2YYUA

Crystal structure of uncharacterized conserved protein from geobacillus kaustophilus
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
232
structure length
225
Chain Sequence
TPFIVALDFPSKQEVERFLRPFAGTPLFVKVGMELYYQEGPAIVAFLKEQGHAVFLDLKLHDIPNTVKQAMKGLARVGADLVNVHAAGGRRMMEAAIEGLDAGTPSGRMRPRCIAVTQLTSTDERMLHEELWISRPLVETVAHYAALAKESGLDGVVCSANEAAFIKERCGASFLAVTPGIRFADRVVTPRKARALGSDYIVIGRSLTRAADPLRTYARLQHEWN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of uncharacterized conserved protein from Geobacillus kaustophilus
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Geobacillus kaustophilus
total genus 74
structure length 225
sequence length 232
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2007-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yyuA00
2OMAA 2ATMA 3G1VA 3Q58A 4WX2A 3VNDA 2H8XA 2F7FA 3W2JA 5D38A 4P2VA 3O05A 1BWLA 3QH2A 3ANYA 4MFEA 1QPRA 4BFAA 1D9EA 1QO5A 1VGAA 5BMWA 3M43A 2YYUA 5BRBA 1UBSA 1NAL1 4EIVA 4JIQA 2TMDA 3CT7A 1H7NA 4J9JA 3W7GA 5LHEA 2WPBA 4FX6M 2BSLA 5D04C 1JRCA 3O16A 3QJAA 4QQ3A 3HG5A 3NNTA 3C2FA 3TU9A 3SR7A 3LBCA 1ZALA 4ONVA 5I3GA 5C6MA 5EKYA 3I7QA 2GOUA 1R2TA 2NLIA 2OZ0A 1MO0A 3T55A 1KA9F 4M6QA 3IGXA 3C2RA 3CIXA 2CFFA 1K7EA 1OK6A 1WX0A 2ZZ7A 2VC6A 1TPFA 1OF6A 4LS0A 3UY7A 1FQ0A 3O1NA 4TMBA 2NXIA 1YLVA 2V2DA 1B3OA 4AHQA 1QMLA 3KFTA 1XDMA 5C54A 4AWSA 4MJZA 1B4EA 4K37A 4NJHA 1Q6LA 4JTKA 4JX4A 4LY8A 4LVGA 5F4XA 2DZTA 2ZZ5A 4XQ6A 5KTLA 1SZFA 4K39A 4U4MA 3Q94A 3EWYA 1FDYA 2JKEA 3UQNA 3R89A 1QFEA 3HF3A 3GAKA 1F76A 4NJKA 1KM2A 1TV8A 1R47A 3MP3A 5LGXA 4RR4A 2E77A 2NX1A 1ADOA 2C6QA 3EB2A 5G4WA 1GZGA 2EKCA 3G1DA 1W37A 2CWNA 1OJXA 4O13A 2CLMA 4I7WA 3TH6A 2YDAA 3OVRA 1C9DA 3IIVA 4BK9A 4K6AA 4IPJA 3W2KA 3W2MA 3W7EA 4XKYB 4GUGA 3GXNA 4FNPA 4WY0B 3VE9A 1SO5A 5KZDA 3MHFA 3TQKA 3QSRA 3GK0A 3W2NA 2CZFA 1VYRA 4ML9A 1JJKA 5LNVA 4N2YA 2TYSA 2LLEA 2ZBTA 4JTUA 1H51A 4UTTC 3HOJA 3PUEA 1Q45A 4CCDA 5D2YA 1XDLA 2XFWA 1X8FA 3ATYA 3A21A 1S3HA 4CNPA 3A22A 3EX3A 3M0ZA 3LTSA 3WFAA 4DXVA 5IM51 3NPVA 1KW1A 3LHZA 1I2NA 3EWUA 4GNJA 3M5YA 4MLJA 5TQLA 2OX1A 4PA8A 4N9BA 1I45A 4I7VA 4Q4KA 3QMSA 2NXGA 5D05A 1K3UA 4IJBA 5EYWA 5EA9A 2I1OA 3OG3A 5DLCA 3W7MA 4JTGA 3G0UA 1SZGA 1KTCA 4FEZA 3SI9A 3MW7A 1AMKA 3LLDA 1FY6A 5D09A 4TX9A 1Z44A 3G3DA 3HGRA 2Z2UA 1VLWA 2YFNA 3W72A 4ZQPA 3DFOA 3M5XA 4E2DA 4MY9A 5K7JA 3KAOA 3SFKA 4O50A 3CHVA 1OABA 4IXHA 1VCVA 3U8GA 4YL2A 4ALDA 3PSWA 1SW0A 1KFLA 3OIXA 3SECA 4XTDA 3RF9A 3W7RA 1PL9A 3QSTA 5E0KA 3DKLA 1YTKA 3RNDA 1F2JA 4D2JA 2A6LA 1I2PA 2FFCA 1U5JA 4FX8A 4CCCA 2X1SA 3T40A 5BOOA 2QCDB 1PE1A 2F84A 3FFSA 2BX7A 4ZL1A 4UR7A 1Q6OA 3W7KA 4MKNA 5K4ZA 3ZWSA 3THAA 4FIRA 3FOKA 4UCGA 2DP3A 4XTIA 4EVZA 1M5WA 2R14A 1EUNA 4K7YA 1F05A 3C2VA 1S5WA 2VFIA 3B0PA 1WDWA 1LM1A 1W5MA 4A21A 1YDOA 4KWWA 1OFPA 3V1PA 2CLEA 2QUUA 1VH7A 1W5QA 1OG0A 2AGKA 1SW7A 4NX0A 5CPMA 1PCWA 2VEKA 2WSYA 1DL3A 1FDZA 1EUAA 3NL5A 4BR1A 3NA8A 3W7PA 1H62A 1MEIA 4EWND 4FNQA 4UTHA 1EX5A 3M41A 4LU0A 4AF0A 2V5BA 2GVJA 3MI2A 5CSRA 5SWUA 2VXNA 2PCQA 3DAQA 4XBKA 1GYLA 3STCA 4FB7A 4JX5A 3KVJA 3UXAA 1VLIA 1F74A 1NFBA 2Y7EA 3LHWA 2GJLA 3GNDA 1AW1A 4UNLA 5TIMA 4JS3A 1W54A 3L5AA 2EGZA 3F4NA 4UFMA 4Y96A 1JUEA 1YPIA 3N2XA 2VELA 2PE4A 3LGEA 3W7CA 3TSBA 3P60A 3WJXA 4LVBA 3MWAA 1G69A 3ELFA 3M6YA 3UWYA 1GQNA 3F03K 3UPWA 3NEVA 1L9WA 4RCXA 2D73A 3HIJA 3MBFA 4GE8A 3PG8A 2B7NA 1YTDA 4MUZA 2TPSA 1TPEA 1G4EA 1H7OA 2X16A 4PEKA 4EF8A 4IWWA 3GKFA 3JR2A 3WJSA 4L4MA 2YFOA 2ATSA 1ALDA 3SGZA 1TPC1 3LI0A 2FJKA 3TXZA 3HGJA 3HPXA 3TFXA 1TPH1 1SFJA 5A8GA 3S5OA 5F4SA 3VI2A 1OK4A 1TTQA 1DQXA 5AC8A 3FYOA 3TDFA 5TBOA 3W1LA 1KFCA 3MBDA 2BZNA 1G7VA 2ZRUA 3W1QA 4GRSA 2H8ZA 1LRQA 3CQ0A 3T78A 3QW3A 5K3VA 4WD0A 1VYSX 3NQ7A 2AAMA 4AVFA 3Q2DA 1FWWA 4AMAA 5U7SA 3W07A 1NF0A 1HL2A 4HNTA 1VC4A 1W5NA 5FF0A 3OHIA 4A2SA 2QJGA 4TMCA 3CIWA 4FXSA 2BLEA 3M44A 4JNMA 3TX9A 3DFSA 3LHUA 3S8HA 5LHFA 4XUGA 5HULA 3S6DA 4UIOA 2QDGA 1KLZA 1TPVA 3W87A 5EBUA 4DF2A 4BI6A 3A5FA 2QCEA 2JKPA 1TREA 3P61A 3UWQA 2NWSA 3R2GA 5LZLA 3TW6A 2Y7GA 2Y88A 4W9TA 3UD6A 3PC0A 3W1AA 1GG1A 4YLWA 3QZEA 5HINA 3RFAA 3AO0A 3A9IA 4JYDA 2H3BA 4UFHA 3R8RA 3W7HA 3DFNA 4S1FA 2YW4A 3A24A 3FEMA 3UWUA 1GVRA 1T96A 2BWGA 5LNRA 2YCEA 3O6DA 3KVLA 3P80A 3W1NA 4GUJA 5FEWA 3S42A 4OU1A 3G0SA 3QW4B 2QAFA 3QMTA 2DZVA 1TV5A 3PAJA 1G67A 3LHTA 1L2UA 3KHJA 4KFOA 4MY8A 2RFGA 1XBYA 4UR8A 4O1BA 1QOPA 3CM4A 3G3MA 5EY5A 1XFBA 2A1YA 3BV4A 1K8XA 4UTTA 4GWEA 4UUIA 1YDVA 4JTFA 3GYEA 2Y63A 3EX6A 2EAWA 1HUVA 3FS2A 2JGQA 1OFDA 1IGSA 3MI3A 1B9BA 1O5XA 2CW6A 1WBJA 1KTBA 4Q33A 2AQWA 4CQ8A 3EXTA 1OFEA 3MJYA 4N6FA 1LTDA 3C3NA 5CPLA 5I3FA 2C14A 1GVFA 3PUOA 5HMSA 2FB2A 4N4QA 3TCEA 4L4LA 3M5ZA 1QNVA 3TKFA 3SIZA 1BKSA 3FJLA 4UMBA 4QNEA 1D3HA 1TYGA 1S5TA 1T99A 5AHIA 3LHYA 4O28A 3B8DA 3DBPA 1IF2A 2YR1A 3FLUA 3MMTA 3A23A 1J5TA 2NV2A 1W3TA 3HG3A 4M6VA 1F5ZA 3TC6A 1M7PA 1JCLA 4O0KA 2A6NA 2O7SA 2RDWA 1EB3A 3NQEA 3KRZA 3NZ1A 3LX9A 4WY0F 2OCZA 3BO9A 1R46A 1TTJA 5IBXC 1JQXA 1VQTA 5AYZA 4POCA 1BTMA 1HO4A 1TJRA 3ABOA 4LUJA 3D0CA 2PRLA 3P8IA 2Y62A 5C5YA 4FNRA 4LRSA 4NJJA 2B4GA 2NX3A 1HG3A 1D3GA 4EF9A 4JIPA 3IGSA 4AB4A 1TMHA 3PF3A 3C8FA 1XBZA 5CSSA 3RU6A 3WK0A 1N55A 3LERA 3MO7A 3LV6A 4JEQA 4JTEA 5FF3A 2YGYA 2R8WA 4IGHA 1MEWA 4RLIA 5LNSA 3I68A 3JS3A 5F4WA 2CZ5A 1YXYA 3NPUA 5FEPA 4N9CA 2JK2A 1WXJA 2RDTA 1H63A 1XBXA 3OBKA 4XZ9A 3DHFA 2VEMA 1RR2A 3NVTA 3HMJG 1SSGA 3BARA 3NQVA 4O15A 4ADSA 4E2BA 1QWGA 1UCWA 3I6RA 5GVJA 4UTUA 3VCRA 1FWSA 3CEPA 1GVOA 3WJYA 3MI6A 5D2TA 3VFLA 1EIXA 3TUUA 4IMGA 4NU7A 3G1AA 4LC6A 4O1DA 1YXDA 3O6CA 3QRHA 3BG3A 2ZRZA 4NNCA 3W7DA 2CLIA 4LRTA 4LTSA 4GC4A 2HMCA 3QC3A 4A2RA 4WOZA 5D02A 3G0XA 4DBDA 1LDCA 4CQ9A 1SPQA 5KINA 3TFCA 3GDMA 2Z0IA 1Z41A 2CZDA 3L0GA 2Y85A 3NQ6A 1AK5A 3PSVA 3N14A 1QDSA 1BWKA 4LOCA 4Y8FA 4UTWC 3OVQA 4IXXA 1Q6RA 3W7IA 1DVJA 2RDUA 4BWLA 3HPSA 3EX4A 4FNTA 3W70A 2CLLA 1Y0EA 4FIQA 3LRKA 2QCMA 1PHWA 2V5LA 4XBSA 5F2IA 5I3KA 1OF8A 4M19A 5DY3A 3C61A 3P81A 4PFMA 2QCHA 2FB3A 2QCFA 1LBFA 5U4NA 5F2MA 3USBA 1C29A 1O4UA 5HUOA 4ZQOA 5DBUA 4ADUA 4HT3A 4CLMA 1TRDA 1H61A 4CQAA 3LXAA 4HPJA 2W6RA 1PIIA 2RHGA 1KM1A 4QIUA 4N02A 1LOQA 5D03A 1KBJA 1ICPA 3FKKA 2GQ8A 3ZWTA 3W7OA 3HBLA 1TPDA 1Q6QA 3GB6A 1G4TA 3MUXA 4P61A 3O63A 1HO1A 3IVUA 5K9DA 5FEXA 1GOXA 4DF0A 3LHVA 3TJLA 3DHDA 2J24A 4JGDA 2VFEA 3M9YA 3DZ1A 3W7QA 3SW6A 4C1LA 5BNKA 3T4CA 3GZ3A 1VRDA 2KZHA 3S5ZA 1GEQA 3W71A 1UUOA 4N4PA 4JXCA 3DFPA 3SGUA 1B4KA 4UMAA 3DU0A 4QISA 3M5VA 3TJXA 5C2XA 5L6UA 2X1UA 3IVTA 3FJ6A 3B0VC 3P8JA 3LCFA 1XCFA 4CNOA 3L66A 2TRSA 1KM5A 3IVSA 3N34A 3QM3A 2VEIA 1TCDA 5F1VA 3GKAA 3G8EA 2C3ZA 1G4SA 2XN2A 1KFEA 2CLHA 1OYCA 2ZFAA 2J88A 3O8AA 4U28A 1AW2A 3B4UA 4LS2A 3C52A 4GBUA 3PY2A 1H5YA 2HTMA 3LM7A 4RJEA 1E51A 1PS9A 3SJ3A 3GR7A 2J9YA 3RLUA 3STGA 1JUBA 2Q3OA 3PULA 1QPOA 3ATZA 3WK1A 3W2UA 2B7PA 1SZEA 2JGYA 4I9AA 4JY8A 1DJNA 2QKFA 4Z1BA 3UXDA 4LVAA 1FWNA 1IXNA 2NV1A 3PR2A 2ZZ2A 4Y9AA 5DXXA 1OFBA 4AEOA 2FQIA 1LRTA 4A22A 4AH7A 2Y7DA 3EXSA 3T7VA 4G1KA 2NUXA 2WV8A 1TPWA 3S5YA 2XN0A 2C19A 3N9SA 4QJ1A 1XI3A 5K2ZA 3BVJA 4HPXA 5MHBA 4UFJA 3HGSA 3H55A 4WQ6A 1AL8A 4R7JA 1SR9A 1M7OA 4DO4A 3TK7A 3W7LA 1KFKA 5T26A 1H7XA 1P0KA 2PRHA 5HR7A 4RK8A 1WOAA 3GLCA 1K8ZA 3HO8A 2QR6A 2Y70A 2ZA2A 3QEZA 3LXCA 1W56A 2X30A 1DOSA 1WQ5A 2WOQA 4N9DA 2WNQA 4NNBA 4O12A 5IBXA 2E6FA 2DJLA 4IPIA 3IIXA 1LYXA 1OHLA 2WNNA 3STEA 3TROA 3W75A 1LOLA 4HN4A 3GXTA 1FCBA 3W85A 1GWJA 1XBVA 3MHGA 4HNVA 3ABQA 3PG9A 3S0CA 1JUKA 3LTYA 1JCXA 1FCUA 1KLYA 3ZR4A 4PL1A 1M6JA 3R5EA 2I14A 4IUOA 5LGZA 3C2EA 3H54A 5FESA 3M47A 3IIZA 2WSQA 4KFPA 4MYAA 4NXKA 3MHUA 2P10A 3W1XA 4M7SA 2VEPA 1DJQA 2G5WA 2V2HA 3W23A 2OJPA 4B5NA 4TR9A 1W5PA 3NQMA 4BWLC 1TB3A 1F7BA 4Z08A 5KZMA 2C0AA 1SFLA 1CI1A 1JCNA 4O10A 3P74A 1SUXA 4NXSA 5AC7A 4LNYA 2QJIA 2DZUA 1OFRA 1R2RA 1VZWA 4DQWA 1XUUA 1G7UA 4DO6A 3KRSA 3TSDA 3W6YA 1FBAA 1H1YA 3MP5A 3HPZA 3P5YA 2C16A 4HHPA 3UZJA 1TV7A 2ABBA 3KOFA 3W88A 1ZFJA 1OX5A 1KTNA 5G4EA 3N9RA 3O15A 4NZFA 1W0MA 3E12A 2YX0A 3W83A 1QR7A 3M1ZA 3RK8A 3CPRA 1JR1A 4RXFA 1EP1A 1GPWA 1KFJA 1KBIA 3P84A 2QJHA 3TMQA 1VHNA 3W1UA 3E02A 4O54A 3SZ8A 4JTIA 3ZFHA 3NQGA 1H1ZA 4XKYA 4LVDA 3NQCA 5I3HA 3LXBA 3EX2A 4WY0A 4MZ8A 1RVGA 4UTWA 5AFDA 2ZTKA 8TIMA 4JDBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HT6 A;  3SUW A;  5M3W A;  2GGG A;  4JII X;  4WX2 A;  3VND A;  4QJ3 B;  2F7F A;  2DSZ A;  1J0I A;  2AMX A;  3LUT A;  5EMM A;  5D38 A;  4C91 A;  4HPN A;  3GYC A;  3VU2 A;  1C90 A;  3ANY A;  4A8N A;  4W7V A;  1QO5 A;  3VIF A;  5BMW A;  3M43 A;  4Z2K A;  4J28 A;  1UBS A;  3M0M A;  4JIQ A;  3W7G A;  3AHT A;  4Q7B A;  4XZH A;  5D04 C;  2HBV A;  3QGA C;  3O16 A;  3QJA A;  4QQ3 A;  3NNT A;  3ES7 A;  4GZE A;  4L61 A;  5A6L A;  1EXB A;  1ZAL A;  4ONV A;  1UWT A;  3MJM A;  2VGI A;  5EKY A;  3I7Q A;  3RAO A;  3T55 A;  2OZ0 A;  1MO0 A;  1KA9 F;  4XZW A;  4CD7 A;  4CCZ A;  3RM8 A;  2ZZ7 A;  1DXF A;  2VC6 A;  3C8N A;  1VEM A;  1E55 A;  2NXI A;  1YLV A;  1QML A;  3KFT A;  4DO7 A;  1XDM A;  2ESC A;  2G37 A;  4NJH A;  3OGS A;  1Q6L A;  3AXX A;  4L9X A;  4JX4 A;  4LVG A;  5F4X A;  4OOZ A;  2PWH A;  2DZT A;  3U0H A;  4XQ6 A;  1QHO A;  1UR9 A;  1SZF A;  4B5S A;  4X61 A;  1OT1 A;  2JKE A;  5CPQ A;  3CH0 A;  5CC7 A;  4DZH A;  3MP3 A;  3OG2 A;  1E6N A;  3LPP A;  4E8C A;  2NX1 A;  3EB2 A;  5C0Q A;  2PPG A;  2EKC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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