3UWQA

1.80 angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. n16961 in complex with uridine-5'-monophosphate (ump)
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
229
structure length
222
Chain Sequence
NDPKVIVALDYDNLADALAFVDKIDPSTCRLKVGKEMFTLFGPDFVRELHKRGFSVFLDLKFHDIPNTCSKAVKAAAELGVWMVNVHASGGERMMAASREILEPYGKERPLLIGVTVLTSMESADLQGIGILSAPQDHVLRLATLTKNAGLDGVVCSAQEASLLKQHLGREFKLVTPGIRPARRIMTPAQAIASGSDYLVIGRPITQAAHPEVVLEEINSSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Vibrio cholerae
publication title 1.80 Angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 in complex with uridine-5'-monophosphate (UMP)
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 77
structure length 222
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3uwqA00
1W3IA 3DFPA 5D02A 1KM1A 2V9DA 4BF9A 2OT1A 5G2HA 3DHDA 5F2GA 4NJKA 3G0UA 3L0GA 1DVJA 4PL2A 3WK3A 3LI0A 4OWGA 3ABQA 4ORIA 4NX0A 4UMBA 3MP3A 2NV1A 1VZWA 1MXSA 4EF9A 3W7CA 3NQMA 1F6KA 1Q6QA 4GXMA 2X1SA 3HOJA 3P8JA 4RX0A 4JTTA 4NU7A 4UFMA 2BXVA 3U8GA 5C54A 3LDVA 3PB2A 1OYBA 1ZHAA 2Y6ZA 3W74A 3W88A 4UFIA 1AL8A 3W1QA 2P1FA 1ZAJA 1PL9A 3JS3A 1ME8A 2VFEA 3KAOA 4Z1DA 3N14A 3KXQA 3MHFA 1EIXA 1K8ZA 1ICPA 2W6RA 5LKYA 3PR2A 5CZSA 3I6RA 4AWSA 3EWWA 2C15A 3DAQA 5CKSA 4Z1AA 1TCDA 3EXSA 5DLCA 2NX3A 4LV4A 3LCLA 7TIMA 2QCFA 5K2ZA 4UFLA 5I3JA 1TREA 4AXKA 3DZ1A 2E68A 4X22A 1I8JA 1JRCA 1XXXA 5AN7A 2YCEA 4FO4A 4TU1A 3QSRA 4YL2A 5DY3A 1GVQA 4JTSA 4O4WA 1H63A 2DZPA 1IXQA 5D38A 1ME7A 4Y6GA 5FF3A 3G0XA 4S2BA 2CZFA 3EWBX 1A50A 4JTHA 1JUEA 1PS9A 2QDGA 2FB2A 3T4CA 4BK9A 4HNTA 4AAJA 5DXXA 1W5OA 3W7OA 2R14A 2PURA 3B0VC 1TSIA 4JX4A 4RXGA 4DO4A 1W5NA 4GUGA 3UXDA 4O14A 3DBPA 5D32A 2W79A 1KM3A 5E1QA 2JK2A 1KM4A 4JXCA 4N9BA 1OJXA 2QCCA 4PODA 1OF8A 2AAMA 5U7SA 3B03A 3P81A 3VKJA 4LUIA 3PG8A 3GKFA 3A5VA 1EWDA 3E12A 3DI0A 1O5XA 3UNDA 3A22A 1R2TA 4NQ1A 5I3GA 3DFQA 2EGZA 1XFBA 1F7BA 3HG3A 2GVLA 1FCVA 2VFHA 4NXSA 4MOZA 5G4WA 5J5DA 1ME9A 4A2RA 2QUTA 1Z42A 2GVJA 3DU0A 1KLYA 3R12A 3C2OA 4BI7A 1EEPA 1K3UA 1OVDA 4DBEA 1WXJA 4FXSA 4J9JA 2CLHA 4IOTA 1FWRA 4K8EA 1DOSA 4JY9A 2V8ZA 4G1KA 5U4NA 4IX0A 4NJJA 3W1RA 3GDMA 5AHFA 4QNWA 4KWVA 4X3ZA 2Q3RA 3GVGA 3QW4B 2BSLA 4UTHA 2CLFA 2FDSA 3LERA 4O54A 3WJZA 4JY8A 2R91A 4JD4A 4LY8A 3T44A 3MP5A 2B7PA 1QPQA 1QAPA 4MY9A 4AHQA 3PC0A 1TO3A 3GZ3A 3QMSA 2RDTA 4B5NA 5D37A 4QISA 2CWNA 3C2VA 5HUOA 2WNQA 3HIJA 3QF0A 5LNWA 4WD0A 5CZJA 3F03K 1WAUA 3TXZA 3W7QA 1JCMP 1OX6A 3W86A 2BLEA 3BLIA 3LCHA 3M5YA 3S1WA 1VPXA 3EWZA 1HO4A 2PE4A 3LCXA 1H7RA 4ALDA 4A3UA 4YLWA 1HG3A 3VE7A 1H1YA 1X6UA 4IGHA 4RR4A 3S6DA 3S5NA 1J4EA 4FNSA 2E5DA 1LLWA 1QOQA 4LTSA 1SZNA 2GPTA 1VGAA 3RLUA 3W75A 1YPIA 4NNAA 3KOFA 4A29A 5HINA 2QEZA 4IXXA 5D04C 1SZFA 3DI1A 2GUUA 4RXFA 4Y8FA 3QFEA 3PULA 4AHPA 1YXCA 2QKFA 3L2IA 1OX4B 3LGEA 4PCFA 3P84A 1I4NA 2A85A 2NV2A 2Y88A 3UZ5A 2YW4A 4NNBA 3LXAA 3E49A 2H8XA 4IMCA 3RFAA 1DL3A 2VEKA 5K4XA 3ATZA 5FEPA 3CIWA 2RHGA 3W1NA 3CU2A 5KSWA 1V7YA 3KRUA 4P2VA 2Z6JA 1W54A 5AOUA 3G1HA 2B7QA 3NM1A 4NUWA 3G1SA 4WY0A 3FYOA 1N8FA 3P61A 3RNDA 3NQ8A 3WK1A 3B0PA 4JNMA 4BWLA 2J88A 5LHFA 5AHEA 1R30A 4AEOA 3W1LA 1MEHA 2G5WA 3MYPA 3SW6A 4FIQA 2J9ZA 3LHZA 2Q8LA 1GG0A 4W9TA 4WXYA 1WA3A 1JVNA 4BI6A 2X1TA 3W85A 2X1UA 4IWWA 4RK8A 5FF4A 1FXQA 3NQEA 3TC6A 3BG9A 1JQVA 4HT3A 1OK4A 2C1HA 4O15A 1GQNA 2FTPA 3MHUA 4O1CA 1KFEA 1FX6A 1TV8A 2QJHA 3UPBA 4I7UA 1TRIA 2CZDA 4CCEA 3NA8A 4Z0SA 1KLZA 3O06A 5I3KA 1XBVA 4UIOA 1YADA 4PH6A 1PCWA 4GNJA 4MZ1A 3L0KA 4N9CA 1DHPA 4UTKA 5CPLA 5EBUA 3FJ6A 3S1VA 1FXPA 1LRNA 1GTHA 1JCNA 1X1OA 5K4ZA 2BWGA 3N19B 3MJYA 5K7JA 3O07A 3PBUA 4Z08A 3P74A 2ZA3A 3F4NA 5D2XA 1EWEA 1AW5A 3A23A 5D2YA 2YW3A 3MWAA 4JIQA 4O1AA 3I7RA 3F1QA 3TSBA 4IX2A 3MW7A 3TKFA 4IPJA 3QW3A 1EB3A 1WOBA 5AHIA 3W84A 1MSSA 1KV5A 3GDTA 1Q45A 4HSNA 2Y7FA 1W31A 3B8DA 1LM1A 3GYEA 1XBZA 4DXVA 2R94A 4WY0B 1H61A 4JTFA 1XM3A 3TDFA 4UTTA 4HIBA 3IIPA 4O53A 3Q37A 2RDWA 3R5EA 3E02A 2VFGA 1ZFJA 3OG3A 3SSJA 4IPIA 3M41A 5DCEA 3TSMA 3V1PA 1T0OA 1VLWA 3UWZA 2X1RA 1AW1A 3C2RA 2ISVA 2I9EA 4LU0A 2ZZ2A 1JR1A 5H2ZA 1QDSA 1RQHA 2CFFA 5K3VA 3W1MA 4TMBA 2E6YA 1OFAA 3M47A 1OFPA 2FB3A 4O8RA 1OX5A 4DPPA 4JDYA 4C1LA 3PBWA 3UY7A 3BLEA 2H3DA 3W2UA 3HPSA 1JUKA 1D3GA 3CT7A 4NJHA 3TA6A 3HGRA 3N9RA 4K37A 3TW6A 4UMAA 3P60A 3LRMA 3IVTA 1SZEA 1OYAA 2VFFA 5AHNA 4CQ8A 2CZEA 3TR2A 2ZZ6A 3KX6A 1TJRA 1VH7A 4XUGA 1GVSA 2Y7GA 2YZRA 5AYZA 4HNUA 1EP2A 1RVGA 3DFSA 1VYSX 3HPZA 3HG5A 1KBJA 2QCLA 3S5OA 4FX6M 1UJPA 5TBOA 3N3MA 1XDMA 5T26A 3UYCA 3EKLA 4O1DA 4UTLA 3S1XA 3WK0A 3G0SA 3LCIA 2B0MA 4MY1A 3BW4A 2CW6A 3C3NA 3EX6A 3BO9A 1WYIA 4ML9A 3IIZA 4HPJA 3G1FA 3UWVA 2JKPA 2RDUA 3M0ZA 1N7KA 5HWJA 1LBMA 3S42A 2QUUA 4NZJA 3FYPA 3PB0A 2YDAA 5KINA 4BI5A 4POCA 4GBUA 4MPQA 3M43A 1PE1A 4O11A 2A2IA 3P62A 1MZHA 3DKLA 1TRDA 4RV8A 3HJZA 2CLMA 3W87A 2RKXA 4LWWA 1IF2A 3P5ZA 3L0NA 3W1PA 4FX7A 4DBDA 1VYRA 3B06A 2QJGA 2EF9A 3LXBA 1PIIA 5C5YA 3STGA 3U6WA 1BKSA 2DZWA 3W7PA 2V2HA 1ALDA 4JTEA 4DF2A 2FPVA 1GEQA 1K7FA 3KVLA 5G1TA 3QMRA 3L5LA 1LBLA 5D30A 4XBSA 4ZVJA 3GAKA 2GQ9A 3LHUA 3O6YX 3L21A 3AJXA 2NXIA 1AL7A 3NYZA 1S5TA 1EX5A 2H3BA 4JR5A 3LLFA 4WQ6A 4LV9A 4O52A 2Z0IA 5G2IA 3BV4A 4ADSA 4MZ8A 3NVTA 3CPRA 4M7TA 1A5BA 5FF0A 2PRHA 3NZRA 1Q3NA 3NL5A 5MHBA 5IM51 1KTBA 4MZYA 2H6RA 3ZWTA 2A21A 1JRBA 1KBIA 4GUFA 4KFPA 4RCXA 3STEA 3TMLA 5DN1A 2XN2A 1BWLA 4IQLA 3C56A 4OV4A 1W3TA 4MJMA 5D03A 3P8IA 2V2DA 2NXHA 1KM5A 1RV8A 3QJAA 5AC8A 3TFCA 1S3HA 4UFKA 3VCRA 4UTJA 4OHQA 3UWQA 4ICNA 1WV2A 4UTMA 1FQ0A 3W76A 3GDRA 2ZRYA 2EPHA 3O6CA 4R53A 4CNNA 5KITA 1KFJA 4TO8A 2J9XA 3I7QA 1H7WA 1TV7A 3BARA 3PWAA 1GZGA 1IIGA 1QFEA 1IIHA 1XI3A 2E09A 3NQFA 3GR8A 2WOQA 3NPWA 3Q2DA 4M5PA 3KVMA 2X2GA 2YR1A 4BWLC 1I2NA 4N4PA 2XN0A 5EPDA 1G67A 1SFJA 1FCBA 3THQA 1TPVA 3H54A 1XBYA 2YPIA 4S2CA 4WY0F 2J27A 4Y90A 3C6CA 4RJEA 5A8GA 1QPNA 3W7MA 1O4UA 3L9CA 1TYGA 1UASA 5AHLA 2EKCA 3G1AA 1KA9F 4NJIA 1SR9A 2YGYA 3BK0A 4MY8A 1K7EA 1O60A 5EL1A 1SW3A 2QCGA 2VENA 3DGRA 4OQVA 3G1YA 1A53A 4O57A 3GX9A 1X7FA 1B4KA 1B57A 1LOSA 2WJZA 4QAIA 4FNPA 3TV8A 3C8FA 3W1XA 4HNNA 2HS6A 3P7YA 3LBCA 3CB8A 3G8EA 3KHJA 2A7RA 2ZRWA 3QMTA 3N2XA 2Y63A 3MBFA 1FWTA 1TTIA 4NZFA 1WDWA 3M9YA 4LVAA 2WSQA 4I7WA 2WNZA 4IXHA 1K7XA 4TX9A 4IMDA 1HFBA 2DORA 2X16A 1L6YA 1DJQA 1U5JA 1YLVA 3NQVA 1LLZA 5BRBA 1SO6A 1GTEA 1T96A 3IGUA 1V5XA 2B4GA 1EP1A 4JICA 4LT9A 5I3IA 1PV8A 3TE9A 2J9YA 3W7RA 1OX4A 3W9ZA 3LCFA 1ADOA 3IGSA 2DZTA 3EWXA 4LVFA 3T78A 1N55A 3MUXA 3NG3A 4FX8A 4OV9A 2Y62A 2VEIA 1LZOA 1TB3A 4ZQNA 1UUOA 1AG1O 1G7VA 1LRQA 2V5LA 4TR9A 1W0MA 3NOEA 5FEWA 3UXAA 3VNDA 2V30A 4UTTC 2QCNA 1VHCA 3DFNA 4CCDA 1ONRA 1H60A 4O28A 1Q6LA 2ZA1A 1WBHA 3BLFA 5HNRA 4UFHA 3S5ZA 1NEYA 2Z1BA 3NL2A 1CX9A 4OE7A 4RLIA 1QO5A 1FY6A 4A22A 5HWMA 5J5RA 1VCGA 5CGQA 3TJLA 1W5MA 4LS2A 1F6PA 3O15A 4Q32A 2H90A 4K38A 3SIZA 4E2BA 6ALDA 3I7SA 3MI3A 4H3DA 3EWUA 1LDCA 3STFA 5K9XA 3ELFA 1SU5A 2CLOA 3FFSA 4QSHA 4MJZA 1YXDA 1YPFA 5D2WA 2OMAA 2DZUA 3G1DA 3NR0A 1X1ZA 4I9AA 2PCQA 4A2SA 2FLIA 4ZQMA 2E6DA 2ZZ5A 4UXDA 2Z6IA 2QJIA 2WKJA 5L6UA 5G4EA 3DENA 1BWKA 2ZFAA 3M5VA 4PFMA 1O94A 4KWWA 1KM2A 2NZLA 1KFLA 3GLCA 4LVGA 4YWIA 3VI2A 2YFOA 3D0CA 3N34A 2VEMA 1JCLA 2TMDA 3NPUA 5GVJA 3OVQA 5D2VA 4O19A 2ZRZA 1FWSA 4MUZA 1I45A 2V5BA 3MI6A 2Y89A 3CQ0A 1NAL1 1W5QA 4O0KA 4OT7A 4JTLA 3W7IA 4MYXA 1NF7A 2V82A 3LHYA 4XZ9A 2G95A 2LLEA 2P0OA 4TIMA 4N6FA 3WJWA 4AWUA 3WJSA 3HGOA 2CLIA 3FOKA 2C3ZA 4FB7A 3DHFA 3EX3A 4QJ1A 3L65A 2C14A 5C2XA 2CU0A 2G97A 4TMCA 2YFNA 1T99A 3TAOA 1K8XA 3S5YA 3BW3A 3LB0A 1WBJA 3NL3A 1SSGA 4DF0A 2QCDB 3GDLA 1R2SA 4K6AA 4AVFA 3TJXA 3W83A 1SW7A 2TRSA 4IMFA 3G1XA 4MFEA 3CWOX 3NO5A 4LUJA 3WJXA 2DP3A 4GFSA 1Q6OA 4UTUA 3GNNA 5KZEA 4UR7A 5TIMA 3ABSA 1QOPA 5D2TA 5CG7A 3W2MA 3G8RA 3GXNA 1XL9A 1RPXA 2GOUA 4NXKA 1WOAA 4EF8A 1SPQA 2ISWA 4UTWC 4PTNA 4GC4A 2DU2A 3MI2A 3EX2A 3SGZA 1EUNA 4MLRA 2JBMA 3QSTA 4M6PA 3M5ZA 3SJ3A 3IIOA 3NQ6A 3DXIA 2J6XA 2D73A 1L6WA 4JGDA 2RH9A 4FNRA 4NVTA 1RQBA 3WFAA 1GVRA 5SWUA 1IGSA 1XUZA 2BTMA 4NJGA 1I2RA 4FNUA 2NUWA 3TQKA 3HQ1A 3C61A 3LCGA 1M6JA 2FPTA 4JEQA 1M7OA 3CTLA 2QR6A 1OFBA 4RKAA 2OCZA 1DORA 1XUUA 3FJLA 1NSJA 1Z44A 2ZRUA 4GWEA 2NX9A 5AC6A 3LX9A 4U28A 4MLJA 2NUYA 3HO8A 5TQLA 1VHNA 5I3FA 5G2WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QBB A;  5D02 A;  3CB3 A;  1GOR A;  5F2G A;  4PMU A;  4XZM X;  3L0G A;  2V5K A;  1S2T A;  4UZS A;  4F3H A;  3Q4D A;  4NX0 A;  4UMB A;  3Q65 A;  3W00 A;  4W4Q A;  1L2Q A;  1VZW A;  1EA9 C;  1F6K A;  1DJH A;  2WKL A;  4RX0 A;  4JTT A;  1PAM A;  1XIS A;  2BXV A;  1PDY A;  1B5T A;  4HZ7 A;  1X98 A;  1OYB A;  4W8B A;  4JHM A;  1N82 A;  3W88 A;  1F61 A;  3RJY A;  2NSX A;  4XVD A;  3E2S A;  4Z1D A;  2CXG A;  1W3J A;  4UQE A;  1B3W A;  1ICP A;  3K1D A;  1TMQ A;  4L4O A;  4WSH A;  4I9J A;  1WO2 A;  4CN1 A;  5CKS A;  1V8E A;  3E1F 1;  1PZ0 A;  3ZR5 A;  1A3H A;  4UFL A;  2OSX A;  4AXK A;  5HA7 A;  3DZ1 A;  4PCT A;  5XIN A;  4WGX A;  4E8C A;  3GS6 A;  3V5C A;  3DOP A;  1UUQ A;  1IXQ A;  3BUV A;  5G1M A;  4DLM A;  3OBE A;  1Q6F A;  3DDM A;  3AZT A;  3EWB X;  4LFY A;  2QDG A;  3AS0 A;  3EPM A;  2PF8 A;  1C92 A;  3T4C A;  3TCS A;  1W5O A;  2FZM A;  4JQ3 A;  2YL8 A;  2PUR A;  2WJF A;  3WUF A;  3PPF A;  1CB2 A;  1BF2 A;  1WUE A;  1CWY A;  4LXF A;  5D32 A;  4CEU C;  2KAU C;  5E1Q A;  5A6A A;  4N9B A;  4IG2 B; 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