4W9T | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	240
structure length	235
Chain Sequence	NKLELLPAVDVRDGQAVRLVHGVSGSETSYGSPLEAALAWQASGAEWLHLVDLDAAFGTGDNRALVAEITGAMDIKVELSGGIRDDASLAAALATGCTRVNLGTAALETPEWAAKAIAEHGDRIAVGLDVRGTTLKGRGGDLYETLARLDSEGCARYVVTDIGKDGTLTGPNLELLKNVCAATDRPVVASGGISSLEDLRALAALVPQGVEGAIVGKALYAKAFTLEEALKVVSA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Co-occurrence of analogous enzymes determines evolution of a novel ( beta alpha )8-isomerase sub-family after non-conserved mutations in flexible loop. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Phosphoribosyl isomerase A
molecule tags	Isomerase
source organism	Streptomyces sp. mg1
total genus	88
structure length	235
sequence length	240
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-08-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00977	His_biosynth	Histidine biosynthesis protein

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4w9tA00

3S1XA 1X1ZA 5C55A 3M44A 5G1TA 3NOEA 1IXQA 2CZDA 4FNUA 2ZBTA 1LOQA 2FJKA 3TQ0A 5FEWA 4S1FA 4EIVA 4AWSA 4UR7A 3TJLA 4PCFA 5BRBA 1F73A 6ALDA 2VEIA 3STGA 2TYSA 1AL8A 1W31A 1LRNA 1L2UA 3DXIA 1EB3A 4U4MA 2QUVA 2E09A 1TQXA 2VKZG 4GXMA 2JKAA 4POCA 3SGUA 2G5WA 4ZQRA 3KRSA 3NQAA 1DBTA 5CSSA 3I6RA 1TPWA 1DORA 3W2UA 5HWMA 3T7VA 4FNSA 3PB0A 4DXVA 3C2EA 4Y90A 4GUGA 1H7XA 1OK6A 3I68A 3HB9A 2QCHA 4WZHA 1LROA 1I45A 3W2LA 3LCGA 3I7SA 3T78A 4UR8A 5CZSA 3UY8A 2QCFA 3E9AA 3N19B 1I4NA 3C2FA 5FF7A 4N2YA 1VCFA 1HTIA 4Z08A 2FPTA 5D33A 3G1HA 3DFPA 1KM5A 4M7SA 3FEMA 5G4WA 4UTLA 1ME8A 2RDUA 1G6CA 3C2OA 5BNKA 1O95A 4NNAA 2NXIA 3UXDA 1O94A 1U83A 3ANYA 3QZEA 4CLMA 5AYZA 4IPIA 3UZ5A 1EUAA 2E77A 3LXBA 1SFJA 3EXSA 4O17A 4QM1A 2ISSA 5J5DA 2GVGA 3SZ8A 5HUOA 4LC8A 1W54A 4I9AA 3FS2A 4UUIA 3LRMA 3GVGA 1GT8A 2ZZ6A 1N55A 1DQXA 1VYSX 2GQAA 2JKEA 3W1MA 1WA3A 3C61A 3L21A 1PHQA 3M5VA 3PSWA 3OEXA 4DF2A 4JYEA 2V0TA 4I7UA 3P5ZA 3CT7A 3W71A 1SO5A 4MVAA 3NZ1A 1SUXA 3QM3A 1MEIA 1D3HA 2NXGA 4WXZA 3TK7A 1MXSA 2A85A 2BX7A 2J88A 4I7WA 4S2CA 2GVLA 4OHQA 3BLIA 4NU7A 4OE7A 3GR7A 2Y62A 3TQVA 4ZQPA 4JTHA 3KXQA 4L4MA 4FHAA 4HNVA 3TIMA 4ICNA 3G0UA 2OZ0A 4TX9A 1FXQA 4O18A 2B7OA 4IXHA 2PCQA 3QW4B 1KA9F 3A5FA 1WQ5A 3UY7A 1HFBA 1GTHA 5CG7A 4PC8A 2OJPA 4HNNA 3R8RA 1KM6A 2WSQA 4RV8A 3HGOA 1WYIA 1G4PA 1S5VA 4R7JA 3P8IA 1FCVA 2ZRUA 3V1PA 4WJEA 1P0KA 3P8JA 4K38A 5I3GA 1AMKA 4ADSA 3FIGA 1KM2A 5FEZA 1L6YA 4ADUA 2Y7FA 1X7FA 2FDSA 3W1PA 3OIXA 2ZA1A 4WX2A 4AAJA 2NUWA 1DV7A 2BLEA 2YR1A 1EIXA 8TIMA 4YCOA 4PH6A 5HMSA 1VCVA 4MZYA 1EP3A 3THAA 3BPWA 2PE4A 4A22A 2AAMA 2NV1A 1B3OA 2AGKA 3LTPA 3D0CA 5C2XA 4KWVA 1CW2A 3SI9A 2YZRA 4M6PA 4FEZA 3SIZA 1LM1A 3ELFA 3S8HA 4HN4A 2ISVA 3O6CA 4MKNA 3OVPA 4DBEA 4CNPA 4UFKA 1DJNA 4XUGA 1YPFA 3L2IA 3KVJA 3MI2A 5I3HA 2XN0A 3LBMA 5DXXA 1KBIA 2DJLA 1XI3A 3P7YA 2LLEA 3QH2A 2BTMA 2TPSA 1BWKA 1FDYA 4JS3A 1JVNA 5KZMA 1T99A 4OWGA 5I3KA 1B57A 1PCWA 1R2TA 1TTJA 4A2RA 2FB2A 2H90A 3EWUA 4JNMA 1FCUA 3HPZA 3TSDA 1ALDA 3W7IA 1HL2A 3IRDA 1FBAA 3G0XA 4MZ1A 2DZPA 4GJ1A 2VXNA 3IV3A 1F05A 2GQ9A 3GDKA 4AVFA 1ME9A 3MI3A 1FWNA 1TV7A 2A7PA 3FYPA 3KVMA 4FNRA 4O10A 4GBUA 6TIMA 3S1WA 3PAJA 3C4UA 2ZRZA 2QCEA 1JCNA 3FJ6A 1S3HA 3BARA 1FDZA 3WJXA 3L0NA 3LCFA 3GDLA 3LOTA 4DELA 5K9CA 2A5HA 4GFSA 2DORA 4JICA 4AH7A 4UTWC 1SO6A 5D04C 5IM51 2ZZ1A 3SGZA 4JIQA 2GVJA 3W75A 5LHEA 3HOJA 1H7NA 4UTUA 5CSRA 1QO2A 3RNDA 2V2DA 3TKFA 3DGRA 1H63A 4EWND 3PSVA 3NQ2A 3GAYA 4PA8A 2J27A 3W23A 4QAIA 1HO1A 1K7XA 3GNNA 3TCEA 4U28A 4AEOA 1QAPA 1BEUA 4IUOA 3NM1A 3NPWA 1AG1O 4K8EA 3P5YA 4O4VA 3TDFA 1O5XA 2Y6ZA 3USBA 3TMLA 1VYRA 2RHGA 4QNWA 3GZ3A 2KZHA 1KV5A 3L0GA 3NYZA 1GPWA 4TR9A 2QJIA 3I7QA 3NPXA 3HPXA 3O05A 1Y0EA 4ZVJA 4UFIA 2D73A 3G8EA 1DKWA 3VKJA 2V8ZA 3TSMA 1F5ZA 2Y61A 1AW5A 1KLYA 2V9DA 4WD0A 2ALDA 1MO0A 4LU0A 4P61A 1DL3A 2A1YA 4LUJA 3VFLA 4QIUA 3R2GA 4O11A 1J5TA 1R30A 2NLIA 4WY0A 3N9SA 2YFNA 1SR9A 3O1NA 3JRKA 3OVRA 4JDYA 1LBMA 1XXXA 5L6UA 2A2IA 2E5DA 3EXTA 4H6KA 3WJYA 1TPB1 1UBSA 2QCCA 2F7FA 2QCDB 2A6NA 3NAVA 1YDNA 1VZWA 4IMEA 2C13A 1WDWA 1M7PA 4OV9A 1WOBA 1W0MA 1Q6RA 2Y85A 2QCMA 5D37A 3C56A 3WK0A 1ICSA 3QMRA 3LV6A 1UASA 3P60A 4E2DA 4GUJA 3FYOA 1ZALA 5BMWA 5LNVA 1IIHA 2VEMA 3LTYA 3VE9A 2Y63A 3S5YA 4RZ4A 3MW7A 1H51A 3GXNA 1YYAA 3KVKA 3DFNA 1LCOA 2YW4A 3CM4A 1LBLA 3W83A 4CCDA 1XC4A 4ML9A 2A7RA 3B04A 1QPOA 1J4EA 2Z6JA 1OABA 4UC5A 3LCXA 1LTDA 1W3NA 5D30A 1TIMA 3PG9A 1ZY9A 4XWUA 1TQJA 3L5AA 4N6EA 3PF3A 3B0UX 1FQ0A 3CTLA 4FX8A 3E12A 3EWYA 1ZFJA 3LLFA 2CLFA 4UFJA 5EMUA 5AFDA 3ABOA 5DY3A 3IIXA 4RKAA 5K4XA 3W86A 2ISWA 4IPJA 3W6YA 1G4TA 1D3GA 3GX9A 1K03A 1HG3A 1SZFA 3LLDA 4NX0A 2TSYA 3LERA 4R33A 3NQ6A 2A6LA 4UTWA 3W1LA 1B4EA 4JTTA 1P5BA 3B06A 1NF0A 3LHYA 2E6FA 3BW4A 4UMAA 3G8RA 4Z0SA 1KM4A 3R13A 4GE8A 3TMQA 3W7MA 5FESA 3G24A 1DHPA 1I8JA 1EX5A 4PODA 4LS2A 1SZEA 1I2PA 2EHHA 3DZ1A 4NVTA 4DO5A 3DFTA 1VLWA 3UWVA 1YXCA 2CLOA 4LC6A 4BR1A 1X8FA 4MLRA 1PVNA 3NA8A 4BK9A 3QYQA 3MP4A 4L4LA 2I9EA 2CWNA 2YYUA 1TB3A 3CC1A 1YXYA 3KX6A 5CZ0A 4JTFA 2ZZ5A 2OT1A 1FWSA 1DVJA 4LT9A 5U7SA 4CNNA 1ONRA 2JGYA 2G95A 1YADA 5FEPA 4WOZA 1KFJA 3A22A 3MHUA 4MUZA 3CPRA 3W2MA 4RJEA 1A5BA 4JTKA 3MBDA 3LI1A 4RZ5A 3JS3A 1X1OA 4KFPA 1FY6A 3PS7A 5AHFA 1EP1A 2A4AA 3M41A 1VCGA 4A29A 4WY0B 3TX9A 1KM1A 1GWJA 3BV4A 1FXPA 3G3DA 3QC3A 1U5JA 3QEZA 4FXRA 2CLIA 2G97A 3C2VA 5AHMA 2NWRA 2CW6A 1JCJA 2NX1A 3PR2A 3DHDA 4RZ6A 4RK8A 3NG3A 4HSOA 1W5QA 4FX7A 2A0NA 1XKYA 4AHOA 2BXVA 1SO3A 1GG0A 2BSLA 2ZRXA 1OFQA 3TXVA 1SPQA 3TAOA 4BI7A 4ZL1A 5D2VA 1TJPA 2NUXA 4CCEA 1JRBA 5F2LA 4OBTA 2Q8ZA 5D2WA 4Z1DA 3HIJA 1W8SA 1DJQA 3W1QA 5D02A 1V5XA 2YX0A 4Z0JA 4Y9AA 4W9TA 4XBKA 2WNNA 2E1DA 5D09A 3WK2A 3KRUA 1YDOA 4MIMA 1Q3NA 4LVFA 4DF1A 4XBSA 2QDHA 3UWZA 4JTGA 2RKXA 3CIXA 3MP5A 4LY8A 1XBXA 4GUHA 3TU9A 1QMLA 4XQ6A 1T8XA 4PL1A 1RD5A 5K3VA 4MJZA 4RR4A 4AHPA 1VLIA 4KKXA 2I1OA 3W73A 5TBOA 1VHCA 3O16A 4N9DA 3MMTA 2EAWA 1WXJA 1G7UA 3IVTA 5DY2A 3W7GA 2ZZ2A 4MFEA 1Q6LA 1XCFA 1XBVA 2J9XA 3FKKA 2VOMA 3NPVA 3NQCA 4EVZA 1FWWA 4IX0A 4DO6A 3W72A 2TMDA 4S2BA 2Z0IA 3BW3A 2W0UA 3NL5A 1JUKA 1A5CA 4JN6A 1PV8A 1YTDA 2ZZ3A 3UWUA 5KITA 3PBYA 3SY5A 2WO5A 4UMCA 4CCCA 4K6AA 1LP6A 3MO7A 2V30A 4FF7A 1IF2A 3N14A 1OVDA 4MY1A 5E93A 5CZJA 3EX1A 3FFSA 4IOTA 1RQEA 4O52A 5FI8A 3W7NA 4DEFA 4AF0A 4UXDA 5L9FA 3NL2A 4P2VA 1A50A 5LNRA 1Z44A 3QMSA 1EA0A 2C3ZA 4QNEA 7TIMA 1Q6OA 3LXAA 3G1YA 3SW6A 3LX9A 1N7KA 2ZZ7A 4LV4A 1NVMA 4EOUA 2OCZA 1MEWA 1XL9A 5K2ZA 1CX9A 2PRHA 4HIBA 5LHFA 1I2RA 1JQVA 2P10A 3L0KA 5D32A 1F74A 3GK0A 5F4XA 5FF4A 4WQ6A 3OBKA 4WUIA 2ZTKA 3RLUA 2V5LA 1ML1A 1KBJA 1VYPX 3MJYA 4QSHA 2YDAA 1KLZA 3HJZA 5LGZA 4FB7A 1KTCA 3NM3A 5CPMA 4K7VA 5TQLA 4JR5A 2PC4A 1ZAHA 3W7EA 1W5PA 1TPC1 3W7HA 1G4SA 2YPIA 3LXCA 3DU0A 5T26A 1EWDA 5DBUA 5IBXC 3MHFA 1H61A 1R46A 1IGSA 1H7WA 3OA3A 2V5BA 3LHTA 3EXRA 4YXGA 4ZQCA 3RF9A 5A5WA 1G67A 2CU0A 4N6FA 3UWYA 4M6QA 4B5NA 4LNYA 2E68A 2E6AA 2Q3OA 3LHWA 1SW3A 1OFOA 2NV2A 5KINA 4LS1A 3HF3A 3O63A 4DQWA 1ME7A 4JIPA 3PM6A 3K30A 4K7YA 3P82A 2RFGA 3SJ3A 2YFOA 1H50A 1OYAA 1FUYA 3CIWA 4MY9A 3M5YA 3I65A 3QPYA 3TE9A 4K39A 1H1ZA 3NGJA 3F4NA 3HGRA 5G2IA 2QAFA 4UNKA 3R5EA 4BI5A 3TJXA 3UPWA 3GDTA 1E51A 2FB3A 2WSYA 4IMFA 3L67A 5SWUA 5U4NA 3B4UA 1C9DA 1TRIA 4AXKA 1H5YA 5F4SA 2VEPA 3QSTA 1R47A 4A2SA 3DI1A 2QCDA 5FEXA 1H7RA 5DXYA 4HHPA 3W7QA 3S5ZA 3B05A 4LW7A 2O7SA 3T40A 3LGEA 1BTMA 3EX2A 5G5IA 2ZA3A 3UPBA 5EBUA 5KSWA 2GPTA 2YSWA 3LHVA 4QISA 1H62A 1JUBA 3BG3A 2NX9A 3UYCA 5EL1A 4IJBA 2VEKA 2YW3A 4XTDA 5HQEA 3KAOA 4AF0B 4WXYA 1ZCOA 3NXFA 2H6RA 1RQBA 1LORA 4IXXA 2EPHA 3E49A 5KZDA 1K8ZA 3W1RA 4RXGA 1IXOA 1GQNA 3TFXA 4Q4KA 4LVAA 4MFDA 4NZFA 5CPOA 1VH7A 4TIMA 3DFSA 3PG8A 2HS6A 5DCEA 2G96A 2RH9A 2HS8A 1X6UA 2A21A 2CFFA 3IIPA 1D9EA 1QWGA 1Z41A 5AHEA 3ABQA 2JKPA 3KRZA 1QPQA 1LLZA 2HMCA 3AJXA 1PIIA 2BZNA 3GXTA 3O6DA 4JD4A 1TSIA 3M47A 1Q6QA 2WSRA 3DH7A 4YLWA 2FFCA 3GXPA 1TPVA 2DJXA 3TUUA 4NT0A 3TNOA 2X30A 5LZLA 5AC7A 3G1SA 5BMXA 4JY8A 1ZENA 1ADOA 3HGSA 4QITA 4UCGA 3W70A 2B7QA 5IBXA 1XM3A 3RFAA 1OFEA 3TC7A 1MEHA 3GR8A 3W2NA 4O19A 3C8FA 2QAPA 4NZJA 4D2JA 2CLKA 5E0KA 1HUVA 2X1UA 4BI6A 1L9WA 3NQFA 2ZZ4A 1K3UA 4JTIA 4TMBA 4O57A 1TPDA 1RR2A 3IGSA 3BG9A 4CQ8A 2JBMA 2C0AA 1OG0A 2PRLA 1A53A 4H3DA 5C54A 5F1VA 2ZRWA 2BWGA 4O0KA 4IX2A 3PVFA 4O0ZA 4KWWA 3TV8A 1KM0A 4HSNA 4N9CA 4JEQA 4AB4A 3NPUA 3W7LA 3DFOA 1LBFA 1UUMA 1SQ7A 4K37A 3W22A 3M16A 3TXZA 1GVSA 1VRDA 3DKLA 2CZEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4W9TA

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