3PBUA

Crystal structure of the mutant i96s of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-azauridine 5'-monophosphate
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAISVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus 88
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3pbuA00
3BK0A 4TMBA 4QM1A 3KAOA 1B4EA 3KOFA 4NQ1A 1HL2A 3H54A 4AB4A 3W2NA 3S5YA 1VYRA 1F7BA 1H5YA 3P82A 1X7FA 4XQ6A 2RKXA 1MEIA 2DZUA 5LNWA 7TIMA 2JKPA 3B06A 4LVDA 3ATZA 1SFLA 4CLMA 5HNRA 5F1VA 3OG3A 5LHFA 1R30A 1UBSA 4I7WA 4JDBA 3TK7A 3TSBA 5AC7A 5AYXA 3GB6A 5F1UA 4O1DA 1WBHA 2GOUA 3HPXA 3HG5A 1W5NA 2RHGA 1QPQA 3PG8A 3IIZA 4PCFA 1FDYA 2FTPA 3N3MA 4FF7A 3F4NA 3P60A 3A23A 3PM6A 2WSRA 4IJBA 4UNLA 3LGEA 4DF2A 3MHGA 2QCMA 2XFWA 3GKFA 3IIVA 3LV5A 4HSOA 5KITA 1OYAA 1B9BA 1IIGA 3JRKA 3G3DA 1W5OA 4LV4A 5K9DA 2YGYA 2ZZ7A 5CPMA 1MZHA 1PHQA 4EF9A 1PS9A 3R13A 2AGKA 5HUPA 5DBTA 5F4XA 4HN4A 4ICNA 4Z0SA 2NWRA 4Z08A 4CQ8A 2V9DA 2OZ0A 4WQ6A 2NXIA 3R5EA 3PWAA 3BLIA 3TNOA 4RLIA 1W3IA 3HPSA 5G1YA 3T4CA 3M16A 2DP3A 3DI0A 1H7RA 1RR2A 2J6XA 3C56A 5D2VA 3PSWA 2E5DA 3LM7A 3A9IA 2ZBTA 3CIWA 3FIGA 3W1MA 1OF6A 1BKSA 2A1YA 2CLOA 3CHVA 1H7NA 3CWNA 3NM3A 2ZZ1A 1KM2A 3TX9A 3U8GA 1TB3A 2LLEA 1HTIA 1OFDA 1QDSA 1ZAJA 1NAL1 3CEUA 3G24A 4OE7A 2NLIA 3W2UA 4NJIA 4LVAA 3MJYA 2QCEA 4W9TA 3UZJA 1B3OA 3LTPA 3G1SA 3W7HA 1U83A 1Z48A 1B57A 4UTKA 1XXXA 4GUIA 5KSWA 3B0PA 3NL6A 2VFFA 3NQFA 4PEKA 4DPQA 4KFNA 1TREA 1I45A 3TDFA 1TCDA 2OCZA 4LVGA 1YPFA 4LS2A 3MBDA 4RR4A 2RFGA 4A29A 5EA9A 4RX0A 4IMEA 1BEUA 1LP6A 1FCQA 1RD5A 3SFKA 1K7FA 1JCLA 2ZZ2A 3S1VA 2CLKA 2CZFA 4XKYB 2ISSA 3R2GA 1XKYA 4GE8A 3NAVA 3QPZA 4IX0A 4JNMA 1SO6A 1GG1A 2CLHA 5CPLA 4DXVA 1IXOA 3VE7A 1H1YA 3M9YA 4NU7A 3O6CA 4HNTA 2PRMA 1HO1A 5D2YA 1QPRA 4UFKA 3KVLA 4N4PA 1XBXA 3TMQA 3E12A 4XBKA 1LZOA 1IXNA 1OYCA 3HG2A 3HF3A 3TCEA 4ALDA 2Y7EA 3NPWA 4LOCA 3C4UA 3Q37A 1KLYA 1T0OA 1W56A 5FF7A 1C8VA 2XN2A 1UASA 4FX8A 2Z6JA 3W2LA 3BPWA 5KMYA 1X1ZA 2B7PA 2I14A 3E0IA 3BGJA 3H55A 4EF8A 5E1QA 2R14A 4MY9A 4WXZA 3SW6A 1RVGA 3BGGA 1TJPA 1OFQA 1BWKA 3DHDA 3G0UA 1YYAA 4N6EA 5CGQA 3PB0A 4JY9A 3G8EA 3WFAA 4ORIA 5CZJA 2IQTA 4D2JA 5AB3A 3NPXA 5ABTA 5G4EA 1YADA 1JCXA 1G4PA 1ZAHA 1JQVA 2WO5A 3W1NA 3GDKA 4JXCA 2Q8LA 2ZA1A 1TPWA 2E6DA 3MHUA 3WK1A 2WKJA 4GUJA 1JCJA 1DHPA 1JUBA 3NA8A 4UMAA 2V5BA 1O5KA 4IXHA 1AW2A 4QSHA 1WV2A 2OT1A 5BOOA 5CKSA 1DOSA 1FWSA 4MZ8A 3VFLA 1D3GA 4UNKA 1H63A 3W7JA 4U28A 2VXNA 2WSYA 2HSAA 1GTHA 2QJHA 2X16A 3LBMA 5BRBA 1SZFA 1YTKA 3PULA 1RQBA 1K8XA 4QAIA 4NX0A 5I3IA 2NX9A 1H50A 4O57A 2OJPA 4PODA 4ADTA 3TAOA 4N9BA 3CM4A 4QISA 3AO0A 3M5VA 4ZQPA 4QJ1A 5L9FA 3LI1A 1ZFJA 3HBLA 5KZMA 4H6KA 3TXZA 3MI6A 3LDVA 5EY5A 2NZLA 5K3VA 3STEA 5EKYA 1XUUA 2A6NA 1HG3A 3W22A 4CQ9A 3W7OA 2JBMA 3LCWA 4O15A 2P1FA 3S8HA 3LLDA 3PC0A 3UXAA 5C2XA 3QMRA 3MHFA 1A5BA 3BLFA 1K02A 4RK8A 2E6YA 2QDGA 3GDLA 4GXMA 4AF0A 1H7PA 5TBOA 3TSDA 4UR8A 4DF0A 2E09A 4CCCA 3W71A 1EP3A 3F4WA 4JTTA 3VE9A 5MHBA 4MLRA 1UJPA 2B7QA 3CT7A 3P7YA 4NNCA 5HR7A 2O7QA 3NZRA 3I7RA 1ZCOA 4PA8A 4BFAA 2ATMA 3TU9A 2EKCA 3BG9A 1KM1A 3DFSA 4ZQOA 1VHNA 4FNQA 3T7VA 3FLUA 3QJAA 4HSNA 1NVMA 4ML9A 4Z1AA 1W5PA 2CLEA 4XWUA 5H91A 2JKEA 4BK9A 2B7NA 3LCIA 3V1PA 3DGRA 3O6DA 2C1HA 1LTDA 2QUTA 2GQAA 2GUUA 3M6YA 4O1CA 3INPA 3EX3A 4BR1A 1L6YA 3L0NA 3T40A 1WDWA 3VI2A 1OK6A 3P62A 1KM4A 1KFJA 3W88A 3Q2DA 1WOBA 1M7PA 4UFLA 3WJWA 3MP3A 1UUOA 4X2RA 5F2GA 1OVDA 3S1UA 1JCNA 4OV4A 3UY7A 3N9RA 3LTSA 3BG3A 3QC3A 3A21A 1TPC1 1YTDA 1H1ZA 3TQKA 5F4SA 1AK5A 3V75A 1FX6A 3TW6A 3MWAA 5DN1A 1I2PA 4GC4A 3T55A 2FLIA 3ABQA 4AXKA 4LNYA 3LCFA 1SO5A 2ZYFA 4S2CA 3UZ5A 3W1XA 4UTTA 4WOQA 2JGYA 4FIQA 3FEMA 6TIMA 1R2SA 1TPVA 2GVLA 4O8RA 5D03A 5HUOA 1X1OA 4LRTA 5FI8A 5KTLA 3LXBA 4I9AA 2FFCA 3SSJA 5J5RA 3C52A 3TFXA 1OYBA 3N34A 4O19A 5AN7A 1OX4A 4UTJA 3W74A 4LVFA 1UB3A 4O16A 2WNNA 3UWYA 5SWUA 4UR7A 1GJPA 3GDRA 4E38A 4NVTA 2JK2A 1DKWA 5G2WA 3A24A 2F84A 1LM1A 3W7IA 1SUXA 1YDNA 3TA6A 2H6RA 3JS3A 1IXQA 1IGSA 3O16A 3M1ZA 3NL5A 3HPZA 2EAWA 3CU2A 1EPXA 1GVFA 2Y62A 3S1XA 1KV5A 3RNDA 1VC4A 2ABBA 2BWGA 3ATYA 5E0KA 4FO4A 2QJIA 3BLEA 4A2RA 1VYPX 4RXFA 1M7OA 1ONRA 3PF3A 3EX1A 2C13A 5BW6A 2DZVA 3TJLA 1OFOA 2XN0A 2YDAA 2AAMA 2VEMA 2ZFAA 4PL2A 3ZR4A 3UNDA 3W7GA 4O10A 3QZEA 2A4AA 1LORA 1YTEA 2PE4A 2V82A 4JTSA 3GZ3A 1PL9A 1MEWA 1VRDA 1JUEA 3PBVA 3W07A 1F6KA 3EWXA 2FPYA 4MY8A 5C6MA 4PL1A 5AC8A 2F7FA 2J9YA 2YW4A 3KVMA 4JTHA 3MP5A 4JEQA 2ZRUA 4PFMA 4CCDA 3W7LA 2ZZ5A 3IVSA 4A3UA 4MYXA 2QR6A 5D09A 1N8FA 3DHFA 3P81A 1IF2A 3Q58A 2Y89A 3EWWA 3G1FA 5G2HA 4LWWA 3M0ZA 2VFGA 1ZNNA 2NXGA 1K7EA 4R33A 3NL2A 3L68A 2YYUA 3S42A 5CZSA 1SSGA 1TPEA 4ONVA 1KW1A 3NNTA 2YFOA 4HHPA 5HINA 2G5WA 1AMKA 5FEZA 4O52A 1D9EA 1EWDA 2PCQA 3LCGA 3WJZA 2JGQA 4LW7A 4LV9A 1PIIA 3EB2A 1Z42A 4IPIA 3ANYA 3TKFA 4GRSA 3LHZA 2C16A 1KFEA 3TW7A 4HNUA 1SQ7A 3QPYA 4O0ZA 3GIYA 1SO4A 1WOAA 4LTSA 2H8ZA 1RQEA 1P4CA 3EKZA 1K3UA 3W2KA 4JTJA 2RDUA 4FNSA 5DCBA 2CFFA 5EMUA 1IXPA 1G67A 1S5WA 3IRDA 4IMCA 3MUXA 1Q3NA 2CLLA 3KRUA 2Q8ZA 2HMCA 3QM3A 4JR5A 4BWLC 3G3MA 3EX6A 4Y8FA 1XDMA 3DENA 4GUHA 2DJXA 3OA3A 2WSQA 2A21A 4XTIA 1J4EA 3GNNA 3GXNA 3W1UA 1G4EA 3STGA 1KLZA 3T44A 3QFEA 4K7YA 3OHIA 3W9ZA 3CB8A 3P74A 4UUIA 4LVBA 2I9EA 4HNVA 3DKLA 3L67A 3MYOA 1ICSA 2C18A 3IGSA 2I1OA 1X8FA 1EUNA 4BWLA 1GTEA 5IBXC 3T78A 3QH2A 4PH6A 1P0KA 2X1UA 2CU0A 1VLWA 3QSRA 3GR7A 4P2VA 5DXYA 4UFJA 4OBTA 2WNZA 1GVOA 4NJKA 4UTWC 5HWJA 1PV8A 3LERA 1YPIA 4I7UA 4FNUA 5LNUA 3CPRA 3NEVA 4JTFA 1QFEA 5K9XA 3A5VA 3B8DA 1FDZA 1ALDA 2EGZA 3P8IA 4N9EA 1MSSA 3G18A 1K7XA 4RKAA 4O13A 2VC6A 5IBXA 3W1AA 2R8WA 3DU0A 4MY1A 4NX5A 3PS7A 2ZRZA 2A5HA 3KX6A 1TV5A 2D73A 2WJZA 3QYQA 2Z1BA 4O53A 3IIXA 4KWWA 3NQEA 1TPUA 3G1HA 1EX5A 1OFAA 4TO8A 3PSVA 1W37A 3W7DA 3W3OA 4X9SA 3EXTA 1AW1A 4QITA 3W1QA 4O28A 1VYSX 2GJNA 1H7OA 3GXPA 1OK4A 1LBLA 1HUVA 1TRIA 1WX0A 4MIMA 3RMJA 1TV8A 3F1QA 4JX4A 3SZ8A 1FCVA 5GVJA 3W76A 1C9DA 1GZGA 4JTIA 4GUGA 1Q6OA 1AW5A 1OF8A 1N7KA 2ZRYA 3PUEA 1QOQA 2C15A 3B05A 1VLIA 1PHWA 4NXKA 1LOSA 4E2BA 1ME8A 4O11A 5EPDA 4BI6A 1QR7A 5BNKA 3EWBX 2Z6IA 3W7EA 1MEHA 3AJXA 3M41A 3S5NA 3M7WA 1KM3A 3P5ZA 1ZAIA 4ZQMA 1VCVA 4POCA 3UWQA 1F76A 2VKZG 1NEYA 3W1RA 2NX3A 4WY0A 5D38A 4LRSA 2ZA3A 3PUDA 3LTYA 3G0XA 2E6FA 5DCDA 4YMZA 3YPIA 4X3ZA 1E51A 3OVRA 4YWIA 3TAKA 1KBJA 3HGRA 3ABOA 1R47A 3L5MA 3KVJA 1XBYA 4N4QA 1THFD 1KBIA 3W2MA 2X30A 1TQXA 1MXSA 3QQ1A 5D05A 4S2BA 4FB7A 5D37A 4DELA 3NQ8A 1SW0A 1AL7A 1FCBA 4Y9AA 3PB2A 5AHFA 4LUJA 3S1WA 4R53A 4AMAA 5I3FA 1RV8A 2GQ8A 1OG0A 3FYPA 2X1TA 3L66A 1SZEA 1VS1A 5AYYA 5AHMA 2PRLA 1RQHA 5D32A 2QJGA 1JCYA 1GPWA 1WYIA 4FX6M 3PR2A 5FEPA 5LNSA 1KFCA 1O95A 3TFCA 2ZCGA 2ZRVA 1L6SA 1R2RA 5TIMA 5CSSA 4C1LA 1NF0A 3O15A 3NR0A 1TJRA 3G22A 1GYLA 5C55A 1XC4A 4O17A 4GWEA 4OQVA 2Y61A 1JQXA 3QF0A 3P8JA 4XTDA 4N02A 5C5YA 1VHCA 1S5TA 4WXYA 4UCGA 1QWGA 1M6JA 2X1SA 2VOMA 2ATSA 2B4GA 2C19A 4CNOA 3R8RA 3NDOA 4RZ5A 3W85A 3S5ZA 5HJLA 1TPDA 1W5MA 3I65A 4UTHA 4OT7A 4ZZ9A 1XM3A 3PBYA 1MO0A 5HWNA 1L6WA 1FQ0A 1KM6A 5K4ZA 2KZHA 1ZALA 3W7PA 4IOTA 3OVQA 3A22A 4LS1A 2VFEA 1A53A 3G8RA 2A7RA 1O60A 3B04A 4JX6A 4XBSA 3HG3A 3U6WA 4N9CA 1A5CA 1VJIA 1FXPA 4O4VA 3N2MA 3HIJA 3LB0A 3O07A 5G5IA 4K38A 2TMDA 4K36A 4UMCA 2FJKA 4IMDA 1ZJIA 1Z41A 4LS0A 1EEPA 1TTJA 5I3HA 2QDHA 4DBEA 3FYOA 3IVUA 2WNQA 4G1KA 4A22A 3BW2A 3QQ0A 3N19B 4OHQA 3C2FA 2QEZA 2YFNA 3EKLA 3NQ6A 4GFSA 2CLMA 1TTIA 1I8JA 3IIOA 3FKRA 3C61A 1JRBA 3DBPA 4OV9A 3GK0A 3TQ0A 1DORA 5D30A 3TV8A 3C3NA 2VEKA 5K2ZA 2O7SA 3M43A 3LRLA 2R94A 5BMWA 2YXGA 3DFOA 3QMSA 3FS2A 1L2UA 1KM5A 4MOZA 1JRCA 4BF9A 5K9CA 3FA5A 1TMHA 4KFOA 4TMCA 2DJLA 4AH7A 1UCWA 3MP4A 4BI7A 4O1BA 3NM1A 1EWEA 3G1XA 3L5LA 2VELA 2ZDRA 1OX6A 1W8SA 2QAFA 4LC6A 1FBAA 1XI3A 3IGUA 3L2IA 1TIMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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