1SQ7 | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	APRKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGLWATPQQAQEVHEKLRGWLKSHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Gallus gallus
publication title	Understanding protein lids: structural analysis of active hinge mutants in triosephosphate isomerase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	87
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2004-03-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1sq7A00

3O07A 5IM51 1NFBA 1GVOA 3SZ8A 3GKAA 1VCFA 3TAOA 4MZYA 4JYEA 4O0ZA 5BMXA 4Q4KA 3Q37A 5F2GA 1RR2A 2QCDB 1FWWA 1X8FA 3ATZA 3BK0A 3W76A 1IIGA 4LVBA 4W9TA 5AN7A 3AO0A 1M5WA 3N2XA 5HR6A 4MY1A 4O1AA 3B06A 3TSBA 3GKFA 3IIZA 5TBOA 1XUUA 4WXYA 3P5YA 1UUOA 3DFNA 2ZZ7A 1X7FA 5D2WA 1UJPA 3KVJA 2DP3A 3IEBA 3W1TA 4IX2A 3T40A 2EF9A 3FYPA 1JCJA 1S5WA 4JTEA 3PY2A 3IVTA 3VFLA 2ZZ5A 1I2PA 5H2ZA 1FQ0A 5D2YA 3IGXA 5F1VA 1LRTA 5LNSA 4CCDA 5GVJA 3SIZA 4HNUA 3IV3A 4A29A 1H7PA 5FF3A 4BI5A 3A21A 4LV4A 3R13A 3W2NA 3W9ZA 5LGXA 3TSDA 1F7BA 5LNUA 3G24A 1KBJA 1MSSA 3VI2A 1KFLA 1WOBA 3L2IA 4XBSA 4AVFA 4WJEA 4LS2A 2GOUA 1VZWA 1RZMA 3EX1A 2TPSA 2DZTA 3NQMA 4GUGA 4U28A 3W7CA 1NSJA 2I14A 4O4WA 5C2XA 1P5BA 2WSYA 1LBMA 1KA9F 3LM7A 1W5PA 2ZRWA 3M44A 1VS1A 3L5AA 3OEXA 3EWUA 4IWWA 3UZJA 2GQ8A 1XM3A 2B0MA 3MP5A 4WXZA 1SW0A 4ZQRA 3IRDA 3P80A 5J5RA 1TV5A 4A21A 3FFSA 1MEIA 3CEPA 5BW6A 3STEA 3N73A 3QMTA 4M6QA 5BMWA 4LTSA 2F84A 1SUXA 3A24A 4NT0A 1XXXA 1P4CA 2E09A 4AEOA 1RQHA 4ORMA 1FDJA 3WJZA 4N2YA 1YDOA 4ZQCA 1LBFA 1IIHA 3A22A 2YYTA 5AC8A 3LGEA 5IBXA 3S5OA 4NX0A 1VRDA 5CZJA 3L66A 4WUIA 4YCPA 2NXHA 4UUIA 3JRKA 5LHEA 4QNEA 3WJSA 4GFSA 4JY9A 2P1FA 1Q6RA 1TQJA 1I2OA 3CU2A 2FPVA 3L0NA 4LC8A 4M6VA 1AL7A 4LVFA 3PG8A 5CZSA 1ZFJA 1XCFA 5HINA 2NX9A 1FCQA 1B4KA 5CGQA 3TXZA 3NQ2A 1FY6A 4RK8A 4GUFA 2TRSA 4FXSA 4CQ9A 1A5SA 1OVDA 4HSOA 4JTLA 5D03A 2DJXA 3DKLA 3C8FA 1QOQA 1OHLA 2DU2A 4UCGA 3VE7A 1OFOA 3LHYA 2TSYA 1DORA 4PC8A 1NAL1 4UTWA 3G1XA 3SI9A 1TTJA 4K7YA 1OABA 1ZNNA 2E1DA 5HWNA 2QCHA 1O5XA 4L4LA 3S1WA 4K8HA 1KM5A 4GXMA 4FHAA 1DV7A 1W56A 3UPBA 4MUZA 4Z0JA 2P0OA 5LNRA 5CSRA 2ZQ0A 5EPDA 2X1SA 3HGRA 2ABBA 3LBMA 4UMBA 4E38A 2WSRA 3P82A 3PVFA 1ME7A 4UC5A 4CNNA 2DZSA 2G97A 2VFHA 3W2LA 2OJPA 3W7MA 1YADA 3WFAA 1OK6A 3LI0A 4A2SA 2ISWA 1O94A 1HFBA 3UWWA 1BEUA 4UTIA 3FLUA 4JYDA 4OBTA 5TQLA 1W3TA 2ZZ4A 5EYWA 4LVAA 1XBZA 1C9DA 5HUOA 1LZOA 4JXCA 4FXRA 4IXHA 5FESA 3NQVA 1QDSA 3S42A 4IMDA 4FNUA 4O10A 4FNQA 3W7PA 2CLHA 3SR7A 3HPXA 3G18A 3NGJA 3LHTA 3TU9A 2E77A 4TX9A 4H6KA 2X1RA 1SQ7A 2QCCA 4POCA 1TQXA 2ZRXA 3P8JA 1GTEA 1O4UA 2QCEA 4HPJA 1ZY9A 2CU0A 2G96A 4DO5A 2V2CA 4K7VA 2YW3A 1A5BA 4LRTA 1XBVA 3DXIA 1G4EA 3GDKA 4DEFA 1MZHA 2P10A 2NV2A 5C5YA 3RLUA 2XN2A 2Y88A 5DBUA 2WKJA 5K4XA 3MMTA 3T55A 1KTNA 3P61A 1TREA 3TC7A 2ZZ2A 3L67A 3S5NA 3G1AA 2J88A 3NDOA 3DI1A 1DL3A 2QEZA 3NL6A 3RK8A 4JX6A 1GT8A 3GXTA 4LVGA 3CTLA 5D02A 4JR5A 4NJKA 3TQ0A 3H53A 3EX2A 3LI1A 3NVTA 3UWVA 5FF0A 5D2XA 3NL5A 3SGUA 5G4EA 2VOMA 3G0SA 4K6AA 5DY2A 1AMKA 4RJEA 2ZCGA 2RDTA 3GDMA 3S6DA 1GVRA 5G1TA 3FJ6A 3S9YA 2Y89A 2WO5A 2FLIA 4NZFA 3NQGA 4E2DA 2RDWA 1HO4A 5AHNA 2TYSA 2Q8ZA 4Y9AA 2GPTA 4R33A 3KVLA 4FX6M 5KZDA 3O6DA 1SZGA 5KZMA 3W86A 3NQ8A 3PWAA 3P62A 2ZTJA 3BW3A 1SU5A 1TV8A 2CLIA 3DFQA 2RKXA 3MP3A 1PCKA 3BG5A 2XN1A 1SZEA 2VXNA 1TV7A 4UTKA 3TIMA 4GRSA 3NZRA 3LRKA 2VFGA 2NUWA 4CNOA 2LLEA 3MWAA 2Z6IA 1VYSX 3NM3A 4R53A 1W5NA 3G1FA 3W7GA 3C2EA 4WD0A 4UFIA 4JDYA 5HR7A 4MOZA 3W7JA 3GLCA 3C0JA 3HPSA 5CZTA 5DCBA 4I7UA 4N9CA 4N02A 2VELA 5DXXA 4JTSA 3LTYA 1TRIA 3CEUA 2DZVA 3LXCA 3MYPA 3W1LA 3G22A 1EP2A 2A2IA 1RPXA 1TPB1 2ZTKA 3CWNA 3GNNA 3W1NA 3S5YA 1S5TA 2OT0A 4KWWA 4UXDA 3V75A 1LCOA 4TMBA 4KFNA 3LCFA 5H91A 4JTJA 4XUGA 4OV4A 2X1UA 1VHCA 4I7WA 1VPXA 2BTMA 1K7FA 1WDWA 4PFMA 4G1KA 3W3OA 5CG7A 5FF7A 4O18A 3B03A 4B5NA 3O63A 1GZGA 2NZLA 2A0NA 1MEHA 4D2JA 2FPTA 2QCGA 3W2KA 1RD5A 3PBWA 4HNVA 1H50A 3D0CA 3LHZA 2YR1A 1N55A 4JX5A 2A7RA 4KFPA 1FXQA 3NAVA 1EP3A 2BZNA 3S0CA 1EUNA 3KRUA 3DBPA 2H3DA 4EF9A 2CZFA 4O16A 1OFDA 2H6RA 2E6FA 4PODA 3LBCA 4LUIA 5I3HA 4ZMGA 1TMHA 3E02A 3DH7A 3NQAA 2CZDA 2Y7DA 1F73A 4X3ZA 1EP1A 2CW6A 3PC0A 1E51A 1SO4A 3R2GA 5D04C 4DXVA 1RV8A 2WJZA 3PR2A 1AK5A 5CSSA 3NQFA 4RZ5A 3W1AA 1WYIA 3SSJA 5EMUA 2E6YA 1XDMA 2YX0A 3BPWA 3ZWTA 3ZS4A 3SW6A 3P8IA 1K7EA 3PM6A 3WK2A 3C4UA 1F6PA 3W70A 3FKRA 1JJKA 2Q3OA 4HHPA 3VE9A 4HT3A 1KW1A 3MUXA 2V9DA 3EEGA 3CQ0A 3UWQA 1JULA 3G8EA 1JRBA 2YFNA 3QMSA 3S8HA 4FIQA 3DENA 3E9AA 1RQBA 2NX3A 2ZA3A 3NPWA 4UFJA 3R12A 5ABTA 3DFTA 5F1UA 5K9DA 3JR2A 4PA8A 1EB3A 1GOXA 3QQ1A 3HG3A 4LWWA 3LCHA 3C56A 5G2WA 3HMJG 5L6UA 4WX2A 3C6CA 1GQNA 3W22A 4TR9A 1SW3A 1LTDA 4X9SA 4DF2A 3B04A 2C13A 2JKAA 3C3NA 3QC3A 3BV4A 1ONRA 3DZ1A 1OF8A 5AC6A 1KFKA 3PBYA 2V2HA 2R8WA 2EKCA 1QAPA 5DY3A 2QDGA 4GJ1A 3W7HA 4MY8A 3FYOA 4O50A 1JR1A 3CHVA 6TIMA 1ICQA 3T78A 1LORA 1I45A 4TO8A 2YCEA 3THAA 2C14A 1H1ZA 2DZXA 1H5YA 1U5JA 2ATSA 3M6YA 4M19A 3BGJA 2E6AA 3FIGA 4ZQNA 5IBXC 1QMLA 3NYZA 3M7WA 5AC7A 2ZRVA 3FS2A 3WJYA 4ZL1A 3B0VC 4UR7A 3CB8A 5KINA 5DCDA 5AHMA 1KM2A 1G4TA 1M7PA 2RDUA 4MZ8A 3MJYA 3MO7A 3UY7A 3G1YA 4JDBA 2PC4A 1FX6A 1MXSA 4UFLA 3M43A 5HQEA 1J5TA 1VYRA 3M5ZA 4NJHA 3LHWA 5K7JA 3TROA 1SZNA 1XUZA 1OFQA 1KFCA 3BARA 3TK7A 1TPFA 3W7QA 4FX7A 1FUYA 4K8EA 1PS9A 3UYCA 3EX6A 1W5MA 3VKJA 1L6YA 4UTWC 2HS6A 3BG9A 1JCMP 4OHQA 2YXGA 3DHFA 4M7SA 4JTKA 1TTPA 2CWNA 3O05A 1CW2A 2B7OA 3GZ3A 3W1PA 3NQEA 2QJHA 3AJXA 3TSMA 1WX0A 5AFDA 3NA8A 1TJRA 3NR0A 1KBIA 4NU7A 2E5CA 3G1HA 5LNVA 4UFMA 4GC4A 4GUHA 4UTLA 3H55A 2CZ5A 3P67A 5C54A 4FF7A 1O95A 2PRHA 5LKYA 4X22A 1JCYA 4OWGA 4DBEA 3UQNA 3GVGA 1L2UA 3KX6A 1G7UA 2GJLA 2ZRZA 1K7XA 5FEZA 2R14A 4K36A 3PB2A 2AAMA 3TV8A 1HL2A 4N9BA 3F4NA 3S5ZA 4DPPA 1BWKA 2Y85A 3W2UA 5D09A 4Y6GA 3TA6A 2QJGA 3HGJA 1P0KA 1JCXA 1SZFA 4TMCA 3PBVA 4XBKA 4MLJA 5KMYA 2OX1A 2NX1A 2QAFA 1F2JA 2Z2UA 5D32A 3A23A 1I2RA 4UIOA 1H7WA 3QH2A 3HOJA 3LX9A 1PIIA 1ZAJA 2WNNA 4JTFA 1QR7A 2B7PA 1KM3A 1QFEA 5FF4A 4S1FA 5EY5A 4IQLA 5E1QA 2FQIA 3LV6A 1LRQA 2NWRA 1LLWA 3N14A 2FJKA 4NXSA 2VEKA 1HO1A 5J5DA 3NPVA 1VJIA 3DU0A 1QPQA 3W7IA 1KFJA 3TQKA 3KXQA 4HIBA 1JUKA 2V82A 1TPVA 3TFCA 4O17A 2HTMA 3QW3A 2FIQA 3UWZA 5DCEA 3EX4A 2RH9A 1DBTA 1SO5A 3LHVA 5F4SA 4DO6A 3LERA 1EUAA 1CI1A 3R5EA 4PL1A 3KVKA 3LDVA 5D2TA 1TO3A 2NXIA 2J9ZA 3EXRA 3PSVA 3TR2A 3LCIA 1GVSA 3LCGA 2G95A 4JN6A 1KLYA 1ZCOA 3I7SA 5DN1A 1H7XA 4UNKA 3M5XA 4BWLC 4R34A 4UMAA 2ISSA 1U83A 1PL9A 3M16A 1TPDA 3B05A 3TC6A 3W88A 4GWEA 5CKSA 3LXAA 2PE4A 4OQVA 3HF3A 3BW4A 2UV8G 1OYCA 1AG1O 3RFAA 2VEIA 2PCQA 1GG1A 2H8XA 1HTIA 4GNJA 1TPEA 3GAYA 3O16A 1RQEA 1F74A 2QCNA 1H7OA 4JIPA 4XTIA 2YYUA 2X30A 3IIPA 5I3JA 3L5LA 4Z08A 3O8AA 4PCFA 3M9YA 1H7RA 1B4EA 2V0TA 4IMCA 2GQAA 3PULA 2GUUA 1DJNA 1CX9A 3U6WA 1VHNA 3IVSA 2E68A 3PSWA 3VNDA 2X16A 3QYQA 2Y7EA 5K4ZA 4K37A 3SECA 2GVJA 2E6DA 2JBMA 3UD6A 4OGZA 1OX6A 5A5WA 1V7YA 4LVDA 4KWVA 3W1RA 1OYAA 4Q33A 1UBSA 5AHFA 3T7VA 4UFKA 1K8XA 5KSWA 1OFPA 1FDZA 4NJJA 4FEZA 4M5PA 4JX4A 1GVFA 1HUVA 3GDLA 4AWTA 1GYNA 2CLFA 3EXTA 1W0MA 4Z1CA 1KV8A 1X6UA 3E0IA 2C3ZA 4I9AA 3M1ZA 4OU1A 3KRSA 3G8RA 3MHGA 3G0UA 2QCLA 3OVRA 1WAUA 4Z1BA 4QJ1A 3CIWA 7TIMA 3GAKA 3ELFA 4K39A 4RV8A 4WQ6A 3G3MA 3QW4B 4JYFA 3A5FA 3GXPA 3EKLA 1UASA 4EVZA 5FF2A 5F2IA 3PB0A 5AOUA 4XTDA 1EA0A 3C2OA 2YW4A 4BWLA 2G5WA 3STCA 2DJLA 1D3HA 5FI8A 1LOSA 2I1OA 2D73A 1O5KA 4O12A 1H60A 1JQVA 2QUTA 3WK0A 2EHHA 5LHFA 3NPUA 2IQTA 3GX9A 4NZJA 4FO4A 3CIXA 1VCGA 1YDVA 2V8ZA 1WA3A 3NNTA 3W87A 1JQXA 2VFEA 2C19A 2ALDA 2Y61A 1OFRA 2JK2A 1LOLA 2AQWA 3O15A 3W7RA 5K9CA 3DI0A 1DQXA 3W73A 1NVMA 3W2MA 4RZ6A 2GQ9A 1IXNA 3HIJA 1OFBA 3LRMA 4WOZA 3FA5A 4MVAA 3UXDA 3KHJA 5K2ZA 1YYAA 3TNOA 4N4QA 2ZA1A 1IGSA 4IX0A 3FKKA 2ZYFA 1XFBA 3EX3A 1EWDA 3M0ZA 1EIXA 1L6SA 2YDAA 5G4WA 1LROA 4NVTA 2QAPA 4IMGA 1GPWA 1G4PA 3GDRA 3HG4A 3NQ7A 4O53A 4MIMA 1I4NA 4MJMA 2R91A 3ABQA 4MYAA 5BRBA 4TIMA 1JCNA 2DORA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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