4UMB | Genus

Total Genus 132

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	132
sequence length	335
structure length	335
Chain Sequence	KELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMARA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural Analysis of Substrate-Mimicking Inhibitors in Complex with Neisseria Meningitidis 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate 7-Phosphate Synthase - the Importance of Accommodating the Active Site Water. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
molecule tags	Transferase
source organism	Neisseria meningitidis
total genus	132
structure length	335
sequence length	335
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2014-05-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4umbA00

2W79A 4AH7A 4JTKA 2TPSA 4L4MA 2ALDA 1PV8A 5F4WA 2A6NA 3G3MA 2FPVA 3CWOX 1I2QA 2RDUA 3H54A 3ANYA 3LRLA 1D3GA 1KLZA 3DI0A 4UTKA 4Q33A 3T55A 1KM0A 3DFOA 2QUVA 3TJXA 4OGZA 1W1ZA 2IQTA 1TJRA 1P5BA 3QF0A 1S3HA 5DCBA 3SY5A 1NSJA 4NJGA 3UWZA 3S1VA 2X1RA 2YCEA 3QQ1A 2F7FA 3TMQA 1AL8A 4AWSA 1TV5A 1OX4B 2CZFA 4GBUA 3U2OA 2PRLA 2A85A 3SZ8A 2ISVA 4JIQA 3NQ8A 1YLVA 2CU0A 1XL9A 2VXNA 2BWGA 3OBKA 1JQXA 1UBSA 4N9DA 1U5JA 3M1ZA 4WUIA 3EXSA 1TPB1 3HG2A 3NVTA 4FNPA 3GZ3A 4O0ZA 3W7OA 4JS3A 4EWND 3W6YA 2X1TA 3FKKA 4GJ1A 2EPHA 5CPNA 3FKRA 3IVTA 4JTTA 1O4UA 4O1CA 1V7YA 5AHFA 5C54A 3FEMA 1H7RA 4FHAA 3G3DA 2QDGA 4N02A 1TPFA 3HPSA 5AC6A 3B0VC 3GDLA 4BWLA 4RXFA 1O94A 3R89A 4Q4KA 2ZZ6A 2D73A 3W1UA 2V2HA 3O16A 3SR7A 1IXOA 2PCQA 2B4GA 5GVJA 1SW0A 3QPZA 2NUXA 4JTSA 2RH9A 4G1KA 3HPXA 4ZQOA 5DY2A 3NQCA 1W3TA 3QZEA 1R2SA 3UPBA 1JUEA 5D30A 1LBLA 1OFAA 1GYNA 2ZCGA 5D37A 4RZ5A 3SGUA 1VC4A 1KV8A 4NVTA 3I7RA 2I1OA 4DF2A 1TRIA 4HHPA 4ML9A 3GKFA 5KZMA 2H8ZA 3NM3A 3NXFA 5DN1A 1MSSA 4O0KA 2PE4A 3DH7A 1GJPA 5U4NA 1PL9A 1KM2A 2VELA 3M5VA 3MI2A 3EWWA 3M5ZA 2GJLA 3NPWA 2Y85A 3GDTA 4AAJA 1AMKA 1BEUA 1Z48A 2VFGA 3DFSA 3C4UA 4WZHA 3KFTA 4LW7A 5TIMA 3IGXA 3NQ7A 4LV9A 2FQIA 2TMDA 5LGZA 1KM1A 4K7VA 1N8FA 3F1QA 3ATYA 1GVOA 5HR7A 4UTTC 2A7RA 3BW4A 1CW2A 4BWLC 2ZTKA 1OFDA 3QJAA 1W5NA 2JK2A 1ZAIA 3NQ6A 3A23A 4UCGA 3W07A 5FESA 3Q94A 3GB6A 3M5XA 3LHVA 4YCOA 1SFJA 3VI2A 1SW3A 1LZOA 4JTUA 4RXGA 4UTHA 1QPRA 2AAMA 3VE7A 4QSHA 1TJPA 3BGGA 3W1QA 1IGSA 3TQKA 4FIRA 4UTWA 2VENA 4GUJA 1H61A 1G6CA 1QNVA 2ZA3A 1DKWA 2XFWA 1JUBA 2ABAA 2QCGA 4O1BA 2NX3A 3MHFA 1H7NA 4UR8A 2CLHA 3HBLA 2CZEA 3TA6A 4UR7A 2NWSA 1H62A 3P5YA 5LNVA 4O57A 1VGAA 4UNKA 1FWWA 3KRSA 4YXGA 2YX0A 1FDJA 4AHPA 4FEZA 4MY8A 4WOQA 3UXAA 1DJQA 4RCXA 4WXZA 1NFBA 3DKJA 3EX3A 3SJ3A 3QC3A 3GIYA 1CX9A 4PA8A 5AFDA 4HIBA 2QF7A 3EWBX 5HWNA 3NO5A 3GAYA 1DOSA 1GQNA 5AN7A 1H50A 2VKZG 5HMSA 4E0CA 5CPMA 1N7KA 1KTBA 1B3OA 2GVGA 2VFFA 2Y89A 4IMCA 5LNSA 4R53A 5K4ZA 1XC4A 3KVMA 4W9TA 3PUEA 1NAL1 2RDWA 3JS3A 3IVUA 3KAOA 1D3HA 2QUUA 4JXCA 3NAVA 2Y61A 1M7OA 5DBUA 3HG3A 3NNTA 3UWYA 3TV8A 4IWWA 1FY6A 3W2MA 3QEZA 4LRSA 1Y0EA 3VKJA 3LXBA 4HNTA 3TKFA 3O05A 1AW1A 4IMGA 3C2EA 5LKYA 1QOQA 1LM1A 5LNWA 2Y7GA 3L65A 2QUTA 3T44A 3W7LA 5KMYA 2GVLA 1D9EA 4GXMA 2JKEA 1A5AA 5MHBA 4IPIA 3DFNA 3HIJA 3C2OA 4UTWC 1TREA 3LGEA 1KFEA 3Q37A 3GXNA 3UXDA 3IV3A 4N4QA 2C18A 2WPBA 3QRHA 4GE8A 3TDFA 1FCBA 4O16A 3SFKA 1TPH1 4MLJA 4S2BA 4O52A 4RKAA 3HOJA 4FNSA 4BI5A 3W7HA 1Q6QA 1I2RA 4KWVA 2YGYA 3O1NA 3VFLA 1SO4A 3NQDA 2V2CA 2ATSA 4IXXA 5F4SA 4ZQNA 4MIMA 1LCOA 4LV4A 2EGZA 1VYSX 4LU0A 5LHFA 1FBAA 2ZRWA 3TAKA 5D09A 4HPJA 5HWMA 4O28A 3D0CA 3PY2A 2QCFA 5C6MA 3GDKA 3IIOA 4JTJA 5D04C 2Y62A 3MYPA 3NQMA 3RMJA 1PIIA 1SO6A 4UTLA 3CLMA 4AHQA 3T7VA 1RVGA 1SQ7A 5BOOA 5G4EA 5G5IA 3MYOA 3AO0A 3LHTA 3RK8A 4HNNA 5DCEA 1GG1A 2QDHA 1HG3A 3O6DA 2OX1A 3NOEA 5AC7A 4GNJA 3DZ1A 3G18A 4IQLA 4POCA 2TYSA 3SECA 3IGSA 3BW3A 5J5RA 3L5MA 1EUAA 1QOPA 1E51A 4NUWA 3B0PA 3L2IA 1JCMP 3H53A 4JTEA 4IUOA 1C9DA 5F1UA 2FTPA 2YR1A 2FPYA 4M19A 4I9AA 3KHJA 3E9AA 3HGRA 3MMTA 3W7GA 1G67A 1SU5A 4X3ZA 4UUIA 3GDMA 1W0MA 4MZYA 4LOCA 1H63A 3TX9A 2YFNA 3S1WA 4LVGA 4GUIA 1FXQA 4FX7A 1B9BA 1I2OA 1KFBA 2QCNA 4OV9A 5BRBA 1IXPA 2NXIA 4O4VA 4Y6GA 4JR5A 4N9EA 4R7JA 1K7FA 2A2IA 1MO0A 2WNQA 5FEPA 4RX0A 4JTHA 4JY8A 1X1OA 5AYXA 3GAKA 2RFGA 3W23A 1OFPA 2DZPA 4AXKA 5D38A 1P0KA 2WO5A 3G8RA 3G1YA 4A29A 3EWYA 3W83A 3NZRA 3UWUA 4M6VA 2X16A 1HO4A 4JX5A 1Z42A 3DFTA 2V0TA 3KRZA 2O7QA 3W7CA 3OVRA 3P8IA 3W1MA 3L21A 3T78A 2P10A 1SZEA 4FXSA 2B7NA 5F2LA 4IMEA 4NT0A 4CNNA 4C1KA 2NV2A 3DFPA 4JYEA 3DXIA 1EA0A 3EB2A 4NX0A 3HJZA 3RU6A 2GPTA 5TQLA 4LTSA 2NXGA 1OFBA 3PBWA 4U4MA 4DO5A 3TQVA 3GK0A 3S5ZA 3WJWA 4UFLA 2CLMA 3LCGA 2E09A 4S2CA 1KLYA 1I4NA 1H7XA 2A1YA 5K7JA 3GNNA 5FEXA 3LCHA 4ZZ9A 3S6DA 4K38A 3B4UA 5AB3A 1IXQA 2JGYA 2Y88A 2FLIA 3R5EA 3ELFA 1PHWA 2YZRA 4ADTA 2JBMA 1JCLA 2ZTJA 4PEKA 3ZWTA 3MP3A 1H60A 1XM3A 2ZQ0A 3PUOA 2DJLA 2QKFA 4MZ8A 3LDVA 3A9IA 4PC8A 3M6YA 4EOUA 1MEHA 1RQHA 2P0OA 4OHQA 1OHLA 1K8ZA 1ICPA 3TJLA 2H3DA 3LOTA 4GUHA 1S5VA 1WAUA 2OT1A 3O15A 1DBTA 6ALDA 1GYLA 3G0UA 4XKYA 1OABA 1H7OA 4CCCA 2ZZ5A 4A2RA 1VHNA 3OVPA 3W84A 4CQ8A 1TSIA 2WOQA 3BG3A 4NJJA 3MHGA 1ICQA 1W56A 4MY9A 5CGQA 4MZ1A 3CWNA 1GWJA 3QMRA 2ATMA 1ML1A 2YW4A 4MPQA 1DQXA 3N19B 4GC4A 3OVQA 3W22A 1OFOA 3IEBA 4JYFA 3LRKA 4IMDA 4UMCA 1ZNNA 3S5YA 1R47A 4N2YA 3HGOA 4E38A 4UFIA 5CZTA 4B5NA 2PURA 3RFAA 4EF9A 1ZCOA 2JGQA 1EWDA 2CWNA 1IF2A 4BI7A 3IRDA 5I3KA 1B57A 2E6DA 2EHHA 1S5TA 2V8ZA 3ABOA 1HUVA 1W3NA 4BR1A 3W1PA 4UMBA 5D03A 1KBIA 2EKCA 1QPOA 1U83A 3W2LA 1GVQA 1EP2A 1W3IA 4JEQA 3OHIA 4MVAA 3THAA 2E5DA 5G2IA 5KITA 3K30A 3LBMA 1RQEA 2A0NA 4JTFA 3QYQA 3PB0A 3UYCA 3QPYA 3GR7A 2TSYA 4ZVJA 4RZ4A 3CPRA 1LTDA 3CM4A 1H7PA 2X1UA 5KINA 1R2RA 5EL1A 1EB3A 3W70A 3LERA 2Q8ZA 1H51A 1LOLA 4MJZA 1AW5A 1RZMA 5FEWA 1QO2A 3MO7A 2Z2UA 3MI3A 5CPLA 1F73A 3FYOA 3HGJA 1F05A 1NF0A 1SW7A 3BLIA 4UTTA 3JR2A 3PB2A 4TX9A 3W74A 4P2VA 2ZRZA 1K7EA 1ZAHA 5LGXA 5CZSA 1FDZA 4GUFA 5EKYA 3B8DA 4LUJA 2WSYA 1O60A 5L6UA 3HB9A 3TSBA 3MP4A 1YTEA 2CFFA 1WOAA 3EXRA 3W7MA 2QJHA 4AWTA 4K6AA 3W7NA 1OFEA 1IXNA 1TV7A 1LRNA 4O1AA 3N34A 1FCUA 3EX2A 4DO4A 3INPA 3M44A 3YPIA 3L66A 1LLZA 3M7WA 3VCRA 1OYAA 3TC6A 2VOMA 2Y7EA 5AHMA 4AF0A 3L0GA 4UTUA 4BK9A 3ZWSA 3S0CA 3C8FA 1A5BA 4LS1A 1X1ZA 1Q6LA 1VPXA 1ZFJA 2CLKA 3PBYA 3PSVA 3W1RA 3P8JA 1KTNA 3HF3A 2Y70A 2GOUA 2ZA1A 3LCXA 1K7XA 1JULA 3O06A 4NQ1A 4QJ1A 4PTNA 1K8YA 1KFKA 5D2VA 3LTSA 3QMTA 3B05A 4CLMA 1NVMA 2C1HA 5E1QA 4NZJA 5ABTA 5LNUA 2QCLA 4D2JA 4CCDA 2JKPA 2X1SA 3E0IA 3GDRA 1EP1A 2GUUA 1G4EA 3IIXA 1DVJA 3AJXA 1ADOA 3G1SA 2VFEA 5BMXA 1JCJA 3KRUA 1GZGA 1BWKA 4GUGA 3TROA 1VCGA 4FNUA 4YMZA 4UFKA 3WJSA 5D33A 4TR9A 4LVAA 4ADUA 2ZDRA 2BZNA 3MUXA 5F1VA 3TU9A 4ORMA 5HQEA 1UASA 2EAWA 4PFMA 4DO6A 3C56A 4HNUA 1XFBA 5FEZA 2HS6A 1TTQA 4O54A 4N4PA 4MJMA 4WJEA 4ALDA 4ZQMA 1K3UA 5AC8A 1KFJA 1ICSA 4GRSA 2E6FA 2V5BA 3ABRA 2ABBA 1K02A 2R94A 3L5LA 1XI3A 4N9BA 1ZAJA 4IMFA 1PVNA 4AF0B 3N3MA 4DBEA 2RKXA 3W86A 3NGJA 1FXPA 2ZA2A 4Z1BA 2RDTA 3UY7A 4YCPA 4ZMGA 3W1XA 4WY0F 4DEFA 3LHZA 3O6YX 5DXYA 4DF1A 5I3HA 1M6JA 4M7TA 5C2XA 3M16A 3WK0A 4MKNA 3THQA 3I6RA 3QSRA 4Y90A 3DENA 1A50A 3G1DA 4UFMA 1KTCA 3LCWA 1WQ5A 2OMAA 3O07A 4JNMA 1F5ZA 2NUWA 3N73A 3BK0A 3I68A 3C2RA 3SIZA 1F7BA 2ZRXA 4P61A 3W7QA 1SR9A 1Q3NA 3DHDA 4Y9AA 4R33A 3IIPA 4JTGA 3W72A 1TPVA 2BX7A 3W88A 1BTMA 1ALDA 3CTLA 2C6QA 4HPXA 4PCFA 1X8FA 3WJXA 3NPUA 3BLFA 4XZ9A 4WX2A 3TCEA 2DZWA 1SPQA 3GXTA 3LCFA 1UUOA 4FX6M 2QCCA 1JUKA 1FWRA 1VLIA 3LHWA 4KKXA 1ME9A 3M41A 3P7YA 3BV4A 5D2TA 2G97A 3BG5A 3PAJA 3U8GA 2NX1A 3W3OA 4LRTA 2Q3RA 1QWGA 2C14A 3NPVA 4RV8A 3RF9A 4UTIA 1LLWA 1W5PA 2A4AA 3EWUA 4E2DA 4JX6A 1YDOA 5DLCA 5U7SA 1MXSA 2GQ8A 3P82A 3ZS4A 2R14A 5K2ZA 5FF7A 1OK6A 4FO4A 3LB0A 3I7SA 4AVFA 4TIMA 4I7WA 2B7OA 3UD6A 3M9YA 1SSGA 2YFOA 3PSWA 5DBTA 4HN4A 4JD4A 1T96A 3W2NA 3G1HA 3MBDA 5T26A 2ZRYA 5LZLA 2DZTA 1EUNA 1WOBA 2QAPA 2ZZ3A 5H91A 3LCIA 2ZZ2A 4A21A 1TMHA 2R8WA 4NJKA 4YWIA 1R46A 1KW1A 2B0MA 1YXCA 2QR6A 1O5KA 3MHUA 4BFAA 1SFLA 4JTIA 4TMCA 2E6AA 5FF3A 3VE9A 2GJNA 4KFNA 1FX6A 1H5YA 3CB8A 3WFAA 1Z44A 2NLIA 3RNDA 5LNRA 5HR6A 2VC6A 3LRMA 1OYCA 5G1YA 3W73A 5TBOA 5DXXA 1NEYA 2G5WA 2CLLA 2O7SA 4O8RA 3IVSA 4WY0A 1W5MA 4MY1A 3PF3A 4K36A 1TO3A 4CCEA 1W5QA 4JIPA 1FCQA 3EKLA 5BMWA 3TW7A 4DPQA 1GTEA 1WYIA 3SGZA 2QCEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4UMBA

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