3OVR | Genus

Total Genus 80

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	221
structure length	221
Chain Sequence	GCKIGPSILNSDLANLGAECLRMLDSGADYLHLDVMDGHFVPNITFGHPVVESLRKQLGQDPFFDMHMMVSKPEQWVKPMAVAGANQYTFHLEATENPGALIKDIRENGMKVGLAIKPGTSVEYLAPWANQIDMALVMTVEPGFGGQKFMEDMMPKVHWLRTQFPSLDIEVDGGVGPDTVHKCAEAGANMIVSGSAIMRSEDPRSVINLLRNVCSEAAQKR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Homo sapiens
publication title	Conversion of D-ribulose 5-phosphate to D-xylulose 5-phosphate: new insights from structural and biochemical studies on human RPE pubmed doi rcsb
molecule keywords	Ribulose-phosphate 3-epimerase
total genus	80
structure length	221
sequence length	221
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.1.3.1: Ribulose-phosphate 3-epimerase.
pdb deposition date	2010-09-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00834	Ribul_P_3_epim	Ribulose-phosphate 3 epimerase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3ovrA00

3TROA 2YX0A 4UR8A 1EWEA 1WBJA 1TB3A 3MP4A 4LS0A 2J9ZA 3C2FA 3LHUA 2PURA 3P61A 3STFA 3TAKA 1GJPA 1X7FA 5D38A 4PH6A 3QW3A 2QCDB 3UY7A 4WY0B 1R2TA 3DENA 2G5WA 4KFOA 2AQWA 1KW1A 3LHVA 3MBDA 1VHNA 3E49A 3UNDA 1IXNA 1GQNA 1RQHA 3HB9A 5AHMA 1VC4A 4IXXA 2CZEA 2GVJA 1I8JA 1N55A 5ABTA 1EB3A 2YFOA 4JTJA 4UFLA 2PRMA 3LTPA 2NWRA 3NYZA 4MJMA 4NJGA 2C0AA 5K2ZA 3RK8A 3UZJA 1LORA 2GVGA 1JVNA 1G4EA 3QRHA 3MHUA 3LCHA 3U8GA 3TK7A 3R8RA 2C18A 4AVFA 2QEZA 5E93A 4HHPA 3V1PA 1TPDA 2ZZ3A 3ZS4A 4UUIA 4IPIA 2QJGA 4PL1A 1OFOA 1GTEA 1FDZA 3BLFA 3L2IA 4K38A 1TPWA 2NLIA 4BI7A 1BWLA 4I7WA 4FX7A 2C3ZA 1KFJA 2WNNA 5AYZA 3TFCA 3SW6A 1VJIA 3OBKA 2E5BA 1OFBA 4UNKA 1YLVA 1BKSA 3F4NA 3EKZA 4NQ1A 5AHNA 4GUGA 2H8ZA 1A5BA 2CZDA 3QH2A 5DXYA 4ONVA 2Y7GA 3SZ8A 1XCFA 2RDTA 2V82A 4Z1BA 5AYYA 2F84A 1UJPA 3DU0A 3UPWA 1JQVA 2C6QA 3M16A 3CLMA 5FF4A 3EX6A 4PC8A 5J5DA 4KFPA 3W7OA 1FXPA 2ZYFA 3NQGA 1SO4A 5C55A 1T96A 2DU2A 4FF7A 5U4NA 5CZTA 1J5TA 4AWUA 1P4CA 3O16A 4S2BA 4ZQMA 1G67A 4XBSA 1EX5A 1HL2A 1LBFA 1ME8A 4X9SA 1EP3A 1O94A 1EEPA 1S5TA 3UWYA 4OV4A 1K02A 4JIPA 4NT0A 3DFNA 1OK6A 4K36A 3LI1A 1VH7A 4O11A 2NWSA 1LOQA 4CCDA 1GOXA 4JX5A 2P1FA 1WDWA 2Y7FA 2VEIA 2NV1A 4JNMA 2ZRXA 3DFQA 4RZ5A 2HSAA 4N6EA 5AC7A 3RMJA 4CQ9A 2Z0IA 3GXTA 4WD0A 3S5NA 2WPBA 2C15A 3VNDA 3G18A 4NUWA 1FWNA 3HG4A 1OYAA 1CX9A 4LVGA 4AXKA 3HPSA 3GB6A 3TW7A 4MY8A 5F1UA 3TE9A 1F7BA 3CEUA 4MFEA 1RQEA 1N8FA 3O8AA 3W7HA 1VCFA 4H4IA 2YCEA 3LXCA 1NEYA 3NPVA 5KINA 4UMBA 3UWZA 5CPOA 3B04A 1LLZA 2A21A 2Q3RA 3W1RA 1ME7A 3PY2A 2ISSA 1NF7A 2A4AA 4R53A 4Y6GA 1LDCA 3G1YA 5I3GA 4MZYA 1H7PA 1PHQA 2CZ5A 1XXXA 2W79A 5T26A 2QCEA 3SECA 1ZAHA 3M7WA 4XUGA 3LCWA 4A29A 4LC6A 1S3HA 1TIMA 3LDVA 1AG1O 4TMBA 4TO8A 3MUXA 1PV8A 1DJNA 1QPNA 2QAPA 3C4UA 2RDUA 3W2NA 2A7RA 4NNBA 4X22A 2BWGA 1I2RA 4M7SA 3P5YA 2FPYA 2RH9A 4Q4KA 2V2CA 3BGGA 3SGUA 5F4WA 1RD5A 3TKFA 1H7XA 2YFNA 5HR6A 4K39A 4BF9A 2QKFA 4HKPA 1TJPA 3MYPA 1T8XA 3E96A 3TUUA 1GG1A 4IMEA 3WJWA 3NPXA 1M5WA 3ABRA 4K37A 1JCNA 3QMTA 3ABQA 2I1OA 1NF0A 1I2QA 5EY5A 4CNOA 3FS2A 1K3UA 1D3GA 2FPTA 4AAJA 5C54A 3PUOA 3NL2A 1JUKA 4HPXA 2FPVA 4IUOA 3A5FA 4AWTA 1GVOA 1W3NA 4ZQOA 4UC5A 3CWOX 3LLFA 2OMAA 1FDJA 3STCA 5EYWA 1RV8A 4XZ9A 4MOZA 5D03A 3LCFA 5F2GA 5K9XA 4ZMGA 4MFDA 3WJSA 4ZVJA 3QQ0A 1UUMA 3HPZA 1SSDA 3W1TA 3THAA 3LOTA 1J2WA 4QAIA 1TCDA 4P2VA 3B0UX 1H51A 4B5NA 5IBXC 2V5LA 1FBAA 4O10A 5D2VA 4WX2A 3LRMA 4LVBA 5G4EA 3BLEA 4IX2A 1B4KA 3VE7A 1PVNA 3LGEA 5AHLA 1ALDA 4I9AA 2DP3A 5CPLA 1TSIA 3FIGA 2HMCA 3T4CA 2E1DA 4Z0SA 5BW6A 1YPIA 5E1QA 4OT7A 2WKJA 2QR6A 4RCXA 1XUZA 4LS1A 4UFMA 3Q94A 3S9YA 3P8IA 5D09A 1SSGA 1FWWA 2E09A 1K8ZA 3THQA 1KLYA 2ZRUA 3KRZA 1O95A 4BI5A 3P80A 1WA3A 3I7QA 5K4ZA 2DORA 4AHQA 4LC8A 3W7QA 1MEHA 1QWGA 3TJLA 1FCQA 4ZL1A 3W7LA 1QO2A 1YADA 4DBDA 3SR7A 4ALDA 3HJZA 4GUHA 1I2OA 3TU9A 1K7FA 1IF2A 4XKYB 3GR8A 4FNUA 2WSQA 3C2VA 4DF1A 2ZTJA 2E68A 5C5YA 1O60A 1HO1A 3VI2A 2GOUA 1W1ZA 4O17A 4OBTA 3QM3A 4GJ1A 2I14A 6ALDA 3NQVA 1YDNA 3KXQA 4NXSA 5GVJA 4NJIA 3QZEA 1C8VA 2GQ9A 2GVLA 1FQ0A 5DELA 2QCLA 1C9DA 2J9XA 4JEQA 3OVQA 1AMKA 5KMYA 4GRSA 4NX5A 3WFAA 4HIBA 4LW7A 3NL6A 1OABA 1JCLA 3O6DA 3CHVA 3EX4A 2VENA 4XTIA 4DBEA 4N6FA 4PODA 4OQVA 2R91A 3KOFA 3RF9A 1H7OA 1ICPA 5J5RA 5FESA 4UTKA 1WX0A 4XQ6A 1Y0EA 3W1XA 1BTMA 3BV4A 1H61A 4LTSA 2E5DA 1KM6A 4MUZA 2TYSA 3LXAA 3AO0A 3PG9A 2A1YA 2FFCA 3LI0A 4MKNA 3N73A 1Z41A 1GZGA 2DZPA 3NXFA 4LY8A 3M43A 3FJLA 1VLWA 3E12A 1K8XA 5G1TA 1F05A 1XBZA 2EF9A 1CW2A 3LXBA 5H91A 2QJHA 1THFD 2Z1BA 4BWLA 1F6PA 3P81A 3P8JA 4JYDA 1M6JA 5DCEA 4OU1A 4QM1A 3W7IA 3Q2DA 1W37A 1WV2A 3BW3A 1VZWA 2DZXA 4DF0A 1UBSA 4FX8A 4OV9A 4FO4A 4WJEA 2BZNA 4UTIA 4GUFA 1F5ZA 4FNTA 2CLHA 3WJZA 3H53A 3EX1A 5D04C 5HINA 3S1UA 4L4MA 1W8SA 1LLWA 5CZ0A 4YCPA 1SUXA 2F7FA 1L6SA 4O18A 5F2MA 4D2JA 4KWWA 2EKCA 3GK0A 3IV3A 4OWGA 2V30A 1TRIA 4UFJA 3C2OA 2H3DA 1UB3A 5BNKA 6TIMA 2X1SA 4IPJA 3B8DA 2CLKA 3GYEA 3UYCA 3BARA 2ZRVA 3MI3A 4H6KA 1MO0A 3QF0A 5KZEA 5EBUA 1KM4A 1QPRA 1H60A 2P0OA 5K3VA 3HGRA 4DPQA 4JX4A 3T44A 5LKYA 4O52A 3EX3A 5F4SA 1SU5A 2XN2A 4MY9A 5HMSA 2BX7A 1IXPA 1H62A 3N2XA 5AB3A 1FCVA 1EIXA 5FF0A 1L6YA 1DQWA 3C6CA 3N14A 4GFSA 1VYSX 3P82A 2OX1A 3KHJA 2Q8LA 3RLUA 1HG3A 3L5AA 3RFAA 1Z48A 3W76A 1OX5A 3IEBA 1ME9A 4ADTA 3R12A 3Q37A 1BEUA 3P60A 1PS9A 1G4TA 3S1XA 1QNVA 5LSMA 4Z1AA 2NZLA 3IVUA 1RR2A 3EWWA 4YCOA 3ZR4A 1SZNA 1GYLA 1JCJA 1QAPA 1W31A 1W5NA 3LCLA 2B7PA 4Q32A 1X1ZA 4QNEA 1XDLA 3WK0A 2ALDA 3W7RA 3O05A 3L67A 2OCZA 1ZCOA 3B03A 2VFDA 3GNDA 1QMLA 5HULA 3S42A 1MEWA 2ZZ4A 1FCBA 1AW1A 2VOMA 2Z2UA 5TIMA 1Q6LA 4BR1A 3OG3A 4RLIA 1I45A 1YDOA 1LRTA 5DY3A 1G4PA 1T99A 3TSBA 4O1DA 2VEKA 1LROA 5F4XA 4EWND 2XFWA 4GE8A 4AEOA 4MPQA 5K9CA 2VKZG 3UD6A 3DI0A 4O54A 3PC0A 1PL9A 2Y61A 2QCHA 5KZMA 3NPWA 3PULA 3PBWA 1XBVA 1B57A 2ZZ6A 1H50A 3PR2A 3M44A 1VPXA 2VC6A 1YTKA 4R7JA 1TJRA 2NUWA 3L0NA 1SW7A 5CSSA 2ZA3A 2ISVA 3NQDA 1O5KA 3S0CA 4AH7A 2Y63A 4NNAA 1FCUA 3HO8A 1DOSA 4MIMA 1T0OA 5D30A 3GLCA 1AK5A 3JR2A 5K4XA 4MLJA 1G6CA 3E0IA 4Z1DA 3KVKA 1F73A 3IVTA 4WXZA 4KFNA 3TAOA 4R33A 4WQ6A 2RHGA 4JD4A 2Y6ZA 2YYTA 5HWJA 1YYAA 1ICQA 3W2UA 3S8HA 1A5AA 4ZQPA 5D05A 1OVDA 3IIZA 5FEPA 2W6RA 5D2YA 1VCGA 3NQ8A 2J6XA 3HGSA 4IMFA 4O4WA 3S5OA 4FB7A 1W0MA 1QR7A 4N4PA 3YPIA 5AHFA 4FNPA 2QCNA 5E0KA 3NG3A 2WOQA 4LOCA 4JY9A 3TFXA 2H90A 4FNRA 3C3NA 4ZQRA 3B06A 3GKFA 1IXOA 2JKAA 1GVRA 3DFOA 5DCBA 1OX4A 4YXGA 1LM1A 3UPBA 2RFGA 4JS3A 1JUBA 2VFEA 3LRLA 1KBIA 3PB0A 1SW0A 1KM5A 1CI1A 5FF2A 4PA8A 2ABAA 1P0NA 2QCCA 2GQAA 1TYGA 1X1OA 3P84A 1GWJA 3NNTA 2A7PA 3PS7A 1HO4A 3G24A 3HOJA 1M7PA 3M1ZA 3LCGA 4WY0A 3N19B 2AGKA 1JRCA 2BTMA 3L65A 3RNDA 1WOAA 1P1XA 2WSRA 2QDGA 3H55A 1G4SA 1PIIA 3FLUA 4LS2A 4O0KA 5LNUA 4JYFA 3LM7A 3BGJA 4UIOA 1PE1A 2QJIA 2XN0A 4K7VA 3QFEA 3PVFA 1ICSA 1V7YA 3L66A 3P7YA 2ISWA 3SGZA 1TTJA 3NDOA 4WUIA 2YYUA 3OEXA 5CGQA 2H8XA 2ZZ7A 2WNZA 5FF3A 1K7XA 4RJEA 1ZALA 4HPJA 4RR4A 3MHGA 1Q6RA 4Y9AA 3I65A 2RKXA 3LRKA 1LRQA 1O4UA 4O53A 3DBPA 3OVPA 2V2HA 3O15A 4YMZA 5DBTA 3W1UA 4DXVA 1VLIA 4TX9A 1H1YA 1KTBA 3INPA 1Q6OA 2GJLA 1JUEA 3FYOA 4TIMA 4FX6M 3TMQA 1NAL1 2NX9A 1R47A 2A85A 4EF9A 3HIJA 3U2OA 3EEGA 5DY2A 2Y85A 1XBXA 4QISA 2J9YA 4RZ6A 3CWNA 3TJXA 3ABSA 4CCCA 1F74A 3HPXA 2WNQA 3W84A 3MMTA 5HQEA 1DJQA 3TSMA 3VE9A 3GAYA 2V8ZA 5FEXA 1I2NA 3NQMA 4NX0A 4O16A 1XI3A 2DZVA 2ZA2A 4Y96A 5EL1A 4I7VA 3BK0A 4M6QA 1ZJIA 1YXCA 2ATMA 3T40A 5LNWA 1W5OA 4RXGA 2VXNA 5AFDA 3ABOA 1WAUA 1JCMP 3ZWTA 3IIOA 2V2DA 4MZ1A 3TDFA 4N4QA 3LV6A 4DELA 3MYOA 1KTNA 3G8EA 3HG2A 4O4VA 4O1BA 3LHTA 2ZQ0A 3NQ2A 4U28A 1LYXA 1LZOA 5D33A 2KZHA 3G0XA 5BMWA 4LVFA 3W74A 3QMSA 4JN6A 4ZQCA 4M6VA 1Q6QA 1ZFJA 3NM3A 1FUYA 5FI8A 4ZQNA 3Q58A 1LCOA 1H7RA 2X1RA 1VGAA 4AMAA 1R30A 3M5ZA 3LCXA 4JIQA 1QOPA 3DI1A 1OYBA 2G97A 4IMCA 4JTIA 3W7MA 4UFKA 1L9WA 1VQTA 1LOSA 2AAMA 2ZA1A 4Q33A 3S1VA 3BW2A 3EWYA 3S6DA 3W7NA 4EOUA 1RQBA 2ZZ2A 1W54A 4NJKA 1N7KA 3S1WA 3TMLA 1A5CA 1H7WA 1ZY9A 1JQXA 2X1TA 3MW7A 3L9CA 4AF0B 1U83A 5AOUA 3NL3A 2PRHA 2VFGA 3TIMA 1AL8A 1EUNA 2OT1A 4ORIA 2X16A 1XC4A 4YWIA 1PHWA 4N9CA 2ZTKA 3FJ6A 3D0CA 4NJHA 5KSWA 2NXIA 2VEMA 2EAWA 3B0PA 3BW4A 3L68A 1KV5A 4HSNA 4O1AA 1K7EA 1R2SA 3TH6A 1VCVA 4N02A 4LWWA 2YSWA 4LT9A 3DH7A 4A2RA 3P5ZA 4X3ZA 2NV2A 3WK3A 1TQXA 2B7OA 3W9ZA 1D9EA 2OJPA 3DKLA 3G0UA 5CPMA 2ZZ1A 3B05A 1C29A 1TTQA 2BSLA 1TMHA 2TMDA 4JTUA 3EX2A 3LTSA 3CB8A 4TMCA 1L2UA 2FJKA 4UTUA 1EPXA 2BLEA 4FIRA 1TPUA 3TC6A 1IIGA 3G8RA 3RU6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3OVRA

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