3SCNA

Crystal structure of rice bglu1 e386g mutant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITGNGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases
rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase 7
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 194
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3scnA00
1VFOA 1HJSA 1WDRA 3HMCA 2NT1A 4Z2GA 3THCA 1WKYA 1MVYA 3PN8A 5A6JA 2BVTA 4PCSA 3GH5A 4YPJA 1ZL1A 2ZUNA 5BXTA 1DWGM 5GQBA 2PWHA 3SUVA 4IPNB 3GXIA 1UKOA 3RM8A 1EXPA 3ZJ6A 3F5JA 3BSHA 4GXPA 1BQCA 3VIKA 2CESA 5EFDA 3WQVA 5C70A 2QV4A 3FNDA 1JZ4A 4EE9A 3DHPA 3QHNA 1WO2A 1U33A 4PUEA 4W87A 5A2AA 3VDAA 1R85A 3CZKA 5LA2A 4FLQA 3O2LA 1EA9C 4BCEA 5M5DA 3N15A 3UG4A 4M24A 2FDMA 3CGTA 1E0VA 3W26A 4AMCA 4PTVA 1JZ2A 3CZGA 2C8NA 3WD4A 5JIWA 2EJ1A 1CGVA 2VZTA 5HNNA 4GI8A 1KQZA 4TTUA 1DWHM 1SMDA 4UQBA 2WPGA 3PZQA 4UZUA 1XCXA 4P7QA 3WDIA 3ECQA 1AMYA 1KXTA 1ITXA 3A6OA 1JIBA 1UA3A 1B3YA 1X1NA 1ECEA 2IXVA 2VCCA 1J10A 4V27A 2J7GA 1E40A 3TTSA 2ZXAA 3S6TA 4MNLA 5BWFA 2WCAA 1TFVA 1UHVA 4M1RA 4UFIA 3VD3A 3WSUA 1CYGA 3ZJKA 3VIGA 2GJRA 2G4FA 4Q7NA 2CCRA 3SCTA 1TZ7A 1UOKA 2VCAA 2DEPA 4GINA 1NP0A 4QCFA 3VIOA 4PMRA 3N9KA 3ARRA 3LMYA 1CGUA 1IZKA 1B3VA 3WF4A 2VT0A 4AC1X 2YL8A 1W3JA 5A6KA 3WH6A 2CNCA 1E6QM 3OBAA 1I1WA 1B3ZA 1GHSA 2QPUA 3UESA 1VIWA 1AQ0A 1B2YA 3VIMA 1UWIA 2G3IA 1V6UA 3ARWA 1LL4A 3AXXA 1K9DA 3SCUA 2TAAA 4BF7A 2YBUA 3UCQA 2GK1A 3OGVA 1GQIA 2VZOA 4GQRA 3OA5A 1R86A 4D71A 5GNYA 4CN4A 1U2YA 2V38A 3F5KA 1YHTA 4XV0A 5AYIA 1GONA 4LQ1A 4MDPA 1W9UA 3VMNA 1JDAA 3DECA 1PAMA 1FH7A 2D24A 1M03A 4JCLA 4H04A 2W62A 3PZIA 1F4HA 3WUBA 1XSIA 4TTGA 3NJ3A 3J7HA 3T09A 1HJXA 3UR8A 3WDQA 4MNJA 5CLTA 1JD7A 1MQQA 1CLXA 4OJYA 5IXEA 3BC9A 4XB3A 2W4XA 5CLWA 5BXRA 3VD9A 3MMUA 3WF1A 1KXVA 5A6LA 7CGTA 3ARYA 4KWUA 3NSXA 5I24A 4UQCA 1EDTA 2BNJA 2CKSA 1CECA 2EBNA 3AS0A 3W6MA 1OM0A 4Y7EA 4F9DA 3EDDA 3QHOA 1QNOA 4NRRA 2GK1B 1UH4A 3WNKA 5BRPA 2GDUA 2Y8KA 4CVWA 3PZMA 4ML4A 2ZXBA 1NWSA 2ZWYA 2WSKA 1W9XA 1AVAA 1ISZA 1QW8A 4D72A 2J7HA 3VMPA 3RM4A 2EPLX 4YN5A 4U5IA 3WENA 3VD7A 4XX6A 1J11A 1VJSA 2JF6A 4JFWA 3UG5A 5D9PA 3GNPA 1M01A 1IT0A 1P6WA 6CGTA 2AMGA 3WQ8A 4UOJA 3VDCA 3WD2A 4EAMA 1GCYA 4MNMA 5FCZA 1DWAM 3CPUA 4DWSD 1TR1A 2VR5A 5A8OA 5M3WA 5HBFA 5E6ZA 1E6NA 4J7RA 1ZJAA 4CD7A 1PBGA 4J3WA 4PMNA 4FLOA 3TTYA 5BROA 3N1AA 1UD6A 3ZMRA 5CPTA 1J0IA 2DT0A 3AIBA 3AIEA 5HPOA 2BXZA 1OCQA 2ZUWA 2WMFA 2DH2A 1NARA 3L4UA 4F9JA 2GJPA 4JIEA 3K8KA 4JKMA 2CERA 2HISA 5EMYA 4PRWA 1W32A 5FD0A 4W8LA 1Q4NX 1E70M 1V03A 2G3MA 3CHDA 5DT7A 1V3IA 1UR9A 3KZSA 5A2CA 3U7VA 1H3GA 2HVMA 4JAWA 4S3JA 2DSWA 3WNLA 3AICA 3AMCA 1CZ1A 3VU2A 5AYBA 2O9OA 4LGXA 1JL8A 2UY3A 1WDQA 1W1YA 3BGAA 3BAYA 1BF2A 4QP0A 5A6MA 2X1IA 1UWUA 1S46A 3W37A 9CGTA 2DDXA 1Q6CA 3VVGA 3DYPA 1TVPA 2VL4A 3WNPA 1E73M 4E4PA 5KZ6A 2VJXA 4AD1A 3FHAA 3PTQA 4OKDA 3OGSA 1JXJA 3K1DA 4MB4A 1NM9A 1EIBA 1G5AA 2JFEX 3RDKA 2Y4SA 1WAWA 1OIMA 4ATWA 2PF0A 4PN2A 1PEZA 3A3HA 3G6MA 1WZMA 1W3KA 1C7TA 2JIEA 2YBTA 1Y7VA 2PBGA 2BY1A 1MW3A 3KL5A 3WF3A 3EBVA 2WMIA 3VD4A 1RD6A 1UYQA 2D20A 1V3JA 4HPHA 4QLLA 2WC3A 1W1VA 1W1TA 4TXEA 2PBOA 4M81A 1LL7A 3QOMA 1XH1A 6TAAA 1BTCA 4U5KA 1LLOA 3ZM8A 2XM1A 4CD6A 1UD3A 2V3EA 5D9MA 2V5DA 1UWTA 1JZ7A 2EO7A 1JXKA 1J01A 3L4YA 3SCRA 4CCDA 3N04A 1XV8A 3ARPA 3WFZA 1J0ZA 1VFMA 4PMXA 5FKYA 4ZE4A 1A3HA 4JFSA 4U31A 3MUIA 4Q22A 5D9OA 3WMBA 3ZT7A 3WDJA 1NQ6A 3EMCA 4ZEPA 1HJUA 2W67A 3AS3A 4QLKA 2RGLA 1GVYA 2BHYA 2EPOA 2UY2A 3KL0A 3VM5A 3PHAA 3CMJA 1MXGA 4AXNA 3W82A 5JIPA 1RP9A 5E09A 2JIWA 5BCAA 4D6JA 1LG1A 3WEOA 3EYPA 1CPUA 1E56A 1PX8A 1V3MA 3K46A 1QNSA 2CXGA 3CZEA 1NWTA 2WMIB 4QCEA 5JUVA 3ARUA 2J62A 1J9YA 3CO4A 4M82A 4CD5A 4ACZB 2WZIA 1JAKA 5FOOA 1CENA 4OZOA 2W91A 4WSJA 2J7DA 3SIMA 5I2UA 2WKGA 2VTFA 1XH2A 5HDRA 1BYAA 3PZGA 4MJ2A 2VURA 1EO5A 3BCDA 3RM9A 5D8ZA 4CUCA 1V3LA 3O9NA 1C92A 4IM4A 1W91A 1VBRA 5D9NA 1M7XA 1CXLA 1EH9A 1B9ZA 5DF0A 5DT5A 4PCTA 4W5UA 2ZX7A 2WCSA 4J3XA 1QBAA 2D0HA 2Y5EA 3N11A 1HX0A 1V02A 1OD0A 2OSYA 3SCSA 1EDQA 3BMVA 1L0PA 4A4AA 1JF5A 3ARQA 1H2JA 2ZXQA 3ARSA 1WZAA 2WWCA 1H41A 1EDGA 1VB9A 1VFUA 4QFUA 4H8UA 3SCNA 3NDZA 2DT3A 4MAZA 4BA0A 4U33A 3TP4A 1FFRA 3M7SA 1UH3A 4AZIA 1E1FA 2XWDA 1PIFA 4M8UA 5HOSA 2DIJA 3T2PA 2O92A 4L4OA 2YL9A 3IJ8A 1ESWA 3O6AA 3GXMA 3GH4A 2J75A 3ZSSA 3IJ9A 3OLEA 4P7RA 1WCGA 4JKLA 4ZFMA 3CZ8A 2WHJA 2YIHA 3CZLA 3OGRA 4PUDA 3PTKA 1FHDA 4V2XA 2WHLA 4HMCA 3T0BA 3SUWA 3VGEA 5ABGA 1VBUA 1W3LA 1SR0A 5A8QA 1E5JA 1C91A 2G8ZA 1CWYA 2F61A 1CNVA 3AI0A 4PMQA 1VF8A 5IDIA 4OBSA 1V6WA 4JHZA 3ZJ7A 2GSJA 3VTRA 5FIPA 4UFHA 2AAAA 4A3HA 1HVQA 1TUXA 2GVYA 3ZSTA 3SURA 3N12A 1FOBA 4K68A 1V3KA 1X6LA 2BXYA 3GBDA 4LYPA 2YDSA 1HXJA 2WBKA 3GNRA 3WH7A 2NT0A 1EQCA 3QGVA 3L2MA 1RPKA 2WB5A 3WELA 1G1YA 4B3LA 1VJZA 1K9EA 3PZUA 4WF7A 4HP5A 2CEQA 4PSRA 2CITA 3K8LA 1XHGA 1LL6A 1L8NA 5C71A 2OWCA 4GPNA 3AMGA 3WMCA 1CXHA 4HOXA 5I0DA 4JFTA 4M80A 4OIFA 3AIVA 3OLDA 1E6RA 3VUPA 4E2OA 3OB8A 2X05A 1E4NA 1C7SA 2BY2A 1VEOA 2WZEA 2YA2A 3A4WA 1D2KA 1W9BM 2PWDA 1OGGA 1E0XA 4DM2A 1C8YA 1QNRA 4PTMA 1XC6A 4UFLA 1CXKA 4AISA 1K6AA 4S3KA 5DMYA 1MWOA 4UNIA 4PMVA 1XGZA 4F66A 5I5RA 2VRQA 3AZTA 5BRQA 5BYWA 4HZ6A 3UG3A 3AIQA 1QPKA 5I6SA 1E72M 2BS9A 3KWXA 3T2QA 1FP9A 4YHGA 1KGUA 2DQXA 2GJXA 2BV9A 5JBEA 3U5UA 2PWGA 3B9DA 5ABEA 3FW6A 4CN1A 1TVNA 1BGAA 3LPPA 2UWFA 3SCPA 1FFQA 2ZICA 3WF2A 3AZRA 4H7VA 3W38A 2BVDA 4UCFA 1BG9A 1US2A 3AXHA 2G3NA 1D7FA 3GBEA 1Q6GA 3AIWA 2PWEA 1QNPA 1HN1A 7A3HA 4EANA 2WWDA 2WW5A 1ZBKA 1EO7A 1UWRA 4CVUA 5DFAA 4TVDA 4ZE5A 3D3AA 4V28A 3I3DA 2E0PA 3AROA 4RL3A 3WKZA 1HJQA 3MV01 2A3CA 4TVCA 3RPMA 4AZBA 2VRKA 1BFNA 1BPLB 4W85A 2E40A 1HL8A 2GJXB 2PWFA 1KB3A 2QHAA 4NRSA 4PMOA 3WEZA 1ZBCA 4UOQA 5CG0A 1EOMA 3U7BA 4CCEA 1GVIA 4QLJA 3QHMA 3GXDA 4FLRA 2J77A 2X0YA 1UKTA 4NI3A 1Z32X 2VO5A 3VDBA 2W61A 4P7LA 3WEMA 4J3TA 4H8VA 2J4GA 4EKJA 3WUEA 5ABFA 4IUGA 2V3GA 2ZUTA 1WZLA 4GI9A 3AHTA 4D6GA 3BCFA 3WH8A 1GQJA 4HU0A 1UD5A 2QMJA 4U2YA 5GPRA 5I77A 3T08A 3MU7A 5CPSA 1JYVA 2YL5A 3VX1A 3AIUA 3RJXA 3MKKA 2VVSA 1LWJA 4MJ4A 3GM8A 1ZBWA 3ZO9A 3EDFA 2J47A 4UQ9A 2JEQA 4OUEA 5C8BB 3NSMA 4P8VA 2OWXA 2VR4A 1CGYA 2VX5A 1WNOA 4GZEA 1UG6A 1MXDA 3SUSA 1RH9A 4J27A 2E9LA 1MQRA 1TA3A 3CTTA 4U3AA 4D1IA 1NOUA 2O9RA 1WZKA 4MB3A 3UERA 4AIEA 4KRTA 2WVVA 3MUY1 1G0CA 2EPMX 3K4DA 2VZVA 1B31A 1GOOA 3IAPA 2DIEA 4LXFA 1FA2A 4W89A 5ABFB 1BAGA 2QMKA 3ZT5A 3L4TA 4MNKA 1W1PA 2XTKA 1UR4A 4H8HA 3WQ5A 1FH9A 3MUZ1 2A3HA 4D1JA 4CU7A 4JL1A 1SFSA 4FK9A 1CTNA 2WAGA 2FHCA 3SEPA 4PYSA 2WSPA 3WIJA 1SMAA 1V0KA 3QR3A 1GOKA 1UD2A 4UQEA 1R7AA 4JL2A 2OWWA 2VZSA 3L4VA 2WC4A 1WB0A 4MB5A 3RCNA 1LG2A 1CGWA 2VCBA 3VOCA 2ZWZA 4WIWA 1QI0A 2GUYA 1TA3B 1X6NA 5I3DA 2ZOXA 4HMEA 4B15A 1WDPA 3VNYA 1GUVA 4W8AA 1ZBVA 1ISWA 3WFLA 3AHZA 2AOSA 5IFPA 3AHVA 1DWIM 2VQUA 1KGWA 2XGBA 4ACYA 5A6BD 3OIHA 5D8WA 3W53A 3AS1A 4PSPA 4IPLA 3VINA 2XVGA 4JFUA 2J7BA 4E8CA 4UR9A 3U5YA 1QHOA 1HIZA 1KBBA 2XIIA 3NYDA 1KWKA 3VGHA 2OYMA 3BLKA 1ODUA 4DM1A 4E8DA 1JF6A 2CKRA 3AFBA 1E3ZA 1XD1A 2E8YA 2CPUA 4NZCA 3IAQA 1A47A 3CHFA 2XIBA 1C90A 4X0VA 4AZGA 4HOZA 1K9FA 3U57A 2JALA 5A8PA 1CEOA 4W93A 2XPKA 3AMLA 1PZ3A 1W9PA 2WKLA 2JEPA 2WHMA 3GYCA 3EMZA 3AJ7A 4HZ7A 2FGLA 3MS8A 1KXQA 1VEPA 5LYRA 4C7GA 3MUAA 3WL1A 3VD5A 3PZOA 1JZ5A 1LQ0A 2OYKA 2J8GA 3BAIA 1CGXA 5LA1A 1KWGA 3JUGA 4AEFA 3WD3A 1IZJA 2J79A 3CHCA 3VDHA 1JI2A 2CHOA 1QW9A 1W2VA 2C0HA 2PI6A 1UUQA 4J28A 1DWFM 2J7EA 1HT6A 2X09A 1AQMA 3WNOA 1FP8A 2ZUSA 3CUGA 3T0AA 2CETA 3POCA 1KFWA 2VX7A 1JGIA 3AS2A 3BXWA 8CGTA 1WDSA 3ZIZA 1QHZA 2VQTA 4P8XA 3T2OA 2QPSA 4AIOA 1KQYA 1E6PA 1BVNP 2WLYA 3W81A 4KH2A 1UA7A 3DHUA 4UFKA 4W88A 2V3DA 3CIVA 3VGBA 1XYZA 3VIPA 5A8MA 1V0MA 1JZ8A 1VFFA 1E15A 2D0FA 2XVLA 2UY5A 1MFUA 2ZX8A 3AXIA 4Z2LA 2WNWA 3VO0A 4GO8A 4CN6A 3WQ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VFO A;  1HJS A;  1WDR A;  3HMC A;  2NT1 A;  4Z2G A;  3THC A;  1WKY A;  1MVY A;  3PN8 A;  5A6J A;  2BVT A;  4PCS A;  3GH5 A;  4YPJ A;  1ZL1 A;  2ZUN A;  5BXT A;  1DWG M;  5GQB A;  2PWH A;  3SUV A;  4IPN B;  3GXI A;  1UKO A;  3RM8 A;  1EXP A;  3ZJ6 A;  3F5J A;  3BSH A;  4GXP A;  1BQC A;  3VIK A;  2CES A;  5EFD A;  3WQV A;  5C70 A;  2QV4 A;  3FND A;  1JZ4 A;  4EE9 A;  3DHP A;  3QHN A;  1WO2 A;  1U33 A;  4PUE A;  4W87 A;  5A2A A;  3VDA A;  1R85 A;  3CZK A;  5LA2 A;  4FLQ A;  3O2L A;  1EA9 C;  4BCE A;  5M5D A;  3N15 A;  3UG4 A;  4M24 A;  2FDM A;  3CGT A;  1E0V A;  3W26 A;  4AMC A;  4PTV A;  1JZ2 A;  3CZG A;  2C8N A;  3WD4 A;  5JIW A;  2EJ1 A;  1CGV A;  2VZT A;  5HNN A;  4GI8 A;  1KQZ A;  4TTU A;  1DWH M;  1SMD A;  4UQB A;  2WPG A;  3PZQ A;  4UZU A;  1XCX A;  4P7Q A;  3WDI A;  3ECQ A;  1AMY A;  1KXT A;  1ITX A;  3A6O A;  1JIB A;  1UA3 A;  1B3Y A;  1X1N A;  1ECE A;  2IXV A;  2VCC A;  1J10 A;  4V27 A;  2J7G A;  1E40 A;  3TTS A;  2ZXA A;  3S6T A;  4MNL A;  5BWF A;  2WCA A;  1TFV A;  1UHV A;  4M1R A;  4UFI A;  3VD3 A;  3WSU A;  1CYG A;  3ZJK A;  3VIG A;  2GJR A;  2G4F A;  4Q7N A;  2CCR A;  3SCT A;  1TZ7 A;  1UOK A;  2VCA A;  2DEP A;  4GIN A;  1NP0 A;  4QCF A;  3VIO A;  4PMR A;  3N9K A;  3ARR A;  3LMY A;  1CGU A;  1IZK A;  1B3V A;  3WF4 A;  2VT0 A;  4AC1 X;  2YL8 A;  1W3J A;  5A6K A;  3WH6 A;  2CNC A;  1E6Q M;  3OBA A;  1I1W A;  1B3Z A;  1GHS A;  2QPU A;  3UES A;  1VIW A;  1AQ0 A;  1B2Y A;  3VIM A;  1UWI A;  2G3I A;  1V6U A;  3ARW A;  1LL4 A;  3AXX A;  1K9D A;  3SCU A;  2TAA A;  4BF7 A;  2YBU A;  3UCQ A;  2GK1 A;  3OGV A;  1GQI A;  2VZO A;  4GQR A;  3OA5 A;  1R86 A;  4D71 A;  5GNY A;  4CN4 A;  1U2Y A;  2V38 A;  3F5K A;  1YHT A;  4XV0 A;  5AYI A;  1GON A;  4LQ1 A;  4MDP A;  1W9U A;  3VMN A;  1JDA A;  3DEC A;  1PAM A;  1FH7 A;  2D24 A;  1M03 A;  4JCL A;  4H04 A;  2W62 A;  3PZI A;  1F4H A;  3WUB A;  1XSI A;  4TTG A;  3NJ3 A;  3J7H A;  3T09 A;  1HJX A;  3UR8 A;  3WDQ A;  4MNJ A;  5CLT A;  1JD7 A;  1MQQ A;  1CLX A;  4OJY A;  5IXE A;  3BC9 A;  4XB3 A;  2W4X A;  5CLW A;  5BXR A;  3VD9 A;  3MMU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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