4HSO | Genus

Total Genus 128

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	345
structure length	345
Chain Sequence	PTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLGVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMARA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Neisseria meningitidis
publication title	Neisseria meningitidis expresses a single 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase that is inhibited primarily by phenylalanine. pubmed doi rcsb
molecule keywords	3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
total genus	128
structure length	345
sequence length	345
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2012-10-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4hsoA00

1GZGA 1CW2A 4WOZA 3W7GA 1TREA 4CQ8A 1QO2A 3QSTA 1JCLA 3HG4A 1X1OA 3HGJA 4U28A 1H7NA 3C2EA 4OBTA 1G7UA 2E77A 4JY8A 4FXRA 1TTQA 1W54A 1PS9A 2NX3A 1EX5A 1O5XA 4RJEA 5FF3A 4XKYB 4MJZA 1DHPA 2PRLA 2GOUA 2C14A 4NNCA 3S5YA 1O95A 4MVAA 5F2MA 1SR9A 1V5XA 4BI7A 1TTPA 4DEFA 3HJZA 1N7KA 3LHZA 2ZZ4A 5C2XA 4JTFA 3TXZA 4CCEA 5LZLA 1LOSA 1XM3A 3RNDA 1VYRA 3BLIA 4ZQMA 3KVKA 1SSGA 3B05A 1HO4A 1SZNA 5J5RA 5G5IA 4YL2A 4UTJA 1FY6A 1TPB1 5DCBA 1OX5A 3TFCA 1LYXA 1UUOA 4ML9A 5CZTA 3KFTA 1CI1A 3TMLA 1ZFJA 4ZL1A 5AYXA 5IM51 4BK9A 3IIXA 2YW3A 3GYEA 2AQWA 4M7SA 4FX6M 5AYZA 3M7WA 3P74A 1WXJA 4N4QA 3LI1A 4HHPA 1YDOA 4QM1A 4KFNA 3M41A 5K9XA 3QW3A 4JGDA 5DCEA 1IXOA 3L67A 2E5DA 4K7VA 3C0JA 4ADSA 2V5BA 1GJPA 5I3HA 2YYTA 2G97A 2G96A 4MY9A 4JX5A 4EF8A 3QFEA 5D2YA 3QPYA 4XUGA 3PB0A 3RMJA 2X1UA 3W73A 2VEMA 2ZRXA 1YTEA 4AF0A 4JY9A 3W23A 3MWAA 2X16A 1NEYA 1XXXA 4JN6A 3EWUA 3LHYA 4ZQPA 3PS7A 3B0PA 2HMCA 5KZEA 2WSRA 2GQ9A 4JTLA 5HQEA 3UWZA 2A7RA 4HNTA 3W7CA 3SW6A 1JCNA 1OHLA 2V8ZA 1QO5A 4FNUA 4GE8A 3V1PA 2CWNA 5F1UA 4UMAA 4XBSA 1ML1A 3QF0A 5HR7A 3EXSA 3GAKA 3NQFA 4AH7A 1LM1A 3W07A 4NU7A 3S42A 4O4VA 3S6DA 3TSDA 1LOQA 4O0ZA 2DP3A 3H55A 1XI3A 4O57A 4S1FA 4XQ6A 3VKJA 4R7JA 1L6YA 1XFBA 3C3NA 1GVOA 1WBHA 2KZHA 2FJKA 4RK8A 1RQHA 4UFIA 3R12A 4LVDA 2GVJA 1OFDA 1MEHA 4O1BA 2CZEA 4JDBA 4P61A 2IQTA 1NSJA 5DN1A 5DY2A 3TIMA 3N9RA 2OX1A 1YPIA 1JUKA 4Y6GA 1DQXA 5G4WA 1O94A 3O6CA 3T4CA 1WA3A 2WOQA 1T8XA 2R91A 2VFEA 4FNTA 5F4SA 4AEOA 3ANYA 4TO8A 1KFBA 3M44A 4B5NA 5DBUA 2YZRA 4LRSA 1TPWA 5HUPA 1X7FA 1S5WA 2E6YA 1SZEA 2WSYA 4FNPA 1JRCA 3LB0A 4KFOA 1J5TA 1BWLA 3EX4A 1K8YA 1GOXA 2BLEA 4M7TA 1I2RA 1AW5A 3M16A 3SI9A 3VCRA 4ALDA 1FDYA 3P5YA 1UASA 3BGGA 3MI2A 1OVDA 2CW6A 3NM3A 2WQPA 4FNQA 3K30A 3W1XA 2ABBA 3JRKA 5E1QA 1H50A 2Q8LA 1K3UA 2NXGA 3LOTA 1YXYA 3L0KA 1MEWA 2PE4A 2ISWA 3GDRA 3LLFA 3ATYA 1EUNA 4ZQRA 3LBCA 4OWGA 4W9TA 5CPLA 4Y96A 1VGAA 3MHFA 1ICQA 1FCBA 4NJJA 3O05A 1BKSA 4BR1A 3ELFA 4TU1A 4AWSA 3IVTA 2QCDB 3A9IA 5KZDA 3LLDA 4HT3A 3O8AA 3BG3A 2OT1A 3L5LA 5D05A 2V82A 5HINA 5D2TA 3PG8A 4OQVA 1ME7A 3S8HA 1FBAA 5ABTA 5TBOA 4K7YA 1LBLA 4HNVA 4MPQA 2J9XA 2OMAA 2VFIA 1SZFA 2CZ5A 2F84A 3DFOA 3UZ5A 5CKSA 1C9DA 2ISVA 3GIYA 2DJXA 3MYOA 1OYAA 2CU0A 1EB3A 1NFBA 5CZSA 4UTUA 2RHGA 1D9EA 3AJXA 3M1ZA 8TIMA 3IRDA 3LCWA 4JTTA 3W2KA 3GB6A 3EX6A 5I3GA 4JDYA 1RVGA 1KBIA 1F6KA 5C54A 4H4IA 3S1XA 4FO4A 1N55A 4JYFA 1WV2A 5HULA 2ALDA 1I4NA 4DXVA 4S2CA 3GK0A 2VEPA 3GXPA 2NUYA 4YXGA 3MW7A 5BMWA 2G5WA 5TIMA 2OZ0A 1GT8A 1QMLA 3QJAA 5K2ZA 2R14A 3R13A 3NL5A 3CU2A 3PUEA 3DFQA 4JTIA 1SSDA 5F2LA 1ZNNA 3C56A 3PC0A 4OT7A 2YCEA 4GXMA 1MSSA 4O28A 3LRKA 3YPIA 4L4LA 4EF9A 2W0UA 3GDMA 3RK8A 3DFNA 4G1KA 4UTHA 1UBSA 2J6XA 4QITA 4DELA 1ADOA 3NPVA 4FX7A 1IXNA 4H6KA 5DY3A 4Z1AA 4IPJA 1RD5A 4QQ3A 1HTIA 4XBKA 2Y6ZA 4TX9A 2H90A 3NYZA 4X9SA 5EL1A 3LTPA 1TPUA 3NAVA 4UFHA 4K36A 1B3OA 3STEA 3W2JA 5K4ZA 1T99A 1Q6LA 4TMCA 3F03K 5T26A 2QUUA 2YW4A 4MZ8A 2A1YA 3QEZA 2C6QA 1XBZA 2W6RA 2QR6A 3F1QA 2ZCGA 3PY2A 4IJBA 3KHJA 4K39A 3GLCA 1K7XA 3P7YA 3ZWSA 4PH6A 3G18A 3KVJA 2WO5A 1LRTA 2P10A 3EXRA 3NQAA 4LVGA 3W84A 4PL2A 2C15A 1TO3A 1KBJA 4MLJA 4Y9AA 4FNRA 1W5MA 4O50A 3LHUA 5K4XA 2RKXA 3R8RA 4NJGA 3R2GA 3BW4A 3W7MA 4NT0A 5D37A 4FXSA 1UJPA 3MI6A 2P1FA 4Z1BA 5C55A 2NWSA 3ZS4A 3OA3A 1P1XA 3MHUA 1LTDA 3RLVA 4AVFA 2E5BA 3LCIA 2V81A 4M6QA 2Y62A 3HBLA 1TB3A 1GVFA 1ZCOA 4JTUA 3TUUA 2YR1A 3G1VA 1JRBA 4DF1A 4UFMA 1I2OA 2D73A 4K37A 2I9EA 4O1DA 4WUIA 3HIJA 4LVAA 4MZYA 3FOKA 1JQXA 3LV6A 3MBFA 1AMKA 4LNYA 3C2RA 1V7YA 1SO6A 1R30A 1SQ7A 1H1YA 2QDGA 3LV5A 2ZZ5A 3CEPA 5LSMA 1C8VA 4N9DA 4IX0A 4OGZA 2V2HA 4O54A 3M9YA 2OT0A 3G1AA 3I68A 4HSNA 1VR6A 1NF0A 2QAFA 3SGZA 1G4PA 5LHFA 3N2XA 3DFSA 3F4NA 3GDLA 1IXPA 3UYCA 5G2IA 3TJXA 3M5XA 5F1VA 5HWNA 3MO7A 4MYXA 2ZTKA 4YWIA 1H1ZA 1Q6OA 4GRSA 5H2ZA 3WJWA 4KWWA 1KM3A 1VQTA 4JTSA 5DCDA 4IWWA 2AAMA 4XKYA 1KM5A 2R8WA 4Z1CA 1H63A 2PRHA 1LLZA 5D03A 3HPZA 1FDJA 3I7SA 3E02A 4A21A 4OHQA 4LY8A 1G4SA 1VCGA 3TQVA 6TIMA 2C16A 3UXDA 1KFJA 3W1LA 4BF9A 4N4PA 5D02A 2QCFA 1GPWA 3PBWA 1ZENA 1TQJA 2CLMA 5CSSA 4UTTA 2CLIA 1XC4A 1XBXA 3WK2A 2ZRVA 1K02A 1FCQA 3PBVA 4R33A 2VEIA 4ORIA 4FHAA 1DJNA 1FCUA 4LV9A 2Q3RA 4IOTA 3WJZA 3HOJA 4MLRA 3HG2A 4IQLA 2TPSA 1GVSA 5LNVA 2QJIA 2B7QA 5LNUA 1HO1A 4H3DA 1VJIA 3DENA 3QC3A 2FPTA 4QIUA 2DZXA 1H7XA 1BWKA 1EP1A 4NQ1A 2Z0IA 3LBMA 2ATSA 5D2WA 3TW7A 1NVMA 3CIXA 3TC6A 3FS2A 3B06A 2E6AA 4AHQA 5FEWA 1KW1A 2DU2A 4CQAA 3W7QA 4CNPA 3WJXA 4EIVA 3QQ1A 4PA8A 1OYCA 1G6CA 3KRSA 4LVFA 5AB3A 3EKLA 1WQ5A 1YDVA 3O6DA 5CPOA 1YLVA 5TQLA 3M0ZA 4Y8FA 3P5ZA 2FTPA 4PFMA 4IXXA 4JYDA 1LROA 2DJLA 2FB2A 5G4EA 2NXHA 3TSMA 3PF3A 2V5LA 5AHNA 5EKYA 3TA6A 1KM2A 4DPQA 1YDNA 5DXYA 2ZRWA 4HIBA 3FA5A 4NJHA 1TRIA 5DBTA 2H6RA 3LX9A 3THQA 1ICSA 4R34A 2QCNA 3IGUA 2A6NA 2Y85A 4PCFA 4NUWA 1KM0A 1EIXA 3MP5A 3CPRA 4Q33A 1L9WA 3NQDA 1A5CA 1W5OA 2WJZA 3BW3A 1H7WA 3MP3A 2WPBA 1TV8A 2NXIA 3HGOA 2HTMA 4OV4A 4LOCA 5CGQA 4N9EA 2E1DA 1W5PA 3T78A 1W5NA 4BI5A 4NZFA 4MY8A 4JEQA 1K03A 3LRMA 1K7EA 1GTHA 3HPXA 3PBYA 3P60A 3LCGA 3DH7A 3W71A 2FIQA 5LNWA 2NUWA 3TQKA 1OX4A 4O16A 4GUFA 4PTNA 1RPXA 1ZALA 2VFHA 3IIZA 5LNSA 4O8RA 3KRUA 3KVMA 1WBJA 4NVTA 1I2QA 4XZ9A 1S5TA 2XN1A 2BWGA 5AHFA 1QPQA 2V9DA 4LTSA 1OFQA 4IXHA 2VENA 2FLIA 1KFCA 5E0KA 3O6YX 5I3KA 1ZAJA 3GKAA 3NOEA 3OVRA 3G1SA 3HG3A 2QF7A 4O11A 1F5ZA 3TKFA 3B03A 5K7JA 3DHDA 1W3IA 4GUJA 1KM6A 3UZJA 4JS3A 1R2SA 3RFAA 1PVNA 4E2DA 1FWRA 5EBUA 2YFNA 5CG7A 4XTDA 1JR1A 1S3HA 3OHIA 3ZFHA 5U4NA 4LS2A 4N6FA 1J4EA 1P0KA 2WNZA 3SGUA 2TMDA 4C1LA 2X30A 4LWWA 3S5NA 4E38A 3MUXA 1SPQA 3TFXA 5H91A 2G95A 4ONVA 3CWNA 4LW7A 5E93A 2J9ZA 5KINA 3SSJA 1VCVA 3W1TA 2QCDA 1ZAIA 1D3GA 1WDWA 3FKKA 1LZOA 3HGSA 4QSHA 3UPBA 1ZJIA 4UTTC 2X2GA 3CC1A 3W7IA 4LUIA 3STFA 2DZTA 4ZZ9A 2C13A 3OG3A 3WFAA 3O16A 2JK2A 3H53A 4EOUA 1IIHA 4AF0B 2YPIA 1FDZA 1OFPA 3IIPA 5EA9A 3LRLA 1EPXA 4HNUA 1WAUA 3DXIA 1GEQA 2CLKA 1UUMA 3L0NA 4UUIA 3KX6A 3KAOA 5D32A 2J9YA 2QCCA 1LOLA 2EKCA 3KXQA 3P8IA 5G1YA 2VXNA 1F73A 3W7LA 2R94A 1PHQA 1I2NA 1JQVA 2FPVA 2H3BA 4UMCA 2GQAA 1JCYA 3PWAA 3V75A 3GXTA 2LLEA 4JTJA 2B7OA 3C61A 3PUOA 1TPVA 3UWQA 3W1RA 4P2VA 3RF9A 3A21A 2OJPA 5FF2A 3SECA 1TSIA 1UB3A 3QRHA 5I3JA 1K8XA 4O19A 1TJRA 3T40A 2DZWA 1SW7A 2A0NA 2GJLA 3P82A 4LS0A 3E9AA 3S5ZA 1TV5A 1MO0A 4I9AA 4LT9A 3TQ0A 3G0UA 4IMDA 4ZQNA 3PAJA 2CLLA 3W22A 3NDOA 3NQEA 4DO6A 4NJKA 3DI0A 4FB7A 5HNRA 4UIOA 4DF0A 3HQ1A 2VELA 3S1UA 5EPDA 4OU1A 3G1XA 1TV7A 4HSOA 3IV3A 2CLOA 3TH6A 1KM1A 4UTIA 1M6JA 2Q3OA 4FIQA 2ZQ0A 1QPRA 1T96A 2QCEA 2QCHA 2DZSA 3NR0A 5KTLA 2QAPA 1AK5A 3SR7A 4YMZA 3LM7A 2PC4A 1PIIA 5DLCA 1KA9F 4JR5A 1RZMA 5U7SA 3P80A 4L4MA 2Y70A 2ATMA 3OBKA 3IGSA 4O53A 2ISSA 5BOOA 5K3VA 3KRZA 2HSAA 3W7RA 1GVQA 1IF2A 1QPOA 4A29A 1R47A 4NX5A 4BI6A 5AFDA 1XKYA 1LRQA 2Y7EA 2NZLA 2JKPA 4IMGA 3IVSA 4LC8A 3A5FA 1W5QA 2O7SA 3S5OA 2ZA3A 4D2JA 1OFOA 5FF0A 4I7WA 3JR2A 4HNNA 1LRNA 4RZ4A 4M5PA 4K8HA 5FEZA 1JVNA 4ZQOA 1T0OA 1W3NA 3EXTA 3W9ZA 5CPNA 3VE7A 3GKFA 4QJ1A 4UNLA 5AOUA 4MFDA 1Z42A 1OFEA 3ZR4A 4HKPA 5LHEA 1KTBA 5DXXA 3W6YA 5G2WA 1KTCA 1SW3A 2QCMA 3B0VC 1QOQA 3OVPA 2ZRZA 1BEUA 2E09A 1HFBA 3D0CA 1AL8A 3O07A 4JIQA 5LNRA 4K38A 2VFFA 3GXNA 3BG5A 3N9SA 5HWMA 3C2VA 3HF3A 3FFSA 2C18A 3N14A 3QH2A 3RU6A 1VYPX 1P5BA 3M47A 1TPC1 1TJPA 3GR8A 3CWOX 3O1NA 4EWND 4Z0JA 3UQNA 2XN2A 3LERA 4O10A 1SFJA 5LGXA 4N9CA 4TR9A 3M5YA 5C5YA 3NQ7A 2Y88A 2B0MA 3P8JA 3SY5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4HSOA

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