4GC4A

Crystal structure of the mutant r160a.r203a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTAPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGASIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 85
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2012-07-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4gc4A00
4ZQPA 4I7UA 4JR5A 2GQ8A 2OMAA 2ZRVA 1LTDA 3G0UA 4XKYA 1VQTA 3BG3A 3NZ1A 3UQNA 3CU2A 3NQDA 4EOUA 1BTMA 4ORIA 3LM7A 1FCBA 3KVMA 3QC3A 3C2VA 4IMGA 1YPIA 4NZJA 2YCEA 4NT0A 1NF7A 4B5NA 3DFPA 4ZMGA 3PBVA 2H3BA 2X1RA 1GYLA 1O94A 1P1XA 3C2EA 3GB6A 2A5HA 5BNKA 3MUXA 3HGJA 2DZVA 2YPIA 2NUWA 1X8FA 1XL9A 4K8HA 4X2RA 2CLFA 5BMXA 1T0OA 4XWUA 5AHLA 3GKAA 3TNOA 3NL6A 3KRSA 3HO8A 3N19B 5D2TA 1K7EA 1F7BA 5D38A 2QCCA 4UTKA 3TROA 1BKSA 3GNDA 5LGXA 2YXGA 3HG4A 2QJHA 3VE7A 1RPXA 3LBCA 1H5YA 3F4WA 1XBZA 1DKWA 2W0UA 3C4UA 1XFBA 3L0KA 2ABAA 3S1UA 2NWRA 3G22A 4HT3A 1GEQA 5U7SA 2B7QA 2WOQA 1S5VA 4MYAA 3W1LA 1H62A 3PUOA 3QSTA 3EXSA 6ALDA 2HTMA 4AH7A 3QQ0A 1PVNA 1L6SA 1KM1A 3EWBX 3LXCA 4O0KA 4JY9A 4X9SA 3PR2A 1H1YA 3DKJA 2YR1A 2B7NA 3TSDA 2VELA 3TC7A 3B0VC 4UTTA 4HIBA 3W72A 4PL2A 3L0GA 3DKLA 4KFOA 3SI9A 2ZCGA 3SR7A 1IXQA 2ISWA 1WOAA 1H51A 2Q8LA 5AC8A 2R14A 2YW3A 1AL8A 2GJLA 3HG3A 3B04A 3TXZA 1OFRA 1ADOA 3MP5A 5FF2A 3IIOA 3OVPA 3BW2A 2GVGA 2YW4A 4ZZ9A 3C0JA 1OX5A 3HGSA 4IX2A 3T7VA 1TMHA 1SUXA 3TUUA 1W5PA 4OBTA 4O11A 1SO4A 3P74A 4LV4A 3EWZA 4GUFA 3LHUA 1LBFA 3NM3A 3IIPA 3TX9A 2PC4A 3LHWA 4RZ4A 1FDYA 4CNNA 3ZWSA 1SPQA 3S1XA 1K7XA 1VYSX 3HGRA 2V2CA 3OBKA 3WJSA 5DCEA 2VXNA 3L21A 4LTSA 4WQ6A 1W37A 1A50A 3CEUA 3F1QA 2BWGA 3QMRA 2NX3A 1K02A 1TTIA 2E5CA 3KFTA 1RD5A 2NZLA 5CPMA 1KM6A 4QM1A 2B7OA 4NX5A 4JTHA 3FOKA 3MYPA 4JX4A 1F5ZA 1FDJA 4A29A 1JQXA 4N4PA 4CNOA 2NWSA 1I2PA 3NVTA 2DJLA 3QSRA 1JUBA 4UCGA 2ZZ1A 3L68A 4A21A 3W85A 4NQ1A 2WKJA 1KM0A 3IVTA 3P60A 4O18A 2ZZ2A 4QNWA 3W2LA 4QSHA 1MEIA 3EKZA 5KINA 3NQGA 4CCEA 3GR7A 2G95A 2E6DA 4FNTA 3BLFA 1LOLA 4UFKA 2WQPA 3BO9A 1VPXA 2E77A 2V0TA 1W56A 2Z6JA 4UFIA 2ZA1A 3DFNA 3NQ2A 4JNMA 4QJ1A 1XM3A 3LTYA 4ZVJA 1LP6A 1JCJA 2HS8A 3P7YA 4NZFA 5D2YA 2ZRUA 2VFIA 3R2GA 5CPLA 1K03A 2ZTJA 5AYXA 2Z0IA 1JCNA 3W7EA 1LROA 4GJ1A 1R30A 5LHFA 3QFEA 4QAIA 4H3DA 3NNTA 2D73A 2QDGA 4MZYA 2DU2A 3MWAA 3W83A 1B3OA 4JTJA 4TX9A 1ML1A 3C2FA 3W7NA 1Z48A 3L9CA 1UUMA 3A24A 1LLZA 4FXSA 3ABSA 2I1OA 3DFQA 4BK9A 3N73A 4WY0F 1OFQA 3QM3A 5CG7A 1G7UA 1GZGA 1HO1A 4ADUA 2R91A 3GDLA 4NU7A 5CGQA 3E9AA 1BWKA 3KRUA 2C6QA 3WK3A 1FWRA 2VEMA 1QPQA 5A8GA 4IWWA 2ZA3A 3PSVA 3W2NA 3GDMA 1FWNA 1W5QA 3HPXA 4JICA 3B05A 2X1TA 3M9YA 3M5VA 3S1WA 5EKYA 4EIVA 1EPXA 4HNNA 3W75A 4DPQA 3IVUA 1YDNA 3W7QA 4DXVA 6TIMA 5F2MA 4PFMA 4O1DA 3FA5A 2G5WA 4Z1DA 4E38A 4ZQMA 2FDSA 4ZQRA 4HSNA 1KFEA 3NR0A 1H61A 1KTCA 1XXXA 2GVJA 3KXQA 5AYYA 4QNEA 3W74A 4FNSA 1AW5A 4FX8A 1BEUA 1DJNA 4ZQNA 5D32A 3IV3A 1F6KA 3GXPA 3MMTA 1VYPX 1WA3A 1P0NA 5LGZA 1DOSA 1QFEA 2Y6ZA 1J5TA 3FLUA 1VCGA 2QDHA 1DL3A 4O4VA 2J88A 2BXVA 4O53A 1VS1A 4TR9A 4GRSA 3STEA 1T99A 3M43A 4AXKA 3TJLA 1LOSA 2EKCA 1C8VA 2GOUA 4IGHA 3PVFA 4O0ZA 3OIXA 5A5WA 4HKPA 1GWJA 3MJYA 3W2KA 2H90A 5CKSA 3TFCA 1L6WA 3G3MA 3EWYA 5F2IA 3O1NA 4XUGA 4FHAA 3LXAA 3N2XA 4Z0JA 1H7XA 2WO5A 1VLIA 3C6CA 1GT8A 4IOTA 4GUHA 4AB4A 4KWWA 1W1ZA 3INPA 3L67A 3QPZA 4LS1A 1U83A 1VC4A 2C15A 5FF4A 3LTPA 4NJJA 1EP1A 3E49A 3ZR4A 1LCOA 2P10A 5SWUA 1OX4A 3FS2A 1W54A 3WJWA 4Y90A 1S5TA 3T44A 1Q3NA 5D2WA 1QOPA 4LRTA 4RZ6A 3M1ZA 4LW7A 1OABA 5F2GA 1DQXA 1QOQA 3EXTA 1EWDA 1AL7A 1DORA 4TIMA 3G1YA 1A5SA 3IIVA 3NQCA 3QYQA 3RF9A 4TMBA 1D3HA 4W9TA 3B8DA 3BG5A 3DHDA 1TIMA 3L5AA 1QPOA 3R13A 1FUYA 3BARA 4LVGA 3SGZA 3F03K 3NXFA 5D09A 3LRKA 1BWLA 3CTLA 1I2OA 2HS6A 1XC4A 5KITA 4MOZA 1UASA 5GVJA 3GIYA 3GK0A 4UFMA 5CSSA 2H3DA 3DU0A 3EX4A 3O07A 1SQ7A 1RQHA 3PWAA 3UZJA 3BVJA 3HG2A 1YYAA 2C3ZA 3SW6A 4LUJA 4WXZA 3PG8A 1SZFA 2OT0A 1JRCA 1L6YA 2ZQ0A 3ATYA 3DFSA 4JIPA 1SSDA 3NGJA 1VCVA 1K8ZA 5FI8A 5F4SA 1FXQA 1XDLA 2H8XA 3PB0A 4EVZA 4D2JA 5IM51 5FEWA 1MXSA 2C19A 3TV8A 3UWWA 4FNUA 1QPRA 2C18A 1TRDA 3VFLA 4Z1BA 3RNDA 4L4MA 3V1PA 3LRLA 4WY0B 5D02A 3M5XA 1CI1A 3L5MA 1YDOA 4U4MA 3KVKA 2A4AA 2CLHA 1X1ZA 4K39A 3QH2A 2A7NA 2QAFA 1DJQA 1M6JA 1JCXA 4E2BA 4N2YA 2A6LA 3TH6A 2CW6A 2ZYFA 3NPWA 2WV8A 3TXVA 1W5OA 1NVMA 1LDCA 3LHZA 1IIHA 1V5XA 4LS2A 5LNWA 5D33A 2HSAA 2YZRA 1ICSA 3UYCA 4NX0A 1X7FA 4O10A 1TPFA 4CCDA 2OT1A 3O05A 5DELA 3DI0A 4UTIA 3W7OA 1A5AA 1N55A 4OQVA 3LHVA 1JQVA 1H7RA 3E02A 4PEKA 1NAL1 1H7PA 3M0ZA 5G5IA 1SZGA 2B0MA 1FCQA 4JTIA 2DZWA 1RQEA 1TPB1 2BTMA 4LVDA 2E5BA 2TRSA 4UIOA 3OVRA 3P67A 4IPIA 5BW6A 4O8RA 4JIQA 4N02A 4N6FA 4C1LA 3TCEA 1EA0A 3SZ8A 4AF0A 2AQWA 4JX6A 2ZRZA 4UMCA 4BF9A 4O14A 2C14A 4MY9A 4O54A 1DVJA 4NNCA 3W2JA 4PTNA 1B57A 3P80A 5HUOA 4PL1A 1XBYA 4M7TA 3TFXA 1H1ZA 1H7NA 1F6PA 1U5JA 5F4WA 3UD6A 4Z1CA 3VE9A 2ZZ4A 1I8JA 3P81A 5AN7A 4XBSA 2EF9A 1NSJA 2YX0A 3G1VA 3DI1A 5G1TA 5C6MA 4R7JA 3CEPA 2I9EA 3ZS4A 1YADA 1P0KA 1HUVA 4N9DA 4YCOA 4ORMA 3S5ZA 1OF8A 4GUGA 1JR1A 4KKXA 3O6DA 1HO4A 4OWGA 4O28A 2GVLA 2TYSA 3C8FA 3R12A 1PE1A 2EGZA 1F2JA 1QWGA 4FIQA 2DORA 3C3NA 3W86A 1VZWA 5HWJA 2NXIA 3I6RA 3PULA 4UC5A 1TPVA 2V8ZA 3T55A 3GVGA 4JDYA 3M16A 5DBTA 1EUAA 3WJZA 5EBUA 2J24A 4G1KA 1I2NA 1NEYA 1ICPA 3Q2DA 3UXAA 1EP3A 3STCA 1J2WA 3O06A 5HQEA 3W7JA 3USBA 4DBDA 1XBXA 7TIMA 3W07A 3MHFA 5G2IA 1VJIA 2A6NA 4IX0A 4M19A 3MP4A 3QF0A 3WJXA 3LOTA 4YMZA 4PCFA 3P84A 2PRMA 4ZL1A 2CWNA 4KWVA 4UTTC 4YXGA 1W31A 1K7FA 3T4CA 3VI2A 4BFAA 4MUZA 1KM2A 2P0OA 2OCZA 4FNPA 3PS7A 2ATMA 3WJYA 3EXRA 3G0SA 1UUOA 2ATSA 2DZPA 4XQ6A 2FB3A 3OHIA 1W3NA 2VC6A 1YLVA 1IGSA 1F05A 2NUYA 5CZ0A 3BW4A 5D30A 1I2QA 4O16A 5T26A 5D03A 3W7RA 2VFGA 3IGUA 4MVAA 4UUIA 3G1SA 3S5OA 2VKZG 3EX6A 4GC4A 4MFDA 5U4NA 1QMLA 4AMAA 1GVQA 3VKJA 2OZ0A 3NYZA 2A21A 1TPH1 4CNPA 4NXSA 3R5EA 2VENA 1PHQA 4K37A 5AFDA 2NLIA 3Q94A 3O16A 2V9DA 3G1HA 1K8XA 1OVDA 1W3TA 3MI2A 1KBIA 4DBEA 2W6RA 4RKAA 3HF3A 2CLLA 2B4GA 3KVLA 3GX9A 2A85A 1C29A 1YPFA 1M7PA 3ABOA 2YYUA 2ABBA 2I14A 5CZTA 4GFSA 3BLEA 1N8FA 3GXNA 1OX6A 3EX2A 1OFEA 4AAJA 3W7HA 2PE4A 1LRNA 2CZFA 3N9SA 3S8HA 3LERA 1QO5A 1KA9F 1KFLA 1QPNA 4HNTA 4JD4A 1WAUA 1TPDA 4QISA 3S5YA 2E6AA 5D2VA 4UFJA 5LKYA 2NV2A 3NQ7A 1CW2A 1DHPA 1G6CA 2ZRXA 2YSWA 1ZAHA 1O60A 3OVQA 2Z1BA 3PAJA 1WOBA 3UPBA 2R8WA 4PH6A 3SGUA 1Z42A 3CT7A 3EX1A 5J5RA 2DZUA 4ML9A 2RH9A 4HPJA 4JYEA 3W7PA 1TV5A 3EEGA 3W1QA 1TTPA 2VFDA 4O19A 3GXTA 3G1FA 1VYRA 4FXRA 5DN1A 4NJIA 4CCCA 2QEZA 4R33A 3C56A 4O15A 1ICQA 5LZLA 4AF0B 1A5CA 1YTDA 5AC6A 5FF0A 3TIMA 2QCDA 3AJXA 3L66A 3E12A 1EUNA 4CQ8A 3W1RA 1JULA 1S5WA 2RDTA 1B4KA 3W2UA 3I7RA 1MEHA 4L4LA 4UFLA 3LV6A 2Y85A 5HR7A 4XKYB 3LX9A 3NQVA 2CLIA 4Y96A 1KM4A 3W88A 1IXOA 5KZDA 3NA8A 3DFOA 3N34A 1Y0EA 3SJ3A 1IXNA 3L2IA 5K3VA 4LC8A 3VCRA 4BI5A 4JTTA 4N6EA 2RFGA 3G8RA 2YFOA 1FBAA 4HHPA 1MZHA 1OK6A 4CLMA 1VHCA 1GTHA 1KM5A 1O95A 3LCLA 4JXCA 2NUXA 2YDAA 4DO6A 2WSYA 3CB8A 2CU0A 4JY8A 4M6QA 2QCNA 2QUTA 5BMWA 1IIGA 3STGA 3PC0A 2X30A 3FIGA 3PY2A 4WX2A 4Y8FA 1GVFA 3MBDA 4IMEA 2Z6IA 3O8AA 1NF0A 2Z2UA 3O63A 1ZFJA 1NFBA 1OYBA 4R53A 4UR7A 5E0KA 5AYZA 3DFTA 3W1UA 1XUUA 3RMJA 4DF0A 2F7FA 3I7SA 5C5YA 3FKRA 3DH7A 4KFPA 3C52A 3RK8A 1TPEA 2JK2A 5TQLA 1G69A 5LNVA 4NUWA 3N2MA 4K6AA 1KFJA 1QO2A 2WNQA 2QR6A 3LCWA 4I9AA 4WD0A 5C2XA 1XCFA 3HBLA 4DQWA 1M5WA 3PB2A 3TSMA 1KTBA 3MI3A 3W73A 5D2XA 3HJZA 1TB3A 3M7WA 4HSOA 3CPRA 1Q45A 3GAKA 1AW1A 3I7QA 5HINA 4GXMA 4JTLA 3GNNA 1P5BA 4HPXA 4UTLA 3PBWA 3LDVA 4IQLA 2FTPA 4K7VA 4N4QA 2YYTA 3LHYA 2E6FA 4GUIA 2O7QA 1R46A 3W7LA 3DBPA 3BV4A 5H91A 1R2TA 4IUOA 1TV7A 3HMJG 3G1AA 1QAPA 5I3KA 2B7PA 1WDWA 4EF9A 2DJXA 4UTWA 3THAA 1OK4A 1W0MA 1EEPA 4A2SA 3EWWA 1KV5A 1M7OA 3I65A 5I3IA 3K30A 1ZAIA 4TMCA 4N9EA 1QNVA 1R47A 3H55A 4K8EA 5FEXA 1TPUA 3G18A 4JYDA 4XZ9A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ZQP A;  4YWS A;  2BHZ A;  2ZDS A;  1WUE A;  3WH5 A;  3WZ0 E;  1TA3 B;  4REQ A;  1LTD A;  2FTY A;  1HW6 A;  3NZ1 A;  5B7Z A;  1LQA A;  3BJT A;  1EJW C;  3MS8 A;  3LM7 A;  3BZG A;  5FJI A;  3D3A A;  3VUS A;  4IMG A;  2FMO A;  2BS9 A;  1EFZ A;  3LPO A;  4I5X A;  1GKP A;  4ZMG A;  3PBV A;  4ACY A;  2BHU A;  1UD3 A;  1R7O A;  4P7N A;  1KRB C;  7XIM A;  3MUX A;  3WLO A;  4E3V A;  3UBP C;  4E2O A;  3WEN A;  1JZ3 A;  1X8F A;  1Q6G A;  4K8H A;  3UCC A;  4L56 A;  5BMX A;  2YA2 A;  9XIA A;  3BXW A;  2EG6 A;  2W4X A;  4BQ3 A;  2C91 A;  5LGX A;  1QNS A;  4B9Y A;  4GYK A;  1JEZ A;  3LBC A;  4QCF A;  5AC4 A;  1H5Y A;  3IJ7 A;  3RLG A;  3WD1 A;  2W0U A;  5HPC A;  3C4U A;  4HU8 A;  3QXB A;  3GW3 A;  2ABA A;  1CCW B;  3G22 A;  4LF1 A;  2WOQ A;  1H11 A;  3PPG A;  3WML A;  1QXL A;  4JFT A;  4Z2K A;  1XP3 A;  3W1L A;  2OYM A;  3QST A;  4LBU A;  4DLM A;  4B90 A;  1TWZ A;  3CQH A;  4KBX A;  4L4P A;  3RCN A;  3N4F A;  5IHR A;  2MUC A;  4XKM A;  1PVN A;  1L6S A;  3SN4 A;  3ZT6 A;  5LA0 A;  4GY7 A;  3LXC A;  1H1Y A; 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