3DFN | Genus

Total Genus 142

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	142
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAANESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Oryctolagus cuniculus
publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
total genus	142
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dfnA00

2V8ZA 4MVAA 2NUXA 4ADTA 2Q8ZA 1SPQA 4HPXA 3O63A 5DY3A 3TCEA 2ZZ3A 1TCDA 3B0PA 3LLFA 3DGRA 1SW3A 4UIOA 2QUTA 4E0CA 4FXRA 2Y70A 4PH6A 2FJKA 3BGGA 1LDCA 1Q3NA 1KFKA 4N2YA 1XM3A 3W70A 3BARA 2BXVA 4CNPA 3BLIA 2W79A 1AMKA 4N9CA 2PE4A 2C16A 1QO2A 3TK7A 1NAL1 1NVMA 4JD4A 3ELFA 1I2RA 3LOTA 4YWIA 1K8XA 4LS2A 1W1ZA 2QCNA 4HHPA 4GUIA 4EIVA 4WX2A 3ATYA 3UWQA 3EX6A 2CLFA 1KV5A 4LWWA 5DY2A 1LROA 3HGSA 2J9XA 4UTIA 5DBUA 1GG1A 1I2OA 4JX4A 1GTEA 1XUZA 4HT3A 3NPUA 1TPWA 4JTHA 4JGDA 4NXKA 3S1XA 4MJMA 2C6QA 1BWLA 5AYZA 3DFOA 4PTNA 5AHEA 2HSAA 3O07A 3BGJA 1RR2A 2FLIA 3MP5A 2C15A 1K3UA 2PCQA 3LCXA 4O8RA 4KFPA 4M6QA 3EWUA 1ZJIA 3IGSA 1SZNA 1XXXA 4N9EA 2QCDB 3NQ6A 5J5RA 4POCA 3TFCA 5G2WA 3P74A 2H3BA 2NLIA 1KLZA 3JR2A 4IX2A 3QZEA 4AEOA 3LX9A 3VE9A 3NR0A 4G1KA 4FNQA 4JTIA 1EWDA 2VEIA 4M19A 4O19A 2Y63A 3M6YA 4O18A 2Y7GA 4FNUA 4NNCA 1QAPA 3S1WA 1H5YA 1E51A 4GWEA 1LYXA 4AXKA 3W2UA 3MBDA 4WUIA 4ORMA 4XUGA 1X6UA 3GDMA 3W76A 3W75A 1OFDA 1I8JA 2EAWA 1DQWA 5L9FA 1ZAHA 2Q3OA 3INPA 3FYPA 5K7JA 3DI0A 3LXAA 3EX1A 4QSHA 3VE7A 2EF9A 1TSIA 2PRHA 3GDLA 4Q32A 2VFEA 2V2HA 1PCKA 2FFCA 5CG7A 4IXXA 3QPYA 3M47A 1AW1A 1H7NA 4IUOA 5G1TA 4FIRA 3S5OA 5AYXA 4RZ5A 2WNZA 1VHNA 3DHDA 1LORA 3TMLA 2XN2A 3STEA 1A5BA 3Q58A 3C8FA 4L4LA 5HWNA 2VFFA 1ME7A 3MW7A 1EWEA 2NV1A 1MEWA 3GAYA 1TO3A 1XKYA 1OFQA 1RZMA 1H7XA 3TAOA 4TX9A 3PBYA 3W7HA 3A22A 3F4WA 2J9YA 4N4QA 5KTLA 1AL7A 3NQDA 4JXCA 3UWYA 2E77A 3EEGA 2ZBTA 3UZ5A 3WJZA 1SO5A 3GKFA 5AYYA 2CW6A 3DFPA 4UFKA 3IRDA 3TQ0A 4HNVA 3O06A 3G8EA 4S2CA 2CLKA 3I7SA 4FNRA 2QCDA 4DO6A 3LRMA 3PSWA 2BX7A 5LGZA 3IGXA 4IPIA 2RKXA 5D09A 1LRQA 1RD5A 3NPWA 1MXSA 4PEKA 4XQ6A 4YMZA 1DOSA 5T26A 4UTKA 2E6DA 3LCWA 2RDWA 1NF7A 1WX0A 5DN1A 3LCIA 4HSNA 1WBHA 1JCNA 1OFOA 3I7RA 3FOKA 3N2MA 4RXFA 3MHUA 4GJ1A 1JCXA 5AOUA 3BG5A 4CQ8A 2DZXA 1I45A 1MEIA 3W07A 3W7DA 3LXCA 4UUIA 4JX6A 1W5QA 4A2SA 3FYOA 4UNLA 5D2YA 1VGAA 1ZFJA 4Z1CA 4KWVA 2X1SA 2BWGA 3DKLA 5FI8A 5KSWA 1M6JA 1U83A 4R34A 3HF3A 2C0AA 5KINA 4JDBA 2ZZ4A 2Y7FA 4FIQA 2ISSA 1R2TA 2VFIA 4AH7A 3EWYA 3O6DA 1F2JA 4UMCA 5KITA 3LHYA 1FCVA 1R46A 1LBFA 4LC8A 1GYLA 2Z1BA 3W73A 1VJIA 3TUUA 3NPVA 3M41A 5LSMA 3OBKA 3W7MA 2A2IA 3CU2A 3PG8A 1WDWA 3N9RA 3KRUA 1A5CA 5K4XA 4JYEA 1P0NA 4UTHA 1X8FA 1H7WA 4UMBA 1QCWA 3L0GA 4K37A 2JGQA 2ZDRA 3IGUA 1B9BA 3MP3A 4AWSA 2NZLA 1TREA 3TKFA 3NM3A 3P80A 3TH6A 1G67A 4BI5A 1K7EA 3KHJA 2JKAA 1K8YA 1I2NA 4FX8A 4UXDA 4XKYA 3W1TA 1GTHA 3LCHA 4UTTA 2W6RA 2EPHA 3G0XA 3WK0A 4IX0A 3G0UA 2X1TA 2E5CA 4TU1A 1I2QA 3NVTA 2G96A 1PIIA 3TQKA 3EB2A 1RVGA 4RKAA 4CNOA 5IBXC 5K9CA 4TO8A 1ADOA 2NV2A 4TMBA 2GQ8A 3FKKA 2E1DA 3OG3A 1Q6QA 1CW2A 4FNSA 2QR6A 3L0NA 2E5BA 3W3OA 3W7CA 1G6CA 1T99A 1Y0EA 2A6LA 3SIZA 3W83A 5HNRA 4XTIA 1SZGA 5EY5A 3UYCA 3RMJA 3KXQA 4O1BA 4S1FA 3C56A 1JR1A 4RV8A 4YXGA 1PS9A 1VLIA 1FDZA 2XN1A 1H63A 4O0KA 4N6FA 4U28A 3KAOA 1TPH1 1XC4A 3TSDA 2WSYA 3GX9A 1QPNA 5G4WA 3W9ZA 5CKSA 4IWWA 3IIXA 2R8WA 4N02A 4X22A 1OK4A 3NZRA 3W22A 4O57A 4LUJA 4EOUA 3RFAA 2VFDA 3KRSA 1O60A 2J9ZA 3DU0A 2NX1A 4JTJA 2LLEA 2TPSA 3T40A 3LM7A 1B4EA 3P7YA 3W7OA 2VFGA 1S3HA 4O1DA 3SI9A 3M44A 1LP6A 1CX9A 5TBOA 4OQVA 3MHGA 3S6DA 3PULA 2RDTA 1VC4A 4RCXA 1W5PA 5LNRA 4DO5A 3CC1A 1SO3A 1QO5A 4DXVA 3QEZA 1TQJA 1QWGA 3W7QA 3DXIA 1OJXA 1BEUA 3TMQA 4RX0A 3TC7A 1DL3A 3DAQA 4LC6A 1W3NA 1N8FA 5F1VA 2Y7DA 4GXMA 5A5WA 3TE9A 5H91A 4FO4A 4LRSA 3TR2A 5DCEA 4IOTA 4NU7A 4E38A 2B0MA 4QQ3A 3P8IA 2ZZ1A 2YCEA 2B7OA 2VKZG 4Q4KA 4UFJA 1PHWA 3W87A 3O8AA 4K7YA 3G1DA 4JY8A 5KZEA 1TRIA 5LNSA 1TTJA 1ME8A 1HO1A 3F03K 4HPJA 1OFAA 2X2GA 3G1FA 3W2MA 2GVLA 1P4CA 3NQCA 3VKJA 1SUXA 4QJ1A 4IPJA 4ZQPA 3LGEA 3Q37A 3NDOA 2YDAA 1OK6A 1FCBA 1KFBA 4BK9A 1SU5A 4JYDA 5F1UA 2HS6A 1GEQA 1F73A 4A21A 3HGJA 3JS3A 3N19B 2ISVA 2HS8A 3W1PA 1TB3A 1VCVA 2C19A 3CTLA 3TU9A 5EMUA 3S9YA 3DKJA 1TV8A 1LLZA 3E49A 5C54A 4JNMA 1ZY9A 3EXSA 2GOUA 2QJGA 1HG3A 5F2LA 1FX6A 1VYPX 2G5WA 3W71A 2A7RA 2QCLA 2A1YA 5TQLA 2QDGA 5C5YA 2QJHA 3R8RA 3NA8A 3CWNA 2V2DA 3RLVA 2TMDA 4LVAA 1H62A 1YYAA 3O1NA 4WQ6A 1L6SA 5FEXA 1KM2A 2ABBA 3M5VA 1XUUA 1GOXA 4DQWA 4M7TA 2C1HA 3UWWA 1DBTA 3GKAA 1U5JA 4JR5A 3BW2A 4LV4A 3TA6A 3DH7A 3Q2DA 3GNDA 3VI2A 4GC4A 3B0VC 3NQAA 3ZR4A 1UB3A 4BWLA 2C13A 4ONVA 5AC8A 1TRDA 4O13A 8TIMA 4LS0A 4D2JA 3L68A 1EIXA 4LVFA 5FEZA 3B8DA 1ZNNA 3BVJA 3LV5A 3O15A 3G3DA 5G1YA 2V9DA 2ZRUA 1SZFA 2YXGA 2NXHA 5AC6A 5IM51 1P5BA 4ZQMA 3GZ3A 1LOSA 1ZCOA 3OVRA 1H7RA 3KOFA 4OV4A 5D04C 4NNBA 3GR7A 1Q6RA 3LCGA 5I3JA 4YCPA 4A2RA 1IXPA 1FXQA 4CQ9A 1ZALA 4NT0A 2Z6JA 4AAJA 4O15A 5F4XA 3W7RA 3WJXA 3YPIA 1X1ZA 1QPOA 1QMLA 3Q94A 3CEUA 3M16A 3TSBA 1DVJA 3LERA 2ZRWA 2G97A 3WJWA 1SSDA 4O4VA 3N14A 3GYEA 3SFKA 1F74A 2OJPA 5FESA 2NX9A 1O95A 2FTPA 3L5AA 4NJJA 5HULA 1MZHA 4BI6A 3ABRA 1GWJA 3NL6A 1IXNA 1R30A 1NF0A 1OX4A 4LUIA 3GAKA 1TPEA 4ICNA 2ZZ5A 3ZWTA 2NUWA 1KTBA 3BLFA 3E9AA 1T96A 1OF6A 4FHAA 2FPYA 5AC7A 3PSVA 4IQLA 3NM1A 5BOOA 1CI1A 4OHQA 3S42A 3B03A 2Z2UA 3PR2A 1ZAIA 4O54A 1YADA 5AHNA 2A5HA 4JTEA 1YPIA 1KFEA 2RH9A 2DZTA 1EB3A 2ZTJA 3PBWA 3TIMA 1KA9F 1EP2A 3RU6A 4JTLA 1LCOA 1XFBA 1LZOA 3NEVA 4H3DA 2TRSA 4IMFA 4X9SA 1EEPA 5H2ZA 2QUUA 3I65A 3LRLA 3SW6A 2H8XA 3U2OA 2GVGA 5D2XA 1FCQA 2VEPA 1THFD 1JRBA 3MYOA 1WOBA 3BV4A 2ATSA 5EA9A 3O6YX 1KTNA 2VC6A 1VR6A 4KFOA 1W8SA 1C9DA 1ML1A 4L4MA 3TDFA 2JKPA 4O50A 2PURA 1NFBA 4GUJA 4KWWA 4FF7A 3HPZA 4QNWA 1ZHAA 4OWGA 2J27A 3NL5A 5I3HA 2CWNA 1QNVA 3L67A 5SWUA 3LB0A 3NNTA 3DZ1A 3KVJA 4ZZ9A 5F2MA 4UTUA 4IMEA 3CLMA 1WYIA 2E09A 2R94A 3TXVA 3BW3A 1Q6OA 1JUEA 3W7EA 5F2GA 2ATMA 3GB6A 4E2DA 2CZDA 3GR8A 3NQ7A 3MI3A 2R14A 1OYAA 3DI1A 5D30A 4UTTC 1SW7A 4O10A 2VFHA 5D2TA 1A5AA 1YDVA 3LTSA 1GPWA 1UUOA 5F4SA 2WSRA 4PC8A 2WPBA 3USBA 3O6CA 2ZRYA 2XFWA 1W0MA 1EA0A 2OX1A 1GZGA 4AB4A 3G22A 1ALDA 3WJSA 1D3GA 2CLHA 1MO0A 1WA3A 4XKYB 3SJ3A 3LCFA 1KBJA 4UTLA 5FF2A 3AJXA 4Z1DA 5KZMA 5K4ZA 4NJIA 1M7PA 5E1QA 5LNVA 4AF0A 1TV7A 2YYUA 3HBLA 1KM6A 1C29A 3DHFA 1H60A 5LNUA 2Y7EA 3CIXA 1OFEA 4O28A 2OCZA 4AWTA 2VEKA 3N73A 1SFLA 4EF8A 3QMTA 2ZA1A 5FF3A 4UNKA 1H7PA 3LRKA 3LHUA 4LOCA 3L0KA 4RR4A 3S5YA 5FEPA 1DV7A 3W85A 1JCLA 2B7NA 2QJIA 3PF3A 3C2EA 3NG3A 1WXJA 1XBXA 3H54A 2GJNA 5I3GA 3P8JA 1FWWA 2QEZA 2H8ZA 5CSRA 1F05A 4YCOA 1XDLA 4UMAA 3OEXA 3W6YA 3L9CA 1EUNA 2BZNA 3UPWA 1WBJA 4DBEA 5DXYA 1VCFA 4HNUA 2YYTA 1V5XA 3B04A 1KW1A 1TJPA 5AN7A 3GLCA 1KM1A 3OIXA 2A4AA 4S2BA 1IIGA 3UXDA 3LTYA 2J88A 4LRTA 3P5ZA 1XDMA 3T78A 1W3TA 4JTKA 5LZLA 3BG9A 3NQ8A 5DCBA 1RV8A 3T4CA 1GT8A 3IIOA 3PBVA 4LV9A 5HR7A 1F6KA 4QITA 3BPWA 4DO4A 3SZ8A 5BMXA 4RZ4A 2Y85A 2YZRA 4OBTA 4N9DA 4O14A 5MHBA 3LHTA 4DEFA 3PAJA 5ABTA 1UBSA 2V0TA 3ZWSA 2B4GA 2YSWA 3GVGA 4LTSA 1Q45A 1MEHA 2GUUA 4QAIA 4PCFA 1EP3A 4FX6M 1H51A 2A7PA 5G4EA 3HGOA 3IVSA 5FEWA 1VYRA 3K30A 4TMCA 1K03A 3MI2A 3QMRA 1VCGA 1PL9A 2TSYA 2Y62A 1N7KA 3QM3A 3P5YA 4K6AA 3P67A 3S5ZA 3ABSA 4K38A 3GXPA 5CZTA 2YFNA 4O1CA 3HB9A 2Z6IA 5CPOA 5BNKA 1KFLA 5K3VA 4O4WA 2BLEA 5D33A 5HWMA 4WD0A 2YW3A 4PODA 4UR7A 4NX0A 2ZRVA 1GG0A 1JJKA 3SY5A 4DF2A 1FDJA 1RQHA 1S5VA 1HTIA 1FBAA 3W7IA 1TPUA 2DZSA 4AVFA 7TIMA 4R7JA 3W1MA 3UY8A 2QCFA 1BWKA 3W72A 3FJLA 1YDOA 5HQEA 4WJEA 4NZJA 4OGZA 2A6NA 1TMHA 5HR6A 3MI6A 1Z44A 4KFNA 3UY7A 3VCRA 2WNNA 3NO5A 4FB7A 4OU1A 3A23A 3B06A 4HNNA 3P60A 5C55A 2XN0A 3DFTA 1ZENA 1QR7A 3R12A 2NWRA 2YFOA 2QAPA 4JN6A 3N3MA 2I9EA 2HTMA 1YTKA 2E68A 4I7WA 5D2VA 3M5ZA 3TJLA 5EL1A 3C2VA 2DJXA 3W7JA 3EKZA 4LY8A 5HMSA 2CLIA 2ZRXA 2J6XA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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