3SCQA

Crystal structure of rice bglu1 e386a mutant complexed with alpha-glucosyl fluoride
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITANGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases
rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase 7
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 195
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3scqA00
3ARRA 1ODZA 3L4ZA 3VDAA 5A3HA 1OWQA 3L2MA 2EBNA 3GTNA 1ISVA 3LPOA 5FL1A 2QHAA 1UR0A 1ZBVA 3MUZ1 3CZLA 2QMJA 1CXLA 1VEOA 4JFSA 4U31A 2VNCA 4XZBA 5HDRA 3WENA 1VRXA 1UKTA 3AMCA 1BTCA 4X0VA 2WVTA 3B8SA 2ZXDA 1OGGA 5BXPA 3HJEA 1W9VA 4HTYA 1EQCA 2X0HA 5CXPA 4TX8A 2Y24A 1LF1A 4W7VA 1W3HA 1J0IA 2NT0A 4H04A 5CPTA 3GH4A 4RE4A 5AY7A 4AY1A 3AMLA 5A8MA 2E8YA 1QNSA 3HMCA 4DUWA 4PMDA 2PWGA 1QOXA 1F4AA 3OBAA 2WPGA 2FDMA 4DWSD 2WZHA 3N11A 5JIPA 1WDSA 4YHEA 5ABFB 4AZBA 3K8LA 2FGLA 1NWTA 5ABGA 3SURA 3U7VA 4Z2IA 1QW9A 4W87A 5DO8A 2PI6A 4HMDA 3VVGA 3MSDA 5A95A 3RO8A 2PWHA 2W63A 1HJUA 1LWHA 3PBGA 4PSRA 5DEZA 2DT1A 1ZBKA 1VFFA 1M04A 1V0MA 4KWUA 1GQKA 3VIGA 3S6TA 1CPUA 4QDMA 2JIEA 2PF0A 3TTSA 1B0IA 4H8HA 3WNNA 4BZYA 4PRWA 1WZAA 2W66A 3VDCA 1NH6A 3CUHA 4W7UA 5LA1A 3QHOA 1GW1A 1W9UA 3ARXA 3SCQA 4D6CA 2JFEX 3W4RA 1GPFA 1KWKA 1HKJA 5ECUA 1UYQA 1OCQA 4Z2JA 2DIJA 6CGTA 3DYPA 5M5DA 3W81A 1K6AA 3ZSSA 2DEPA 1QNRA 1J01A 3CHFA 1OGBA 4F9JA 2JEPA 3AS2A 2GJXB 5A8PA 3BMVA 3CZJA 3G6MA 3VD9A 4PMRA 5JBDA 1ITXA 3ARWA 3AXXA 4X0NA 3IK2A 1HVXA 1VB9A 3RJXA 4HA1A 1NWSA 3ARTA 4TUFA 1HXJA 3WL1A 1JF5A 4PYSA 2VVNA 4LGXA 4D1IA 4JFTA 4CVUA 3SUWA 1PBGA 3N1AA 3NSMA 2DSUA 1VEMA 1PPIA 1HJQA 2D0GA 4JCLA 3BAYA 3KL3A 1XYFA 2WBGA 2GUYA 4XZWA 5A2BA 1JDCA 1NOFA 1PX4A 2OYLA 4NRRA 2W91A 4WK9A 1ISWA 3AHTA 1E9LA 4CU6A 3AZTA 3T2PA 5EB8A 2ESCA 4RE2A 1WAWA 1E6ZA 3ARPA 1GNXA 3EDKA 3CLWA 1FH7A 1V3KA 4MADA 4AEFA 4ML4A 4WKFA 4H8UA 4UQDA 2V3EA 3AS3A 1H41A 4E8CA 3T08A 3L2LA 4LX4A 1IT0A 4BQ2A 2B31A 1JZ3A 4Z2LA 3ARZA 1G9HA 1EA9C 2PWDA 1E3ZA 2PBGA 2XFFA 3VDHA 4MB3A 5CLWA 2J7CA 1XH0A 3QOKA 3BAXA 3VDBA 4AIEA 3F5KA 4JKLA 4U33A 4WSJA 5IHSA 3OLEA 4W7WA 1Q6GA 3OGVA 5D9MA 1E0VA 3QR3A 4CD4A 3B9DA 3FW6A 2O92A 2CKRA 3VIHA 3SCWA 4ACYA 3A3HA 1QHZA 3PZNA 2F8QA 3W82A 5HXMA 3VNZA 2EPMX 4Q22A 2J7HA 1B3XA 2VCBA 2YDQA 4B16A 3U57A 2V3GA 3VGDA 4U3CA 2ZICA 2VTFA 3W25A 4JCMA 4MB1A 2XIBA 2VX7A 2VL4A 1BHGA 1VEPA 2VJXA 2PWEA 4JKKA 5M03A 3HN3A 5A6JA 3RM4A 3UEQA 3A6OA 1JNDA 3M7SA 1CIUA 2YA1A 2WLZA 2Y2WA 4D6IA 3L4TA 3WIJA 3UCQA 4XV0A 3T0AA 2VZOA 3FAXA 3AZRA 1G0CA 3EDEA 4QP0A 1LL6A 3BH4A 2ZUNA 4P8WA 1JZ2A 1Y7VA 4AW7A 1M7XA 3WNPA 3WDIA 4AWEA 1I75A 5I78A 1R7AA 2EO7A 3GXIA 5EBAA 4PMVA 1KR1A 2DH2A 1CGUA 2Q8XA 1HJWA 3NUKA 6TAAA 1X6NA 1H1NA 2WMGA 2DT3A 4AIUA 2EPLX 1ZBCA 1BSIA 3K8KA 1UD4A 4BQ3A 5A1AA 3PZ9A 1LLOA 4E8DA 3KWXA 2YJQA 3DYMA 4PMQA 2D0FA 1WDQA 4P8XA 3T2OA 1GOIA 1UZ4A 4CN1A 3IJ9A 2OWCA 3UESA 3W27A 2DH3A 3CUFA 3FXYA 4NSBA 2XVKA 5E0FA 2ZX7A 3CBWA 3M6DA 1V6VA 4P7QA 5EFFA 4JIEA 3AIRA 2VRJA 2GSJA 3AHZA 3VUPA 3SUTA 2GJRA 1AQHA 4PBGA 4FK9A 1XSJA 2AOSA 4F9DA 2VMFA 4IM4A 1UR9A 2VX5A 2GVYA 5AC5A 4H41A 4BF7A 1ZBWA 1V08A 1UR8A 1KQYA 2CNCA 4WJXA 3JUGA 3PTQA 3THDA 1HNYA 2X0YA 2YKKA 5DT7A 4XX6A 4WIWA 3NIYA 4TTGA 2OWXA 1ECEA 3A4AA 3AIVA 4KRUA 3EDFA 3W26A 1AMYA 1UH3A 2EXOA 1EQPA 2CPUA 3UERA 3VPLA 1US2A 1ZJAA 3BLPX 5C8BB 2WWCA 3VGFA 1MFUA 4HOZA 1US3A 4PEEA 1O6IA 3CUGA 4DWSA 3NSXA 1SMAA 1VAHA 1GOOA 3MUIA 1BYCA 3BCFA 3NYDA 1MFVA 5BRPA 4EK7A 3AIQA 2JIWA 3AMKA 3FN9A 2DIEA 2FHBA 4W86A 1W3LA 3PZTA 3GNOA 1M53A 4UZSA 1E6SM 2WMHA 1MQRA 5JIWA 3BGAA 4QCFA 4W8AA 4UFKA 4TX6A 2BXYA 4MNKA 1JD9A 4LYPA 2EEXA 2WCSA 1UR4A 4IPLA 4AIOA 1E43A 4DUVA 3AHXA 1XSKA 1LJYA 2WCAA 4LPCA 5I2UA 4CU7A 3VIKA 3PZIA 2GJPA 2ZUUA 3ECQA 3CIVA 3N04A 2WMFA 2ZXQA 2A3AA 5GNZA 2UY3A 3AXIA 1H2JA 1EHAA 3K46A 1R8LA 5HBFA 1W9DM 1E6RA 4N42A 3WDJA 4AZ6A 2D1ZA 1G1YA 3ZOAA 4CUCA 1UA3A 4E2OA 1WDPA 2OSYA 4JFUA 3N18A 5D9PA 3FNDA 3IJ8A 4PUDA 3AS1A 1NOWA 2NT1A 3ARQA 4U2ZA 4OKDA 4UQ9A 1PX3A 1V0KA 5DT5A 3TOPA 1TA3A 3AXHA 3O2LA 3MMDA 3MANA 4AZ7A 2CERA 1MWOA 1J9YA 2ZWZA 3VIPA 3OIHA 2DT2A 1RD6A 2UY5A 2W62A 4QCEA 4UNIA 3SCNA 2E9LA 3RCNA 4XB3A 1UUQA 4J3VA 5BWFA 2QPSA 1J12A 3AMGA 3GXMA 4B15A 3AIEA 1EXPA 1NP0A 2XM2A 4UFLA 1C90A 1QBAA 1DHKA 2D24A 3CH9A 3CPUA 1J0JA 5ABFA 2VI0A 1V03A 5DMYA 2D23A 1HL9A 3FAWA 3CHEA 4ATWA 4TTUA 2WHLA 4QLKA 1OT2A 5A6MA 4YN5A 3L4UA 2YIHA 1ZL1A 3T09A 4EKJA 3APGA 4A3YA 3ZT5A 2J7DA 4NF7A 1ITCA 2WMKA 3AYSA 4PCTA 1QPKA 3WMBA 4KRTA 5LYRA 4URIA 1MW3A 3D5HA 1LG2A 4KGJA 3WL0A 5IXEA 1JFHA 4M29A 4LQ1A 1MQQA 4BCEA 4PMZA 3GH7A 3TA9A 3UG4A 1U33A 1DTUA 5AC4A 2YL9A 3KL5A 1QNOA 2XYLA 1FH8A 4PMUA 1KXTA 3II1A 4Z2GA 3SCOA 5ABEA 1XSIA 1B1YA 4CD7A 1I1WA 1HT6A 3OZPA 4JZ5A 3WSUA 1PX8A 4QLJA 3UG5A 3POCA 4QAWA 5I23A 1FH9A 1OGSA 1TA3B 3CMJA 3SUVA 1MW0A 5FKYA 1TVPA 1W2VA 7CGTA 1HX0A 2WC3A 1ZU8A 3HU7A 3N15A 4LXFA 4AZCA 2Y8VA 4UTFA 1KGWA 2GJXA 2CBUA 8A3HA 2O9OA 3ZSTA 4A4AA 2FHFA 2NW0A 4D72A 1C7TA 3AROA 3F5LA 6A3HA 1NWUA 3VO0A 3N12A 4Z2KA 1JGIA 2YBUA 2G3IA 1CXHA 5FD0A 3T0DA 1Q4NX 3VMPA 2HISA 3LPPA 2OWWA 2VZVA 1E6PA 3UR8A 3WD4A 3WF4A 4MAVA 1KBKA 3NJ3A 4ZE5A 1E3XA 3GBEA 2WMIB 2DSWA 3SUSA 4OJYA 4MB5A 2CHNA 1JAEA 3WUBA 1CENA 1KCKA 3WH7A 5CSUA 5I77A 4UR9A 1RH9A 1Q6CA 1V3IA 4MJ4A 3AI0A 1GORA 2CCRA 3EMQA 4W84A 1OM0A 4P8VA 4GXPA 2WBKA 4MPKA 1KGXA 3FHAA 1E71M 4KGLA 3GBDA 2CITA 4OOZA 4OBSA 5M17A 4M80A 1DEDA 1TCMA 3DYOA 4DUXA 2YL5A 3EMZA 1XV8A 1VF8A 1PAMA 5E70A 3EBVA 3B9EA 2YBTA 1GHSA 2D22A 1XD0A 4B3LA 1V02A 3POHA 2BVDA 1QHOA 4B9ZA 4ZENA 1F4HA 5CLTA 4MTVA 1PEZA 1ZS2A 3TTQA 1L0PA 5I6SA 1CNVA 1E40A 2E9BA 2WM0A 4TXEA 4AZHA 4AZCB 3W28A 3VD4A 4M8UA 1KXQA 4HP5A 3WFZA 1GQJA 3L4XA 1B2YA 1E55A 4UQBA 3L4YA 1BGAA 1BVZA 2Z1KA 1JZ8A 2WANA 4W85A 2Y4SA 4PCSA 1XH2A 1QNQA 4W5ZA 1OD8A 3THCA 1E56A 1CGWA 3ARYA 1JYNA 3RILA 2BY2A 2XM1A 1V3JA 1JFXA 3RJYA 2V5DA 4WKHA 3PTMA 2UY4A 1FP8A 1WCGA 2XFRA 1WNOA 3WUFA 5D8WA 4CCCA 4D6JA 1TUXA 2CYGA 8CGTA 5F7UA 5GQBA 1MW2A 1J18A 1DWFM 2C0HA 4JAWA 4CN4A 3WQVA 2VQTA 5DFAA 4HMCA 3ZM8A 4BQ5A 4CD8A 3NDZA 1BPLB 3BCDA 3T0BA 4CVWA 2ZX9A 1QBBA 3VM5A 3VIMA 3AIUA 1V3LA 4GI9A 3PN8A 3F5JA 3ARUA 1W3JA 1KQZA 1CGTA 1LG1A 2VR5A 2VR4A 3RIKA 5ABHA 1JI1A 4P7NA 1JYWA 3CMGA 4HOWA 2D2OA 2V3DA 1GOMA 1KWGA 1HKMA 1HJSA 4UOJA 3WQWA 2XVGA 2J4GA 1E5NA 1OSEA 1UWTA 4J28A 2XUCA 2XIIA 5FCZA 4X9YA 1CEOA 3K1DA 1KFWA 1ODUA 3I3DA 1UH2A 1VJSA 5AYIA 4J7RA 4ZEPA 1DWGM 4HMEA 1VENA 3GXDA 4PMOA 1E4NA 4GINA 3ARSA 2J75A 1PIFA 5CGMA 4Z2HA 1E72M 4S3KA 3TTYA 2BY3A 2XVNA 1KXHA 3WMCA 5D4YA 4AD5A 3PZQA 4W88A 1LL4A 2ZWYA 1W9PA 2G41A 5M3WA 3VIIA 2WSPA 2XSAA 1VFMA 3WDRA 2BVTA 3WH8A 1WE5A 2WVSA 1TVNA 1XRVA 4D6EA 2E40A 3VD3A 2ZX6A 5IDIA 1B3YA 3WD3A 3AQUA 4AXNA 2GK1B 2WHMA 1C93A 1H3GA 3KL0A 3VGEA 5I24A 5GNXA 4LYRA 3ZIZA 1KB3A 1WZLA 4FLSA 1V0LA 4TOQA 1HN1A 2J8GA 4ZE4A 2J25A 2VT0A 1QI2A 2WCGA 3AS0A 7A3HA 1JDAA 4CD5A 1CXEA 2VOTA 5A6LA 1V3MA 2VRQA 1UWUA 4P8UA 3WF2A 1X1NA 1H4PA 2IXVA 4AZ5A 1G5AA 2D3NA 2VQUA 1JF6A 2JF6A 4J3SA 3U5YA 3I3EA 1NQ6A 4HZ7A 3M46A 1EOKA 2D20A 1B90A 1BAGA 2A3CA 2J79A 4PTXA 1DWHM 3VGGA 1CGYA 4ACZB 3ZQ9A 2GDVA 3WQ5A 4EAMA 2W92A 5JUVA 1YHTA 5FOOA 4MJ2A 2DT0A 3AZSA 2V5CA 1VFUA 4DWSC 1GZJA 4P7LA 1E0XA 4GZIA 4AD0A 4U5KA 3BAIA 1HL8A 1DWJM 3SCPA 2FHCA 1D7FA 3TTOA 2XHYA 4IUGA 1JI2A 3OGRA 1C92A 3WBEA 3WH9A 4J3WA 1C3FA 3QHMA 5GNYA 3PTKA 3A47A 1VBRA 4PMXA 1EOMA 4RE3A 4GQQA 3J7HA 3WD0A 4WKAA 4JL2A 1E1FA 1E6NA 1LQ0A 4IISA 7TAAA 1E6XM 5TD4A 1J0ZA 3I3BA 5C70A 2XFYA 2WWDA 2VCAA 4CGTA 4ZXLA 3WQ4A 1NARA 2CETA 4TVCA 1BG9A 1E4MM 2CESA 1FHLA 1K9TA 2WC4A 3QHNA 4W93A 1C8QA 5C71A 2VURA 1SFSA 1UWSA 5E9AA 2VX4A 2JEQA 3AYRA 2FH8A 3KZSA 5LA0A 1S46A 1UQZA 1E5JA 2O9PA 2HVMA 1CECA 1GOWA 3GYCA 3MS8A 3WEMA 1XGZA 2RGMA 2O9TA 2ZXAA 1ZB5A 1R85A 1E73M 1CLXA 5CZKA 3ZJKA 1WKYA 2BVYA 3RMEA 2ZXBA 3VIOA 3WF1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ARR A;  1ODZ A;  3L4Z A;  3VDA A;  5A3H A;  1OWQ A;  3L2M A;  2EBN A;  3GTN A;  1ISV A;  3LPO A;  5FL1 A;  2QHA A;  1UR0 A;  1ZBV A;  3MUZ 1;  3CZL A;  2QMJ A;  1CXL A;  1VEO A;  4JFS A;  4U31 A;  2VNC A;  4XZB A;  5HDR A;  3WEN A;  1VRX A;  1UKT A;  3AMC A;  1BTC A;  4X0V A;  2WVT A;  3B8S A;  2ZXD A;  1OGG A;  5BXP A;  3HJE A;  1W9V A;  4HTY A;  1EQC A;  2X0H A;  5CXP A;  4TX8 A;  2Y24 A;  1LF1 A;  4W7V A;  1W3H A;  1J0I A;  2NT0 A;  4H04 A;  5CPT A;  3GH4 A;  4RE4 A;  5AY7 A;  4AY1 A;  3AML A;  5A8M A;  2E8Y A;  1QNS A;  3HMC A;  4DUW A;  4PMD A;  2PWG A;  1QOX A;  1F4A A;  3OBA A;  2WPG A;  2FDM A;  4DWS D;  2WZH A;  3N11 A;  5JIP A;  1WDS A;  4YHE A;  5ABF B;  4AZB A;  3K8L A;  2FGL A;  1NWT A;  5ABG A;  3SUR A;  3U7V A;  4Z2I A;  1QW9 A;  4W87 A;  5DO8 A;  2PI6 A;  4HMD A;  3VVG A;  3MSD A;  5A95 A;  3RO8 A;  2PWH A;  2W63 A;  1HJU A;  1LWH A;  3PBG A;  4PSR A;  5DEZ A;  2DT1 A;  1ZBK A;  1VFF A;  1M04 A;  1V0M A;  4KWU A;  1GQK A;  3VIG A;  3S6T A;  1CPU A;  4QDM A;  2JIE A;  2PF0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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