2EKCA

Structural study of project id aq_1548 from aquifex aeolicus vf5
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
262
structure length
253
Chain Sequence
MGRISDKFTELKEKREKALVSYLMVGYPDYETSLKAFKEVLKNGTDILEIGFPFSDPVADGPTIQVAHEVALKNGIRFEDVLELSETLRKEFPDIPFLLMTYYNPIFRIGLEKFCRLSREKGIDGFIVPDLPPEEAEELKAVMKKYVLSFVPLGAPTSTRKRIKLICEAADEMTYFVSVTGYERIKKKVEEYRELCDKPVVVGFGVSKKEHAREIGSFADGVVVGSALVKLAGQKKIEDLGNLVKELKEGLRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Structural study of Project ID aq_1548 from Aquifex aeolicus VF5
rcsb
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 99
structure length 253
sequence length 262
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2007-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2ekcA00
3NQDA 1JR1A 3M0ZA 4HIBA 1JUEA 1B9BA 2A7RA 1KBJA 4WZHA 3A5VA 1RPXA 3TIMA 5KZDA 3CQ0A 1HO4A 3LERA 1TV5A 2ZDRA 5C55A 2ZYFA 3IIPA 3QQ1A 4FNSA 1Z44A 4AH7A 3W74A 4RCXA 4XKYA 5BRBA 1PIIA 4ZVJA 1B4EA 1Q6RA 2C1HA 4NXKA 4QISA 5F1VA 2RDUA 3VKJA 4GJ1A 1TPDA 2NV2A 4JGDA 5AN7A 1FDYA 4Z0JA 1PL9A 1UBSA 2Y63A 3NGJA 4OHQA 2CLMA 1G4SA 4N2YA 3NPWA 4AWTA 2O7QA 4MJMA 1UASA 1XCFA 3IGXA 3QQ0A 1W5PA 3LXAA 1YPIA 1X1OA 4NJIA 2VFFA 1H7PA 2QAFA 2AAMA 3TQKA 4ORIA 2Z0IA 3BPWA 4DF2A 1A53A 3NYZA 2ABAA 1YXCA 3LCXA 1LRNA 4UTTC 1NAL1 1G7VA 1PCKA 2J88A 5LNRA 4M7TA 5IBXA 2NXGA 4WXYA 2RKXA 3GX9A 1GYNA 1KM6A 3BW2A 1AL7A 1YADA 1A5CA 2R14A 1ALDA 2VEPA 5BMWA 1L9WA 2EAWA 5AC7A 3G1VA 4N4QA 1SFLA 1SW3A 1YDNA 1H7WA 1IIHA 3O06A 2PC4A 3TH6A 3GB6A 3N34A 4G1KA 4Z1DA 2QCNA 1FWNA 5D38A 3UWQA 2WKJA 3NQ7A 5D32A 4EF8A 3B0VC 4JTGA 2J27A 4TX9A 3NQGA 1QOQA 4Y8FA 4X2RA 3W7DA 4K7YA 4LVAA 3O6YX 3RU6A 2AGKA 5CZSA 3QM3A 3OVPA 1TTQA 1Q45A 1SQ7A 1ZJIA 5D30A 4O1BA 3B0UX 1H1ZA 2VC6A 3ELFA 4JD4A 2V82A 2HSAA 1YDVA 3B0PA 1LM1A 3BVJA 1W3NA 4DF1A 2AQWA 1K7EA 3WK2A 3QSRA 3KAOA 4ZZ9A 3Q37A 3TUUA 3STGA 4N9EA 2BSLA 1PCWA 5CZTA 4Z1CA 2B7PA 3G3DA 4E38A 3LRKA 3O15A 4NQ1A 1RZMA 4MJZA 3DENA 3IVSA 1GOXA 1WQ5A 1JULA 3M5ZA 3SFKA 2YW4A 1K8XA 2E77A 3PBUA 3S5NA 2QJGA 4QAIA 3P5ZA 3LXBA 4A2SA 2PRLA 4XKYB 4O19A 3KOFA 3R2GA 2WSRA 1OX4A 5D37A 5HNRA 4X3ZA 3CTLA 1DORA 3A9IA 3NL6A 2G5WA 1PS9A 5G2IA 4AEOA 3QYQA 3FS2A 3QW3A 1F6KA 4LVGA 4NJGA 4UMBA 3S42A 2FB3A 1NFBA 2ZRYA 4ICNA 3VE7A 1KLZA 1JQVA 1W1ZA 2CWNA 3UY7A 1NEYA 4P61A 3E49A 3MP5A 2YXGA 4R53A 4DBEA 3W2LA 2HMCA 3NVTA 2YDAA 2H3BA 2GQAA 4FNRA 1LDCA 2GOUA 4NJHA 5FI8A 4N9BA 3P84A 4ADSA 1GVOA 1EUNA 3UZ5A 3A21A 2BTMA 2DORA 2CLOA 1XC4A 3F4WA 3OHIA 2A4AA 2TSYA 3LI1A 2A2IA 3EWZA 4NVTA 4C1KA 3EKZA 4FF7A 1O5XA 5I3GA 1I2PA 3G18A 1H50A 2TRSA 4DF0A 3B05A 2RH9A 2J9ZA 4OE7A 1Q6QA 3A5FA 3I7QA 4QSHA 1I2NA 3OVQA 1EP1A 3C0JA 1TJRA 4K6AA 3G24A 1U83A 4A3UA 5I3JA 4DO6A 1G6CA 3M43A 1P1XA 4O0ZA 4RR4A 3F03K 3NQEA 2CZFA 3KVMA 4OQVA 2E5BA 5G1YA 5K7JA 1W8SA 4C1LA 5CG7A 3DFPA 4MLRA 5CSSA 2Z6JA 1MSSA 4UTJA 4AAJA 2DJXA 1M7OA 4W9TA 4M6PA 3DFTA 2GJNA 3PBWA 1K8YA 5F2GA 2VOMA 1XBXA 3W72A 4O52A 1VLIA 3E9AA 1OYBA 1H7RA 2O7SA 1QDSA 3W2UA 5LNSA 2BXVA 1FCQA 5AHNA 3SGUA 1Z41A 2X1RA 2FPVA 5DY2A 1B4KA 4CNOA 1XBVA 5HWMA 4EVZA 4O18A 1KV8A 1VCGA 1A5SA 3O6CA 1SSGA 4A21A 3GVGA 4ZQCA 5SWUA 1WOBA 4MPQA 3TMQA 3OVRA 3L21A 4IPJA 3C52A 4LY8A 4OT7A 1SU5A 3WJSA 2DZPA 1X7FA 1OFRA 4DPQA 2H8XA 3T40A 4ZQMA 4DPPA 3V1PA 5CPLA 5I3IA 3S1XA 3LHTA 1FX6A 3W88A 4UTKA 2Y70A 4JYFA 1BWKA 1X1ZA 3C6CA 5TBOA 2ZRUA 2E09A 3M5VA 3GXPA 1OFBA 1OX4B 3L65A 4MIMA 4U28A 3W7JA 4LVDA 1QPNA 3C2RA 1H7NA 3C61A 1OX5A 2OJPA 3DI0A 1KM4A 2ZA1A 5HQEA 2QCDA 4Z0SA 4LWWA 2Y7EA 3LBCA 1GVRA 4WX2A 4KKXA 3N19B 4WJEA 1R30A 1A50A 2E6AA 1CI1A 1I45A 3Q94A 1LOSA 4CNNA 2QUUA 1K3UA 4IJBA 2WNNA 2NV1A 4UTUA 3NQ2A 3W7GA 5LNWA 1H63A 1WA3A 1KV5A 1WXJA 2J6XA 4O4WA 2ZZ4A 2QJHA 3PB2A 4JS3A 3MI2A 4GFSA 5AYZA 2ZRVA 5D2XA 4UFMA 4IQLA 3STEA 3QFEA 5HULA 1Q6OA 3ABSA 4JR5A 1WOAA 4N9CA 3HIJA 3P80A 4JTSA 5CPMA 3ANYA 3CT7A 3WK1A 5DCBA 3GNNA 4IX0A 3W1UA 5AFDA 1VYPX 4LC6A 4H6KA 1LROA 1ICPA 4XTDA 1TRDA 3NDOA 1VHNA 3GLCA 1RQEA 4LU0A 4CQ9A 2JBMA 3N14A 1FBAA 2NUYA 3NR0A 5FEXA 2P10A 3PVFA 1VH7A 2QCCA 3C56A 4GNJA 4HPXA 3B8DA 2DU2A 3GNDA 3W9ZA 3UXAA 2WQPA 3BGJA 5CZ0A 2OZ0A 3L5AA 3I7RA 3PB0A 1K8ZA 4QNWA 1W0MA 4BI6A 4TO8A 4O54A 3LV5A 5DN1A 1JCLA 4O1CA 3MBFA 4IXHA 4TU1A 1O4UA 4S1FA 3OG3A 2WSYA 2EGZA 5FF3A 3W7NA 3LCFA 4JIPA 4UCGA 5TQLA 2BX7A 1KM1A 5EMUA 4HKPA 3GKAA 1QAPA 3KRZA 4JNMA 5TIMA 4PL1A 3TSBA 3THQA 3TU9A 2YZRA 3BLIA 3P8IA 1T0OA 4KFNA 5A8GA 2ZFAA 3MW7A 4Y96A 1R2SA 5K9DA 3BG3A 4BF9A 3K30A 5LNVA 1D3HA 4O1DA 1UCWA 4Y90A 5HJLA 5HUPA 1FUYA 1W54A 1TTIA 2ZRWA 3UZJA 8TIMA 1ZHAA 3QEZA 4XWUA 3M6YA 2FPYA 1FWWA 3QMTA 4DEFA 3A24A 5D04C 3N73A 1RV8A 3LHZA 3TMLA 3FYOA 5LKYA 1DBTA 3CC1A 3NZ1A 3W2MA 1GZGA 4O12A 3VFLA 3B04A 1TV7A 1K02A 1KFLA 3USBA 4NUWA 1O95A 4CLMA 2W0UA 2WOQA 3PBYA 4BR1A 1KM3A 3LHVA 1MEWA 2NLIA 2G96A 4M6VA 3FEMA 2QCDB 1Q3NA 3L66A 1LTDA 2X30A 4MZYA 1FWRA 3H55A 4JTJA 2GVLA 3PSVA 3GR7A 4H3DA 3PS7A 1OVDA 5K3VA 4L4LA 1KFCA 3PUDA 3LDVA 1X6UA 4JDYA 5KSWA 4IMDA 3W7QA 4RZ6A 4UFHA 3B03A 1LCOA 2VFHA 4JIQA 3CWOX 2C0AA 3M7WA 4UUIA 2UV8G 1OHLA 5IM51 1K03A 1PHWA 1L6YA 3HO8A 2GUUA 2ZBTA 1VCFA 4IOTA 4GC4A 3SI9A 5LHEA 1WAUA 1KFBA 4O10A 1YYAA 5L6UA 3EXSA 4NJJA 1PV8A 1XDMA 4UFIA 4B5NA 4BI5A 1UUMA 1QFEA 4BI7A 1P0NA 4NT0A 2Q8ZA 1QNVA 1DHPA 3G1AA 3INPA 3EX1A 3NEVA 1FCBA 2F84A 4FNPA 2C19A 3DKJA 2EPHA 3C2EA 3FKKA 3IIVA 4PODA 2DZUA 4UR7A 5K9XA 1J5TA 1EB3A 3LLDA 2GQ9A 5F2MA 1QR7A 4DO4A 1XXXA 1ZAHA 3W1PA 4MKNA 3NG3A 3ZR4A 3SGZA 1FQ0A 3WFAA 4J9JA 1TO3A 5FEPA 1IXPA 3MMTA 1OYCA 2QCLA 1KFEA 3W3OA 4JICA 1HG3A 3LX9A 3NPUA 2Y89A 3MWAA 3Q58A 4XQ6A 3HJZA 3RMJA 4O57A 3BV4A 1SR9A 3L0NA 2PRMA 2ISWA 4WUIA 1AK5A 3CEUA 4OV9A 1M5WA 1MO0A 3DAQA 4AMAA 4UR8A 4RJEA 4UTTA 1T96A 2C14A 3LB0A 4ADTA 4NNCA 1TTPA 2QDGA 1AW2A 1L6WA 3NQVA 1GEQA 3STCA 3PC0A 1HTIA 4TMBA 4GXMA 1IIGA 2RFGA 1NF7A 2VFDA 4FIQA 5BW6A 3N9RA 5CGQA 1TTJA 1RR2A 2CLEA 5E93A 3U8GA 1KFKA 5D03A 4FHAA 4LS2A 1LORA 1C8VA 2Y7FA 5CPNA 4JX6A 2FJKA 4JN6A 3QMSA 3N2XA 1T8XA 1XKYA 3T55A 2NWRA 1FDJA 3MYOA 3P7YA 4EIVA 1DL3A 4JY9A 3BLFA 1EEPA 2Y7DA 2XFWA 3DBPA 4O0KA 5F2IA 1WYIA 2Q8LA 2ZZ7A 2ABBA 2ZA2A 2HTMA 2NXIA 3S6DA 4HT3A 1NVMA 3EKLA 3G3MA 1HUVA 2B0MA 3HG5A 4I7UA 1JQXA 3DHDA 1H51A 3W7LA 1O94A 4HNVA 3HGOA 3PG9A 3W2KA 1M6JA 3ZWTA 2QCMA 3OA3A 1S5WA 4N6EA 3DFQA 4M19A 3W23A 2B7OA 2NWSA 2B4GA 3MUXA 3AJXA 3R5EA 2Z2UA 1GQNA 3G1HA 1JRCA 1YLVA 2YFOA 1OFQA 4AVFA 1H7XA 3TFXA 4PTNA 5DXYA 3NM3A 4IGHA 4WD0A 3NQAA 3RK8A 1XUUA 5K2ZA 1EPXA 3WJYA 3IV3A 2QF7A 3B06A 3NZRA 4UC5A 1NF0A 4JXCA 1RD5A 1S5VA 4M6QA 1L2UA 4JTEA 4JEQA 2H3DA 4DELA 2Y6ZA 3PBVA 3W75A 3LHWA 4N02A 5BNKA 4LS0A 3GDMA 3TQVA 3BK0A 3TK7A 5D05A 3BO9A 2TYSA 1A5AA 1R2TA 1M7PA 1UB3A 4NX5A 3GDTA 3F1QA 2ZTKA 2YCEA 4JTLA 4O28A 1G4PA 4WQ6A 1OFOA 5DBUA 1FY6A 1BKSA 3O16A 3SR7A 4ORMA 7TIMA 1OK6A 3MHFA 1YPFA 5G2HA 3O6DA 2ZZ6A 4JTUA 4OGZA 1VYRA 3QF0A 3GK0A 2I9EA 4NNAA 5DLCA 1IF2A 3UNDA 4EOUA 3G1FA 3S5YA 3NL3A 1I2RA 2WNQA 1F74A 2C3ZA 4UMCA 4IMFA 3EXRA 2ZRZA 3RFAA 1LBMA 5HINA 3LTSA 3DH7A 5G4WA 2CFFA 3QJAA 5AB3A 2I14A 3LCLA 3O1NA 3UQNA 5FF4A 3TCEA 3C2VA 4POCA 3LRLA 3TC6A 2DZSA 1TPH1 3UPWA 4MUZA 3WK3A 2VELA 5EL1A 3TW6A 3EXTA 4GBUA 3S8HA 1LYXA 3QC3A 4RZ4A 5CKSA 4MY9A 4FXSA 1VPXA 1OG0A 3FYPA 3KVLA 2A21A 3GAYA 3HGRA 3U6WA 3L0GA 4XUGA 3SW6A 4MOZA 3STFA 4UXDA 1VC4A 5CZJA 1G67A 3VCRA 3IRDA 3W83A 3CU2A 5C2XA 3W86A 4O16A 3G1YA 3G1SA 2HS6A 2DZWA 3IIZA 1VS1A 3DHFA 3QW4B 3LHYA 2A1YA 4RLIA 3CB8A 4MYAA 1T99A 4FEZA 4WXZA 5E1QA 4UIOA 4S2CA 4FX7A 3E12A 1TPB1 1LLZA 1KBIA 2A6NA 3MI6A 1OFPA 3TJLA 3FOKA 4GUFA 4Y9AA 1YTEA 3BW3A 3P67A 4Z1BA 1PE1A 3MHUA 5K4ZA 3WJXA 4IWWA 1GVQA 4LOCA 1YTKA 3W1TA 3GZ3A 1JUBA 3A23A 1N55A 3HB9A 4FX6M 3TE9A 5HWNA 4K8EA 3BGGA 5KZMA 2VKZG 3M41A 1O5KA 4X9SA 5K9CA 1FCVA 2J9XA 4WY0F 1ZCOA 2QUTA 4TMCA 2NX1A 3IGUA 5I3KA 1JCJA 2EKCA 2GPTA 3FLUA 1V5XA 2WV8A 1OX6A 1X8FA 4Q33A 1LOLA 1PVNA 3UD6A 4M7SA 2F7FA 2X16A 3W71A 4YXGA 3GDLA 3W7CA 2I1OA 4ZL1A 2Y88A 4GWEA 3FJ6A 5E0KA 3W73A 2YPIA 2JGQA 3HGSA 3DU0A 1TQJA 4ZMGA 4BK9A 2R8WA 1P4CA 1TYGA 3TJXA 5AHLA 3NXFA 4E2DA 1YDOA 3MP3A 3BG5A 1TPEA 3MO7A 2BZNA 1MXSA 5EA9A 4JYDA 4K36A 3RF9A 2X2GA 5EBUA 4JDBA 4AB4A 4ALDA 1LOQA 2CLKA 4IXXA 5U4NA 1TSIA 2FTPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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