4Z08A

Directed evolutionary changes in kemp eliminase ke07 - crystal 1 ke07 design
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
259
structure length
253
Chain Sequence
LAKRIIAALIVKDGRVVKGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELSFWDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPFTVGGGIHDFETASELILRGADKVEINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVYIAAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEIVLGSIDRLGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIAHGGAGKMEHFLEAFLAGADAAKANSVLHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLEHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags De novo protein, lyase
publication title Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 1 KE07 design
rcsb
molecule keywords de novo designed kemp eliminase KE07
total genus 92
structure length 253
sequence length 259
ec nomenclature ec 4.1.3.-:
pdb deposition date 2015-03-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4z08A00
3GKAA 3R8RA 3QJAA 3NQMA 3QM3A 1O94A 4O16A 4JICA 3TX9A 1H7OA 1OX5A 1TRDA 3GKFA 3A5FA 2ZRUA 4O53A 3GNNA 5HWJA 5BW6A 1M7OA 2OT1A 5CKSA 1FY6A 2YW3A 3B0PA 1I2PA 1ZCOA 1JCMP 1JCXA 3LTPA 3LX9A 4JTFA 4FX7A 1EUAA 2Q8ZA 4M5PA 4KWVA 3RLVA 3TV8A 3S1UA 4MY9A 3C52A 1TPVA 4UNLA 3W84A 1I4NA 3W1RA 1JQXA 2J9YA 2EAWA 1WXJA 2CLLA 4YCOA 2QCEA 3M1ZA 5AFDA 3JR2A 1Q45A 4DF0A 5K2ZA 3LXBA 3NYZA 3W70A 4AWSA 1T8XA 4QM1A 1QCWA 3DENA 3W75A 3I7SA 4HN4A 1MZHA 3E12A 3QQ1A 4K6AA 2BSLA 4JXCA 1W3IA 3TH6A 1SO5A 3TC6A 3TSBA 3W71A 3HF3A 4BI7A 2ISWA 4TX9A 2PE4A 1X8FA 1ZHAA 1F05A 3NQAA 1B9BA 1L6SA 4FNUA 4IXXA 4JTIA 2QCNA 4NX0A 8TIMA 5DY3A 3WJZA 4CNNA 3NQFA 1FCQA 1WOBA 2FQIA 1VH7A 4WY0A 1OK6A 3LOTA 4LU0A 4RKAA 2QCHA 3FKRA 3W1AA 3VI2A 3LCLA 3LERA 1KM5A 4LNYA 4N02A 1GPWA 3BG5A 2VFIA 1XL9A 2NUXA 1EB3A 2QUUA 3TU9A 1VCFA 1EUNA 2JKPA 5F2GA 5FEXA 3TA6A 4O11A 3C0JA 4KWWA 4AHPA 1W0MA 4O57A 1I2QA 3PC0A 1DL3A 5G1TA 1K7FA 4QJ1A 3QQ0A 1H5YA 2FDSA 1JJKA 5BMWA 3TDFA 5C54A 5EA9A 1ICQA 3M6YA 3WK0A 1KFEA 4R33A 1WQ5A 1TPWA 1ML1A 2GQAA 3CB8A 3MBFA 1ZAIA 2RH9A 3L66A 5IBXA 1Q6QA 1FXQA 4NNAA 1ZY9A 3QMSA 5EYWA 4O10A 4IMEA 1VRDA 3MO7A 3W83A 4DO6A 3SZ8A 2DORA 1AG1O 3KVMA 1JUEA 4ZVJA 3TMQA 4PEKA 2Y89A 3MP3A 3IGSA 3NNTA 3G0UA 3G3MA 3QH2A 2B7PA 1QO5A 5I3HA 5LHFA 2FIQA 2C14A 1OYAA 5E93A 3KAOA 1A5AA 3NPXA 1XBYA 2V82A 2X1UA 4Z1CA 2QCDA 1VLIA 3OG3A 4WY0F 3W73A 3G1SA 1RPXA 4O1DA 2H3DA 4N9DA 4ZQMA 5TBOA 5DBTA 4R53A 5TIMA 1PS9A 1ICSA 1C9DA 2WNQA 4PH6A 1EPXA 3EKZA 3G22A 1F76A 2FJKA 3NZRA 5LNSA 1I2NA 3O8AA 5BRBA 4KFNA 3PULA 3TXVA 1Q6RA 3NVTA 3UWQA 4JTSA 5CPOA 2AGKA 1IXOA 3M5ZA 3L5MA 4Z08A 1VJIA 3RNDA 4H3DA 1TPB1 4QNWA 3Q37A 1SW0A 1X7FA 1THFD 4DEFA 4DBDA 3PAJA 3GB6A 3WJSA 3P61A 4N2YA 1I8JA 3G0SA 2YX0A 1YYAA 2A6NA 4IQLA 1TTIA 3HGOA 1H62A 4WOZA 1LOLA 3QRHA 4XWUA 5EY5A 1ME8A 3W7RA 4JN6A 5FF4A 3H53A 4KFPA 4YWIA 4Q33A 1TV5A 3W7KA 3W85A 3W7GA 3I6RA 5I3KA 2DP3A 1JCYA 3L9CA 3OEXA 3NQ8A 1XUUA 2JGYA 3GK0A 5AOUA 3G8EA 3NQCA 1KFCA 3UNDA 4O28A 1XC4A 1UASA 3JS3A 2VKZG 1IIGA 1DOSA 4I9AA 2J6XA 1JQVA 4A2SA 2ATSA 5D2TA 4GC4A 4WY0B 3FIGA 2YXGA 1EP3A 1VPXA 2Y88A 3STCA 3VNDA 1J5TA 3TW7A 1G4EA 3LXCA 3HMJG 3TXZA 3W1PA 4NZJA 1WBJA 4Q4KA 3QMTA 4NZFA 4O4WA 3W3OA 4AHQA 2C6QA 4MZ1A 5HWMA 4MY8A 4LY8A 5AHFA 1FCBA 3M5YA 2B7QA 1S5VA 3O05A 2BTMA 3NL3A 4ONVA 3B05A 4N6EA 2NWRA 1PHWA 3W23A 4NJHA 4JR5A 4GJ1A 4AHOA 2GUUA 2Q3RA 3TQVA 3C2RA 1KFLA 4NT0A 3QF0A 3IIPA 3W7EA 3E0IA 4KFOA 4NNBA 3MP4A 4DO5A 3MWAA 3LHWA 5D2VA 2X1TA 3NL5A 2LLEA 3UXDA 3ABRA 2E1DA 3LXAA 2FPVA 4LUIA 4RV8A 4MUZA 4JDYA 2QJGA 1IXPA 1IGSA 2V2HA 4PL2A 4LVBA 5DELA 3A22A 2OT0A 3G1DA 1AMKA 1SFLA 4AMAA 4OGZA 3O15A 3PSVA 3N14A 1KM1A 2JBMA 2CWNA 3L68A 5HULA 5CZJA 3P67A 3E02A 4CLMA 1TSIA 4LRSA 3ZR4A 3M41A 3AJXA 1YDVA 3KVJA 5HWNA 2XN2A 2J9XA 1W54A 3IIXA 4I7UA 3EXSA 1QOQA 2TMDA 4LWWA 2YFNA 1YXCA 2QUVA 3FA5A 3BV4A 3EWBX 1V5XA 1QPQA 4BFAA 1RQBA 2QCDB 3DFOA 1UB3A 2QDGA 5LNUA 5BMXA 2VFGA 1X1OA 3SGZA 3DFSA 2CZ5A 4AWUA 1TQXA 4WD0A 3W1MA 3WJYA 1EWEA 4N4PA 2NXHA 5HJLA 4YMZA 5K7JA 3A24A 1VYPX 2PRLA 3GIYA 4NU7A 4U4MA 1BEUA 3QW4B 3HGRA 4UFJA 3NG3A 3C4UA 2B4GA 2X16A 1M6JA 3LLFA 1PHQA 5BNKA 1LDCA 1LM1A 1JRCA 3DXIA 3L67A 3P62A 3CT7A 5C55A 4O4VA 4BF9A 5K3VA 2WJZA 2YDAA 3SR7A 3F1QA 3UWYA 4Z1BA 3CLMA 5F4XA 3Q94A 3HPZA 1K7EA 5FF3A 1EP2A 1OYCA 1FWTA 3W2NA 3NAVA 3CHVA 3E49A 2RDUA 3U6WA 2TPSA 1VCGA 2YFOA 4ZL1A 1FWWA 3LCXA 1TTQA 4GE8A 1FUYA 4YL2A 3G1YA 3OHIA 1UBSA 2NX9A 3MHGA 3HB9A 3P5ZA 4AWTA 2J24A 4S2BA 4FNRA 3T4CA 2EPHA 2ZRXA 1H7PA 1R47A 3QPYA 1TQJA 1RQEA 3HJZA 2KZHA 2CW6A 6TIMA 1BWKA 4AVFA 2C15A 3G1HA 2ISSA 4MPQA 3TSMA 4JX5A 3L5LA 1ONRA 5GVJA 3O6YX 5HQEA 3TFCA 1LZOA 1VS1A 4MKNA 4FNSA 3LRMA 3C2EA 4AAJA 3W7LA 3TROA 2ZTKA 4QAIA 3STEA 1R2TA 4X2RA 1Z41A 5FESA 2HS8A 1GVOA 1PCKA 1IXNA 5AC6A 4UFKA 2OX1A 1TO3A 1JULA 3HGJA 3PB0A 4PODA 4Z0SA 2QJHA 1YTKA 1T96A 3PF3A 4XBKA 1WX0A 5KSWA 4JD4A 4UTMA 1A50A 1Z42A 2DZSA 5LGXA 4YXGA 3MHFA 1MXSA 2ZRZA 1I2RA 3C2VA 4WX2A 1A5SA 3CTLA 4PFMA 4GUIA 4O1BA 2XN1A 3DI0A 4TMBA 1TTJA 1JVNA 4O52A 4XUGA 2FB3A 4MVAA 3CPRA 1K8ZA 4QISA 2UV8G 4AB4A 4NVTA 3O07A 2YYTA 1RR2A 2FPYA 3CU2A 3ANYA 1DVJA 5DLCA 3P80A 5H2ZA 2AAMA 1TTPA 3HQ1A 4LC6A 4DF2A 4O14A 5HR7A 1B4EA 2QAFA 3TQ0A 5KTLA 1YXYA 3FJLA 3LHUA 1D3HA 1JCJA 3RF9A 1LORA 4JX4A 3LI0A 1XBZA 1NSJA 2W6RA 3PY2A 4RXFA 2A85A 1WOAA 4UTTA 2YYUA 2OCZA 4O17A 5EPDA 4JYDA 1S5WA 1KLYA 3NM1A 2P1FA 3OIXA 2NUYA 3Q58A 4HNVA 3TJXA 4HNUA 1AW5A 3O06A 3DFNA 3UY7A 5C2XA 2BXVA 1GG0A 2QF7A 3F4WA 4A29A 2V9DA 2NV2A 2CLOA 3B0UX 4IPIA 3GYEA 4FF7A 3GDTA 3NO5A 1A5BA 2V5LA 1D9EA 2VFEA 3N2MA 1TV8A 1YTDA 1OJXA 3THQA 3P74A 4PC8A 3GDLA 1DORA 4I7VA 2QCLA 2GQ9A 1PV8A 3S1VA 1J4EA 2A4AA 3LM7A 3ZFHA 4IOTA 4X3ZA 4Y90A 1W56A 3MW7A 3TJLA 3C2OA 1SQ7A 3T40A 5HMSA 3TAKA 1WBHA 3UD6A 3OVPA 5DCDA 5LZLA 2E68A 1UUOA 1PVNA 1Q3NA 2CLMA 5DCBA 4EOUA 4M7SA 4Y6GA 5C6MA 3U8GA 1W5QA 2C16A 3TMLA 1ZAJA 1V7YA 3PSWA 2PURA 3MI6A 1T99A 2Q3OA 3HOJA 5U4NA 1EP1A 3S5NA 2EKCA 5F4WA 1P0NA 2Y7EA 3B04A 5A5WA 4UFMA 3KVKA 4ADSA 4A21A 5LNRA 4MYXA 3W7IA 1TMHA 1OX4A 4MLJA 4ORIA 2TYSA 3L5AA 1YXDA 1PE1A 3C6CA 2Y63A 2QCFA 1F6PA 3R89A 4IX2A 5CZTA 3GDMA 2ZRWA 2A7PA 1DV7A 1GVSA 4LS0A 4BWLC 2G96A 3S1WA 3BLFA 4GUGA 1R2RA 3G1VA 3BLIA 1K7XA 4XTDA 1L6YA 1QPNA 2G97A 1NF7A 3QC3A 1TRIA 2Y62A 3TSDA 1RZMA 3LB0A 3LRKA 3NQVA 3HGSA 1TJPA 4DELA 1RQHA 3DHFA 1G4TA 4X22A 3NPUA 3A21A 4JTEA 1QOPA 1G7VA 3KRUA 4I7WA 3W1NA 2A7NA 3R2GA 1UJPA 3GXTA 3UWUA 4E2DA 3ABOA 1H61A 3TIMA 2BWGA 3NXFA 2YSWA 4YCPA 1H63A 3TFXA 4RZ4A 2ZZ6A 5AYYA 1CX9A 1FDZA 3C3NA 1HO4A 4MZYA 2DJLA 1GVQA 1XFBA 3BPWA 1B4KA 5AHNA 1OF6A 3SJ3A 3LHYA 1Y0EA 2NWSA 4WJEA 3TC7A 2DJXA 4AF0A 2H3BA 5D03A 5D33A 4UMAA 2FPTA 4CCCA 3RLUA 2V81A 4ADUA 1I45A 3VKJA 3TNOA 1O60A 3GAKA 4LOCA 1EWDA 1QPRA 3MJYA 1OFQA 1OYBA 3EX3A 2W79A 4OU1A 1KV5A 2EF9A 1YDNA 2NX1A 3FYPA 5J5DA 1NEYA 2ALDA 1TPUA 3M9YA 1R46A 3F03K 1WA3A 1N55A 3S5ZA 4MIMA 3ATYA 5K9XA 4JY8A 2CLEA 2I1OA 2WNNA 2X1SA 3S42A 4UCGA 3W1XA 2V2CA 2CZDA 3GNDA 4UR7A 3CEPA 4TIMA 5KZEA 4IWWA 4ZMGA 2OJPA 5HUPA 1LRQA 3DFQA 3NR0A 1W31A 4ALDA 4JTHA 3EWYA 1E51A 4JTJA 4BI5A 2J9ZA 4ZQOA 5G2WA 2EGZA 5CGQA 5AYZA 4NJGA 1QPOA 4DBEA 2Y7DA 2VEPA 4NQ1A 4LT9A 1SSDA 2V2DA 1U5JA 4IMCA 3K30A 1RV8A 1DBTA 3TW6A 1FDYA 1AL7A 4Y9AA 3FOKA 4EF9A 4MFDA 1SO6A 1OVDA 3DKLA 4HHPA 3LCFA 2D73A 5CSSA 3PUDA 5FF2A 4HSNA 4Z1DA 3TE9A 3CWOX 1W3NA 2Y61A 1JRBA 3NQGA 4K38A 3W07A 3W7HA 5IBXC 1VYRA 4UFHA 1Z48A 2ZZ2A 2H8XA 3DGRA 3HG3A 5D2XA 3QEZA 5D30A 1S5TA 4M6VA 3CWNA 2GQ8A 4XQ6A 3UYCA 2XN0A 2AQWA 2CLFA 2J88A 3W1UA 2QCCA 2BLEA 4CQ9A 5K9DA 1L2UA 4XBSA 3W22A 2A6LA 4OQVA 3LV6A 4JIPA 2VOMA 1C29A 4YLWA 3G1XA 4PTNA 3BW2A 4OV9A 1PIIA 2C1HA 4EIVA 3NQ2A 2FTPA 4MYAA 3RFAA 1F2JA 1PL9A 1IIHA 3I7QA 3HG2A 4L4MA 1HFBA 3F4NA 1H7XA 1XBXA 3N3MA 1MO0A 4WXYA 3WFAA 1OFRA 5G2HA 3NL2A 5HNRA 4M19A 5LKYA 3M43A 2WNZA 2A5HA 3FYOA 1NVMA 2VC6A 5FI8A 3DKJA 2YZRA 3MYPA 4N9BA 4JS3A 1QFEA 3KXQA 2ZRVA 1P5BA 1LROA 2WV8A 1NF0A 3LHZA 5AB3A 2GVLA 4DPQA 5AC8A 3VE7A 3NGJA 4P61A 2QUTA 1HO1A 3P8JA 1FXPA 4TMCA 4DF1A 4NJJA 2A7RA 5AHEA 4B5NA 2E5BA 4XKYA 1VC4A 2VEKA 3A5VA 3W7MA 3GR8A 4FO4A 3SI9A 2BX7A 3G1AA 2R14A 3I68A 4K7VA 1GQNA 1W8SA 3IIVA 2ZA2A 3L0GA 2FFCA 5AHIA 1UUMA 1SW3A 3W87A 4ICNA 1QR7A 1FQ0A 2PCQA 1OHLA 4P2VA 1G7UA 3PS7A 1H7WA 3TCEA 3L0KA 3DZ1A 2ZZ4A 4O13A 3CQ0A 1FCVA 3GX9A 3UQNA 4M7TA 1F7BA 3QSRA 1O5XA 3WJXA 2CZFA 5G4WA 2GVGA 2FB2A 5AHLA 2V30A 1SO3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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