4JTJ | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	277
structure length	253
Chain Sequence	MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLAKQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQTRGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Neisseria meningitidis
publication title	Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus	88
structure length	253
sequence length	277
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2013-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4jtjA00

3KHJA 2ZRZA 1W5MA 4FX8A 3GDTA 4A2SA 2ZZ7A 2R14A 1RZMA 5D32A 5D05A 1QAPA 2ZQ0A 2NV1A 1ZALA 4QIUA 5CGQA 1X1ZA 1ZY9A 4MKNA 3O06A 4NJGA 4NQ1A 3W2JA 3K30A 5K9CA 3IIVA 1SZEA 1W54A 2JBMA 3QW4B 4FNUA 5AHLA 3Q37A 4LV4A 3CWNA 4CQ9A 5D04C 5AB3A 1H1ZA 3A22A 2ISSA 4LNYA 2G5WA 3RF9A 1LBLA 2ZRWA 4NXSA 5T26A 5C54A 3LGEA 3RMJA 5G2HA 3OVRA 3KRSA 3PM6A 4WQ6A 1FY6A 3G1FA 4MFDA 5FEXA 3JRKA 1P0KA 2LLEA 4JTUA 4LUJA 1BKSA 1B4EA 3ELFA 2B7NA 3IGUA 2W0UA 1F76A 2QUTA 3UPBA 1LBMA 5AHIA 4NX0A 1GG1A 2V5LA 4FNTA 3BW2A 2CZ5A 5AHMA 5D33A 4TX9A 3UD6A 1TSIA 3TC6A 2X1TA 4IJBA 4HPJA 4UTLA 5CZ0A 4OBTA 3DH7A 4XKYB 2WV8A 1UUMA 2FFCA 4Q33A 4TMBA 5D30A 3E12A 3PAJA 3QPYA 4P2VA 2DORA 3G3DA 1JRBA 2E6AA 3TQVA 5DY3A 2QAPA 3BW3A 3N9RA 1KLZA 3PBWA 1GYNA 2E6DA 4OQVA 4N9BA 1OF8A 3B4UA 4UMAA 1G67A 5BMXA 1EEPA 2J27A 1G4SA 2YW3A 4C1LA 4MYAA 2B7PA 1I8JA 2X30A 2X1UA 3L0NA 1MEIA 4FIRA 5E1QA 2GQAA 3QPZA 4XKYA 3IVUA 3VI2A 2JKPA 2ZZ4A 3NQMA 4QJ1A 1LDCA 1PCKA 4ZL1A 3UWYA 3NR0A 3SGUA 1QDSA 4O13A 4BWLA 2C6QA 1BTMA 2VEIA 3GNNA 3L21A 4JTIA 3GXPA 1HO1A 1I45A 3M47A 1GVQA 3W2KA 5DBUA 4TO8A 3W1PA 4CNOA 3CM4A 1XC4A 4UTJA 1IIHA 3T7VA 4LVAA 2A6NA 2G96A 3LX9A 3TXZA 2ABAA 3GNDA 4EF9A 2TRSA 3FS2A 3MW7A 3W7EA 1V5XA 3MP4A 1JCYA 5L6UA 3PUEA 2NWRA 2QF7A 2NUYA 1QPQA 3G3MA 3M16A 2ABBA 3CLMA 1NAL1 4MVAA 2QDGA 1H7XA 1DKWA 1OHLA 2Y62A 3ABRA 1PHWA 5DBTA 2VKZG 1GTEA 1AW5A 1GVOA 2QDHA 4Q32A 3VE7A 1PCWA 3OVPA 3P74A 1YLVA 4WX2A 1I2NA 3PB2A 1G4EA 3QEZA 3STEA 1H7NA 1F6KA 4PH6A 2V30A 3N34A 2H8XA 2GQ8A 3EX6A 1OFQA 3DHFA 1I2PA 4X9SA 2WO5A 3HOJA 2NV2A 4JDBA 5CZJA 1JQVA 3O6DA 1KM2A 3DFQA 5EA9A 3TNOA 4K38A 3A5VA 3HG3A 3KXQA 4JIPA 1TB3A 1YDVA 1ZCOA 1YTKA 2E5BA 4KWVA 1H5YA 2J9XA 3C2FA 3G18A 2WJZA 3S1UA 3LCHA 1TPEA 1U83A 3W1LA 1TPFA 2R91A 2NX3A 4UNLA 1ZNNA 3C61A 3DZ1A 4BI5A 2B0MA 1UJPA 2VFDA 3DFOA 2Y85A 5LNWA 3LV5A 3NAVA 1LRQA 2ZA1A 1P1XA 2CLMA 2GQ9A 4PL2A 2NUXA 2CLKA 1QMLA 3GDKA 1TV7A 1W8SA 3I7SA 5EL1A 3EKLA 2J6XA 3C3NA 4IMCA 4K39A 2GVGA 3W23A 3RU6A 1LP6A 3NG3A 3P84A 3G24A 5CG7A 3MBDA 5G2WA 1OVDA 5HULA 1IF2A 2RDTA 3V1PA 1KFKA 3W1RA 2A5HA 3NQ7A 4YWIA 3FLUA 2WSYA 4FXSA 1IIGA 4JNMA 2BSLA 4UUIA 2NZLA 4YL2A 2ZFAA 3C0JA 1FQ0A 3TFXA 1PS9A 4PEKA 4UTHA 3NPWA 4O0ZA 1NF7A 1U5JA 2WOQA 5LZLA 3LHVA 2Q3OA 1GT8A 4UR7A 2FTPA 3M5XA 4MY1A 3LXBA 4UMBA 4DO5A 3EX1A 4XUGA 4M6VA 1B9BA 2BTMA 1ALDA 4O1AA 5FI8A 2B7QA 3KVJA 3HB9A 3TJXA 3TCEA 5LSMA 3DHDA 4NVTA 2J9ZA 2Y6ZA 2ZA2A 3TH6A 3PWAA 2JK2A 4O57A 3DFNA 1QR7A 2FPTA 2GVLA 3S1XA 4DF1A 3S5OA 3THQA 4K8EA 1CI1A 1LOLA 3M5YA 4UTTA 3NL5A 4BF9A 2A6LA 2VFIA 5CPLA 3P80A 3OBKA 3W84A 3W72A 1TTIA 3NM1A 1GYLA 3NQEA 2C14A 1CW2A 3NL2A 1Q6OA 3NQ6A 3WJWA 1J2WA 2OT1A 3GVGA 3R5EA 1YXYA 1EIXA 1OG0A 1OFOA 2ZZ5A 5D38A 4O1BA 3GXTA 1VCVA 3IIOA 3WJYA 1EWDA 3HJZA 3IIXA 3QC3A 3G0XA 2QCFA 4O10A 5AC8A 4IOTA 3WK0A 1K8XA 1SUXA 2Z0IA 3Q2DA 4RX0A 3G1XA 3IVSA 2BWGA 2PRHA 5U7SA 1TJPA 1DORA 5D03A 1XUUA 4QM1A 3NL3A 1NVMA 1I2OA 4D2JA 3S1WA 4AWTA 4E0CA 3O8AA 3QH2A 3IRDA 1W5PA 3IV3A 1NFBA 4CCCA 3S6DA 3FYPA 4DXVA 4NX5A 3IIZA 4UTKA 2C13A 5K7JA 1IXPA 2C0AA 3N14A 1SO4A 4HSNA 2ISWA 1GOXA 3QRHA 5G5IA 1RVGA 2NLIA 1WOBA 4CQ8A 3LM7A 4L4MA 4IWWA 2E6FA 3NQGA 2Y7FA 4DF2A 4NT0A 1JCXA 1FCVA 1Q6LA 1P4CA 3LLDA 2CLHA 3TMLA 3STGA 3LCGA 3W75A 3W7NA 1K7FA 2YGYA 2QCGA 4DBDA 5D2TA 3W7QA 1LCOA 3LCWA 4FXRA 5BMWA 4GUJA 1KTBA 3NVTA 3NM3A 1G7UA 1M6JA 1NSJA 1X7FA 4MZ1A 3THAA 3UWWA 1L6WA 5G2IA 7TIMA 1H61A 2VOMA 4M7SA 3LLFA 1DV7A 4JD4A 3N2MA 3S9YA 2E6YA 2CWNA 2QJIA 4WOZA 3TE9A 3R13A 2Q8LA 1K3UA 3LBCA 3F03K 4O4WA 3H54A 3TU9A 4ZMGA 5LNSA 2CLLA 1HFBA 4K36A 4RZ6A 2DJLA 1EUNA 3C56A 4XTIA 3NA8A 3LXCA 3USBA 3BV4A 3W71A 1XBXA 5AC7A 4X2RA 5DN1A 1A5BA 2PC4A 4AMAA 1WA3A 1RQBA 1F5ZA 1HL2A 5CPMA 4WY0A 2UV8G 1LORA 3PULA 3W74A 3TAOA 5EKYA 3O07A 1YXCA 5D2VA 1JULA 3TMQA 5AYXA 4A3UA 4UC5A 1UUOA 1TPUA 4UMCA 4O1CA 3KOFA 1YADA 3UY8A 4MZYA 5G1YA 1W0MA 5IBXC 1ZAJA 3FA5A 1A5AA 1D3HA 1K7EA 4LC8A 3MP5A 3FYOA 1M7PA 2AAMA 2A7NA 1N7KA 3W1XA 3HMJG 1OK6A 1ZHAA 2ZRYA 3ZR4A 5ABTA 4FNSA 5DELA 1D3GA 2E77A 2PRLA 3DBPA 4Z1AA 3UQNA 2FPYA 3SW6A 4Z0SA 2C1HA 4LVBA 5K2ZA 1WXJA 1S5VA 3LBMA 4ALDA 4UNKA 4LVDA 4HNUA 3P7YA 2V81A 3BLEA 4UFMA 4UTTC 3L65A 3G1YA 3FKKA 3E96A 3KVKA 1OYCA 1NEYA 3QYQA 3W9ZA 3VE9A 3OA3A 3CT7A 2NXGA 2A0NA 1KBJA 2Q3RA 4DELA 3NDOA 3W1QA 2OZ0A 1KW1A 3W73A 3LHWA 1SW0A 4Y9AA 3GB6A 1Q45A 4RR4A 1S3HA 2A7PA 4O12A 2R8WA 4O28A 5G1TA 1P0NA 3QM3A 1T99A 2O7SA 4S2BA 1TPVA 4R33A 4GUHA 3QMTA 4P61A 1AL7A 1F74A 2BX7A 2AQWA 3EWZA 5I3IA 1B57A 4JICA 3W1UA 1FCQA 3LI0A 3RFAA 5LNRA 3W2UA 3NGJA 4LVGA 3NZ1A 1YYAA 4QQ3A 3W7PA 4JTFA 2P1FA 2FB3A 4ONVA 5HR7A 2ZCGA 3DU0A 2ZZ6A 3U8GA 5AHNA 1MEWA 1R2RA 1WQ5A 2JGYA 3L67A 1R46A 4Y96A 3UXAA 1ZJIA 5D37A 2P0OA 5DCBA 3G1HA 3GR8A 1BWKA 1QPRA 4A22A 2TMDA 1ZAHA 4FX6M 3CIWA 2V8ZA 1TTPA 3HGOA 3N73A 2ZRVA 3M0ZA 4JS3A 2WPBA 3UWUA 4LVFA 3F4WA 4JTEA 3W7JA 5IM51 3P61A 1RQEA 5AHEA 3S5NA 2C16A 1L2UA 4MPQA 1KV8A 4LUIA 2Y7GA 3TK7A 3HPSA 3KFTA 1OX6A 4J9JA 4WXYA 4Z1CA 1GVSA 2WQPA 1OF6A 3E49A 3CWOX 4AF0B 4DPQA 3MI2A 3IEBA 2VEMA 3M43A 3UXDA 3NQDA 4HNVA 1EUAA 3LHUA 3MI3A 1FCBA 1Z41A 3L66A 4UTIA 2Y88A 5CPOA 2GJNA 1VC4A 1VR6A 4N6FA 5HWMA 4O14A 2HMCA 3W76A 4KFPA 5A8GA 5AN7A 3C2EA 3P60A 1TPWA 3DI0A 4IPJA 2ZZ3A 4NJKA 5AYYA 1EP3A 1KM3A 3INPA 2JKAA 4GBUA 3S8HA 2DZXA 3BG5A 3NYZA 1FWNA 4FEZA 4HNTA 1JRCA 4AF0A 4XBKA 4DO4A 5G4WA 1L6YA 3M41A 3PBUA 3EWWA 4UR8A 3DKLA 2EPHA 4Y90A 2OX1A 3N3MA 1C9DA 2YYUA 3B05A 2DU2A 2BZNA 4QSHA 1W31A 1OYBA 1QOQA 3PBYA 4K8HA 4RXFA 4E38A 1IXQA 2FQIA 1XDLA 3A24A 4AAJA 3TW7A 4JGDA 3N19B 4LS0A 4WY0F 5C55A 4IXHA 4PL1A 3A5FA 4O18A 4MJMA 1OFRA 3WFAA 3NQVA 5EYWA 1P5BA 2GUUA 3W22A 2QCMA 1ICQA 4YMZA 4LU0A 3P8IA 2CFFA 3PB0A 4DO6A 4FNQA 3DXIA 3EWYA 1TJRA 2YXGA 2W6RA 2YFNA 5HUOA 2EF9A 4BI7A 1F6PA 3W7MA 4GUFA 1OX4B 2X16A 1XM3A 4HKPA 4B5NA 1XCFA 3ZWSA 3W7KA 1BWLA 4FF7A 1WOAA 3S5ZA 4FNRA 4CNNA 1DOSA 1Z44A 1T96A 4LTSA 4PODA 1ZAIA 2WSQA 2WNQA 1EB3A 3SGZA 2QUUA 5K3VA 5I3HA 3PSVA 5AYZA 1YDNA 5KSWA 3S0CA 4BR1A 3MP3A 1M5WA 4XWUA 1VCFA 3OIXA 3QFEA 3QMRA 4UFJA 3TJLA 1A5CA 1KM6A 1T8XA 1O4UA 4ZQPA 4O19A 1JVNA 4UTWA 2QJGA 3W7IA 3CIXA 2C15A 5C6MA 4K6AA 2IQTA 2Y89A 2I9EA 3LCFA 1DL3A 1OX4A 1JUEA 3PBVA 2VENA 5I3GA 2RDWA 1F7BA 3T44A 4FHAA 1RD5A 1ADOA 5KTLA 4UCGA 1G4TA 3PY2A 4GXMA 4ICNA 3W2MA 1W3TA 1J4EA 4LV9A 4MY8A 3KVLA 3D0CA 1KFLA 3AO0A 3C6CA 4M7TA 1X6UA 2YZRA 3HO8A 3CHVA 3TKFA 1TTQA 3W7OA 2V2CA 4JTTA 2PURA 4N9CA 4Z1BA 1XBVA 1UBSA 4ZQOA 2HS6A 1H1YA 2WNZA 2VEKA 4BFAA 4OWGA 1D9EA 4N4PA 3P62A 3PSWA 3P5YA 4Z08A 4ADTA 5FEPA 2AGKA 2Y63A 4RCXA 3UWVA 1K8YA 5IBXA 1IXNA 2OCZA 1DJNA 4KFNA 4K7YA 3C52A 2VXNA 3EB2A 3QSTA 5KZMA 3W2LA 1LRNA 1VCGA 2B7OA 3OG3A 2RDUA 2Z6IA 5HUPA 2FLIA 1ICSA 4NNCA 4LOCA 4MIMA 1VRDA 4LY8A 1SZGA 1XL9A 4X22A 1EP2A 1N8FA 2CW6A 5I3KA 1YPFA 3NNTA 3T55A 3G22A 1KM1A 1Z48A 4ORMA 4JX5A 3B8DA 2E5DA 2D73A 3VCRA 4EIVA 3LCIA 5KITA 2YPIA 3MYPA 4IUOA 4AEOA 3B0PA 2E09A 3C2RA 4GNJA 3UPWA 2QAFA 5D09A 4IMDA 1FXPA 2Y7EA 4AHOA 1LTDA 2XFWA 4FNPA 1JCNA 3GIYA 3LERA 4N4QA 4BK9A 3MO7A 1XBZA 4M6QA 4EWND 1GJPA 2HTMA 3CB8A 3MI6A 3BG9A 3U2OA 4I7WA 5E93A 1FWSA 1TO3A 4S1FA 3HGRA 3UNDA 3W7GA 1ZFJA 4GFSA 2ZBTA 1SO6A 4MFEA 2PCQA 2VFGA 5H2ZA 5KINA 3LRKA 1H7WA 4TR9A 4NU7A 3F4NA 3UZ5A 4M6PA 5F4WA 5FEWA 3TFCA 2YR1A 5F2GA 3M5VA 4WOQA 4DBEA 4O1DA 4EVZA 1UASA 3O1NA 2ATSA 4O17A 2V82A 3TAKA 3G1AA 3LRMA 5A5WA 1KTCA 1KTNA 2G95A 1WDWA 3M1ZA 6TIMA 1VHNA 1KFJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4JTJA

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