3E96A

Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from bacillus clausii
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
PLAKALETISGIPITPFRKSDGSIDWHHYKETVDRIVDNGIDVIVPCGNTSEFYALSLEEAKEEVRRTVEYVHGRALVVAGIGYATSTAIELGNAAKAAGADAVMIHMPIHPYVTAGGVYAYFRDIIEALDFPSLVYFKDPEISDRVLVDLAPLQNLVGVKYAINDLPRFAKVVRSIPEEHQIAWICGTAEKWAPFFWHAGAKGFTSGLVNLLPQKAVEMLEALRNNDNDAVWRIWEDIVPFEDLRGKYNQGNNVVVIKEAMEMLRQNAGVTRAPVNELSNEDKQLVTELLSSWKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Bacillus clausii ksm-k16
publication title Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from bacillus clausii
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 112
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2008-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3e96A00
5AHEA 3GZ3A 1LP6A 3TC6A 1SO3A 2DZUA 3G1YA 2NX9A 3BVJA 2X1RA 1X6UA 2C15A 1SUXA 3M5XA 2LLEA 1AW2A 1S5WA 1TB3A 2QJHA 4FXSA 4RZ4A 3W7HA 3EX4A 3UZJA 4P61A 4NNBA 2CLHA 3MHFA 1MO0A 2RDTA 3PSVA 4UMCA 1SZNA 5BW6A 4K38A 3N3MA 2C3ZA 3NPWA 1ML1A 3UPBA 1HTIA 2YFOA 3F4NA 1VGAA 3DZ1A 4HIBA 3V1PA 1VPXA 3ABQA 1VLWA 4N2YA 3UY7A 4YMZA 1OK4A 3ATYA 3IVUA 4I9AA 4J9JA 4LC8A 2CZDA 3CHVA 4UMBA 1KM5A 3DHDA 5LZLA 1I2RA 3M5YA 1W3IA 4M6QA 1FXQA 4Y6GA 3S9YA 4O10A 1WYIA 4XBKA 1Q6RA 3LV6A 3BV4A 2ZFAA 2CZFA 1JCYA 3HPSA 2EAWA 3W2KA 2GQ9A 1A5CA 1RVGA 3HG2A 2WNZA 2VELA 3W72A 3M1ZA 4ONVA 4UR7A 3W7OA 1TIMA 3MW7A 3TSBA 2H90A 3LERA 3N19B 2NUYA 2A2IA 5HJLA 1GOXA 2QCDB 3LXCA 4UTLA 3C3NA 5C2XA 2PE4A 3C2OA 1LBLA 3PSWA 1FWWA 4NZJA 4JTJA 4IMDA 3BW3A 4MYXA 3W7KA 1ZNNA 3P8JA 1Q45A 1VJIA 2FPYA 2YXGA 2EGZA 1QDSA 1VCVA 1ONRA 4AVFA 3GB6A 1ICSA 3IGSA 1JCJA 2ZZ5A 2OT1A 3LLFA 1ADOA 3UYCA 1M6JA 2HSAA 4JNMA 7TIMA 4GJ1A 1EX5A 5HQEA 4KKXA 5KZEA 3IGUA 4MJZA 4YL2A 1TPFA 1KTCA 3C4UA 5IBXC 4NXKA 1F7BA 1RQHA 1P1XA 4UTUA 2DU2A 3OG3A 1NFBA 5HWMA 4MJMA 1HL2A 3MP3A 3NQDA 4NNCA 2Z1BA 2PURA 2VFFA 2GVLA 4N9CA 5D03A 3EWXA 2Y7GA 3MYOA 1VH7A 2WNQA 5K3VA 5SWUA 1KFJA 1NSJA 5BNKA 3GKAA 4UTWA 3G24A 4NXSA 3SGZA 3GDKA 5U7SA 3S8HA 1V5XA 1F5ZA 2NXHA 2Y88A 2XN0A 1N55A 3PM6A 4TMCA 5LGXA 3O6CA 4XKYA 3GAYA 4JTIA 1PHQA 3O05A 3IV3A 4ZVJA 4GUFA 4JICA 3CIXA 4DQWA 2QJIA 4MOZA 2CLKA 3YPIA 3T7VA 3RFAA 1EUNA 2NX3A 2E6FA 3LCXA 4UFJA 1YTDA 4LVBA 1TJRA 1OX5A 1IIGA 5I3FA 4LV9A 3NPXA 4AWSA 3T78A 4UXDA 2C6QA 1PVNA 1RR2A 1O4UA 1D9EA 2NUXA 3I7QA 3SR7A 4FNPA 1VZWA 2VENA 2C19A 3G1AA 2P0OA 2ZZ6A 3QMSA 4DO6A 3FJ6A 2OMAA 1LRNA 2YW4A 1I2QA 4JTFA 1Q6LA 3A21A 1X1OA 1DKWA 2V5LA 3B8DA 3O07A 4O18A 4C1LA 2A85A 3LCGA 3C2VA 3W71A 5H2ZA 1TPEA 1JCXA 3ABOA 3WFAA 4JXCA 2AAMA 3EWYA 4DXVA 2YZRA 3FLUA 3LRLA 3L9CA 1L9WA 5AOUA 3PS7A 3PBYA 1Q6QA 3LOTA 1XDLA 1GQNA 3R5EA 1W5MA 4QNEA 5F2IA 2J6XA 4WOZA 3W7JA 2H6RA 1G7UA 3B4UA 5AHMA 4JS3A 3DFNA 5DBTA 3JR2A 2VFHA 3P8IA 1XBXA 4Z0JA 4LU0A 3HMJG 2OCZA 3TSMA 3W2LA 3NL3A 3SIZA 1OFPA 4R53A 5AHFA 1F6KA 4FO4A 4RLIA 3UXAA 5EPDA 5I3IA 2Z6IA 3HG3A 1C9DA 4AWUA 3GDTA 1MZHA 1W3TA 3TFXA 1TQXA 4LUJA 1Q3NA 2E6YA 3EEGA 1FUYA 3TA6A 3W7MA 1VS1A 5U4NA 3R13A 2RKXA 4IGHA 3TFCA 2X1SA 1ZFJA 4UTHA 4JYDA 3VE7A 3TQ0A 3W88A 4FNTA 2X1TA 4O1DA 1XKYA 3GDMA 2A5HA 2EPHA 3TROA 4HT3A 1QMLA 5CGQA 1ZALA 5MHBA 4R33A 4IXHA 3TIMA 3NO5A 4FF7A 1QPRA 3CWNA 4DF1A 4NVTA 1OF6A 3LB0A 5C5YA 2Q8LA 1TV8A 3EXTA 3TQKA 3EX2A 4XKYB 1ICQA 1WBJA 1H60A 4MFDA 1YLVA 2Y7EA 1OHLA 2VKZG 4JN6A 4FEZA 5FEXA 1R46A 1KFEA 2DZPA 3ZR4A 4RZ5A 4O11A 3NQCA 2O7QA 1LYXA 3STGA 3TK7A 3CQ0A 5EBUA 1K7XA 2A7NA 3NL5A 4CNOA 1TPB1 4LY8A 3LXAA 3N2MA 4FB7A 1R2RA 1FCUA 3TX9A 4XTIA 4KWWA 3BW2A 3QJAA 4UFHA 1NF7A 1S3HA 4UTJA 4HKPA 1XDMA 2VEPA 5LKYA 4WX2A 4E0CA 5CPNA 5I3KA 3MHGA 2GUUA 3P80A 3SGUA 2ABBA 3QC3A 4UTTA 4JTHA 4ADUA 4GUGA 1XBVA 4GRSA 1T0OA 2Q3OA 1KFLA 2ISSA 4O0KA 1OK6A 3PBVA 2YCEA 3QSTA 1H63A 2NWRA 1KTBA 4K6AA 5I3GA 1DBTA 1JUBA 3UXDA 4CQ8A 4M7TA 4O57A 2VC6A 4GUHA 3TR2A 3BLEA 2E5CA 1YXCA 3W1LA 3RU6A 5K7JA 1KLZA 5F1VA 1KM1A 4E2BA 3C8FA 1WQ5A 1SSGA 4PFMA 4AHOA 1BTMA 4NJJA 3AJXA 1B4KA 3W7DA 3C2RA 4LT9A 2X1UA 1LM1A 3FA5A 3DH7A 4IMCA 3CM4A 3W1RA 2Y85A 1EP2A 1ICPA 4O50A 4PL1A 3FKKA 3PG8A 3QQ1A 3LGEA 5G4WA 2R8WA 1VCGA 5AFDA 1XBZA 2JKAA 3HGSA 5AHIA 3EXSA 2FB2A 1FDJA 2FFCA 4R34A 3W7RA 1AG1O 3C0JA 3Q58A 4QITA 3TMLA 3CWOX 1FWNA 1G4EA 2WPBA 3N9SA 1KLYA 3L0GA 4AHQA 1SFJA 4E38A 2OJPA 2FTPA 1VYSX 3NPVA 3MBFA 2F7FA 2P10A 3HB9A 3SECA 5AC8A 1A50A 1EWDA 1QO5A 3LHWA 4JX5A 1R30A 2GJLA 3DKJA 5CPMA 2FPTA 2DJLA 3T40A 3M7WA 1SQ7A 4IQLA 3G1FA 4CCCA 5EL1A 3MJYA 1D3HA 2C18A 1QOQA 1XFBA 5AYZA 2ZRWA 3DXIA 1JUKA 5G2WA 1EA0A 1TREA 2YGYA 5C6MA 5HR6A 1DQXA 2YFNA 5F2GA 1MEIA 3GAKA 4L4LA 2WNNA 4FNQA 5LSMA 1UBSA 4IMEA 3W7LA 1CW2A 1H7NA 3C2FA 4GUIA 1K8YA 3LBMA 3P60A 4IMFA 4DF2A 3O1NA 5T26A 4A29A 2UV8G 4UTIA 3W7NA 1AL7A 1T99A 3A23A 3NZ1A 3JRKA 5C54A 4N02A 2Y89A 1F74A 1JRBA 3FEMA 4K37A 1GZGA 2E5DA 3L67A 3M43A 4BWLA 4IWWA 4A21A 1LRTA 3W83A 1YXDA 5D2YA 1XI3A 5F4SA 3BW4A 4Z1BA 1WOAA 5D2WA 3TNOA 2Z0IA 4Y96A 4XBSA 1VYPX 3W73A 1D3GA 1EB3A 2YDAA 5DCDA 3HO8A 1W5OA 3NQAA 4MFEA 1TV5A 5FF7A 3EX6A 2DZWA 1PS9A 3O15A 5F2LA 3G3MA 4MLRA 3DENA 4NUWA 5BOOA 2ZA3A 3KAOA 3QMRA 4LRTA 3PY2A 1WV2A 4FX7A 3QW4B 4K39A 1N8FA 3BPWA 3W70A 4BF9A 4MY1A 3LV5A 3G0UA 2EKCA 3P74A 5DLCA 5TQLA 2TRSA 5D33A 3LTSA 1ZJIA 4XZ9A 5L9FA 2Y7DA 5HWJA 4DPPA 3S0CA 3BGGA 1LOQA 2YYTA 1QPOA 5FEWA 3U8GA 1B57A 4D2JA 2FQIA 3TH6A 4CLMA 3RK8A 4OT7A 1RV8A 3TQVA 3W6YA 4RZ6A 4AXKA 2QEZA 2E09A 3S5NA 3KRZA 1M7OA 4IUOA 3NEVA 4PCFA 1O95A 4X2RA 4AF0A 3F03K 4Z1DA 1YDNA 1TPUA 2H3DA 3QRHA 4IOTA 2ZRYA 3O06A 4O17A 3W22A 3L21A 1G67A 2B0MA 3W1MA 1YADA 1LROA 4JDYA 3KRSA 1EUAA 3W1NA 5D30A 1H51A 3DFQA 4QM1A 2E1DA 1SW3A 3MMTA 3I68A 1IXNA 3NDOA 2NV2A 3S1VA 4PTNA 2VFIA 1B4EA 1H1ZA 3DHFA 5HNRA 3MP5A 4LV4A 4NX5A 1DORA 5K4XA 2DP3A 2DZXA 3R89A 4RCXA 2C16A 1YDVA 1W5QA 1LLZA 1LTDA 3GKFA 3KFTA 3EB2A 3VE9A 1IXQA 4M5PA 1VQTA 5G1TA 3P82A 4N9DA 3S5ZA 2B4GA 1JCNA 1DJNA 4UTWC 3JS3A 3E49A 1YXYA 1DL3A 2BXVA 2Q8ZA 3B03A 2X2GA 3H53A 4CCEA 1CX9A 3S42A 2TSYA 5LNSA 3BK0A 4NX0A 2HMCA 4IPJA 4EIVA 3UWVA 4YCPA 5F4XA 4HN4A 1S5VA 3QZEA 4PA8A 5AN7A 5HWNA 3HF3A 2QR6A 3UPWA 3FFSA 1JQVA 2ZBTA 4WXYA 3B05A 1NEYA 2A7RA 1GG1A 3C52A 3LDVA 4JGDA 4NQ1A 3B0PA 3UZ5A 2WSYA 1WA3A 3QMTA 4FX8A 2QCGA 4JTUA 2D73A 4NJHA 3S1WA 1P4CA 4A2SA 4QAIA 1FBAA 3THQA 3PUDA 1OG0A 5CZTA 4KFPA 1XBYA 2A6NA 5KSWA 4O4WA 5G2HA 2GQ8A 2A6LA 4ZL1A 3USBA 1DJQA 5DY3A 3KXQA 3W7CA 2QCLA 3W07A 1H7WA 1W31A 1SW7A 5D2TA 2CW6A 3ABSA 4ALDA 4XTDA 3GX9A 3MI3A 3L0KA 2NUWA 4OBTA 3U6WA 5DXXA 1I2PA 1IF2A 4UC5A 2PCQA 1OYAA 4YLWA 3HGJA 1GTEA 4UFLA 4QSHA 4AF0B 1H62A 3NQ7A 4AMAA 5K4ZA 1KW1A 1OF8A 3P62A 4E2DA 3UWZA 2WOQA 1WAUA 1AL8A 1KM2A 4Y9AA 3G1XA 4A2RA 2IQTA 1P5BA 4Z0SA 4UTMA 1UASA 1IIHA 3DAQA 3A24A 3SW6A 1CI1A 2I14A 3DFOA 3LCFA 1XCFA 3PVFA 4PC8A 5FF2A 3IEBA 3BGJA 2B7QA 2QCEA 2J27A 2R14A 3KVKA 2PRHA 2NLIA 2HTMA 3TU9A 4GFSA 1OFAA 4HNVA 3LM7A 4TU1A 1U5JA 3W9ZA 3GDRA 1L6WA 4NZFA 2CLEA 1FDYA 3EX1A 4LS0A 1Z44A 3IVSA 4W9TA 2BLEA 3F4WA 4N9BA 5FEZA 4Y8FA 2ZRZA 1EPXA 5DN1A 1GVQA 3TKFA 2QUVA 4JR5A 1V7YA 3E9AA 3STCA 4OE7A 3BG3A 1ZAIA 3TJXA 2G96A 5BMWA 2QDGA 1H7PA 1JCLA 2V81A 2B7PA 4M7SA 3OVRA 4O0ZA 1FWSA 2CZ5A 3DFPA 2EHHA 5AYYA 5DXYA 5K9CA 4IJBA 2B7NA 1TTIA 1ME7A 5DCEA 1JUEA 3S5OA 1FCQA 3LHUA 2ZRXA 2BTMA 4UIOA 5FF3A 1R47A 5IM51 1J2WA 4UMAA 4JTSA 3NQEA 3OHIA 3ZWSA 3HBLA 5J5DA 2ISWA 3OA3A 5AYXA 5CPLA 4TR9A 2HS6A 1EEPA 2G97A 1TQJA 3NYZA 2V2DA 4UTTC 4I7UA 3CPRA 3W84A 2P1FA 1DHPA 1F6PA 1FY6A 1YYAA 1A5AA 5G5IA 4ADSA 3TV8A 3HIJA 5TIMA 1JCMP 2ATMA 4HSNA 3EXRA 4CQ9A 4Z1CA 1HFBA 1IGSA 3DI0A 2FLIA 1G4SA 1QO2A 4DPQA 1QFEA 2DJXA 1T96A 3R12A 4LRSA 3GK0A 1UUOA 1L6SA 3R2GA 2PRMA 4IX2A 1I4NA 3P84A 3BG5A 5EYWA 2OX1A 3HG4A 3HPZA 3QH2A 3E02A 2BX7A 2GOUA 2TPSA 3IIXA 1O5KA 3VCRA 2Y62A 3GXPA 1RQBA 3SFKA 2HS8A 4WY0F 2ISVA 3TAOA 1GTHA 1X8FA 5CKSA 5CG7A 4BR1A 4UNKA 4LW7A 4KWVA 1OFOA 4JEQA 3E0IA 1TYGA 3A22A 1PCKA 4O28A 4MYAA 3NVTA 1X7FA 2W6RA 4POCA 2CLOA 3ELFA 1WBHA 4OV4A 4K8HA 4YXGA 3LX9A 4IMGA 2C0AA 3GXNA 1ZENA 3R8RA 3AO0A 4CNNA 1P0NA 1LBMA 8TIMA 3O16A 4EVZA 2GVGA 3LRMA 3U2OA 1SZGA 3M5ZA 2PRLA 1BEUA 4FIQA 6TIMA 4N4PA 3KVMA 1G7VA 4LWWA 1W3NA 1TTQA 2YW3A 2E6AA 1FQ0A 2H8XA 3P81A 3TC7A 5LNRA 3B0UX 3UNDA 3WJYA 4O16A 2ZA1A 3ZS4A 1YPFA 3GIYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GZ3 A;  4BJH A;  1LP6 A;  3IJ7 A;  1D2K A;  1QBB A;  1XYF A;  2XUC A;  3WDP P;  1BGA A;  3KUM A;  2DZU A;  5A8M A;  1XLC A;  2Q8X A;  1SUX A;  6XIA A;  2QGH A;  3V7P A;  1I9C B;  3S1G A;  3SCP A;  1GOM A;  2Y8U A;  4FXS A;  4RZ4 A;  3GFY A;  3QV8 A;  4NNB A;  2CLH A;  1MO0 A;  1E70 M;  3GZA A;  5BW6 A;  3VTR A;  3OGS A;  4C1N A;  3NPW A;  5BXT A;  4J7R A;  3T2O A;  4M82 A;  1VGA A;  3WH6 A;  4IT1 A;  4HIB A;  3ABQ A;  1VEO A;  3SM0 A;  2W61 A;  3WML A;  4C6E A;  3KM8 A;  2Z7G A;  4YMZ A;  3ATY A;  4I9A A;  4ZO8 A;  4F0K A;  4KRT A;  4UMB A;  1RHC A;  1A0C A;  4NF7 A;  3TCS A;  3DHD A;  5LZL A;  3M5Y A;  2DVT A;  5AY7 A;  3LM3 A;  4M6Q A;  3T0C A;  4Y6G A;  4KGL A;  4AIB A;  2OEJ A;  3BV4 A;  1QUM A;  2EAW A;  2CBJ A;  5A6J A;  4WEV X;  3MZN A;  1ONW A;  1NFP A;  1TIM A;  4IP7 A;  3N19 B;  4QTG A;  1GJU A;  4UTL A;  4UQD A;  2PDI A;  1M03 A;  4NZJ A;  3WQO A;  2VWS A;  4UCF A;  3D46 A;  4MYX A;  1XD0 A;  1ZNN A;  1VJI A;  2W4X A;  2FPY A;  2FJU B;  1QDS A;  3BUR A;  1UIO A;  1E9I A;  5CPQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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