3TMQA

Crystal structure of a 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia pseudomallei in complex with d-arabinose-5-phosphate
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
280
structure length
280
Chain Sequence
MNVAISPGVTAGNSLPFVLFGGINVLESLDFTLDVCGEYVAVTRKLGIPFVFKASFDKANRSSIHSYRGVGLDEGLKIFAEVKARFGVPVITDVHEAEQAAPVAEIADVLQVPAFLARQTDLVVAIAKAGKPVNVKKPQFMSPTQLKHVVSKCGEVGNDRVMLCERGSSFGYDNLVVDMLGFRQMAETTGGCPVIFDVTHSLQCRDPLGDASGGRRRQVLDLARAGIAVGIAGLFLEAHPDPDRARCDGPSALPLHQLEGLLSQMKAIDDLVKRMPALEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Burkholderia pseudomallei
publication title Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2
total genus 94
structure length 280
sequence length 280
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3tmqA00
1ZCOA 4Z08A 1DV7A 3LV5A 3NZ1A 2TSYA 1SO4A 1F74A 3GKFA 3O05A 2ZQ0A 1IF2A 3ABRA 2PE4A 4WY0B 3TJLA 3W7KA 3IVSA 3FYPA 2GQ8A 3OVPA 1WAUA 3GAYA 1Y0EA 2QAPA 4O53A 2Z6JA 1ICQA 3WJZA 1ZFJA 4N9BA 5DCDA 5DELA 3GDTA 4UFHA 1EWDA 4MPQA 3L5MA 2CLMA 3MW7A 3EX2A 4MY9A 3B0PA 1FWRA 4NT0A 4MOZA 4NJJA 1KFEA 4D2JA 3NGJA 3DI0A 4ADUA 1JQXA 4A22A 1A5SA 1FDYA 2PC4A 3TK7A 3BLEA 5HUPA 3UPBA 5A5WA 3L68A 3GR8A 3DH7A 5G5IA 4AHPA 1P4CA 5D37A 1OX4B 2J9ZA 2VXNA 1QPNA 3QYQA 1Q6OA 1GVRA 3PF3A 1VH7A 3NQGA 3CPRA 1TSIA 3QSTA 3TAOA 1SW3A 4L4LA 4I7WA 1VLWA 4M6PA 1R2RA 3W74A 2V82A 1DORA 1LTDA 3PG8A 1TB3A 5AB3A 2XFWA 4JN6A 3LCGA 3OVRA 4LUIA 3H55A 2Y70A 3N34A 3ELFA 2JGYA 3CWOX 4LVGA 1G7UA 2GVLA 5AOUA 1HO4A 4JYDA 3W3OA 4UTUA 2QKFA 2Y63A 1AW5A 1TQJA 4IX0A 3ZWTA 2F84A 3FYOA 4QJ1A 5D33A 4OE7A 4O19A 3M7WA 1YTDA 4O50A 2DU2A 2B7QA 3IGXA 2EF9A 1ZNNA 3OHIA 3R13A 5HJLA 3NZRA 1ZAHA 4CLMA 2BWGA 4I7UA 3NQMA 4N9CA 1TPUA 2A6LA 3S5NA 2ZCGA 3ABOA 4AWUA 2YZRA 1F7BA 2YFOA 1VGAA 4FEZA 3LCLA 4DPQA 1NAL1 2OMAA 5LHFA 3TC6A 2RDTA 2DJLA 4PC8A 5AYXA 1G6CA 1GZGA 3TXZA 4CNOA 1LOLA 4K7VA 3C56A 4FX6M 3G1VA 1TPDA 4FIQA 1X1ZA 1TPEA 3BG9A 3PWAA 3NPWA 3TDFA 1SR9A 3UXAA 1PIIA 3TKFA 2FDSA 4Z1DA 1SW0A 2CLIA 4IPIA 2G95A 3E49A 5A8GA 1OYAA 4XBSA 4HNUA 3IVUA 3ANYA 2NUWA 3LLFA 3G18A 3TMQA 2AGKA 4IUOA 3LLDA 2YW3A 5G1YA 1QOPA 3PAJA 5K9XA 2DZWA 3LCIA 1GVQA 3HGRA 1NF0A 4H4IA 3NPUA 1GVSA 1T96A 4UMCA 5D38A 4IGHA 3W07A 4A29A 1GEQA 4G1KA 3FFSA 1F05A 1FWSA 1JJKA 5BMXA 4PODA 4DXVA 3EWWA 3UWZA 2WNQA 4YMZA 4O18A 5AYZA 4UUIA 3CWNA 3RK8A 3SW6A 1J4EA 1SZGA 3FKKA 4N2YA 3NAVA 4N4QA 3BPWA 5HUOA 2VEMA 2V9DA 4GBUA 2WPBA 2QCCA 4RXFA 4RR4A 3IIOA 2ZZ5A 4MKNA 2GOUA 2ATSA 2J9YA 3NQAA 1LROA 5AHFA 2D73A 1N55A 4NX5A 1GOXA 1ZAIA 2QJHA 3MHUA 3E12A 4AH7A 4OT7A 1LZOA 3NOEA 4IWWA 1AK5A 4JTUA 3LRKA 4UTLA 3ZWSA 2H8XA 1FBAA 4CCDA 1H61A 3LCWA 4RXGA 3P60A 5CZJA 1ZY9A 3E0IA 2A21A 4N9DA 1JCJA 4UFLA 4AMAA 3GDMA 3FS2A 1RVGA 1AMKA 3MO7A 1X6UA 5L6UA 3STEA 4PH6A 3D0CA 3DAQA 2ZRXA 3MUXA 2YSWA 2EPHA 5EMUA 2DORA 1VYSX 3RLVA 3LHZA 5LNWA 2CLLA 3UNDA 1ML1A 1PCKA 2X1SA 3E02A 3EB2A 3UYCA 1XC4A 2FPYA 2Z0IA 5F1VA 2ZFAA 4HPXA 4R34A 1TJPA 4YXGA 2I1OA 1SZNA 1DJQA 3H54A 1QR7A 4RZ4A 1YYAA 3L2IA 2CZ5A 3PM6A 3VE7A 3S1XA 2OT1A 5G2IA 1J2WA 2IQTA 3M5YA 3TJXA 2FIQA 3W7IA 5I3IA 1MEHA 3NQ8A 3KXQA 4BWLC 2VFIA 1W56A 3HPSA 1K7FA 2B7NA 1OFBA 3B05A 4IX2A 3UXDA 4IQLA 1N7KA 3BG3A 4HPJA 2ZA2A 5CZTA 1F5ZA 1IXNA 1OYCA 3HPZA 4NNAA 1FCVA 3M6YA 1OF6A 1KBIA 1JCLA 2Y7GA 1TPWA 3G1AA 1KFBA 2G97A 1ALDA 2JKPA 1KM4A 2VFGA 4MVAA 2E6DA 5CSSA 1JUKA 3DBPA 2FQIA 3W1NA 3PY2A 1T8XA 2QUTA 4DF1A 4FNQA 2ZZ3A 1FDZA 1OFRA 1VS1A 1Z42A 2GJLA 4O1AA 5BW6A 3CTLA 2JKEA 3PBYA 4POCA 5KSWA 2CLFA 4NNBA 1FXQA 3SFKA 2NX3A 3A24A 4LVBA 2C16A 1VCFA 2E6AA 5U7SA 1KTCA 5SWUA 5CG7A 3G3MA 1ME8A 4GWEA 3RLUA 1H5YA 3B06A 4DF0A 1QCWA 1SO3A 3DZ1A 4N6EA 1FUYA 2O7SA 1O95A 3QQ0A 4FNRA 5HR7A 1LBFA 1NVMA 1YDVA 1JRBA 3PS7A 2YX0A 1XDLA 2R94A 1XXXA 4S1FA 4QIUA 3HBLA 1JRCA 4OV9A 3DGRA 1D3HA 4LNYA 2ZA1A 4O4VA 2OT0A 4ADTA 2H3DA 4HN4A 2PURA 5TIMA 4FB7A 3S5ZA 2CU0A 4WY0F 1TPVA 2AAMA 2WOQA 4UNLA 1L2UA 4MLJA 4S2CA 4BWLA 1MEWA 3RNDA 4UMAA 1VHNA 4O1CA 5EPDA 5CKSA 4ZL1A 3W84A 5KTLA 2GQAA 3KAOA 5FEZA 3Q37A 2YPIA 1QFEA 4JR5A 4AAJA 5D09A 5F4WA 4GJ1A 4OGZA 3L67A 1SFLA 3I68A 2PRLA 1MZHA 1QAPA 4OQVA 2EAWA 1WDWA 2RDUA 5AHLA 1MO0A 1SU5A 3NL5A 1F76A 3M5XA 3OVQA 4HNNA 3GNDA 3MHFA 1RQBA 4PL1A 1KFJA 4JX6A 4QAIA 4Y90A 1OHLA 1KM5A 1VYRA 1Q45A 4XTDA 2V30A 2YGYA 5FF2A 1H1YA 2W79A 1K8XA 1S3HA 4QNEA 3UY7A 1NSJA 2QDGA 3QC3A 3P82A 2A7RA 4LV9A 3NQFA 2TRSA 4GUJA 4GUHA 3M5ZA 4BFAA 3WK1A 1OF8A 1KV5A 4ADSA 3O8AA 1XBYA 3BGGA 4O16A 2P0OA 3O6DA 1S5VA 3DKJA 1X7FA 5K2ZA 3W1RA 3C4UA 1W5OA 5LZLA 3FKRA 3GDKA 2VOMA 1UUMA 5FF7A 4TIMA 1FXPA 2FB3A 4IXXA 5TQLA 2ISSA 3QMSA 2EGZA 3S5YA 2FTPA 1YXYA 4NVTA 2WSRA 3NQVA 4JY9A 1SZFA 1VCVA 4HSNA 1PL9A 1R2TA 4JTTA 3EX4A 4GNJA 3EWZA 5LHEA 5DY3A 3T40A 4UR7A 3BO9A 4UFKA 1W31A 4KKXA 4LRTA 3I7SA 1QO2A 5TBOA 2DZVA 3W22A 2O7QA 1H63A 4NNCA 1K02A 3M16A 4UFIA 4DBDA 5KMYA 5G2WA 4NUWA 5AN7A 4K37A 3HGJA 3IIVA 2BLEA 1TCDA 2A7NA 3MI3A 5LGZA 4ZQOA 3TH6A 1G7VA 5EYWA 3VCRA 1GVOA 3W73A 5LNUA 3A5FA 1TIMA 2FJKA 2CLOA 4P2VA 3W7JA 1JVNA 3FEMA 1OFDA 3LB0A 1R2SA 4FIRA 1RR2A 4Y96A 4AHQA 3GVGA 4DQWA 5J5RA 5D2WA 4IMCA 5D04C 3A21A 1ZHAA 5FF4A 1UUOA 1T0OA 4FNTA 2PRHA 5MHBA 3WJYA 4UTHA 4OU1A 2NV2A 3ZR4A 1F2JA 3QRHA 3P81A 5G2HA 2CZDA 3W83A 2E5BA 3C2VA 2Y7EA 4AHOA 1P0NA 4RCXA 4AB4A 3HOJA 2QUVA 2TPSA 3NDOA 4UTJA 1TPC1 2X1RA 1GWJA 1H62A 4HSOA 4S2BA 1OVDA 4IOTA 4O1BA 4HNTA 3LI0A 3O6CA 3BW3A 4Z0SA 3S0CA 3LHWA 2Y61A 1LLWA 3E9AA 4MZ1A 4UTWC 4WOQA 1I8JA 3O6YX 4PFMA 1FCUA 3HG5A 2Y88A 1OYBA 3L0NA 3TC7A 4U4MA 2ZZ7A 1HL2A 3IV3A 1RV8A 3BW4A 5F1UA 3RFAA 1LRNA 1GTHA 3W1MA 4LS1A 4JTKA 2ISWA 4EIVA 4AVFA 1OFPA 1FQ0A 3TSMA 4GXMA 1K3UA 1K7EA 1RQEA 4LVAA 5D2VA 3C61A 2H6RA 2QCLA 3FIGA 1AL7A 4JIQA 1FWNA 1Q6LA 4AF0A 3M47A 3QMRA 4FNPA 3P8IA 4M19A 1H60A 1VPXA 3QJAA 3Q2DA 4Z1BA 4YCOA 3TIMA 3ZS4A 3NQ6A 3HGSA 1O5XA 1TMHA 4N4PA 3R2GA 4HT3A 4B5NA 5CPLA 1BEUA 3OA3A 3HMJG 1AW2A 1BKSA 4PA8A 4LC6A 3LV6A 5DCBA 4DO4A 2Z1BA 2BXVA 4LVDA 1JCYA 1XM3A 3LHYA 4XKYA 4M6VA 1SPQA 3DKLA 5BRBA 1X8FA 4YL2A 4TO8A 2E6FA 4DELA 4IMDA 4XBKA 3V75A 4ZQRA 1ZJIA 3TQKA 4ZVJA 3UD6A 1WQ5A 3C2FA 2C3ZA 3MHGA 2ZDRA 2V2DA 4U28A 3MBDA 3PBUA 4UTWA 3G1SA 5DLCA 3TQ0A 3SY5A 2C19A 3W6YA 1LM1A 4MIMA 5AFDA 1QWGA 3TNOA 3C3NA 3QQ1A 1W3NA 5C54A 4KFNA 1TV7A 2JGQA 4AF0B 2GPTA 3SGUA 5LNSA 2X2GA 4QQ3A 3B4UA 4NZJA 3EXRA 1P1XA 3L65A 4DO6A 5HNRA 2BTMA 5F2LA 3SI9A 1VQTA 1TO3A 2AQWA 4XTIA 3MBFA 5BMWA 4JIPA 5AC7A 2NX1A 2C13A 1JUEA 1K8YA 1VLIA 1WOBA 5CZ0A 5EA9A 2Z2UA 3PBWA 3NL6A 1LYXA 2C15A 4FNUA 5F2GA 2ZTJA 5D2YA 3W1UA 3N9RA 4XKYB 1R47A 3TSDA 1PV8A 4LU0A 1NFBA 4XZ9A 3LHVA 5KZMA 3W7EA 3PVFA 2BZNA 3MWAA 2QJIA 2X1TA 3FOKA 1AG1O 4O4WA 4BI6A 3IGUA 2Y62A 5FF3A 3G24A 4UFJA 4LVFA 2YR1A 8TIMA 1KFCA 3LTYA 3IEBA 1XCFA 4WX2A 3T55A 1L6SA 2XN1A 2BSLA 3GLCA 3LRLA 2ZBTA 1KM6A 1ME9A 1H7NA 4OBTA 3PUEA 2QJGA 2VFDA 1M7OA 2YYUA 4ICNA 5AHIA 5KITA 3S5OA 5AYYA 3W7RA 4ZMGA 4UIOA 1OK6A 3HPXA 1FWWA 2NWRA 4MZ8A 3E96A 1UJPA 2FLIA 2HTMA 4JX5A 1F73A 3W2MA 4ZQPA 3EEGA 2Y7DA 2CLHA 4IXHA 1QPRA 3ATYA 4DF2A 5FF0A 2V2CA 1WBHA 4E2DA 1XBVA 4LC8A 3P67A 3IIXA 2VFHA 3WJXA 3VNDA 4WUIA 3W1XA 1H7PA 4OWGA 4A2RA 4K38A 1ZAJA 3HG3A 3QF0A 4O1DA 3LERA 1GQNA 1A5CA 3HJZA 2YYTA 2Y7FA 1HUVA 2ZRYA 2QR6A 3U8GA 4UNKA 4JNMA 4KWWA 2DZTA 1FX6A 2ISVA 1FCBA 1QOQA 2ZRVA 3W1TA 5LKYA 1ME7A 3S8HA 1LBMA 3HIJA 5HULA 3EWUA 3GKAA 4XUGA 3W7MA 2WSQA 3W7GA 1TQXA 4ALDA 2Q3OA 1RZMA 5GVJA 1JR1A 1I4NA 1W5QA 4QITA 3U2OA 1OFOA 1TV8A 4H6KA 4XWUA 3QFEA 4N6FA 4MLRA 1ZALA 1B9BA 3G22A 3IGSA 3PG9A 5T26A 3WJSA 4Z1AA 3LHTA 1O5KA 3G1YA 1YPFA 3LXAA 2QCGA 4I7VA 2FB2A 2YDAA 3UWVA 1M6JA 4Z0JA 1W3TA 5E93A 3AO0A 1RD5A 4TU1A 3WK2A 4JXCA 1SQ7A 3VFLA 4NU7A 3CB8A 2WO5A 2ZRWA 3HG2A 3NQ2A 4MY1A 4NJIA 5AC6A 5I3JA 1IXPA 3UWQA 1ICPA 3MP3A 4IJBA 3KRUA 4RZ6A 4NJHA 4Z1CA 3HB9A 1QNVA 4LT9A 3CIXA 2XN0A 4LV4A 1I2RA 2NUXA 3P80A 3W70A 4QNWA 2JBMA 4LS2A 1JCXA 1DL3A 2E6YA 3OEXA 4WD0A 4JEQA 3G8RA 2OCZA 2NXHA 5I3FA 3BLFA 3O63A 4MYXA 1OABA 5I3KA 1ADOA 3WJWA 2F7FA 5BOOA 1EP3A 3C2OA 3FJLA 2ZYFA 2A1YA 2NZLA 3GX9A 4AEOA 1B57A 1Q6QA 3EX6A 2VC6A 3B0VC 3IIZA 1B4KA 1KM0A 4DPPA 2ABAA 5E0KA 5G4WA 1YADA 2A4AA 2EHHA 3ZFHA 1SFJA 2RDWA 3R89A 1LRTA 2R8WA 5I3HA 1OFEA 4JDBA 1O60A 4YLWA 2QCFA 4FX8A 4DEFA 3L21A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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