3RCNA

Crystal structure of beta-n-acetylhexosaminidase from arthrobacter aurescens
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
537
structure length
525
Chain Sequence
MSAFHQLIPAPWSFSAGTGELELDAGTSVGADPELRGPRRWLTRALGGATGWDLAPAPAREAGIRLLLDPSLDAEAYRLEVSDAVVISAGGAAGAFYGAQTLLQLLGPAALRQAPVVAVEGWSVPRVSVEDKPRFGYRGTMLDVARHFMPKDNVLRFIEVMAMHKLNVLHLHLTDDQGWRMQINRYPKLTETGAWRRESSLGSWRAGVFDGRPHGGFYTQDDLREIVAFAADRHITVIPEIDVPGHSQAAIAAYPELGAGPSPVEVWTRWGINETVLEVSETSLEFYRNVLDEVVEIFPSPWISLGGDEVPLTQWQASAQAQAKAAELGLDDVSGLHSWFVGQLALHLKHHGRATSVWDELPDGALVASWRGYEGGIDALRKGYDVVMCPEHKLYLDHRQADGDDEPVPVGFVTTLQAVYEFEPLPGTDFPGRLLGAQANIWSEHLDSPRRVQFAAFPRLSAISEVFWSNPAGRDYDEFLTRLTGAHLARLEAMGVEYRPLSGPAPWQQRPGVEGWKRDYDAEQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Beta-N-Acetylhexosaminidase from Arthrobacter aurescens
rcsb
molecule keywords Beta-N-acetylhexosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Arthrobacter aurescens
total genus 169
structure length 525
sequence length 537
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3rcnA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 3rcnA01
2YDSA 4L4OA 5LA0A 4AD0A 1E5NA 3CPUA 1CXKA 1HP5A 4W5ZA 2E9BA 1QI4A 4DUWA 1CTNA 2Y2WA 3MSDA 2CERA 4MJ4A 3AMGA 3EYPA 1V6WA 3L4YA 4CCCA 4LGXA 1HKKA 3AHZA 3QOKA 4BF7A 3L2MA 2XIIA 5DT7A 4R27A 4UNIA 1XD0A 5JIWA 2UY2A 2VCCA 5A2CA 2BVDA 4U31A 2QLYA 1V3JA 4AZCA 4PMQA 4BCEA 1JI1A 3VTRA 4HZ8A 4UFLA 4HZ7A 4HOWA 1JFXA 3VO0A 3VIHA 1ZS2A 1HL8A 3WQWA 4MB4A 1H49A 4YHGA 1JNEA 1CEOA 2V5DA 3CGTA 1V0KA 3W28A 4AZ6A 3AIVA 1MVYA 4PTWA 5BXTA 3LPPA 1K9FA 3MUY1 3GNOA 2PF0A 1IZKA 4NRSA 1FH8A 3EMZA 2VI0A 5A6JA 1UR9A 4GI9A 2XM2A 2DDXA 1EDGA 1ISXA 3NDYA 4XV0A 4QLJA 4HMEA 1HJSA 5E0FA 5A6BD 3WN6A 3A4WA 3OGVA 1NQ6A 1EDQA 3NDZA 1E0WA 4UFKA 4ZXOA 4P8VA 3N04A 3LPFA 1CBGA 2ZXAA 1QI0A 3PN8A 2Q8XA 1GOOA 2ZX6A 1VIWA 1B3WA 5A2BA 2PWFA 3VILA 4EE9A 1NWSA 4Y7EA 4MJ2A 3ZQ9A 2YDQA 2YL8A 3K1DA 1K9DA 2Y8VA 1ISYA 3AXHA 1KGUA 3EDFA 1UOKA 1K9EA 1MQQA 4PMYA 4H8HA 1VBUA 2VVSA 4X9YA 1JYWA 3WH8A 1C7SA 2MANA 1B2YA 3BCFA 8CGTA 5E0CA 1KWKA 1JYNA 1UA3A 5FL1A 2DSVA 2DSKA 1WO2A 2OYMA 3VIOA 2BY2A 5I23A 2VZUA 1CZ1A 4Z2LA 2BY0A 4U2ZA 1VF8A 1BYDA 2DSWA 4LYQA 2E40A 3AXIA 2WVVB 1LJYA 1AQHA 5BROA 3VM7A 1KQYA 2GDVA 3AYSA 2J7FA 1FHDA 5TD4A 1HL9A 2C7FA 2BHZA 1JDDA 2QPUA 1JZ5A 5A94A 4LPCA 1EDTA 1KXTA 2CKRA 3AS0A 3NSXA 2JFEX 3RM8A 2DQXA 2UY3A 2ESCA 2V3GA 2ZX9A 4Q22A 1QBAA 1OM0A 3OLIA 1OB0A 3VIPA 3UR7A 1J11A 5BCAA 1FA2A 2HISA 2G3MA 3UCQA 3T09A 2XIBA 1JZ2A 1B3YA 1OSEA 4PMXA 3BSHA 1WNOA 3FY1A 1TR1A 4W88A 2UWFA 4UQBA 1UR1A 2ZUVA 2CPUA 1E70M 3DECA 1JZ8A 1DP0A 2J8FA 3POHA 5M5DA 3AZTA 3AFBA 1EQPA 1E73M 2YL5A 4FLRA 4AIOA 4GINA 1KB3A 4J27A 2FHCA 1XSKA 1UWSA 1GNXA 4TVCA 1SR0A 3AIWA 1W2VA 4D1IA 1G9HA 1MW0A 1DHKA 1QI2A 3ARYA 1E72M 5CLWA 3T2PA 3O9NA 4QAWA 3CBWA 2ZX7A 3CZJA 2QMKA 3ARQA 1DWGM 1F4HA 2PI6A 3PZQA 3LPOA 5IHSA 5D8ZA 3PZMA 1UH3A 2WBGA 1OIMA 2VJXA 3F5JA 2CEQA 2XGBA 4HA4A 1BF2A 1W3JA 5E9AA 1PBGA 1VFMA 1RH9A 2WSKA 2GJXB 4PSRA 3AXXA 2WANA 2J75A 1NP0A 1AVAA 1ZL1A 1V3MA 2RGMA 2VRJA 1SYTA 4AYSA 1W1VA 4CD7A 3IJ7A 1M03A 4AIUA 2UY5A 3WL0A 5I3DA 1EQCA 5GQBA 3WQ5A 1Q6EA 3VDHA 1QPKA 1KGXA 2WHLA 1B3VA 1GZJA 3RM9A 4UQCA 3I3BA 3IANA 4U33A 4D72A 4U3CA 3OLGA 1AQMA 1HT6A 4HOXA 3MU7A 2IUZA 1CXIA 1XC6A 4MB1A 3CUJA 2WHJA 2VCAA 3ARUA 4KH2A 4HTYA 2JEQA 5I24A 1EIBA 4XX6A 3ZMRA 1FFQA 1US3A 1QW9A 2J74A 4NF7A 3WENA 2XWEA 4KGLA 1E6PA 1KR1A 2ZXBA 1V08A 1D7FA 3TTSA 1KR0A 1MFUA 1MXGA 1W9BM 4J7RA 5ABHA 1WDSA 4GZEA 1BLIA 1HJVA 4D6EA 4ZXLA 1EOKA 1C90A 3CO4A 3AMKA 1HN1A 3VIFA 2YLLA 1TA3A 3AJ7A 3KL3A 1K6AA 2PWHA 3MMUA 4CCEA 3UETA 2J47A 1KBKA 3WF1A 1E4IA 3W0KA 3WDHA 2VCBA 3MV11 2J78A 4H8VA 4DUVA 4MDOA 5E6YA 5FL0A 3TTOA 1B31A 3WH6A 3WNPA 1GCYA 1LWHA 1EHAA 3RJXA 1RPKA 3WUBA 2VTFA 2ZUSA 4XZBA 3BAKA 2VQTA 5A3HA 4YHEA 3GH4A 3MANA 3EDKA 5AY7A 5A6LA 5I6SA 4J3TA 1UD8A 1W3KA 4ACZB 1VFUA 1UWQA 4UOZA 3ZT5A 1NP2A 1V0MA 4CU8A 2VZTA 1CGWA 1QHPA 4W5UA 4RE3A 3N15A 2WB5A 4ZEPA 1OINA 2DT1A 4CKQA 3N13A 4AD4A 3PBGA 3VD4A 3NIYA 2WWCA 3VMOA 1E15A 1GONA 2D24A 3WDRA 3ALGA 4FF5A 2ZUNA 1ITXA 1GOQA 3VOCA 1TFVA 4CVUA 4AZBA 2WZHA 1TA3B 1LL4A 2CHNA 4M1RA 1I75A 5A6KA 1V03A 1VJSA 4OOZA 3MUIA 1EHNA 3VGBA 1JNDA 4E2OA 4H8UA 4UQ9A 5A8NA 1Q6FA 1IV8A 5BYWA 1JF6A 4AISA 1HP4A 2A3AA 1R85A 3VGEA 4MTVA 3MS8A 3CZKA 3NSNA 3WNMA 4M82A 3F4VA 1EOMA 5M3WA 1QHZA 1UHVA 4FK9A 5I77A 2XM1A 3VIKA 3T0BA 2VZSA 3WBEA 1JL8A 4N0RA 4M8UA 2D20A 1HNYA 1HJWA 4ZFMA 1WKYA 2VZVA 2E8YA 5GNYA 3WDJA 1MFVA 3OZOA 1E5JA 1ESWA 1WAWA 2BY3A 2CIPA 4NRRA 2E8ZA 5E09A 2JF7A 3ZIZA 1RP9A 4C91A 3ARTA 1BSIA 1BYAA 2WLYA 3VINA 3W82A 3W24A 3VX0A 1CNVA 3VIJA 5A8MA 4PTVA 5I2UA 1ZBKA 1DEDA 1BG9A 3BCDA 3D5HA 1LLOA 3CHEA 1V3KA 1WDPA 1H1NA 2HVMA 2V3DA 2XSAA 4M29A 2WVTA 4H2CA 1WDRA 1E6XM 2WLZA 4AEFA 1OGBA 1KQZA 1HKIA 3CZLA 1BYCA 2OWXA 1PAMA 1BHGA 3WIJA 1BQCA 3WEZA 3RCNA 5A6BA 3WMCA 3AMLA 3GH5A 5HOSA 2GSJA 2WSPA 2WVUA 5ABGA 3W37A 3SCUA 3UEQA 2EO7A 4GXPA 3W26A 5LYRA 1ZBWA 2YA0A 3GXFA 4YN5A 1UUQA 2XPKA 1ZJBA 3ALFA 3SCVA 1Z32X 3N17A 4HMCA 4B16A 4BS0A 2A3HA 2VQUA 4UZSA 3WNKA 2BXYA 5CXPA 3BMVA 3QOMA 1W2PA 3U5YA 1UWRA 3AICA 2CETA 2XJ7A 3PHAA 4RE2A 3W27A 4ATLA 1S46A 1V3LA 2ZXQA 3ZR6A 2G41A 2WMIB 7TAAA 4V27A 2WC3A 4JHZA 3WNLA 4UCFA 4M80A 3WKZA 2OSWA 2CKSA 1HVXA 4F8XA 2BHUA 2WXDM 3M6DA 4JAWA 2YDRA 4UOJA 4F66A 3CHDA 5A6MA 1MW2A 1XCWA 1W32A 2WBKA 2F2HA 1CGXA 4PRWA 4HMDA 1CGVA 1E6QM 1W1YA 4IM4A 3WUGA 3WELA 3T0AA 1E6NA 1J12A 3AIUA 4PMNA 4UFIA 1V02E 3VMPA 2WMGA 2VUYA 3FHQA 4UOQA 2J79A 2EQDA 3WDIA 4WF7A 3AS3A 1HKJA 3OA5A 4LQ1A 3OGRA 4TVDA 1KXVA 5IFTA 5I78A 5HNNA 3T08A 4AZGA 1FH7A 2V3FA 2D0FA 1U33A 4AZ5A 1BGAA 4B3KA 4R5EA 4W7UA 5CG0A 2WCAA 5CZKA 4EAMA 5D9OA 3A4XA 2G3JA 1WCGA 1CPUA 1OGGA 2WVVA 3MMDA 1QNQA 1QOXA 4GI6A 1KFWA 4EANA 4GQRA 3DHUA 3N18A 3TTYA 3UG3A 5DO8A 3FXYA 1V02A 5DF0A 3OIHA 5CLTA 5A95A 5EBAA 5A2AA 1EA9C 2WYSA 1LG2A 2YIHA 1C92A 5D9NA 4PUEA 1V6VA 4JL2A 5ABFB 2VT0A 4TXEA 2WNWA 3D3AA 1JD7A 1EXPA 3VGGA 4CN4A 4V2XA 3UG4A 3MO4A 1NWUA 2QV4A 3W29A 3NYDA 3L4UA 2FGLA 5BRQA 3GH7A 3SUWA 4C7FA 2DH2A 3ARRA 1KCKA 3ZOAA 2CCRA 2PB1A 2AAAA 1VB9A 2W92A 4GZIA 5M03A 3CHFA 4ML4A 2VX5A 3BAYA 4E4PA 3W6LA 4QP0A 1H09A 4F9DA 2WCGA 1UWUA 2XFRA 2ZUMA 2J62A 3J7HA 2B31A 2D3NA 3WNNA 1VFFA 1XYZA 1PEZA 2WMJA 2NW0A 3T2OA 1PX3A 1ZB5A 3WD4A 1C8YA 1AMYA 3L4TA 4CD5A 3BH4A 3WEMA 4Z2HA 1XGZA 3GXDA 1BVNP 1MYRA 1VJZA 1WP6A 5CSUA 3W25A 5I79A 4AY1A 1CWYA 3KL5A 5M17A 3RDKA 2EPMX 4D6HA 1DWIM 4P8XA 4WLCA 1E0XA 4M56A 1UG6A 1H4PA 3VVGA 5A69A 4Q7NA 2CXGA 2J7EA 2C8NA 5DEZA 3SCRA 5HDRA 2F8QA 4UFMA 1QVBA 4JFWA 1EH9A 4TX6A 5LA2A 2GJRA 1JF5A 2W91A 1XCXA 1C93A 4URIA 3WL1A 2GJXA 4W93A 4Z2JA 1F4AA 1R87A 3GNRA 3BMWA 3WF2A 1OCQA 2G8ZA 5JUVA 3SUSA 3VGFA 4XB3A 5IHRA 5I0DA 3GXIA 2YBTA 4C90A 4CCDA 3F5LA 3VIMA 5BXRA 1DWJM 3K8KA 2BY1A 1PZ2A 2OWWA 1DWHM 4P7OA 2YJQA 5E6ZA 1J01A 1ZJAA 1JI2A 1UD4A 3MUZ1 4UTFA 2BVYA 2WC7A 5D9PA 2W62A 3CH9A 1O7AA 4PUDA 2QF8A 3BC9A 4A4AA 4D6DA 3SUVA 2YBUA 1V0NA 2GK1B 5CPQA 1E0VA 1B0IA 1AQ0A 9CGTA 1GORA 1TZ7A 2XFYA 4UQAA 2G4FA 3IAQA 2VRKA 4UQDA 1KGWA 5BXSA 1EGZA 4LXFA 3VIIA 4HPGA 2GVYA 3ZT6A 1C3FA 1TMQA 1K9TA 4PMRA 3L4VA 4XUYA 4AD5A 1J0HA 2PWEA 1NM9A 5DT5A 4TVUA 4C7GA 4TUFA 3VGHA 5FOOA 1ZBCA 3ZO9A 2O9OA 4QCEA 1PX8A 3PZGA 2X0YA 5LA1A 3T2QA 1FFRA 1NWRA 2J77A 3TP4A 4AZIA 1A47A 2V5CA 2E0PA 1BYBA 4FMVA 5FD0A 7CGTA 2EPKX 4U5KA 1QNPA 3SCOA 1ISZA 1E71M 4L4PA 4AZ7A 3FHAA 1G94A 2C0HA 1SMDA 4P8UA 3CUGA 3RO8A 1LF1A 1XHGA 1GUVA 3SIMA 2ZWZA 2D0HA 4WKHA 3DYMA 2XSBA 2VL4A 1GOMA 3OLEA 4DWSB 3TONA 4IISA 1GOIA 3T0DA 4ACZA 1I1XA 4NZCA 4IPLA 1XV8A 3VPLA 3TOPA 5A6SA 4H41A 4DM1A 3OGSA 1E3ZA 1R7AA 3KE0A 3W4RA 3PTMA 4JKKA 4HPHA 3BAJA 1C8XA 3AIBA 2A3BA 2WC4A 3CZEA 5I5RA 1NWTA 3VKKA 1GHRA 1W3LA 3VM5A 2DT0A 2BXZA 4FLOA 4YPJA 5FKYA 5BXPA 2DIEA 3K8MA 4K68A 2VR5A 3WNOA 1CXLA 1U30A 4AC1X 1OT1A 3SCTA 1CGTA 1J0ZA 3AIQA 5HPCA 3A3HA 4KWUA 4WKAA 3LPGA 4MNJA 1UZ1A 1GOWA 2VVNA 4ZE5A 2JIWA 3WH9A 1V3IA 2XWDA 3K4AA 4OBRA 3KL0A 4CU7A 3N9KA 1WZAA 1DWAM 3O6AA 3UG5A 3G6LA 3CTTA 3W53A 5HXMA 1BG4A 1CLVA 1IZJA 2QMJA 3SCQA 4DWSD 2ZX5A 3GBEA 3AHVA 4BZYA 2W63A 2ZE0A 3MUAA 1JD9A 3N1AA 5D4YA 3OG2A 3UESA 1RD6A 3W38A 4QLLA 3VUPA 4GPNA 1WZMA 1GW1A 3MKKA 4XZWA 2YLAA 4E8DA 1GVYA 1B1YA 3WD1A 2OSYA 4CVWA 5A8QA 4WSJA 3ZJ8A 1VENA 3AMDA 2WKGA 2XTKA 1JAEA 1E1FA 3CHCA 3CIVA 3VNZA 2CBJA 2WHMA 3W6MA 1OBAA 1ODZA 4J3SA 1JYVA 2WHKA 1MXDA 3NJ3A 4PMUA 1B3ZA 1UH2A 2VRQA 3CZ8A 3DC0A 4W8LA 1D3CA 5DMYA 4B9YA 1XSJA 4W85A 3BAXA 1QNSA 3VD7A 3AS1A 3PZOA 1W9PA 3N12A 3ARXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YDS A;  4L4O A;  5LA0 A;  4AD0 A;  1E5N A;  3CPU A;  1CXK A;  1HP5 A;  4W5Z A;  2E9B A;  1QI4 A;  4DUW A;  1CTN A;  2Y2W A;  3MSD A;  2CER A;  4MJ4 A;  3AMG A;  3EYP A;  1V6W A;  3L4Y A;  4CCC A;  4LGX A;  1HKK A;  3AHZ A;  3QOK A;  4BF7 A;  3L2M A;  2XII A;  5DT7 A;  4R27 A;  4UNI A;  1XD0 A;  5JIW A;  2UY2 A;  2VCC A;  5A2C A;  2BVD A;  4U31 A;  2QLY A;  1V3J A;  4AZC A;  4PMQ A;  4BCE A;  1JI1 A;  3VTR A;  4HZ8 A;  4UFL A;  4HZ7 A;  4HOW A;  1JFX A;  3VO0 A;  3VIH A;  1ZS2 A;  1HL8 A;  3WQW A;  4MB4 A;  1H49 A;  4YHG A;  1JNE A;  1CEO A;  2V5D A;  3CGT A;  1V0K A;  3W28 A;  4AZ6 A;  3AIV A;  1MVY A;  4PTW A;  5BXT A;  3LPP A;  1K9F A;  3MUY 1;  3GNO A;  2PF0 A;  1IZK A;  4NRS A;  1FH8 A;  3EMZ A;  2VI0 A;  5A6J A;  1UR9 A;  4GI9 A;  2XM2 A;  2DDX A;  1EDG A;  1ISX A;  3NDY A;  4XV0 A;  4QLJ A;  4HME A;  1HJS A;  5E0F A;  5A6B D;  3WN6 A;  3A4W A;  3OGV A;  1NQ6 A;  1EDQ A;  3NDZ A;  1E0W A;  4UFK A;  4ZXO A;  4P8V A;  3N04 A;  3LPF A;  1CBG A;  2ZXA A;  1QI0 A;  3PN8 A;  2Q8X A;  1GOO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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