3TMQA

Crystal structure of a 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia pseudomallei in complex with d-arabinose-5-phosphate
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
280
structure length
280
Chain Sequence
MNVAISPGVTAGNSLPFVLFGGINVLESLDFTLDVCGEYVAVTRKLGIPFVFKASFDKANRSSIHSYRGVGLDEGLKIFAEVKARFGVPVITDVHEAEQAAPVAEIADVLQVPAFLARQTDLVVAIAKAGKPVNVKKPQFMSPTQLKHVVSKCGEVGNDRVMLCERGSSFGYDNLVVDMLGFRQMAETTGGCPVIFDVTHSLQCRDPLGDASGGRRRQVLDLARAGIAVGIAGLFLEAHPDPDRARCDGPSALPLHQLEGLLSQMKAIDDLVKRMPALEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2
publication title Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 94
structure length 280
sequence length 280
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3tmqA00
3M44A 1KM4A 4JR5A 4PCFA 3O06A 1KM6A 4GE8A 3W7QA 4QNEA 1KFEA 4HSOA 4NVTA 5HWMA 4JTTA 3HPXA 4JY8A 3C4UA 4Z1BA 4LRSA 1LM1A 1W0MA 4JX4A 1DL3A 1YXDA 1TV8A 1SU5A 3BVJA 2ZZ5A 1OFQA 4NX0A 1EA0A 4MVAA 4UC5A 3BG5A 4BR1A 3SECA 1GVSA 1W8SA 2CLOA 2KZHA 3HPSA 3FIGA 5EY5A 1TV5A 3IV3A 5DXXA 2NX3A 1K7EA 5AHLA 1PE1A 2XN0A 3W7HA 4MY9A 3UPWA 1EPXA 1O60A 4GUHA 1WX0A 3QMSA 5CZJA 1YTKA 5LZLA 1TJPA 3M5XA 1QPRA 2F7FA 2H90A 1HUVA 2ZYFA 4KFNA 2E5BA 3G3MA 3LBCA 1KFBA 4MLJA 5C5YA 4FO4A 3WK1A 3A5VA 2PE4A 4ZL1A 4IUOA 1VR6A 1GPWA 1OF8A 3L5MA 3N3MA 3R5EA 5K9DA 4N9BA 1H7WA 2TSYA 1OK4A 3MO7A 1RR2A 3CIXA 2B7NA 4JEQA 5HWJA 4JTGA 1GTEA 3E02A 3AJXA 4TX9A 3EWWA 4CNPA 4N4QA 1RD5A 4UFIA 4WX2A 2P1FA 3TX9A 2QCHA 1CX9A 2VENA 1FWSA 5SWUA 4JTKA 1LROA 4UUIA 1VH7A 3P67A 2V5BA 1K03A 3TIMA 1ZCOA 2DZUA 2Y6ZA 1ZFJA 1ONRA 5EKYA 2B7QA 4O11A 1F6KA 2ZZ6A 4AF0A 3NL6A 3PSVA 4JGDA 3QQ0A 4NNBA 3TW7A 3TH6A 3NQCA 2NX9A 4BWLA 3GYEA 1OYBA 3M9YA 4MKNA 4O14A 2BTMA 3T7VA 1TPC1 5D32A 4Q32A 5EPDA 2YCEA 3OVRA 1H60A 3SJ3A 3NO5A 3OIXA 5G5IA 2GQ8A 1K7XA 5DBUA 2Q3OA 3C3NA 3TQKA 2A6LA 3DBPA 3DKJA 1GYLA 1PCKA 2JKPA 1ICSA 4S2CA 1P1XA 4K36A 4L4MA 2ZTKA 2OZ0A 5G2HA 3KVMA 3KFTA 4PODA 2Z0IA 2NXIA 1W56A 4JTLA 3LTPA 4UTWC 3DZ1A 3CC1A 1FCVA 3I7SA 4O4WA 3MHGA 3S5ZA 3NQAA 3WK0A 4JY9A 1SFLA 4LTSA 2X16A 4H4IA 1UCWA 1RQBA 3M43A 1MZHA 1ZALA 3C52A 2EHHA 2YW3A 3LHZA 2E1DA 3FFSA 3A9IA 3PWAA 2QCFA 4OHQA 3FJ6A 1SO6A 3M5YA 4JTIA 4BK9A 2LLEA 3CPRA 3ELFA 4BI5A 1D3GA 5DCEA 1FBAA 4W9TA 2V5LA 3BG9A 3QPYA 2ALDA 2ABAA 1XBXA 2NUXA 4LT9A 1LBLA 2DU2A 4G1KA 2A2IA 3M16A 3NQVA 2WJZA 5IBXC 2XFWA 5KINA 1SQ7A 4RCXA 4O17A 4O19A 2E5DA 2R91A 1MEHA 2DP3A 3UYCA 1EP2A 1XI3A 2J9YA 1CW2A 2V30A 3U6WA 3NPVA 3MUXA 3W1TA 3PSWA 4M6VA 1H61A 4DF0A 4DQWA 2AAMA 4QISA 3FEMA 4DO4A 2AQWA 1B9BA 5AHNA 3TROA 4OBTA 5TBOA 1VGAA 4CQ8A 5BRBA 5K4ZA 4K37A 3PG8A 3ABQA 1NVMA 3WJSA 3P8IA 1FWRA 1UUOA 3B04A 4CCDA 4I9AA 4TU1A 5KZDA 1OFOA 1JVNA 1PHWA 3WJZA 1VHNA 4RK8A 3S5NA 1QWGA 4O4VA 4UMCA 1SO5A 3LCXA 4M5PA 3G1DA 4N2YA 1LDCA 1TMHA 3M1ZA 3TKFA 4O18A 3P60A 4X2RA 5HR7A 2QCCA 2NWRA 3RK8A 4JDYA 3NM1A 3W1QA 3N14A 3P61A 5D37A 1KLZA 3NL3A 3EXRA 3N2XA 1F74A 1ALDA 3A24A 1LP6A 1ZNNA 3W85A 1KTCA 3PB2A 3HQ1A 2A6NA 4E0CA 1Q3NA 4JYDA 3IGSA 4R53A 4E38A 3RLUA 4FXSA 2ZA2A 2R94A 4LC6A 4AH7A 3Q37A 3MBDA 2YW4A 5E0KA 1AK5A 2NZLA 3MW7A 3DFOA 4MFEA 3OHIA 4H6KA 3LLFA 1X7FA 4AAJA 2PRMA 4JTUA 3C0JA 4LVGA 3TSDA 4O50A 4CLMA 3WJXA 3DI0A 1S5WA 5CPLA 4OWGA 4ZQNA 3BG3A 2P10A 1TPDA 3CIWA 4GBUA 4HNUA 2C19A 3KVJA 5AN7A 3EX3A 5FF3A 3RNDA 1XBZA 4WXZA 3DAQA 2CZEA 4BWLC 1ZY9A 4DBDA 1GG0A 3M47A 1FY6A 2RDTA 2TRSA 1I4NA 3O63A 3SI9A 3TJLA 3UZJA 4DPQA 2ZRZA 2H6RA 3PM6A 3NNTA 4WD0A 1N7KA 4NQ1A 3TR2A 4R7JA 5F4SA 4Y8FA 3TXZA 4E2BA 5CGQA 4UTUA 1K8ZA 1SZNA 3NXFA 1G7UA 3HGJA 3QW4B 4HSNA 2ABBA 3DENA 4AMAA 2HS6A 1I2OA 2VEMA 1L9WA 4GXMA 4FX6M 1GG1A 3MP4A 5HNRA 3ZS4A 3ABSA 3MI6A 2QJHA 1F2JA 3FYOA 4CQAA 3P5YA 1MEIA 4C1KA 1O5XA 5D02A 4GWEA 3BK0A 2QCDB 5C54A 3NVTA 3E96A 1TREA 3EXTA 4YXGA 1U83A 3P84A 1PCWA 2WOQA 5AB3A 1JQVA 3F4NA 3B0UX 3MI3A 4JIPA 3HO8A 2H3DA 5D03A 2OT1A 3EB2A 1YTDA 2O7QA 2FDSA 3W73A 3W1XA 3FA5A 4MYXA 4XZ9A 2QR6A 2F84A 3SGUA 2DZSA 4AXKA 2DZTA 1SW7A 1G4TA 1XUUA 1LBMA 3ABRA 4RR4A 4O1CA 2X30A 1LCOA 1H51A 2ZZ4A 4TMBA 5F1VA 3MYOA 5HUPA 3EX2A 1VCVA 2JKEA 1X8FA 5LSMA 1B4EA 4WJEA 1OX4B 3EX1A 3VE9A 3LLDA 3W76A 2RHGA 2Z6IA 5FF2A 2P0OA 4JXCA 1TRIA 1G67A 4KWWA 5FF7A 3TSMA 4NNAA 4A21A 3LHYA 2CLMA 3NYZA 4M19A 2HSAA 3V1PA 4AHQA 1VC4A 5AYXA 2C6QA 3EXSA 2E68A 3BW3A 3LX9A 2NV2A 4UMAA 2C15A 2Y62A 3PF3A 2QCNA 4MY1A 1TPFA 5GVJA 3EWZA 4UTJA 3UXDA 3PB0A 4MY8A 4GNJA 2TYSA 3W7CA 5K9CA 1W54A 3DHDA 3TMQA 3W7EA 4LUJA 5FF4A 3PBWA 5HR6A 5AHIA 3STCA 3B0PA 3LXAA 3H55A 3LERA 3LCWA 4NNCA 4FX7A 5F2MA 3HJZA 3JR2A 1T96A 3TAOA 1P5BA 5BMWA 1VCFA 2E09A 4UR7A 1H7PA 1IIGA 3BLIA 4UCGA 4I7WA 4ZMGA 3GDLA 2X2GA 2CZ5A 3W71A 3NQ2A 5DY2A 1H63A 1EIXA 1LLWA 3T78A 1KW1A 3P80A 1WDWA 3DFNA 3QQ1A 2WNNA 3L67A 3G24A 2WKJA 3WJWA 3DFTA 3CHVA 1LBFA 5IM51 1LOQA 2NXHA 3BLEA 1BWLA 2BZNA 4FIRA 1PIIA 5CPOA 4OU1A 3C8FA 4ZVJA 3LBMA 2Y7DA 3GKAA 3W1UA 2ATSA 3M41A 3HIJA 5AHMA 1QNVA 2YXGA 2FJKA 4HPJA 2E77A 2DZWA 3HGOA 3S1UA 3W1NA 3T55A 2WNZA 2CLHA 3VI2A 3W87A 5F2LA 3RMJA 2ZRUA 1OX6A 1LRTA 5J5DA 1CI1A 2ZCGA 3M0ZA 3ZFHA 1KTNA 2UV8G 5K9XA 3NQMA 3SW6A 1XL9A 1WXJA 1DJNA 4XBSA 2FPVA 4XBKA 3G22A 3E12A 4N6FA 1MEWA 2Z1BA 2DJXA 3R12A 1C29A 2H3BA 2ZA3A 3CU2A 1LZOA 3JS3A 4O13A 1Q6RA 1L6YA 1SO3A 1T0OA 3AO0A 4KWVA 3P62A 3CEUA 4WOZA 5U7SA 3BW4A 4O53A 3GDMA 5KMYA 3LCLA 1KM5A 1OFDA 3IIPA 1H7XA 5EA9A 2Y85A 5C2XA 3G0UA 3S5OA 1OX5A 4AHPA 4FEZA 1ZAHA 4QQ3A 2JBMA 3N34A 4LVAA 2X1TA 5BNKA 2HTMA 1TQXA 4N02A 1KM3A 3S9YA 1G7VA 3W84A 4LV9A 4NJGA 1R2SA 3QYQA 1KBJA 5ABTA 5DCDA 4O8RA 2DZPA 1E51A 4TIMA 3B05A 3DFQA 3LI1A 3E49A 5LNSA 4CCEA 3I7RA 1YXYA 2VXNA 3F03K 3SGZA 4R33A 2YX0A 3NZ1A 3GB6A 2FB3A 4WUIA 1Q45A 2V2CA 1UBSA 3G3DA 4AWSA 4LW7A 1ICQA 5K7JA 1LOLA 3UD6A 3W1RA 2OMAA 3ZWSA 1WBHA 1QOPA 2I1OA 1YADA 3PVFA 1WYIA 4MZYA 3GXNA 3W1PA 3HB9A 2OT0A 3L68A 3E9AA 3O15A 3S42A 4BI7A 3D0CA 3LRMA 1VYRA 3PULA 1KBIA 2PRLA 5LHEA 1QPQA 5H91A 3GDRA 4ICNA 3W7KA 2CU0A 3FJLA 4FHAA 3S5YA 3U8GA 3NPXA 4PL1A 4HN4A 4HNNA 3VKJA 3GNDA 1TTJA 1SSGA 1R47A 4GUFA 1TRDA 1QFEA 2FQIA 3PUOA 2V2HA 4K6AA 5A8GA 3QSTA 1Y0EA 1YPFA 1QAPA 2TMDA 4UFJA 5G4EA 2QUVA 3TC7A 1Z42A 1I45A 3I65A 4C1LA 4UMBA 4UFHA 3W7NA 3QJAA 1DORA 4ADSA 1AL8A 3C2OA 5AC8A 4E2DA 3G18A 5EYWA 4ALDA 5LGXA 1J5TA 1TB3A 3LV6A 4H3DA 2QCLA 2E5CA 1AW1A 3GXTA 3QH2A 1TCDA 3A23A 1TTIA 1A5BA 1G69A 3BARA 2ZRVA 3K30A 3L0NA 3CB8A 4DF2A 3B06A 4NJIA 1KM0A 1VS1A 1FXQA 1QDSA 3G1FA 1VJIA 3M5VA 3O6DA 4Y90A 3W7LA 3B4UA 5F1UA 3PS7A 3G0XA 4HT3A 1JCNA 1TTQA 3LXCA 1DKWA 3OVQA 5CPNA 2OJPA 2Q3RA 1TV7A 5HMSA 3THQA 1K02A 2J6XA 3Q58A 4WY0F 3Q2DA 3LM7A 4JTFA 4Y9AA 5D09A 3QSRA 2AGKA 4P61A 1TPH1 4JTSA 2CLKA 3QM3A 4L4LA 3GDTA 2TPSA 3M7WA 3TA6A 4GC4A 4UTHA 2YFNA 5KZEA 2Y7GA 4A2SA 1HO1A 1X1ZA 3W2LA 4ZQOA 5EBUA 4O12A 2CLFA 2FPTA 3CM4A 1F5ZA 4AEOA 3W86A 1ZENA 1GYNA 1DV7A 4WY0A 4UNLA 4K38A 3UY7A 2GJLA 3G1XA 3GNNA 2A0NA 2RDWA 5K2ZA 3W7DA 3TJXA 1TPVA 2A21A 3C2RA 3IGXA 5T26A 2QAPA 3CWOX 4RZ5A 3B0VC 3CEPA 3O16A 3S1VA 5BW6A 3NL5A 2IQTA 2YYTA 3L5AA 4JYFA 1J4EA 3L0GA 4WY0B 5H2ZA 4ZZ9A 1A53A 4O54A 1KA9F 3GK0A 4OGZA 1H1YA 4QITA 1OFAA 1V7YA 3WK3A 4J9JA 5L9FA 1H50A 1OYCA 2VFFA 4UTMA 1C8VA 4ZQPA 2CZFA 1L2UA 4MZ1A 3KHJA 1XBVA 2DZVA 3W3OA 4FXRA 3EKLA 2RKXA 1JJKA 2ZQ0A 3PAJA 1I2RA 4I7VA 2GQAA 4LVBA 1I8JA 1DHPA 3STFA 5CZTA 2C16A 2Y89A 5LKYA 1H7NA 4XKYB 1Z48A 1JUKA 1AW2A 4LRTA 3MHFA 1OFPA 1IIHA 1LOSA 1O95A 3TQ0A 3MP3A 1XUZA 4KKXA 1OG0A 4JX5A 1GT8A 4O16A 4YLWA 2G97A 1THFD 4MPQA 1S5VA 4POCA 2V0TA 4GRSA 1V5XA 3SFKA 1PS9A 2ZA1A 2Y70A 1VYSX 2Z6JA 5AHEA 3FOKA 4U4MA 3RFAA 3NA8A 3TQVA 2J88A 5I3HA 1AG1O 1PL9A 3NL2A 2EF9A 5FEWA 2JGYA 1GVQA 1M6JA 6TIMA 5LNVA 3KAOA 3A5FA 4O0ZA 1WV2A 5G1TA 2W6RA 4UTLA 5F2GA 1VLWA 1RPXA 1IXNA 1FCBA 1SR9A 4JYEA 3QRHA 2I9EA 1FWTA 2X1RA 2VFDA 5EL1A 4Z1CA 1JCXA 2WPBA 3TW6A 4DBEA 4Z1AA 1YDVA 4JDBA 3MMTA 1RQHA 3G1HA 3UWWA 4IQLA 2PURA 4EIVA 3IVSA 2QDHA 2B4GA 2CLIA 3MP5A 1JCJA 2ISWA 5I3GA 5DLCA 3W23A 3S1XA 2BWGA 2C0AA 2PCQA 1TQJA 2YGYA 3HG2A 4HNTA 3HBLA 1S5TA 1SZFA 1VHCA 1I2NA 5DY3A 4NZJA 2YSWA 3GKFA 2ISVA 3EEGA 4NU7A 7TIMA 2E6YA 2DJLA 5KITA 3I68A 5U4NA 5HWNA 2GJNA 2VFGA 4MLRA 3MHUA 2J27A 4ORMA 4Z0SA 1AW5A 3UWQA 4X3ZA 3T44A 1B4KA 4NJJA 5LGZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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