2DQXA

Mutant beta-amylase (w55r) from soy bean
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
491
structure length
491
Chain Sequence
SNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVRWGIIELKGPKQYDWRAYRSLFQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Kinetic and structural analysis of enzyme sliding on a substrate: multiple attack in beta-amylase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-amylase
molecule tags Hydrolase
source organism Glycine max
total genus 176
structure length 491
sequence length 491
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2006-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dqxA00
2Q8XA 4AEEA 1V3LA 4GZEA 3SUUA 3FNDA 4PMNA 1ECEA 2JALA 1MW1A 4F79A 1GOQA 1E4IA 3VNYA 1UA7A 3VIOA 4L4OA 3TTQA 3WL1A 1JL8A 1AQMA 5IHSA 4EE9A 1WE5A 1NARA 1E3XA 2GDUA 1ZU8A 1TFVA 5C8BB 4P8XA 2F8QA 2D1ZA 3W6LA 1DEDA 2J47A 2YBTA 2DSKA 4W85A 4F9DA 3WF4A 3MMDA 2WANA 4CD5A 2VQTA 5CG0A 1SFSA 1BTCA 2WSKA 3WH8A 4NRRA 4F66A 5FIPA 1KBBA 1UH2A 3WNMA 2VTFA 2CXGA 3ZSTA 1FHLA 4IPLA 3WUGA 1V6XA 3FXYA 1EQPA 1Q6EA 4MNMA 1UYQA 4P7LA 2ESCA 2YDQA 4LYRA 4Z2IA 3BH4A 4AMCA 5EB8A 4CCCA 1JNEA 3VVGA 5A69A 2OSXA 1MQQA 1KWGA 4NF7A 2QV4A 4WLCA 5A3HA 3WQ5A 2JIWA 1HKIA 1OCQA 2WVSA 3ZO9A 3ARPA 4CU7A 2IUZA 4GZIA 4NI3A 2WMIB 2D23A 3VIPA 2WHKA 1CGYA 5BYWA 2YL9A 2WYSA 4KMQA 3L4WA 1C93A 3TOPA 2CYGA 5D4YA 2J78A 2E4TA 2J7CA 1GHRA 2NW0A 4ZXLA 1BHGA 2E9MA 4JCMA 3MUIA 3TTSA 2WHJA 4GI6A 5LYRA 4JHOA 1SMAA 2ZWYA 1E40A 2YOCA 4XB3A 2VCBA 1GVIA 2EXOA 1HJSA 2YA0A 4L4PA 1KGXA 1C8YA 4PTVA 3THCA 2GSJA 1UD8A 1G9HA 3WMSA 4J3TA 2EEXA 4H8HA 4DUVA 4BQ2A 1V0MA 2DT3A 3DYPA 1EIBA 3WQVA 4GO8A 3RM8A 4KH2A 5E0CA 4CD4A 2XM1A 4OOUA 3TTYA 3SUTA 4W7VA 2O9OA 3GH4A 1K6AA 4WKFA 1FP9A 5A94A 8CGTA 3BXWA 3W82A 1KGWA 5AY7A 1NWTA 2IXVA 4AYSA 2YDSA 1E1FA 1OD8A 3BCFA 4J3WA 3QOMA 2HISA 3VOCA 1VENA 1OIFA 3N04A 1UG6A 1RD6A 1WPCA 4Z2JA 2ZUSA 2WVVB 4WIWA 2PWEA 2DIEA 5DT5A 1MFVA 1UA3A 3SCRA 4U33A 3TP4A 3NSMA 4YHEA 2CIPA 1W9PA 1BYBA 1M7XA 3ZJ6A 1HJXA 4X0NA 1H0IA 4ATWA 3BAWA 4AZ6A 3IAQA 1ZBVA 1B3WA 4W87A 1E4LA 6A3HA 1MFUA 1VFFA 3IAPA 4Y7EA 3F5KA 4PYSA 2ZUNA 2E8ZA 3NSXA 5A8PA 3RILA 5I5RA 3SCSA 3LPPA 5A6BA 2WB5A 4MNLA 3WELA 1XH0A 2A3HA 3W81A 2UY2A 1OIMA 1FH8A 1GOMA 1MWOA 2QF8A 1UUQA 3BSHA 1PJ9A 3AYRA 3VIFA 4GPNA 3PZOA 4N42A 2W61A 5A6SA 1XH2A 1C8XA 1ZB5A 4JFSA 5BXPA 2DSUA 4U5IA 1O7AA 2PBOA 2BVTA 1BG4A 2VNCA 2YLAA 3L4XA 5ABFB 3AHYA 3CHFA 3VINA 3MS8A 1HP5A 3OBAA 2AOSA 2NSXA 1QI4A 5DT7A 6CGTA 3U5YA 4BS0A 5M3WA 1HF6A 1IZJA 1BQCA 1E55A 3HN3A 5A8OA 5A2CA 5CSYA 4GIAA 1QOXA 3B9EA 4MTVA 1GW1A 4AZCB 3T08A 1J9YA 3K4DA 4HPGA 5FD0A 1TCMA 5CPSA 2DH3A 2WZEA 1D3CA 1E1EA 2VMFA 2XUCA 3RCNA 2X1IA 4TXEA 2ZWZA 4W7WA 2D22A 5DMYA 1VB9A 4HU8A 4DM2A 3K46A 1JI1A 1KCLA 3L4ZA 3ZOAA 4HZ8A 1E15A 2D0FA 3WEMA 4J28A 1BF2A 2VC9A 3ARXA 3K4AA 3WNOA 3U57A 1ZS2A 4DM1A 1HIZA 3IK2A 3U7VA 4BA0A 4CN6A 4UQEA 1OINA 1C3FA 4JKLA 3GXIA 3VUPA 1ZBCA 1IZKA 1FH7A 4E8CA 2ZUUA 1UD3A 4MAZA 2Z1SA 3DHPA 4IM4A 2ZX6A 1BGAA 3OLIA 2J8FA 1JFXA 3RDKA 1LL6A 5JBEA 3BAKA 4M8UA 1CGUA 3WEZA 2BY1A 1OT2A 1ISVA 4J3XA 1ZBWA 2OSYA 4E4PA 1JZ2A 3VILA 4PTMA 3W29A 1UD6A 3BLKA 3L4YA 4AISA 1EO5A 3SEPA 3EMQA 1KXQA 2OWWA 4U2ZA 4PCSA 2WMJA 3CIVA 2VI0A 2W91A 4PN2A 3GDBA 3PZMA 4AXNA 5HBFA 2XGBA 5JIWA 1HX0A 1J0KA 1GJUA 1U33A 2AAAA 1CXLA 2J7FA 1J01A 5GPRA 2FDMA 3VMOA 1XCWA 1NQ6A 4JL2A 2XYLA 1JD9A 3BCDA 4D6GA 5GNXA 1NP0A 1CXKA 2CPUA 2MANA 2XM2A 3W0KA 3T0DA 1CPUA 2DT1A 3G6LA 3A47A 2WKGA 3GH7A 1F4AA 3OLEA 2DT2A 4H7VA 1QI0A 2WCAA 1HKKA 1SR0A 2QLYA 1CLXA 5FOOA 2WK2A 3T2PA 1KXTA 1ISXA 4PMVA 4MNKA 2PF0A 1K9TA 2CBVA 4P7RA 1UZ1A 1BGGA 4N0RA 2VX7A 2J7EA 3OGVA 1WAWA 4UZSA 3KEHA 4AZ5A 1W2VA 1NP2A 5BXSA 2VURA 2C8NA 4Q22A 1VFUA 5HNNA 1B9ZA 3WUEA 1VFOA 2G3JA 1JAKA 2JE8A 4WF7A 5CJ5A 2Y2WA 1HL9A 1OWQA 4C7FA 4PMDA 2WC7A 3EMCA 3L2MA 4AZ7A 2TAAA 5FKYA 2FH6A 3ZR5A 3CZGA 5CGMA 4AZBA 3VGHA 1ODZA 2EO7A 4B9ZA 3MU7A 1CBGA 3PTQA 3OZPA 1M03A 2D3NA 4QLKA 3POHA 4UQAA 1WZKA 2XVLA 3KL3A 3AHVA 2BY3A 2PWGA 3BLPX 3M46A 1W9BM 2ZUWA 1TA3B 5D8WA 1NWUA 1OD0A 2WC4A 3KZSA 3N1AA 4M24A 3VDCA 4CN1A 3VM5A 4D1IA 5I2UA 3VGFA 4M80A 2BVYA 1JDAA 4UQCA 3W38A 3VD5A 1VIWA 3VO0A 3GBDA 3SUWA 5IXEA 1V3HA 2GVYA 4MJ4A 2XVGA 4CGTA 2W66A 1PZ3A 1D7FA 3K1DA 3WNKA 1BG9A 1JNDA 2DDXA 2VCCA 4WSJA 2XSBA 1ISYA 4URIA 2XGIA 3AXXA 1UD4A 1DTUA 3U5UA 1EGZA 5ABHA 1YQ2A 1G5AA 4QP0A 5A6JA 1V02E 2WMKA 3OIHA 3T2QA 4HP5A 3ARRA 3CMGA 4YN5A 2VX5A 3ALFA 2YBUA 2EPLX 2VL4A 4OZOA 1BLIA 3WMCA 4GINA 1E56A 3BAIA 3OGSA 2EBNA 4MADA 3PZGA 1JF6A 3AYSA 2UY3A 3WD2A 1C91A 1JYNA 2CKRA 2J7HA 1LG2A 3EDKA 1J10A 1J0YA 2F61A 2WWCA 3VD4A 3BGAA 2CHNA 3GZAA 3AICA 1DWFM 3U7BA 4YPJA 3TTOA 5CGTA 3FHQA 2O9TA 2JIEA 2BHUA 1E0XA 4UFLA 3I3EA 1E71M 3RPMA 1HXJA 3W4RA 2UY4A 3PBGA 2W62A 5A1AA 2WLZA 3T0AA 1K9FA 1U30A 4AIUA 2XVPA 1PEZA 4ZE4A 1NM9A 3W27A 3VIIA 1V6YA 3ZMRA 4GQRA 3J7HA 1KXHA 3NSNA 4WK9A 1GCYA 3SCNA 2PWDA 1GUVA 3AIVA 4QDMA 3VGBA 2CCRA 1IT0A 2WVVA 4FK9A 1UR2A 4UFHA 5A95A 5A6BD 1VBRA 3WQWA 3A6OA 3L2LA 3ARZA 3HJEA 4OIFA 1QNOA 4JIEA 4MB4A 4B3KA 4MDPA 2XWEA 3THDA 3SCWA 3WD4A 3WBAA 3N9KA 3CUGA 1JZ5A 3FN9A 3WNPA 2J7BA 4QCEA 1ZJBA 2CESA 1VEOA 4FMVA 3WH9A 1JAEA 3CBWA 1VJSA 3AXHA 4QLLA 1QHOA 4IISA 3AMDA 4U5KA 4D72A 2DGAA 3CUHA 3VTRA 1E0WA 4JL1A 1EOMA 5C71A 1G01A 4B15A 3WDRA 1CEOA 3WFZA 5BRPA 1XCXA 4D6CA 2FGZA 5HOSA 4TX6A 5E9AA 4TVCA 2YDRA 3WF1A 1ZJAA 1WDPA 2ZXBA 3MMWA 3CUFA 2GJRA 3B9DA 3OLDA 5JIPA 1X6LA 3BMWA 4B9YA 2VT0A 2XHYA 3OGRA 3WSUA 4PTWA 4UOQA 5ECUA 2ZX7A 2WCGA 4HTYA 2BFGA 2A3CA 4QFUA 5CLTA 2G3NA 1WCGA 1EXPA 5HXMA 4BQ4A 4X0VA 1QNPA 2WMFA 1V6UA 3DYMA 2VJXA 1PAMA 2E3ZA 3CZJA 3L4VA 1H5VA 4V28A 4M56A 3CO4A 1CXIA 4JFVA 1R7AA 2GFTA 2ZUTA 1E5NA 4XX6A 5FCZA 1AQHA 1NOWA 4HOWA 1A47A 4HA1A 5A8QA 5A8NA 4AD2A 3K8LA 1MW3A 1VEPA 4CU8A 1C7SA 4OJYA 3WY1A 2Y5EA 4LYQA 2E9LA 3GNOA 3ARTA 3SCOA 3WDQA 3O2LA 1JDCA 5D9MA 1WDQA 3EDFA 1QNQA 3WQ6A 2OSWA 4W8AA 1HT6A 3VDAA 1MW0A 1EQCA 2XFYA 5A2AA 1NH6A 1WZAA 4FLSA 2G3MA 1WZLA 1B3YA 3B8SA 4CKQA 3WNNA 4RE2A 4OBSA 4HOXA 2JFEX 2WBGA 4P8WA 4U3CA 1EA9C 4J7RA 3MUZ1 4C7DA 3NCOA 1J12A 1PX8A 3IJ8A 5AC4A 1B2YA 2CKSA 1UQYA 3ZSSA 3KL0A 5IDIA 2XFRA 1NWSA 5I0DA 1I75A 1PPIA 1OM0A 5F7UA 3W28A 2VZSA 2RGMA 1V3JA 3F5LA 1XD0A 4W89A 3CPUA 1CDGA 2J74A 1SMDA 3CMJA 1V3KA 2J62A 2V38A 2J75A 1CWYA 1GONA 1V02A 3QR3A 5AYBA 2FHBA 3DECA 4ZFMA 3SCQA 4R27A 1W3LA 4H2CA 4CN4A 5D8ZA 3HU7A 1UKPA 1P6WA 1UZ4A 4P7QA 1LJYA 4W84A 3PTMA 8A3HA 1RH9A 3PZTA 3CUJA 4AZGA 3LPOA 3RJYA 5CZKA 1V3IA 4W7UA 3CZEA 3VDHA 4U2YA 1GORA 1B3XA 1GJWA 1XRVA 4XUYA 4HZ6A 2UY5A 2GDVA 2AMGA 3WMBA 3A4AA 4LPCA 1W1TA 1XYFA 1E6RA 4PRWA 4AZHA 3FY1A 3AIUA 4P8VA 1JYVA 2FHFA 2RGLA 5GNYA 4HPHA 1FFRA 1E6NA 4CD6A 3AMLA 1R7OA 4W86A 1XV8A 2GK1B 1EDGA 5LA2A 1DWHM 4J27A 3SUVA 1QVBA 2O9PA 1OT1A 2G4FA 2ZIDA 4MB3A 2CBJA 2VO5A 1AVAA 2HVMA 3LPFA 3VD9A 1S46A 3VGEA 2ZOXA 3UG5A 1R85A 5TD4A 3JUGA 2WLYA 4Z2GA 2V3EA 3OB8A 2D3LA 2J77A 3BMVA 1CLVA 3VIJA 5E09A 3BSGA 2D0HA 2J25A 1A3HA 2B31A 2V5DA 2VZOA 4CU6A 5E6ZA 1RP9A 2X8RA 3WFLA 3ARQA 4ACZB 2QMJA 2WNWA 3APGA 3OG2A 1DWGM 4R5EA 1RP8A 1MVYA 3CTTA 5D9PA 1G0CA 2VZUA 2WCSA 1RPKA 1R8LA 1OGSA 3ARWA 1GNXA 2WZHA 1NOFA 3SCUA 2PWHA 4W8BA 1UKSA 3N17A 1KXVA 2OWXA 4J3SA 1ESWA 4ZEPA 5LA0A 3D3AA 3UG4A 5A6AA 4HA3A 1CENA 1CTNA 1ZBKA 4F9JA 3D5HA 4UCFA 3N12A 3QGVA 4LGXA 2XVKA 1ISWA 3N18A 3WUBA 5I77A 3AHXA 3NIYA 1HN1A 2EPKX 4PSPA 1B31A 1Q6GA 2W92A 3I3DA 3ARSA 3CZ8A 3GXFA 3AOFA 3CHEA 3VPLA 1PBGA 2XSAA 3UEQA 1MYRA 1TZ7A 2E40A 3QOKA 1JZ6A 3I3BA 1F4HA 4PMUA 2IXUA 2PC8A 2D24A 5JBDA 3N13A 2DSZA 2FGLA 2QPUA 3W37A 3ZT7A 2G3IA 3UR7A 1WKYA 4MPKA 2W67A 2CBUA 1LL4A 1W3HA 1HKJA 1WP6A 4PSRA 2WBKA 4HMEA 3M07A 1CYGA 2DIJA 3AIRA 1JXJA 2ZUMA 4FLQA 1H2JA 4AC1X 1QBAA 1CGVA 3VIHA 4PEEA 4FLRA 1HJUA 1E73M 3WUFA 5I24A 3AS0A 1Q6DA 1WDSA 4DWSA 1E4NA 3AJ7A 4AD5A 4W5UA 3AZRA 4HMCA 1BFNA 2EJ1A 4S3JA 5GQBA 4H04A 4LYPA 3VDBA 2CERA 4MJ2A 3BAXA 4BZYA 1KBKA 4PMZA 5BXRA 5AYIA 1O6IA 2BNJA 7CGTA 1CGTA 4UFMA 3VX1A 4M82A 3KWXA 4XV0A 2D0GA 3WD3A 5BRQA 3ARVA 1JIBA 1GHSA 1LQ0A 3ARUA 3WEOA 1LWHA 1EHNA 4U31A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q8X A;  4AEE A;  1V3L A;  4GZE A;  3SUU A;  3FND A;  4PMN A;  1ECE A;  2JAL A;  1MW1 A;  4F79 A;  1GOQ A;  1E4I A;  3VNY A;  1UA7 A;  3VIO A;  4L4O A;  3TTQ A;  3WL1 A;  1JL8 A;  1AQM A;  5IHS A;  4EE9 A;  1WE5 A;  1NAR A;  1E3X A;  2GDU A;  1ZU8 A;  1TFV A;  5C8B B;  4P8X A;  2F8Q A;  2D1Z A;  3W6L A;  1DED A;  2J47 A;  2YBT A;  2DSK A;  4W85 A;  4F9D A;  3WF4 A;  3MMD A;  2WAN A;  4CD5 A;  2VQT A;  5CG0 A;  1SFS A;  1BTC A;  2WSK A;  3WH8 A;  4NRR A;  4F66 A;  5FIP A;  1KBB A;  1UH2 A;  3WNM A;  2VTF A;  2CXG A;  3ZST A;  1FHL A;  4IPL A;  3WUG A;  1V6X A;  3FXY A;  1EQP A;  1Q6E A;  4MNM A;  1UYQ A;  4P7L A;  2ESC A;  2YDQ A;  4LYR A;  4Z2I A;  3BH4 A;  4AMC A;  5EB8 A;  4CCC A;  1JNE A;  3VVG A;  5A69 A;  2OSX A;  1MQQ A;  1KWG A;  4NF7 A;  2QV4 A;  4WLC A;  5A3H A;  3WQ5 A;  2JIW A;  1HKI A;  1OCQ A;  2WVS A;  3ZO9 A;  3ARP A;  4CU7 A;  2IUZ A;  4GZI A;  4NI3 A;  2WMI B;  2D23 A;  3VIP A;  2WHK A;  1CGY A;  5BYW A;  2YL9 A;  2WYS A;  4KMQ A;  3L4W A;  1C93 A;  3TOP A;  2CYG A;  5D4Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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