1RPX | Genus

Total Genus 79

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	230
structure length	230
Chain Sequence	SRVDKFSKSDIIVSPSILSANFSKLGEQVKAIEQAGCDWIHVDVMDGRFVPNITIGPLVVDSLRPITDLPLDVHLMIVEPDQRVPDFIKAGADIVSVHCEQSSTIHLHRTINQIKSLGAKAGVVLNPGTPLTAIEYVLDAVDLVLIMSVNPGFGGQSFIESQVKKISDLRKICAERGLNPWIEVDGGVGPKNAYKVIEAGANALVAGSAVFGAPDYAEAIKGIKTSKRPE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	3-epimerase
source organism	Solanum tuberosum
publication title	Structure and mechanism of the amphibolic enzyme D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase from potato chloroplasts. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE)
total genus	79
structure length	230
sequence length	230
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 5.1.3.1: Ribulose-phosphate 3-epimerase.
pdb deposition date	1998-12-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00834	Ribul_P_3_epim	Ribulose-phosphate 3 epimerase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1rpxA00

1DORA 5CKSA 3C2VA 3G1HA 3TSDA 4Z1CA 3C61A 2JGYA 4NXSA 4JY9A 5EY5A 3UXAA 5FEZA 1FWTA 3W7RA 1RVGA 3NL3A 1PE1A 3MI2A 3R12A 3G1DA 4GJ1A 4OV9A 3CT7A 3BVJA 5D04C 4MY8A 1WA3A 3HGSA 4QISA 4IUOA 1VHNA 3TKFA 3BO9A 3S9YA 5BOOA 5LGXA 4CLMA 2NX1A 3EWBX 1EWEA 4QAIA 4Z1DA 3L9CA 3PBUA 3ZR4A 1XBZA 2HTMA 2NXGA 1DKWA 4HHPA 1LM1A 4M7SA 1DVJA 2ZZ6A 1GYNA 4GE8A 3THAA 3IGUA 1LBLA 1PCWA 4N9EA 3L5LA 2TRSA 3R5EA 5DELA 4YMZA 3B0PA 3G24A 2CZEA 2A4AA 2CZDA 1NEYA 3TXVA 3LHYA 4WOQA 1IIGA 2WQPA 1IXPA 2QR6A 2X30A 3CB8A 4FIRA 3OVRA 1VQTA 1TQXA 4MYXA 4ALDA 5C5YA 2XN1A 2O7SA 4DQWA 1D9EA 4FX8A 4JGDA 1YLVA 3M16A 4GWEA 1YDVA 2WV8A 4RX0A 3W83A 1WBJA 2ISSA 4NT0A 1C8VA 3CIXA 3W7LA 1JQXA 5LSMA 4RV8A 3ATZA 4K8HA 4S2CA 3QEZA 1GVOA 2X1RA 3R8RA 5FEXA 3G3MA 2A85A 5AHEA 5FI8A 3IGSA 3S8HA 1EX5A 1TPVA 1TMHA 1WXJA 3KVLA 1FXQA 1VCGA 3SI9A 1K7XA 1LRQA 4WUIA 5HJLA 3RNDA 4CQ9A 3RK8A 4N9DA 3EWZA 1LTDA 2Q8ZA 1Q3NA 4PEKA 3QM3A 4AB4A 3WJXA 1H7RA 1YDNA 1SUXA 5LNSA 4IMGA 3M5YA 2Q3OA 3U6WA 3EX4A 2V2DA 3LHUA 1W5MA 1TTPA 4UMAA 5DCBA 3WK0A 2CFFA 4JDYA 5DCDA 3MO7A 2OT1A 2G5WA 5HWJA 3G0UA 5BW6A 1RV8A 2NX3A 2ATSA 3TCEA 4HNVA 1TO3A 4E0CA 3G1YA 2DZWA 1W5PA 4LV4A 4OBTA 4ADSA 3S1VA 1U83A 2QEZA 5AHFA 4XBKA 1LLZA 4XTDA 4NNBA 4AWTA 3KFTA 4KKXA 3QZEA 4DO5A 1LCOA 3C2OA 1AG1O 4UTUA 1EIXA 3GR7A 3W76A 3W22A 4E2DA 5AC7A 4Z0SA 3UZ5A 3BG5A 1X1ZA 3V75A 2W79A 3LRKA 2A7RA 3BV4A 4NU7A 2CLMA 1K8YA 1LOQA 1KW1A 3QPYA 4JX4A 1X6UA 3W1PA 1H1YA 2B7NA 1TIMA 2E09A 4FX7A 3EWWA 1PS9A 3TMQA 1TPFA 3EXTA 4UFLA 1ONRA 1SSDA 3H55A 3OA3A 3QMRA 3PSWA 3R2GA 4MPQA 5E1QA 3W1XA 5LHFA 4UMBA 3W7PA 4JNMA 3LDVA 2Y7EA 1TJPA 1XC4A 1KV5A 4DF1A 1S5VA 5G1TA 4MUZA 3IVUA 3W1LA 3L0KA 3PG8A 3VI2A 2VFDA 1B9BA 1GTEA 2PRHA 1W5QA 4RCXA 4CCCA 1F76A 5D2TA 5C6MA 3HB9A 3DFNA 1ML1A 3GDKA 4ZVJA 1IXQA 2DZVA 3NAVA 5SWUA 1JCNA 4M6PA 1F7BA 2FB2A 2J88A 4L4LA 5D2VA 3RFAA 1FDYA 4X22A 4DBEA 3DKLA 3QMTA 5H2ZA 3Q58A 3MP5A 4LW7A 3N9SA 4N9CA 1XXXA 3ZS4A 4GUHA 3FYOA 4ML9A 1OFPA 1VS1A 3BGJA 4KFNA 2JKAA 1UASA 3UY7A 3H54A 3EKLA 2YPIA 2ZZ5A 4L4MA 2ZFAA 3QMSA 4JTKA 1J4EA 4HN4A 1I45A 5DCEA 4Z1BA 3BARA 4AEOA 1MZHA 3A9IA 1QAPA 4H6KA 1SQ7A 4O50A 3M5ZA 4XTIA 3O06A 3IEBA 3NQ2A 1ZAJA 3BK0A 3TAOA 3LHWA 3TAKA 3MBFA 3EEGA 5FEPA 3VFLA 4UR7A 2QCLA 3UPBA 5L9FA 5KZEA 4OGZA 3ABOA 2YYUA 1KFJA 2XN2A 4R7JA 4DF2A 1KFBA 1H61A 1LYXA 1N8FA 2FLIA 1KM4A 3NQFA 2ZZ7A 3HGRA 3W88A 1SW7A 2FIQA 3O8AA 5D02A 5LKYA 4Z0JA 3N34A 1BWKA 1CX9A 3M0ZA 4NJIA 4GBUA 4LVAA 3W74A 3W7HA 3W7GA 3I7QA 2OJPA 1YXYA 3CC1A 1Z48A 1EEPA 3NPWA 3T40A 1W5NA 3TJLA 2QAFA 5KTLA 4AHPA 2E6YA 4NNCA 3BW4A 3EX2A 1GZGA 3UWWA 2YR1A 3MJYA 1RQBA 1OFBA 5FF4A 3UNDA 3F1QA 4FF7A 2FDSA 3V1PA 2A6NA 2AQWA 1SW3A 1XUZA 1TPH1 4XKYA 4JTEA 3P60A 4E2BA 2ZRXA 5TBOA 3W7JA 1I8JA 4RKAA 4DELA 4O18A 2XFWA 3GVGA 3L68A 3WK2A 1ALDA 2BWGA 4LTSA 3C56A 3MBDA 2CZ5A 1NAL1 3LTPA 4M6VA 3W85A 3TX9A 2YSWA 5ABTA 5EBUA 3NVTA 1JUBA 2ZRZA 1MSSA 1AW2A 3CQ0A 3GNDA 4ICNA 3S1UA 4I7VA 3VE7A 2CW6A 1DOSA 4KWWA 4PODA 1XDMA 1JR1A 4YCPA 1TSIA 4HSOA 1TJRA 1G7VA 4LRSA 3FS2A 4LS0A 3VCRA 3TH6A 4Y8FA 1M7OA 4YLWA 3CLMA 2BXVA 1KM2A 1H51A 5HWMA 1YXDA 2PE4A 3A21A 1O60A 1J5TA 2TMDA 3A5VA 5HUPA 3PBWA 2G95A 3W9ZA 4O53A 4FO4A 2NWSA 3IIXA 2A6LA 2GVGA 4O0KA 1R46A 4JTJA 1CW2A 5BMWA 4UTIA 3E02A 3E12A 5IBXC 5D09A 2TYSA 4DEFA 2LLEA 4O11A 2Z2UA 1X7FA 5EMUA 4O15A 5J5RA 1OX4A 2RDWA 2ZA3A 3C8FA 1F6KA 5DBTA 3C4UA 5K3VA 3RMJA 2C19A 2X2GA 5HUOA 4DO4A 3P84A 4K7YA 3P80A 3RF9A 4IMDA 2NXIA 3LHZA 3ABRA 5FF0A 3TR2A 3W1RA 4IPIA 1L6YA 3LB0A 1UUOA 1PIIA 4FNRA 1YDOA 3E0IA 4IMCA 4BI5A 1QDSA 1RPXA 4UCGA 2FPTA 1WDWA 3M47A 3NQ7A 1LRTA 1TTQA 3NOEA 2GQAA 3W2LA 1FDZA 1ICQA 3BGGA 3FLUA 1FXPA 4A21A 3GB6A 3WJYA 3EXRA 2NWRA 4QJ1A 3DI1A 5DBUA 4I9AA 2CWNA 3HQ1A 2QCEA 4GNJA 2VFFA 5CPNA 4PC8A 4UIOA 3LV6A 4QM1A 1KM3A 5FF2A 3LRMA 1KFCA 3SR7A 1VYRA 1EPXA 5G5IA 3TW7A 3BG3A 1H7XA 1FQ0A 3W71A 3M5VA 3OBKA 5EYWA 3QH2A 2P0OA 3QF0A 1B4KA 1CI1A 3C2RA 4JTIA 3LTSA 3THQA 5AFDA 2QF7A 3G8EA 1XFBA 2E1DA 2NXHA 1IF2A 4JTUA 1DV7A 1ZHAA 3N2MA 4K8EA 3LCIA 1KTBA 5MHBA 4CNPA 3LLDA 1W0MA 3UYCA 3N14A 1X8FA 2ZZ3A 3S5NA 1VRDA 1QCWA 1H7NA 1YADA 2Y7FA 2ZBTA 4EF9A 1Z42A 4MLJA 1S3HA 2EF9A 4ZQNA 1ZALA 3DFOA 1HO1A 3UWQA 1OFOA 2V8ZA 3HMJG 3NXFA 1ZFJA 2Y89A 3TSMA 3NQMA 4JN6A 1PVNA 4O1DA 1ME7A 1VH7A 4K39A 3W73A 3PULA 1THFD 2R8WA 1W56A 1Z44A 3IIZA 4JTTA 1P0KA 4IMEA 3USBA 4MKNA 5TIMA 1OX6A 1O5XA 4R33A 1H1ZA 1M7PA 3W1TA 1YTEA 3T4CA 1TCDA 3L0NA 1UJPA 1JCXA 2DP3A 2VEIA 2WNNA 1MEWA 5F1VA 1AL8A 1GJPA 4NJKA 2EGZA 4IXHA 2JBMA 1SW0A 2RDTA 4MY9A 1TV7A 3LBCA 1JQVA 4O1AA 1UUMA 3HGOA 3G8RA 4N4PA 2C13A 3NDOA 3NPXA 3TQVA 1T99A 3CIWA 1MEHA 4AXKA 5AN7A 4NNAA 1K8ZA 3QQ0A 5FF3A 4Y6GA 5IBXA 5A5WA 3P5YA 4BF9A 3NQGA 4ZL1A 2GVLA 1AW5A 1KFKA 1RZMA 5DXYA 1H7PA 3BG9A 1B57A 4RXFA 1LZOA 3W1AA 1JJKA 3GKFA 1WYIA 3YPIA 4UTHA 5D33A 1PV8A 2VFEA 3P7YA 3DFSA 1SZNA 2QUVA 4NJGA 4O12A 3M7WA 3PVFA 4FHAA 4NVTA 1AL7A 3T55A 3EX1A 1J2WA 2V2CA 3LBMA 3MW7A 3U8GA 3I7RA 4NX0A 3UWUA 3ELFA 4PFMA 3W2KA 3PUEA 1XBXA 4A3UA 2H8ZA 5K7JA 3HF3A 4PCFA 3NQVA 3EXSA 4CCDA 2ABBA 4LVDA 4Q32A 4FIQA 3HPXA 4YXGA 3IVTA 4DF0A 5AC6A 1JULA 4BFAA 3CM4A 1SU5A 3LOTA 2P1FA 1GPWA 1I4NA 1JCMP 4RZ6A 2YDAA 5DXXA 5AC8A 1XL9A 1HL2A 1TPDA 2ZYFA 1Q6LA 5CPOA 3P5ZA 1Q45A 3TIMA 4MVAA 3N9RA 3DHDA 1H60A 5KZMA 3UWVA 3O16A 4MIMA 1TTIA 3W6YA 5FESA 1R2RA 1EUNA 4IXXA 3L21A 3EB2A 4IOTA 3CPRA 3JRKA 4D2JA 4PL1A 3GZ3A 5HNRA 1A50A 1UCWA 5KMYA 2FB3A 3M41A 2V0TA 4QSHA 4N6FA 1KA9F 3WFAA 2NV2A 1G69A 2CLEA 4MYAA 2R94A 2WPBA 2VFHA 1BTMA 1AW1A 1F05A 4XBSA 1K8XA 1TREA 4ORIA 4JICA 5A8GA 2NLIA 3RLUA 1FWNA 2B7OA 4UTWC 2I14A 3LRLA 1O95A 4C1KA 3GX9A 1NVMA 4JYFA 2RHGA 4WD0A 5K9XA 4EIVA 4K36A 1FCBA 3NA8A 1LP6A 1KBJA 3PBVA 3P74A 4GUFA 3UZJA 3MP3A 3N73A 2RH9A 4BWLC 3KOFA 4IGHA 4WY0B 3LI1A 4TR9A 4ZQMA 1WOAA 4UNLA 1G4EA 3S5ZA 1K03A 2WSRA 1NFBA 4O16A 1TRIA 4WX2A 2V5BA 4AAJA 3TFCA 4KFOA 4NUWA 1QOQA 4LC6A 5F2IA 3TSBA 6TIMA 1W5OA 4BI7A 2A1YA 3CWNA 3DENA 3C2EA 3S5OA 4TO8A 1H63A 5K4ZA 1ZAHA 5LNVA 4GFSA 4TU1A 4UUIA 3QPZA 2CLLA 4I7UA 4LS2A 4DPPA 3PBYA 3G1FA 4HKPA 3W1MA 4JTGA 2YW4A 2ZRVA 4DBDA 1QMLA 2QJGA 4M7TA 2F84A 2VXNA 3GDTA 3ZWSA 1WQ5A 3O07A 1R30A 2WO5A 2CLKA 1N7KA 3W2JA 3QW4B 3T44A 2EHHA 1QPNA 2V82A 3LCXA 2Z6JA 3W86A 3OHIA 2ZZ2A 4FNQA 4JX5A 1FWWA 4W9TA 2BZNA 3TU9A 5CSSA 3H53A 3GKAA 5CZJA 4XQ6A 4UFJA 2WJZA 2VEKA 4KFPA 3NGJA 1FDJA 4OU1A 3SZ8A 5G2IA 1VPXA 2EKCA 3PUDA 3WJZA 3Q94A 1ZJIA 4RZ4A 1YTDA 2J24A 4O52A 3KVMA 5AHNA 3QJAA 2Q8LA 2VOMA 3A23A 3DH7A 2RFGA 1SZGA 3TA6A 4LVFA 2C6QA 1OK4A 2CZFA 4ADUA 1W1ZA 4EF8A 2E77A 1HFBA 4S2BA 2C1HA 3W72A 1GG1A 2I1OA 5KZDA 3P67A 3NQ8A 4XZ9A 4X9SA 1B4EA 1I2PA 1P1XA 3NPUA 3PUOA 3SY5A 4P2VA 3G1SA 2V30A 3STCA 5LZLA 1VYPX 3F4WA 4PL2A 5BNKA 3FJ6A 2EPHA 2OCZA 2PRLA 5F2MA 1XM3A 5D32A 3E49A 2A2IA 2Y85A 1SZFA 3SFKA 3O63A 2QUUA 3T78A 4O4WA 5C2XA 1PL9A 3HBLA 4RLIA 1FCUA 4HPJA 5CZTA 2BLEA 3MUXA 3QW3A 3UWZA 1IGSA 1EA0A 1PHWA 3O6CA 4GUJA 2ZCGA 3TNOA 3FEMA 4UTWA 2C16A 4FNTA 1V7YA 4XWUA 1JRCA 3TMLA 2GUUA 1BKSA 5EKYA 4G1KA 2FJKA 1F2JA 5J5DA 3NYZA 1TPB1 3E96A 2NZLA 2QDHA 1TQJA 2A0NA 5GVJA 5TQLA 2E6FA 4BWLA 3GAKA 1QO5A 4X2RA 4MZ8A 5HWNA 1H62A 5DLCA 3W7EA 4N2YA 1G6CA 2DJLA 8TIMA 1GVRA 1HG3A 5AYYA 4JYEA 3NL5A 4TMCA 2ZA2A 3HPSA 1OFRA 5D2YA 4XUGA 3N2XA 1TB3A 1XBYA 1FCVA 1KLYA 2CLIA 3W7OA 3KRZA 3L2IA 3BPWA 1YPFA 4JTHA 3S5YA 3C6CA 3M44A 4FXSA 3TE9A 4IQLA 4HNUA 1KBIA 4FXRA 3KAOA 2OMAA 3EX6A 1M6JA 3RLVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1RPXA

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Chord Diagram

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