1LTD | Genus

Total Genus 155

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	155
sequence length	502
structure length	481
Chain Sequence	KISPAEVAKHNKPDDCWVVINGYVYDLTRFLPNHPGGQDVIKFNAGKDVTAIFEPLHAPNVIDKYIAPEKKLGPLQGSMPPELVCPPYAPGETKEDIARKEQLKSLLPPLDNIINLYDFEYLASQTLTKQAWAYYSSGANDEVTHRENHNAYHRIFFKPKILVDVRKVDISTDMLGSHVDVPFYVSATALCKLGNPLEGEKDVARGCGQGVTKVPQMISTLASCSPEEIIEAAPSDKQIQWYQLYVNSDRKITDDLVKNVEKLGVKALFVTVDAPSLGQREKDMKLKFSNALSKFIDPSLTWKDIEELKKKTKLPIVIKGVQRTEDVIKAAEIGVSGVVLSNHGGRQLDFSRAPIEVLAETMPILEQRNLKDKLEVFVDGGVRRGTDVLKALCLGAKGVGLGRPFLYANSCYGRNGVEKAIEILRDEIEMSMRLLGVTSIAELKPDLLDLSTLKARTVGVPNDVLYNEVYEGPTLTEFEDA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	The 2.6-A refined structure of the Escherichia coli recombinant Saccharomyces cerevisiae flavocytochrome b2-sulfite complex. pubmed rcsb
molecule keywords	FLAVOCYTOCHROME B2
molecule tags	Oxidoreductase(ch-oh(d)-cytochrome(a))
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	155
structure length	481
sequence length	502
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.1.2.3: L-lactate dehydrogenase (cytochrome).
pdb deposition date	1994-01-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00173	Cyt-b5	Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.120.10	Alpha Beta	Roll	Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1	Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain	1ltdA01
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ltdA02

1EUEA 2QCGA 1GG1A 1SZFA 4MLJA 3BARA 1TIMA 3SGZA 1H5YA 1I5UA 3CIWA 4WQ6A 4O15A 4IMFA 3W7GA 3HMJG 5HNRA 2BLEA 1A5AA 4ICNA 1JQVA 1AW3A 3N2MA 3W2LA 3M47A 1G4PA 3OIXA 3G1SA 3W7HA 3LLFA 1PHQA 4O53A 2NWRA 1T0OA 3I7SA 1FCVA 2E5CA 5D2XA 3LV6A 5D05A 5HINA 2GVGA 3N14A 1H61A 1ZENA 2Z6IA 3P80A 3NYZA 2NZLA 5BMXA 1KTBA 1LRNA 2PCQA 3L2IA 1GVFA 1N7KA 2F84A 3M5YA 4AF0A 3SECA 1N8FA 3A23A 4WY0F 4Z1DA 2QJIA 5DXYA 1MO0A 3FKRA 2VEMA 3QYQA 4O16A 4DF1A 3EWYA 3LBMA 1UCWA 4ZMGA 1PS9A 2NXIA 4UNLA 4AXKA 2R14A 5TQLA 3NPVA 5G2IA 1OK6A 4XKYA 5AHFA 4R34A 3TU9A 2OZ0A 5E0KA 1RZMA 3FFSA 4N6FA 3EEGA 5K3VA 4AWUA 1W8SA 4JS3A 4JTEA 5F2IA 4Z1AA 1A5BA 5DCBA 4GUHA 4YLWA 1AK5A 1A50A 3M5ZA 4AHPA 2PRMA 4JX4A 2QR6A 4A29A 3E12A 4ONVA 1I4NA 4EWND 2R8WA 3T44A 4UR7A 3UPBA 4UFHA 1VLWA 2IQTA 3WJXA 4A21A 1J0QA 3HOJA 1PE1A 1QOPA 1LTDA 1HFBA 2Y85A 3B4UA 1F04A 4LVGA 3N19B 1TPEA 3C61A 1IXQA 4Q4KA 1GQNA 1TPVA 3NAVA 3NOEA 3TFCA 1ZNNA 1XL9A 3W7LA 5I3FA 4MKNA 3EKLA 4JTTA 4O12A 4ZVJA 1CX9A 3FA5A 1DO9A 4QAIA 5CZTA 5T26A 4GFSA 5LSMA 2W6RA 3FOKA 1XDMA 4OGZA 4BR1A 4NJIA 1B5MA 3S0CA 1OF6A 1V7YA 3BG3A 4OQVA 4JX6A 1Q6OA 1F2JA 1VCFA 1YXCA 1S3HA 4RCXA 3INPA 1Z42A 2QCFA 1ZJIA 5EY5A 3DFQA 1SO4A 3NEVA 3R12A 1R46A 3BLIA 3DH7A 1YYAA 1K7XA 3RMJA 1SUXA 5SWUA 3T55A 2J9YA 2V2HA 1KM3A 1OFRA 4UFLA 3WFAA 2J6XA 3LXBA 4GJ1A 1OFBA 3L5MA 3HQ1A 2ZZ1A 5LHFA 1OF8A 3SIZA 3GDKA 3OZZB 4ADSA 2B0MA 3IRDA 3MI6A 2FFCA 2GUUA 2O7SA 4FHAA 2GQ8A 2C15A 1R47A 4JD4A 4O1AA 4ZQPA 2VENA 4XQ6A 1GT8A 4O1BA 1EEPA 4HILA 5I3GA 3A24A 1VHCA 4MZ8A 4LRTA 1GZGA 3G1FA 4LNYA 3HF3A 2QAPA 2A6LA 2ZRWA 4N4PA 3P5ZA 4UTWC 1DQWA 3LHZA 3L65A 3C4UA 3QPYA 1O4UA 3TCEA 4UTHA 3HG3A 4O19A 1ML1A 2NX1A 1TPDA 3OHIA 2H90A 5FI8A 5K7JA 3BW2A 4R53A 1TRIA 3L67A 3LCXA 1VGAA 1SW0A 1L6SA 4X9SA 1NX7A 1LRTA 1W37A 3GXNA 3EX1A 4R33A 3UY8A 1H63A 1PCWA 2A5HA 3IIXA 2QEZA 3R89A 1TO3A 4JYFA 1LQXA 5HR7A 4UTIA 1OFOA 3NQVA 1JCYA 1WOAA 3O07A 5LNVA 3RNDA 3N9RA 1EPXA 1G4TA 4UCGA 3LRLA 1KLZA 4NNCA 2DZUA 1SSDA 2X30A 1FWTA 2V2DA 1YLVA 1HL2A 1OX4A 1I2QA 3TW7A 1AQAA 4O1CA 3NG3A 4UIOA 3G1VA 2X16A 4GUGA 5F4XA 4E38A 4ZQCA 2DZTA 3H55A 1UBSA 3W07A 5LNUA 3GXTA 3G0UA 1JUBA 3I7QA 3IIPA 1PVNA 3LHTA 4HPXA 2R94A 1BWKA 4HINA 3GYEA 1JULA 3W7MA 3L0KA 4OHQA 1KM2A 4WY0B 2ZRUA 2O7QA 4MY1A 1AXXA 3P8JA 2C3ZA 3R13A 1ICPA 3E02A 1M2IA 4GNJA 4FIRA 1W1ZA 3T78A 4JTIA 4ADTA 4KKXA 2FQIA 3KHJA 1D3HA 1K7EA 5F4WA 1UUOA 3TQKA 4NZFA 3FIGA 5CZJA 2ZYFA 2NX3A 1TJPA 3Q58A 2GVJA 1ICQA 2V5BA 3NZRA 4GRSA 4PL2A 1XM3A 3W1QA 4MY9A 4M5PA 1OJXA 1PV8A 1QDSA 4TO8A 1OK4A 2V0TA 2GJLA 1GVQA 4K37A 2ZQ0A 2YYUA 1KM1A 3KVKA 2ZZ6A 3STGA 1F76A 5CGQA 5FF7A 1KV5A 2I89A 1YDNA 5LNSA 2QJHA 4CNNA 1JRBA 1FX6A 1LBLA 4ZZ9A 1JR1A 3N3MA 3W7PA 1KBIA 1SZGA 3L5LA 1M5WA 5FEPA 3TUUA 3DFNA 2CWNA 3S1VA 5K4XA 3FS2A 2QCLA 3WJWA 4DBDA 1FCUA 2JK2A 1Z48A 3TIMA 3S42A 1Z44A 3O15A 4MZYA 3BW3A 3S9YA 4MYAA 3T7VA 2Y88A 3RK8A 5HWMA 2AXXA 1F7BA 3Q2DA 3B0VC 4JYEA 4J9JA 2ABBA 4FX6M 1M6JA 3QF0A 3O06A 2RFGA 4U4MA 3TQ0A 1BFXA 3W88A 3W2NA 4NJKA 4NJJA 8TIMA 1UUMA 3CWNA 3LCHA 2GVLA 3OA3A 4FNRA 1JCXA 4UTWA 4NNBA 1IETA 2OX1A 4JDBA 2JGYA 3NQDA 3UWQA 2CW6A 1BLVA 3BW4A 4KFOA 4B5NA 3HIJA 1TB3A 3G0SA 3UZJA 4M19A 4EVZA 1I87A 4RZ4A 2Y7FA 4FX7A 3DGRA 3MYOA 2DORA 2QF7A 5K9XA 3FLUA 4UMCA 3IV3A 1NEYA 1TMHA 1V5XA 3QFEA 5CPLA 3THAA 2VEKA 4N4QA 3TW6A 3IEBA 4NJHA 3W86A 1RQBA 2CZFA 3QZEA 4IWWA 3BG9A 4PFMA 2HS8A 4JTSA 4DO5A 1H51A 2DZXA 4DQWA 3QMRA 2A4AA 3B06A 1Q6RA 3PG8A 1ES1A 4FXRA 5FF4A 3HB9A 3TQVA 1OFPA 5E1QA 4O54A 5EKYA 5CSRA 1C8VA 1Q6LA 4FB7A 4A3UA 3GNNA 1FBAA 3QM3A 4K8HA 2VXNA 5HMSA 4HIBA 1UASA 1QFEA 4KWVA 1D3GA 2WNZA 2YFOA 4NXKA 1O60A 5EPDA 5CZ0A 2QDGA 1FWNA 3OVRA 3FJ6A 2X1RA 4U28A 1U5JA 3QQ0A 3RU6A 1ICSA 3DHFA 4PTNA 2GQAA 5HUOA 4MPQA 1GYLA 1QO5A 4NT0A 4DELA 1C9DA 2X2GA 1H7WA 3W7EA 2VFFA 1JCMP 5DY3A 1HTIA 2CZEA 1NAL1 1LP6A 2V5LA 3EXSA 3M5VA 3TSBA 5K4ZA 1SW3A 1G69A 5D2VA 1U9MA 3ABQA 1VQTA 3W7OA 5D30A 5FF0A 3SFKA 2CU0A 4XKYB 3C2RA 4JY9A 1W5PA 4FF7A 1LBFA 2VC6A 5D38A 1FDJA 1QO2A 4FNUA 5U7SA 2FIQA 1DJNA 3PSWA 2ZZ2A 1ZAIA 2KEOA 3NR0A 2RKXA 4FEZA 4JY8A 1QMLA 3OVPA 4OE7A 2ZBTA 3QSRA 3CHVA 2Z1BA 4G1KA 3VCRA 3PWAA 3P5YA 4Y9AA 3LHUA 4S2CA 5BMWA 1ALDA 4PCFA 1YPFA 4FXSA 4Y6GA 2Z2UA 5D02A 3EB2A 3LHWA 3GX9A 2BTMA 1W3IA 3BGJA 2J9ZA 3U8GA 3C8FA 5AHMA 2G97A 2JKAA 2G5WA 3CTLA 1O5XA 4NX5A 4Z0SA 5H91A 1XXXA 1RR2A 3PF3A 3QRHA 1HO4A 1RPXA 3LCWA 2E09A 3LOTA 1YTDA 5CZSA 3LV5A 3HBLA 2CLHA 4LS1A 2WQPA 1AW1A 4JICA 4JTUA 1SFLA 2QKFA 2NUYA 2V81A 3NXFA 4XTIA 5DCEA 3ZWSA 4UXDA 1J4EA 5I3HA 1KW1A 2WSYA 2ZZ3A 1PCKA 3TAOA 3KRSA 4MYXA 1K7FA 1S5VA 3OEXA 5C5YA 4ML9A 1XKYA 3P7YA 1AWPA 2C0AA 3CT7A 3GAKA 3OBKA 1S5WA 4AMAA 1LCOA 5LGXA 4O0ZA 2CLOA 1VYRA 4HNNA 4JTLA 3G0XA 3R5EA 3MP3A 3NERA 2BX7A 4JTKA 3HGRA 3ZWTA 2XN2A 3R8RA 3CM4A 4EF9A 4AEOA 4O0KA 2A0NA 3HO8A 1SZEA 2YDAA 4E2BA 3S5OA 1GEQA 2TYSA 1IF2A 2C18A 4FNSA 1JCLA 5BW6A 5E93A 3UWYA 3RFAA 4Z0JA 1QOQA 3FEMA 4IJBA 4NVTA 2YFNA 2OT1A 3CWOX 3CEUA 2Y7DA 1FY6A 1WYIA 1UB3A 4GBUA 3DU0A 1B5BA 5D33A 1ME7A 3ELFA 1ICCA 2FLIA 1BEUA 2B7NA 2NUXA 4NUWA 3EWWA 1JRCA 3UWWA 4ZQOA 4LU0A 1LOQA 3WJZA 3N9SA 3MI2A 1IXNA 2WPBA 4DXVA 4OU1A 4IUOA 4UUIA 3PUEA 1TYGA 3QH2A 4O17A 4MUZA 3DI0A 4GXMA 4Z1CA 3W7RA 2A7PA 2QJGA 2CZ5A 3NL3A 3WK0A 4DF2A 3P84A 1U9UA 4K8EA 2E6DA 4MVAA 4DBEA 3WJSA 1W5MA 3LHVA 2Q8ZA 1A53A 1YPIA 2FPVA 3IVTA 4UTUA 3NQ7A 4HSOA 3ATZA 3NQEA 2F7FA 2DP3A 3DFSA 1IIHA 5FEZA 4CCDA 5CPMA 1W3NA 3UY7A 4TU1A 3SSJA 5DXXA 1F05A 5DELA 3M43A 1VS1A 3W2MA 3M16A 1D9EA 4C1LA 1R2SA 1VZWA 5LNWA 4OBTA 4LUIA 1M20A 2VEIA 5AYXA 1XDLA 2QAFA 3L68A 4P2VA 5AYYA 3EX2A 3W23A 3CIXA 3EX4A 1Q3NA 3VE7A 2YR1A 3YPIA 3G8EA 3W72A 3PBWA 1GTEA 5G5IA 4O28A 1YDOA 2RH9A 1XBVA 3MJYA 3TNOA 2NXHA 4AVFA 1TTJA 4YL2A 1Q6QA 2QCHA 1TCDA 1HO1A 1OX4B 1OX5A 2V2CA 4PL1A 4RK8A 2NV2A 3QEZA 5D2WA 1OABA 2Q3RA 2OJPA 4LY8A 4LVDA 3QW3A 3UXAA 1DV7A 2C6QA 3IGXA 3PG9A 5TBOA 5L9FA 1K03A 2A7NA 1JCNA 3W1AA 3THQA 1GWJA 3CU2A 2RDTA 3TV8A 2DZSA 3BK0A 2AQWA 2YCEA 1F03A 2QCEA 3ZR4A 1W5QA 3FYPA 2ZA2A 4DO4A 4QJ1A 3GLCA 3NGJA 1EP3A 2ZDRA 3P67A 5F2LA 5CSSA 3DKLA 1T0GA 1TSIA 1OHLA 4HPJA 1G6CA 5AC7A 3WK3A 1H60A 2ISVA 4H3DA 4LOCA 2DU2A 1HG3A 3SZ8A 3O6CA 1G7UA 3U6WA 3T4CA 4A2RA 2TRSA 1ZAJA 3L5AA 4MZ1A 5I3JA 4IXHA 4OV9A 1IXOA 3O16A 1IB7A 3W83A 3Q94A 5L6UA 2ZA1A 3U2OA 5AHIA 4QNEA 4LC6A 1OVDA 2B7QA 1W31A 5AC6A 2X1SA 4QSHA 3HJZA 1SPQA 3GXPA 5AB3A 1X1OA 4LUJA 3M5XA 1F6KA 3PUDA 4YWIA 3A22A 5HUPA 4RKAA 1CXYA 2EPHA 3KS0A 4ADUA 2ATSA 4M6VA 2A2IA 4IMEA 3AO0A 3L66A 4N9BA 4UNKA 2X1UA 1IXPA 4JIPA 3W7JA 3B0PA 4RZ5A 1FXPA 5EYWA 3UWUA 4EF8A 4Q33A 5D32A 4AWSA 3UWZA 2VEPA 1JVNA 1JQXA 3FJLA 3NPXA 1L9WA 5AHLA 4N9DA 5G2HA 2ZFAA 3NL2A 2VFHA 3NZ1A 1QR7A 5KMYA 2QCDB 3EX6A 4AHOA 3LCIA 3GNDA 4TMCA 4RV8A 2J9XA 3JRKA 1XI3A 3KAOA 4JIQA 3QMTA 3GDRA 4TR9A 5CKSA 4AAJA 3DI1A 2WSQA 1TV8A 1O5KA 3IGSA 4LVFA 4RXFA 1J2WA 2C16A 2Z0IA 2ZTJA 2BXVA 4YCOA 3LI0A 1P0NA 3UPWA 1R2RA 3BVJA 1ME9A 3OVQA 1VC4A 1Q45A 3QPZA 2E68A 4A2SA 4C1KA 2ZCGA 3P61A 3STEA 4FX8A 1KV8A 4WUIA 2PC4A 3MBDA 1LZOA 1OFAA 1A5CA 4JDYA 4QQ3A 5D03A 5DY2A 1Z41A 4JGDA 3W2JA 4ZQMA 3G22A 1ADOA 3NM3A 1RD5A 3VFLA 2WJZA 1DORA 4B8NA 1DQXA 3EWBX 5C55A 5HR6A 3W6YA 1W0MA 3HG2A 4NQ1A 5CPOA 1XFBA 3O8AA 1RVGA 3O63A 2A6NA 4DPPA 1K02A 1TTIA 3LDVA 3W7NA 1G7VA 5G1TA 1DVJA 5DBTA 3QC3A 1QNVA 3LCLA 4IMCA 4NXSA 4YCPA 3LRKA 3TJLA 1LOSA 2AAMA 3W84A 1EIXA 2Y62A 1VHNA 4KWWA 3LCFA 4NNAA 2FTPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5HUL A;  2GZX A;  1JDF A;  3SUU A;  3WUE A;  1JPI A;  4Q8V A;  4I9T A;  4CCC A;  1GVI A;  2CNC A;  1P43 A;  3PBU A;  2JKP A;  1H7X A;  4B3Z A;  2BGN E;  1YDV A;  6ENL A;  1OZM A;  4AIS A;  2XN0 A;  4GUI A;  3W74 A;  3S1W A;  3I7R A;  5U4N A;  4ZFC A;  3TYE A;  1RCX B;  3L4X A;  1LBM A;  4GJJ A;  2BMB A;  4YYC A;  2WV8 A;  9XIM A;  2INZ A;  3LB0 A;  3A5F A;  5D8Z A;  2FTY A;  1H7P A;  4QS5 A;  1L6F A;  3G18 A;  4F8X A;  4K1G A;  1ESW A;  5DN1 A;  5A6T C;  3AIU A;  1I8C A;  2A85 A;  5DAN A;  3X35 A;  4B2D A;  5HPO A;  4WEV X;  2PU1 A;  3W01 A;  1XLB A;  3X34 A;  3H2A A;  4YS1 A;  2QHA A;  1G4S A;  1P1M A;  3LF5 A;  4A3R A;  1W9P A;  3USZ A;  1Y7V A;  1OGG A;  3LG3 A;  4A35 A;  3U3H A;  4JTG A;  4DEF A;  2BAS A;  2P5N A;  3W1R A;  1B54 A;  3LM7 A;  3AWN A;  1EJV C;  3P82 A;  4G7E A;  4MAV A;  4DB7 A;  1VBR A;  1M65 A;  1Y0E A;  2HZG A;  4MOZ A;  4PFH A;  4OIF A;  2OO0 A;  2YLL A;  3PNZ A;  4WXZ A;  3VU2 A;  4LF1 A;  4MJM A;  1IT0 A;  4ZO9 A;  1G67 A;  3T2P A;  2EXO A;  3IIV A;  5CJN A;  4Q8O A;  3QR0 A;  3XIM A;  4BEQ A;  1UH2 A;  5DRI A;  4HSN A;  3QV9 A;  1A4M A;  2VEG A;  1G4E A;  1A5O C; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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