2JAL | Genus

Total Genus 177

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	177
sequence length	443
structure length	436
Chain Sequence	VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASERAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermotoga maritima
publication title	Structural Basis for Cyclophellitol Inhibition of a Beta-Glucosidase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-GLUCOSIDASE A
total genus	177
structure length	436
sequence length	443
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2006-11-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2jalA00

1VENA 3GM8A 5JBEA 3CZLA 5AYIA 1WDQA 1GVYA 3UETA 3IJ9A 1FOBA 2J7HA 2GJXA 3WQ8A 2E40A 2X05A 2VTFA 2VCAA 4AC1X 1W3KA 5C71A 2JEPA 1UKSA 3TTOA 4EKJA 5JIPA 5A8PA 2ZE0A 1P6WA 1B31A 2UY5A 2YA2A 3W0KA 4W8BA 4ZE4A 2CBUA 5M03A 4AYSA 1J0HA 2VQTA 3VIGA 3W38A 4RE2A 3VMOA 2IXUA 3WN6A 2EJ1A 5LA0A 5HNNA 2WMHA 4AZGA 2XWEA 4XUYA 4PMUA 4JFVA 4D6GA 4MJ2A 1JZ8A 3QR3A 2QLYA 1GORA 3VPLA 1JAKA 2VX4A 3VGHA 1B90A 3CIVA 1I1WA 2CETA 2CHNA 3AISA 1QNRA 3SCPA 1PX3A 3L4VA 1CXEA 5HPCA 2VRKA 3M6DA 5FCZA 1EDGA 1R86A 2VZTA 3MUZ1 5BXPA 1UR0A 3OBAA 1I75A 3BAWA 2RGLA 2WWDA 3F4VA 1X6LA 1ODUA 1E4MM 2VJXA 3ZT7A 4WF7A 3VIJA 1K9TA 4FLQA 4HOZA 2QPSA 3VIHA 2CKRA 1JYNA 3VD3A 1W1VA 4HZ6A 1H0IA 3A47A 5BRPA 4J3UA 1U33A 1ECEA 4IISA 1W2PA 2WHJA 4PCSA 3AS1A 1ZBVA 3I3EA 3MO4A 4DWSA 2ZXAA 2WKGA 3QGVA 5DT7A 1HF6A 4AMCA 1KGWA 2A3EA 4BQ5A 1GHSA 1NQ6A 4PTWA 1H0GA 2GJXB 1NWRA 4RL3A 3GXIA 2ZUMA 2BVTA 2V3GA 4OIFA 1B0IA 1QPKA 9CGTA 2VVSA 2OYLA 4A3HA 2CKSA 1E4IA 3CBWA 2J77A 1HP5A 5A3HA 2G3JA 3W6MA 4CD7A 2WBGA 3K1DA 3PTMA 1OT1A 1XSKA 1BGGA 2YL6A 5A94A 1E55A 1MW3A 3IAPA 5C70A 3BMWA 3TTYA 1A3HA 2VO5A 2VUYA 3ARVA 3ALGA 3AS2A 5GNZA 1PX8A 1FH9A 2X09A 2ZUVA 1OD0A 1E40A 1JNDA 1CXHA 3BAJA 5LA2A 1JF5A 2CBJA 2YJQA 3AIRA 1KXHA 5GNYA 1XC6A 1UWSA 1FH8A 3GYCA 3L4UA 4GI9A 2XSBA 3BC9A 2BY2A 1AQ0A 1JDDA 2J8FA 4H8VA 4CU6A 1K9EA 3ZQ9A 3O2LA 3DYMA 2CERA 1KCKA 1UZ1A 4CN4A 1QNOA 2W5FA 1OB0A 5A8NA 3WF4A 4ZE5A 3AXIA 3NYDA 2J79A 4JL2A 3GXMA 3OA5A 2WANA 5HPOA 1VFOA 3U7VA 3NDYA 5HDRA 3CHDA 1V6XA 3VD5A 3L4XA 4DWSB 2XVPA 1F4HA 2J78A 3L2MA 5CG0A 5AC5A 1JZ5A 1HKMA 1GQJA 1HT6A 4GINA 8CGTA 3LPGA 4Z2HA 1LG1A 1TVNA 1W1TA 5FKYA 1E6NA 1C7SA 3AROA 4Q22A 1V3MA 3AYRA 4UQCA 1WDPA 3ECQA 1H11A 2WW5A 3WH8A 3OG2A 4TOQA 3OLDA 3O9NA 3MS8A 1QBBA 2TAAA 2A3AA 1WZKA 2YLAA 2WNWA 3CUJA 1IT0A 3AHZA 3RCNA 1B3VA 4UQAA 1ZB5A 2DSUA 5IXEA 2A3CA 3A6OA 1CPUA 5A6LA 3GNOA 3PZ9A 3QOMA 5CPSA 4M29A 3N12A 1V3LA 2XVGA 2WCAA 4AD3A 2WLYA 1UG6A 5JBDA 4OOUA 1US2A 3WNLA 4PEEA 4TVDA 1UR8A 4ZFMA 3L4TA 1UKQA 3VDBA 3PZNA 2VR4A 3KL5A 4AEEA 1QHOA 4U31A 5E6ZA 5ABGA 1TR1A 1J18A 3GDBA 3VIFA 4LYPA 2BHYA 3ARZA 2ZX9A 2XSAA 1B3ZA 1MYRA 1CGYA 2J75A 1XH2A 1KXVA 2JALA 4D6DA 4W7VA 1NWUA 1DWJM 2XM1A 2WHMA 3POHA 1E0XA 3GBDA 1VEMA 2O92A 4J3XA 1W9UA 3BCFA 1PIGA 4UQ9A 3VIIA 3CZJA 2VCCA 4DWSD 4YN5A 2WHLA 1JYWA 2W62A 2UY3A 1E6PA 4XB3A 2EQDA 4P8WA 3W53A 5A6SA 2O9PA 2GUYA 1UR9A 1C7TA 3CUHA 1QNSA 3PZTA 1Q6EA 5HXMA 1WP6A 2OYMA 4JAWA 1W2VA 3ZJKA 1EOMA 4JIEA 3DYPA 2WZIA 1XCXA 4CD6A 7CGTA 2XTKA 5A2AA 1WE5A 4MNLA 3T09A 2QPUA 5BWFA 2EPMX 3PZIA 1UR4A 3AXHA 3WEMA 2Y24A 2PWFA 1BYBA 3F5JA 1KGXA 4KGJA 2VURA 1V0NA 4AZBA 3RMEA 4WK9A 1UR1A 1E1EA 3CHCA 3W28A 5ABHA 2VRJA 3M07A 1OINA 2WB5A 2GDUA 1JFHA 5I0DA 1XRVA 4H8UA 3ZMRA 1SYTA 1ZU8A 2D24A 2NT0A 3UG4A 3TTQA 1H41A 3U7BA 1VFFA 1GJUA 4WIWA 5E0FA 1MWOA 1PEZA 1VF8A 2V38A 2YDQA 3VIOA 2FH6A 5DT5A 3AZTA 1V0MA 3WNNA 4B3LA 2E3ZA 1V3HA 5AY7A 1EHNA 2E0PA 5A6KA 4PBGA 2YDSA 3ARPA 3SIMA 1CLXA 3TTSA 3WDIA 3ZSSA 2WVSA 3VIPA 4AY1A 3EMZA 1WDRA 4ATDA 4TX6A 3IJ8A 2G3NA 3WD2A 1JZ7A 3SCOA 3RIKA 1FHDA 1FP8A 4NF7A 2BHUA 3L2LA 3PHAA 2FHCA 3EBVA 4YHEA 1PPIA 1CXKA 1UD4A 4D6CA 3ARWA 2Y5EA 5CLTA 3KL0A 3GH7A 1J0KA 3T0DA 5E0CA 5ABFA 1XSJA 4UFKA 2VX6A 1CXFA 2JFEX 2PB1A 2CEQA 5AC4A 1UUQA 2YLLA 2JF7A 3W82A 3VU2A 4ACYA 1XH0A 1MW2A 4JFSA 3U57A 1MXDA 5HOSA 4HU8A 1K9FA 2NW0A 5A8QA 2CPUA 4OUEA 3WNPA 1QHZA 1BTCA 3O6AA 3OIHA 3JUGA 1BVNP 5JBFA 2V5CA 2J47A 4JZ5A 2O9RA 3W24A 2WCSA 3MV11 3AIEA 2J25A 1LL7A 4MAVA 3ZO9A 3K8MA 4FLRA 3GH5A 3CO4A 3POCA 5FL0A 3VGEA 3J7HA 4WKHA 4W5UA 2VRQA 5A8MA 4HP5A 3WSUA 2XVNA 4OZOA 3SCTA 3RO8A 4UFIA 2XM2A 1V02E 1VIWA 2DH3A 3WNOA 4HPHA 2VT0A 4W85A 3ZR6A 2WPGA 4DUWA 1E9LA 1W1YA 4C7FA 4D6EA 1GOOA 3GBEA 1ODZA 3G6LA 3I3BA 1UD8A 4AIUA 1LF1A 3AIBA 1IZKA 4UQBA 3LPFA 5A69A 1EGZA 3F5KA 4D72A 4DM2A 1B9ZA 2WMKA 3BSHA 3WDQA 1GZJA 3ARUA 3WIJA 2W63A 1ZJAA 2VCBA 1AQMA 3ARSA 3SCWA 4NZCA 4AD4A 5ABFB 1KR1A 1TA3A 1DHKA 4D6IA 1ZL1A 1GONA 2D3LA 2OSYA 2WSKA 1CEOA 1UA3A 4ACZA 4MTVA 2BNJA 1Q6GA 4R5EA 2J8GA 2Y4SA 3N1AA 4W7UA 4HU0A 4L4PA 6A3HA 1E70M 1OD8A 2GFTA 4B3KA 5A6MA 5FOOA 2W4XA 5CSYA 4ATWA 3MU7A 1M04A 4M82A 1V3JA 1UQZA 3THDA 4U2YA 2PWEA 1JGIA 3CPUA 3SUVA 4TTGA 1F4AA 2QMKA 4MADA 2E8ZA 1HNYA 3CZ8A 2B31A 3OLEA 4MDOA 4RE3A 3EDDA 3QHOA 2E4TA 1C8XA 2FH8A 1JI1A 2D0FA 3E1F1 1TZ7A 1TFVA 2PC8A 1BYCA 4J28A 1GOQA 4QFUA 3HN3A 1UR2A 2EPKX 1GW1A 3OGVA 1VBRA 5GNXA 4W5ZA 2E8YA 1LJYA 3VIKA 3A3HA 4AD2A 3OLGA 1UH2A 1EHAA 5FD0A 3UCQA 1W32A 3A4AA 3SCUA 1E73M 3SCSA 3IK2A 4P7QA 4UFHA 3MUAA 3T2OA 4NI3A 4D1JA 1H09A 3N13A 2D0HA 3CZEA 1Q6FA 1BSIA 4GKLA 4CVUA 2VZOA 1XHGA 3W4RA 2G41A 3NSXA 1UH3A 1DEDA 1UZ4A 1HJQA 1BQCA 1G94A 1HL9A 3AZSA 4ZXLA 3GNRA 1BYAA 1UWUA 4UZUA 1ITCA 1TA3B 2PBGA 3ZM8A 5M17A 3WELA 1DWGM 4ACZB 3DECA 2VOTA 1MQQA 4M8UA 4AWEA 1UHVA 1E5JA 3B9EA 2G4FA 4JL1A 1CXIA 3ZR5A 4BQ3A 4GO9A 1GUVA 4MNJA 5I5RA 1XGZA 4UQEA 1NARA 1VAHA 2DSVA 1JF6A 3QOKA 3UR8A 1NOUA 1M01A 3CZKA 1ISYA 1KFWA 2ZUNA 1V6UA 1C8QA 4XV0A 4AD0A 4N42A 2EXOA 2WM0A 1DWIM 5CGTA 3WMSA 4J7RA 1W9VA 2Y2WA 3CMGA 4CU8A 2F8QA 3CHFA 4C7GA 3BXWA 1D3CA 4DUVA 1DWFM 5ABEA 3SCRA 3WMBA 1PBGA 4UQDA 1TMQA 1C3FA 2J7BA 2WMJA 2BXZA 1W3LA 4AZ6A 1Q6CA 1W9BM 4HA4A 5D9OA 3WH9A 4HPGA 3VGBA 4Z2JA 5IDIA 2BY0A 3OLIA 1UYQA 1VEOA 4PUEA 4TVUA 5CZKA 2YBTA 5GPRA 3K8KA 1J12A 2X1IA 5EFFA 3F5LA 3VD4A 2WK2A 5EFDA 2W61A 4QLJA 3FHQA 4KRUA 2FHFA 3VKKA 1HKIA 1BYDA 3SUWA 1VFMA 3FW6A 5A95A 3NSNA 1V02A 2YL9A 5A2BA 4LYQA 2WCGA 5I79A 4PCTA 1N82A 1ZBCA 3W26A 4PN2A 3WFZA 4JFWA 3NIYA 2WVVA 1ZBWA 4V28A 3KL3A 1XH1A 2Z1SA 1JZ6A 1GOWA 4DM1A 4P8XA 5D4YA 3VX0A 2WHKA 5F7UA 1LLOA 1TE1A 1UD3A 3VUPA 2OWCA 1SMAA 1GQKA 2WBKA 1E6XM 2YA0A 3PZUA 2DQXA 5KZ6A 3QHNA 3T0BA 1CGVA 3CGTA 4HA3A 4AIOA 5BYWA 1OIFA 1CWYA 1PZ2A 3LPPA 2VZVA 4GXPA 2BS9A 3TA9A 2YIHA 1G1YA 1VJSA 4CD4A 3MMWA 3AZRA 1C90A 1ISZA 1KXTA 2GJRA 1E3ZA 5BROA 2CBVA 2HISA 3BMVA 1DTUA 1MQPA 4U2ZA 1QW8A 3DC0A 1NM9A 3CUFA 3TOPA 3FAXA 4V27A 1UWQA 4RE4A 1UD2A 3WQVA 3CMJA 1CDGA 1C93A 2DIEA 3WDHA 5FL1A 1J11A 3T0AA 4D71A 1BAGA 1MFUA 4UNIA 1QW9A 4C7DA 4NRRA 4P8VA 3EMQA 1TVPA 3FAWA 5I3DA 1UWTA 4CD5A 1GOMA 3PZOA 1W3JA 3SURA 5LYRA 2WVUA 1UOKA 2CIPA 1G9HA 2XWDA 3VVGA 2J62A 1OGBA 3BCDA 3ZJ7A 3SUSA 4FLSA 4KH2A 3W25A 5D9PA 1CBGA 4AZCA 1L8NA 4M24A 4IPLA 2VMFA 2WVVB 3AMCA 4AZHA 2UY4A 3VIMA 2BV9A 5CXPA 3SUTA 3GH4A 4UOZA 3AHYA 3KEHA 1SMDA 4UCFA 4GO8A 4AXNA 1JXJA 4JHOA 2HVMA 1VJZA 1FFQA 3WL1A 2D3NA 3GZAA 1G01A 5I6SA 3WUBA 1EO5A 2NSXA 3T2QA 1HVQA 4IPNB 1KWKA 4CCDA 3NDZA 1B1YA 1HJSA 4CU7A 3GTNA 3CH9A 2D1ZA 4QLLA 1OWQA 5I24A 1YHTA 3N15A 4BQ2A 2JEQA 1EIBA 1AMYA 3L4YA 3CUIA 5EBAA 3AS3A 1WO2A 4WLCA 1E5NA 2ZX7A 3MUY1 2Q8XA 1DWAM 4GIAA 3CZGA 5D9NA 5D8WA 2XUCA 4PRWA 2QF8A 1XYZA 1Y7VA 2YKKA 4HMEA 3UG5A 4DUXA 1NOWA 2FGLA 1XYFA 1WZLA 2AAAA 2ZXQA 1UKTA 2CNCA 4LPCA 4W7WA 4PMQA 4PMVA 5I77A 3BAIA 1M53A 3D5HA 5DFAA 2Y8KA 5EB8A 3MANA 4YHGA 1KB3A 1Q6DA 4AZCB 2XFYA 4S3KA 1UKPA 3MSGA 1XD1A 1UD6A 3VDAA 1SFSA 4AEFA 2ZX6A 1X1NA 2BVDA 4J3TA 2CESA 3MKKA 2D20A 1XCWA 3ARRA 3NCOA 3N17A 1DWHM 1V0KA 2XIIA 1PAMA 3EDFA 1J9YA 1JNEA 4AW7A 3IJ7A 2CITA 3W6LA 1WB0A 2RGMA 5CQ1A 4Z2IA 4OBSA 2V3EA 1J0JA 1E15A 5JIWA 1X6NA 2O9OA 5A6AA 3AIUA 1CZ1A 3N11A 1FA2A 2ZWZA 1J10A 3CTTA 2WMGA 1MW1A 1CGXA 5DF0A 3K46A 5M5DA 4YPJA 4MJ4A 1MVYA 3A4WA 5DMYA 3K4DA 1O6IA 4IM4A 1D7FA 1KCLA 2DGAA 3ARYA 2A3HA 2Z1KA 1MQRA 3HMCA 2VX7A 3WF3A 4F9JA 1PZ3A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2JALA

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