1VHCA

Crystal structure of a putative khg/kdpg aldolase
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
SYTTQQIIEKLRELKIVPVIALDNADDILPLADTLAKNGLSVAEITFRSEAAADAIRLLRANRPDFLIAAGTVLTAEQVVLAKSSGADFVVTPGLNPKIVKLCQDLNFPITPGVNNPMAIEIALEMGISAVKFFPAEASGGVKMIKALLGPYAQLQIMPTGGIGLHNIRDYLAIPNIVACGGSWFVEKKLIQSNNWDEIGRLVREVIDIIKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Haemophilus influenzae
publication title Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative KHG/KDPG aldolase
total genus 70
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 4.1.2.14: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase.
pdb deposition date 2003-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01081 Aldolase KDPG and KHG aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1vhcA00
5BMXA 1FCUA 3E02A 3B8DA 5U7SA 4K8HA 4JTJA 1QO2A 2NUYA 2PE4A 3W7OA 4O57A 4AEOA 3GKFA 4PH6A 3LCLA 3UY7A 1GYLA 2V82A 3H54A 2FJKA 4GFSA 3HGJA 3C2VA 1XDMA 3UWQA 1EUAA 5EPDA 2YW4A 1IXPA 2ZRWA 2JKPA 4O4VA 1Q6RA 1TMHA 1KBIA 1G4TA 4UMAA 5D38A 4DO5A 4C1KA 2H8XA 4ONVA 2FPYA 2QKFA 3TDFA 5IBXC 2A7NA 3CPRA 4N9DA 3F4NA 1E51A 1QDSA 3W2MA 3LXBA 2AAMA 2G96A 4Z0JA 1L9WA 5KINA 1KV5A 1NF7A 2R8WA 1YLVA 2I14A 3IIZA 1U5JA 4NZJA 1FCVA 3RK8A 1A53A 1PHWA 4AF0A 3S0CA 1TCDA 2DZWA 1QR7A 4RZ4A 1LORA 2Z0IA 4RX0A 3MWAA 1H7XA 5LZLA 3TXZA 4JYEA 4JY8A 1G67A 4YCOA 3EKLA 1Z44A 1R30A 1NSJA 2VFDA 4AWTA 4NJGA 5AFDA 3VNDA 1SO6A 5I3GA 2NV1A 4OHQA 3B03A 2QJGA 4NNAA 3CWOX 1OYBA 4WXZA 3AO0A 3NGJA 4NUWA 3C2FA 4CCCA 3N73A 1T96A 2VKZG 2E77A 5J5DA 3R8RA 5K9DA 1OFEA 2QJHA 4W9TA 1S5WA 1WQ5A 4JX4A 3LBCA 3UPWA 2PC4A 3I7RA 1LDCA 3DENA 5LHFA 1PS9A 4LTSA 4Y8FA 3PR2A 4GXMA 4I7VA 2GOUA 4D2JA 1GG1A 1H62A 4FNUA 4FHAA 4FXRA 3NOEA 3TXVA 2LLEA 4K37A 1H63A 4NJIA 1RQBA 2NV2A 2X1SA 1F73A 3WJSA 1NVMA 3TU9A 3NPVA 3R89A 3NM3A 4DBEA 1I2OA 2VELA 4CNNA 5KZEA 3IVUA 4O15A 4FX6M 1FWTA 1C9DA 4DEFA 1JCJA 1I2RA 3I6RA 3KVJA 3FFSA 3RFAA 4MJMA 4AHPA 1TRIA 5I3KA 3G8EA 1SQ7A 4LUJA 3ZS4A 3R5EA 1PIIA 4U28A 1AL8A 4RR4A 5EKYA 2NUWA 1FQ0A 2ZZ2A 3O63A 1I45A 3MO7A 3N14A 1DJNA 4JTGA 4CQAA 3W1LA 1FCBA 5HNRA 1GVQA 4O54A 3W7GA 5HINA 1WAUA 4TX9A 1FDJA 3TJLA 4LRTA 5AC6A 1ICSA 2ZZ7A 4GNJA 2Q8ZA 2V2HA 1TV8A 4JYFA 2FLIA 1FY6A 3W2UA 1FBAA 3HPXA 3EB2A 3O15A 2GVLA 2J24A 4RZ6A 2CLIA 1W3TA 1JUEA 4DO6A 2OZ0A 4DELA 3DI0A 5G1TA 2PRLA 1FDZA 1O60A 1THFD 1YDVA 5FI8A 2G97A 1OX4A 3DKLA 5G2WA 4DBDA 1M6JA 5FF4A 3W1NA 1KLYA 3STEA 5HR6A 3DFSA 1OFOA 4JTEA 1ALDA 5D03A 1XUZA 4I7WA 1HTIA 3B4UA 4PEKA 3F1QA 2WQPA 3BPWA 1H60A 2BSLA 3LCHA 1I2PA 3KXQA 3N2MA 4AHQA 3WK0A 5FF2A 1W8SA 1KM5A 3B05A 4MZ1A 3W7JA 5LKYA 2Y62A 5K3VA 3L0KA 4FNTA 1XFBA 1JRCA 1EP1A 2A5HA 2ISWA 3FJLA 3MI3A 3TFCA 2C6QA 3UXDA 4JXCA 1KLZA 4O1DA 1KFCA 3W9ZA 1ICPA 5AYYA 1KA9F 3EX1A 2YYTA 3GR7A 3W23A 1K8YA 3AJXA 1CI1A 4O16A 5G1YA 1TV7A 1IIGA 4EIVA 4R33A 5D2XA 5I3IA 3BGJA 4KWVA 2RFGA 4JX6A 3NL3A 5LNRA 2QUTA 1KM1A 4ZL1A 1UB3A 4JTKA 3HPSA 6TIMA 3UZ5A 1QNVA 2QCHA 2TYSA 2E6YA 2Y63A 3G1AA 2WKJA 5KMYA 3TCEA 2RDTA 4MYXA 4LVGA 3OHIA 4X22A 2C0AA 5C6MA 1GZGA 3DU0A 3TNOA 2OT0A 1FWRA 4HT3A 3E12A 3TKFA 2V0TA 2OMAA 5D05A 3R13A 2QCNA 3FLUA 3LI1A 1C8VA 4RKAA 2JKAA 3NA8A 4UTHA 2WSQA 3PVFA 2Z6JA 3NZRA 1OF8A 3STFA 2GJNA 3O6CA 3A5FA 1GEQA 4ADUA 3P80A 2O7QA 3HJZA 3JR2A 5CPLA 3M5YA 1S5VA 1BWKA 4WJEA 4R7JA 4RXFA 4MUZA 1SO3A 4K38A 3OA3A 2ZZ1A 5D32A 3W71A 5D04C 4UNKA 5EY5A 2DORA 3GNNA 3TAKA 1VCVA 4LVBA 4I9AA 1EUNA 2VEMA 3ABRA 2PCQA 2EGZA 2HS6A 3QH2A 4LWWA 4CQ9A 4IOTA 5F2MA 3LRLA 3QJAA 4MZYA 4JD4A 2CLFA 2NUXA 2ABBA 4OE7A 4CNPA 3C56A 3GZ3A 2X1UA 1H7PA 3G1XA 4N4PA 3PBWA 1KFKA 2P0OA 2GPTA 4WX2A 3SZ8A 4PC8A 4LW7A 3USBA 1K7FA 3ANYA 4NJJA 2YFNA 1EB3A 4TR9A 4K8EA 4NX0A 1SZNA 1F76A 2YZRA 2V9DA 3EEGA 3HMJG 2QJIA 1GVSA 2CU0A 3NQEA 2KZHA 3DFOA 5KTLA 3OVPA 3LBMA 4KKXA 3LB0A 4OBTA 1ME7A 5ABTA 2QCCA 5K9CA 1KM2A 5FF0A 3HBLA 2VXNA 4MY8A 5EYWA 4QAIA 5DCDA 2DJLA 3RNDA 3S5OA 3PSVA 1LZOA 2ALDA 3S1UA 5HWNA 5CZ0A 3L67A 3A23A 4N4QA 5HR7A 3W22A 1OHLA 3L0NA 4RXGA 4BI7A 2CLHA 2ZA3A 2Z1BA 4M7SA 3TSDA 2CLMA 4TO8A 4UMCA 4JIQA 1TPWA 1EP3A 3K30A 3LLFA 3IIOA 3L66A 2JGQA 4LS1A 5BRBA 2Q8LA 1ZY9A 1ZFJA 4FF7A 3QW3A 1KM6A 3SJ3A 2O7SA 3PAJA 3NPWA 3P67A 3TQ0A 2NLIA 3KOFA 3LHYA 2V2DA 1P0KA 4U4MA 1SFJA 3GDMA 5H2ZA 3QC3A 3W85A 3C2EA 3PB2A 1TTIA 3T40A 4LU0A 1F7BA 4Y90A 2ATMA 1FUYA 4Z1CA 3QEZA 2BZNA 3DKJA 4LS0A 2B7PA 3SW6A 2JGYA 1IXNA 4Q33A 4QNEA 3EKZA 1QOQA 3PF3A 3GR8A 4UIOA 4N6EA 3STGA 3SECA 3KVMA 2FFCA 3C2RA 3IVSA 1G4EA 4O28A 3I7SA 3W2NA 4HIBA 1SZGA 3H55A 2ZZ4A 4IX2A 2ZRZA 2CZEA 4X3ZA 3L65A 3B0PA 4P61A 5BMWA 1VJIA 2ZRVA 1H7RA 2VFFA 1N55A 3BVJA 1TTJA 2F7FA 5FF7A 1YXCA 4O12A 3QPZA 5E93A 3NQFA 3DAQA 3UYCA 1DBTA 2H3DA 3G1VA 4CNOA 3TROA 5FF3A 3CB8A 1YXDA 3W86A 2CLOA 3NQAA 3UWYA 2VEPA 1IXOA 5AOUA 4HSNA 4DPPA 3P74A 5I3JA 4BF9A 3G1DA 4WD0A 3U2OA 3E0IA 3O16A 1D3HA 4JY9A 4M6PA 1QCWA 4XTIA 3UWUA 3W1AA 3I65A 1DJQA 4WY0F 1Z41A 2A1YA 3PY2A 4A2RA 3QMRA 4NU7A 1MSSA 1OYAA 3STCA 1ML1A 3B0UX 4JTIA 4LUIA 1O4UA 1R47A 4AXKA 4AWSA 3NL5A 3S5ZA 3NL2A 1QFEA 1PHQA 4O0KA 3TAOA 3C61A 3EX2A 2FDSA 3O6YX 4QITA 4O4WA 4NNCA 5TQLA 2NXHA 3LXCA 5D02A 4O13A 1WOAA 5HWJA 4J9JA 4LOCA 2ATSA 3LOTA 3KRZA 4M6QA 5E1QA 1UJPA 2ISVA 4FEZA 3IVTA 4Q4KA 3TC6A 2ZZ5A 1VS1A 5D2TA 4BR1A 4CLMA 4MY1A 5DY3A 3W7DA 1T8XA 3WJYA 3QFEA 3C2OA 4FNRA 4UNLA 4O10A 3EXTA 1KV8A 2A2IA 2F84A 1OABA 3FYOA 1IGSA 3GXNA 2ZCGA 3G0XA 5TBOA 3W2JA 2FIQA 3F03K 4MYAA 3W1XA 5BNKA 1OX6A 1GG0A 2D73A 3OBKA 4LV9A 3NQ7A 5AHIA 1TPB1 3SGUA 3ATYA 1O5KA 4DF1A 2YSWA 4FIRA 1J4EA 2B4GA 4IXXA 4LY8A 3UZJA 3KRUA 3LCXA 3HQ1A 4JTLA 1X1OA 1KM3A 3FEMA 3W6YA 4R53A 4XZ9A 1ZAJA 4ADSA 5K9XA 4N9CA 4IQLA 1Q45A 3NQCA 2FB2A 3QQ0A 1RQEA 1OF6A 3P8IA 3LI0A 1Z42A 2ZRYA 3S1XA 5I3FA 3H53A 5T26A 4Z1DA 1H50A 2B7NA 3M7WA 4LVAA 2CLKA 3EWZA 4UR8A 4OQVA 4IXHA 1IF2A 1FWWA 5DBTA 4QISA 1QPRA 3CTLA 3NPUA 4WOQA 1M7PA 1PVNA 4IMCA 1WBJA 4KFNA 1QWGA 1NAL1 1OFQA 4JNMA 4HSOA 3VE7A 1WV2A 5EBUA 3S8HA 3PULA 3IGSA 3M5VA 3HG4A 3TQVA 3HO8A 5EMUA 3W84A 3W7IA 4MFDA 4AB4A 1X7FA 2FQIA 1QMLA 2EPHA 3NQGA 3O8AA 1VLIA 4MJZA 4UTLA 1XKYA 3HF3A 5CG7A 5L9FA 1N7KA 3L9CA 2JKEA 2YX0A 1TPDA 4I7UA 4GE8A 1XL9A 4DF2A 2ABAA 3P8JA 1NEYA 1DV7A 2CW6A 1I2NA 3M9YA 1C29A 4L4MA 2DZTA 2A0NA 1CX9A 2NZLA 3EWYA 3MBDA 2BX7A 3THQA 4YMZA 2RDUA 1AW5A 2E09A 5CPNA 1UUOA 2NXIA 4S2BA 1SO5A 1XBYA 1H7NA 3I68A 5F2GA 5HUOA 3SIZA 1SO4A 4K7VA 1LTDA 4MVAA 1WOBA 2NXGA 3UNDA 3A21A 2EHHA 1EX5A 4X2RA 4UTUA 3CEUA 1TQXA 3KHJA 2HMCA 1S3HA 2NX3A 4OT7A 4PCFA 4FNQA 2Z6IA 1G7VA 3QZEA 5AN7A 2Y89A 2Y88A 3W3OA 1G69A 4NXKA 2J9ZA 2DZUA 3TIMA 2C3ZA 5CPOA 2Y70A 1OFPA 2R94A 1OK4A 3W7HA 4MIMA 3M16A 3MP3A 5C5YA 1LLZA 3LM7A 4WZHA 1AMKA 3M1ZA 4NZFA 1RV8A 3SFKA 2YPIA 4UR7A 2C13A 3NO5A 3PG9A 3THAA 4RLIA 3V1PA 1XUUA 4Z08A 2HTMA 1X8FA 4QM1A 1W3IA 3LHVA 4ZQCA 1OFDA 3GYEA 3UPBA 4FX7A 1GVRA 3CU2A 1OFAA 3M0ZA 1P5BA 2Y7EA 3BW4A 3G1HA 2ZRXA 1VH7A 1P0NA 3NQMA 3U6WA 3RU6A 3S42A 3GXPA 1FCQA 5TIMA 1DL3A 4Y96A 3S1VA 4M7TA 5D33A 4RCXA 1UUMA 3CWNA 1GYNA 2QR6A 1ZAIA 3MYOA 3UWWA 2P1FA 4O1AA 1XI3A 5L6UA 2PRMA 1K03A 4FIQA 3LCIA 2C16A 3GDLA 4DO4A 3M44A 5CZTA 4M5PA 2ZQ0A 1A5CA 3GAKA 1UASA 2HSAA 2X16A 5AHNA 2CFFA 5CZSA 1W37A 3JS3A 3EWXA 3LCGA 3NVTA 1SSDA 1YXYA 3IRDA 3UWVA 1QPQA 3GK0A 3P60A 3NQDA 4HNVA 1A5AA 2GJLA 3M6YA 1JJKA 5E0KA 4HN4A 2E5BA 1M5WA 2TPSA 3W7KA 1SW7A 4MLJA 1LRTA 4O11A 4UTKA 1SU5A 4CCEA 1JCMP 1HFBA 4DPQA 4RV8A 1TPH1 3HGRA 4O53A 3W7MA 1B3OA 4OV4A 5GVJA 2WOQA 3L5LA 4IMEA 4NT0A 5I3HA 2VFIA 1ICQA 1TPUA 2NX9A 1HO4A 3WJZA 4A22A 3ZWTA 3GAYA 3S9YA 5DCBA 1J5TA 1VPXA 3LV5A 3MP5A 3W1UA 4A29A 4ZQPA 2X30A 5LSMA 3LHZA 7TIMA 2J27A 1DHPA 1VCGA 1W5MA 5CSSA 4KFPA 1RVGA 3L0GA 3LV6A 3LX9A 3P7YA 2XN1A 3TW7A 3BW2A 4N9BA 2CWNA 3INPA 4HNTA 3E9AA 1LROA 2DZVA 1SPQA 5LNVA 3S5YA 2VFHA 1Z48A 5G2HA 2V5LA 2W0UA 1GVOA 5C54A 1OJXA 5D2YA 5AHEA 1KFBA 1MEIA 3W7CA 1Q6QA 4WXYA 3O07A 3Q94A 1H1ZA 5HQEA 4PA8A 3GNDA 1NF0A 4N9EA 4WQ6A 1RQHA 3HG5A 3C4UA 2QCLA 1V5XA 4P2VA 4YL2A 3MHFA 1TIMA 3FS2A 2QUUA 1L6YA 3W7RA 2WO5A 3T7VA 3GXTA 2UV8G 2J6XA 3CC1A 1DKWA 4BI6A 3G1SA 4LNYA 3N9RA 2DZXA 3WK3A 4IMDA 3CM4A 3W1QA 4GWEA 3SI9A 8TIMA 3F4WA 5J5RA 2QCEA 4QIUA 4IPJA 3R12A 3LRMA 1B4EA 3R2GA 2HS8A 3N9SA 1B9BA 2FPTA 2NWSA 2CZ5A 1JUBA 4JICA 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 1ONR A;  1K3U A;  1QO5 A;  2R14 A;  4Q32 A;  3SGZ A;  2PRH A;  2G5W A;  1A5S A;  1L6S A;  5F2I A;  5A5W A;  1W0M A;  1VC4 A;  3P5Y A;  3TC7 A;  4O14 A;  2GVJ A;  1EP2 A;  3MI6 A;  3HGO A;  4H3D A;  1SUX A;  3DGR A;  1SSG A;  3L2I A;  3L68 A;  2BXV A;  1U83 A;  2Q3O A;  3C52 A;  1YAD A;  1TYG A;  1ZJI A;  1OVD A;  2H3B A;  5C55 A;  5LNW A;  2DP3 A;  4ZMG A;  1MEW A;  2OT1 A;  3B06 A;  5IM5 1;  4UTT C;  2OJP A;  1KBJ A;  4Y9A A;  3P62 A;  1LP6 A;  3E49 A;  2NWR A;  4E38 A;  4UXD A;  4FB7 A;  1B4K A;  5DLC A;  3TUU A;  4XBS A;  5FEZ A;  4AMA A;  4A2S A;  1O5X A;  2E6A A;  1OX4 B;  3PWA A;  1X6U A;  3DH7 A;  3TR2 A;  1TJP A;  3SSJ A;  3DBP A;  3G1F A;  3QQ1 A;  5LNU A;  3WK1 A;  3EX4 A;  1GVF A;  3P81 A;  1XCF A;  1EWE A;  3EX6 A;  4JDY A;  3BW3 A;  1FXQ A;  2V2C A;  3PSW A;  4MKN A;  3TA6 A;  4AHO A;  4IWW A;  3BAR A;  3JRK A;  3W75 A;  4MOZ A;  4GRS A;  1MXS A;  1JCX A;  2XFW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1E4N A;  1FCU A;  3E02 A;  4BF7 A;  4K8H A;  3KWS A;  4BQ5 A;  4JTJ A;  4NKC A;  1QNP A;  5T9C E;  5TNV A;  2PE4 A;  3GKF A;  1GYL A;  1US2 A;  1XII A;  4O1F A;  2DDX A;  3C2V A;  3CHF A;  5EPD A;  2ZRW A;  2WK2 A;  3WNK A;  4P7R A;  3DEQ A;  3GVQ A;  1YQ2 A;  3SFW A;  4EX4 A;  1TV4 A;  3CPR A;  3QOK A;  5IOB A;  1W9P A;  3GXI A;  2YA1 A;  1UKQ A;  3LUT A;  3CXO A;  3QHM A;  2R8W A;  3WLJ A;  1D8C A;  2I14 A;  3IIZ A;  4LPC A;  4MNM A;  4NZJ A;  4W7W A;  3CAV A;  4XD4 A;  3S3G A;  4GX9 A;  5BZA A;  3T0T A;  1H7X A;  3ES7 A;  3SUS A;  4JYE A;  5LZL A;  4H6R A;  1G67 A;  4YCO A;  1Z44 A;  1R30 A;  1ZUA X;  4DWD A;  1SO6 A;  1UR0 A;  4R88 A;  6XIA A;  5I3G A;  2NV1 A;  4A6G A;  4W5Z A;  1VPY A;  3W28 A;  2BAS A;  4WXZ A;  1S1R A;  4XIM A;  2CC0 A;  3BGA A;  3CV1 A;  3JW7 A;  3N2C A;  3FVD A;  1V3K A;  2Y5E A;  4OFC A;  1OFE A;  2QJH A;  3CUH A;  4W9T A;  4FK9 A;  3IK2 A;  2OR2 A;  1S5W A;  1UC4 A;  4Q8M A;  3LBC A;  5LHF A;  3DEN A;  3MS8 A;  3Q67 A;  2V5K A;  3QV9 A;  3W01 A;  4NHV A;  4CD5 A; 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