 1OFPA 4KFPA 4FNSA 2NX9A 2ZRYA 1NVMA 2PC4A 5D2VA 4ZQRA 3VFLA 2ZZ2A 1ML1A 4LV4A 5LNWA 1KM0A 3M0ZA 4OT7A 5D2YA 3TQKA 5AC7A 3W7OA 4XTDA 4HT3A 1JCLA 3ZWSA 2J24A 3T4CA 1F6PA 5CZ0A 2FIQA 3BGJA 4O18A 4JY8A 4JTSA 2BZNA 3CWNA 2GQ8A 3O6YX 3PBVA 4UTJA 1F5ZA 3O06A 2A7NA 3TSMA 3PUEA 3P67A 1OFDA 1DQXA 3SECA 3W83A 1KV8A 1SUXA 2Z1BA 3UYCA 1W5MA 3PBYA 4HSNA 3W86A 4HNUA 2GUUA 1FWSA 1ME9A 3LI0A 2A2IA 3S1UA 4HHPA 1OFBA 4JX6A 1VS1A 4XUGA 3TX9A 5TIMA 4RZ5A 3TR2A 5K4ZA 1PCWA 2BWGA 4OV4A 1O95A 2H8ZA 2IQTA 2ATMA 4DXVA 1FX6A 4K38A 2YSWA 3SFKA 4AF0A 2YFOA 1NF0A 3KAOA 1H7RA 3TFXA 3LHYA 1M5WA 4N9BA 1QPRA 2NWRA 3Q58A 2CLFA 3W2JA 1IGSA 2BXVA 3TK7A 4BI7A 1W3NA 3HGSA 3UQNA 2D73A 1H62A 2Y85A 1OK4A 5EY5A 4AB4A 3UWVA 3EWXA 3DFOA 2E6FA 2H3BA 3TUUA 3NQAA 2OZ0A 3MI6A 1LRTA 4FNTA 3LV5A 4ML9A 4NZFA 5BW6A 3W7IA 3W1XA 1TCDA 1FQ0A 4HPXA 3LHUA 4RV8A 2DZSA 2R8WA 3LHWA 2C0AA 1TB3A 4LUIA 2ZRWA 2A5HA 4AXKA 1N8FA 3CM4A 4XWUA 5SWUA 3EWYA 1M7OA 4FXSA 1ONRA 4CQ9A 2W79A 1RPXA 5IM51 4IMDA 1JQVA 3G18A 4LU0A 3UWZA 1W5PA 3STCA 4YCPA 4UFIA 3QEZA 1SZNA 3L9CA 4JYEA 4MJMA 4NNAA 2FPTA 4RZ6A 1S5WA 1MSSA 3OVRA 3MHUA 4O15A 4JDBA 4CCCA 2VFDA 1YLVA 1DJQA 4LVBA 5ABTA 4DO6A 1YXYA 4K39A 3KVMA 3TJLA 1J2WA 1VRDA 1H60A 5H2ZA 4UIOA 1YTKA 4FX8A 2NZLA 4WQ6A 5FF2A 4IMEA 3BO9A 3O63A 2Z6JA 1KFBA 3MBFA 2P1FA 4LTSA 2V81A 1XDMA 1K7FA 3TW7A 4QSHA 2FLIA 4IMCA 2Y89A 5F4SA 1UASA 4Y9AA 1YPIA 2NUWA 5G2IA 3CHVA 4UNKA 2LLEA 1Z41A 5LGZA 3QW3A 2YZRA 2A7RA 3MP5A 3BARA 2CWNA 1UJPA 4P2VA 3GAKA 1KBIA 3GYEA 2WO5A 3H54A 3HOJA 4A2SA 3T78A 1I2OA 3DH7A 4KWWA 1H61A 5G1TA 1KA9F 3C6CA 4YWIA 1XM3A 1TPDA 1GEQA 1DQWA 2QAFA 1VGAA 3OG3A 3MP4A 2OMAA 3QF0A 4UTLA 3L2IA 2EAWA 3S6DA 1M6JA 5AHFA 2V30A 3B0UX 5D33A 3GVGA 5HR6A 3U8GA 3W7RA 5AHNA 4HPJA 3P82A 1H51A 5DCDA 3E9AA 2FB3A 5AHEA 3LXBA 1OX4B 1LBLA 3HF3A 4ICNA 1QO2A 4X3ZA 1OFAA 1R2SA 4N9CA 1WV2A 2PRLA 1Z42A 4TMCA 1BTMA 4WX2A 3SSJA 2TYSA 4H6KA 4HIBA 3S0CA 3IVUA 1HTIA 1PE1A 1ZFJA 4KKXA 5KZEA 1XKYA 2QCDB 3O15A 1ADOA 5HNRA 3OVQA 4JTUA 1FY6A 1K8YA 3W7GA 3ELFA 3ZFHA 5DY3A 3G1VA 4GNJA 2ZFAA 5D2WA 1R46A 3M7WA 2GQ9A 2VC6A 4NJIA 3DFSA 4GUHA 3GR7A 4FIRA 1NF7A 1N7KA 1NAL1 1SO3A 4OBTA 3ATZA 2PURA 3M16A 2QJIA 4HNVA 4W9TA 1XC4A 4K36A 2I9EA 1ZNNA 1GVRA 2QCNA 4WY0F 3M5YA 3MHGA 5DN1A 1KM6A 1RQBA 3QSTA 2RHGA 4UTUA 3C8FA 4MPQA 1SZEA 1AW1A 1UB3A 1S5VA 2DZXA 4L4MA 5BMWA 4UMCA 1K8ZA 4MKNA 1MXSA 4PH6A 5BOOA 5C54A 1H7XA 2Y7DA 1GVSA 1H7OA 1IXQA 2V2HA 2YCEA 4PEKA 5D30A 1BEUA 2A0NA 3W07A 3WK2A 1YXDA 2HSAA 1QMLA 4X9SA 2QDHA 4GUJA 3RNDA 2NV2A 1KM3A 1JVNA 4UTHA 3LRLA 3O05A 1OFOA 1AW2A 1HUVA 4UTTA 4CQ8A 3HJZA 4S1FA 1XDLA 5IBXC 1IXPA 3P7YA 3TE9A 3LHTA 3P62A 3BK0A 3HGJA 1ZALA 2Y6ZA 2ZCGA 3FLUA 2TMDA 2CU0A 5DBUA 2ZZ5A 3W7HA 2RDUA 3L0KA 3R5EA 1JRBA 2ZDRA 4FB7A 3F1QA 4XTIA 4MZ1A 4NVTA 1XL9A 1GVQA 2CLHA 3WJSA 1G4EA 3GR8A 3N34A 4ZL1A 1IF2A 2ZA2A 3TW6A 5FEXA 3EX3A 3L68A 5LHFA 3GIYA 1GYLA 3W7DA 3PBUA 4CNOA 4AMAA 2Z6IA 1RZMA 1OABA 2C14A 4O19A 3NZ1A 3MUXA 5E0KA 4DQWA 5HJLA 4DF2A 1W54A 1GJPA 3EX4A 3TA6A 2HS8A 4DEFA 2WOQA 1QR7A 4PA8A 3QH2A 2G5WA 4NZJA 5HINA 1O94A 3M1ZA 3MMTA 4NX0A 2ZQ0A 4I9AA 3C0JA 4BR1A 1A50A 4CCEA 5LZLA 5L9FA 3FIGA 2WPBA 2NUYA 1VC4A 3EXSA 1F76A 1D3GA 3NEVA 2QUTA 3TXVA 2DZWA 1L6SA 3STGA 1SO6A 4GUGA 5CZSA 2NXGA 4Y90A 4RJEA 5EKYA 3G8RA 5KITA 1GWJA 3S1XA 5LHEA 1MEIA 1R30A 1LRQA 3N3MA 4ORIA 4JEQA 2GPTA 2BSLA 2GJNA 3LXCA 3C52A 4L4LA 3W71A 1VHNA 4AHPA 1S3HA 5J5RA 3RU6A 3C2RA 1PCKA 4RXFA 3G1XA 3W7NA 3QRHA 1T96A 2QUVA 3CIXA 1GG1A 3LLDA 3OIXA 2A21A 2FPYA 1DBTA 1O4UA 2DZPA 3W1RA 1YADA 4JIQA 3V75A 1PS9A 3GXPA 2X30A 5G4WA 4Z1BA 3LHVA 5AYYA 5K2ZA 3W7QA 1OFEA 2V5LA 2YGYA 3WK0A 3W2NA 1H5YA 3PY2A 2VEPA 1H7PA 3G8EA 1G4TA 2ZZ1A 3NL3A 2YYUA 5DY2A 3P60A 4WXZA 2V8ZA 4TMBA 5BMXA 3A21A 2E6YA 2CLKA 3OVPA 2J27A 4O1CA 3W70A 3VE7A 1UCWA 3LLFA 4K8EA 5E93A 4N2YA 4JTFA 2YW4A 1TJRA 4B5NA 4RCXA 4O10A 4ZVJA 2C13A 4DF0A 2V2DA 3PS7A 4NNCA 2JBMA 2VFIA 3GK0A 3NDOA 1W56A 4YXGA 2QCEA 2B7NA 5LGXA 3M9YA 5F4XA 4JICA 1QCWA 3QW4B 2DJXA 4S2CA 4Z0JA 1G67A 3WFAA 3UWWA 3BGGA 1JJKA 3IEBA 4XKYA 5KZMA 1FCBA 2C1HA 3KFTA 5F2MA 1BKSA 3THQA 3F4WA 4AHOA 1KTCA 4IGHA 3RLVA 1TRDA 1SSDA 4NU7A 3MP3A 4MZ8A 3UZ5A 5CKSA 4E38A 5EPDA 1TIMA 3CT7A 1TPB1 3CWOX 3M6YA 2ISWA 2O7QA 3LXAA 3CU2A 1W1ZA 2Y63A 3TDFA 4Q32A 2Q8ZA 1TV5A 1AL8A 4HSOA 4N02A 5AHMA 6ALDA 3KXQA 5EL1A 4XBSA 1X8FA 5C6MA 3FJ6A 3SZ8A 2J88A 1LYXA 1WQ5A 3LHZA 1BWLA 2UV8G 1N55A 1XBVA 1I45A 3TH6A 2CLEA 4CCDA 2RDTA 3TC6A 1FUYA 1OF6A 1QWGA 2A4AA 3HIJA 3G0SA 3MO7A 1EP1A 4RLIA 3KX6A 5HR7A 3W1MA 1TPVA 4FHAA 1VLWA 3IRDA 1KFEA 1TPUA 3QZEA 1DOSA 1H7NA 4O8RA 3PVFA 5C55A 1WOAA 1Y0EA 2JGYA 1UUOA 4O0ZA 1TTJA 3A24A 4S2BA 3EX2A 1GPWA 3W1LA 4R53A 1KV5A 1HO1A 3UNDA 3HG3A 4RK8A 1HL2A 3P5YA 1OVDA 4JS3A 3PUDA 3KRUA 3FKKA 4TX9A 1TPH1 3QMRA 1JCJA 1PIIA 4HKPA 4E2BA 3NG3A 3O1NA 3IGSA 2E5BA 3AO0A 1LLZA 1X6UA 1RD5A 4FX6M 2XN2A 4MIMA 3UXAA 5D32A 2YPIA 4AF0B 3VNDA 3OHIA 3DXIA 3LRKA 2PRMA 4K8HA 5F2GA 5F1VA 2FTPA 2ATSA 1TJPA 3O6CA 1F73A 4LVDA 2BX7A 4JR5A 5K9XA 1L9WA 4O14A 5MHBA 2P10A 1EB3A 1ZENA 3W7EA 3O07A 1TQJA 5LKYA 5EMUA 2E6DA 5D2XA 3TFCA 4O57A 3I7RA 1XUUA 4Z1DA 4KWVA 1SW3A 3LCIA 4WY0A 1AL7A 1G6CA 3GAYA 1G69A 3DENA 1R2RA 1J4EA 3EWWA 1P0KA 3QC3A 4O4VA 1NSJA 5D05A 3LCXA 3NOEA 5HULA 5U4NA 3UPWA 5I3GA 2V9DA 3EXRA 2X1SA 3E12A 4JTLA 1OG0A 2QJHA 3BLIA 4FNUA 3BLEA 2OJPA 3VCRA 4UTMA 4WZHA 1I8JA 3NQ7A 1GOXA 1VHCA 1S5TA 1F2JA 3NQDA 1VJIA 2JK2A 2YX0A 1TQXA 1OYAA 2YR1A 4MZYA 3BG9A 1RQEA 1Z44A 2NXIA 1XI3A 1Q6QA 2EGZA 1ME8A 5LNSA 1Q6RA 8TIMA 4LVAA 4GBUA 3P8IA 5G4EA 3TNOA 4IQLA 5CPNA 5GVJA 2FQIA 2HMCA 2AQWA 1T99A 1TV7A 1KM1A 3LOTA 4LNYA 2QJGA 4AAJA 1K03A 1V7YA 3BW2A 3DAQA 4EF9A 1O60A 3TU9A 3P61A 3QPYA 3DFQA 2CW6A 3L5MA 4H4IA 4IPJA 3TQVA 5K4XA 3SGUA 1TO3A 1RV8A 2CZEA 1RQHA 2EPHA 5DBTA 1RVGA 4I7WA 5HWMA 2V82A 4PCFA 3UWYA 3PAJA 3YPIA 4WD0A 3LERA 1A5SA 1G4SA 3A9IA 4OU1A 1I2NA 1LORA 2J6XA 1OFQA 1CX9A 3TJXA 2I1OA 3G0XA 1Q6OA 2CLMA 4LRTA 2VFFA 5CG7A 1LRNA 1GVFA 4MFDA 4N6FA 1O5XA 1P5BA 1FDYA 4UTWA 3W72A 3UWQA 5AC6A 5AHIA 3HPXA 3G3DA 3O6DA 1FCVA 4Q33A 1FWRA 3M5XA 4NXKA 4UR7A 1OF8A 3S42A 2VENA 4OV9A 1KM5A 2EKCA 4FNQA 3DHDA 5HWNA 6TIMA 1T8XA 4LWWA 4MY8A 4ZQOA 3KVJA 1SQ7A 5BNKA 4O50A 5U7SA 1K7EA 1X7FA 3GDLA 2G96A 2J9ZA 3W2LA 3E02A 1SFLA 1MO0A 2AGKA 3M5VA 1C29A 4JN6A 1SZFA 3PSWA 2ZTJA 3TAOA 1ZAJA 4ADSA 5LNUA 3DKJA 5HUOA 3TV8A 1QOQA 2Y61A 1VQTA 4BWLC 2CZDA 4EIVA 3NR0A 3OBKA 1HFBA 2C15A 4UFLA 1SO5A 2CFFA 2R91A 4RR4A 3A22A 3I7QA 3MYPA 2TSYA 2ZRVA 1A5BA 1TYGA 2WV8A 4NJHA 3S5ZA 1K3UA 4FNRA 2A7PA 3T55A 3I7SA 4OQVA 1B4KA 4EF8A 3L66A 2JKEA 4O0KA 3B8DA 1KFLA 4TO8A 3JRKA 3RF9A 4QQ3A 4QNWA 3S5OA 1H63A 3H53A 3ABSA 1OHLA 4QISA 1QO5A 3ANYA 3GDRA 4MVAA 3VE9A 2CZFA 2JKPA 1OYCA 4UMAA 1SU5A 4OGZA 2RFGA 4OHQA 5KMYA 1HG3A 4X22A 3BG5A 1WAUA 3RMJA 2X1TA 3SJ3A 1EP2A 1LLWA 2YYTA 4QNEA 3B04A 4I7UA 1YDOA 3G3MA 2Y70A 1F6KA 2ZZ3A 3WK1A 3BLFA 5KTLA 1UUMA 3W7MA 1LOSA 4JX4A 1W3IA 3INPA 4ADUA 3W74A 2ZTKA 3IV3A 4UUIA 3FFSA 4LRSA 4MY9A 4GUFA 3PUOA 1WOBA 3QJAA 4ZQCA 2QAPA 1U5JA 4UFKA 3EKZA 1PV8A 4IPIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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